Laporan Praktikum

Kimia Komputasi
Identifikasi dan Penentuan Target Kerja Obat: SARS-CoV-2
main protease, 3CL Mpro

Delfritama Ibadillah
11181153
3FA4

Tujuan
Identifikasi dan menentukan target kerja obat anti SARS-CoV-2

Prinsip
Penentuan target kerja obat dalam proses penemuan obat baru merupakan tahap awal yang krusial.
Kesalahan dalam penentuan target kerja obat dapat berakibat fatal dalam penemuan obat.

Pendahuluan
Sebuah virus muncul di kota Wuhan, China pada bulan Desember 2019 tanpa diketahui asal
virus (Rawson et al., 2021). Penemuan baru ini diberitakan oleh WHO pada awal Januari 2020 sebagai
kasus pneumonia yang penyebabnya belum diketahui. Sebab peningkatan kasus yang sangat signifikan
dan penyebarannya ke berbagai penjuru dunia WHO mengumumkan status pandemi untuk penyakit
ini. (Chitranshi et al., 2020). Populasi manusia sangat rentan terhadap virus baru ini yang disebut SARS-
CoV-2 sehingga pengebangan vaksin dan obat diperlukan (Belongia & Osterholm, 2020; Rawson et al.,
2021).

Meskipun vaksin sudah diberikan ke publik, distribusi vaksin memerlukan waktu yang cukup
Panjang sehingga pengembangan obat SARS-CoV-2 tetap perlu dilakukan. Salah satu target kerja obat
yang dapat dipilih adalah chymotrypsin-like cysteine protease enzyme (3CL Mpro atau main protease)
untuk dihambat, sebab enzim ini berperan dalam replikasi SARS-CoV-2. Sehingga menghambat enzim
ini akan menghambat pertumbuhan virus (Su et al., 2020).

Metode
Perangkat keras
Perangkat keras yang dipakai dalam praktikum ini adalah perangkat Komputer sistem operasi
Windows 10 pro 64-bit, AMD® Ryzen™ 3200G @ 3.60 GHz, RAM 16 GB DDR4, VGA terintegrasi 2GB.

Target kerja obat

Target kerja obat diunduh dengan format .pdb dari website www.rcsb.org berupa struktur kristal
SARS-CoV-2 main protease, 3CL Mpro yang berikatan dengan telaprevir (PDB ID: 6XQS).

Visualisasi target kerja obat

Visualisasi target kerja obat menggunakan aplikasi Discovery Studio Visualizer 2021© dari Biovia™.
 Laporan Praktikum
Kimia Komputasi
Hasil
Informasi target kerja obat
Klasifikasi: protein virus/hydrolase
Organisme: SARS-CoV-2
Metode: X-Ray Diffraction
Resolusi: 1.90 Å

Ligan yang berinteraksi

Nama Struktur 2D
Telaprevir
(C36H55N7O6)

Tabel 1 Informasi target kerja obat dan ligannya

Gambar 1 Struktur 3CL Mpro dan ligan

 Laporan Praktikum
Kimia Komputasi
Pembahasan
Replikasi SARS-CoV-2 melibatkan sintesis dua poliprotein besar, pp1a dan pp1ab (masing-
masing ~450 dan ~790 kDa), yang tidak aktif sampai enzim 3CL Mpro membelahnya menjadi protein
fungsional yang lebih kecil. Dengan demikian, 3CL Mpro sangat diperlukan untuk siklus hidup virus, dan
penghambatannya dapat mencegah produksi virion infeksius. Kurangnya protein manusia yang
homolog dan peran penting enzim untuk replikasi SARS-CoV-2 menjadikannya salah satu target paling
menjanjikan untuk desain protease inhibitor tertentu (Haft et al., 2020).

Pemilihan target kerja obat perlu memperhatikan beberapa hal seperti asal target kerja obat,
resolusi, dan metode dalam penentuan struktur. Hal ini perlu diperhatikan sebab pemilihan yang
kurang tepat akan mempengaruhi hasil penelitian yang diinginkan.

