Laporan Praktikum

Kimia Komputasi
Modul 2: Optimasi Geometri dan Perhitungan Energi
Struktur Molekul Obat Ambroxol
Delfritama Ibadillah
11181153
3FA4

Pendahuluan Optimasi dan perhitungan energi

Optimasi geometri adalah prasyarat Optimasi dan perhitungan energi
dalam analisis structural, dinamis dan struktur molekul menggunakan aplikasi
merupakan komponen terpenting dari Gaussian® GaussView 5.0. Kalkulasi geometri
Sebagian besar studi kimia komputasi yang menggunakan metode Mekanika molekul dan
berkaitan dengan struktur dan/atau reaktivitas Hartree-Fock.
molekul (Schlegel, 2011). Proses ini penting,
sebab geometri dari suatu molekul Hasil
menentukan sifat fisika dan kimia obat,
sehingga memiliki geometri molekular yang
akurat sangatlah penting (Omolara, 2018). Kali
ini senyawa yang digunakan adalah Ambroxol
untuk dioptimasi struktur molekulnya.

Gambar 2 Strukur ambroxol sebelum optimasi

Gambar 1 Stuktur Ambroxol

Ambroxol (C13H18Br2N2O) adalah

metabolit aktif N-desmetil dari bromheksin
HCl. Senyawa ini merupakan senyawa sintetis
turunan vasicine yang diperoleh dari tanaman
Adhatoda vasica. Perbedaan ambroxol dengan
bromheksin HCl adalah tidak adanya gugus
metil dan hidroksil disisi para-trans pada cincin
sikloheksil (Malerba & Ragnoli, 2008).

Metode
Perangkat keras Gambar 3 Struktur ambroxol setelah optimasi (Hartree-
Perangkat keras yang dipakai dalam Fock)
praktikum ini adalah perangkat Komputer
sistem operasi Windows 10 pro 64-bit, AMD®
RyzenTM 3200G @ 3.60 GHz, RAM 16 GB DDR4,
VGA terintegrasi 2GB

1
 Laporan Praktikum
Kimia Komputasi
Molecular mass: 375.97859 amu.
Principal axes and moments of inertia in atomic units:
1 2 3
Eigenvalues -- 6954.38730********************
X 0.99993 0.00651 -0.00941
Y -0.00661 0.99992 -0.01112
Z 0.00934 0.01118 0.99989
This molecule is an asymmetric top.
Rotational symmetry number 1.
Warning -- assumption of classical behavior for rotation
may cause significant error
Rotational temperatures (Kelvin) 0.01245 0.00652 0.00496
Rotational constants (GHZ): 0.25951 0.13588 0.10328
Zero-point vibrational energy 845313.2 (Joules/Mol)
202.03469 (Kcal/Mol)
Warning -- explicit consideration of 27 degrees of freedom as
vibrations may cause significant error
Vibrational temperatures: 29.72 33.05 44.30 121.21 166.02
(Kelvin) 194.56 202.59 222.28 315.35 339.69
358.33 376.75 423.04 447.72 478.94
Gambar 4 Struktur ambroxol setelah optimasi 496.30 528.74 537.11 567.49 628.16
(Mechanics) 642.06 712.95 725.43 743.85 770.06
779.02 875.53 909.60 1009.54 1018.47
1073.74 1121.66 1167.75 1233.98 1255.16
1280.68 1357.68 1387.77 1409.56 1413.24
1492.21 1502.72 1528.64 1570.92 1603.26
1636.30 1657.33 1668.76 1691.03 1718.99
1734.37 1747.72 1773.73 1804.15 1814.06
1875.06 1899.91 1916.93 1967.94 2003.47
2010.45 2033.56 2075.50 2084.22 2105.53
2112.76 2134.17 2143.52 2165.74 2177.98
2185.07 2204.95 2244.12 2250.30 2322.11
2356.28 2370.28 2374.07 2388.67 2399.91
2406.06 2496.41 2551.34 2614.13 4558.37
4573.40 4578.53 4584.44 4598.21 4638.80
4641.04 4660.92 4669.84 4681.93 4698.37
4708.69 4865.62 4915.08 5288.38 5319.75
5557.13 5583.10

