Fingerprinting DNA Dalam Botani: Masa Lalu, Sekarang,

Masa Depan

FingerprintingTanaman Di Masa Lalu

Mengatakan Tanaman Terpisah Di Masa Lalu.
Banyak disiplin ilmu botani bergantung kepada kemampuan membedakan antar
genotipe tanaman, dan / atau untuk memperkirakan jumlah keragaman dan keterkaitan dalam
satu kelompok genotipe. Secara tadisional, langkah tersebut telah dilakukan melalui data
pada karakteristik morfologi tetapi sangat terbatas, termasuk mempelajari keragaman antara
genotipe, pengumpulan dan pengolahan data dari alam , dan dan lingkungan yang sangat
beragam. Sebuah Alat yang netral dan obyektif sebagai penanda molekuler berdasarkan
isoenzim; yaitu, enzim yang mengkatalisis reaksi kimia yang sama namun berbeda dalam
urutan asam amino dan kecepatan juga dibutuhkan untuk melakukan perjalanan melalui
elektroforesis gel. Isoenzim diperkenalkan ke dalam ilmu pengetahuan tanaman di awal
1960-an, dan dengan cepat menjadi semakin penting sepanjang tahun 1970 dan 1980-an. Co-
dominan allozyme Data (yaitu, enzim alel dikodekan oleh gen pada locus yang sama) akan
menjadi sangat populer untuk studi, untuk Misalnya, struktur populasi, aliran gen, isolasi-
bydistance (IBD), sistem perkawinan dan hibridisasi. Yang sering menjadi masalah dalam
mengekstrak protein pada tanaman adalah adanya kadar polyphenol tinggi dalam daun.
Masalah lain adalah menganalisis tanaman yang tumbuh, karena protein umumnya perlu
diisolasi dan dimurnikan dalam waktu singkat dari sampling. Masalah ketiga adalah
kurangnya tingkat allozyme polimorfisme antara genotipe.
Dibandingkan dengan protein, molekul DNA sangat kuat dan mudah saat bekerja, dan
sangat berpotensi untuk menghasilkan data RFLD (restriction fragment length
polymorphism). Di tahun 1970-an, munculnya pembatasan fragmen DNA berbasis (RFLP)
yang aktif pada tumbuhan untuk menganalisis sampel yang dikumpulkan dari semua bagian
tanaman. Sampel, biasanya diambil dari daun yang dikeringkan dan diberi silika gel sebelum
diangkut ke laboratorium, tujuan untuk pembekuan sampai DNA di isolasi. Metode RFLP
akan memakan waktu lama , dengan isolasi DNA genom dimulai dari pengumpulan bahan,
memotong sampel DNA dengan pembatasan enzim, mentransfer fragmen dengan Southern
blotting untuk penyaringan, penyaringan hibridisasi fragmen terikat dengan pemeriksaan
spesifik pada lokus, dan akhirnya memanfaatkan autoradiografi untuk mendeteksi fragmen.
kendala utama adalah kebutuhan untuk mengembangkan pemeriksaan jenis yang spesifik dari
hibridisasi untuk analisis ini. Oleh karena itu metodologi RFLD terutama diterapkan untuk
tanaman tanaman ekonomis penting, dengan banyak ilmuwan yang aktif dan hibah besar.
Dalam tanaman ini, penanda RFLP merupakan alat yang sangat dihargai untuk
pengembangan peta genetic dan kadang-kadang untuk identifikasi kultivar dan studi
kekerabatan genetik. Namun, ketersediaan lokus yang cocok sangat terbatas sering
mengakibatkan tidak cukup polimorfisme dengan teknik RFLP.
Pada 1980-an, metodologi RFLP pertama kali diterapkan untuk molekul DNA
kloroplas (cpDNA). Untuk ini, sampel DNA sendiri dapat dicerna dengan baik atau
dikombinasikan enzim restriksi, dan hibridisasi dengan radiolabelled pemeriksaan cpDNA
khusus dari salah satu yang universal perpustakaan dikembangkan dari, misalnya, Petunia. Itu
informasi yang diperoleh digunakan untuk membangun pembatasan peta situs dari molekul
cpDNA. Sejak cpDNA yang molekul sangat kekal, ada sangat sedikit intraspecific
keragaman, dan RFLP berbasis cpDNA studi memiliki Oleh karena itu sebagian besar telah
dilakukan pada inter-spesifik tingkat. Sebaliknya, mitokondria tanaman tidak pernah banyak
digunakan dalam analisis molekuler. Alasan utama adalah bahwa urutan DNA mitokondria
(mtDNA) biasanya sangat kekal, ukuran dan struktur mtDNA molekul dapat berkeragaman
bahkan di dalam individu tanaman . Selain itu, studi terbaru menunjukkan bahwa tingkat
substitusi gen mtDNA dapat berkeragaman sangat besar bahkan berkaitan erat antar spesies
tanaman.

Pemeriksaan Minisatelit dan DNA oligonukleotida pada fingerprinting tanaman

Ketika Jeffreys dan rekan memiliki terobosan baru dalam analisis RFLP yang
dikembangkan melalui pemeriksaan pengulangan urutan DNA tandem pada DNA manusia,
tak seorang pun mengharapkan bahwa ini baru, yang disebut teknik FingerprintingDNA yang
merevolusi ilmu botani. Namun, pemeriksaan minisatelit ini menunjukkan potensi tinggi
untuk mengungkapkan FingerprintingDNA suatu individu tertentu temasuk pada mamalia
lainnya, serta pada burung, ahli botani mungkin segera memutuskan untuk menerapkan alat
ini untuk pemeriksaan tanaman. Seperti pada makalah yang muncul pada tahun 1988, Dallas
mampu untuk membedakan antara kultivar padi yang berbeda, Oryza sativa, hibridisasi DNA
padi restriction-digested dengan manusia 33,6 pada pemeriksaan minisatelit. Dia meneliti dari
tanaman padi yang dibuktikan dengan memiliki Fingerprintingyang serupa, hasil yang
diharapkan tanaman padi adalah penyerbukan sendiri dan dengan demikian sangat
homozigot. Di Selain itu, Dallas mampu memastikan pewarisan Mendel fragmen DNA dari
kakek ke keturunan generasi kedua (F2).
Pada tanaman budidaya, proses yang baik dilakukan melalui biji (terutama pada
tanaman tahunan dan dua tahunan) atau vegetatif (pada tanaman buah, serta di banyak kayu
hiasan). akhirnya, masing-masing kultivar diharapkan dari genotipe monomorfik tunggal.
Sehingga fingerprinting DNA menjadi sarana yang sangat efisien dalam pemeriksaan
identitas seperti yang ditunjukkan dalam beberapa kultivar Rubus. Pada tanaman seperti,
munculnya karakter baru dan unik, misalnya, satu cabang pohon melalui terjadinya mutasi
somatik minor. Perbanyakan materi yang dikumpulkan dari penyimpangan bagian tanaman
menimbulkan kultivar baru (dikenal sebagai, misalnya, sport pada apple). Analisis sport
dipasarkan dengan nama yang berbeda tetapi semua berasal dari wellknown apple 'Red
Delicious', bagaimanapun, diproduksi sepenuhnya FingerprintingDNA yang sama. jelas tidak
ada perbedaan DNA kecil antara sport memiliki telah ditargetkan oleh pemeriksaan M13.
Awal pemeriksaan RFLP hibridisasi diperkenalkan pada FingerprintingDNA,
oligonukleotida yaitu sintetis seperti (GACA) 4 dan (GATA) 4. Pemeriksaan melalui
hibridisasi pendek, pengulangan urutan tandem (mikrosatelit; urut sederhana mengulangi
(SSR)) dalam genom, dan diproduksi polimorfik pola fragmen, misalnya, kultivar buncis,
Cicer arietinum], pisang, tomat dan beras, di jalur ganda haploid gula bit (Beta vulgaris), dan
pada tanaman liar dari Microseris tahunan Chili pygmaea [25]. Sebagai bonus eksperimental,
oligonukleotida pemeriksaan diperbolehkan hibridisasi langsung dalam dikeringkan gel,
sehingga menghindari Southern blotting sama sekali. Sebuah pola pita khas yang dihasilkan
disebut "oligonukleotida fingerprinting" metodologi ditunjukkan pada Gambar 1.
masalah teknis dari DNA tanaman berbasis hibridisasi finger printing tidak terlepas juga
dengan Keberhasilan penerapan minisatelit dan oligonukleotida. pemeriksaan untuk
FingerprintingDNA oleh Southern blot tergantung pada ketersediaan jumlah DNA relative
besar dalam rangka untuk enzim restriksi untuk menghasilkan profil fragmen. isolasi DNA
sehingga menjadi langkah penting, dan banyak yang berbeda protokol dikembangkan.
Kemajuan metodologis lainnya seperti penggunaan non-radioaktif deteksi fragmen -
misalnya, label berbasis digoksigenin. Sejak pemeriksaan oligonukleotida terkadang
menghasilkan latar belakang yang tinggi dan dapat sensitif terhadap perubahan waktu dalam
suhu selama hibridisasi, untuk memproduksi menggunakan metode berbasis PCR dan
pemeriksaan lebih kuat (biasanya 300 sampai 600 bp) tapi masih dengan pengulangan motif
pendek seperti, misalnya, (GACA) yang dikembangkan oleh Rogstad.
Menurut Nei dan Li koefisien. Membandingkan hasil dengan informasi sebelumnya
pada propagasi dan distribusi dari bahan yang diselidiki. Sebagai contoh, Tzuri dan rekan dan
Vainstein dan rekan Diperkirakan variabilitas antar kelompok yang berbeda anyelir, dan
memperoleh pola yang dapat dikaitkan dengan modus propagasi (dengan biji atau vegetatif)
serta sebagai originasi dikenal (dari anyelir atau dari hibrida Dianthus). Analisis kekerabatan
genetis berdasarkan kemiripan pola pita telah dilakukan juga di antara, misalnya, antar Rubus
kultivar dan di dalam populasi spesies tanaman liar seperti sebagai kotak tua (Acer negundo),
dan kaki-kaki (Asimina triloba).
Metode untuk menilai keanekaragaman genetik segera ditingkatkan, dan laporan
tentang penggunaan FingerprintingDNA untuk memperkirakan genetika parameter-parameter
populasi, seperti diharapkan heterozigositas, Wright's F-statistik dan jumlah perpindahan
perpenduduk dan generasi, menjadi semakin umum selama tahun 1990-an. Kapanpun diuji,
hasil yang diperoleh dengan ini dominan multi-lokus penanda biasanya konsisten dengan
peneliti sebelumnya dengan menggunakan co-dominan penanda allozyme. Menggunakan
program resampling, M13 fingerprinting yang diturunkan perkiraan identitas genetik dan di
antara populasi serta pembagian populasi terbukti erat terkait dengan sistem peternakan di
tiga spesies Plantago Spesies selfing P. utama menunjukkan sedikit keragaman dalam
populasi dikumpulaningkan dengan campuran peternakan P. coronopus dan outbreeding
yang P. lanceolata. Yang telah diferensiasi, sebaliknya, lebih jelas dalam spesies selfing
dikumpulaningkan dengan dua lainnya. Populasi genetika parameter dari Data
Fingerprintingberbasis RFLP dilaporkan juga, misalnya dalam, Gambel oak, Querus
gambelii, umum Cattail, Typha latifolia, dan dua spesies Buckeye, Aesculus. Untuk informasi
lebih lanjut tentang metodologi, aplikasi dan hasil yang diperoleh oleh fingerprinting berbasis
hibridisasi dengan mini dan mikrosatelit pelengkap pemeriksaan, melihat ulasan Nybom,
Weising dan rekan, Rogstad dan Weising dan Kahl.

Fingerprinting Tanaman Masa Kini

Pengembangan Metode Dan Pilihan Penanda
perkembangan PCR berbasis metode multi-lokus Tak lama setelah penemuan
prosedur PCR oleh Saiki dan rekan , tiga pendekatan berbasis PCR untuk menghasilkan
FingerprintingDNA diterbitkan dalam waktu yang sama. Semua metode ini digunakan untuk
mengurutkan oligonukleotida primer tunggal dan menghasilkan fragmen PCR dari DNA
genomik, sehingga dalam multi-lokus membuat pola kumpulaning setelah pemisahan
elektroforesis dan visualisasi dengan pewarnaan atau radiografi. Yang disebut pendekatan
(RAPD) yang dikembangkan oleh Williams dan rekan. Untuk mencapai Keberhasilan
diperlukan sampel DNA dalam jumlah kecil, dan prosedur yang sederhana dan cepat
dikumpulaningkan dengan metode berbasis hibridisasi. Hasil dari Percobaan RAPD
diilustrasikan pada Gambar 2.

Beberapa tahun kemudian, Zabeau dan Vos, Vos dan rekan. menyajikan panjang
fragmen polimorfisme yang diperkuat dengan teknik (AFLP), dengan mengkombinasikan
RFLP dan metodologi PCR. Analisis AFLP sangat baik digunakan, terutama karena sebagian
besar kelompok polimorfik diperoleh dalam percobaan tunggal.. RAPD, AFLP dan ISSR
masih banyak digunakan saat ini, terutama RAPD yang sering dikritik karena masalah
dengan reproduktifitas dan priming kompetitif, seperti diulas di Weising dan rekan. Masalah-
masalah ini kurang jelas untuk AFLP dan ISSR mana yang lebih ketat PCR kondisi dapat
diterapkan. Namun demikian, semua tiga metode diperkirakan sangat mirip keragaman
genetic dan jarak genetik ketika diterapkan pada tanaman dengan material yang sama, seperti
diulas di Weising dan rekan. Metode lain yang jarang digunakan untuk menghasilkan
multilokus FingerprintingPCR meliputi menguatkan polimorfisme dengan teknik (SRAP)
yang secara khusus menguatkan fragmen persimpangan polimorfik antara ekson dan
mengapit DNA intronic, dan target wilayah amplifikasi polimorfisme metode (TRAP). fitur
umum dari SRAP dan TRAP termasuk Penggunaan dua primer dari sekitar 18 nukleotida
panjang (salah satu yang menargetkan wilayah protein-coding), dan non-ketat kondisi PCR
selama lima siklus pertama. Disebut amplifikasi selektif polimorfik mikrosatelit lokus
(Sampl) adalah varian dari teknologi AFLP yang menggabungkan AFLP- dan mikrosatelit
spesifik primer, sedangkan amplifikasi langsung DNA minisatelit (DAMD) menggunakan
primer yang spesifik untuk minisatellites bukan mikrosatelit. Dan lagi Pendekatan,
polimorfisme resistensi gen-analog (RGAP), memanfaatkan primer PCR yang mengikat ke
domain dilestarikan dari ketahanan tanaman gen.
Keanekaragaman Array Technology (DART) adalah sebuah Metode berdasarkan
hibridisasi pada pemeriksaan DNA untuk satu set DNA target melalui microarray. DNA yang
pertama dicerna dengan satu atau dua enzim restriksi, diikuti oleh ligasi adapter tertentu
seperti pada AFLP. produk PCR individu yang melihat ke grid untuk membentuk sebuah
microarray yang mewakili ratusan pembatasan sewenang-wenang dipilih fragmen dari
seluruh kultivar / spesies dan berbagai daerah genom dari kolam gen yang diinginkan.
Individu sampel genomik DNA pra-perawatan dengan cara yang sama sebagai wakil
dikumpulkan (yaitu, pembatasan, ligasi adaptor, dan PCR dengan primer adaptor khusus).
Sebelum masing-masing yang secara individual hibridisasi ke chip, Pemeriksaan DNA diberi
label dengan fluorochrome untuk mengaktifkan deteksi. Seperti AFLP dan RAPD, DART
tidak memerlukan informasi urutan sebelumnya. Hal ini memungkinkan simultan analisis
ratusan atau bahkan ribuan polimorfik lokus, namun kebutuhan untuk menghasilkan
microarray sebuah membatasi penggunaan umum dari teknik ini. Pada 2012, teknologi
DART telah dikembangkan selama sekitar 60 organisme, sebagian besar tanaman dan model
tanaman, tetapi juga ada beberapa tanaman liar seperti
pakis Asplenium viride.

