PROTEIN

Kelompok 2
Ibnu Ario
Indah Sari
Lila Maritza
Pramudita Satriya
Selly Setyo
Outline

STRUKTUR FUNGSI ANALISIS

SINTESIS APLIKASI
STRUKTUR PROTEIN
Struktur Protein

● Struktur Primer

● Struktur Sekunder

● Struktur Tersier

● Struktur Quarterner
STRUKTUR PRIMER
Struktur Primer

● Struktur primer disebabkan oleh ikatan kovalen atau peptida, yang dibuat selama
proses biosintesis protein atau disebut dengan proses translasi

● Struktur primer protein ditentukan oleh gen yang berhubungan dengan protein

● Struktur primer protein ditentukan oleh gen yang berhubungan dengan protein

● Struktur primer protein ditentukan oleh gen yang berhubungan dengan protein
STRUKTUR SEKUNDER
Struktur Sekunder

● Struktur protein sekunder merupakan struktur yang terbentuk akibat dari ikatan
hidrogen antara atom-atom ikatan peptida

● Struktur protein sekunder merupakan struktur yang terbentuk akibat dari ikatan
hidrogen antara atom-atom ikatan peptida

● Terdapat beberapa jenis struktur protein sekunder, yaitu α-helix, β-sheet, dan β-turns
 α-helix

● Struktur protein sekunder yang terbentuk akibat dari ikatan hidrogen antara
atom hidrogen dari gugus amino (N-H) dengan atom oksigen dari gugus
karbonil (C=O) di sepanjang rantai polipeptida memugkinkan untuk
terbentuknya struktur helix
 β-sheet

● Simbol β menunjukkan bahwa struktur ini merupakan struktur reguler kedua yang dijelaskan

● Terdapat dua bentuk, yaitu paralel dan anti-paralel

● Apabila arah rantainya sama, maka struktur tersebut dikatakan sebagai parallel β-pleated
sheet. Sedangkan, apabila arah rantainya berbeda maka struktur tersebut merupakan struktur
anti-paralel β-pleated sheet
β-turn

● β-turn terbentuk melalui ikatan hidrogen antara daerah linear rantai polipeptida

● Ikatan ini terjadi antara oksigen karbonil dari satu ikatan peptida dengan nitrogen dari
ikatan peptida lainnya

● Ikatan hidrogen dapat terbentuk antara dua rantai polipeptida yang terpisah atau
antara dua daerah pada sebuah rantai tunggal yang melipat sendiri
β-turn

● Terdapat dua jenis β turn, yaitu β turn tipe 1 dan β turn tipe 2. Tipe 1 terjadi lebih dari
dua kali sesering dengan tipe 2 dan tipe 2 biasanya memiliki Glycine sebagai residu
ketiga
STRUKTUR TERSIER
 Struktur Tersier

● Lapisan yang tumpang-tindih di atas pola struktur

sekunder adalah struktur tersier protein, yang terdiri atas
pemutarbalikan tak beraturan dari ikatan antara
rantai-rantai samping (gugus R) berbagai asam amino.

● Ikatan-ikatan yang berperan dalam struktur tersier adalah

ikatan hidrogen, ikatan garam, interaksi hidrofobik, dan
ikatan disulfida.
 Interaksi Ionik

● Terjadi antara gugus samping yang

bermuatan positif (memiliki gugus –NH2
tambahan) dan gugus negatif (–COOH
tambahan).
 Ikatan Hidrogen

● Pada struktur sekunder ikatan hidrogen terjadi

pada ‘backbone’, dalam struktur tersier, ikatan
hidrogen terjadi antar gugus samping.
Interaksi ini dapat terjadi karena pada gugus
samping bisa banyak terdapat gugus seperti
–OH, –COOH, –CONH2 atau –NH2 yang bisa
membentuk ikatan hidrogen.
 Gaya Van der Waals

● Beberapa asam amino memiliki gugus samping

(R) dengan rantai karbon yang cukup panjang.
Nilai dipol yang berfluktuatif dari satu gugus
samping dapat membentuk ikatan dengan dipol
berlawanan pada gugus samping lain.
 Jembatan Disulfida

● Cysteine memiliki gugus samping –SH dimana

dapat membentuk ikatan disulfida dengan –SH
pada cysteine lainnya. Ikatan ini berupa ikatan
kovalen sehingga lebih kuat dibanding
ikatan-ikatan lain yang telah disebutkan.
Struktur Tersier

● Struktur tersier dari protein dapat berupa protein globular dan protein fiber. Protein
Globular merupakan protein yang larut dalam pelarut air, dapat berdifusi dengan cepat,
dan bersifat dinamis dimana seluruh interaksi antar struktur sekunder atau primer
tervisualisasi dengan baik. Protein serabut bersifat tidak larut dalam air merupakan
molekul serabut panjang dengan rantai polipeptida yang memanjang pada satu sumbu
dan tidak berlipat menjadi bentuk globular.
STRUKTUR KUARTERNER
Struktur Kuarterner

● Struktur protein kuartener merupakan struktur yang berupa kumpulan dua atau lebih
polipeptida, masing - masing terlipat menjadi struktur tersier, dalam protein
multi-subunit.

● Protein atau polipeptida yang sudah memiliki struktur tersier dapat saling berinteraksi
dan bergabung menjadi suatu multimer. Struktur tersier ini kemudian akan membentuk
suatu protein kompleks yang fungsional.

● Hanya protein yang mempunyai fungsi kompleks yang memiliki struktur ini, termasuk
beberapa protein yang terlibat dalam ekspresi gen.

● Protein ini dapat kembali pada komponen polipeptidanya, atau berubah komposisi
subunitnya tergantung pada kebutuhan fungsinya.
Struktur Kuarterner

● Protein yang memiliki bentuk struktur kuartener biasa disebut dengan protein multimer.
Protein pembentuk multimer dinamakan subunit.

● Suatu multimer dinamakan dimer jika terdiri atas dua subunit, trimer jika tiga subunit
dan tetramer jika empat subunit.

● Multimer yang terbentuk dari subunit-subunit identik disebut dengan awalan homo–,
sedangkan jika subunitnya berbeda-beda dinamakan hetero– .

● Perlu diketahui bahwa beberapa protein dapat berfungsi sebagai monomer sehingga
ia tidak memiliki struktur kuartener.
Struktur Kuarterner

● Salah satu contoh protein dengan struktur kuartener adalah hemoglobin, yang terdiri
atas 2 subunit alfa dan 2 subunit beta sehingga dinamakan heterotetramer.
Hemoglobin berasal dari 2 struktur berbeda, yaitu:
○ Oxyhemoglobin ( Relaxed Structure)
○ Deoxyhemoglobin ( Tense Structure)
● Kedua struktur diatas memiliki fungsi yang berbeda, oxyhemoglobin (R) memiliki afinitas O2
yang tinggi, sementara deoxyhemoglobin (T) memiliki afinitas O2 yang rendah. Kedua
komponen ini membentuk kesetimbangan.
FUNGSI PROTEIN
 Fungsi Protein

Struktural Hormon Transpor Reseptor Enzimatik Cadangan

Kontraktil Pertahanan
Protein Struktural
Peranan protein struktural adalah sebagai pembentuk struktur sel
jaringan dan memberi kekuatan pada jaringan, dan dibagi menjadi 6
jenis yaitu:
● Keratin
α-Keratin adalah protein serat utama yang dibuat oleh sel epidermis.
α-Keratin memberikan perlindungan eksternal bagi vertebrata. Protein ini
menyusun hampir seluruh berat kering dari rambut, wol, sayap, kuku, cakar,
duri, sisik, tanduk, kuku kuda, kulit penyu.

● Tubulin
Tubulin adalah protein yang membentuk mikrotubulin. Mikrotubulus
adalah silinder protein yang terdapat pada sebagian besar sel hewan dan
tumbuhan. Ada dua macam tubulin, yaitu α tubulin dan β tubulin. Kedua
tubulin ini memiliki susunan asam amino yang berbeda. Mikrotubulus bersifat Pembentukan Keratin

kaku sehingga penting dalam mempertahankan atau mengontrol bentuk sel.

Mikrotubulus berperan dalam pembelahan sel, karena setiap kromosom
bergerak ke kutub pembelahan yang terikat pada gelendong mitotik yang
dibentuk oleh mikrotubul.
Protein Struktural (cont..)
● Kolagen

Kolagen adalah stabilisator struktur yang menguatkan dan dapat menahan regangan. Sebagian besar asam
amino yang terdapat dalam kolagen berupa glisin, prolin, dan hidroksiprolin. Rantai-rantai tunggal ini berikatan
hidrogen sehingga membentuk suatu struktur triple helix yang menyerupai batang dan disebut dengan tropokolagen.
Ikatan hidrogen diantara ketiga rantai molekul ini menyebabkan kolagen mempunyai kapasitas menahan air. Dalam
tendon, kolagen membentuk serat yang seperti tali sehingga mempunyai daya regangan tinggi, sementara di kulit
kolagen membentuk serat tenunan yang longgar sehingga dapat meluas ke segala arah.

