BIOKIMIA (BI 2103)

PROTEIN
Pertemuan Ke-3
Fina Khaerunnisa Frima, S.Pd., M.Si
082115229220
fina.khaerunissa@ki.itera.ac.id
Materi Kuliah Biokimia

1. Protein: Struktur Tiga Dimensi & Karakterisasi

2. Protein Globular/Serat
3. Mekanisme Pelipatan Protein
4. Medical Protein: Myoglobin & Hemoglobin
• Mary K. Campbell and Shawn O.Farrell, Biochemistry, 7th Ed.
• David L. Nelson, Michael M. Cox, Lehninger’s Principles of
Biochemistry , 4th Ed.
• Hiram F. Gilbert, Basic Concepts in Biochemistry A Student's
Survival Guide , 2nd Ed.
• Anna Poedjiadi, F.M. Titin Supriyanti, Dasar-Dasar Biokimia, UIP
Kontrak Biokimia
Kami berjanji dalam…

 Batas telat masuk kuliah 15 menit

 Masuk >09.15 diperbolehkan masuk, tetapi dilarang untuk mengisi absensi
 Dilarang makan dan menggunakan handphone
 Tidak ada kelas pengganti untuk UTS1, UTS2, dan UP
 Menjaga suasana belajar kondusif dan nyaman
 Protein
Biomakromolekul,
melimpah, dan bervariasi
fungsinya
20 asam amino.
1 Polipeptida = 20! = 1018
(polipeptida kecil hanya 20
asam amino dengan BM 2600)
Golongan Protein Contoh
Enzim Ribonuklease, Tripsin
Protein Transport Hemoglobin, Lipoprotein, Mioglobin
Protein Nutrien & Gliadin (gandum), Ovalbumin (telur), Kasein
Penyimpanan (susu), Feritin
Protein Kontraktil atau
Aktin, Miosin, Tubulin, Dynein
Motil
Keratin, Fibroin, Kolagen, Elastin,
Protein Struktural
Proteoglikan
Protein Pertahanan Antibodi, Fibrianogen, Trombin, Bisa Ular
Insulin, Hormon Tumbuh, Represor, Aktivator,
Protein Pengatur
Kortikotropin
 Penggolongan Protein (Function Based)
• Enzim= paling bervariasi dan mempunyai aktivitas katalisa, terlibat dalam reaksi
kimia biomolekul di dalam sel. Terdapat lebih dari 2000 jenis enzim.

Ribonuklease= tipe Pepsin= tipe enzim Tripsin= tipe enzim

enzim nuklease untuk protease untuk hidrolisis protease untuk hidrolisis
degradasi RNA protein menjadi peptida pepton menjadi asam
dengan memutuskan amino dengan
memutuskan ikatan
ikatan peptida peptida
 Penggolongan Protein (Function Based)
• Protein Transport= berfungsi mengikat dan membawa molekul atau ion spesifik dari
satu organ ke organ lain.

Hemoglobin= protein transport Lipoprotein= protein transport

dalam sel darah berfungsi dalam dalam plasma darah berfungsi
membawa oksigen dari paru-paru ke dalam membawa lipid dari hati ke
seluruh tubuh organ lain
 Penggolongan Protein (Function Based)
• Protein Nutrien atau Penyimpanan= menyimpan molekul sesuatu yang digunakan
dalam pertumbuhan.

Ovalbumin= protein utama Feritin= protein intrasel

dalam putih telur penyimpan besi
 Penggolongan Protein (Function Based)
• Protein Kontraktil/Motil= memberikan kemampuan sel dan organisme untuk
berkontraksi, mengubah bentuk, atau bergerak.

Aktin-Miosin berperan dalam

kontraksi oto
 Penggolongan Protein (Function Based)
• Protein Struktural= berperan sebagai filamen untuk memberikan struktur biologi
kekuatan atau proteksi.

Kolagen= protein dalam tubuh penyusun Keratin= protein penyusun

tulang, gigi, sendi, otot, dan kulit rambut, kuku, bulu burung/ayam
 Penggolongan Protein (Function Based)
• Protein Pertahanan= berfungsi mempertahankan atau melindungi organisme.

