PROTEIN &

ASAM
NUKLEAT
SAFIRA CHAIRANI DIMARTI, S.SI.,
M.BIOMED.
 PROTEIN
• Salah satu makromolekul utama pada
makhluk hidup.
• Berupa rantai panjang polipeptida yang
tersusun atas monomer asam amino.
• Memiliki atom C, H, O, N, S, dan P pada
rantainya.
• Berat molekul (BM): 6.000-2.500.000
kDa.
• Memiliki struktur dan fungsi beragam,
tergantung sifat asam amino
penyusunnya.
• Sangat sensitif terhadap perubahan
temperatur dan pH → dapat mengalami
kerusakan struktur.
• Bisa bereaksi dengan asam & basa.
• Dapat berasal dari sumber hewani dan
nabati.
• Memiliki fungsi esensial dalam tubuh.

2/26/2023 BIOKIMIA 2
 KLASIFIKASI PROTEIN

Simple protein (holoprotein): tersusun atas asam amino; globular: larut air; fibrous: tidak larut air.
Conjugated protein: asam amino + gugus prostetik (logam/senyawa lain).
Derived protein: berasal dari hidrolisis. Primary: hasil hidrolisis ringan, secondary: hasil hidrolisis berat.

BIOKIMIA 2/26/2023 4
 STRUKTUR PROTEIN

•Satu rantai polipeptida (protein) terdiri atas berbagai jenis asam amino yang dihubungkan dengan ikatan peptida.
•Penggabungan dua asam amino melibatkan reaksi dehidrasi.
•Ikatan peptida dapat dipecah dengan reaksi hidrolisis → agen asam, alkali, atau enzim.
•Sifat protein ditentukan oleh gugus rantai samping dari asam amino penyusunnya.
•Fungsi protein ditentukan oleh strukturnya → struktur & fungsi bersifat spesifik.
•Proses pembentukan struktur dasar hingga kompleks protein (sintesis protein) terjadi di dalam sel.

BIOKIMIA 2/26/2023 5
STRUKTUR PROTEIN

BIOKIMIA 2/26/2023 6
 • Beda struktur, maka fungsi dari masing-
masing protein akan berbeda.
• Struktur protein harus terjaga sesuai aslinya
tanpa kerusakan supaya fungsi protein tidak
berubah.

BIOKIMIA 2/26/2023 7
STRUKTUR
ASAM AMINO
•Asam amino memiliki tiga komponen pada
strukturnya: gugus amino (-NH2); gugus
karboksil (-COOH); dan rantai samping (R).
•Terdapat 20 jenis asam amino yang ada di
alam; sifat berbeda tergantung rantai
sampingnya.
•Rantai samping asam amino menentukan
fungsi protein di dalam tubuh.
•Rantai samping asam amino juga menentukan
proses metabolisme AA di dalam tubuh &
kebutuhan sintesis oleh tubuh.

BIOKIMIA 2/26/2023 9
 RANTAI SAMPING
ASAM AMINO
Berdasarkan rantai ujung pada asam amino
• Alifatik: memiliki struktur rantai terbuka.
• Aromatik: memiliki rantai dengan struktur
serupa cincin; tertutup.
• Amidik: memiliki gugus anion NH2;
ammonia.
• Hidroksilik: mengandung gugus hidroksil (-
OH)
• Sulfur containing: mengandung atom S.
• Positively (+) charged: bermuatan positif.
• Negatively (-) charged: bermuatan negative.

BIOKIMIA 2/26/2023 10
KEBUTUHAN
ASAM AMINO
• Kebutuhan asam amino didasarkan pada kemampuan tubuh untuk mensintesis asam amino
tertentu.
• Asam amino esensial (indispensable): tidak dapat disintesis oleh tubuh → harus diperoleh dari
nutrien.
• Asam amino nonesensial (dispensable): dapat disintesis oleh tubuh.
• Sifat esensial asam amino dapat berubah, tergantung kondisi masing-masing individu.

Asam Amino

Conditionally
Esensial Nonesensial
essential

BIOKIMIA 2/26/2023 11
KEBUTUHAN
ASAM AMINO
Esensial Conditionally essential Non-esensial
Fenilalanin (Phe) Tirosin (Tyr) Alanin (Ala)
Valin (Val) Cystine (Cys) Asparagin (Asn)
Threonin (Thr) Prolin (Pro) Aspartat (Asp)
Metionin (Met) Arginin (Arg) Glutamat (Glu)
Triptofan (Trp) Glutamin (Gln) Serin (Ser)
Histidin (His) Glisin (Gly)
Isoleusin (Ile)
Leusin (Leu)
Lisin (Lys)

