LAPORAN PRAKTIKUM DIAGNOSTIK MOLEKULER II

POHON FILOGENETIK (INFLUENZA A VIRUS)

OLEH:

NAMA : NIKEN SASRA ARMAYANTI P

NIM : A201901100

KELAS : E3

KELOMPOK : III (TIGA)

DOSEN : SATRIANI SYARIF, S.Si, MSc

D-IV TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UNIVERSITAS MANDALA WALUYA

KENDARI

2022
 POHON FILOGENETIK

A. Tujuan Praktikum
Tujuan dari praktikum ini adalah untuk mengetahui tingkat kekerabatan
sekuens dari suatu spesies mikroorganisme (Influenza A Virus) berdasarkan
pohon filogenetik menggunakan aplikasi Mega 7.0.

B. Tinjauan Pustaka
Bioinformatika merupakan cabang Bioteknologi yang menggunakan
komputer untuk menganalisis dan mengelola data DNA maupun protein
(Thieman & Palladino, 2013). Tiga unsur dalam kegiatan analisis
bioinformatika yaitu pusat data atau database, analisis data, prediksi (Witarto &
Sajidan, 2010). Terdapat 3 tujuan utama penggunaan bioinformatika, yaitu (1)
mengorganisasikan data, baik mengakses data yang sudah ada atau
menambahkan data baru; (2) mengembangkan alat dan sumber daya untuk
membantu menganalisis data; dan (3) menggunakan alat untuk menganalisis
data dan menginterpretasikan hasil sesuai dengan istilah dalam Biologi
(Ningrum dkk, 2017).
Program Mega7 dapat digunakan mengetahui tingkat kemiripan antara
sekuen satu dengan sekuen pembanding (standart). Beberapa tahapan
umumnya perlu dilakukan, yaitu dimulai dari installing program, editing data
sekuen dilanjutkan alignment. Dari hasil analisis akan diketahui diagram
filogeniknya. Hal ini menunjukkan sekuen yang mempunyai hubungan
kekerabatan dapat diidentifikasi dengan menempati cabang yang terdekat. Liu
et al., (2008) menyebutkan bahwa program Mega7 dapat digunakan untuk dua
tujuan sekaligus yaitu pengambilan kesimpulan hubungan evolusi dari sekuen-
sekuen yang homolog dan memperkirakan keragaman evolusi netral dan
selektif diantara sekuen. Di samping itu Mega7 ini juga dilengkapi dengan hasil
berupa diagram pohon filogenetik serta matrik jarak evolusi(Yuniarti
dkk,2016).
 Filogenetika dikenal sebagai kajian yang berkaitan dengan ilmu biologi
yang menyediakan fasilitas dalam bidang epidemiologi manusia, ekologi, dan
evolusi. Filogenetika merupakan salah satu cabang ilmu biologi yang
mempelajari hubungan evolusioner dan pola keturunan, kelompok organisme.
Analisis filogenetika tidak terlepas dari evolusi biologi. Evolusi adalah proses
gradual yang memungkinkan suatu spesies sederhana menjadi lebih komplek
melalui akumulasi perubahan dari beberapa generasi. Keturunan akan memiliki
perbedaan dari nenek moyangnya sebab sedang berubah dalam sebuah evolusi
(Mahfut,2020)
Pohon filogeni merupakan suatu cara yang digunakan untuk mengetahui
hubungan kekerabatan makhluk hidup di muka bumi. Menurut Mirabella
(2011), pohon filogeni diartikan menjadi dua kata, yaitu pohon dan filogeni.
Pohon yang berarti data terstruktur yang menggambarkan sebuah data yang
dapat diinterpretasikan secara hierarki yang berhubungan dan digambarkan
dengan setiap cabang dalam pohon. Sedangkan filogeni yang berasal dari
bahasa Yunani, yaitu phyle dan phylon yang mempuyai suku dan ras, serta
genetikos yang berati kerabat dari kelahiran(Lubis K, 2014).
Penyakit pernapasan menular disebabkan oleh virus influenza yang dapat
menyebabkan penyakit ringan hingga kematian. Penyakit tersebut biasanya
disebut dengan “influenza” (Abelson, 2009). Influenza terdiri atas 3 tipe yaitu
influenza tipa A (H1N1), tipe B (Flu Perut) dan tipe C (Flu Ringan). Diantara
ketiga tipe penyakit tersebut influenza tipe A merupakan penyakit influenza
yang paling berbahaya sehingga menyebabkan epidemik dan menyerang semua
kelompok umur manusia juga hewn(Sinula A, 2018).
Influenza merupakan suatu penyakit infeksi saluran pernapasan akut
(ISPA) yang dapat menimbulkan kematian.1 Virus influenza tipe A merupakan
virus penyebab influenza yang paling sering menyebabkan terjadinya pandemi
influenza. Pandemi influenza yang pertama terjadi adalah “Spanish Flu” yang
disebabkan oleh virus influenza A subtipe H1N1 pada tahun 1918 di Spanyol,
yang kedua adalah “Asian Flu” oleh virus H2N2 pada tahun 1957, dan yang
ketiga adalah “Hong Kong Flu” yang disebabkan oleh virus H3N2 pada tahun
 1968. Pandemi influenza berikutnya masih belum bisa diprediksi, namun
dikhawatirkan terjadi pandemi baru oleh virus H5N1(Rahma S,Dkk.2016).

