DOA BELAJAR

“Kami ridho Allah SWT sebagai Tuhanku, Islam

sebagai agamaku, dan Nabi Muhammad
sebagai Nabi dan Rasul, Ya Allah,
tambahkanlah kepadaku ilmu dan berikanlah
aku kefahaman”
STRUKTUR DAN FUNGSI PROTEIN
DAN ENZIM
OLEH :
TYAS SARI RATNA NINGRUM, M.Or
 LEARNING OBJECTIVE
1. Mahasiswa mampu memahami struktur dan fungsi
protein
2. Mahasiswa mampu memahami struktur dan fungsi enzim
Firman Allah dalam Al-Qur‟an Surat Al-Infithaar: 6-8;

artinya: “Hai manusia, apakah yang telah memperdayakan kamu (berbuat

durhaka) terhadap Tuhanmu Yang Maha Pemurah. Yang telah
menciptakan kamu lalu menyempurnakan kejadianmu dan menjadikan
(susunan tubuh)mu seimbang,dalam bentuk apa saja yang Dia kehendaki,
Dia menyusun tubuhmu”.
 PROTEIN
Protein berasal dari bahasa Yunani proteios yang berarti
"barisan pertama". Kata yang diciptakan oleh Jons J. Barzelius
pada tahun 1938 untuk menekankan pentingnya golongan ini.
Struktur protein merupakan sebuah struktur biomolekuler dari
suatu molekul protein.
Protein memegang peranan penting dalam hampir semua
proses biologi. Protein merupakan komponen penting atau
komponen utama sel hewan atau manusia. Oleh karena sel itu
merupakan pembentuk tubuh kita, maka protein yang terdapat
dalam makanan berfungsi sebagai zat utama dalam
pembentukan dan pertumbuhan tubuh. Untuk dapat
melakukan fungsi biologis, protein melipat ke dalam satu atau
lebih konformasi spasial yang spesifik, didorong oleh
sejumlah interaksi non-kovalen seperti ikatan hidrogen,
interaksi ionik, gaya van der Waals, dan sistem kemasan
hidrofobik.
 STRUKTUR PROTEIN PRIMER, SEKUNDER DAN TERSIER