● Serisin dan Fibroin

Fibroin adalah protein tak larut yang dihasilkan oleh laba-laba, larvae Bombyx mori, serta genus ngengat
lainnya. Sutra mentah terdiri dari dua protein utama, serisin dan fibroin, dimana fibroin berada di tengah struktur
sutra sementara serisin merupakan material lengket yang membungkusnya dan menyebabkannya dapat saling
menempel. Kandungan glisin (serta alanin) yang tinggi menyebabkan eratnya pengemasan lapisan-lapisan tersebut,
sehingga sutra mempunyai struktur yang kejat dan tahan regangan.
Protein Struktural (cont..)
● Sklerotin

Sklerotin adalah komponen kutikula dari berbagai Arthropoda, yang paling sering ditemui serangga. Sklerotin
dibentuk dengan proses saling menyilangnya molekul-molekul protein, sebuah proses biokimia yang disebut
sklerotisasi. Material yang terbentuk menjadikan eksoskeleton serangga yang keras dan mengandung kitin menjadi
kaku. Protein ini banyak terdapat dalam bagian integumen serangga dan Arachnid, contohnya bagian mulut yang
menggigit serta sklerit pada kalajengking dan kumbang.

● Elastin

Elastin adalah protein dengan sifat elastis seperti penghapus, dimana seratnya dapat memanjang beberapa
kali dari panjang normalnya. Adanya serat elastin memungkinkan jaringan dapat meregang tanpa sobek. Contohnya
adalah pada pita suara, pembuluh darah besar dan beberapa ligamen pada tulang punggung. Struktur keseluruhan
elastin mirip struktur amorf karet yg mudah berubah bentuk.
Protein Cadangan
Protein cadangan menyimpan energi maupun zat yang diperlukan untuk
berbagai proses metabolisme dalam tubuh.
a. Mioglobin
Protein penyusun darah yang berperan mengikat oksigen adalah mioglobin.
Mioglobin mengikat oksigen dari sel darah merah dan melepasnya ke mitokondria sel
otot merah pada keadaan kekurangan oksigen sehingga bisa digunakan oleh
mitokondria otot untuk sintesis ATP yang bergantung pada oksigen. Ciri-ciri dari
kurangnya oksigen adalah tingginya kadar karbon dioksida dalam darah serta asam
laktat pada otot. Pada kondisi ekstrim seperti inilah mioglobin akan melepas oksigen
yang diikatnya.
b. Kasein
Kasein adalah protein yang paling banyak tersedia di susu. Protein ini relatif tidak
bisa larut dan cenderung membentuk struktur yang disebut misel yang meningkatkan
kelarutannya di air. Selama pemrosesan susu, yang umumnya melibatkan panas atau Mioglobin

asam, senyawa kasein peptide dan struktur misel akan terganggu dan membentuk
struktur yang lebih sederhana. Hasilnya, material seperti gelatin terbentuk. Ini adalah
dasar mengapa kasein memiliki daya cerna yang lebih rendah, dan juga pelepasan asam
amino yang perlahan tapi stabil ke dalam sirkulasi.
Protein Cadangan(cont..)
c. Ovalbumin
Ovalbumin adalah protein utama pada putih telur. Protein ini menyimpan energi dan dapat dicerna saat
metabolisme organisme untuk menghasilkan energi. Selain sebagai protein penyimpanan, dalam kasus keracunan
logam berat (seperti besi), ovalbumin dapat digunakan dengan berikatan secara dengan logam berat dan
memerangkap ion-ion metal dengan ikatan sulfihidril dalam protein tersebut.

d. Ferritin
Ferritin adalah protein berbentuk globular yang mempunyai dua lapisan dengan diameter luar berukuran 12
nm dan diameter dalam berukuran 8 nm. Besi tersimpan di tengah protein ferritin. Bila dilihat dari stuktur kristalnya,
satu monomer ferritin mempunyai lima heliks penyusun yaitu blue helix, orange helix, green helix, yellow helix dan
red helix dimana ion Fe3+ berada di tengah kelima heliks tersebut.
Besi bebas bersifat toksik untuk sel, karena besi bebas merupakan katalis pembentukan radikal bebas dari
Reactive Oxygen Species (ROS) melalui reaksi Fenton. Untuk itu, sel membentuk suatu mekanisme perlindungan
diri yaitu dengan cara membuat besi berikatan dengan ferritin. Oleh karena itu, ferritin merupakan protein utama
penyimpan besi di dalam sel. Besi Fe3+ yang disimpan di dalam ferritin di liver, limpa, otot, dan sumsum tulang
dilepaskan kembali bila tubuh membutuhkannya yaitu saat tubuh kekurangan besi yang diperlukan untuk pembuatan
eritorosit oleh berbagai sebab.
Protein Transpor
Protein pengangkut mempunyai kemampuan mengikat molekul tertentu dan melakukan pengangkutan
berbagai macam zat melalui aliran darah.

a. Hemoglobin
Dalam pembuluh kapiler, oksigen dilepaskan untuk digunakan oleh sel tubuh. Sejumlah 97% oksigen yang diangkut
oleh darah diangkut melalui hemoglobin. Sedangkan 3% lainnya terlarut dalam plasma darah. Dalam paru-paru, dimana
level oksigen tinggi, hemoglobin berikatan bebas dengan oksigen. Hemoglobin lalu melepas oksigen ke pembuluh kapiler,
dimana level oksigen rendah. Dalam setiap molekul hemoglobin terdapat empat atom besi yang disebut heme. Setiap atom
berikatan dengan satu molekul oksigen.

b. Hemosianin
Protein pernafasan ini banyak dijumpai dalam limfa binatang dalam fila Moluska dan Artropoda (sotong, gurita, udang
galah, ketam). Strukturnya sangat besar tetapi terdiri dari subunit-subunit. Setiap subunit mengandung satu pasang atom
Cu dimana masing-masing pasang dapat mengikat satu molekul O2.
Protein Hormon
a. Insulin
Insulin mempunyai fungsi penting pada berbagai proses metabolisme dalam tubuh terutama metabolisme karbohidrat. Hormon
ini sangat krusial perannya dalam proses utilisasi glukosa oleh hampir seluruh jaringan tubuh, terutama pada otot, lemak, dan hepar.
Pada jaringan perifer seperti jaringan otot dan lemak, insulin berikatan dengan sejenis reseptor (insulin receptor substrate = IRS) yang
terdapat pada membran sel tersebut. Ikatan antara insulin dan reseptor akan menghasilkan semacam sinyal yang berguna bagi proses
regulasi atau metabolisme glukosa di dalam sel otot dan lemak. Setelah berikatan, transduksi sinyal berperan dalam meningkatkan
kuantitas GLUT-4 (glucose transporter-4) dan selanjutnya juga pada mendorong penempatannya pada membran sel. Proses sintesis
dan translokasi GLUT-4 inilah yang bekerja memasukkan glukosa dari ekstra ke intrasel untuk selanjutnya mengalami metabolisme.

b. Growth Hormone
Merupakan hormon esensial bagi pertumbuhan post natal dan untuk metabolism normal karbohidrat, lipid, dan mineral.
Kekurangan hormone ini dapat menyebabkan gangguan pertumbuhan pada bayi.

c. Paratiroid Hormon (PTH)

PTH memulihkan konsentrasi kalsium ECF dengan bekerja langsung pada tulang dan ginjal dan secara tidak langsung pada
mukosa intestinal. Fungsinya meningkatkan laju disolusi tulang yang menggerakkan Ca2+ ke dalam cairan ekstrasel, mengurangi
bersihan/eksresi Ca lewat ginjal, meningkatkan efisiensi absorpsi Ca dalam intestinum.
Protein Kontraktil
Protein kontraktil merupakan golongan protein yang berperan dalam proses gerak. Terdapat protein yang
bertanggung jawab pada gerak pasif dan terdapat protein yang berguna sebagai pendorong pergerakan, yaitu
protein motor.
● Protein motor menggunakan energi dari hidrolisis ATP untuk dapat bergerak sepanjang mikrotubulus atau
filamen aktin. Protein motor memperantarai gerakan bergesernya filamen (sliding) serta transpor vesikula dan
organela pada sel eukariota.
● Protein motor terbagi dalam tiga kelompok yaitu:
○ myosin superfamily,
○ kinesin superfamily,
○ dynein superfamily.
Myosin merupakan protein motor yang bergerak pada filamen aktin. Sedangkan kinesin dan dinein
merupakan protein motor yang bergerak sepanjang mikrotubulus, sehingga gerakan mikrotubulus
tergantung pada protein motor dinein dan kinesin. Kinesin membantu pergerakan vesikula dan organel ke
arah anterograde atau ujung positif mikrotubul (plus end), sedangkan dinein membantu pergerakan vesikula
dan organela ke arah retrograde atau ujung negatif mikrotubulus (minus end).
Protein Kontraktil (cont..)
a. Tropomyosin

