PERTEMUAN KE-5

LEMBAR KERJA KELOMPOK (LKK) 2

(Kelas A)

Nama Kelompok :2

Anggota Kelompok : Iqbal Muta’al (2224180006)

Mukrimah (2224190006)

Ima Ismayati (2224190009)

Veny Rafenia (2224190043)

Poppy Maratu Sholihah (2224190050)

Topik : DNA Marker menggunakan Mikrosatelit

A. Perumusan masalah/ topik:

Penelitian yang dilakukan untuk mengkaji dan mempertahankan
keragaman genetik suatu populasi sangat penting dalam konservasi karena
keragaman genetik yang tinggi akan sangat membantu suatu populasi
beradaptasi terhadap perubahan-perubahan yang terjadi di lingkungan
sekitarnya, termasuk mampu beradaptasi terhadap penyakit-penyakit yang ada
di alam. Dengan studi keragaman genetik, maka informasi tentang keragaman
antar individu di dalam dan antar populasi, terutama pada spesies-spesies yang
terancam punah dapat diketahui. Dalam rangka upaya konservasi sumber daya
alam hayati terutama bagi satwa-satwa yang dilindungi, aplikasi dari hasil
identifikasi keragaman genetik ini mempunyai manfaat yang sangat besar dan
strategis.
 Keterbatasan penanda morfologi mendorong perkembangan penanda lain
yang dapat langsung mengakses ke bagian material yang mengendalikan
karakter atau ciri suatu individu, yaitu yang dikenal dengan penanda molekuler
DNA. Perkembangan teknik molekuler sekarang ini seperti penemuan teknik
PCR (Polymerase Chain Reaction) yang mampu mengamplifikasi untai DNA
hingga mencapai konsentrasi tertentu, penggunaan untai DNA lestari
(conserved) sebagai penanda dalam proses PCR, penemuan lokus mikrosatelit
yang hipervariable, dan penemuan metode sekuensing DNA, telah
menyebabkan ilmu genetik molekuler mempunyai pengaruh yang sangat besar
dalam studi biologi suatu populasi. Terobosan-terobosan ini bersamaan dengan
berkembangnya teknik pemodelan matematika melalui program-program
komputer, telah mempermudah para peneliti untuk mendapatkan data genetik
suatu populasi yang sangat berguna dalam merancang program konservasi
suatu spesies tertentu. Salah satu DNA marker yang sering digunakan adalah
mikrosatelit. DNA mikrosatelit merupakan pilihan yang tepat untuk memberi
informasi genetik sehingga dapat dilakukan analisa struktur populasi. DNA
mikrosatelit sendiri merupakan daerah yang memiliki polimorfisme yang
sangat tinggi.

a. Diskusikan dengan teman-teman satu kelompok beberapa

permasalahan di bawah ini!
1. Apakah yang dimaksud dengan mikrosatelit?
Jawab :
Menurut (Anggraeni et al., 2009) Keragaman genetik suatu
populasi dapat didekati melalui polimorfisme mikrosatelit. Mikrosatelit
dikenal juga sebagai Simple Sequence Repeats (SSRs) atau Simple
Tandem Repeats (STRs) merupakan runutan nukleotida pendek
sederhana (khususnya di-, tri- dan tetranukleotida) yang terulang secara
berurutan dalam genom eukariot. Mikrosatelit merupakan marka genetika
yang sering digunakan untuk mempelajari sistem perkawinan dan
struktur populasi (steffen et al., 1993), pautan (linkage), pemetaan
 kromosom, dan analisis populasi (Silva et al., 1999). DNA mikrosatelit
merupakan pilihan yang tepat untuk memberi informasi genetik sehingga
dapat dilakukan analisa struktur populasi. DNA mikrosatelit sendiri
merupakan daerah yang memiliki polimorfisme yang sangat tinggi. Kita
dapat mengetahui variasi dan struktur populasi suatu spesies dengan
mengamplifikasi dan melakukan screening mikrosatelit untuk
mengetahui apakah terjadi mikro evolusi yang mengarah ke spesiasi.