PCR Berbasis Metode Single-Lokus

Karena kelimpahan mereka, polimorfisme tinggi di jumlah mengulangi tandem, co-
dominan warisan, reproduktifitas sangat baik dan kemudahan penggunaan, PCR-diperkuat
satu-lokus penanda mikrosatelit telah menjadi penanda pilihan bagi banyak aplikasi, dan saat
tetap lebih penting daripada tradisional lainnya metode DNA fingerprinting. Biasanya,
sepasang mikrosatelit-mengapit primer digunakan untuk memperkuat target lokus dengan
PCR, produk amplifikasi dipisahkan oleh poliakrilamida atau elektroforesis kapiler, dan
kumpulaneng pola yang dipantau oleh radiografi atau fluorography. Analisis lokus
mikrosatelit khusus pertama kali digunakan pada tanaman pada tahun 1992, kebutuhan untuk
mengembangkan mikrosatelit-mengapit primer spesies-spesifik masih sangat lemah,
membutuhkan kloning dan strategi pengayaan (lihat ulasan Squirrell dan rekan dan Weising
dan rekan). Sekarang, penelitian ini telah menjadi sangat sederhana untuk (1) meningkatnya
jumlah spesies tanaman dengan urutan DNA Data dalam database publik dan (2)
pengembangan ultrafast "Generasi berikutnya sequencing" teknologi yang memungkinkan
identifikasi mikrosatelit lokus dan desain primer oleh sekuensing genom acak (lihat "Masa
depan FingerprintingDNA "di bawah). Hasil khas dari Percobaan genotip mikrosatelit
ditunjukkan pada Gambar 3. Akhir-akhir ini, menyatakan urutan tag (EST) telah menjadi
alternatif untuk DNA genom sebagai sumber untuk SSR lokus, sehingga disebut penanda
EST-SSR yang baik yang dihasilkan oleh cDNA kloning dan sekuensing atau, lebih umum,
dengan memanfaatkan database EST. pertambangan database sering cukup efisien, sejak
EST-SSR secara mengejutkan umum dan mungkin diharapkan setiap 2 sampai 10 kb dari
EST urutan; sebagai contoh, satu per 6,3 kb di Hordeum vulgare. perkiraan ini tentu saja
tergantung pada pencarian kriteria pencarian script yang digunakan, yang paling penting pada
jumlah pengulangan minimum yang digunakan untuk mendefinisikan mikrosatelit.
Pengulangan trinucleotide umumnya berlaku di daerah pengkode protein dari EST,
sedangkan pengulangan dinukleotida lebih sering di 5 'dan 3' daerah belum diterjemahkan
(UTRs). Ekspansi dan penghapusan di daerah coding dapat ditoleransi untuk pengulangan
triand heksanukleotida, karena tidak mengganggu dalam membaca frame.
 EST dan SSR cDNA yang diturunkan memiliki beberapa penting keunggulan
dikumpulaningkan penanda anonim (lihat review oleh Varshney dan rekan). Pertama,
mengembangkan penanda dari urutan yang lebih mudah, cepat dan ekonomis. Kedua, setiap
jenis mikrosatelit akan terdeteksi, sedangkan hanya SSR dengan motif yang telah ditetapkan
akan ditangkap oleh strategi pengayaan. Ketiga, EST-SSR secara fisik terkait dengan
mengungkapkan gen, yang mungkin mengkodekan sifat menarik. Akhirnya, sasaran untuk
urutan primer yang berada di wilayah DNA ditranskripsi diharapkan akan dilestarikan
sehingga meningkatkan kesempatan penanda pengalihan seluruh taksa. Di sisi negatif,
asosiasi dengan daerah coding kadang-kadang membatasi polimorfisme EST dan penurunan
penanda SSR, sehingga alel lebih sedikit dan / atau heterosigositas diamati lebih rendah, tapi
ini belum tentu demikian. Sebagai contoh, Pashley dan rekan memkumpulaningkan kinerja
anonim dengan 48 EST-berasal dari penanda SSR dari bunga matahari umum, Helianthus
annuus, dan pengiriman dua spesies lain Helianthus. menunjukkan bahwa: (1) 73% dari
penurunan penanda SSR EST yang dialihkan antara semua spesies, dikumpulaningkan
dengan penanda anonym SSR hanya 21%; (2) rata-rata EST-SSR kurang polimorfik dari
anonym SSR, baik dalam fokus dan spesies non-focal; dan (3) EST-SSR terletak di daerah
coding lebih mudah dipindah tangankan dari yang di daerah tidak diterjemahkan - tanpa
berbeda secara signifikan dari yang terakhir dalam hal variabilitas.
penanda lokus khusus juga dapat dikembangkan dari kelompok individu dalam profil
multi-lokus, sebagaimana dicontohkan oleh urutan ditandai daerah diperkuat (Bekas luka).
Dalam uraian asli dari Pendekatan, pasangan primer spesifik dirancang untuk memperkuat
kumpulan tunggal dari profil RAPD. Guratan telah digunakan untuk identifikasi kultivar,
misalnya, zaitun, Olea europaea, dan cherry manis, Prunus avium. Diperkuat pada urutan
polimorfik dengan pendekatan (CAPS), produk PCR yang dihasilkan diperlakukan dengan
enzim restriksi sebelum berakhir dari fragmen.

Polimorfisme Nukleotida Tunggal

Dalam dekade terakhir, metode DNA fingerprinting berdasarkan polimorfisme
nukleotida tunggal (SNP) menjadi semakin penting, terutama dalam hubungannya dengan
analisis microarray yang memungkinkan pemutaran simultan jumlah yang sangat besar dari
situs SNP (lihat review oleh Appleby dan rekan). Di antara banyak jenis mutasi terjadi dalam
genom, pertukaran nukleotida tunggal oleh angka mutlak serta bersifat bialel, tingkat mutasi
yang relatif rendah, bahkan distribusi seluruh genom dan relatif mudah deteksi. Pada
tumbuhan, satu SNP biasanya ditemukan per sekitar 100 untuk 500 bp DNA, tetapi kepadatan
rata-rata tergantung pada spesies yang dipelajari dan wilayah genomik diselidiki. Banyak
teknologi telah dikembangkan untuk SNP penemuan serta untuk SNP genotip. sequencing
langsung dari beberapa salinan dari wilayah genom yang sama dengan Metode yang paling
jelas untuk penemuan SNP, dan telah menjadi sangat efisien setelah pengembangan tinggi-
throughput sistem sequencing (lihat "Masa depan FingerprintingDNA" di bawah). Seperti
SSR, SNP juga dapat ditambang dari database yang ada. Hampir semua SNP genotype tes
setuju untuk otomatisasi dan karena itu memungkinkan rutinitas tinggi-throughput analisis
sejumlah besar sampel.
Penanda SNP sangat baik digunakan pada semua spesies tanaman, terutama pada
mereka yang sepenuhnya sequencing genom yang tersedia. Baru-baru ini, microarray dengan
biasanya 10.000 sampai 40.000 SNP penanda (SNP-Chips) memiliki dikembangkan untuk
banyak tanaman, dan pemutaran skala besar koleksi plasma nutfah sekarang dapat dilakukan
di relative biaya rendah. Mengingat bahwa ribuan SNP dapat dideteksi dengan sequencing
pendekatan baru, SNP genotip akan menerima perhatian meningkat, setidaknya dalam
ekonomis tanaman tanaman penting. Namun, miskin dipindah ke spesies terkait dapat
menghambat sukses mereka implementasi untuk proyek-proyek genotip skala besar di
genera.

Metode Berbasis DNA Organellar

Paling umum digunakan organel untuk studi genetic pada tanaman adalah kloroplas.
Sejak rekombinasi jarang atau tidak ada dalam genom plastid, semua polimorfisme DNA
untuk individu tertentu dapat dikombinasikan untuk membentuk "Haplotype". Plastida DNA
polimorfisme di intraspecific yang tingkat relatif jarang, dan jumlah profil pita terdeteksi
(haplotipe) karena itu sering jauh lebih rendah daripada yang terdeteksi oleh penanda nuklir.
Di sisi positif, konservasi tinggi organellar urutan DNA telah memungkinkan pengembangan
spesifik, disebut universal, primer PCR yang memperkuat intron cpDNA dan spacer
intergenik dalam beragam spesies tanaman. Primer universal juga tersedia untuk amplifikasi
SSR lokus dalam genom kloroplas. Polimorfisme dalam fragmen diamplifikasi bisa dipantau
oleh berbagai pendekatan, termasuk deteksi varian panjang dengan elektroforesis resolusi
tinggi, dan deteksi urutan varian dengan sequencing, atau dengan mencerna produk PCR
dengan enzim restriksi di pendekatan yang disebut PCR-RFLP.
Plastida DNA ini sangat berguna dalam studi di mana rendah tingkat mutasi yang
diinginkan, seperti dalam analisis phylogenetic and phylogeographic patterns. Often both
plastid and nuclear markers are combined in the same study for complementary information.
Since the mode of plastid inheritance is usually maternal in angiosperms and paternal in
gymnosperms, these markers also have the potential for tracing uni-parental lineages over
large distances in time and space.

Pilihan Metode
Pro dan kontra dari metode penanda molekuler yang berbeda telah dibahas dalam
sejumlah penyelidikan komparatif. Pilihan sebenarnya metode harus dari Tentu saja
ketersediaan take penanda, biaya, keahlian, peralatan dan banyak faktor lain yang menjadi
pertimbangan. Berdasarkan 292 makalah yang diterbitkan antara pertengahan 2006 dan
pertengahan 2009 tentang diskriminasi di antara kultivar tanaman, lokus mikrosatelit khusus
analisis (SSR) adalah metode yang paling popular (36%), diikuti oleh RAPD (27%), ISSR
(13%), AFLP (11%), metode lain nuklir berbasis DNA (10%, termasuk untuk Misalnya
CAPS, DAMD, IRAP, remap, SNP, SCAR dan SRAP) dan metode berbasis DNA organellar
(3%, sebagian besar cpDNA) [97]. Jika tujuan penelitian adalah untuk secara bersamaan
diskriminasi entitas kedua berbeda dan sangat mirip, menerapkan baterai seluruh jenis
penanda mungkin solusi terbaik.
Sementara cukup pengulangan dari profil penanda DNA dapat dianggap sebagai
artefak metodologis, tidak cukup stabilitas germline urutan sesuai dengan penanda DNA
dapat menyebabkan "artefak biologis" karena berlebihan tingkat mutasi yang tinggi. Masalah
ini yang paling mungkin muncul dengan jenis yang paling sensitif dari penanda, seperti SSR.
Kemampuan untuk menggabungkan data dari berbagai studi, bahkan ketika dikembangkan di
laboratorium yang berbeda, adalah aset utama dari metode ini. Hal yang sama berlaku untuk
penanda DNA tunggal lokus lainnya, seperti SNP, bekas luka dan CAPS, tetapi ini biasanya
hanya bersifat bialel. Namun, jumlah potensi SNP adalah hampir tak terbatas, dan berbagai
metode pengujian berbasis SNP sudah pernah dikembangkan (lihat di atas). Dalam studi
kumpulaning pada 58 jagung galur inbrida, SNPs mengungguli SSR baik dari segi kualitas
dan kuantitas.
Tingkat mutasi yang sangat tinggi dan mengurangi germlinestabilitas sering ditemui
ketika menggunakan penanda retrotransposonbased. Dengan demikian, beberapa laporan
mengindikasikan bahwa penanda S-SAP sangat berguna untuk membedakan antara klon yang
diperoleh mutasi somatik atau antara genotipe yang diperoleh rekombinasi antara yang sangat
entitas yang sama. Pokok S-SAP biasanya dirancang menurut informasi urutan spesies-
spesifik namun hasil positif juga telah diperoleh dengan menggunakan universal yang urutan
berbasis retrotransposon.
Selain aplikasi mereka untuk identifikasi tanaman material dan untuk estimasi
kesamaan dan keterkaitan, penanda DNA telah banyak digunakan untuk pembangunan
genetik berbasis linkage peta genom, dengan tujuan utama untuk mengidentifikasi penanda
yang erat terkait dan karena itu co-mewarisi dengan gen untuk spesifik ciri-ciri (lihat
"pemetaan genetik" di bawah). linkage padat peta telah dibangun untuk spesies tanaman
banyak termasuk semua tanaman utama menggunakan segala macam penanda. Untuk
kemudahan mencetak gol saat skrining sejumlah besar keturunan, singe-lokus penanda
bersifat bialel seperti SNP biasanya pilihan untuk tujuan ini.