Tropomiosin merupakan molekul fibrosa yang terdiri atas dua buah rantai, alfa dan beta tropomiosin, yang terletak
melekat pada F-aktin dalam alur antar filamen. Tropomiosin memiliki berat molekul 64.000 dalton dan merupakan
perpanjangan molekul dari 40 nm dari dua sub unit alfa helic. Rentang tropomiosin adalah tujuh monomer aktin. Di akhir
dari molekul tropomiosin ini ditemukan multi-sub unit protein troponin. Tiga komponen dari kompleks ini memiliki
kemampuan untuk merespon naik turunnya konsentrasi Ca2+ dengan mengatur sedikitnya tropomiosin untuk mengikuti
monomer F-aktin untuk mempengaruhi persilangan penyebrangan miosin dan menginisiasi proses sliding. Tropomiosin
terdapat dalam semua struktur muskuler dan struktur mirip otot. Tropomiosin diperkirakan terletak diatas molekul aktin pada
keadaan istirahat dan menghambat pengikatan jembatan silang miosin suatu tempat diaktin. Bila konsentrasi kalsium
intrasel meningkat maka akan berikatan dengan troponin sehingga terjadi pergesaran posisi troponin pada molekul
tropomiosin yang menyebabkan pergeseran posisi tropomiosin terhadap aktin. Hal ini menyebabkan terbukanya tempat
aktif untuk mengikat miosin sehingga terjadi pengikatan miosin dengan tempat aktif aktin dan ATPase miosin diaktifkan
dan ATP diuraikan untuk menghasilkan energi sehingga jembatan silang terayun. Spsbils jembatan silang terayun maka
filamen-filamen bergeser satu sama lain yang menyebabkan otot berkontraksi.
Protein Kontraktil (cont..)
b. Aktin dan Myosin

Massa serat otot yang segar disusun 75% dari air dan lebih dari 20% protein. Dua protein utama otot adalah aktin
dan miosin. Aktin (G-aktin) monomerik (globuler) merupakan protein dengan BM 43.000 yang menyusun 25% berat protein
otot. Pada kekuatan ion yang fisiologik dan dengan adanya magnesium, G-aktin melakukan polimerisasi non kovalen
hingga terbentuk filament heliks ganda tak larut yang dinamakan F-aktin. Serabut F-aktin mempunyai tebal 67 nm dengan
lereng atau 2struktur berulang setiap 35,5 nm.
Miosin turut menyusun 55% berat protein otot dan membentuk filamen tebal. Miosin merupakan molekul heksamer
asimetrik dengan berat molekul 460.000. Miosin mempunyai bagian fibrosa yang terdiri atas 2 buah heliks yang saling
terpilin dan masing-masing heliks tersebut memiliki regio globuler yang terikat dengan salah satu ujung heliks. Molekul
heksamer terdiri atas satu pasang rantai berat dan dua pasang rantai ringan. Kontraksi otot terdiri atas pengikatan dan
pelepasan secara siklus bagian region globuler myosin dengan filament F-aktin. Interaksi ini menyebabkan filament aktin
dan miosin saling bergeser satu sama lain. Energi dipasok oleh ATP yang terhidrolisis.
 Protein Kontraktil (cont..)
c. Troponin

Troponin merupakan serat protein tipis berbentuk filamen dari serat otot yang memegang peranan dalam kontraksi
otot bersama dengan aktin dan tropomiosin. Ada tiga tipe Troponin yaitu I, T dan C yang terdapat pada segala jenis otot
dan terlibat dalam kontraksi otot. Sedangkan untuk otot jantung terdapat Troponin I dan T dimana keduanya ini dapat
dijadikan sebagai penanda apabila terjadinya kerusakan otot jantung yang selanjutnya dikenal dengan cTnI dan cTnT.
Troponin C (Calsium) merupakan tempat penambatan kalsium. Troponin I (inhibitor) merupakan inhibitor atau penghalang
terjadinya kontraksi, berada dekat dengan tropomiosin ketika relaksasi otot. Troponin T (tropomiosin) merupakan troponin
yang berhubungan dengan tropomiosin ketika terjadi kontraksi otot.
Protein Kontraktil (cont..)
d. Kinesin

Dinein adalah kompleks protein multi-subunit yang memiliki gugus yang berperan sebagai ATPase sehingga bertanggung
jawab terhadap terjadinya hidrolisis ATP agar dapat memulai suatu gerakan. Dinein merupakan kelompok protein motor
mikrotubulus yang bergerak ke arah ujung negatif (minus end) yang tersusun atas 2 atau 3 rantai tebal (yang termasuk motor
domain) dan berhungan dengan beberapa macam rantai tipis. Berdasarkan struktur dan fungsinya, dinein terbagi dalam dua
kelas yaitu: dinein sitoplasmik (cytoplasmic dynein) dan dinein aksonemal (axonemal dynein). Dinein aksonemal bertanggung
jawab untuk pergerakan mikrotubulus (sliding movement) seperti pada silia dan flagella. Dinein sitoplasmik berperan penting
pada mitosis, polarisasi sel, transpor vesikel dan organel (transpor intraseluler) serta mengarahkan perpindahan sel, seperti
untuk lokalisasi apparatus golgi ke bagian tengah sel.
Terdapat dua macam dinein sitoplasma yaitu cytoplasmic dynein 1 dan cytoplasmic dynein 2.
● Cytoplasmic dynein 1 ditemukan pada semua sel yang memiliki mikrotubulus yang berperan dalam fungsi asosiasi dan
transpor organela sel yaitu apparatus Golgi, lisosom, endosom (late dan recycling endosome), serta bertanggung jawab
dalam transpor axonal retrograde (neuron).
● Cytoplasmic dynein 2 ditemukan di bagian dasar silia dan flagela yang terkait dengan fungsi transpor intraflagellar
(intraflagellar transport/IFT) dan diperlukan untuk mempertahanan aksonemal. Bertanggung jawab pada transpor yang
melalui struktur sel yang bersilia, seperti pada connecting cilium di fotoreseptor. Berperan pada transpor material dalam
bentuk jalinan protein yang berjalan sepanjang lapisan luar mikrotubulus flagella.
Protein Kontraktil (cont..)
e. Dinein