Zero-point correction= 0.321963

Gambar 5 Struktur dengan visual HOMO (Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy= 0.338643
Thermal correction to Enthalpy= 0.339587
Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.274131
Sum of electronic and zero-point Energies= -5802.518581
Sum of electronic and thermal Energies= -5802.501901
Sum of electronic and thermal Enthalpies= -5802.500957
Sum of electronic and thermal Free Energies= -5802.566412

E (Thermal) CV S
KCal/Mol Cal/Mol-Kelvin Cal/Mol-Kelvin
Total 212.502 63.243 137.763
Electronic 0.000 0.000 0.000
Translational 0.889 2.981 43.666
Rotational 0.889 2.981 35.733
Vibrational 210.724 57.281 58.364
Vibration 1 0.593 1.986 6.570
Vibration 2 0.593 1.985 6.359
Vibration 3 0.594 1.984 5.778
Vibration 4 0.601 1.960 3.790
Vibration 5 0.608 1.937 3.176
Vibration 6 0.613 1.918 2.870
Gambar 6 Struktur dengan visual LUMO Vibration 7 0.615 1.912 2.793
Vibration 8 0.620 1.898 2.616
Vibration 9 0.647 1.812 1.966
Vibration 10 0.655 1.786 1.832
Vibration 11 0.662 1.764 1.737
Vibration 12 0.669 1.743 1.649
Vibration 13 0.689 1.685 1.451
Orbital Hartree- Mechanics Vibration 14 0.700 1.652 1.356
Vibration 15 0.715 1.610 1.246
Fock Vibration 16 0.723 1.586 1.189
Vibration 17 0.740 1.539 1.090
HOMO 94 -0.28698 - Vibration 18 0.745 1.527 1.066
LUMO 95 0.13016 - Vibration 19 0.761 1.482 0.983
Vibration 20 0.797 1.390 0.837
Tabel 1 Nilai HOMO dan LUMO Vibration 21 0.806 1.369 0.807
Vibration 22 0.851 1.260 0.669
Vibration 23 0.859 1.241 0.648
Vibration 24 0.872 1.212 0.617
Vibration 25 0.890 1.172 0.576
Vibration 26 0.897 1.158 0.562
Vibration 27 0.967 1.014 0.435

Gambar 7 Hasil kalkulasi metode Hartree-Fock

2
 Laporan Praktikum
Kimia Komputasi
Molecular mass: 375.97859 amu.
Principal axes and moments of inertia in atomic units: Pembahasan
1 2 3
Eigenvalues -- 6762.86355******************** Proses optimasi geometri sangat
X 0.99989 -0.01144 -0.00911
Y 0.01130 0.99981 -0.01594 penting untuk menentukan sifat fisika dan
Z 0.00929 0.01584 0.99983
This molecule is an asymmetric top. kimia obat. Optimasi geometri bertujuan untuk
Rotational symmetry number 1. menentukan molekul yang stabil dengan
Warning -- assumption of classical behavior for rotation
may cause significant error melihat susunan atom-atom (Omolara, 2018).
Rotational temperatures (Kelvin) 0.01281 0.00632 0.00487
Rotational constants (GHZ): 0.26686 0.13171 0.10141 Geometri molekul mencakup panjang ikatan,
Zero-point vibrational energy 851773.8 (Joules/Mol) sudut ikatan, dan atomic nuclei.
203.57883 (Kcal/Mol)
Warning -- explicit consideration of 27 degrees of freedom as
vibrations may cause significant error Molekul yang biasa ditemukan di alam
Vibrational temperatures: 27.08 40.66 57.55 128.53 153.70 dan yang paling stabil biasanya memiliki energi
(Kelvin) 194.68 209.49 231.84 296.81 362.29
381.40 403.23 446.47 456.91 463.41 yang sangat rendah. Penentuan nilai energi
511.88 548.76 610.54 657.04 694.02
723.64 792.69 805.05 812.21 856.75 dilakukan dengan karakterisasi titik stasioner
860.89 883.94 930.56 1014.57 1064.25 dari permukaan energi potensial (Potential
1082.46 1115.38 1212.94 1278.25 1329.13
1381.35 1416.22 1421.97 1433.97 1470.83 Energy Surface) dengan mengkalkulasikan
1510.68 1524.05 1587.82 1611.43 1625.46
1654.43 1722.82 1774.97 1794.71 1816.96 geometri dan energi suatu molekul (Berger,
1933.27 1943.84 1989.61 2001.14 2017.28 2004). Energi-energi yang berperan dalam
2025.61 2028.50 2035.09 2107.86 2135.39
2160.99 2174.90 2180.12 2190.68 2201.48 optimasi geometri meliputi, energi potensial,
2223.16 2275.49 2285.70 2313.39 2336.70
2350.10 2395.73 2435.56 2483.82 2495.68 energi internal, entalpi, energi bebas Gibbs,
2543.83 2576.90 2613.66 2692.21 2719.92 laju reaksi, dan energi aktivasi Arrhenius.
2745.99 2806.70 2858.50 2910.72 4138.46
4143.47 4154.43 4157.42 4161.11 4211.81
4220.84 4241.53 4243.99 4246.61 4250.50 Hasil dari optimasi geometri yang
4253.27 4363.47 4365.85 5179.89 5256.03 diambil pada praktikum kali ini adalah
5339.79 5384.78
frekuensi vibrasional. Frekuensi vibrasional
Zero-point correction= 0.324424
(Hartree/Particle) dibutuhkan untuk menentukan spektrum IR,
Thermal correction to Energy= 0.340408 mengkarakterisasi titik stasioner,
Thermal correction to Enthalpy= 0.341352
Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.277330 mendapatkan zero-point energy (atau zero-
Sum of electronic and zero-point Energies= 0.372825
Sum of electronic and thermal Energies= 0.388810 point vibrational energy), dan menentukan
Sum of electronic and thermal Enthalpies= 0.389754 orbital Molekuler.
Sum of electronic and thermal Free Energies= 0.325732