Aplikasi Dari Masa Kini Fingerprinting DNA Pada Tanaman

Identifikasi Genotipe
Sejak tahun 1988, FingerprintingDNA telah menjadi instrumen sangat penting bagi
Identifikasi genotipe pada kedua spesies tanaman liar dan kerabat dibudidayakan mereka.
Tanaman berbeda dalam kehidupan Karakter sejarah termasuk parameter reproduksi seperti
sebagai metode propagasi dan, bagi mereka yang menyebarkan oleh benih, juga dalam sistem
breeding (selfing atau penyerbukan silang) dan dalam modus serbuk sari dan penyebaran
benih. Semua ini faktor memiliki pengaruh besar pada jumlah dan partisi variabilitas genetik
antara dan di dalam berbagai entitas seperti kultivar dan populasi. perbedaan ini
mempengaruhi pemanfaatan penanda DNA untuk Fingerprintingindividu tanaman atau
genotipe.
Dalam beberapa kasus, perkiraan kesamaan DNA berbasis antara satu set genotipe
menunjukkan hubungan relatif dekat dengan perkiraan berbasis morfologi sebelumnya, tapi
ada juga perbedaan yang cukup besar dalam kasus lain. Jika karakter morfologi sebagian
besar kuantitatif di alam, korespondensi dengan perkiraan DNA marker umumnya cukup
tinggi dikumpulaningkan dengan karakter kualitatif, yang lebih mungkin untuk
mencerminkan hanya sejumlah kecil peristiwa mutasi. Ini juga telah menyarankan bahwa
Data molekuler yang lebih baik di membedakan dibudidayakan genotipe serta kerabat liar
mereka sesuai dengan asal dan silsilah, sedangkan pomological konvensional Data
karakterisasi yang lebih erat terkait dengan Sifat fisiologis.
Identifikasi Genotipe Tanaman Liar: Pengaruh Kehidupan Sejarah
Ciri-ciri identifikasi yang tepat dari individu genotipe merupakan landasan penting
bagi penelitian tanaman liar. Seperti disebutkan di atas, berbagai sejarah hidup ciri
mempengaruhi jumlah dan partisi keragaman genetik. spesies perkawinan sedarah, misalnya,
paling berguna untuk aplikasi forensik, karena mereka biasanya menghasilkan patch cocok
berukuran genetik identik atau hamper tanaman identik. Sebaliknya, penyilangan spesies
ditandai dengan situasi di mana setiap tanaman memiliki genotipe yang berbeda. Sementara
berpotensi sangat informatif, itu biasanya sangat sulit untuk mengamankan bukti forensic
melibatkan tertentu, spesimen tanaman unik. Klonal tanaman, apakah karena perbanyakan
vegetatif luas atau apomixis sering menghasilkan sejumlah besar keturunan dengan genotipe
yang sama (lihat juga Gambar 3). Seperti itu genotipe dapat menutupi area geografis yang
luas dan sehingga tidak cukup akurat untuk mengikat bukti botani ke lokasi tertentu.
Di daerah penelitian lain, sejarah keragaman tanaman bisa berdasarkan sifat,
bagaimanapun, dianggap sebagai faktor positif; berbagai pertanyaan biologi dapat dijawab
dengan memilih bahan dan metode yang cocok. penanda analisis DNA bisa memperkirakan
usia genotipe di klon tanaman, yang sudah terbukti jauh lebih besar dan karena itu sering juga
lebih lama dari yang diharapkan dari data sebelumnya. Misalnya, Steinger dan rekan, Carex
curvula adalah spesies alang ditemukan di Alpen Eropa. analisis RAPD dari 116 anakan dari
Patch kecil (2,0 0,4 m) mengidentifikasi total 15 multilokus genotipe. Lebih dari setengah
dari anakan sampel terbukti milik tunggal, clone besar diperkirakan berusia sekitar 2.000
tahun. spesies invasif kadang-kadang menghasilkan klon sangat besar, seperti Jepang
knotweed, Fallopia japonica, dan buaya gulma, Alternanthera philoxeroides, yang keduanya
ditampilkan a RAPD fenotipe tunggal terlepas dari menjadi sampel lebih dari daerah sangat
besar. Dalam kasus lain, penanda analisis DNA telah mengungkapkan lebih heterogenitas
dari yang diharapkan. Masing-masing dari lima populasi eceng gondok Eichhornia crassipes
di Cina invasive dengan demikian ditampilkan terdiri dari setidaknya tiga klon yang berbeda
sesuai dengan profil RAPD mereka.
Informasi tentang pertumbuhan klonal dapat sangat membantu untuk penentuan faktor
yang terlibat dalam membentuk populasi struktur. Ketika sebuah studi berbasis mikrosatelit
adalah dilakukan di eelgrass laut Zostera marina, klonal Ukuran terbukti berkorelasi positif
dengan heterozigositas. Outbreeding klon yang lebih besar dan berisi tunas berbunga lebih,
menunjukkan bahwa perkawinan sedarah depresi mengalami penurunan kekuatan dan
kesuburan. sebuah tiba-tiba tingkat tinggi homogenitas genetik baru-baru ini dijelaskan dalam
geophyte yang Gagea spathacea. Semua tapi dua dari 138 spesimen diperiksa, mewakili 52
populasi di seluruh wilayah distribusi seluruh di utara, tengah dan timur Eropa, telah identik
profil AFLP. Mungkin takson sangat polyploid ini memiliki berasal dari acara hybridogenic,
dan telah berhasil mencapai luas hampir secara eksklusif oleh produksi bulbil dan menyebar
bukan oleh set benih dan bibit pembentukan.
DNA fingerprinting juga telah membantu untuk memperjelas reproduksi sistem dalam
spesies yang dapat menghasilkan benih secara seksual dan aseksual (yaitu dengan apomixis).
Banyak populasi Taraxacum terdiri dari individu triploid yang tampaknya mereproduksi
melalui apomixis dan karena itu adalah klonal. klon tersebut kadang-kadang dapat menutupi
besar daerah seperti yang ditunjukkan dalam studi AFLP. Sebuah perkumpulaningan data
SSR dan AFLP menunjukkan bahwa kedua jenis penanda mampu membedakan antara
sembilan apomictic microspecies (didefinisikan pada karakteristik morfologi) dari
Taraxacum, tapi itu AFLP lebih sensitif dalam mendeteksi juga, perbedaan mutasi yang
diturunkan kecil dalam setiap microspecies. Sebaliknya, dua dinukleotida ulangi SSR lokus
terdeteksi jauh lebih banyak keragaman dari AFLP di garis keturunan apomictic dari
Ranunculus carpaticola. Bukti asal oleh mutasi bukan oleh rekombinasi disediakan oleh
kurangnya alel segregasi di SSR lokus diselidiki. Dengan demikian, di setiap garis keturunan,
jumlah yang sama alel selalu ditemukan dalam lokus, dan alel ini juga membentuk kelas alel
terkait ukuran dalam setiap keturunan.
Ketersediaan alat-alat yang memadai untuk mengidentifikasi individu genotipe dapat
sangat berguna dalam ekologi tanaman. Dengan demikian, SSR-dianalisis klon Taraxacum
baru-baru ini digunakan untuk pemeriksaan keanekaragaman hayati dan ekosistem berfungsi.
Dalam satu studi, lima diidentifikasi Taraxacum klon digunakan untuk menyiapkan plot
percobaan di mana efek tingkat keanekaragaman di kedua menguntungkan (bidang bera) dan
tidak menguntungkan (memotong rumput) kondisi bisa menjadi dihitung. Efek keragaman
genotipe muncul untuk menjadi lebih kuat dalam lingkungan di mana intra-spesifik
persaingan lebih ketat. Dalam sebuah studi paralel, genotype asosiasi lingkungan dipelajari di
alam populasi dengan set yang sama Taraxacum klon. Genotipe yang dihasilkan buruk di
bawah kondisi yang menguntungkan bukannya menunjukkan kinerja tertinggi di bawah
kondisi stres.

Identifikasi Genotipe Diperbanyak Secara Vegetative Kultivar

Semua tanaman milik kultivar tertentu tanaman aseksual disebarkan diharapkan untuk
berbagi identik FingerprintingDNA, kecuali untuk mutasi langka. Oleh Sebaliknya, kultivar
berasal seksual diharapkan menunjukkan pola Fingerprintingyang tidak beragam. Namun,
ada adalah tanaman yang metode pemuliaan utama melibatkan Temukan di antara bibit agak
mirip yang berasal dari jumlah yang sangat kecil dari kultivar luas. Ini Situasi dapat
dicontohkan oleh peach, Prunus persica, yang merupakan self-subur dan penyerbukan sendiri
untuk sebagian besar. Dalam tanaman seperti, kultivar baru kadang-kadang memiliki
FingerprintingDNA yang hampir identik atau setidaknya sangat mirip untuk orang-orang dari
induk benih terlepas dari yang berasal melalui rekombinasi seksual. Sebaliknya, keragaman
kadang-kadang ditemui di mana salah satu yang diharapkan keberagaman. tanaman yang
diperbanyak secara vegetatif biasanya masih mampu memproduksi benih berasal seksual, dan
ini mungkin berkecambah dan berkembang menjadi tanaman yang subur tapi tanpa disadari
dalam waktu kurang terawat bidang dan kebun. Ada Oleh karena itu peningkatan risiko,
terutama untuk kultivar yang lebih tua, yang tertentu Nama yang digunakan pada beberapa
entitas yang berbeda, beberapa yang berasal dari pengaturan benih.
Terlepas dari metode propagasi dan pembibitan, yang nilai aksesi tanaman koleksi
genetik-bahan manfaat luar biasa dari DNA marker-aided identifikasi. Hal ini,
bagaimanapun, terutama penting dalam vegetative tanaman diperbanyak yang harus ditanam
di lapangan atau dipertahankan di rumah kaca dengan biaya tinggi. ulasan sebelumnya
menunjukkan bahwa jumlah yang lebih tinggi dari mislabeled aksesi tanaman yang terungkap
menggunakan penanda DNA (biasanya 25 sampai 30% mislabellings) dikumpulaningkan
dengan tradisional (Pomological atau ampelographic) karakter (biasanya 5 10%
mislabellings). berbagai kategori masalah dengan sinonim dan homonim telah ditetapkan, dan
tampaknya terutama terjadi di lokal berkembang dan plasma nutfah sering tua sedangkan
terkenal modern kultivar yang benar diidentifikasi pada tingkat yang jauh lebih tinggi. Untuk
skala besar profiling, misalnya, aksesi koleksi sumber daya genetik, SSR penanda biasanya
disukai. Meskipun umumnya dianggap sebagai sangat direproduksi, masalah kadang-kadang
ditemui dengan salah alel ukuran, terjadinya alel null, alel drop-out (hanya satu dari dua alel
diperkuat di lokus heterozigot), alel palsu (artefak amplifikasi produk) dan amplifikasi
sesekali isoloci (sebuah isolocus adalah lokus serupa tetapi non-identik dalam genom, umum
di spesies allopolyploid). Sementara dinculeotide ulangi SSR adalah jenis yang paling umum
dari mikrosatelit, kurang gagap dan meningkatkan ukuran alel dapat dicapai dengan penanda
berdasarkan mengulangi tri atau tetranucleotide, meskipun ini kadang-kadang juga kurang
informatif.
 Zhang dan rekan memeriksa akurasi dan keandalan 15 SSR lokus untuk identifikasi
klon di kakao, Theobroma cacao, dan melaporkan tingkat kesalahan rata-rata hanya 0.014
untuk alel putus dan 0.019 untuk alel palsu. Beberapa lokus lebih rawan kesalahan daripada
yang lain, menyarankan bahwa lokus diduga harus dievaluasi tidak hanya untuk polimorfisme
mereka tetapi juga untuk keandalan sebelum berskala analisis. Vlez dan Ibanez diperiksa 19
SSR lokus dalam studi lebih dari 4.000 tanaman yang mewakili 19 kultivar selentingan.
Setelah penghapusan beberapa teknis kecil artefak, 99,8% dari sampel cocok dengan yang
diharapkan genotip. Beberapa lokus, bagaimanapun, terbukti lebih sensitif terhadap
terjadinya mutasi chimeric sedangkan lain tidak. Keragaman artefak penanda SSR adalah
juga ditunjukkan dalam studi zaitun. Menariknya, SSR alel yang berbeda antara sampel
zaitun dari sama kultivar hanya 2 bp (satu unit berulang) terpisah, sedangkan sampel dari
kultivar yang berbeda biasanya dipamerkan lebih besar Ukuran perbedaan dalam alel
polimorfik. Jika tersedia, informasi silsilah yang akurat sangat berharga untuk memeriksa
keandalan profil penanda.
Kemungkinan untuk menggabungkan data SSR-yang berasal dari berbagai
Penyelidikan sering dilaporkan sebagai aset utama metode ini. Pilihan ini, bagaimanapun,
tergantung pada penggunaan identik SSR lokus dan standardisasi cocok Prosedur. Sejak
ukuran alel mutlak penanda SSR sering berbeda ketika hasil dari laboratorium yang berbeda
dikumpulaningkan, bahan referensi perwakilan dengan banyak alel yang berbeda harus
digunakan pada semua laboratorium yang terlibat dalam program genotip, dan bahan untuk
ini standar harus dipanen dari tanaman yang telah ditentukan dalam satu koleksi saja.
Dikumpulaningkan dengan standar yang sesuai alel, alel sampel kemudian dapat
didefinisikan menurut jumlah relatif unit berulang inti bukan hanya mengandalkan pada
panjang fragmen mutlak dalam pasangan basa.
Peningkatan perhatian baru-baru ini dibayar dengan penggunaan penanda SNP untuk
identifikasi genotipe di vegetative kultivar disebarkan. Keuntungan dari SNP adalah mereka
potensi kelimpahan dan fakta bahwa mereka tidak bergantung pada keragaman panjang
fragmen seperti SSR, dan oleh karena itu mudah untuk membakukan di laboratorium yang
berbeda dan peralatan. Banyak tinggi dan rendah-density array SNP baru-baru ini
dikembangkan untuk tanaman yang berbeda. Untuk Misalnya, satu set 48 SNP dikembangkan
di selentingan, Vitis vinifera, melalui resequencing dari 11 genotipe. High-Throughput SNP
genotipe dapat dilakukan menggunakan array manik atau microarray (SNP chip) seperti,
misalnya, Citrus. Nomor polimorfisme tercakup dalam tes ini biasanya beberapa ratus ribu,
data yang diperoleh dapat juga dapat digunakan untuk mendeteksi lokus sifat kuantitatif
(QTL).