Antibodi/Imunoglobulin= berperan Trombin= jenis serin protease

dalam menjaga sistem imun yang mengubah fibrinogen
dengan menetralkan patogen menjadi fibrin
 Penggolongan Protein (Function Based)
• Protein Lain= mempunyai fungsi khusus dan tidak dapat diklasfikasikan. Contoh:
monelin, resilin (protein dalam persendian sayap beberapa insekta bersifat elastis)

Monelin= protein dari tanaman di

Afrika yang memiliki rasa amat
manis
 Hirarki Struktur Protein

1o 2o 3o 4o
Topologi dari molekul yang Menggambarkan susunan
Struktur linier atau Struktur teratur pada menghubungkan posisi atom-atom atau ruang beberapa biopolimer
urutan residu yang beberapa bagian residu di ruang 3D. Untuk makromolekul (subunit) yang membentuk
tersambung secara makromolekul satu subunit, strutur tersier fungsionalnya struktur kompleks
kovalen
disebut juga native structure. fungsional.
Ikatan Peptida Protein

Struktur kimotripsin-protein
globular (warna abu-abu)
dibandingkan dengan glisin
(molekul biru)
 Overview Struktur Protein

• Setiap protein memiliki Serin protease adalah enzim yang

keunikan struktur 3D memotong ikatan peptida dalam
sesuai dengan fungsinya. protein, dimana serin berperan
sebagai nukleofil di pusat aktif.
• Konformasi Protein 
paling stabil secara
termodinamika yang
mempunyai konformasi
folding “Native Protein”
Faktor yang menjadi pembatas jumlah
konformasi
1. Faktor geometri rantai polipeptida
• panjang ikatan
• sudut ikatan
2. Faktor sterik yang disebabkan oleh interaksi non-kovalen dan menjadi penentu
energi konformasi
• Interaksi antar pasangan atom/grup atom
• Interaksi dipolar
• Potensial torsi intrinsik
3. Ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik dan interaksi ionik
Geometri Rantai Polipeptida

Resonansi pada ikatan peptida

Efek resonansi pada ikatan peptida
Struktur sekunder berada pada daerah zona gelap
diagram kontur sterik (Ramachandran Plot)

Struktur  
-heliks (putar kanan) 57o 47o
-heliks (putar kiri) +57o +47o
b-sheet (paralel) 119o +113o
b-sheet (anti-paralel) 139o +135o
Penentuan sudut  dan 
• Sudut dihedral  dibentuk oleh atom Ci, Ni+1, Ci+1, Ci+1.
• Sudut diheral  dibentuk oleh atom Ni+1, Ci+1, Ci+1, Ni+2.
• Konvensi: Rotasi searah jarum jam memberikan sudut dihedral positif,
bila berlawanan negatif.

Ci
Ni+1

Ci+1 Ni+2

i i+1 i+2
Sumber Energi Konformasi
STRUKTUR SEKUNDER
PROTEIN
 1. Alpha Heliks
• Struktur -heliks diusulkan pertama kali oleh
Linus Pauling dan Robert Corey tahun 1951
dengan karateristik:
1. Residues per turn: 3.6
2. Rise per residue: 1.5 Angstroms.
3. Rise per turn (pitch): 3.6 x 1.5Å = 5.4
Angstroms.
4. The backbone loop that is closed by any H-
bond in an alpha helix contains 13 atoms.
5.  = -60 degrees (-57o),  = -45 degrees (-
47o).
Ikatan hidrogen pada
-heliks
Pola ikatan hidrogen dalam berbagai tipe heliks
-Heliks dalam Protein
2. b-Sheet
• Struktur -heliks diusulkan pertama kali oleh
Linus Pauling dan Robert Corey tahun 1951
dengan karateristik:
1. Terdapat 2 konformasi β-sheet: parallel dan
anti-parallel
2. Repeat period konformasi parallel 6.5Å
3. Repeat period konformasi anti-parallel 7Å
4.  = -139o,  = +135o  anti-parallel β-sheet
5.  = -119o,  = +113o  parallel β-sheet
Antiparallel b-sheet
Antiparalel β-Sheet
Parallel b-sheet
β-sheet Parallel
3. Turn
Klasifikasi turn:
berdasarkan jarak residu ujung

Tipe Jumah Pasangan Ikatan

residu Hidrogen
-turn 5 CO(i)  NH(i+4)
b-turn 4 CO(i)  NH(i+3)
-turn 3 CO(i)  NH(i+2)
-turn 2 NH(i)  CO(i+1)
-turn
-turn 6 CO(i)  NH(i+5)
STRUKTUR TERSIER
PROTEIN
 Struktur Tersier Protein