1. Struktur primer adalah urutan asam amino.

2. Struktur sekunder berhubungan dengan
pengaturan kedudukan ruang residu asam
amino yang berdekatan dalam urutan linier.
Pengaturan sterik ini memberi struktur
periodik. Struktur sekunder adalah α-
helix, β-strands, dan turn
3. Struktur tersier menggambarkan pengaturan
ruang residu asam amino yang berjauhan
dalam urutan linier dan pola ikatan-ikatan
sulfida.
 1. Struktur Primer
Struktur primer protein adalah urutan residu asam amino pada rantai protein
yang dihasilkan dari pembentukan ikatan peptida antara residu asam amino di
dalam rantai. Ikatan yang memelihara struktur primer adalah ikatan peptida
yang merupakan ikatan kovalen. Setiap protein mempunyai struktur primer
yang dibedakan oleh jumlah, urutan dan macam residu asam amino yang
terletak sepanjang rantai protein.
Struktur primer suatu protein adalah translasi dari
informasi yang terdapat pada gen. Sekuens basa
nukleotida pada gen dapat berubah karena proses
mutasi. Mutasi suatu gen dapat mengakibatkan
perubahan sekuens residu asam amino dari sebuah
protein yang dikodenya. Dengan demikian, mutasi
dapat merubah struktur primer protein. Hal ini
dapat diartikan bahwa, jika dua spesies dari
organime menyimpang menjadi spesies baru dalam
waktu yang sangat dekat, maka perbedaan sekuens
residu asam amino dari proteinnya akan sangat
sedikit. Lain halnya jika mereka berbeda berjuta-
juta tahun yang lalu ada banyak perbedaan dalam
sekuens residu asam amino proteinnya. Sebagai
akibatnya kita dapat membandingkan hubungan
evolusi diantara spesies dengan membandingkan
struktur primer protein yang hadir pada kedua
spesies tersebut.
 2. Struktur Sekunder
Bentuk struktur sekunder protein adalah α-
helix, β-sheet/ β-strands, loop (ikalan) dan
turn (belokan).
Struktur α-helix dan β-sheet merupakan
struktur yang berulang pada interval yang
teratur. Struktur α-helix seperti spiral dan
hanya melibatkan satu polipeptida,
sedangkan struktur β-sheet dapat melibatan
satu atau lebih polipeptida. Struktur helix
merupakan penataan paling sederhana dari
rantai polipeptida yang oleh Pauling dan
Corey dinamakan dengan α-helix.
 3. Struktur Tersier
struktur tersier protein berkaitan dengan pelipatan selanjutnya
dari struktur sekunder.
Contoh klasik dari struktur tersier protein adalah myoglobin,
sedangkan struktur quartener protein adalah hemoglobin.
Myoglobin adalah protein pertama yang diketahui struktur
tersier lengkapnya. Struktur tersier myoglobin ditentukan
dengan kristalografi sinar-X. Myoglobin dan hemoglobin
merupakan protein globular. Kedua protein ini melakukan
fungsi biologi mengikat molekul oksigen secara selektif dan
reversibel. Myoglobin merupakan protein monomer kecil yang
memudahkan difusi oksigen pada otot vertebrata. Myoglobin
merespon penyediaan oksigen ke jaringan otot reptil, burung
dan mamalia. Hemoglobin adalah protein tetramer yang lebih
besar yang membawa oksigen dalam darah.
Struktur tersier α-globin, β-globin dari
hemoglobin adalah sangat mirip dengan
struktur tersier myoglobin. Panjang rantai α-
globin adalah 141 residu asam amino,
sedangkan rantai β-globin adalah 146 residu
asam amino. Sebagai perbandingan panjang
rantai myoglobin adalah 153 residu asam
amino. Kebanyakan asam amino dari rantai α-
globin, rantai β-globin pada hemoglobin dan
myoglobin adalah homologous yang berarti
bahwa residu asam amino sama pada posisi
yang sama. Setiap subunit pada 4 globin dari
hemoglobin mengandung gugus protetik heme
yang identik seperti yang terdapat pada
myoglobin. Oleh sebab itu, struktur tersier
dari α-globin, β-globin dari hemoglobin Gambar 100. Struktur Tersier α-globin (biru),
hampir identik dengan myoglobin. β-globin (ungu) dan Myoglobin (hijau)
(Moran et al. 2012:123)
 Pengelompokan Protein Berdasarkan Fungsinya
Protein adalah polipeptida. Apakah perpedaan suatu protein dengan protein lainnya? Pada prinsipnya
perbedaan suatu protein dengan protein lainnya terletak pada jumlah dan urutan residu asam amino
penyusunnya.
Protein mempunyai bermacam fungsi biologi yaitu
1. Enzim
2. Protein Pertahanan
3. Protein Transport
4. Protein Pengatur
5. Protein Struktur
6. Movement Proteins
7. Nutrien protein
8. Protein pada permukaan sel dapat bertindak sebagai reseptor untuk berbagai macam ligan dan sebagai
modifier interaksi sel dengan sel.
 1. Enzim

Enzim adalah katalis biologi. Enzim mengkatalisis hampir semua

reaksi yang terjadi di dalam mahluk hidup. Kebanyakan enzim
yang telah dipelajari adalah protein. Reaksi akan berlangsung
berhari-hari atau berminggu-minggu atau membutuhkan suhu yang
tinggi tanpa enzim. Sebagai contoh enzim pencernaan, pepsin,
trypsin, dan chymotrysin yang mendegradi protein pada diet kita
agar asam amino dapat diserap untuk digunakan oleh sel kita.
 2. Protein Pertahanan