Identifikasi Genotipe Di Kultivar Benih-Diperbanyak

Dalam tanaman biji-diperbanyak, setidaknya beberapa keragaman genetic biasanya
berlangsung juga dalam kultivar. Hal ini terutama diucapkan dalam spesies yang sangat
penyilangan, sehingga membuat DNA-marker-aided identifikasi kultivar jauh lebih sulit.
Situasi ini semakin rumit oleh fakta bahwa setiap siklus produksi benih dapat menyebabkan
pengenalan keragaman genetik baru - misalnya, karena serbuk sari asing. Sebuah masuknya
cukup alel baru adalah dengan demikian menunjukkan setelah 7 sampai 13 regenerasi
berikutnya gandum terbuka penyerbukan Secale cereale.
Bahkan dengan semua tindakan pencegahan yang diambil sehubungan dengan
regenerasi bank gen modern, perubahan frekuensi alel dapat hasil dari hanya rekombinasi dan
seleksi. Hal ini jelas ditunjukkan dalam analisis AFLP 50 kol putih, Brassica oleracea, aksesi
bersama-sama dengan produk regenerasi generasi pertama dari enam aksesi tersebut.
Perubahan genetik antara aksesi asli dan regeneran masing-masing adalah besarnya sama
dengan perbedaan antara beberapa aksesi lebih mirip. Selain itu, sementara sebagian alel
tetap stabil antara generasi, frekuensi beberapa alel bukannya banyak berubah, menunjukkan
bahwa tidak disengaja Temukan telah terjadi. Sebagian besar penanda yang diperlukan untuk
kuantifikasi yang tepat dari perubahan genetik antar generasi, dan diskriminasi efisien di
antara penyilangan, kultivar benih-diperbanyak. jumlah besar tersebut, untuk Misalnya, yang
disediakan oleh teknologi DART yang terbukti sangat berguna untuk membedakan
Festulolium kultivar (Festuca dengan Lolium eksperimental diproduksi hibrida) dengan 7.680
pemeriksaan pada microarray. Dalam penelitian ini, masing-masing kultivar diwakili oleh 20
individu tanaman. tanaman ini dianalisis baik sebagai sampel individu dan bulked. Di
memesan untuk meminimalkan kerugian dari kumpulan frekuensi rendah, bulks dengan
hanya lima tumbuhan di setiap direkomendasikan.
Perkawinan tanaman biasanya dianggap kurang bermasalah dari outcrossers, karena
kultivar yang lebih homogen. Namun, beberapa tanaman perkawinan sedarah masih
mengandung intra-varietas variabilitas, terutama dalam kasus primitive kultivar atau
landraces. siklus perbanyakan dilakukan dalam bank gen dengan materi tersebut dapat
menyebabkan menonjol perubahan frekuensi gen akibat aliran gen dan sengaja pilihan.
Dalam kasus ini, murni-lapisan aksesi mungkin diperlukan untuk menghindari hilangnya
keanekaragaman, sebagaimana dicontohkan oleh Kolekdi USDA Kedelai Plasma Nutfah.
Selain itu, tanaman ini sering mengandung banyak persamaan genetic kultivar, sehingga
memerlukan penggunaan penanda yang sangat polimorfik untuk diskriminasi. Pada umumnya
diterapkan AFLP dan marka SSR telah menghasilkan Hasil yang cukup dalam banyak
penelitian, retrotransposonbased S-SAP metode telah terbukti mengatasi bahkan sangat
tanaman terkait erat aksesi, misalnya, gandum, Triticum aestivum. Saat ini, penanda SNP
menerima peningkatan perhatian juga pada tanaman diperbanyak secara seksual, terutama
untuk jumlah hampir habis-habisnya potensi polimorfisme. SNP genom-spesifik telah
demikian telah dikembangkan dari gen gandum daerah intronic, dan memiliki terbukti sangat
berguna untuk diskriminasi kultivar serta memungkinkan kuantifikasi keragaman genetik
pada masing-masing genom di hexaploid ini tanaman.

Mutasi Somatik Genotipe Spontan Terjadi

Mutasi somatik dapat menimbulkan disebut 'pergerakan'. Ini menyimpang dari
kultivar asli dalam minor tapi sifat ekonomis penting seperti warna buah dalam buah dan
tanaman berry, dan bunga atau daun warna tanaman hias. Pergerakan sulit dibedakan dengan
FingerprintingDNA sejak penanda biasanya hanya mencakup bagian menit dari genom.
Selain itu, chimera cukup umum - yaitu, mutasi yang terjadi hanya salah satu dari tiga lapisan
sel meristematik di meristem apikal yang membedakan ke berbagai jaringan tanaman.
Keberadaan chimerism sangat elegan ditunjukkan dalam selentingan, Vitis vinifera, oleh
Frank dan rekan. Meskipun selentingan adalah spesies diploid, beberapa lokus SSR sesekali
menunjukkan tiga alel saat pergerakan yang berbeda dianalisis. Ternyata tanaman regenerasi
dari lapisan sel L1 dan L2, masing-masing, memiliki alel SSR yang berbeda serta
Karakteristik fenotipe yang berbeda. analisis SSR digunakan untuk mengidentifikasi klon
chimeric juga di 'Cabernet Sauvignon', 'Grner Veltliner' dan 'Moscatel Galego Branco '
sementara klon dari' Pinot 'yang berhasil dibedakan dengan metode S-SAP. Dalam penelitian
ini, tiga berbasis retrotransposon berbeda pasang primer yang dihasilkan total 1.274
kumpulan, sepertiga dari yang polimorfik dan mampu membedakan antara semua 19
diselidiki klon.
Analisis S-SAP telah berhasil digunakan untuk pergerakan genotipe tanaman lain,
seperti apel. Menggunakan 15 S-SAP kombinasi primer, lima pergerakan 'Gala' dan salah
satu 'Braeburn' bisa dibedakan, baik dari masing-masing lainnya dan dari dua genotipe asli,
sedangkan 24 pasang primer SSR menghasilkan total 64 alel, dan 35 kombinasi primer AFLP
menghasilkan lebih dari 1.000 kumpulan, gagal untuk melakukannya. Berdasarkan dua
retrotransposon LTR Ty1-copia, satu set 19 pergerakan tunas dari kultivar apel 'Fuji'
diselidiki dengan S-SAP. Semua pergerakan yang diperoleh profil DNA yang unik. Metode
berbasis retrotransposon juga sangat berguna. Dalam 24 pergerakan clementine, Citrus
reticulata, penerapan delapan primer IRAP menghasilkan total lima kumpulan polimorfik
sedangkan RAPD (26 primer), ISSR (16 primer), AFLP (8 primer kombinasi), S-SAP (9
kombinasi primer) dan SSR (9 pasang primer) mengungkapkan, pada sebagian besar, satu (S-
SAP) atau dua (RAPD) polimorfisme.
Beberapa penelitian menemukan tingkat yang sangat tinggi dari penanda
polimorfisme dalam kultivar, seperti di zaitun, di mana klon telah dipilih dan kemudian
dikalikan oleh perbanyakan vegetatif selama berabad-abad. Dalam satu studi, 27 klon diduga
dari 'Verdeal-Transmontana' dapat dibedakan dengan ISSR [137] sementara tingkat yang
lebih tinggi polimorfisme ditemui dengan RAPD (50% polimorfik kumpulan) dan ISSR
(54%) dalam pemutaran 120 klon diduga dari 'Cobranosa'. Penjelasan untuk pengamatan ini
mencakup asal poliklonal, akumulasi mutasi somatik selama umur panjang spesies kayu ini,
dan pembentukan tanpa diketahui progeni seksual di kebun.

Keragaman Somaklonal yaitu, keragaman antara regeneran karena mutasi somatik dapat
ditingkatkan secara signifikan oleh beberapa teknik budidaya. meskipun sering dianggap
sebagai efek samping yang tidak diinginkan, mutasi ini dapat berharga dalam tanaman yang
kurang reproduksi seksual (Seperti, misalnya, pisang) atau memiliki generasi yang sangat
panjang siklus (seperti, misalnya, pohon-pohon palem). Secara umum, cabang aksila
menghasilkan regeneran paling stabil, diikuti oleh embriogenesis somatik dan akhirnya
organogenesis. Bagaimanapun hal ini tidak mungkin untuk memprediksi apakah penanda
akan dapat menemukan keragaman apapun dalam materi regenerasi, atau metode apa yang
akan terbukti menjadi yang paling efisien.

Umumnya polimorfisme Sangat sedikit ditemukan di regeneran kultur jaringan. Luasnya

penanda DNA polimorfisme dapat menentukan keragaman antara bahan tanaman bahkan dari
spesies yang sama seperti yang ditunjukkan dengan memkumpulaningkan regeneran sangat
beragam seperti pisang kultivar 'Prata Ana' dengan regeneran kultivar 'Valery'. Ketika
analisis AFLP adalah diterapkan regeneran dari Helichrysum italicum, planlet berasal
langsung dari daun menunjukkan tingkat yang sama dari variabilitas sebagai planlet yang
telah melewati tahap kalus. Meskipun hanya 6,2% dari total 449 kumpulan yang polimorfik,
hampir semua planlet berbeda dari aslinya genotipe dalam setidaknya satu pita. Kumpulan
polimorfisme yang sama ditemui di beberapa planlet dalam beberapa kasus, menunjukkan hot
spot ketidakstabilan DNA. Dalam studi lain, bahan tanaman dari kurma yang berasal dari
embriogenesis aseksual menunjukkan jauh lebih variabilitas dari tanaman berasal dari
organogenesis ketika dianalisis dengan penanda AFLP.
Analisis berbasis urutan rinci dari molekul ini bertanggung jawab untuk penanda
SCAR polimorfisme (untuk Misalnya, penyisipan atau eksisi transposon, mikrodelesi,
rekombinasi) antara somaklon dan seksual garis rekombinasi yang diturunkan jagung,
menunjukkan bahwa mekanisme yang sama ternyata menentukan baik in vitro dan
variabilitas vivo. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa kultur sel hanya meningkatkan
perubahan yang diwariskan pada tingkat genom terjadi secara alami dalam hidup organisme.
Penelitian dari Operator dan rekan yaitu keragaman somaklonal dalam selentingan kultivar
'Pinot noir' oleh sequencing high-throughput dan menemukan bahwa penyisipan
polimorfisme yang dihasilkan oleh unsur berpindah bertanggung jawab untuk sebagian besar
keragaman.
Teori Botani Forensik, FingerprintingDNA yang diperoleh dari tanaman fragmen
harus mampu memberikan bukti penting dalam investigasi kejahatan namun sejauh ini
keberhasilannya sangat terbatas, mungkin karena masalah dengan mengisolasi DNA dari
kualitas yang cukup dari buruk diawetkan bahan tanaman. penanda SSR sering dipilih untuk
forensic bekerja karena mereka bekerja comparably baik juga dengan berat DNA
terdegradasi. Satu kasus awal yang terkenal, namun, yang terlibat analisis RAPD dari biji
polong dari Palo Verde, Cercidium sp., dapat memperbaiki dari situs kejahatan dan dari truk
pick-up dari tersangka, sementara kasus yang lain memanfaatkan analisis SSR dan RAPD
untuk memkumpulaningkan fragmen dari klonal mereproduksi bryophytes (Lumut) yang
dikumpulkan baik di situs kejahatan dan pada menduga dirinya. Dalam percobaan berikutnya,
berkemungkinan mengambil fragmen bryophytes oleh berjalan di luar mengenakan sepatu
karet ditunjukkan, seperti serta kemampuan untuk mengisolasi DNA cukup berkualitas
setelah beberapa bulan material tumbuhan lumut menyimpan di bawah kondisi yang
merugikan. Fakta-fakta bersama-sama dengan tingkat tinggi Klonalitas di banyak spesies
tumbuhan lumut membuat mereka target yang ideal untuk analisis forensik. Di lain kasus
pidana, bibit dari herba perkawinan sedarah knotweed Polygonum aviculare diperoleh dari
germinating biji ditemukan di ruang kemudi ban mobil tersangka, dan dari sejumlah besar
sampel tanah yang diambil di situs kejahatan dan berbagai referensi daerah, dianalisis dengan
AFLP.
Deteksi adulterations makanan, minuman dan obat produk daerah lain untuk botani
forensik. Perizinan pengaturan kadang-kadang mengharuskan klon ditentukan, kultivar atau
landrace digunakan dalam pembuatan makanan dan minuman. klon selentingan demikian,
terdefinisi dengan baik harus digunakan untuk menerima "sebutan d'origine controlle" label
di Perancis. Di Yunani, Nemea anggur dipasarkan dengan denominasi dilindungi asal (PDO).
Minyak zaitun juga sering dipasarkan dengan label PDO. RAPD, ISSR dan SSR
analisis minyak zaitun Portugis memungkinkan penentuan asal geografis kultivar. Demikian
pula ke-10 kultivar zaitun terlibat dalam sampel minyak Italia dapat diidentifikasi dengan
hanya satu pasangan primer AFLP. Untuk beras, pemalsuan beras basmati merupakan
masalah penting, tidak hanya untuk Eropa dan adat istiadat AS tapi juga bagi konsumen.
kultivar Basmati sering dicampur dengan varietas Basmati blasteran dan lama-butir non-
Basmati varietas. Beberapa DNA berbasis penanda telah diusulkan, dan beberapa yang
dikomersialisasikan untuk tes pemalsuan, seperti SSR multiplexing penanda dikembangkan
oleh Archak dan rekan. DNA menganalisa berbagai produk makanan nabati memiliki sama
telah digunakan untuk otentikasi. Kehadiran apple 'Annurca' demikian bisa diverifikasi oleh
analisis SSR di yang diproses nektar dan Pure produk. Menggunakan relatif singkat SSR
Target urutan (di bawah 160 bp), itu Itu juga mungkin untuk memperkuat penanda DNA
genom dari kaleng buah pir dan jus buah saat penanda urutan gagal.
Obat obat merupakan produk penting lain daerah di mana adulterants menyebabkan
masalah besar. Berdasarkan sembilan situs SNP, semua populasi kecuali dua dapat dibedakan
di DNA diisolasi dari kering batang dari anggrek Dendrobium officinale, yang merupakan
sumber berharga obat 'Fengdou' digunakan dalam pengobatan tradisional Cina. Yang terakhir
dua populasi malah bisa dibedakan menggunakan prosedur yang lebih kompleks yang dikenal
sebagai penekanan pengurangan hibridisasi yang melibatkan PCR amplifikasi, diferensial
DNA fragmen kloning dan sekuensing. Menggunakan protokol ini, asal usul tanaman bahan
bisa ditentukan untuk 50 sampel obat yang diperoleh di pasar komersial. Untuk informasi
lebih lanjut tentang DNA Penggunaan penanda di tanaman obat, melihat ulasan Nybom,
Weising, Sarwat dan rekan.
Berbagai metode penanda DNA telah digunakan untuk menunjukkan pelanggaran
Hak Tanaman peternak, baik di pengadilan atau, dalam pengalaman kami jauh lebih umum,
mengarah ke penyelesaian di luar pengadilan. Terkait menyangkut identifikasi tanaman
dilapangan, kepemilikan yang dianggap ilegal. Dengan demikian beberapa penelitian
memiliki telah dipublikasikan pada identifikasi Cannabis sativa spesimen sebagai bagian dari
penegakan narkoba. Dalam satu pendekatan, 15 SSR lokus digabungkan ke dalam multipleks
tunggal untuk memungkinkan diskriminasi cepat dan user-friendly antara Cannabis genotipe.
Salah satu genotipe terdeteksi, Namun, terbukti di seizurederived sebagai bahan bukti bagi
polisi, menunjukkan bahwa banyak petani terlarang memiliki akses ke klon yang sama.
propagasi klonal ini tentu saja membuat sulit untuk menentukan originasi dari batch tertentu.
Sebuah aplikasi penanda DNA terkait menyangkut pelanggaran pembatasan perdagangan.
Sebuah situasi khusus ditemui ketika produk dari pohon yang dilindungi terlibat karena
jaringan kayu biasanya yield terdegradasi DNA. Namun demikian, satu set penanda SNP
yang berasal dari cpDNA spacer intergenik telah terbukti berguna untuk identifikasi spesies
pohon tropis menggunakan DNA kayu yang diturunkan sampel.