C. Skema Kerja
1. Alat dan Bahan
Alat dan bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah sebagai
berikut :
a) Laptop
b) Wifi
c) Sequens Basa DNA
2. Prosedur Kerja
1) Pertama-tama membuka aplikasi Mega 7.0

2) Lalu pilih align kemudian pilih edit/built aligment

3) Kemudian akan muncul seperti ini dan pilih Ok

4) Lalu pilih DNA

5) Kemudian pilih edit, setelah itu pilih Insert sequence from file
6) Setelah itu akan muncul tampilan seperti ini, kemudian pilih edit lalu pilih
insert sequence from file dan pilih file yang berisikan sequens yang telah
dicari dan kemudian pilih open

7) Kemudian akan muncul seperti ini

8) setelah itu tekan align by ClustalW

9) Kemudian akan menampilkan gambar seperti ini dan tunggu sampai penuh

10) jika tampilan seperti ini , sekuens sudah bisa dipotong

11) kemudian blok sequens yang tidak mempunyai pasangan lalu delete
12) tampilan sequens yang telah di potong

13) setelah dipotong save sequens dengan cara pilih data kemudian pilih save
session

14) kemudian beri nama file sequens lalu save

15) setelah itu pilih data kemudian pilij phylogenetic analysis

16) setelah itu kembali ke aplikasi Mega 7.0 kemudian pilih data lalu pilih export
data

17) kemudian akan muncul tampilan seperti ini pilih close

18) setelah itu pilih phylogeny lalu pilih construct/teks neighbor joining tree

19) kemudian pilih yes

20) jika muncul tampilan seperti ini pilih compute

 21) kemudian tunggu sampai selesai progress dan akan muncul gambar pohon
filogenetik

D. Hasil Pengamatan
Hasil pengamatan yang diperoleh pada percobaan ini adalah sebagai
berikut:

NC 007371.1:25-2175 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 3 complete sequence

98

26 NC 007371.1:25-784 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 3 complete sequence

14 NC 007372.1:25-2298 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 2 complete sequence

8
NC 007373.1:28-2307 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 1 complete sequence

NC 007366.1:30-1730 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 4 complete sequence

NC 007370.1:27-864 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 8 complete sequence

95
NC 007370.1:27-719 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 8 complete sequence

NC 007369.1:46-1542 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 5 complete sequence

33

NC 007368.1:20-1429 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 6 complete sequence