• Protein pertahanan termasuk antibodi (juga dinamakan

immunoglobulin) yang merupakan molekul protein yang
mempunyai spesifik tinggi. Protein ini dihasilkan oleh sel
khusus dari sistem immun dan berperan merespon
antigen asing. Antigen asing ini termasuk bakteri dan
virus yang menginfeksi tubuh.
 3. Protein Transport
Protein transport membawa material dari satu tempat ke tempat
lainnya di dalam tubuh. Protein transport transfferin membawa besi
dari liver ke sum-sum tulang dimana besi digunakan untuk
mensintesa gugus heme untuk hemoglobin. Hemoglobin merupakan
protein yang berikatan dan pembawa O2 dan CO2 di dalam sel
darah merah, sedangkan myoglobin merupakan protein penyimpan
oksigen.
 4. Protein Pengatur
Protein pengatur mengontrol banyak aspek dari
fungsi sel termasuk metabolisme dan reproduksi.
Suhu tubuh, pH darah, kadar glukosa darah harus
diatur dengan hati-hati. Banyak hormon yang
mengatur fungsi tubuh seperti insulin, glucagon
adalah protein.
 5. Protein Struktur
• Protein struktur menyediakan pendukung
mekanik untuk sebagian besar binatang dan
menyediakan penutup luar. Rambut dan kuku kita
adalah sebagian besar tersusun dari protein keratin.
Protein lainnya menyediakan kekuatan mekanik
untuk tulang kita, urat (tendon), dan kulit.
 6. Movement Proteins
Protein pergerakan adalah perlu untuk semua bentuk
pergerakan. Otot kita yang termasuk otot yang paling
penting adalah jantung, berkontraksi dan berekspansi
melalui interaksi dari protein actin dan myosin. Sperma
dapat berenang karena mempunyai flagela yang panjang
yang terbuat dari protein.
7. Nutrien protein
• Protein nutrien menyediakan asam amino untuk embrio dan janin. Albumin
telur dan kasein susu adalah contoh protein penyimpan makanan.
• Beberapa protein berfungsi sebagai poros atau saluran pada membran yang
memungkinkan lewatnya molekul bermuatan dan kecil.

8. Protein pada permukaan sel dapat bertindak sebagai reseptor untuk berbagai
macam ligan dan sebagai modifier interaksi sel dengan sel.
 ENZIM
• Enzyme, berasal dari bahasa Yunani, yang berarti
“yang berada di dalam sel”. Merupakan suatu
katalisator biologis. Hakikat kimia enzim adalah
protein, sehingga segala ciri dan sifat protein berlaku
bagi enzim. Diantaranya, enzim hanya disintesis oleh
dan di dalam sel, memerlukan suhu dan pH tertentu,
juga mengalami “turn over” dalam sintesis dan
degragasi. Lebih dari separuh jumlah protein yang ada
didalam sel secara biologis tergolong didalam enzim.
• Dixon dan Webb mendefinisikan enzim sebagai suatu
protein yang bersifat katalis, disebabkan oleh
kemampuannya untuk mengaktifkan senyawa lain
secara spesifik, yaitu sifat spesifik terhadap gugus,
ikatan, dan isomer.
 Enzim dan Katalis non-enzim
Katalis enzim maupun non enzim bekerja mempercepat terjadinya reaksi kimia sehingga tetapan keseimbangan
segera tercapai.
Karakteristik katalis enzim dan non enzim :
 Distribusi Enzim
Enzim tersebar tidak secara difus, tidak terbaur rata, tetapi terpusat atau terkelompok
di dalam sel. Hal ini disebabkan enzim memiliki fungsi yang berbeda-beda didalam
setiap organel-organel sel. Sebagai contoh, enzim yang berada di dalam nucleus,
berperanan dalam proses genetik (replikasi, transkripsi). Didalam mitokondria, enzim
membantu reaksi oksidasi sel dalam menghasilkan energi. Ribosom, berperanan dalam
sintesis protein. Lisosom, berfungsi untuk membantu proses hidrolisis bahan-bahan
yang tidak diperlukan sel. Sitoplasma, terdapat enzim glikolisis Didalam membran sel,
terdapat enzim untuk mengatur keluar masuknya zat makanan.
 Metode Pengukuran Enzim