Keragaman Genetik, Struktur Populasi Dan Genetik

Keterkaitan
Diskriminasi antara genotipe yang berbeda seringkali hanya titik awal untuk
kuantifikasi berikutnya genetic variabilitas antara genotipe ini dan analisis pola keterkaitan
dan aliran gen. Luasnya genetic keragaman dalam spesies dan distribusi di antara dan dalam
populasi ditentukan oleh sejumlah besar faktor, seperti sistem peternakan, peristiwa sejarah
tentang, misalnya, ketersediaan habitat dan imigrasi, ukuran populasi, migrasi antar populasi
dan banyak faktor ekologi biotik dan abiotik. Nybom dan Bartish disusun 106 studi berbasis
RAPD dan dijelaskan efek dari beberapa karakter sejarah hidup dan strategi sampling pada
estimasi keragaman genetik. Di kertas lain, 307 studi penanda DNA nuklir (RAPD, AFLP
dan SSR) yang disusun dan diselidiki dengan cara yang sama. Salah satu hasil dari survei ini
adalah yang berumur panjang, penyilangan dan akhir taksa suksesi mempertahankan sebagian
besar keragaman mereka dalam populasi, sedangkan tahunan, selfing dan awal taksa suksesi
mengalokasikan lebih keragaman di antara populasi. Dalam populasi keanekaragaman
adalah, pada umumnya, berkorelasi negatif dengan tingkat populasi diferensiasi.
Genom plastid uniparentally diwariskan berperilaku sebagai satu, karakter haploid,
dan populasi efektif Oleh karena itu ukuran untuk penanda plastid hanya setengah dari yang
nuklir (diploid dan biparentally diwariskan) penanda. Akibatnya, diferensiasi populasi karena
genetic hanyut terjadi lebih cepat untuk penanda cpDNA daripada penanda nuklir. Karena
intraspecific relatif tinggi variabilitas, kloroplas dan microand mitokondria Oleh karena itu
minisatellites sangat berguna untuk mempelajari struktur genetik pada skala spesies yang
luas.
Diferensiasi populasi dan aliran gen penanda DNA telah menjadi alat utama untuk
mempelajari evolusi yang mendasar pengaruh seleksi alam, mutasi, gen mengalir dan
hanyutan genetika pada populasi tanaman liar. Sementara Temukan dan sejarah penjajahan
bertanggung jawab terutama untuk skala besar penataan keragaman genetik, aliran gen dan
pergeseran genetik beroperasi juga di lebih sempit geografis skala. Di antara faktor-faktor ini,
aliran gen terutama telah menerima banyak perhatian karena sangat penting dalam
menentukan tingkat integritas spesies dan subdivisi. Sebagai telah disebutkan, sistem
peternakan memiliki mendalam berpengaruh pada aliran gen dan partisi keragaman genetic
antara dan di dalam populasi. Terjadinya IBD antara populasi telah ditunjukkan dengan
penanda DNA dalam berbagai macam penyilangan spesies tanaman seperti, misalnya,
Saxifraga ramuan oppositifolia, peppertree Brasil Schinus terebinthifolius dan semak
Australia Grevillea mucronulata. IBD telah terbukti terjadi, meskipun jauh lebih jarang, juga
di selfing spesies seperti liar emmer gandum, Triticum dicoccoides. Sesuai dengan dengan
hasil ini, korelasi ditemukan antara jarak pengumpulan dan RAPD berbasis di kalangan
populasi keragaman memperkirakan untuk penyilangan taksa. terkait asosiasi itu,
bagaimanapun, tidak ditemukan pada taksa itu sendiri.
 Selain kemampuan penyebaran yang melekat dari spesies, aliran gen juga dipengaruhi
oleh alam dan antropogenik habitat heterogenitas. autokorelasi spasial analisis telah demikian
menjadi alat yang berharga untuk belajar perubahan skala tergantung spasial dalam DNA
penanda polimorfisme dalam populasi atau kelompok erat terjadi populasi, dan dampak dari
karakteristik habitat pada struktur yang dihasilkan spasial genetik (SGS). Beberapa metode
komputasi telah digunakan untuk menghitung autokorelasi koefisien yang mengukur genetic
kesamaan antara individu yang jatuh dalam didefinisikan kelas jarak. Sebuah autokorelasi
positif sering ditemui melalui jarak pendek, bahkan jika tidak ada korelasi linear keseluruhan
antara geografis dan genetic jarak bila dihitung di seluruh set data. Menggunakan Data
RAPD, Torres dan rekan ditemukan signifikan autokorelasi di kelas jarak pertama (15 m) di
populasi tebing terancam punah spesialis Antirrhinum microphyllum, menunjukkan distribusi
merata dari genetic perbedaan. Hal ini sesuai dengan wilayah perilaku penyerbuk
Rhodanthidium sticticum utama, penyebaran benih jarak pendek, dan distribusi juga tambal
sulam habitat yang cocok.
Banyak spesies tumbuhan terdiri baik pusat, yang disebut- populasi inti serta kurang
lebih populasi perifer. populasi tersebut mungkin mengalami cukup perbedaan besarnya
evolusi operasi dan pasukan ekologi. Misalnya, tepi dan populasi inti dari ramuan Pulmonaria
officinalis dipamerkan kuat perbedaan alel dan kekayaan genotip, diharapkan heterozigositas
dan penangkaran sanak koefisien ketika dianalisis dengan penanda SSR. Demikian pula,
analisis SSR dari timur cedar putih, Thuja occidentalis, menunjukkan bahwa SGS bisa
terdeteksi selama enam kali lebih besar jarak (90 m) dalam populasi perifer
dikumpulaningkan dalam populasi inti (15 m).
Analisis autokorelasi telah menunjukkan IBD juga di terutama selfing spesies tapi
kemudian biasanya pada sangat sempit skala, seperti yang ditunjukkan dalam spesies barley
liar Hordeum spontaneum. Estimasi yang sangat informatif aliran gen dapat diperoleh oleh
genotip bahan tanaman yang sama dengan menggunakan kedua penanda nuklir dan
organellar. Sejak mantan adalah biparentally mewarisi dan yang terakhir biasanya hanya garis
ibu mewarisi, data yang dihasilkan memberikan indikasi kepentingan relatif serbuk sari
terhadap migrasi benih. Rasio ini dapat berkeragaman oleh setidaknya dua perintah besarnya,
dan biasanya jauh lebih rendah untuk serangga sebagai dikumpulaningkan dengan tanaman
dengan penyerbukan oleh angin. dalam dioecious dan tanaman penyilangan karena itu wajib,
campuran autosomal dan seks-linked SSR penanda dapat memberikan bukti langsung dari
kepentingan relatif benih dikumpulaningkan serbuk sari bubaran. Bertentangan dengan
harapan sebelumnya, tingkat yang sama dari serbuk sari dan penyebaran benih terdeteksi di
yang dioecius abadi tanaman Silene latifolia. Di selfing spesies, kejadian yang lebih rendah
dari antar-tanaman Transfer serbuk sari diharapkan dapat mengurangi serbuk sari untuk benih
rasio migrasi, sebagaimana yang dijabarkan oleh nilai-nilai di bawah kesatuan di jarak
pendek dalam populasi liar dari Hordeum spontaneum.
Sementara gen dapat bergerak di antara populasi dengan biji dan / atau serbuk sari,
kolonisasi habitat baru tergantung pada biji saja. Pada tumbuhan pesisir, biji sering memiliki
potensial untuk membubarkan jarak jauh oleh hydrochory. Dalam sebuah studi bit laut yang
ganas, Beta vulgaris subsp. Maritima, yang terdiri lebih dari seribu tanaman dari 33 populasi
di sepanjang pantai Perancis dari Anglo Norman Teluk, SSR baik mitokondria dan nuklir
yang terapan. Analisis SGS dan penentuan zona perubahan genetik yang tajam menunjukkan
sempit IBD indikatif dari jarak pendek bubaran, serta hambatan genetik pas orientasi arus laut
dan indikasi penyebaran benih jarak jauh. Efek dari subdivisi meningkat atau fragmentasi
habitat tumbuhan alami telah menerima banyak perhatian akhir-akhir ini; penyebaran antara
populasi berkurang serta keragaman genetic.
Secara keseluruhan, jenis pohon telah dianggap sebagai relative tahan terhadap
fragmentasi karena mereka sering sangat efektif mekanisme penyebaran jarak jauh. Baru saja,
Namun, Andes angin-diserbuki dan angin-tersebar Pohon Polylepis multijuga dianalisis
dengan AFLP dan terbukti mengandung sangat sedikit heterosigositas dan untuk
menampilkan SGS pada jarak pendek, menunjukkan bahwa kebanyakan biji pindah hanya
beberapa meter [178]. Tipe ini informasi berharga ketika mengembangkan konservasi
rencana untuk perlindungan spesies dan mungkin juga untuk mungkin reintroduksi. Informasi
tentang, misalnya, kolonisasi dan menyebarkan perilaku bisa sama-sama bermanfaat ketika
mengembangkan langkah-langkah untuk menghentikan pertumbuhan lebih lanjut dari spesies
invasif. Kombinasi spasial genetik dan analisis geostatistik data dari kloroplas dan nuklir SSR
menunjukkan bagaimana dua perkenalan asli invasif peppertree Brasil Schinus
terebinthifolius di Florida barat dan timur, masing-masing, telah menyebar dan hibridisasi
dalam sedikit lebih dari satu abad [165]. Sejak baik jarak jauh melompat dan jarak pendek
difusi spread bisa ditunjukkan, pemberantasan sangat terpadu upaya atau pembuatan
biokontrol efektif agen ternyata menyerukan.

Keterkaitan Data FingerprintingDNA, genetik sering digunakan untuk mengukur

tingkat keterkaitan antara genotype atau kelompok genotipe, dan banyak estimator
keterkaitan telah dijelaskan dan dikumpulaningkan. ketika liar tanaman yang terlibat,
tujuannya adalah sering untuk memkumpulaningkan DNA penanda yang diturunkan estimasi
keterkaitan dengan pengobatan sistematis saat ini (lihat juga "Aplikasi kini fingerprinting
DNA pada tanaman "di atas). Lainnya aplikasi termasuk analisis usul, yang merupakan
kebanyakan cara langsung untuk memperkirakan aliran gen. SSR adalah penanda yang paling
umum digunakan untuk tujuan ini namun data simulasi menunjukkan bahwa multi-lokus
penanda seperti sebagai juga dapat digunakan dengan keyakinan tinggi, setidaknya AFLP
ketika alel dominan terjadi pada frekuensi 0,1 sampai 0,4. Menggunakan SSR, analisis ayah
dilakukan dalam berdiri alami dengan dua spesies oak, Quercus robur dan T. petraea.
Distribusi spasial laki-laki orang tua keturunan dari 13 array keturunan ibu ditentukan, dan
informasi yang digunakan untuk perhitungan kurva penyebaran serbuk sari dan analisis aliran
gen. Demikian pula, aliran gen diperkirakan dari SSR berbasis analisis ayah di pohon kelapa
Amerika Selatan Euterpe edulis. Pertama, analisis pengecualian dilakukan dengan
memkumpulaningkan dewasa dan remaja genotipe. Setelah itu, indeks ayah dihitung di antara
orang dewasa yang bisa menjadi orang tua diduga untuk remaja tertentu. Aliran gen
ditunjukkan berlangsung jarak yang lebih jauh dari yang diharapkan (hingga 22 km), tapi itu
tidak mungkin untuk membedakan antara unggulan dikumpulaningkan transportasi serbuk
sari. Sejak kloroplas dari ayah diwariskan pada konifer, kloroplas sederhana urutan ulangi
(cpSSR) penanda bisa, bagaimanapun, sangat berguna untuk perkiraan langsung ayah,
sebagai ditunjukkan dalam cemara putih, Abies alba.
Untuk tanaman tanaman dibudidayakan, memperkirakan keterkaitan dapat
memberikan wawasan berharga ke dalam proses domestikasi ketika bahan yang berasal dari
berbagai geografis daerah dianalisis seperti, misalnya, kultivar zaitun Italia. Keterkaitan
antara materi dibudidayakan di satu sisi, dan populasi liar yang sama atau erat terkait spesies
di sisi lain, juga telah dibahas dalam, misalnya, apel menggunakan Penanda SSR, AFLP dan
cpDNA (lihat juga "Hibridisasi dan introgresi "di bawah).
Memperkirakan tingkat kebenaran dari kekerabatan genetis antara kultivar dari data
penanda DNA nuklir cukup sulit, karena informasi yang diperoleh dapat biasanya hanya
memperkirakan identitas oleh negara (analisis phenetic) bukan lebih diinginkan identitas
dengan keturunan (filogenetik analisis). Salah satu pendekatan yang menarik ke arah yang
benar analisis filogenetik, bagaimanapun, telah dicapai dalam yang HiDRAS proyek. Proyek
ini melibatkan analisis daerah kromosom spesifik di genetik terkait apple kultivar
menggunakan set besar penanda SSR yang mencakup hampir seluruh genom. Dengan
demikian, mampu akurat mendeteksi kadar kekerabatan genetis antara kultivar yang berbeda
sangat membantu untuk analisis lebih lanjut dari, misalnya, QTL warisan.
Prosedur berbasis penanda DNA sering diterapkan untuk menilai keragaman dan
keterkaitan dalam koleksi dibudidayakan bahan tanaman misalnya, bank gen. Menariknya,
kerugian yang diantisipasi dari keanekaragaman genetik keseluruhan terbukti diabaikan
ketika belajar di 198 Nordic roti landraces gandum dan kultivar yang dikembangkan selama
100 tahun lalu. penanda DNA juga sangat berguna untuk tujuan mendirikan koleksi inti
dalam bank gen - yaitu, subset dari seluruh bahan tanaman, dipilih untuk melestarikan
sebanyak mungkin dari keragaman awal. dua utama pendekatan telah digunakan; pertama
dengan beberapa jenis stratifikasi menggunakan analisis cluster, dan yang kedua dengan
metode untuk penentuan keunikan genetik. Jumlah alel SSR tetap bisa dimaksimalkan
menggunakan ukuran keunikan dikenal sebagai maximation Strategi.