BIOKIMIA 2/26/2023 12
FUNGSI PROTEIN
Katalisator Metabolisme
•Dalam bentuk enzim (-ase).
•Menjadi katalis perubahan
substrat menjadi produk.
•Dapat ditemukan secara
intraseluler maupun
ekstraseluler.
•Contoh: enzim lipase,
ptyalin.
BIOKIMIA
Messenger (Hormon) Fungsi Struktural
•Berperan sebagai sinyal •Protein menjadi penyusun
kimiawi. struktur tubuh (protein
•Dihasilkan kelenjar kontraktil, globular, atau
endokrin & dibawa ke fibrous).
organ target oleh •Filamen aktin dan myosin
pembuluh darah. serta troponin dan
•Meregulasi aktivitas tropomyosin untuk proses
metabolik tubuh. kontraksi-relaksasi otot.
•Contoh: hormon dopamine, •Kolagen, elastin, keratin →
epinefrin, melatonin, ADH, penyusun tulang, rambut,
insulin. kuku, kulit, pembuluh
darah, etc.
2/26/2023 14
FUNGSI PROTEIN
Protein Transpor & Keseimbangan Asam-
Komponen Antibodi
Storage Basa
• Disebut sebagai • Bergabung bersama • Menyeimbangkan pH
immunoprotein. senyawa lain (mineral, dalam darah dan sel
• Dihasilkan oleh sel vitamin, etc.) untuk agar sesuai untuk
limfosit B; untuk pengangkutan di aktivitas metabolik.
menanganin infeksi pembuluh darah. • Contoh: Hemoglobin.
berulang. • Contoh: albumin (Ca,
• Contoh: Zn, vit.B); ceruloplasmin
immunoglobulin (Ig); (Cu); lipoprotein (lipid);
IgA, IgG, IgM, IgE, IgD transferrin (Fe).

BIOKIMIA 2/26/2023 15
KERUSAKAN STRUKTUR
PROTEIN (DENATURASI)
Ikatan
Perubahan struktur
Struktur protein peptida/gugus lain
akan mengubah
bersifat spesifik. yang terikat dapat
fungsi protein.
pecah.

Kerusakan didorong
Kerusakan struktur
oleh
protein oleh suhu &
ketidakseimbangan
pH → denaturasi.
suhu & pH.

BIOKIMIA 2/26/2023 16
 DENATURASI PROTEIN
•Perubahan rantai polipeptida/struktur suatu molekul protein
→ molekul mengalami kerusakan.
•Mempengaruhi ikatan hidrogen, hidrofobik, ionik, &
intramolekuler → mengakibatkan terbukanya lipatan molekul
→ merusak struktur protein → merusak fungsi protein.
•Dapat terjadi pada protein dengan struktur sekunder, tersier,
dan kuartener.
•Mudah terjadi pada protein globuler karena terjadinya protein
unfolding.
•Dua jenis denaturasi
1. Pengembangan rantai peptida (pada rantai polipeptida)
2. Pemecahan protein (bagian molekul yang tergabung
dalam ikatan sekunder). Denaturasi disebabkan oleh perubahan suhu & temperatur.

BIOKIMIA 2/26/2023 17
DENATURASI
PADA
PROTEIN
KOLAGEN

2/26/2023 BIOKIMIA 18
 ASAM
NUKLEAT
• Salah satu makromolekul
penting yang dapat ditemukan
pada semua makhluk hidup &
virus.
• Dua bentuk utama: asam
deoksiribonuklet (DNA) dan
asam ribonukleat (RNA).
• Berfungsi membawa informasi
genetik ke keturunan.
• Informasi genetik yang telah
dipetakan pada sel → genom.
• Terdiri dari monomer: nukleotida.
• Menjadi dasar sintesis protein &
seluruh aktivitas biologis
makhluk hidup.
2/26/2023 BIOKIMIA 20
NUKLEOTIDA

•Nukleotida tersusun atas tiga komponen: gula pentosa (deoksiribosa/ribosa); basa nitrogen (purin &
pirimidin); dan gugus fosfat.
•Jenis gula pentosa dan basa nitrogen membedakan DNA dan RNA.

BIOKIMIA 2/26/2023 22
NUKLEOTIDA vs
NUKLEOSIDA

Nukleosida
merupakan struktur
nukleotida yang
kehilangan gugus
fosfat.