• Dengan menggunakan tehnik sitokimia, enzim yang terkandung di dalam suatu

sel dapat dideteksi dengan diberi pewarnaan khusus, tidak semua bagian sel
akan terwarnai, sebagai contoh, deteksi enzim fosfatase pada sel leukosit, akan
membuat daerah lisosom, yang mengandung enzim tersebut dari leukosit
terwarnai biru. Tehnik ini membantu kita mengetahui keberadaan atau distribusi
dari suatu enzim dalam sel.
• Tehnik lain adalah dengan sentrifugasi bertingkat, sel akan menjadi fraksi-fraksi
sesuai dengan berat jenis organelnya. Jika organel tertentu sudah terisolasi, kita
dapat mendeteksi enzim yang terkandung dalam organel tersebut. Setiap tiap
organel mengandung enzim berbeda.
 Lokasi Enzim
Enzim Intra dan Ekstra Sel
Pada umumnya, enzim berada dan menjalankan fungsinya di dalam sel, namun enzim
juga dapat bekerja di luar sel atau ekstra sel, diantaranya adalah enzim-enzim yang
bekerja pada saluran pencernaan, yang bertugas mengubah makanan yg merupakan
makromolekul menjadi bentuk yang lebih sederhana, dan larut air sehingga dapat
menembus membran sel. Contoh lain enzim yang bekerja ekstra sel adalah
komplemen, suatu protein yang berperan dalam sistem antibodi. Walaupun demikian,
namun proses sintesis suatu enzim dilakukan oleh sel dan terjadi di dalam sel. Enzim
hanya akan disintesis oleh sel jika sel tersebut memiliki gen yang mengkode enzim
tersebut.
 Penamaan Enzim
• Pada mulanya penamaan enzim tidak memiliki tata cara tertentu. Dengan semakin
banyaknya jenis enzim yang ditemukan tata nama mulai dirasakan perlu.
Penggunaan akhiran -ase dalam nama enzim terhadap akar kata, akan menunjukkan
ciri khas enzim. Dasar nama yang digunakan adalah :
• Berdasarkan substrat, misalnya enzim yang berhubungan dengan penggunaan
glukosa sebagai substrat, dinamai sebagai glukase.
• Berdasarkan jenis ikatan kimia substrat yag diolah oleh enzim. Sebagai contoh, jika
ikatan kimia yang diolah adalah ikatan peptide, nama enzim yang bersangkutan
ialah peptidase.
• Berdasarkan jenis reaksi yang dikatalisis oleh enzim. Misalnya enzim yang
mengkatalisis reaksi pemindahan gugus dinamai transferase.
 Kelas Penamaan Enzim
1. Kelas Oksidoreduktase
Enzim-enzim kelas ini mengkatalisis reaksi oksidasi-reduktasi antara sutau substrat dengan suatu senyawa lain. Yang
dipindahkan adalah gugus H, sebagai contoh : NAD+ oksidoreduktase (alkohol dehidrogenase), bekerja terhadap
gugus CH-OH sebagai donor elektron dimana NAD+ adalah penerima elektron.
Sred + Aoks → Soks + Ared
alkohol + NAD+ → aldehid/keton + NADH + H+
2. Transferase
Enzim ini mengkatalisis pemindahan atau transfer suatu gugus yang bukan H antara suatu substrat dengan suatu
senyawa penerima gugus. Jika gugus tersebut adalah H, dengan sendirinya enzim tersebut tergolong dalam kelas 1,
oksidoreduktase. Contohnya, D-heksosa-6 fosfotransferase (heksokinase). Substratnya adalah ATP dan senyawa
hidroksil penerima fosfat adalah heksosa. SG adalah substrat yang mengandung gugus G yang akan dipindahkan, A
adalah penerima gugus G.
SG + A → S + AG
heksosa + ATP → heksosa-6-fosfat + ADP
3. Hidrolase
Enzim yang tergolong kelas ketiga ini mengkatalisis reaksi-reaksi hidrolisis, yaitu reaksi pemutusan ikatan
kovalen dengan memecah 1 molekul air dan memasukkan fragmen air ini ke 2 radikal pecahan substrat,
sehingga terbentuk 2 senyawa produk yang lebih kecil, contohnya adalah peptidase dan fosfatase,
Persamaan reaksi umumnya sebagai berikut:
A – B (+ HOH) → A – H + B – OH