2. Menurut Anda, selain memiliki polimorfisme yang sangat tinggi, apa

sajakah keunggulan mikrosatelit dibanding DNA marker lainnya
sehingga mikrosatelit sering digunakan dalam penelitian genetika
populasi? Jelaskan jawabanmu!
Jawab :
Selain memiliki polimorfisme yang tinggi, mikrosatelit memiliki
keunggulan diantaranya yaitu variabilitas tinggi, mempunyai alel banyak,
kodominan, reproduktivitas tinggi, jumlah relatif melimpah, cakupan
genom yang luas (termasuk organellar genom), lokasi kromosom
spesifik, dan high throughput genotyping. Selain itu, kemudahan untuk
membedakan genotipe melalui ukuran jumlah motif dan mudah didekati
melalui teknik PCR, menjadikan mikrosatelit sebagai penanda molekul
yang baik untuk mempelajari struktur genetik suatu populasi (Wandia
2003). Lalu, mikrosatelit juga dapat digunakan dalam uji paternitas
(Smith et al. 2000).
Mikrosatelit terdapat melimpah dalam genom dan mudah
ditemukan, oleh karena itu digunakan dalam pemetaan genom (Weber
1990). Mikrosatelit juga digunakan sebagai penciri genetik (Lehmann et
al. 1996) atau dapat digunakan sebagai penanda yang ideal untuk
mengukur tingkat keragaman populasi karena memiliki jumlah alel yang
tinggi, serta ekspresi pola pitanya kodominan sehingga dengan mudah
dapat membedakan individu homozigot. Lokus mikrosatelit dengan motif
tetranukleotida akan lebih mudah dibedakan jenis alelnya melalui teknik
elektroforesis. (Anggraeni et al., 2009)
 Mirosatelit memiliki profil pola pita yang tampak dapat
diinterpretasikan dengan mudah yaitu sebagai alel dalam suatu lokus,
merupakan kodominan alel, sangat akurat karena ukuran alelnya dapat
dibedakan sampai derajat satu pasang basa (1 bp). Selain itu mikrosatelit
banyak digunakan untuk pembuatan peta genetik. Pembuatan peta
genetik pada ayam sangat berkembang, hasil terbaru yang dikemukakan
GROENEN et al. (2000) telah dipetakan sebanyak 1889 lokus, 480 lokus
telah merupakan framework map pada 50 linkage group. Penggunaan
marker DNA mikrosatelit untuk bidang pemuliaan menjadi topik menarik
terutama untuk pemetaaan QTL (Quantitative Trait Loci). Pada ayam
telah dilakukan untuk sifat pengaruh pertumbuhan, efisiensi pakan, sifat
karkas, resistensi salmonella dan penyakit mareks (ZHU et al., 2001).

3. Hal-hal apa sajakah yang bisa dipelajari dari suatu populasi dengan
menggunakan mikrosatelit? Jelaskan jawabanmu!
Jawab :
Hal yang dapat dipelajarinya yaitu menganalisis, memprediksi dan
mikrosatelit juga digunakan sebagai penciri genetik (Lehmann et al.
1996) atau dapat digunakan sebagai penanda yang ideal untuk mengukur
tingkat keragaman populasi karena memiliki jumlah alel yang tinggi,
serta ekspresi pola pitanya kodominan sehingga dengan mudah dapat
membedakan individu homozigot.
Jadi secara singkat yang bisa dipelajari dari suatu populasi dengan
menggunakan mikrosatelit yaitu dapat menganalisis, memprediksi, dapat
mencirikan genetik, mengetahui penanda ideal dalam mengukur tingkat
keragaman populasi, dan dapat membedakan individu homozigot. Selain
itu, juga struktur populasi dan hubungan kekerabatan antar populasi,
sistem perkawinan dan struktur populasi, pautan (linkage), pemetaan
kromosom, dan analisis populasi.

4. Informasi apa sajakah yang bisa diperoleh dari penelitian genetika

populasi dengan menggunakan mikrosatelit? Jelaskan!
Jawab :
Penentuan genotipe pada penelitian keragaman genetik DNA
mikrosatelit dan tingkat hubungannya dengan bobot badan pada domba
lokal dilakukan dengan cara melihat banyaknya pita pada gel
elektroforesis, heterozigot ditunjukkan dengan dua pita, sedangkan
homozigot satu pita.