22
NC 007367.1:26-1007 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 7 complete sequence

95
NC 007367.1:26-784 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 7 complete sequence

0.10

Gambar 1. Pohon Filogenik Influenza A virus

E. Pembahasan
Filogenetik merupakan salah satu metode yang digunakan untuk
menganalisis hubungan kekerabatan (phylogenetic relationship) suatu makhluk
hidup. Di dalam filogenetika, kelompok organisme yang memiliki kesamaan
karakter atau ciri dianggap memiliki hubungan kekerabatan yang dekat.
Kesamaan tersebut dianggap merupakan turunan dari satu indukan (nenek
moyang) dan nanti akan membentuk kelompok monofiletik.
Sekuensing DNA atau pengurutan basa DNA merupakan teknik kunci
dalam perkembangan ilmu pengetahuan, di antaranya genetika, bioteknologi,
biologi molekuler, dan genomika (Franca et al. 2002). Sekuensing DNA
bertujuan untuk menentukan urutan basa nitrogen (adenin, guanin, sitosin, dan
timin) suatu sampel DNA. Salah satu contoh aplikasi ambisius teknologi
sekuensing DNA yaitu pengurutan genom manusia melalui proyek yang
dikenal Human Genome Project. Dalam ilmu pengobatan, sekuensing DNA
digunakan untuk mengidentifikasi, mendiagnosis, dan mengembangkan
pengobatan penyakit genetik. Tahun 1970 merupakan awal pengem- bangan
sekuensing DNA dengan metode kromatografi. Selanjutnya diperkenalkan
metode sekuensing DNA dengan menggunakan metode dye-based sequencing.
Diagram filogenik (phylogenetic tree) adalah diagram berbentuk hubungan
pencabangan yang menunjukkan hubungan evolusi antara berbagai sekuen
makhluk hidup berdasarkan kemiripan dan perbedaan karakteristik fisik serta
genetik yang diturunkan dari induknya sebagai pendekatan logis untuk
menunjukkan hubungan evolusi antara organisme (Smith et al., 2010). Hasil
yang diperoleh dapat diaplikasikan untuk membuat sistematika biologi,
mencari fungsi dari suatu gen atau protein, riset medis, epidemologi hingga
studi evolusi. Untuk menentukan pohon filogenetik diperlukan sekuen data-
data hasil sekuensing DNA hasil eksperimen menggunakan sekuenser ABI
Prism 310.
Analisis Filogenetik adalah analisis yang bertujuan untuk menyusun
hubungan filogenetik yang pada umumnya digambarkan dalam suatu garis
yang bercabang-cabang seperti pohon yang disebut pohon filogenetik (Irawan,
 2013, p. 284). Pohon filogeni adalah suatu bentuk gambaran dari silsilah
makhluk hidup baik hewan maupun tumbuhan yang bercabang-cabang
menyerupai pohon menganalisis hubungan kekerabatan (phylogenetic
relationship) suatu makhluk hidup. Di dalam filogenetika, kelompok organisme
yang memiliki kesamaan karakter atau ciri dianggap memiliki hubungan
kekerabatan yang dekat. Kesamaan tersebut dianggap merupakan turunan dari
satu indukan (nenek moyang) dan nanti akan membentuk kelompok
monofiletik.
Tampilan hasil diagram filogenetik menunjukkan sekuen yang dianalisis
mempunyai kedekatan atau kekerabatan dapat diidentifikasi dengan menempati
cabang yang terdekat dengan sekuens standart (pembanding). Ditunjukkan pula
pada pemanfaatan program Mega-7 untuk dua tujuan sekaligus yaitu
pengambilan kesimpulan hubungan evolusi dari sekuen-sekuen yang homolog
dan memperkirakan keragaman evolusi netral dan selektif diantara sekuen.
Identifikasi dengan sekuens DNA dilakukan menggunakan penanda
molekuler. Salah satu penanda molekuler yang saat ini digunakan dalam
mengungkapkan taksonomi yaitu kode batang DNA (DNA barcoding) yang
merupakan urutan sekuen pendek DNA yang dapat menunjukkan variasi
genetik dalam suatu spesies (Chippindale et al., 1999). Dalam proses DNA
Barcoding, gen tertentu dapat digunakan sebagai marker dalam pembagian
genetik spesies dan rekonstruksi filogenetik.
Pada pemotongan basa DNA itu terpotong di basa DNA dari urutan 191
sampai 236 dan Hasil dari pohon filogenetik untuk Influenza A Virus
NC007371.1:25-2175 dan NC007371.1:25-784 memiliki kekerabatan dekat
dengan NC007372.1:25-2298.
F. Kesimpulan
Kesimpulan dari praktikum ini adalah bahwa pada pemotongan basa DNA
itu terpotong di basa DNA urutan 191 sampai 236 dan Hasil dari pohon
filogenetik untuk Influenza A Virus NC007371.1:25-2175 dan
NC007371.1:25-784 memiliki kekerabatan dekat dengan NC007372.1:25-
2298.
 DAFTAR PUSTAKA

Lubis K,2014. Cara Pembuatan Pohon Filogeni. Jurnal Pengabdian Kepada

Masyarakat Vol. 20 (75 ).

Mahfut ,2020.Aplikasi Filogenetik Di Dunia Biologi Kesehatan: Melacak

Pandemic Pathogen. Jurnal Teknosains Vol. 14 (2).

Ningrum D, Amin M, dan Lukiati B, 2017. Pendekatan Bioinformatika Berbasis

Penelitian Analisis Profil Protein Carbonic Anhydrase Ii Yang Berpotensi
Sebagai Kandidat Penyebab Autis Untuk Variasi Pembelajaran
Matakuliah Bioteknologi. Jurnal Pendidikan Biologi Indonesia Vol.3 (1).

Rahma S, Mutiara K, dan Murad K. 2016. Gambaran Pengetahuan Masyarakat

mengenai Influenza pada Manusia di Kabupaten Indramayu dan
Majalengka sebagai Wilayah Kejadian Luar Biasa H5N1 pada Unggas di
Jawa Barat Tahun 2014 . Jurnal Sains dan Kesehatan Vol.1(3).

Sinula A. 2018. Penyebaran Penyakit Influenza Tipe A (H1n1) Model Seisinr.

Jurnal Ilmiah Matematika Vol. 6 (3).

Yuniarti H, Cholis B, dan Rinanti A. 2016. Diagram filogenik hasil sekuens basa
dna menggunakan program mega-7 (molecular evolutionary genetics
analysis). Jurnal Penelitian dan Karya Ilmiah Vol. 1(2).