Genom Konstitusi: Hibridisasi, Introgresi Dan

Poliploidi
Berbeda dengan hewan, banyak kelompok tanaman yang ditandai oleh tingkat ploidi
sangat berkeragaman, sering bahkan dalam spesies yang sama. Selain ini genom memiliki
tertentu efek pada aplikasi penanda DNA dan pengobatan data. Selain itu, pembentukan
hibrida oleh fusi gamet dari dua entitas yang berbeda (spesies, subspesies, dan sebagainya
sebagainya) juga sering terjadi pada tanaman. sementara homoploid hibridisasi terjadi di
tingkat ploidi yang sama, sebagian besar peristiwa hibridisasi bukannya melibatkan duplikasi
genom, sehingga taksa allopolyploid.

Hibridisasi dan introgresi Dalam serangkaian studi klasik, hibridisasi homoploid

antara Iris Amerika spesies diselidiki menggunakan berbagai metode berbasis DNA. Pertama,
Iris fulva dan I. hexagona yang terbukti masing-masing memiliki profil rDNA yang spesifik.
Selanjutnya, profil DNA menunjukkan inter-spesifik hibridisasi serta introgresi lanjut di
kedua arah pada populasi di mana dua spesies co-terjadi. RAPD diagnostik dan cpDNA-
CAPS penanda yang dihasilkan selama dua spesies ini serta untuk I. brevicaulis, dan I.
nelsonii terbukti telah berasal dari hibridisasi antara ketiga spesies. Set penting dari studi
tentang homoploid hibridisasi telah dilakukan di bunga matahari genus, Helianthus. peta
linkage RAPD dikembangkan untuk spesies simpatrik dan hibridisasi H. petiolaris dan H.
annuus dan kemudian digunakan untuk menganalisis genom dari spesies hibrida baru
terbentuk, H. anomalus, serta sebuah hibrida yang dihasilkan secara artifisial. Kemudian,
perbedaan antara dua spesies orangtua itu dianalisis menggunakan 108 dipetakan marka SSR,
dan di bawah rata-rata introgresi tercatat untuk SSR penanda terletak dekat dengan QTL
perbedaan spesies ketika dua spesies parapatrik, H. annuus dan H. debilis, diselidiki.
Menariknya, aliran gen adalah terutama dalam arah dari hybrid kembali ke dalam dua spesies
orangtua.
Informasi cpDNA yang diturunkan telah memainkan peran utama dalam
mengelusidasi banyak kasus hibridisasi homoploid dan introgresi berikutnya. Studi dari
beberapa taksa di beberapa genera pohon telah demikian menunjukkan kloroplas yang
haplotype sering lebih dekat terkait dengan geografis asal daripada dengan afiliasi spesies -
misalnya, di ek pohon, Quercus, di Eucalyptus dari Tasmania dan di Asia Tenggara pohon
pionir genus Macaranga. Fenomena introgresi ini telah diciptakan "Kloroplas capture".
penanda DNA juga sering digunakan untuk mendeteksi baik hibridisasi kuno dan
berkelanjutan antara tanaman dan kerabat liar mereka. Malus sieversii tumbuh di Kazakhstan
dan telah diusulkan sebagai nenek moyang dibudidayakan apple, M. domestica, berdasarkan
morfologi, bukti sejarah dan molekul. SSRbased nuklir analisis telah kemudian telah
dilakukan untuk pemeriksaan keragaman genetik dan struktur populasi di M. sieversii. Asal
usul apel dibudidayakan Mei, bagaimanapun, lebih rumit. Dalam SSRbased lain studi, tiga
terpisah meskipun saling tumpang tindih kolam gen dibentuk oleh (1) M. sieversii, (2) spesies
apel liar Eropa M. silvestris, dan (3) lama dan apple kultivar yang modern [186]. Dalam
bahan tanaman yang sama, analisis haplotipe kloroplas dihasilkan agak tak terduga hasil.
Dengan demikian, M. sylvestris tidak hanya memiliki sama haplotype umum seperti M.
domestica, tapi ada juga berbagi lokal haplotipe biasa antara dua spesies, menunjukkan aliran
gen baru antar-spesifik. Sebuah afinitas yang kuat antara M. sylvestris dan modern apple
kultivar itu juga disarankan dalam analisis SSR dari 839 genotipe yang dikumpulkan dari
Cina ke Spanyol, dan mewakili empat spesies liar serta dibudidayakan apple [206]. Dalam
penelitian ini, data yang dianalisis baik dengan program komputer STRUKTUR, dan dengan
perkiraan perhitungan Bayesian yang menawarkan perspektif yang lebih historis pada aliran
gen.
Dalam pemuliaan tanaman, bisa ada alasan yang baik untuk menganalisis kontribusi
orangtua di baru-baru dikembangkan, hibrida eksperimental, terutama jika proses pemuliaan
telah melibatkan satu atau beberapa generasi silang balik. Besarnya pengaruh orangtua
dengan demikian bisa diukur menggunakan analisis microarray dengan 7.680 pemeriksaan
secara bersamaan mendeteksi SNP, indels dan perbedaan metilasi, dalam satu set hibrida
intergenerik antara komersial yang penting rumput genera Festuca dan Lolium [126]. Sejauh
kesamaan antara kultivar Festulolium yang berasal dan genom orangtua jelas terkait dengan
jenis penyeberangan dilakukan - yaitu, F1, F2 atau backcrosses.

Poliploidi poliploidi sangat umum di kerajaan tumbuhan. Meskipun teknologi penanda yang
sama dapat digunakan untuk genotip diploid serta sampel polyploid, analisis statistik dan
interpretasi biasanya kurang jelas ketika sampel polyploid terlibat. Banyak spesies yang
allopolyploids dan telah diturunkan dari nenek moyang diploid mereka dengan hibridisasi.
Bahkan, studi molekuler taksa allopolyploid dan diduga mereka taksa progenitor telah
menunjukkan bahwa beberapa originasi aturan daripada pengecualian. Sementara sering gen
mengalir antara garis keturunan polyploid dan back-crossing ke orangtua taksa dapat lebih
mengacaukan proses ini, lebih mudah Kasus belajar ditawarkan dalam spesies apomictic
mana spesiasi yang Acara ini lebih atau kurang membeku dalam waktu. Salah satu contohnya
adalah Amerika Utara allopolyploid jubah pakis, Astrolepis integerrima, yang baru-baru
dipelajari oleh cpDNA sequencing dan Analisis AFLP [208]. enam relative lokal haplotype
cpDNA terdeteksi, beberapa di antaranya yang selanjutnya dibagi oleh AFLP. Semua dalam
semua, hasil yang disarankan bahwa total 10 A. garis keturunan integerrima telah dibentuk
melalui beberapa hibridisasi independen antara cochisensis dan A. obscura.
Identifikasi spesies nenek moyang diduga dari poliploidi bisa dicoba dengan berbagai
jenis penanda, termasuk spacer ditranskripsikan internal yang (ITS) wilayah di cluster gen
RNA ribosom nuklir yang diurutkan dan dianalisis dalam, misalnya, polyploid naik kultivar
dan spesies. Nair dan rekan digunakan IRAP primer untuk menentukan konstitusi genom
dalam mengatur kultivar pisang kebanyakan triploid. urutan primer berasal dari dua
retrotransposon yang berbeda, salah satu yang terjadi di A genom (Musa acuminata) dan
lainnya dalam genom B (M. balbisiana). Sebuah lebih mudah diterapkan CAPS marker, yang
diperoleh dari PCR amplifikasi wilayah ITS diikuti oleh pembatasan dengan RsaI, juga telah
diterapkan untuk tugas ini. Baru-baru ini, penerapan 653 penanda DART sama diperbolehkan
diskriminasi antara genom A dan B, dan identifikasi ini genom dalam satu set pisang kultivar.
Metode berbasis multi-lokus seperti RAPD dan AFLP kadang-kadang digunakan
untuk mempelajari genetika populasi di spesies dengan tingkat ploidi yang berbeda, tetapi
masalah bisa timbul karena korelasi positif antara tingkat ploidi dan jumlah kumpulan
mencetak. Selain itu, kumpulan pola mungkin berbeda secara kualitatif antara sampel pada
berbagai tingkat ploidi, dan dengan demikian menimbulkan kesalahan mencetak gol. Single-
lokus penanda seperti SSR dan SNP juga bermasalah karena terjadinya beberapa alel dan
rasio segregasi kompleks. penanda SSR mungkin lebih atau kurang genom (dan spesies) -
specific dan karena itu hanya cocok salah satu dari dua genom homolog dari allopolyploid
hybrid, tidak memproduksi amplifikasi di lainnya (alel null, atau alel drop-out). benar-benar
genomespecific SSR lokus yang secara konsisten menghasilkan maksimum hanya dua alel di
setiap sampel jarang terjadi, tetapi bisa sangat berguna seperti yang ditunjukkan di
Mercurialis hexaploid annua. Dengan tanda tersebut, parameter genetika populasi dapat
dihitung sebagai jika spesies bukan yang diploid.
Untuk tanaman allopolyploid dengan tingkat menengah kesamaan antara genom
homolog, seperti kentang tetraploid, primer SSR pada umumnya menghasilkan sejumlah
variable kumpulan per lokus. Misalnya, Fu dan rekan menemukan total 64 alel saat
pemeriksaan 169 kentang aksesi dengan 36 SSR pasang primer. Bahkan rupanya diploid
spesies seperti apel mungkin "poliploidi kuno" di yang beberapa pasang primer dapat
menghasilkan set kedua alel berasal dari genom diduplikasi belum diakui daerah. Amplifikasi
ini lokus supernumerary (Isoloci) sering berkeragaman dengan kondisi eksperimental, dan
dapat menyebabkan masalah ketika data sedang dikombinasikan dari beberapa laboratorium.
Dalam autopolyploids dan di allopolyploids dengan genom rendah diferensiasi, RSK
analisis biasanya menghasilkan beberapa alel dari lokus tunggal di setiap genotipe, seperti
yang ditunjukkan di kuepferi Ranunculus autopolyploid dan apomictic dan dalam spesies
allopolyploid dan kultivar di genus Rosa. Untuk memanfaatkan sepenuhnya isi informasi
profil DNA yang diperoleh, pola segregasi harus ditentukan. Ini, bagaimanapun,
membutuhkan kemampuan untuk skor dosis alel, berbeda dengan hanya ada atau tidaknya
dari alel. MAC-PR pendekatan (mikrosatelit DNA penghitungan alel - rasio peak)
menentukan alel copy Nomor berdasarkan perbedaan kuantitatif antara mikrosatelit rasio
puncak alel dan karena itu memungkinkan tepat penentuan konfigurasi alel di setiap sampel
yang diteliti, seperti yang ditunjukkan pada mawar tetraploid. menggunakan ini Pendekatan,
pola warisan telah dipelajari bahkan dalam tidak adanya persilangan eksperimental. Kualitas
tinggi Pola pita, bagaimanapun, diperlukan untuk aplikasi yang sukses MAC-PR, serta
pengulangan relative intensitas amplifikasi alel antara individu dan, dengan demikian,
homologi alel penanda mikrosatelit dalam jenis.
Dalam tanaman dengan informasi silsilah rinci, disebut-mikrosatelit alel dosis dan
pembentukan konfigurasi (MADCE) prosedur dapat digunakan untuk melacak yang
pengiriman alel RSK melalui generasi didokumentasikan bahan tanaman diselidiki, dan
menentukan tepat jumlah salinan alel dalam kultivar sasaran. Awalnya, prosedur MADCE
diterapkan di apple [222] tapi informatif hasil baru-baru ini telah diperoleh juga untuk
Strawberry Tanaman Referensi Set dalam proyek penelitian RosBreed (Bassil N, pribadi
komunikasi).
Program-program khusus telah dikembangkan untuk menganalisis poliploidi dengan
penanda SSR, seperti, misalnya, TETRA dan POLYSAT. The fitTetra R paket telah
dikembangkan untuk memungkinkan genotipe panggilan pada spesies tetraploid dari bersifat
bialel Data penanda, dan sangat berguna untuk skala besar SNP analisis bahan dengan tingkat
tinggi alel polysomic pemisahan seperti kentang. Sebaliknya, manik-manik Array MSV paket
tampaknya lebih berguna untuk bahan dengan segregasi terutama disomic.
Halangan utama dengan pendekatan multi-lokus adalah kehilangan informasi tentang
tingkat yang tepat dari heterozigositas dan tentang warisan genom. Selain itu, jarak genetic
antara kultivar yang berlebihan dikumpulaningkan dengan jarak dihitung atas dasar co-
dominan Data. Metode untuk menghitung jarak genetik yang memungkinkan kumpulan berisi
antar ploidi telah berbeda, bagaimanapun, telah dijelaskan dan tersedia di paket program
komputer genotipe / GENODIVE. Pendekatan lain didasarkan pada pembentukan multilokus
fenotipe alel dari setiap individu diselidiki, dan perhitungan perkiraan berbasis fenotip
genetic keragaman dan diferensiasi. Untuk informasi lebih lanjut pada metode untuk
menggambarkan genetika populasi poliploidi, melihat Assoumane dan rekan].
Tanaman Spesiasi, Filogeni Dan Sistematika
Sebagai ketersediaan informasi meningkat berbasis DNA, lebih banyak perhatian yang telah
diberikan terhadap pola genomic diferensiasi antara spesies tanaman. Menurut genic lihat
spesiasi tanaman, kecil "pulau-pulau genom" mungkin bertanggung jawab untuk banyak
perbedaan antara taksa melalui seleksi yang berbeda atau reproduksi hambatan isolasi,
sementara sisanya disebut "berpori genom "lebih permeabel untuk aliran gen. Di konteks ini,
pilihan metode molekuler menjadi penting untuk kemampuan untuk mencerminkan
diferensiasi genom dalam perspektif filogenetis yang relevan. Untuk menentukan sensitivitas
penanda relatif dalam memantau diferensiasi antar-spesifik, Scotti-Saintagne dan rekan
dilakukan genom scanning percobaan dengan 389 penanda (Allozymes, AFLPs, bekas luka,
SSR dan SNP) pada sampel dari pasang populasi ek simpatrik spesies Quercus robur dan Q.
petraea. Distribusi penanda sesuai dengan kemampuan mereka untuk mendeteksi keragaman
antar-spesies jelas L-berbentuk; ternyata hanya beberapa penanda terletak di daerah genom
bertanggung jawab untuk spesies diferensiasi. Seperti yang diharapkan, tanda tersebut lebih
cenderung berada di coding daerah daripada di daerah non-coding. Dalam pemindaian genom
lain berdasarkan 88 dipetakan SSR lokus, kebanyakan lokus kembali menunjukkan migrasi
yang cukup besar antara taksa dianalisis: spesies bunga matahari Helianthus annuus, H.
debilis dan mereka hibrida antar-spesifik. Daerah genom yang bertanggung jawab untuk
diferensiasi genetic Oleh karena itu tampak kecil di taksa ini, apakah diperkirakan sebagai
tingkat diferensiasi spesies atau sebagai tingkat migrasi.
Metode DNA profiling multi-lokus seperti AFLPs telah menjadi DNA fingerprinting
yang paling umum digunakan alat dalam sistematika tumbuhan, terutama dalam situasi di
mana DNA sequencing menghasilkan resolusi filogenetik tidak cukup [233]. Dalam sebuah
studi yang sistematis tanaman awal menggunakan AFLPs, 551 kumpulan polimorfik
diperoleh dengan tiga kombinasi primer selama 30 aksesi dari 19 taksa Solanum Bagian
Petota dan tiga taksa bagian Solanum Lycopersicum. tingkat ploidi tercermin dalam profil,
dengan hexaploids menunjukkan lebih kumpulan dari tetraploids dan diploid. sistem
perkawinan memiliki, seperti yang diharapkan, dampak besar, dengan 40 sampai 60% intra-
spesifik polimorfisme terdeteksi di taksa penyilangan dikumpulaningkan hanya 0-2% di
selfing taksa. metodologi AFLP adalah juga digunakan untuk pemeriksaan hubungan
filogenetik antara 43 spesies pelopor paleotropic pohon genus Macaranga. Sekitar 30 spesies
ini memiliki simbiosis hubungan dengan mitra semut tertentu. yang dihasilkan phenograms
mendukung monophyly dari beberapa bagian dan kelompok subsectional dalam genus, dan
memberikan bukti untuk asal polyphyletic dari antplant yang hidup berdampingan.
Selain dua jenis beras dibudidayakan, genus Oryza juga terdiri dari sekitar 22 spesies
liar yang telah menerima banyak perhatian karena potensi mereka pentingnya untuk
pembibitan padi. Enam genom diploid (A, B, C, E, F dan G) dan empat allotetraploids (BC,
CD, HJ dan HK) telah diidentifikasi menggunakan, antara lain metode, DNA genom
keseluruhan hibridisasi [235]. di lain Studi awal pada beras, 77 sampel yang mewakili 23
spesies Oryza dianalisis dengan AFLP. Berpasangan jarak genetik menunjukkan peningkatan
linier tergantung pada tingkat taksonomi, dengan 0,02-0,21 dalam spesies, 0,2 0,35 antara
spesies berbagi jenis genom yang sama, dan> 0,7 antara spesies membawa genom yang
berbeda. Untuk analisis selanjutnya dari hubungan filogenetik antara genom ini, penanda
lebih lestari yang dikembangkan melalui identifikasi dan urutan gen padi banyak.
Perkumpulaningan urutan untuk 142 gen tersebut dalam enam spesies, yang mewakili enam
berbeda genom diploid, memungkinkan rekonstruksi diversifikasi cepat di Oryza. Dalam
sebuah studi tindak lanjut berdasarkan pada urutan 106 gen nuklir, kali divergensi dan ukuran
populasi efektif leluhur juga ditentukan.
 Penelitian pada Tanaman juga menggunakan penanda SSR, terutama ketika Fokus
telah di diferensiasi genetik antara erat taksa terkait. Misalnya, sepuluh populasi Puerto Rico
dari genus cycad Zamia dianalisis dengan 31 SSR pasangan primer. populasi ini bisa diobati
baik sebagai milik spesies polimorfik tunggal, Z. pumila, atau sebagai mewakili tiga lebih
sempit dibatasi taksa: Z. Erosa, Z. portoricensis dan Z. pumila stricto sensu. Analisis SSR
menunjukkan bahwa Z. Erosa adalah sangat dibedakan dari dua spesies lain, dan sehingga
dapat mewakili pengantar independen Puerto Rico. Data konsisten dengan allopatric spesiasi
skenario dengan Z. portoricensis menjadi yang termuda takson menurut analisis coalescent
Bayesian dan ukuran populasi efektif, dan masih menunjukkan cukup campuran dengan Z.
pumila. Hubungan genetik antara 35 spesies Arachis dari tujuh bagian, termasuk 11 aksesi
kacang tanah dibudidayakan, A. hypogaea, dianalisis atas dasar alel keragaman pada 32 SSR
lokus [244]. Sebuah pohon tetangga bergabung dihasilkan atas dasar jarak Dice berpasangan
antara aksesi individu, dihitung dari biner ada / tidaknya matriks alel SSR. Paling -Con
tertentu aksesi dikelompokkan bersama di pohon, seperti yang dilakukan spesies dari bagian
yang sama, dengan beberapa pengecualian yang disebabkan oleh penulis baik homoplasy
dalam dataset atau luas dalam-spesies keragaman.
Dari relatif sedikit studi yang tersedia, tampaknya bahwa penanda SSR memiliki
beberapa potensi tidak hanya untuk spesies batas, tetapi juga untuk rekonstruksi genetic
hubungan antara kelompok-kelompok spesies yang terkait erat yang adalah hanya beberapa
juta tahun. Namun, SSR penanda yang biasanya sangat polimorfik dan karena itu multiallelic
dalam suatu spesies. Dengan demikian, komponen dalam populasi RSK keragaman seringkali
jauh lebih tinggi daripada antara populasi atau antara-spesies komponen [245]. Oleh karena
itu "harus" bahwa beberapa aksesi per spesies termasuk dalam setiap studi filogenetik yang
didasarkan pada SSR, lebih banyak lebih baik. jarak optimal, genetik antara populasi (atau
spesies) daripada jarak genetic antara individu harus digunakan untuk menghasilkan pohon
phenetic.

