NAMA : Faridhotul Amal Kawulusan

NIM : 205090100111057
KELOMPOK : 04

REPORT SHEET TOPIK 8 (ANALISIS DENDOGRAM)

Kladogram (Fenogram)

Interpretasi Hasil :
Interpretasi Hasil: Analisis kladogram pada isolat bakteri Bacillus sp., E. coli dan Staphylococcus
aureus (gambar 1) digunakan untuk mengetahui bentuk gambaran filogeni berupa garis yang
menampilkan alur atau lineage dan kelompok clade atau keturunan. Kladogram menunjukan hubungan
kekerabatan suatu takson dengan takson lainnya dan menunjukan kekerabatan suatu takson dengan
ancestornya. Hasil pembuatan kladogram pada isolat bakteri Bacillus sp., E. coli dan Staphylococcus
aureus dengan analisis data menggunakan Clad97 menunjukaan adanya HTU (Hypothetical taxonimic
unit)1 dan HTU 2. HTU berfungsi sebagai takson ancestor yang dihipotesiskan. HTU 1 memiliki nilai
82,45 % dan HTU 2 memiliki nilai 73,6%. Semakin besar nilai persentase pada HTU, maka akan spesies
tersebut memiliki nilai kesamaan yang semakin besar juga. HTU 1 dengan nilai 82,45% yang memiliki
garis pada E. coli dan Staphylococcus aureus memiliki arti bahwa bakteri E. coli dan Staphylococcus
aureus memiliki kemiripan sebesar 82,45%. HTU 1 bisa dikatakan sebagai sister group. HTU 2
memiliki nilai 73,6% yang memiliki garis dengan Bacillus sp. dan HTU 2. Hal ini menunjukan Bacillus
sp. dengan HTU 2 memiliki kemiripan dengan HTu sebesar 73,6%. Bacillus sp. bisa dikatakan sebagai
outer group. Kladogram adalah diagram yang menunjukan hubungan antara spesies berdasarkan garis
keturunan nenek moyangnya selama waktu evolusi. Kladogram berasal dari kata clado (klade) dan
gramma (trait). Klade adalah kelompok dari organisme yang diturunkan dari nenek moyang. Klodogram
berfungsi untuk menentukan sifat secara norfologi untuk mengevaluasi nilai apomorphic dan
pleismorphic (Khullar dan Jha., 2017). Pembuatan pohon filogeni ada dua cara, yaitu secara manual
dan dengan bantuan software. Cara sederhana yang digunakan adalah membandingkan uruan DNAnya,
sedangkan software dengan Clustal W2 (Lubis, 2014).

Pohon Filogeni

Interpretasi Hasil :
Berdasarkan hasil analisis pohon filogeni pada gambar 2 didapatkan dari analisis data meggunakan
MEGA 7 bahwa adanya outer group dan sister group. Outer group ditunjukan oleh spesies Pseudomonas
aeruginosa, sedangkan sister group ditunjukan selain spesies Pseudomonas aeruginosa. Angka yang
berada pada ujung simpang menunjukan tingkat kepercayaan data. Semakin besar nilainya makan data
tersebut semakin bisa dipercaya. Data yang menunjukan 98-100 memiliki kepercayaan yang tinggi,
sedangkan data 59 dan 78 memiliki data yang kurang dapat dipercaya. Hal ini dapat diantisipasi dengan
penambahan variasi genetik dari spesies agar angkanya mendekati atau 100. Angka 0.0050 adalah skala
yang didapatkan, jika diubah menjadi persentase nilainya akan menjadi 0.5%. 0.05% memiliki arti dari
isolat yang didapatkan, terdapat 0.05% variasi genetik yang ada. Jika ingin menghitung persen variasi
genetik dari spesies BC14.3, maka yang dikukan adalah mengukur menggunakan penggaris panjang
garis pada BC14.3. Langkah selanjutnya adalah dibandingkan dengan panjang garis dari Pseudomonas
plecoglossicida. Organisme akan berveolusi seiring dengan pertambahan waktu, yang akan
menyebabkan panjang garis dalam pohon filogeni akan semakin panjang yang menunjukan semakin
maju organisme tersebut dan semakin jauh perbedaan dengan nenek moyang. Semakin pendek garis,
maka akan semakin rendah tingkatan organisme tersebut secara evolusinya dan semakin mirip dengan
nenek moyangnya. Pohon filogeni adalah diagram atau pohon percabangan yang dibuat untuk
menunjukan hubungan evolusi antar spesies mahluk hidup. Hal ini dibuat berdasarkan kemiripan dan
perbedaaan karakter fisik maupun genetik antar spesies berdasarkan nenek moyang yang sama (Roy
dkk., 2014). Pembuatan pohon filogenik dapat menggunakan software MEGA 7 (Molecular
Evolutionary Genetics Analysis) dengan mengetahui kemiripan antara sekuen satu dengan sekuen
pembanding atau standart yang memiliki hasil diagram pohon filogenetik dan jarak matriksnya
(Yuniarti dkk., 2016).
Pairwise Distances
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1. BC14.3
2. Pseudomonas plecoglossicida NBRC
0,57
103162 T
3. Pseudomonas plecoglossicida strain
0,57 0,00
FPC951 T
4. Pseudomonas putida ATCC 12633 T 1,06 0,59 0,66
5. Pseudomonas putida NBRC 14164 T 3,05 4,01 4,08 0,07
6. Pseudomonas aeruginosa strain
4,34 4,09 4,09 4,95 8,20
ATCC 10145 T
7. Pseudomonas syringae strain ATCC
3,35 2,81 2,80 1,96 5,81 5,50
19310 T
8. Pseudomonas syringae LMG 1247 T 3,35 2,79 2,83 2,00 5,83 5,52 0,07
9. Pseudomonas chlororaphis NBRC
3,35 2,79 2,86 2,02 5,77 5,55 1,46 1,59
3904 T
10. Pseudomonas chlororaphis strain
3,35 2,80 2,80 1,95 5,71 5,49 1,46 1,53 0,00
ATCC 9446 T