4. Liase
Enzim kelas ini bekerja mengkatalisis reaksi yang bukan mengeluarkan suatu gugus dari suatu substrat,
dengan cara bukan hidrolisis dan meninggalkan ikatan rangkap pada produk. Yaitu pada proses
pemecahan karbon-karbon, karbon-sulfur dan karbon-nitrogen, contohnya, dekarboksilase, aldolase,
deaminase. Reaksi umum yang dikatalisis oleh enzim ini adalah sebagai berikut:
AC – CB → C=C + A – B
5. Isomerase
Sesuai dengan namanya, enzim kelas ini mengkatalisis reaksi pembentukan isomer, baik isomer optik,
geometrik maupun isomer posisi. Contohnya, rasemase mengkatalisis isomer optik dari L-alanin menjadi D-
alanin.
6. Ligase atau Sintetase
Inilah satu-satunya kelompok enzim yang kerjanya menghasilkan molekul yang lebih besar dari molekul
substrat awal. Oleh karena itu enzim kelas 6 ini mengkatalisis reaksi sintetesis. Reaksi sintesis ini terjadi dengan
mengikatkan (ligasi) suatu gugus ke suatu substrat. Diantaranya mengkatalisis pembentukkan ikatan antara
karbon-karbon, karbon dengan sulfur, karbon dengan nitrogen dan karbon dengan oksigen. Contohnya enzim
sintetase dan karboksilase. Persamaan reaksi umumnya sebagai berikut:
S + A → SA
Tiap enzim punya nomor kode : EC (Enzyme Comission/Code)
Contoh : E.C.2.7.1.1
 ATP : D-hexoxe phosphotransferase (heksokinase)
 Kelas 2 : transferase
 Sub-kelas 7 : transferfosfat
 Sub sub kelas 1 : alkohol sebagai akseptorfosfat
 Nama khusus 1 : heksokinase
 Tempat Aktifnya Enzim
Tempat aktif enzim adalah daerah spesifik di molekul enzim yang
merupakan tempat pelekatan subtrat di enzim.
Tempat aktif enzim dibentuk oleh residu asam amino yang mempunyai 2
fungsi :
1. Menarik dan mengorientasikan substrat kepada gugus spesifik pada
molekul enzim, yaitu gugus kontak.
2. Ikut membentuk ikatan sementara dengan molekul substrat, yang
selanjutnya terjadi polarisasi dan terjadi regangan pada ikatan di dalam
molekul substrat, sehingga mudah dipecah, yaitu gugus katalitik .
 Faktor Yang Mempengaruhi Kerja Enzim

Hubungan antara Laju Reaksi dengan Konsentrasi Enzim

• Semakin besar konsentrasi enzim, semakin banyak pula produk yang terbentuk tiap
waktu. Dengan bertambahnya waktu, pada tiap konsentrasi enzim pertambahan
jumlah produk akan menunjukkan defleksi, tidak lagi berbanding lurus. Hal ini
disebabkan jumlah substrat makin berkurang hingga habis, sehingga dengan
sendirinya olahan produk enzim akan berkurang.
• Jika sel tersebut mengalami nekrosis atau rusak, maka enzim dalam sel akan dapat
menyebar dan masuk ke dalam peredaran darah. Enzim intraseluler yang masuk
dalam darah, tidak dapat berfungsi (non-fungsional). Dalam kondisi normal, jumlah
enzim non-fungsional dalam darah sedikit. Pada kondisi patologis, nekrosis sel
sangat tinggi maka enzim non-fungsional akan meningkat dalam darah. Atas dasar
tersebut, maka enzim non-fungsional dapat digunakan sebagai alat diagnostik.
SEKIAN
Kita tidak perlu menjadi yang terbaik bagi orang lain, namun kita harus
melakukan yang terbaik bagi diri kita sendiri dan orang-orang yang kita
sayangi.