E (Thermal) CV S Mekanika Molekuler

KCal/Mol Cal/Mol-Kelvin Cal/Mol-Kelvin
Total 213.609 60.201 134.746 Mekanika molekuler didasarkan pada
Electronic 0.000 0.000 0.000
Translational 0.889 2.981 43.666 model matematika dari sebuah molekul
Rotational 0.889 2.981 35.754 sebagai kumpulan bola (menggambarkan
Vibrational 211.832 54.240 55.326
Vibration 1 0.593 1.986 6.755 atom) yang berikatan dengan pegas
Vibration 2 0.593 1.984 5.948
Vibration 3 0.594 1.981 5.259 (menggambarkan ikatan). Metode ini
Vibration 4 0.602 1.957 3.675 menggunakan konsep model mekanis dari
Vibration 5 0.606 1.944 3.326
Vibration 6 0.613 1.918 2.869 suatu molekul untuk menentukan energi
Vibration 7 0.617 1.907 2.729
Vibration 8 0.622 1.890 2.536 minimum geometrinya dengan pengecualian
Vibration 9 0.641 1.831 2.076 terhadap elektron.
Vibration 10 0.664 1.760 1.718
Vibration 11 0.671 1.737 1.628
Vibration 12 0.680 1.710 1.532 Energi-energi yang dihasilkan
Vibration 13 0.699 1.654 1.361 merupakan fungsi dari ketahanan molekul
Vibration 14 0.704 1.640 1.323
Vibration 15 0.707 1.631 1.299 terhadap regangan ikatan, tekukan ikatan, dan
Vibration 16 0.731 1.563 1.141
Vibration 17 0.751 1.510 1.034 atom crowding. Energi yang didapatkan
Vibration 18 0.786 1.417 0.877 kemudian digunakan untuk menemukan
Vibration 19 0.815 1.346 0.776
Vibration 20 0.839 1.289 0.704 Panjang ikatan, sudut ikatan, dan garis lintang
Vibration 21 0.858 1.243 0.651
Vibration 22 0.906 1.138 0.542 dari permukaan energi potensial.
Vibration 23 0.915 1.119 0.525
Vibration 24 0.920 1.108 0.515 Kelebihan dari metode mekanika
Vibration 25 0.953 1.041 0.458
Vibration 26 0.956 1.035 0.453 molekuler adalah cepat dan tidak menuntut
Vibration 27 0.974 1.001 0.426 spesifikasi perangkat keras yang tinggi. Karena
Gambar 8 Hasil kalkulasi metode Mekanik kecepatannya dan ketersediaan parameter