BIOKIMIA 2/26/2023 23
IKATAN PADA
NUKLEOTIDA
•Gula pentosa berikatan dengan basa nitrogen
dengan ikatan glikosida pada atom C-1 gula
ribosa.
•Gula pentosa berikatan dengan gugus fosfat
dengan ikatan ester → fosforilasi.
•Pada DNA, pengikatan gugus fosfat (fosforilasi)
hanya terjadi pada atom C-3 dan C-5.
•Pada RNA, fosforilasi dapat terjadi pada atom
C-2, C-3, dan C-5.
•Ketika terjadi ikatan antara dua nukleotida,
posisi fosforilasi DNA & RNA hanya pada atom
C-5.
deoxyribose

BIOKIMIA 2/26/2023 24
NUKLEOTIDA MEMBENTUK
ASAM NUKLEAT
•Dua nukleotida dihubungkan dengan ikatan
5’-3’ fosfodiester.
•Gugus fosfat (yang terikat pada atom C-5 gula
pentosa) berikatan dengan gugus hidroksil
atom C-3 pada nukleotida sebelumnya.
•Ikatan fosfodiester = fosfat + dua ikatan ester
yang mengikat gugus fosfat.
•Gula pentosa dan gugus fosfat membentuk
sugar-phosphate backbone.
•Proses polimerisasi terjadi dengan bantuan
deoksinukleotida trifosfat (dNTP).

BIOKIMIA 2/26/2023 25
 GULA
PENTOSA
• Merupakan komponen utama
dalam asam nukleat.
• Memiliki 5 atom karbon (C).
• Gula deoksiribosa dan ribosa
dibedakan dengan ada
tidaknya gugus hidroksil pada
atom C-2.
• Bersama gugus fosfat
membentuk sugar-phosphate
backbone.

2/26/2023 BIOKIMIA 26
 BASA NITROGEN

•Molekul organik bersifat basa yang mengandung atom N, C, H, dan O.

•Basa nitrogen dibagi menjadi basa purin (adenin & guanin) serta pirimidin (sitosin, timin, & urasil).
•DNA & RNA memiliki basa purin & pirimidin → DNA (AGCT) dan RNA (AGCU).
•Pasangan basa purin dan pirimidin menjadi kunci transkripsi dan translasi dalam sintesis protein.

BIOKIMIA 2/26/2023 27
PURIN & PIRIMIDIN
PURIN PIRIMIDIN
•Berbentuk cincin pirimidin dengan enam •Berbentuk cincin dengan enam sisi.
sisi, bergabung dengan cincin imidazole
•Dua atom N pada titik 1 dan 3.
bersisi 5.
•Tiga ikatan ganda.
•Dua atom N pada titik 1 dan 3 pada cincin
pirimidin serta dua atom N pada titik 7 & 9 •Rumus kimia: C4H4N2
pada cincin imidazole.

•Rumus kimia: C5H4N4

BIOKIMIA 2/26/2023 28
GUGUS FOSFAT
•Gugus fosfat terdiri atas atom P dan empat
atom O bermuatan negatif.

•Terikat dengan gula pentosa pada atom C-5

menggunakan ikatan ester.

•Menjadi komponen ikatan fosfodiester

untuk menggabungkan dua nukleotida.

•Proses fosforilasi menjadi kunci terjadinya

aliran energi untuk proses metabolisme.

BIOKIMIA 2/26/2023 29
 DNA
vs
RNA

2/26/2023 BIOKIMIA 30
STRUKTUR GANDA BERPILIN
DNA
• DNA tersusun atas struktur double
helix atau rantai ganda berpilin (right
handed helix); basa nitrogen kedua
rantai terikat dengan ikatan hidrogen.
• Struktur tersebut ditemukan oleh
Watson & Crick.
• Dua rantai DNA bersifat antiparallel;
rantai ujung 5’(punya gugus fosfat
bebas) berhadapan dengan rantai
ujung 3’ (punya gugus hidroksil bebas).
• Memiliki major groove dan minor
groove.
• Pada kedua rantai, basa purin
berpasangan dengan basa pirimidin.

BIOKIMIA 2/26/2023 31
PASANGAN
BASA
DNA
• Disebut juga sebagai basa
komplementer.
• Basa purin dan pirimidin
berpasangan di DNA dengan
ikatan hidrogen.
• Basa adenin berpasangan
dengan timin; basa guanin
berpasangan dengan sitosin.
• Basa T-A berikatan dengan dua
ikatan hidrogen; basa C-G
berikatan dengan tiga ikatan
hidrogen.

2/26/2023 BIOKIMIA 32
PERUBAHAN STRUKTUR DNA
AKIBAT AGEN TERTENTU

BIOKIMIA 2/26/2023 33
FUNGSI NUKLEOTIDA
Pembawa informasi genetik.

Carrier reaksi kimiawi (ATP, UTP, GTP, etc.).

Sebagai koenzim dan kofaktor enzim (FAD, NAD+).

Sebagai second messenger dalam komunikasi sel

(cAMP).

BIOKIMIA 2/26/2023 34
TERIMA KASIH

BIOKIMIA 2/26/2023 35