Berdasarkan artikel "Keragaman Genetik DNA Mikrosatelit dan

Hubungannya dengan Performa Bobot Badan pada Domba Lokal".

Frekuensi dan Distribusi Alel

Frekuensi masing-masing alel setiap lokus mikrosatelit dihitung

berdasarkan rumus Nei (1987) :

Xi = (2nii + Σnij) / (2N)

Keterangan :
j≠1
Xi = frekuensi alel ke-i
nij = jumlah individu untuk genotip Ai Aj
nii = jumlah individu untuk genotip Ai Ai
N = jumlah sampel

Didapat hasil yaitu Alel A, B dan D merupakan tiga alel yang

teridentifikasi untuk semua domba lokal pengamatan dari empat alel
yang teridentifikasi pada lokus ILSTS54. Namun demikian, tingkat
frekuensi kejadian antara ketiganya bervariasi. Alel A memiliki frekuensi
lebih tinggi (0,26-0,94) dibandingkan alel B (0,04-0,43), sedangkan
frekuensi alel D sangat rendah (0,01-0,13). Alel A dari lokus ILSTS54
pada DEG dari Sumbawa memiliki frekuensi sangat tinggi (0,94).
Pengamatan terhadap frekuensi alel ketiga lokus secara bersamaan
menunjukkan bahwa alel C baik pada lokus CSSM18 maupun lokus
IDVGA30 serta alel A pada lokus ILSTS54 cenderung muncul dengan
frekuensi sangat tinggi pada DEG di Sumbawa, Donggala dan Rote.
Tingginya frekuensi alel A dan C dari ketiga lokus yang diamati, bisa
menjadi suatu indikasi dari adanya kekhususan marka penciri pada
sebagian besar DEG di wilayah Indonesia Timur.

Nilai Heterozigositas

Nilai heterozigositas biasanya digunakan untuk menentukan

keragaman genetik dalam suatu populasi. Keragaman genetik populasi
dipengaruhi oleh perkawinan acak dalam dalam suatu populasi, migrasi,
inbreeding, dan outbreeding. Inbreeding cenderung menurunkan
keragaman genetik populasi, namun sebaliknya, outbreeding akan
meningkatkan keragaman genetik populasi. (Mulliadi dan Arifin, 2010).

Nilai heterozigositas (ĥ) merupakan cara yang paling akurat untuk

mengukur variasi genetik.

Heterozigositas disebut juga sebagai keragaman gen (Nei, 1987),

sedangkan keragaman genetik dalam populasi diukur dengan rata-rata
heterozigositas (Ĥ) jika lokus yang diamati lebih dari satu lokus (Nei dan
Kumar 2000). Tingginya rata-rata nilai heterozigositas dapat disebabkan
dinamika populasi yang cukup tinggi. Beberapa faktor yang dapat
menyebabkan hal tersebut dijelaskan oleh Bourdon (2000) antara lain
migrasi, mutasi dan persilangan.

Derajat heterozigositas (ĥ) dihitung berdasarkan frekuensi alel pada tiap

lokus DNA mikrosatelit dengan rumus Nei (1987) sebagai berikut:

ĥ = 2n (1-Σxi²) / (2n-1)
 Keterangan :
xi = frekuensi alel lokus ke-i
n = jumlah sampel
ĥ = heterozigositas lokus

Berdasarkan artikel "Keragaman Genetik DNA Mikrosatelit dan

Hubungannya dengan Performa Bobot Badan pada Domba Lokal"
didapatkan hasil tingginya bobot badan, kemungkinan diakibatkan
adanya faktor heterosis positif yang memberikan performa lebih baik dari
rataan tetuanya (Bourdon, 2000). Tingginya koefisien keragaman pada
bobot badan pada genotipeyang sama menunjukkan masih tingginya
keragaman didalam kelompok.
Mikrosatelit digolongkan kedalam penciri genetik bukan gen, oleh
karena itu adanya hubungan langsung antara genotipe mikrosatelit DNA
dengan bobot badan, kemungkinan disebabkan adanya keterkaitan
dengan gen lain.

b. Berdasarkan hasil diskusi kelompok saat membahas permasalahan di

atas, tentukanlah topik yang dibahas pada LKK ini!
Jawab : DNA Marker menggunakan Mikrosatelit

B. Penentuan Kebutuhan Informasi:

Berdasarkan hasil diskusi kelompok, tentukan informasi apa sajakah yang
perlu ditemukan/ dicari untuk menyelesaikan permasalahan di atas?
Jawab : Definisi mikrosatelit, keunggulan mikrosatelit dibanding DNA
marker lainnya, apa yang dipelajari dari suatu populasi menggunakan
mikrosatelit, penelitian genetika populasi dengan mikrosatelit.