Berjalan berdampingan dengan dinein aksonemal pada silia dan flagella. Kinesin adalah protein yang termasuk
kelompok protein bergerak yang ditemukan pada sel eukariota. Kinesin bergerak sepanjang filamen mikrotubulus dengan
menggunakan energi dari hidrolisis ATP sehingga kinesin dapat digolongkan sebagai ATPase. Gerakan aktif kinesin
menunjang beberapa fungsi sel, termasuk mitosis, meiosis, dan pengangkutan muatan sel, seperti pengangkutan
aksoplasmik. Sebagian besar kinesin bergerak menuju ujung positif mikrotubulus, yang, pada kebanyakan sel, merupakan
gerakan yang mengangkut muatan dari pusat sel menuju periferi atau tepi. Jenis pengangkutan ini dikenal sebagai
pengangkutan anterograd.
Protein Reseptor
Reseptor adalah molekul protein yang menerima sinyal kimia dari luar sel yang mengarahkan kegiatan sel seperti
membelah atau mengizinkan molekul tertentu untuk masuk atau keluar sel.
Reseptor terbagi atas beberapa tipe, yaitu
● Transmembran yang terdiri dari reseptor tergandeng protein G, reseptor terkait kanal ion, reseptor terkait
dengan enzim, dan neurosteroids
● Membran periferal
● Reseptor intraseluler.
Reseptor dapat terikat pada membran sel, sitoplasma, atau nukleus, yang masing-masing hanya dapat dilekati
oleh jenis molekul sinyal tertentu. Molekul pemberi sinyal yang melekat pada suatu reseptor disebut ligan.
Ligan adalah molekul pemicu sinyal yang terikat ke sebuah daerah ikatan pada protein target, yang dapat berupa
suatu peptida atau molekul kecil lain seperti neurotransmiter, hormon, obat, atau toksin.
Reseptor dapat teraktivasi dan mengikat ligan, melalui hukum aksi massa yang bisa dianalogikan seperti sistem
kunci dengan gembok.
Protein Reseptor(cont..)
a. Transmembran reseptor
Dapat diklasifikasikan ke dalam tiga famili berdasarkan pada alur mereka mengirimkan
informasi ke dalam bagian sel.
● Reseptor tergandeng protein G
Hasil penelitian menunjukkan bahwa satu seri hormon, yang semuanya
mengaktifkan adenilat siklase, ternyata beraksi dengan cara berikatan dengan suatu
reseptor spesifik yang tergandeng dengan adenilat siklase intraseluler dalam suatu
sistem transduksi. Interaksi antara reseptor spesifik tersebut dengan protein target
diperantarai oleh suatu protein ketiga yang kemudian dikarakterisir sebagai
heterotrimeric guanine nucleotide binding protein atau disebut G-protein. Reseptor
spesifik tadi kemudian disebut G-Protein-Coupled Reseptor (GPCR) atau disebut
juga reseptor tergandeng protein G. Reseptor ini terutama mengaktivasi rangkaian
peristiwa yang mengubah konsentrasi satu atau lebih suatu molekul signaling
intraseluler atau yang disebut second messenger untuk menimbulkan respons
seluler.
Jalur transduksi signal pada GPCR ada dua, yaitu jalur adenilat siklase dan
jalur fosfolipase. Suatu aktivasi GPCR akan melalui jalur adenilat siklase atau
fosfolipase, tergantung pada macam protein G yang terlibat. Berdasarkan aksinya,
protein G ada tiga jenis, yaitu: Gs (stimulatory G protein), yang bekerja mengaktifkan
enzim adenilat siklase, Gi (inhibitory G protein), yang bekerja menghambat enzim
adenilat siklase, dan Gq, yang bekerja mengaktifkan fosfolipase pada jalur
fosfolipase.
Protein Reseptor(cont..)
● Reseptor terkait
Reseptor terkait kanal ion merespon terhadap ligan yang berada pada daerah
ekstrasel kanal. Ligan yang direspon pun biasanya lebih spesifik dan selektif terhadap ion
tertentu. Reseptor Kanal Ion terlibat dalam signaling sinaptik yang relatif cepat
(dibandingkan dengan melalui reseptor protein G). Ligan berikatan pada reseptor dan
membuka kanal. Akibatnya in mengalir ke dalam sel, berikatan dengan berbagai protein
dan mengaktifkan berbagai protein.
● Reseptor terkait dengan enzim
Sebuah reseptor yang terkait dengan enzim juga dikenal sebagai reseptor katalitik
adalah reseptor transmembran, dimana pengikatan ligan ekstraseluler memicu aktivitas
enzimatik di sisi intraseluler. Reseptor tirosin kinase (RTK) merupakan keluarga reseptor
yang memiliki struktur yang mirip satu sama lain. Keluarga reseptor ini memiliki satu tyrosin
kinase domain, yaitu yang akan memfosforilasi protein pada residutirosin, satu hormone
bindingdomain, yaitu tempat ikatan dengan ligan atau hormon, dan satu segmen karboksil
Reseptor tirosin kinase (Sumber:
terminal dengan tirosin ganda untuk autofosforilasi. Reseptor ini merupakan reseptor http://withfriendship.com/images/i/43
membran yang terdapat dalam jumlah cukup banyak (terbanyak kedua setelah reseptor 745/figure-1-receptor-tyrosine.jpg)
tergandeng protein G). RTK merupakan protein transmembran yang memiliki tempat ikatan
ligan pada sisi luar membran plasma dan hanya memiliki satu segmen transmembran, atau
dikatakan berbentuk monomer.
Protein Reseptor(cont..)
● Reseptor terkait dengan enzim(Cont..)
Signal transduksi pada reseptor tirosin kinase ada dua jalur yaitu: jalur Ras/Raf/MAP kinase, jalur yang berperan
dalam pembelahan sel, pertumbuhan dan prliferasi sel. Contohnya adalah reseptor growth factor seperti: reseptor EGF,
reseptor VEGF, reseptor insulin, dll, serta jalur Jak/Stat, yang diaktivasi oleh berbagai cytokines dan mengontrol sintesis
dan pelepasan berbagai mediator inflamasi. Contohnya adalah pada reseptor sitokin.

b. Protein Membran Periferal

Reseptor ini relatif jarang, dibandingkan dengan jenis yang lebih umum dari reseptor yang melintasi membran sel. Contoh
reseptor dari protein membran periferal adalah reseptor elastin.
Protein Enzimatik
Semua enzim yang telah diamati sampai saat ini adalah protein dan aktivitas katalitiknya bergantung pada integritas
strukturnya sebagai protein. Kerja protein enzimatik terbagi-bagi lagi secara spesifik. Oksidoreduktase adalah enzim yang
cara kerjanya berdasarkan reaksi oksidasi dan reduksi
Oksidasi (reaksi yang menghasilkan elektron) H → H+ + e
Reduksi: reaksi yang memerlukan elektron Cl + e → Cl-
Transferase adalah enzim yang mengkalisis reaksi pemindahan/ pertukaran dua gugus dalam dua zat. Contoh:
R-OH + R’-NH2 → R-NH2 + R’-OH
Hydrolase adalah enzim yang mempercepat proses pemecahan suatu zat dengan cara direaksikan dengan air (hidrolisis).
Contoh:
AB + H2O → A-OH + HB
Lyase adalah enzim yang memecah dua zat menjadi dua komponen
AB → A + B
Isomerase adalah enzim yang mengkatalisis perubah suatu zat dari isomer ke isomer lainnya. Isomer adalah suatu zat
yang meimiliki RM sama tetapi RB berbeda. Contoh Isomerase:
Arabinose → ribose
Protein Enzimatik(cont..)
Lygase adalah enzim yang mengkatalisis pemutusan formasi ikatan gugus suatu zat. Contoh:
C=O, C-OH, C-O-C, C-COOH, C-S, C-N atau C-C
Enzim oksidase adalah enzim yang mengkatalisis pengeluaran hidrogen (H2) dari substrat dengan menggunakan oksigen
(O2) sebagai akseptor hidrogen
AH2 + O2 → A + H2O
Enzim tersebut membentuk air ( H2O ) atau hidrogen peroksida (H2O2 ) sebagai produk reaksi.
Enzim Dehidrogenase adalah enzim yang mengeluarkan hidrogen dari suatu substrat dengan menggunakan carier sebagai
akseptor hirogen, tidak dapat menggunakan oksigen sebagai akseptor hidrogen
AH2 + B → A + BH2
Enzim Hidroperoksidase : enzim yang mengeluarkan unsur oksigen dari substrat hidrogen peroksida (H 2O2). Contoh :
Peroksidase, katalase.
Enzim Oksigenase adalah enzim yang mengkatalisis reaksi suatu substrat dengan oksigen (O2)
A + O2 → AO2
Protein Pertahanan
Antibodi berikatan dengan protein yang lainnya (antigen) yang ditemukan di dalam tubuh. Molekul protein pada permukaan
bakteri atau virus berperan sebagai antigen. Antibodi merupakan bagian yang berperan di dalam pertahanan tubuh. Setiap
antibodi memiliki dua tempat yang dapat bereaksi dengan antigen.

Fungsi antibodi, yaitu berikatan dengan molekul antigen membentuk rangkaian seperti jaring. Antibodi dapat menghambat
partikel-partikel virus. Untuk menginfeksi saluran sel, virus pertama-tama harus bisa mengenali sel inangnya. Protein dari virus
mencocokkan bentuknya dengan molekul pada membran sel dari sel inang. Antibodi dapat menutupi protein dari virus agar virus
tersebut tidak bisa menginfeksi sel. Protein yang disebut interferon juga bekerja melawan virus. Interferon diproduksi oleh sel
yang telah terinfeksi oleh virus. Interferon membuat sel-sel yang tidak terinfeksi menjadi resisten terhadap serangan virus.
Antibodi tersusun atas dua tipe rantai polipeptida yaitu rantai ringan (light chain) dan rantai berat (heavy chain). Struktur
gabungan kedua rantai tersebut membentuk huruf Y. Di tengah-tengah ikatan rantai tersebut terdapat daerah Hinge (Hinge
Region) yang memungkinkan rantai-rantai polipeptida untuk bergerak. Setiap lengan dari antibodi memiliki daerah pengikat
antigen (antigen-binding site).
Protein Pertahanan(cont..)
Antibodi dapat dibedakan berdasarkan susunan proteinnya menjadi lima
kelas utama, Ig G, Ig A, Ig M, Ig E dan Ig D. Setiap antibodi berinteraksi
dengan molekul dan sel yang berbeda-beda dan memiliki karakteristik yang
berbeda pula. Masing-masing antibodi memiliki daerah variabel (variable
region) yang dapat mengenali antigen khusus dan daerah konstan (constant
region) yang mengontrol bagaimana molekulnya berinteraksi dengan bagian
lain dari sistem kekebalan tubuh.