• Protein Serabut  rantai • Protein Globular  rantai

polipeptida yang memanjang, polipeptida berlipat rapatrapat
tidak berlipat seperti globular, menjadi bentuk globular atau
mmolekul serabut panjang. bulat padat.
• Larut dalam air
• Tidak larut dalam air
• Contoh: protein transport,
• Contoh: α-keratin pada rambut, antibodi, protein penyimpan
fibroin pada sutera, dan kolagen. nutrien
 Contoh Protein Serabut: -Keratin

• Kaya akan asam amino yang membentuk α-heliks bersifat hidrofobik,terutama

sistein (memiliki banyak jembatan disulfida -S-S-)
• Urutannya terdiri dari segmen -heliks dengan panjang 311-314 residu dengan
ujung non-heliks pada N-dan C-terminal
• Urutan struktur primer, yaitu: segmen heliks terdiri dari 7 residu berulang dengan
pola (a-b-c-d-e-f-g)n, dimana a dan d adalah residu nonpolar
• Struktur seperti ini memudahkan penggabungan beberapa segmen -heliks
membentuk coiled coil.
• Asam amino yang sukar membentuk α-heliks: glutamate, lisin, dan prolin
Struktur -Keratin
Proses Keriting Rambut adalah
Proses Rekayasa Biokimia
 Contoh Protein Serabut: Kolagen – A Triple Helix

• Komponen utama dari jaringan otot, tulang, gigi, tulang rawan

• Unit dasar tropokolagen
• Basic unit is tropocollagen:
• Tiga rantai polipeptida (masing-masing 1000 residu) yang saling terjalin satu
sama lain.
• Setiap rantai heliks memiliki konformasi heliks putar kiri yang kemudian
bersatu membentuk triple koil putar kanan.
• BM = 285 kDa, panjang 300 nm, diameter 1.4 nm.
• Mengandung asam amino unik seperti hidroksiprolin dan hidroksilisin
 Collagen – A Triple Helix

Komposisi Kolagen
• Hampir tiap tiga residu ada Gly (35%).
• Kandungan alanin 11%
• Kandungan Pro tinggi
• Terdapat asam amino yang tidak biasa:
• 4-hydroxyproline
• 3-hydroxyproline
• 5-hydroxylysine
• Pro dan HyPro ada sekitar 30%.
 Contoh Protein Globular: Ribonuklease

• Protein globular lebih banyak dibanding

protein fiber
• Diversitas struktur protein globular
mencerminkan variasi fungsi dari protein
globular di dalam sel.
• Pada protein globular Heliks dan sheets
membangun inti (core)
• Residu2 polar mengahadap ke luar dan
berinteraksi dengan pelarut.
The structure of ribonuclease, showing
• Residu2 hidrofobik menghadap bagian
elements of helix, sheet and random coil.
interior dan berinteraksi satu sama lain
 Protein Core versus Protein Surface

• Urutan asam amino dari rantai alpha-heliks dan beta-sheet yang membangun
bagian inti (core) umumnya lestari.
• Bagian permukaan protein memiliki beberapa perbedaan dari bagian inti.
1. Banyak bagian permukaan terdiri dari loop dan turn yang menjadi penghubung
antar rantai struktur sekunder yang membangun struktur inti.
2. Bagian permukaan memiliki landskap yang kompleks yang dibangun oleh residu
yang berbeda dengan bagian inti.
3. Residu pada permukaan dapat berinteraksi dengan molekul-molekul kecil atau
dengan protein atau asam nukleat.
4. Bagian permukaan bagian yang harus dapat mengakomodasi interaksi dengan
substrat, ligan, dll.
STRUKTUR KUARTENER
PROTEIN
Domain Protein

• Protein yang terdiri < 250 residu umumnya memiliki struktur sederhana yang
kompak.
• Protein besar (> 250 residu) biasanya terbangun dari unit-unit globular yang lebih
kecil disebut domain.
 How Do Protein Subunits Interact at the Quaternary Level
of Structure?