C. Pemilihan Sumber Informasi:

1. Lakukan penelusuran literatur pendukung dengan menggunakan browser
(perambah) seperti google atau chrome khususnya google scholar untuk
 mendapatkan artikel publikasi ilmiah yang mengandung informasi yang
dibutuhkan! Baca dan pahamilah isi beberapa artikel tersebut kemudian
diskusikan dalam kelompok!
2. Kemudian, pilihlah dua artikel yang dianggap paling bisa membantu
memenuhi informasi yang dibutuhkan tersebut!
3. Lakukan analisis secara kelompok terhadap informasi yang telah
diperoleh dari dua artikel yang telah dibaca!

D. Mengelola dan Mengintegrasikan Informasi:

Lakukan interpretasi terhadap informasi yang telah diperoleh, buatlah
ringkasan dan kesimpulan.

Kesimpulan :
Mikrosatelit dikenal juga sebagai Simple Sequence Repeats (SSRs) atau
Simple Tandem Repeats (STRs) merupakan runutan nukleotida pendek
sederhana (khususnya di-, tri- dan tetranukleotida) yang terulang secara
berurutan dalam genom eukariot. Mikrosatelit merupakan marka genetika
yang sering digunakan untuk mempelajari sistem perkawinan dan struktur
populasi, pautan (linkage), pemetaan kromosom, dan analisis populasi.
DNA mikrosatelit merupakan pilihan yang tepat untuk memberi
informasi genetik sehingga dapat dilakukan analisa struktur populasi. Dengan
beberapa karakter yang dimilikinya menjadikannya memiliki keungguluan
dibanding DNA marker lainnya. Diantaranya yaitu memiliki polimorfisme
yang tinggi, variabilitas tinggi, mempunyai alel banyak, kodominan,
reproduktivitas tinggi, jumlah relatif melimpah, cakupan genom yang luas
(termasuk organellar genom), lokasi kromosom spesifik, dan high throughput
genotyping, mudah terdeteksi dengan metode PCR.

E. Pengevaluasian informasi:
Diskusikan secara berkelompok untuk mengevaluasi apakah semua informasi
yang telah diperoleh dan diringkas telah tepat, berkualitas, dan relevan
dengan topik pembahasan/ masalah.
 Jawab : Informasi yang diperoleh sudah sesuai, berkualitas berdasarkan
ketepatan materi yang diperoleh serta relevan untuk mengatasi masalah yang
dibahas pada LKK 2 ini.

F. Mencipta dan Mengkomunikasikan informasi:

1. Susunlah sebuah makalah sebagai hasil rangkuman dan evaluasi terhadap
informasi yang telah diperoleh.
2. Buatlah PPT sebagai sarana untuk membantu mempresentasikan makalah
yang telah disusun.

Sumber :
Anggraeni, N., Ellis, D. A., Dyah, P. F & Joko, P. (2009). Analisis DNA
Mikrosatelit untuk Identifikasi Paternitas pada Beruk (Macaca
nemestrina) di Penangkaran Pusat Studi Satwa Primata IPB. Jurnal
Primatologi Indonesia. 6 (2), 32-39.
Merliana, M. R., Nengah, W & Ketut, P. (2014). Polimosfisme Lokus
Mikrosatelit BM1329 dan Hubungannya dengan Calving Interval pada
Sapi Bali. Jurnal Ilmu dan Kesehatan Hewan. 2 (2), 117-125.
Sumantri, C., Farajallah, A., Fauzi, U & Salamena. (2008). Keragaman
Genetik DNA Mikrosatelit dan Hubungannya dengan Performa Bobot
Badan pada Domba Lokal. Media Peternakan. 31 (1), 1-13.