Interaksi antibodi-antigen (Sumber:

http://immuneweb.xxmu.edu.cn/mo
noclonal/fda-fig10-2.gif)
ANALISIS PROTEIN
 Analisis
Analisis Kualitatif, ditujukan untuk mengetahui keberadaan atau eksistensi dari protein berdasarkan
segi fisiknya untuk selanjutnya dilakukan pengujian karakteristik yang dihasilkan dari sampel protein 

2. Analisis Kuantitatif, penentuan jumlah zat tertentu yang ada di dalam suatu sampel. Pada deteksi
protein, analisis kuantitatif ditujukan untuk memperoleh data yang bersifat statistik dan angka (lebih
bersifat numeris) 
Analisis Kualitatif

1. Analisis Asam Amino

2. Analisis Protein
3. Analisis Struktur Protein
4. Analisis Mr Protein
Analisis Kuantitatif

1. Titrasi Asam Amino

2. Pewarnaan Spektroskopi UV-Vis
 Analisis Asam Amino

1. Tes Xantoprotein
● Asam amino aromatic dapat dianalisis dengan uji
Xantoprotein. Dengan adanya konsentrasi asam
nitrat, cincin aromatik fenil akan ternitrasi dan
menghasilkan warna kuning.
● Larutan asam nitrat pekat ditambahkan ke dalam
larutan protein. Setelah dicampur terbentuk
endapan putih yang dapat berubah menjadi kuning
apabila dipanaskan.
● Reaksi yang terjadi ialah nitrasi pada inti benzena
yang terdapat pada molekul protein. Reaksi ini
positif untuk protein yang mengandung tirosin,
fenilalanin dan triptofan.
2. Tes Hopkins Cole
● Uji ini bertujuan untuk mengidentifikasi asam amino yang
mengandung gugus samping indol seperti triptofan.
● Larutan protein yang mengandung triptofan dapat
direaksikan dengan pereaksi Hopkins-Cole yang
mengandung asam glioksilik.
● Pereaksi ini dibuat dari asam oksalat dengan serbuk
magnesium dalam air.
● Setelah dicampur dengan pereaksi Hopkins-Cole, asam
sulfat dituangkan perlahan-lahan sehingga membentuk
lapisan di bawah larutan protein. Beberapa saat
kemudian akan terjadi cincin ungu pada batas antara
kedua lapisan tersebut.
● Gugus aldehid pada asam glioksilik membantu
mengubah gugus indol menjadi senyawa berwarna violet.
3. Tes Milon
● Uji ini bertujuan untuk mengidentifikasi struktur yang mengandung fenol
(senyawa yang mengandung cincin benzena atau OH yang terikat pada
Astrukturnya). Spesifik untuk identifikasi tyrosine.
● Pereaksi Millon adalah larutan merkuro dan merkuri nitrat dalam asam nitrat.
● Apabila pereaksi ini ditambahkan pada larutan protein, akan menghasilkan
endapan putih yang dapat berubah menjadi merah oleh pemanasan.
● Pada dasarnya reaksi ini positif untuk fenol-fenol, karena terbentuknya
senyawa merkuri dengan gugus hidroksifenil yang berwarna. Hanya protein
yang mengandung tirosin yang mengalami hidrolisis yang memberikan
reaksi positif.
● Gugus hidroksifenil pada tirosin merupakan gugus yang merespon uji ini.
Karenanya uji Millon ditujukan untuk tirosin yang terdapat pada protein.
4. Tes Nitroprusida
● Uji ini digunakan untuk mengidentifikasi sistein.
● Sistein merupakan asam amino satu-satunya yang memiliki gugus
sulfhydryl (-SH).
● Pereaksi yang digunakan adalah nitroprusida.
● Prinsipnya yaitu gugus sulfhydryl (-SH) bereaksi dengan
nitroprusside dengan adanya ammonia berlebih hingga didapatkan
hasil warna merah pekat.
● Uji dapat diaplikasikan pada sistein, sistin, dan methionine.
5. Sakaguchi
● Uji ini digunakan untuk mengidentifikasi gugus guanidin.
● Pereaksi yang digunakan ialah naftol dan natriumhipobromit.
● Pada dasarnya reaksi ini memberikan hasil positif apabila ada gugus guanidin. Reaksi akan
memberikan hasil positif dimana dihasilkan warna merah jika terdapat gugus guanidine pada
protein. Gugus ini dapat ditemukan pada arginin. 
● Tes ini dapat diaplikasikan pada arginin, glikosamin, dan metilgianidin.
6. Tes Ehrlich
● Digunakan untuk identifikasi amino aromatik dan senyawa organik
(indol dan urea).
● Pereaksinya berupa p-dimetilaminobenzaldehid (DMAB).
● Asam amino dicampurkan dengan perekasi ehrlich hingga terjadi
perubahan warna. Uji ini dapat diaplikasikan pada triptofan, urea, dan
glisin.
7. Pereaksi Ninhidrin
● Digunakan untuk mendeteksi asam amino yang memiliki
gugus amin primer (α) dan karboksil (COOH).
● Pereaksi yang digunakan berupan Nindhydrin dan
aseton.
Hasilnya berupa:
● Warna Biru-Ungu menunjukkan adanya gugus amin
primer (α) pada sampel. Gugus amin primer disebut juga
amino bebas. Contoh: asam amino glisin dan protein
dengan amin primer
● Warna Kuning-Oranye menunjukkan adanya gugus amin
sekunder (β) pada sampel. Gugus amin sekunder disebut
juga amino terikat. Contoh: Asam amino proline dan
Hidroksiproline
 Analisis Protein

1. Western Blotting
● Western Blotting (WB) merupakan suatu teknik untuk
menandai suatu protein pada membran nitroselulosa, nilon,
atau membran transfer lain setelah protein tersebut
terpisahkan berdasarkan berat molekulnya melalui metode
electrophoresis.
● Selanjutnya, protein trsebut dapat dideteksi dengan
pelabelan antibody yang terikat dengan protein.
● Tahapan-tahapan western blotting terdiri atas elektroforesis
(pemisahan protein yang diinginkan dari sampel),
elektrotransfer (pemindahan protein dari gel poliakrilamid
menuju gel transfer), dan deteksi pada protein yang telah
dipindahkan ke membrane transfer. 
2. Spektroskopi Massa
● Spektroskopi massa digunakan untuk
mengukur berat molekul polipeptida atau
menentukan struktur tambahan seperti
pengurutan asam amino dan jenis
modifikasi post-translasional.
● Spot protein dipotong dan dicerna dengan
protease tertentu (misalnya tripsin). Tripsin
mampu memecah protein menjadi peptide
dengan ukuran 700-1500 dalton (ideal
untuk spektroskopi massa).
● Selain itu tripsin mampu memecah protein
pada sisi karboksil dari sisa arginin dan
lisin, membuat peptida mudah terikat pada
spektroskopi massa
Analisis Struktur Protein
1. Spektroskopi CD (Circular Dichroism)

● Metode ini berfungsi untuk menentukan

karakteristik struktur sekunder dan struktur tersier
serta menunjukkan perbandingan konformasi dan
menentukan apakah interaksi protein-protein atau
protein-ligan mengubah konformasi protein.
● Metode ini mengukur perbedaan penyerapan
left-handed polarized light dan right-handed
polarized light.
● Prinsipnya adalah data dari panjang gelombang
digunakan untuk menentukan jenis asam amino.
● Panjang gelombang untuk Fenilalanin 270 nm,
tirosin 270-290 nm, triptofan 280-300 nm.
2. Spektroskopi NMR
● Pada dasarnya tidak semua protein dapat dikristalkan.
● Metode spektroskopi NMR ini digunakan untuk analisis protein dalam larutan tanpa kristalisasi.
● Metode ini mengukur perubahan kimia (energy level) pada inti atom dalam protein yang
bergantung pada atom disekitarnya dan juga jaraknya.
● Ketika ditempatkan dalam medan magnet, inti NMR aktif menyerap radiasi elektromagnetik pada
frekuensi karakteristik isotop. Frekuensi energi, resonansi penyerapan, dan intensitas sinyal yang
sebanding dengan kekuatan medan magnet.
● NMR mendeteksi pergeseran kimia inti atom karena pergerakan akibat adanya lingkungan
berarus listrik did ekatnya menentukan jarak antara pasangan tertentu atom berdasarkan shift.
● Metode ini terbatas untuk protein kecil dan sedang
3. Kristalografi Sinar X
● Metode yang digunakan untuk menentukan struktur atom dan molekul dari kristal, di mana atom
kristal menyebarkan berkas sinar-X.
● Mengukur sudut dan intensitas dari kristal terdifraksi, crystallographer bisa menghasilkan gambar
tiga dimensi dari kepadatan elektron dalam kristal.
● Dari kerapatan elektron, posisi rata-rata atom dalam kristal dapat ditentukan, serta ikatan kimia
mereka, gangguan dan berbagai informasi lain.
● Metode ini akan diujikan untuk menganalisis sampel protein yang jauh lebih kompleks, misalnya
protein membran yang sangat penting pada fungsi sel hingga protein-protein fungsional yang
terlibat pada proses fotosintesis.
 Analisis Mr Protein