The quaternary structure of liver alcohol dehydrogenase

How Do Protein Subunits Interact at the Quaternary
Level of Structure?
Virus
NATIVE PROTEIN: MEKANISME
FOLDING PROTEIN
Anfinsen Dogma

Anfinsen dogma (1961):

Three dimensional structure of a
native state protein is uniquely
determined by its amino acid sequence.

implies

The lowest free energy state

 Conformation Analysis Reaction
Coordinate
x
E
0

-0.5 kJ 0.33

Kinetic 0.66
traps

1
Animasi proses folding
Kontribusi Molekul Air dalam Proses Folding Protein: Entropi Air

Rantai samping Rantai samping

Hidrofob terekspos Hidrofob terelindung

N
Folding
H
S(protein) < 0
S(air) > 0
O

D-state: N-state:
• S(protein) tinggi • S(protein) rendah
• S(air) rendah: • S(air) tinggi:
– Membentuk klatrat – Struktur klatrat pecah
disekitar rantai samping dan air dibebaskan
hidrofob – Hanya sedikit backbone
– Membentuk ikatan protein terekspos 
hidrogen dg backbone ikatan hidrogen lebih
protein sedikit
Efek yang Ditimbulkan dari
Kegagalan Folding Protein
Penyakit sapi gila adalah misfolding
prion yang menyebabkan agregasi
Human Prion
disease
• Creutzfeldt-Jakob Disease
(CJD) is the most common of
the human prion diseases.
• There are three types of CJD:
1. sporadic, also called spontaneous, for which the cause is not known;
2. familial, also called genetic or inherited, which is due to a defect in the prion
protein gene;
3. acquired, which is transmitted by infection due to exposure to the infectious
prion from contaminated meat, or from transplant of contaminated tissues or
use of contaminated instruments during surgical procedures.
Alzheimer’s Disease
HEMOGLOBIN

59
 Contoh Protein Globular: Mioglobin

• Penemuan hasil John Kendrew tahun

1950 melalui sinar-X
• Protein mengikat dan menyimpan
oksigen, dan menggunakan oksigen
untuk oksidasi nutrient sel.
• Ditemukan pada sel otot dengan BM=
16.700 Da.
• Terdiri dari 153 residu asam amino dan 1
gugus heme.
 Protein Oligomer: Hemoglobin

• Mengandung 4 rantai polipeptida dengan 4 gugus heme.

• Ditemukan pada sel darah merah dengan BM= 64.500 Da.
• Berfungsi mengikat dan membawa oksigen dari paru-
paru ke jaringan, dan membawa hasil akhir respirasi,
yakni H+ dan CO2 dari jaringan ke paru-paru.
• Hemoglobin merupakan tetramer dari dua subunit
(2b2), sehingga kooperatifitas antar subunit dalam
mengikat oksigen dapat terjadi.
• Terdiri dari dua rantai α (@ 141 residu) dan dua rantai β
(@ 146 residu).
• Setiap subunit Hb mirip dengan Mb.
 Anemia Sel Sabit Merupakan
Penyakit Molekular Hemoglobin

• Adanya haemoglobin S (sel sabit) merupakan bentuk

abnormal dari haemoglobin normal dewasa (A)
• Hemoglobin S amat rapuh dan mudah pecah, hemoglobin
berkurang kapiler dalam darah tersumbat, dan
menyebablan kematian.
• Mutasi asam amino pada rantai β hemoglobin, glutamat
pada posisi asam amino ke-6 di hemoglobin A termutasi
menjadi valin pada hemoglobin S.
• Titik mutasi merupakan titik kritis di struktur kuartener
hemoglobin A sebagai kontak permukaan haemoglobin.
• Hemoglobin S rentan terhadap malaria.
Struktur Myoglobin
• Terdapat 8 segmen α-heliks yang
ditandai dengan silinder (A, B, C, D, E, F,
G, H) yang dihubungkan dengan bend
pada AB, CD, EF, FG, dan GH.
• Gugus heme yang merupakan ion Fe
terikat pada 4 atom nitrogen pada cincin
profirin, terikat dengan 2 residu histidin
pada α-heliks E dan F, berfungsi dalam
mengikat oksigen.
• Fe memiliki 6 ikatan, 4 ikatan dengan
cincin forfirin, 1 ikatan dengan histidin
proksimal dan 1 ikatan dengan O2.
Struktur Mioglobin Mengikat O2
Histidin Distal