Filogeografi
Filogeografi bertujuan untuk mempelajari sejarah spatio-temporal dari spesies atas
dasar yang genetik intra-spesifik keragaman. Pada prinsipnya, penelitian phylogeographic
bisa berdasarkan informasi dari salah nuklir, mitokondria atau DNA kloroplas. Dalam
prakteknya, DNA organellar adalah biasanya disukai karena penanda organel yang
diturunkan adalah lebih mungkin untuk mempertahankan informasi tentang biogeografi
sejarah dari penanda nuklir. Ada beberapa alasan untuk ini. Pertama, genom haploid dari
plastid dan mitokondria menunjukkan populasi efektif yang lebih kecil Ukuran
dikumpulaningkan dengan genom nuklir diploid, mengakibatkan substructuring kuat dari
populasi terfragmentasi di bawah penyimpangan genetik. Kedua, genom organellar biasanya
diwariskan uniparentally. Dalam angiosperma, yang DNA plastid umumnya ditularkan oleh
biji - yaitu, maternal. Mengingat bahwa tanaman dapat menjajah habitat baru hanya dengan
biji, penanda plastid yang diturunkan memiliki potensi untuk memberikan informasi tentang
perubahan terakhir dalam spesies distribusi yang tidak terpengaruh oleh aliran serbuk sari.
Ketiga, rekombinasi antarmolekul biasanya tidak ada di plastid DNA, sehingga individu urut
polimorfisme bisa dikombinasikan menjadi haplotipe yang tetap sebagian besar tidak berubah
ketika diteruskan ke generasi berikutnya.
Hubungan evolusi antara haplotype cpDNA sering digambarkan sebagai jaringan,
yang dapat ditumpangkan pada distribusi geografis dari sampel tanaman. Kita harus diingat,
bagaimanapun, bahwa nonrecombining sebuah molekul DNA berperilaku seperti gen
tunggal. Itu Pola phylogeographic diambil dari haplotype plastid Oleh karena itu jaringan
hanya merupakan salah satu dari beberapa kemungkinan hasil dari proses silsilah. Ini adalah
mengapa analisis phylogeographic berdasarkan gen lain dan genom menjadi semakin
populer. Dalam konifer, mana plastid DNA (ayah) dan DNA mitokondria (Ibu) menunjukkan
kontras cara penularan dari orang tua kepada keturunannya, baik genom yang sering
dianalisis side-by-side. Selain itu, phylogeographic Studi sering menggunakan ribosomal
nuklir urutan ITS. Di spesies tanaman yang paling, gen ribosom cepat dihomogenisasi oleh
evolusi bersama dan kemudian berperilaku seperti uniparentally mewarisi DNA organellar.
Tidak ada pembagian yang jelas antara filogeografi di satu sisi dan penduduk
tradisional genetika pada lain. Dengan demikian, penggunaan penanda SSR nuklir untuk
mempelajari keragaman genetik, subdivisi genetik dan aliran gen di dalam dan di antara
spesies yang masih ada kadang-kadang juga disebut "filogeografi", dan ada banyak upaya
sukses untuk menjelaskan intra-spesifik pola phylogeographic oleh multi-lokus profiling
DNA metode seperti RAPD, ISSR dan AFLP. Multi-lokus pola pita biasanya dianalisis
phonetically - Yaitu, phenograms atau jaringan direkonstruksi atas dasar matriks kesamaan
berpasangan yang dihasilkan dari matriks kehadiran biner / tidaknya posisi Kumpulan. The
(kelompok) genotipe digambarkan dalam fenogram atau jaringan yang dihasilkan kemudian
dikumpulaningkan dengan distribusi geografis mereka.
Mayoritas tanaman studi phylogeographic masih mengandalkan pada polimorfisme
DNA plastid yang dapat dicari dengan baik PCR-RFLP, screening panjang-variabel plastid
mikrosatelit (cpSSRs), atau dengan sekuensing komparatif PCR-diperkuat non-coding DNA.
Polimorfisme unik kemudian digabungkan menjadi haplotype yang berbeda, diikuti oleh
analisis distribusi haplotype dan frekuensi di wilayah geografis yang berbeda, kuantifikasi
dari perbedaan genetik antara haplotype, dan evaluasi hubungan genetik antara haplotype -
Misalnya, dalam bentuk penghematan statistic jaringan seperti TCS [256]. Penggunaan
cpSSRs adalah, Namun, kontroversial, karena mereka mutasi sering tinggi tarif dapat
menyebabkan homoplasy.

Pemetaan Genetik
pemetaan keterkaitan dan peta genetik Satu yang menonjol aplikasi penanda
molekuler adalah generasi peta genetik yang telah ditetapkan untuk semua utama dan banyak
tanaman kecil dan tanaman lainnya (misalnya, beras, barley, dan jagung, untuk nama hanya
beberapa). Sebuah peta genetik adalah representasi grafis dari kromosom (atau kelompok
linkage) ke mana unsur genetic (= Lokus, misalnya penanda atau gen) yang selaras. Lokus
yang disusun berdasarkan co-segregasi mereka selama meiosis, yang tergantung pada
frekuensi rekombinasi peristiwa. jarak genetik antara lokus yang diukur dalam centiMorgan
(cM). Satu cM didefinisikan sebagai jarak yang dua lokus harus sama lain, jika dalam 100
peristiwa meiosis lokus yang yang memisahkan hanya sekali (= 99% kemungkinan co-
segregasi). Sebagai tingkat rekombinasi berkeragaman dalam genom yang berbeda, ini
diterjemahkan ke dalam berbagai jarak fisik. Rekombinasi frekuensi juga berkeragaman
antara genom yang berbeda daerah - misalnya, rekombinasi ditekan dekat sentromer.
Untuk memperkirakan jarak genetik antara lokus, cosegregation yang unsur genetik
dipantau dalam pemetaan populasi atau dalam pendekatan pemetaan asosiasi (lihat di bawah).
populasi pemetaan biasanya berasal dari silang antara dua induk, yang idealnya dapat
dibedakan oleh sejumlah besar polimorfisme yang dimonitor pada progeninya. sangat
nyaman populasi pemetaan terdiri dari apa yang disebut-Recombinant Garis inbrida (RILs),
yang dihasilkan oleh selfing singleseed keturunan dari tanaman saudara F2 berbeda melalui
enam atau lebih generasi. The selfing terus menerus menyebabkan sangat tingkat tinggi
homozigositas, dan masing-masing RIL dari suatu populasi dari RILs maka melestarikan
salah satu rekombinasi tertentu acara dari F1 lintas. desain dan pembangunan dari RILs telah
ditinjau oleh Pollard.
Untuk mengidentifikasi lokus yang sangat terkait erat dengan spesifik sifat, "baik-
mapping" dilakukan dengan memperkaya kepadatan penanda di kedekatan gen yang
bertanggung jawab atau, dalam kasus terbaik, penanda untuk genetik yang bertanggung
jawab elemen sendiri. Teknik yang paling umum diterapkan untuk fine-pemetaan Bulked
Analisis Segregant (BSA), awalnya dikembangkan oleh Michelmore dan rekan. Dalam BSA,
semua genotipe yang menunjukkan fenotipe tertentu (Yaitu, suatu sifat tertentu) dikumpulkan
dan disaring untuk polimorfisme yang membedakan mereka dari sisa tanaman. Semua elemen
genetik yang tidak mempengaruhi massal-sifat didistribusikan secara acak di antara semua
tanaman, sedangkan semua elemen genetik yang bertanggung jawab untuk sifat adalah dapat
ditemukan secara istimewa jika tidak hanya di masing-masing jumlah besar. Karena itu,
perbedaan antara missal dan tanaman yang tersisa kemungkinan akan terkait dengan sifat
menarik. Sumber polimorfisme dapat, Misalnya, metabolome, proteoma, transcriptome yang
atau genom. Dua terakhir telah diuntungkan sangat besar dari munculnya tinggi-throughput-
sequencing teknologi dan sekarang sumber yang paling banyak digunakan untuk
polimorfisme genetik.
Berbagai jenis penanda dapat dikombinasikan menjadi terintegrasi peta, yang menjadi
lebih tinggi diselesaikan (yang adalah, jenuh) dengan masing-masing penanda baru
ditambahkan. Selanjutnya, data dari persilangan yang berbeda dapat diintegrasikan dalam
peta yang sama. Misalnya, Wenzl dan rekan [264] menerbitkan sebuah peta yang terintegrasi
untuk jelai menggunakan panah, RSK, RFLP dan STS penanda, sama sekali terdiri 2.935
yang berbeda lokus. Dalam era saat sekuensing genom, peta genetik juga merupakan alat
serbaguna untuk mendefinisikan urutan contigs dirakit dari pendekatan shotgun sequencing,
seperti yang telah dilakukan, misalnya, selama perakitan dari kacang genom baru ini
diterbitkan.