1. Elektroforesis (SDS-Page)
● SDS (sodium dodecyl sulfate) adalah detergen atau sabun
yang dapat melarutkan molekul hidrofobik dan memiliki
muatan negatif (sulfat).
● Jika sebuah sel diinkubasi dengan SDS, membran akan larut
dan semua protein akan larut oleh detergen. Selain itu, protein
akan diselubungi muatan negatif. Hasil perlakuan SDS yaitu:
○ semua protein hanya akan memiliki struktur primer.
○ semua protein memiliki muatan negatif, bisa bermigrasi
bila diletakkan pada medan listrik.
● PAGE (Polyacrylamide Gel Electrophoresis) adalah proses yang
menggunakan medan listrik untuk mengidentifikasi protein
berdasarkan berat molekul dan laju perpindahannya.
● Polyacrylamide gel adalah lingkungan berupa gel yang dapat
melewatkan protein dengan bentuk dan laju yang berbeda.
Polyacrylamide gel bukan padatan dan strukturnya berupa
saluran berbentuk labirin
2. Spektroskopi Massa
● Spektroskopi massa digunakan untuk
mengukur berat molekul polipeptida atau
menentukan struktur tambahan seperti
pengurutan asam amino dan jenis
modifikasi post-translasional.
● Spot protein dipotong dan dicerna dengan
protease tertentu (misalnya tripsin). Tripsin
mampu memecah protein menjadi peptide
dengan ukuran 700-1500 dalton (ideal
untuk spektroskopi massa).
● Selain itu tripsin mampu memecah protein
pada sisi karboksil dari sisa arginin dan
lisin, membuat peptida mudah terikat pada
spektroskopi massa
Analisis Kuantitatif
1. Titrasi Asam Amino

A. Metode Kjedahl
● Metode ini digunakan untuk
menentukan kadar protein kasar
karena terikat senyawa bukan protein.
● Prinsipnya yaitu jumlah protein yang
terdapat pada suatu sampel dapat
dihitung dari konsentrasi nitrogen.
● Protein dalam sampel tersebut dapat
didestruksi dengan menggunakan
asam sulfat dan katalis. 
● Faktor konvesi perhitungan berupa: 
B. Metode Titrasi Formol
● Titrasi formol digunakan untuk menunjukkan kadar N-amino, selain itu juga dapat digunakan
untuk mengukur hidrolisis protein (Herawati, 2011).
● Prinsipnya adalah apabila suatu larutan protein dinetralkan dengan basa (NaOH) lalu
ditambahkan formalin, maka akan terbentuk dimethilol. Dengan terbentuknya dimethilol
berarti gugus aminonya telah terikat dan tidak akan mempengaruhi reaksi antara asam dan
basa NaOH sehingga akhir titrasi dapat diakhiri dengan tepat.
● Indikator yang digunakan pada metode titrasi ini adalah indicator PP.
● Namun begitu, titrasi formol hanya tepat untuk penentuan pemecahan protein dan kurang
tepat untuk penentuan protein
2. Pewarnaan Spektroskopi UV-Vis
A. Metode Biuret
● Metode Biuret digunakan pada deteksi protein
bicinchonicnic acid (BCA).
● Akan menghasilkan warna ungu ketika ion tembaga (Cu2+)
berinteraksi dengan reagen biuret.
● Prinsip penetapan kadar protein diukur berdasarkan
serapan cahaya kompleks berwarna ungu dari protein
yang bereaksi dengan pereaksi biuret. Semakin tinggi
intensitas cahaya yang diserap oleh alat maka semakin
tinggi pula kadar protein yang terdapat di dalam sampel. 
● Prosedurnya dengan mencampurkan reagen dengan
larutan protein dan biarkan selama 15-30 menit sebelum
terbaca adorbansi pada 540 nm.
● Keuntungannya yaitu tidak ada interferensi materi yang
menyerap panjang gelombang rendah. Kerugiannya
kurang sensitif untuk deteksi jenis protein
B. Metode Lowry
● Metode Lowry akan menghasilkan warna biru
dari reaksi antara kombinasi reagen biuret dan
folin ciocalteau phenol dengan residu tirosin dan
triptofan.
● Warna biru yang dihasilkan dapat dibaca pada
panjang gelombang 500 nm dan 750 nm.
● Puncak rendah 500 nm digunakan untuk
menentukan protein berkonsentrasi tinggi dan
puncak tinggi 750 nm digunakan untuk
menentukan protein berkosnetrasi rendah.
● Metode ini lebih sensitif untuk pengukuran
protein konsentrasi rendah dibanding metode
biuret.
 
C. Metode Bradford (Dye-Binding)
● Metode Bradford adalah suatu uji untuk mengukur konsentrasi atau kadar
protein total dengan metode kolorimetri dalam suatu larutan 
● Prinsip pengukuran kadar protein menggunakan metode Bradford adalah
pengikatan pewarna Commassie Brilliant Blue G-250 yang terdapat dalam
pereaksi Bradford dengan protein yang mengandung residu asam amino
dengan rantai samping aromatik (Tirosin, Triptofan dan Fenilalanin) atau
bersifat basa (Arginin, Histidin, dan Leusin) membentuk komplek berwarna biru
yang dapat diukur absorbansinya 
● Reagen dari 465 nm (merah) menjadi 595 nm (biru) pada larutan asam.
● Reagen ditambahkan pada sampel dan absorbansi diukur pada 595 nm.
● Semakin besar konsentrasi protein, semakin pekat warna biru yang dihasilkan.
● Keuntungan : pereaksi yang digunakan sangat sederhana dan mudah
disiapkan serta memiliki nilai akurasi dan presisi data yang cukup tinggi
sehingga dapat menjamin keakuratan data sampel. 
SINTESIS PROTEIN
Pengertian
Sintesis protein merupakan proses pembentukan protein dari monomer peptida
yang diatur susunannya oleh kode genetik. Syarat-syarat agar terjadi sintesis
protein adalah pertama, harus ada 20 asam amino yang ada di sitoplasma,
dimana asam amino merupakan bahan baku dari sintesis protein. Kedua, harus
ada DNA yang merupakan perancang dari sintesis protein. Ketiga, adanya
pelaksana sintesis protein yaitu m-RNA, r-RNA, t-RNA. Sumber energi untuk
melakukan sintesis protein adalah ATP, dan enzim yang bertindak dalam sintesis
protein adalah enzim RNA polymerase.
Tahap Sintesis Protein

1. Transkripsi

2. Pre-Translasi

3. Translasi

4. Post-Translasi
Transkripsi
o Proses penyalinan kode-kode genetik yang terdapat pada urutan DNA
menjadi molekul mRNA.
o DNA = Template/cetakan
o mRNA = pembawa kode genetik atau kodon-kodon
o Terjadi di nucleus
o Terdiri atas 3 tahap: Inisiasi, Elongasi, Terminasi
Transkripsi: Inisiasi
oMelibatkan enzim RNA Polimerase
oAda promoter site = rangkaian
nukleotida yang dikenali oleh enzim
RNA Polimerase
oAda faktor inisiasi transkripsi berupa
protein pada kompleks DNA
Enzim RNA polymerase akan melekat
pada promotor, membuka untaian DNA,
dan mentranskrip cetakan.
Tahap inisiasi
Transkripsi: Elongasi
oRNA polymerase terus bergerak
membuka pilinan double helix DNA
oRNA polymerase menambahkan
nukleotida ke ujung 3’RNA dan mulai
menyusunnya hingga semua susunan
DNA tercetak pada mRNA
omRNA lepas dari cetakan DNA nya
oDNA kembali ke bentuk double helix
Tahap elongasi
Transkripsi: Terminasi
oTranskripsi terus berlanjut hingga RNA
polymerase mentranskrip urutan DNA
yang disebut terminator
oTerminator berupa poliadenilasi
(AAUAAA) memberi signal terminasi
oRNA polymerase berhenti dan
memotong bagian tersebut dan
terbentuk pre-mRNA.
Tahap terminasi
Perbedaan Transkripsi Prokariotik dan Eukariotik
Prokariotik Eukariotik
Terjadi di sitoplasma Terjadi di nukleus

Sifat ekspresi gennya polisistronik = dalam 1 Sifat ekspresi gennya monosistronik = 1 transkrip
transkrip terdapat > 1 rangkaian kodon polipeptida hanya mengkode 1 produk polipeptida

1 promoter mengendalikan seluruh gen struktural Spesifik, 1 promoter untuk 1 gen tertentu

Proses Inisiasi melibatkan sigma factor = protein Proses inisiasi melibatkan faktor inisiasi transkripsi
spesifik dalam inisiasi transkripsi prokariot berupa protein