3
 Laporan Praktikum
Kimia Komputasi
untuk semua elemen, metode ini dapat
menyediakan struktur yang cukup baik untuk
kalkulasi semiepiris, ab initio, atau density
functional.
Kekurangan dari metode mekanika
molekuler berasal dari pengabaian elektron.
Pengabaian ini menyebabkan metode
mekanika tidak bisa menyediakan informasi
tentang bentuk dan energi orbital molekul
(HOMO, LUMO) dan juga spektrum elektronik.
Metode Hartree-Fock (HF)
Metode kalkulasi Hartree-Fock adalah
jenis yang paling sederhana dalam kalkulasi ab
initio (Friesner, 2005). Kalkulasi HF pada atom
pertama kali dilakukan oleh Profesor Douglas
Hartree pada tahun 1928 (Hartree, 1928).
Utamanya metode Hartree-Fock
digunakan untuk menghitung geometri
molekul, energi-energi, frekuensi vibrasional,
spektra (IR, UV, NMR), energi ionisasi dan
afinitas elektron, dan momen dipol.
Kelebihan dari metode Hartree-Fock
adalah metode ini dapat diandalkan dan dapat
digunakan ke berbagai spesi.
Kekurangan dari Metode Hartree-Fock
adalah prosesnya yang sangat lama dan
memerlukan spesifikasi komputer yang cukup
tinggi karena haus akan memori dan ruang
penyimpanan. Metode ini tidak dapat
memberikan deskripsi yang jelas dari suatu
peristiwa reaksi kimia dimana peran korelasi
electron (electron correlation) yang utama
(Friesner, 2005).
Analisis HOMO dan LUMO
HOMO (Highest Occupied Molecular
Orbital) dan LUMO (Lowest Unoccupied
Molecular Orbital) adalah orbital yang sangat
penting dalam suatu molekul. Keduanya
adalah parameter untuk menentukan sifat
molekul, sifat transport elektrikal molekul, dan
aktivitas kimiaw dari molekul (Gobinath &
Xavier, 2013).
Energi dari HOMO dan LUMO dihitung
menggunakan metode Hartree-Fock. Ilustrasi
Orbital molekul, HOMO dan LUMO berturut-
turut dapat dilihat di Gambar 5 dan Gambar 6.
4
Kesimpulan
Optimasi struktur dan perhitungan energi dari
senyawa ambroxol dilakukan menggunakan
aplikasi Gaussview 5.0 dan Gaussian 09W. Nilai
HOMO dan LUMO dari ambroxol didapatkan
menggunakan metode Hartree-Fock. Metode
Hartree-Fock menghasilkan struktur molekul
ambroxol yang lebih stabil setelah proses
optimasi dibandingkan dengan metode
mekanika molekul.
Daftar Pustaka
Berger, R. (2004). Computational Chemistry.
Introduction to the Theory and
Applications of Molecular and Quantum
Mechanics. By Errol G. Lewars. In
Angewandte Chemie International
Edition (Vol. 43, Issue 38).
https://doi.org/10.1002/anie.200485057
Friesner, R. A. (2005). Ab initio quantum
chemistry: Methodology and
applications. Proceedings of the National
Academy of Sciences of the United States
of America, 102(19), 6648–6653.
https://doi.org/10.1073/pnas.04080361
02
Gobinath, E., & Xavier, R. J. (2013). Quantum
chemical calculations, vibrational
studies, HOMO-LUMO and NBO/NLMO
analysis of 2-bromo-5-nitrothiazole.
Spectrochimica Acta - Part A: Molecular
and Biomolecular Spectroscopy, 104,
394–402.
https://doi.org/10.1016/j.saa.2012.11.0
66
Hartree, D. R. (1928). The wave mechanics of
an atom with a non-Coulomb central
field Part I Theory and methods.
Mathematical Proceedings of the
Cambridge Philosophical Society, 24(1),
89–110.
Malerba, M., & Ragnoli, B. (2008). Ambroxol
in the 21st century: Pharmacological and
clinical update. Expert Opinion on Drug
Metabolism and Toxicology, 4(8), 1119–
1129.
https://doi.org/10.1517/17425255.4.8.1
119
Omolara, A. (2018). Computational modelling
 Laporan Praktikum
Kimia Komputasi
Procedures for Geometry Optimization,
Kinetic and Thermodynamic Calculations
using Spartan Software - A Review.
Archives of Organic and Inorganic
Chemical Sciences, 1(5), 122–125.
https://doi.org/10.32474/aoics.2018.01.
000123
Schlegel, H. B. (2011). Geometry optimization.
Wiley Interdisciplinary Reviews:
Computational Molecular Science, 1(5),
790–809.
https://doi.org/10.1002/wcms.34