Asal target kerja obat yang tepat penting dalam pengembangan obat. Asal target kerja obat
haruslah spesifik dan selektif khususnya untuk penyakit yang sumbernya dari luar tubuh sebab obat
yang akan dikembangkan harus bersifat pathogen untuk penyebabnya tanpa membahayakan tubuh.
Selain spesifik dan selektif, sifat target kerja obat yang lain adalah kemampuannya berinteraksi dengan
senyawa obat (Crowther et al., 2010).

Resolusi adalah ukuran tingkat detail yang ada dalam pola difraksi dan tingkat detail yang akan
terlihat saat peta kerapatan elektron dihitung. Struktur resolusi tinggi memiliki nilai resolusi sebesar
1 Å sampai 3 Å, struktur akan terlihat sangat teratur dan mudah untuk melihat setiap atom peta
kerapatan atom. Struktur resolusi rendah memiliki nilai resolusi diatas 3 Å struktur yang terlihat hanya
menunjukkan kontur dasar rantai protein dan struktur atom harus diterjemahkan.

Kristalografi sinar-X dapat memberikan informasi atom yang sangat rinci, menunjukkan setiap
atom dalam protein atau asam nukleat bersama dengan rincian atom ligan, inhibitor, ion, dan molekul
lain yang tergabung ke dalam kristal. Namun, proses kristalisasi sulit dan dapat membatasi jenis
protein yang akan dipelajari dengan metode ini.

Kesimpulan
Salah satu target kerja obat untuk melawan SARS-CoV-2 adalah 3CL Mpro. Pemilihan target
kerja obat perlu memperhatikan asal target kerja yang spesifik, resolusi yang tinggi, dan metode
penentuan struktur semua dilakukan agar mendapat hasil yang baik.

Daftar Pustaka
Belongia, E. A., & Osterholm, M. T. (2020). COVID-19 and flu, a perfect storm. Science, 368(6496),
1163. https://doi.org/10.1126/science.abd2220
Chitranshi, N., Gupta, V. K., Rajput, R., Godinez, A., Pushpitha, K., Shen, T., Mirzaei, M., You, Y.,
Basavarajappa, D., Gupta, V., & Graham, S. L. (2020). Evolving geographic diversity in SARS-CoV2
and in silico analysis of replicating enzyme 3CLprotargeting repurposed drug candidates. Journal
of Translational Medicine, 18(1), 1–15. https://doi.org/10.1186/s12967-020-02448-z
Crowther, G. J., Shanmugam, D., Carmona, S. J., Doyle, M. A., Hertz-Fowler, C., Berriman, M., Nwaka,
S., Ralph, S. A., Roos, D. S., van Voorhis, W. C., & Agüero, F. (2010). Identification of attractive
drug targets in neglected- disease pathogens using an in Silico approach. PLoS Neglected Tropical
Diseases, 4(8). https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0000804
Haft, J. W., Atluri, P., Ailawadi, G., Engelman, D. T., Grant, M. C., Hassan, A., Legare, J. F., Whitman, G.
J. R., & Arora, R. C. (2020). Adult Cardiac Surgery During the COVID-19 Pandemic: A Tiered Patient
Triage Guidance Statement. Annals of Thoracic Surgery, 110(2), 697–700.
https://doi.org/10.1016/j.athoracsur.2020.04.003
 Laporan Praktikum
Kimia Komputasi
Rawson, J. M. O., Duchon, A., Nikolaitchik, O. A., Pathak, V. K., & Hu, W. (2021). Development of a Cell-
Based Luciferase Complementation Assay for Identification of SARS-CoV-2 3CL pro Inhibitors. 1–
16.
Su, H. xia, Yao, S., Zhao, W. feng, Li, M. jun, Liu, J., Shang, W. juan, Xie, H., Ke, C. qiang, Hu, H. chen,
Gao, M. na, Yu, K. qian, Liu, H., Shen, J. shan, Tang, W., Zhang, L. ke, Xiao, G. fu, Ni, L., Wang, D.
wen, Zuo, J. ping, … Xu, Y. chun. (2020). Anti-SARS-CoV-2 activities in vitro of Shuanghuanglian
preparations and bioactive ingredients. Acta Pharmacologica Sinica, 41(9), 1167–1177.
https://doi.org/10.1038/s41401-020-0483-6