Ada rho factor = protein yang terlibat dalam proses Terminasi bergantung signal dari terminator
terminasi, berikatan dengan terminator. (urutan nukleotida tertentu)
Pre-Translasi
a.RNA SPLICING
•Intron = daerah yang tidak mengkode protein
•Exon = daeraha yang mengkode protein
•Splicing à menghilangkan intron dari mRNA
•Dibantu oleh RNAsn (small nuclear) dan protein tertentu
•RNAsn dan protein membentuk spliceosome
•Spliceosome mengikat ujung 5’ dan 3’ intron, membentuk lengkungan
dan memotong intron
•Terbentuk mature mRNA
Pre-Translasi
b. RNA EDITING
•Pengubahan urutan nukleotida dalam RNA
•Dapat terjadi melalui insersi, delesi, ataupun substitusi basa
•Editing pada sekuen mRNA à mengubah hasil sintesis
protein dan fungsinya
•Contoh: Apolipoprotein B gene
Pre-Translasi
c. POLIADENILASI

•Proses penambahan “ekor” ke mRNA terdiri dari

serangkaian basa adenin pada ujung 3’
•Mengkode protein tertentu
•Dalam rekayasa genetik à meningkatkan stabilitas mRNA,
meningkatkan efisiensi translasi, melindungi mRNA dari
enzim tertentu yang dapat memecahnya
Pre-Translasi

Splicing Editing Poliadenilasi

Translasi
o Proses penerjemahan kodon menjadi asam amino dan
menyambungkannya menjadi rantai polipeptida
o Terjadi di ribosom
o Terdiri atas 3 tahap: Inisiasi, Elongasi, Terminasi
Translasi: Inisiasi
omRNA matang keluar ke sitoplasma dan
menuju ribosom
oSubunit kecil ribosom akan mengikatkan diri
ke mRNA dan tRNA inisiator
otRNA membawa antikodon dari kodon UAC
yaitu AUG (metionin) yang berperan sebagai
kodon start
oSubunit ribosom besar datang melengkapi
kompleks inisiasi
otRNA inisiator menempati site P
Tahap inisiasi
Translasi: Elongasi
oMelibatkan enzim RNA Polimerase
otRNA akan membawa asam amino selanjutnya dan mengikat kodon pada site A
oKodon mRNA dan antikodon tRNA yang membawa asam amino membentuk
ikatan hydrogen
orRNA dalam subunit ribosom besar mengkatalisis pembentukan ikatan peptida
antara asam amino baru dengan ujung karboksil rantai peptida
oRantai berpindah ke site A
otRNA di site P akan mengalami translokasi ke site E dan bergerak keluar
nantinya bersama mRNA
otRNA di site A akan bergeser ke tengah/site P
Translasi: Elongasi
Translasi: Terminasi
oKodon stop hanya memberi signal
terminasi bukan mengkode asam amino
oPolipeptida siap masuk ke
post-translasi

Tahap terminasi
Perbedaan Translasi Prokariotik dan Eukariotik
Prokariotik Eukariotik

Transkripsi dan translasi terjadi secara Translasi dimulai setelah transkripsi

langsung (hampir bersamaan) di selesai sempurna
sitoplasma

Tidak terjadi tahap pre-translasi Terjadi tahap pre-translasi/modifikasi

mRNA

Translasi terjadi lebih cepat mencapai Translasi relatif lebih lambat yaitu 1
20 asam amino/detik asam amino/detik

mRNA kurang stabil mRNA lebih stabil

Post-Translasi
a. PROTEIN FOLDING
•Struktur tersier = bentuk 3D dari
interaksi antar asam amino (side-chain
reactions) atau gugus pada struktur
sekunder.
•Terjadi protein folding melalui ikatan
peptide atau disulfide
•Sifatnya kompleks dan butuh
pengkodean protein tertentu
•Misfolding protein à muncul penyakit
tertentu seperti Alzheimer atau kanker
Post-Translasi
b. PROTEOLYTIC CLEAVAGE
•Proses pembelahan ikatan peptida oleh
enzim protease/peptidase
•Membuang beberapa segmen dari ujung
polipeptida, membentuk suatu fragmen
protein aktif yang lebih pendek
•Tujuan à mengekspose sisi aktif protein
•Contoh : enzim enteropeptidase
melakukan pembelahan proteolitik pada
trypsinogen (inaktif) menjadi tripsin (aktif)
Post-Translasi
c. CHEMICAL MODIFICATION
•Mereaksikan senyawa tertentu dengan asam amino yang reaktif pada
protein
•Hasilnya digunakan untuk menstabilkan ikatan, merubah karakteristik
fisik atau kimiawi protein
•Biasanya dilakukan dalam rekayasa protein
•Dilakukan dalam dunia farmasi, industri, pengolahan pangan, dll
•Contoh: Enzim pendegradasi pati direaksikan dengan anhidrida asam
dan polietilen glikol à enzim 10x lebih stabil
•
Post-Translasi
d. INTEIN SPLICING
•Intein = protein intron
•Extein = protein exon
•Intein harus dibuang/dipotong
(splicing) oleh protein tertentu dan
kemudian disambung (extains)
menjadi protein aktif
APLIKASI PROTEIN
Bidang Pangan
Roti
Enzim lipase
● Dapat menghidrolisis triasilgliserol menjadi asam lemak
dan gliserol.
● Digunakan untuk menghasilkan coklat tiruan, serta
glukosa oksidase untuk mencegah reaksi pencoklatan
pada produk tepung telur dan lain-lain.
● Digunakan sebagai pengganti dari emulsifier dan
diketahui dapat memperbaiki rheologi adonan roti
sehingga tekstur pada produk roti yang dihasilkan
menjadi lebih lembut.
● Sumber enzim lipase didapatkan dari bakteri (S. aureus),
kapang (Aspergillus niger, Rhizopus arrhizus), tanaman
yang menghasilkan trigliserida (kacang-kacangan).
 Susu
Pada susu, kandungan kasein mencapai 80% dan
20% lainnya adalah whey protein. Terdapat tiga
jenis kasein, yaitu 50% alpha-kasein, 33% betha
kasein, dan 15% kappa kasein. Protein dalam susu
dapat dinyatakan dalam Protein Efficiency Ratio
(PER). Rata-rata PER dalam susu bernilai 3,1 lebih
tinggi dibanding dengan protein dalam gandum,
kedelai maupun daging sapi. Kasein berfungsi
dalam penjagaan kandungan mineral dalam
keadaan terlarut dan sebagai pertahanan dari
bakteri ataupun virus.
Whey Protein
Terdapat dua jenis protein dalam protein serum
(whey protein), yaitu protein globulin dan 68%
albumin. Whey protein terbentuk melalui pemisahan
protein kasein dari krim dengan agen pengfilter
sehingga lemaknya naik ke atas.Protein serum
mengandung laktoforin yang memiliki fungsi
sebagai pengikat zat besi. Protein serum merupakan
kelompok protein kompleks dan terdapat dalam
kolostrum dan berfungsi untuk meningkatkan
imunitas tubuh.
Keju

Keju dibuat dengan cara koagulasi (penggumpalan) kasein susu membentuk dadih atau curd.. Pada proses
pembentukan keju akan terbentuk dua golongan protein, yaitu protein menggumpal disebut curd yang
akan menjadi keju melalui proses pembuatan selanjutnya dan protein terlarut yang disebut whey
● Curd
Curd adalah gumpalan yang terbentuk oleh aktivitas koagulan, yaitu campuran enzim yang
mempunyai aktivitas proteolitik.
● Whey
Whey merupakan protein yang tidak mengalami presipitasi karena asam, dan mencerminkan
sekitar 20% dari total kandungan protein (Murti, 2002). Whey merupakan hasil samping (by
product) dari pembuatan keju.
PST
Protein sel tunggal adalah bahan makanan berkadar protein tinggi yang berasal dari mikroba.
Contoh mikroorganisme yang dapat digunakan untuk PST adalah algae atau bakteri, antara lain alga
Chlorella, Spirulina, dan Scenedesmus, Candida utylis, Fusarium gramineaum.
Dalam memproduksi PST, mikroorganisme harus memiliki sifat :
● non-patogen (tidak menyebabkan penyakit baik pada tanaman, hewan maupun manusia.
● memiliki nilai gizi yang baik, dapat digunakan sebagai bahan pangan maupun pangan serta tidak
mengandung bahan beracun.
● memiliki biaya produk yang dibutuhkannya rendah agar produktif dan efisien.
Kelebihan dari produk PST:
● proses produksi dapat menggunakan media atau substrat yang bervariasi.
● tidak bergantung pada iklim ataupun musim.
● Kandungan protein dalam PST juga lebih unggul/tinggi

spirulina
Bidang Industri

Tekstil Serat sutera

Serat tekstil yang digunakan dalam produksi tekstil berasal dari bahan alami ataupun bahan
sintetik. Bahan alami yang digunakan dalam industri tekstil diantaranya berasal dari serat protein. Serat
protein dapat berbentuk stapel atau filamen. Serat protein yang berbentuk stapel berasal dari rambut
hewan, seperti berupa domba, kelinci, mohair dan lain-lain. Sedangkan serat protein berbentuk filamen
berasal dari jenis serangga Lepidoptera. Wol dan sutera berasal dari serat protein. Serat dari protein
lebih mudah dipengaruhi bahan-bahan kimia daripada serat selulosa.
 Kertas