Mioglobin dan Hemoglobin

memiliki afinitas yang tinggi
untuk pengikatan CO
dibanding O2

Histidin Proksimal
Homologi Urutan Asam Amino Hb dan Mb

• Terdapat 27
asam amino
yang sama
antara
myoglobin dan
hemoglobin
walaupun
memiiki struktur
pelipatan yng
sama
Interaksi Antar Subunit Hb
 Antarmuka 1b1 dan 2b2
direkatkan oleh interaksi 30
residu asam amino.
 Interaksi ini cukup kuat, sehingga
ketika Urea ditambahakan pada
larutan Hb tetramer cenderung
terpisah menjadi dimer => 1b1+
2b2 .
 Sementara antarmuka 1b2 (dan
2b1) hanya distabilkan oleh
interaksi 19 asam amino.
 Interaksi Hydrophobic
mendominasi interaksi
antarmuka, ditambah ikatan H
dan pasangan ion (salt bridges).

66
 Hemoglobin Mengikat O2 secara Kooperatif

• Hb harus dapat mengikat O2 dengan efektif di paru-paru (pO2= 13.3 kPa), and harus
dapat melepas O2 dalam jaringan (pO2= 4 kPa).
• Hb menyelesaikan masalah di atas dengan melakukan transisi konfromasi dari bentuk
afinitas rendah ( Bentuk T) ke bentuk afinitas tinggi ( bentuk R ) saat lebih banyak O2
yang terikat,
• Hb memiliki kurva pengikatan dengan bentuk S atau sigmoid.
• Protein Allosterik: Pengikatan ligan pada satu sisi pengikatan akan mempengaruhi
afinitas sisi pengikatan lainnya pada protein yang sama.
• Modulators: inhibitor atau aktifator baik homotropik maupun heterotropik.

67
Konformasi R dan T dari Hemoglobin
• Ketika Hb tidak mengikat oksigen (deoksihemoglobin), protein ini
memiliki konformasi T = Tense state
• Ketika Hb mengikat oksigen (oksihemoglobin), pengikatan O2 mendorong
transisi konformasi dari T ke R (Relaxed state).
• Konformasi R memiliki afinitas lebih tinggi pada pengikatan O2.

68
T-state R-state
Interaksi Antar Subunit pada Konformasi T

69
 Perubahan konformasi ditriger pengikatan O2

• Pergeseran posisi heliks F ketika

heme mengikat O2 adalah salah
satu pemicu transisi dari T ke R.

• Pada bentuk T, cincin porphirin His F8

sedikit bengkok karena lebih Helix F
condong ke arah proximal His
(His F8); Pengikatan O2
menyebabkan heme menjadi
lebih planar. Hal ini
mengakibatkan pergeseran
proximal His dan helix F.
Kurva Pengikatan Mb dan Hb terhadap O2
• High affinity state= adalah kurva hiperbola
pengikatan O2 oleh myoglobin.
• Transition low to high affinity state= adalah
kurva sigmoid pengikatan O2 oleh haemoglobin
dengan tipe interaksi positive cooperative pada
enzim allosteric. Mengikat O2 pada saat
konsentrasi O2 tinggi di paru-paru dan
melepaskan O2 pada konsentrasi O2 rendah di
jaringan
• Low affinity state= adalah kurva tipe interaksi
negative cooperative pada enzim allosterik
Efek Bohr
• Darah di paru-paru memiliki pH lebih tinggi
dibanding pH di darah di kapiler jaringan
metabolik
• Afinitas terhadap oksigen bergantung pada pH
• Oksigen terikat dengan baik pada pH lebih tinggi

• Oksigen dilepaskan pada pH rendah

• Beda pH antara paru-paru dan jaringan

metabolik meningkatakan efisiensi transfer O2
• Fenomena ini dikenal sebagai Bohr effect
 Hemoglobin dan Ekspor CO2
• CO2 yang dihasilkan dari metabolisme dalam jaringan harus dikeluarkan

• Sebagian CO2 dikeluarkan sebagai ion bikarbonat (HCO3–) dalam darah

• Sebagian CO2 lainnya diekspor keluar dalam bentuk karbamat pada residu N-terminal dari
setiap rantai polipeptida.

• Pembentukan ion karbamat menghasilkan proton yang dapat terikat pada hemoglobin
sehingga dapat mempromosikan pelepasan O2.

73
Efek pengikatan gas CO

74
75