Interpretasi Hasil : Interpretasi Hasil: Berdasarkan hasil pairwise pada gambar 3 didapatkan Pairwise
Distances adalah sebagai nilai disimilaritas atau ketidaksamaan dari suatu spesies dengan spesies lain.
Nilai Pairwise Distances berkebalikan atau bertolak belakang dengan nilai pohon filogeni. Nilai
Pairwise Distance antar dua spesies dalam persentase yang semakin besar menunjukkan spesies tersebut
semakin berbeda dengan spesies yang lain. Pairwise Distances diperoleh setelah membuat pohon
filogeni. Hasil analisis data isolat BC14.3 dengan spesies Pseudomonas plecoglossicida memiliki nilai
0,57%. Nilai 0,57% merupakan nilai terkecil yang menunjukkan bahwa isolat BC14.3 dengan spesies
Pseudomonas plecoglossicida memiliki kemiripan atau similaritas yang tinggi. Hasil analisis data isolat
BC14.3 dengan spesies Pseudomonas aeruginosa memiliki nilai 4,3%. Nilai 4,3% merupakan nilai
terbesar yang menunjukkan bahwa isolat BC14.3 dengan spesies Pseudomonas aeruginosa
menunjukkan disimilaritas atau perbedaan yang besar. Jarak berpasangan yang merupakan ukuran
keragaman beta filogenetik dan dihitung sebagai rerata untuk semua perbandingan berpasangan antara
taksa dari dua komunitas yang berbeda (Erickson dkk., 2014)
 DAFTAR PUSTAKA

Erickson, D.L., Jones, F.A., Swenson, N.G., Pei, n., Bourg, N.A., Chen, W., Davies, S.J., Ge, X., Hao,
Z., Howe, R.W., Huang, C., Larson, A.J., Lum, S.K.Y., Lutz, J.A., Ma, K., Meegaskumbura, M.,
Mi, X., Parker, J.D., Sun, I.F., Wright, S.J., Wolf, A.T., Ye, W., Xing, D., Zimmerman, J.K., dan
Kress, W.J. 2014. Comparative Evolutionary Diversity and Phylogenetic Structure Across
Multiple Forest Dynamics Plots: A Mega-Phylogeny Approach. Frontiers in Genetics. Vol 5. 1-
14.
Khullar, N dan Jha, D. 2017. Calliphoridae: Cladogram Based On Morphological Characters.
International Journal Peer Reviewed Journal Refereed Journal Indexed Journal. 3(9). 318-321.
Lubis, K. 2014. Cara Pembuatan Pohon Filogeni. Jurnal Pengamdian kepada Masyarakat. 20(75).1-4.
Roy. S., Dasgupta, R dan Bagchi., A. 2014. A Review on Phylogenetic Analysis: A Journey through
Modern Era. Computational Molecular Bioscince/ 4(3). 39-45.
Yuniarti, H., Cholis, B., dan RInanti, A. 2016. Diagram Filogenik Hasil Sekuens Basa DNA
menggunakan Program MEGA-7. Jurnal Penelitian dan Karya Ilmiah. 1(2). 109-117.