Industri kertas menggunakan bahan baku pulp. Bahan baku pembuatan pulp berasal dari tumbuhan
masih mengandung lignin dan hemiselulosa, sehingga diperlukan tahapan untuk menghilangkan lignin
menggunakan bahan biologis yaitu biokatalisator berupa enzim xilanase. Penggunaan xilanase dan pada
proses pemutihan kertas membantu pengurangan jumlah kappa dan meningkatkan derajat putih kertas.
Cara kerja enzim xilanase, yaitu memotong ikatan tertentu pada xilan. Xilan merupakan penyusun utama
pada hemiselulosa sehingga dengan menghidrolisis xilan maka lignin dapat terlepas dari selulosa yang
berikatan melalui hemiselulosa.
Molekul enzim protease

Deterjen
Deterjen memiliki kemampuan yang untuk mengangkat kotoran, baik yang larut dalam air maupun
yang tidak larut dalam air. Hal ini disebabkan molekul surfaktan (surface active agent) berfungsi
menurunkan tegangan permukaan air sehingga dapat melepaskan kotoran yang menempel pada
permukaan bahan.
Enzim protease (jenis alkali protease) merupakan salah satu turunan dari enzim serin. Enzim ini
ditemukan aktif pada pH antara 8-13 dan banyak yang termasuk ke dalam golongan protese serin subtisilin
dan paling banyak diproduksi dari jenis bakteri, jamur, serangga. Enzim protease berperan sebagai
katalisator hayati dimanfaatkan dalam industri detergen karena sifatnya yang efisien, selektif, predictable,
serta mengkatalis reaksi tanpa produk samping. Penggunaan bahan yang berupa hasil ekstraksi enzim
akan mudah mengalami biodegradable dan kemampuan dalam meningkatkan efektivitas daya pembersih
deterjen akan mengurangi juga bahan kimia yang biasanya digunakan pada deterjen seperti Na2CO3.
Bidang Kosmetik

Masker
Kolagen adalah salah satu protein yang menyusun tubuh manusia kurang lebih mencapai 30% dari
seluruh protein yang terdapat di tubuh. merupakan struktur organik pembangun tulang, gigi, sendi, otot,
dan kulit. Serat kolagen memiliki daya tahan yang kuat terhadap tekanan. Kata kolagen sendiri berasal dari
bahasa Yunani yang artinya (bersifat lekat atau menghasilkan pelekat). Kolagen merupakan unsur yang
sangat penting pada kulit. Kolagen bisa membuat kulit menjadi kencang, lembut dan awet muda. Semakin
bertambah usia kita, semakin berkurang kolagen, dan tubuh sudah tidak mampu lagi memproduksi kolagen
yang dibutuhkan. Kolagen memberikan efek melembabkan kulit, menjaga kelenturan serta mencegah
keriput pada kulit.
Bidang Peternakan
Pakan Ternak
Enzim pemecah serat
Keterbatasan utama dari pencernaan hewan monogastrik adalah bahwa hewan-hewan tersebut tidak
memproduksi enzim untuk mencerna serat. Untuk memecah serat, enzim-enzim xylanase dan ß-glucanase
dapat menurunkan tingkat variasi nilai nutrisi pada ransum dan dapat memberikan perbaikan dari pakan
ternak sekaligus konsistensi responnya pada hewan ternak. Xylanase dihasilkan oleh mikroorganisme baik
bakteri maupun jamur.
Enzim pemecah protein
Berbagai bahan mentah yang digunakan sebagai bahan pakan ternak mengandung protein.
Penambahan protease dapat membantu menetralkan pengaruh negatif dari faktor anti-nutrisi berprotein
dan juga dapat memecah simpanan protein yang besar menjadi molekul yang kecil dan dapat diserap.
Enzim Pemecah Phospor
Phospor merupakan unsur esensial untuk semua hewan, karena diperlukan untuk mineralisasi tulang,
imunitas, fertilitas dan juga pertumbuhan. Swine dan Unggas hanya dapat mencerna Phospor dalam
bentuk asam pitat yang terdapat dalam sayur sekitar 30-40 %. Phospor yang tidak dapat dicerna akan
keluar bersama kotoran (feces) dan menimbulkan pencemaran.
Enzim Pytase
Enzim pytase dapat memecah asam pytat, maka penambahan enzim pytase pada pakan ternak akan
membebaskan lebih banyak phospor yang digunakan oleh hewan. Penggunaan enzime phytase dalam
pakan akan mengurangi keharusan penambahan sumber-sumber fosfor.Terdapat dua keuntungan
menggunakan phytase :
● pengurangan biaya pakan dari pengurangan suplemen pada makanan
● pengurangan polusi dari berkurangnya limbah melalui feces.
Bidang Kedokteran

Insulin
Insulin merupakan sebuah hormon polipeptida yang mengatur metabolisme karbohidrat dimana
insulin merupakan hormon yang berfungsi mengubah Glukosa (gula darah) menjadi Glikogen (gula otot).
Penderita Diabetes mellitus tidak bisa memproduksi insulin secara maksimal. Bahkan pada penderita
Diabetes mellitus tipe 1 bergantung pada insulin eksogen (disuntikkan ke bawah kulit atau subkutan).
Escherrichia coli (E. coli) penghuni saluran pencernaan manusia adalah ‘pabrik’ yang digunakan
dalam rekayasa genetika insulin. Bakteri bereproduksi, gen insulin direplikasi bersama dengan plasmid. E.
coli seketika memproduksi enzim yang dengan cepat mendegradasi protein asing seperti insulin. Untuk
membuat bakteri memproduksi insulin, gen insulin perlu terikat pada enzim ini.
Vaksin
Pada pembuatan vaksin, protein sangat berperan
dalam prosesnya. Tahapan pembuatan vaksin :
● persiapan benih virus.
● virus ditumbuhkan dalam media yang mengandung
protein misalnya protein yang berasal dari mamalia
(protein murni dari darah sapi) dibantu dengan
bantuan enzim ke medium, yaitu enzim tripsin. Enzim
tripsin adalah protein yang berfungsi sebagai katalis
dalam metabolisme dan pertumbuhan sel. Pada
proses ini, tripsin didapatkan dari pankreas sapi.
● virus dipisahkan dari mediumnya. Pemisahan ini
dapat dilakukan dengan cara filtrasi, sentrifugasi atau
teknik lain.
 Alat Diagnosa

Enzim sebagai petanda (marker) dari kerusakan suatu jaringan atau organ akibat penyakit tertentu
Contoh :
● Peningkatan aktivitas enzim renin menunjukkan adanya gangguan perfusi darah ke glomerulus ginjal,
sehingga renin akan menghasilkan angiotensin II dari suatu protein serum yang berfungsi untuk
menaikkan tekanan darah.
● Peningkatan jumlah tripsinogen I (salah satu lisozim dari tripsin) hingga empat ratus kali menunjukkan
adanya pankreasitis akut.
Enzim sebagai suatu reagensia diagnosis
Contoh penggunaan enzim sebagai reagen :
● Uricase yang berasal dari jamur Candida utilis dan bakteri Arthobacter globiformis untuk mengukur
asam urat.
● Pengukuran kolesterol dapat dilakukan dengan bantuan enzim kolesterol-oksidase yang dihasilkan
bakteri Pseudomonas fluorescens.
Enzim sebagai petanda pembantu dari reagensia
Dalam hal ini enzim berfungsi dalam memperlihatkan keberadaan reaksi antara antibodi dan antigen.
Contoh penggunaannya
● Pada teknik EMIT (Enzim Multiplied Immunochemistry Test), molekul kecil seperti obat atau hormon
ditandai oleh enzim tepat di situs katalitiknya, menyebabkan antibodi tidak dapat berikatan dengan
molekul (obat atau hormon) tersebut. Enzim yang lazim digunakan dalam teknik ini adalah lisozim,
malat dehidrogenase, dan gluksa-6-fosfat dehidrogenase.
Daftar Pustaka
Anonymous. Acids Protein, 2009, Available at:< http://homepage.smc.edu/wissmann_paul/anatomy
2textbook/AAcidsProteins.html> [Accessed 9 March 2019].
Anonymous. Enzim Xylanase, 2009, Available at: < http://insentif. ristek.go.id/PROSIDING/> [Accessed 9 March
2019].

Lodish H, Berk A, Zipursky SL, et al., 2008. Molecular Cell Biology. New York: W. H. Freeman.
Millikan, G. A., 1939. Muscle hemoglobin. Physiol. Rev. 19,503 -523.
Sunna, A. and G. Antarniklan. 1997. Xylanolytic enzyme from fungi and bacteria.Crit. Rev. in
Biotechnol. 17(1): 39-67.
Winarno F. G dan Ivone E. F. 2007. Susu dan Produk Fermentasinya. Bogor : E-Mbrio Press.

Yuwono, Triwibowo, 2007. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga.