Ujian semester GENETIKA dr. Fauziah Harahap, M.Si. I. 1.

Pengertian marka molekuler

Marka molekuler merupakan alat yang sangat baik bagi pemulia dan ahli genetik untuk menganalisis genom tanaman. Marka molekuler dapat diartikan pula sebagai. Marka Molekuler adalah upaya membedakan karateristik tanaman pada tingkat gen. Penggunaan marka molekuler utamanya untuk memonitor variasi susunan DNA di dalam dan pada sejumlah spesies serta merekayasa sumber baru variasi genetik dengan mengintroduksi karakter-katakter baik yang baru dari landraces dan spesies-spesies liar.

Identifikasi galur-galur dengan bantuan marka molekuler juga sangat bermanfaat dalam analisis sidikjari (fingerprinting), karena dapat memberikan informasi untuk perencanaan program pemuliaan, terutama dalam pembentukan segregasi baru, varietas hibrida dan sintetik unggul baru serta dalam menentukan tetua yang digunakan untuk memilih pasangan persilangan baru. Teknologi pembeda pada tingkat genetika ini menjadi penting terkait dengan perlindungan hak kekayaan intelektual. Para pemulia dapat melindungi varietas temuannya tidak hanya teridentifikasi secara anatomi namun juga secara genetika

Pemilihan marka molekuler yang akan digunakan dalam analisis genetik perlu mempertimbangkan tujuan yang diinginkan, sumber dana yang dimiliki, fasilitas yang tersedia serta kelebihan dan kekurangan masing-masing tipe marka. Langkah awal pelaksanaan marka molekuler adalah mengambil bagian tanaman, biasanya berasal dari daun muda. Kemudian diisolasi DNA-nya dan dicari bagian yang bertanggung jawab terhadap karakter unggul pada tanaman. Biasanya DNA yang diisolasi kemudian akan dihubungkan dengan bank data genetika, untuk mengidentifikasi gen dan menduga karakter yang diekspresikan. Melalui marka molekuler maka kepemilikan varietas akan diperkuat dengan identitas tanamannya secara spesifik dalam bentuk gambar atau karakter gen. Dan informasi tersebut menjadi data pendukung deskripsi fisik yang diperoleh dari hasil observasi langsung di lapangan.

Oleh karena itu marka molekuler menjadi penting karena karakter tanaman pada dasarnya hasil interaksi antara faktor genetik dengan lingkungan. Sehingga tanaman yang pada dasarnya masih satu jenis menjadi dapat berbeda secara fisik karena perbedaan perlakukan atau lingkungan. Oleh sebab itu salah satu cara mengindentifikasi persamaan atau perbedaan jenis dibalik keragaman karateristik fisik adalah melihat variasi pada tingkat gen. Dan hal ini tepat untuk mencegah double claim terhadap kepemilikan sebuah varietas tanaman. Maka para produsen benih perlu mempertimbangkan marka molekuler sebagai penanda dari bahan tanaman yang diklaim. Setidaknya ini bermanfaat untuk melindungi varietas yang dimiliki serta mencegah timbulnya masalah terkait hak kepemilikan sebuah temuan varietas, agar bahan tanam yang diklaim benar-benar tidak pernah dihasilkan sebelumnya (Azrai, 2005; Chawla, 2004).

Marka Molekuler adalah upaya membedakan karateristik tanaman pada tingkat gen. Penggunaan marka molekuler utamanya untuk memonitor variasi susunan DNA di dalam dan pada sejumlah spesies serta merekayasa sumber baru variasi genetic dengan mengintroduksi karakter-katakter baik yang baru dari landraces dan spesies-spesies liar. Namun dari keempat metode tersebut mikro satelit cenderung lebih populer dan telah diterapkan pada tanaman sawit, kelapa dan kakao. Dimana matode ini tidak hanya bisa mengidentifikasi variasi genetis namun juga mengetahui jenis gengen yang resesif. Langkah awal pelaksanaan marka molekuler adalah mengambil bagian tanaman, biasanya berasal dari daun muda. Kemudian diisolasi DNA-nya, kemudian dicari mana bagian yang bertanggung jawab terhadap karakter unggul pada tanaman. Biasanya DNA yang diisolasi kemudian akan dihubungkan dengan bank data genetika, untuk mengidentifikasi gen dan menduga karakter yang diekspresikan. Mikrosatelit adalah sekuen sederhana yang berulang-ulang yang melimpah dalam genom suatu spesies. Mikrosatelit memiliki pengulangan sekuen yang berurutan dua sampai 4 motif sekuen nukleotida sebagai sekuen konservatif. Marka ini sangat berguna sebagai marka genetik karena bersifa1: kodominan, sehingga dapat mendeteksi keragaman alel pada level yang tinggi, mudah dan ekonomis dalam pengaplikasiannya karena menggunakan proses PCR.

2. Kegunaan marka Molekuler yang anda pilih? Setiap untai DNA memiliki bagian yang mengandung informasi genetik yang menginformasikan perkembangan suatu organisme (ekson) dan potongan itu, rupanya, memasok informasi genetis yang tidak relevan sama sekali (intron). Meskipun intron

mungkin tampak tidak berguna. telah ditemukan bahwa mereka mengandung urutan berulang dari pasangan basa. urutan ini, disebut Tandem Repeats Variabel Jumlah (VNTRs).

Setiap manusia memiliki beberapa VNTRs, untuk menentukan apakah seseorang memiliki VNTR tertentu, suatu Southern Blot dilakukan, dan kemudian Southern Blot yang diperiksa, melalui reaksi hibridisasi, dengan versi radioaktif VNTR yang bersangkutan, Pola yang dihasilkan dari proses ini adalah apa yang sering disebut sebagai sidik jari DNA.

VNTRs Seseorang yang diberikan berasal dari informasi genetik yang disumbangkan oleh orang tuanya. dia bisa VNTRs diwariskan dari ibu nya atau ayah, atau kombinasinya, tapi tidak pernah ada VNTR baik dari orang tuanya tidak memiliki. Dengan kata lain VNTRs Marka digunakan untuk melihat kelainan dalam urutan asam basa pada DNA dari orang tua yang diwariskan. Dimana kelaianan tersebut bisa diindentifikasi penyebabnya.

Blot Southern merupakan proses perpindahan fragmen DNA yang terpisah secara elektroforesis dari gel ke membran http://protist.biology.washington.edu/fingerprint/vntrs.html

3. kegunaan marka pada jurnal yang anda bahas? Penelitian ini dilakukan untuk melihat epigenetik yang pada SLC6A4 ditentukan promoternya interaksi dengan transkripsi faktor dan co-aktivator dalam menanggapi kokain di baris sel JAR. Varian LPR mengandung 14 (pendek, s) atau 16 (panjang, l) salinan elemen ulangi 22-23 bp, sedangkan VNTR Stin2 ada sebagai tiga varian yang berisi salinan 9, 10 atau 12 dari 16-17 bp repeat.We mengamati efek diferensial kokain pada asosiasi dari promotor dengan faktor transkripsi CTCF, yang terikat pada kedua alel LPR sebelum kokain paparan tetapi hanya untuk paparan berikut l-alel. Secara signifikanespon kokain pada bagian gen VNTRs, Sebuah kecenderungan untuk perilaku adiktif sering berkorelasi dengan polimorfisme tertentu dalam gen kandidat. Selain itu, faktor lingkungan telah dianggap sebagai pengubah potensial dari komponen genetik (Eley et al. 2004).

Gen SLC6A4 adalah modulator penting dari perilaku adiktif (Hall et al 2004.), Dan studi telah menunjukkan peran sistem serotonergik dalam kecanduan kokain (Little et al 1998;.. Cabrera-Vera et al, 2000; Uhl, Hall & Sora 2002).