Asosiasi pemetaan pemetaan Association (AM) tujuan di menghubungkan fenotipe genotipe,

independen dari kekerabatan dari genotipe. Konsep AM telah diimplementasikan pada
manusia dan organisme model bagi banyak tahun (misalnya dalam proyek HapMap manusia
yang dimulai pada tahun 2002), dan sekarang semakin diterapkan untuk genom tanaman.
Keuntungan utama dari AM lebih pemetaan linkage (LM) atau pemetaan QTL adalah bahwa
tidak ada penduduk pemetaan diperlukan. Pembentukan populasi pemetaan yang baik adalah
memakan waktu dan mahal tugas, terutama untuk tanaman dengan waktu generasi lama dan
karenanya jumlah terbatas dari rekombinasi meiosis. Selanjutnya, LM biasanya terbatas pada
subset kecil dari genotipe dan bagi mereka lokus yang polimorfik antara genotipe tersebut (=
rendah kekayaan alel). Sebaliknya, AM meneliti genotypephenotype korelasi dalam plasma
nutfah yang besar dan karenanya memonitor peristiwa rekombinasi meiosis sejarah yang
terakumulasi dalam populasi alami dan koleksi dari landraces, bahan pemuliaan dan varietas.
pemetaan asosiasi berdasarkan terjadinya Linkage Disequilibrium (LD) antara sifat
tertentu dan satu atau lebih alel dari lokus marker dalam suatu populasi. Berbeda dengan LM,
yang mengacu pada gabungan warisan dari lokus karena kedekatan fisik dekat mereka pada
kromosom yang sama, LD mengacu pada non-acak terjadinya kombinasi alel dari lokus
dalam suatu populasi. Dengan demikian, alasan LD dapat linkage (dan di sebagian besar
kasus itu), tetapi juga faktor-faktor lain mempengaruhi LD, seperti seleksi, mutasi, sistem
perkawinan, struktur populasi, dan lain sebagainya, yang dapat mengakibatkan LD signifikan
bahkan dari alel yang terletak pada kromosom yang berbeda [270]. Karena itu, AM lebih
kompleks dari pemetaan linkage dan mungkin bias oleh berbagai faktor.

Baru-baru ini, analisis berbasis AM telah berhasil dilakukan di banyak tanaman. Beras,
misalnya, Zhao dan rekan genotipe lebih dari 44.000 SNP di 413 aksesi dari 82 negara.
Puluhan varian dapat diidentifikasi bahwa pengaruh berbagai kompleks sifat. Pada jagung,
analisis high-density berdasarkan 56110 SNP dilakukan untuk menganalisis toleransi dingin
di 375 galur inbrida. Sembilan belas asosiasi yang sangat signifikan sinyal yang menjelaskan
antara 5,7 dan 52,5% dari varians fenotipik diamati untuk pertumbuhan awal dan klorofil
parameter fluoresensi diidentifikasi. sebuah AMbased Pendekatan yang disebut "genomik
landscape" bertujuan bersamaan menguji efek demografi sejarah, migrasi dan seleksi dalam
geografis yang ditetapkan situs (lihat, misalnya, Sork dan kolega dan referensi dikutip
didalamnya.

Pemuliaan Dengan Bantuan Penanda Dan Pilihan Genome

Salah satu tujuan utama dari analisis linkage genetik dalam tanaman adalah pemuliaan
dengan bantuan penanda. Sebuah konsep yang sangat menjanjikan dari pemuliaan dengan
bantuan penanda telah disebut "pilihan genom" (GS) atau "pilihan genome-wide" (GWS).
Berbeda dengan pemilihan tradisional penanda dibantu (MAS) konsep, di mana hanya
sebagian dari penanda dianggap, di GS semua penanda tersedia dievaluasi secara bersamaan
untuk perhitungan yang disebut nilai pemuliaan. Hal ini dilakukan dengan menggabungkan
QTL mayor dan minor menurut untuk Meuwissen dan rekan. Disini, efek positif dan negative
QTL hanya sebagian kecil yang terlewatkan dalam MAS tradisional juga dipertimbangkan
untuk seleksi. Konsep GWS banyak digunakan di peternakan dan telah dibahas sebagai masa
depan Pendekatan pilihan juga untuk tanaman. Dalam analisis mereka yang didasarkan pada
data set besar dari 25 asosiasi bersarang populasi pemetaan, Guo dan rekan [285] ditemukan
prediksi yang lebih baik menggunakan pendekatan GWS dikumpulaningkan dengan MAS
untuk sifat berbunga pada jagung (hari ke silking, hari untuk bunga mekar dan bunga mekar-
silking interval). MAS dilakukan oleh pemetaan selang komposit (lihat review oleh Zou dan
Zeng), dan GS menggunakan "ridge regresi-linear terbaik berisi prediksi "untuk menghitung
nilai pemuliaan.

Dalam ASP, alel alternatif di polimorfik tertentu Situs diperkuat dengan primer
spesifik alel yang masing-masing diberi label dengan fluorochrome yang berbeda. Itu
kehadiran alel tertentu maka ditunjukkan oleh diagnostik sinyal fluorochrome. Jika primer
yang berbeda panjang yang digunakan, produk ASP juga dapat dinilai dengan elektroforesis
gel. Uji TaqMan pada awal 1990-an. Ini melibatkan fluoresensi berbasis deteksi dan
kuantifikasi pemeriksaan tertentu yang hibridisasi ke situs SNP bunga. Sebuah sinyal cahaya
hanya dikeluarkan saat pemeriksaan terdegradasi oleh exonuclease yang aktivitas polimerase
Taq DNA, yang terjadi hanya ketika pemeriksaan secara khusus terikat target situs. ASP dan
TaqMan tes dapat dinilai dalam mesin PCR kuantitatif biasa sementara HRM
membutuhkan optik tertentu.

Status FingerprintingDNA Tradisional:

Penutup
Secara bersama-sama, dua dekade terakhir telah menyaksikan peningkatan menonjol
dalam penerapan berbagai DNA penanda untuk FingerprintingDNA tanaman. Pada awalnya,
multi-lokus penanda dominan, terutama RFLP, RAPD, AFLP dan ISSR, yang paling populer,
tapi satu-lokus SSR dan penanda akhirnya SNP cepat tertangkap. Teknologi DART berbasis
chip juga masih digunakan. Kita percaya bahwa metode multi-lokus tradisional dan mereka
berbagai spin-off akan tetap bekerja satu dekade dari sekarang, tapi sebagian besar untuk
penelitian eksplorasi yang tidak tentu menghasilkan makalah yang diterbitkan. Locus-spesifik
SSR penanda mungkin akan tetap lebih populer, karena co-dominan mereka warisan,
kemudahan analisis dan fakta bahwa data baru dapat dengan mudah ditambahkan ke yang
sudah ada file. Novel masukan untuk FingerprintingDNA itu, bagaimanapun, disediakan oleh
terobosan besar yang tak terduga dalam DNA teknologi sequencing, yang dapat
dipertimbangkan sebagai titik awal untuk masa depan FingerprintingDNA, dan yang dibahas
dalam bagian berikut.
Masa depan FingerprintingDNA
Secara umum munculnya hubungan high-throughput genomic sequencing sekitar 10
tahun yang lalu adalah langkah awal dalam sejarah singkat genetika molekuler dan genomik
(lihat, misalnya, ulasan Mardis, Metzker, dan Rothberg dan Leamon). Kecepatan besar
dengan yang urutan DNA dapat dibaca oleh 454 pyrosequencing, SOLID, Illumina dan
lainnya Mesin juga memiliki dampak yang cukup besar dan dua kali lipat pada
pengembangan dan penggunaan penanda molekuler pada umumnya, dan FingerprintingDNA
pada khususnya. Di satu tangan, penanda konvensional seperti mikrosatelit dan SNP sekarang
dapat ditemukan dengan mengurangi biaya dan usaha dan pada tingkat belum pernah terjadi
sebelumnya. Di sisi lain, DNA teknologi penanda saat berturut-turut dilengkapi atau bahkan
diganti dengan proses sequencing itu sendiri, seperti yang diungkapkan oleh istilah
"genotipe-by-sequencing" (lihat juga Edisi Khusus Molekuler Ekologi 22 (11), 2013).

Penemuan mikrosatelit nuklir dengan high-throughput

sekuensing DNA
Cukup jelas, random high-throughput sequencing dari DNA genom menawarkan
dirinya sebagai strategi yang berguna untuk mengidentifikasi semua jenis DNA berulang di
genom, termasuk mikrosatelit. Itu tetap butuh beberapa tahun sebelum potensi ini disadari.
Dalam salah satu laporan pertama pada penggunaan sekuensing DNA generasi untuk
mikrosatelit pengembangan penanda, Abdelkrim dan rekan digunakan platform 454 untuk
menghasilkan 17.215 membaca dari tidak dipilih, DNA genom terfragmentasi bebek biru
(Hymenolaimos malacorhynchos), sebuah spesies unggas air endemik ke Selandia Baru.
Setiap membaca memiliki ukuran rata-rata dari 243 bp, menambahkan hingga total sekitar 4,1
Mb. Menggunakan alat bioinformatika yang tepat, mikrosatelit terdeteksi di 231 berbunyi.
Jumlah cocok penanda lokus itu, bagaimanapun, dikurangi menjadi 24 oleh keharusan untuk
merancang primer di kedua sisi mikrosatelit tersebut. Tiga belas dari pasangan primer
ditampilkan polimorfisme, dan 13 penanda dengan demikian dihasilkan dalam sequencing
tunggal menjalankan.
Santana dan rekan menggunakan 454 teknologi untuk membuat penanda mikrosatelit
dari jamur (pinus patogen Fusarium circinatum), serangga (tawon Sirex noctilio) dan
nematoda (Deladenus siridicola). Dua metode, ISSR-PCR dan "cepat isolasi oleh AFLP dari
urutan mengandung mengulangi "(Fiasco), digunakan untuk memperkaya DNA template
untuk mikrosatelit sebelum sequencing. Secara keseluruhan, 1,2-1,7 Mb DNA sequencing,
dan 873 mikrosatelit berpotensi amplifiable diidentifikasi dengan urutan mengapit cukup
tersedia untuk desain primer. Satu set 28 SSR-mengapit primer pasang dikembangkan untuk
Fusarium circinatum. Ini, 19 menghasilkan fragmen tunggal dalam berbagai ukuran yang
diharapkan, dan 13 diproduksi amplikon polimorfik dari satu set jamur isolat. Para penulis
juga menghasilkan tradisional perpustakaan dari DNA circinatum F. diperkaya untuk
mikrosatelit dengan metode ISSR. Sanger sequencing dari 100 klon dari perpustakaan ini
hanya menghasilkan delapan berpotensi mikrosatelit amplifiable.
Dengan menggunakan platform 454, Allentoft dan rekan [301] mencari mikrosatelit
dalam DNA purba sumber, sebuah fragmen tulang dari punah Selandia Baru moa spesies
(burung terbang). Sebanyak 79.796 urutan diperoleh dengan panjang rata-rata 112 bp. dari
195 di-, tri- dan tetranucleotide mengulangi hadir dalam data set, hanya satu polimorfik
mikrosatelit penanda bisa akhirnya akan dihasilkan. hasil yang rendah ini dapat
dipertanggungjawabkan oleh sumber kuno dan negara karena terdegradasi dari DNA dan
karenanya singkat baca panjang.
Tiga makalah yang diterbitkan diatas memiliki isu BioTechniques yang sama dan
menunjukkan untuk pertama kalinya bahwa high-throughput sequencing memiliki potensi
yang kuat untuk mengisolasi penanda SSR dari non-organisme model di mana tidak ada
informasi genomik ada. Metode Novel menyimpan banyak waktu, dan juga hemat biaya
dikumpulaningkan dengan tradisional kloning pengayaan. Misalnya, Csencsics dan rekan
menghabiskan sekitar US $ 5.000 untuk mengembangkan penanda mikrosatelit untuk minima
spesies tanaman Typha dalam waktu 6 minggu. Dalam studi mereka, 307 di-, tri- dan
tetranucleotide mengulangi ditemukan di total 76.692 urut berbunyi. Seratus lokus yang
dipilih untuk desain primer, 30 pasang primer diuji dan menghasilkan 17 polimorfik penanda.
Mengingat bahwa metodologi sequencing masih berkembang pada kecepatan yang
cepat, penurunan lebih lanjut dari biaya dapat diharapkan. Jumlah besar urutan data yang
diperoleh di bahkan percobaan skala kecil memungkinkan pilihan top-down kandidat yang
paling menjanjikan (misalnya, hanya mengulangi trinucleotide, atau hanya mengulangi
sempurna). Penyuburan untuk mikrosatelit motif sebelum sequencing jarang dianjurkan, tapi
mungkin tidak perlu dalam banyak kasus. Penggunaan barkode adapter dan primer untuk
langkah amplifikasi memungkinkan urutan paralel beberapa template di saat yang sama,
selanjutnya memberikan kontribusi untuk efisiensi metode. Menggunakan adapter barcode
(Juga dikenal sebagai adapter multiplex identifier), Takayama dan rekan dengan demikian
mampu mengisolasi besar jumlah mikrosatelit dari hanya 10.000 hingga 20.000 genom 454
membaca setiap enam spesies tanaman yang tidak terkait dengan biaya rendah.
Sebuah keuntungan tambahan dari penggunaan generasi sequencing untuk
pengembangan penanda SSR adalah besar jumlah data urutan nuklir dan organellar acak
dihasilkan sebagai "oleh-catch" identifikasi mikrosatelit. Misalnya, 382 SSR itu sampel
dalam perjalanan 454 sequencing dari Amaranthus tuberculatus bersama dengan a contig
mewakili kloroplas hampir lengkap genom, mitokondria fragmen DNA, transposable elemen
dan gen nuklir berbagai kepentingan [303]. Krapp dan rekan [314] dirakit sekitar 84% dari
Dyckia marnier-lapostollei (Bromeliaceae) kloroplas genom dari hanya 59.624
pyrosequencing berbunyi. Sebanyak 34 mikrosatelit kloroplas (cpSSRs) dengan jumlah
minimum 10 's atau T's juga ditemukan, dan primer mengapit dibangun yang dihasilkan
produk amplifikasi yang sangat polimorfik di berbagai spesies Dyckia.

High-Throughput Genotip Dari Sequencing

Peningkatan secara radikal throughput kapasitas sequencing pada 50 sampai 100.000
kali lebih rendah biaya per dasar dikumpulaningkan dengan sequencing Sanger tradisional
juga memiliki dampak yang besar pada teknologi FingerprintingDNA itu sendiri. -
Throughput tinggi sequencing dibuka sama sekali baru dan unprecedently jalan cepat untuk
genotip (hingga resolusi tertinggi mungkin) yang resequencing dari Seluruh genom populasi
tanaman (WGS, misalnya). Sedangkan daftar lengkap sequencing genom tanaman terus
berkembang (untuk tanaman tanaman, melihat Bevan dan Uauy), genome tanaman yang
Namun demikian terlalu besar, terlalu rumit, dan terlalu kaya berulang-ulang DNA menjadi
kandidat yang baik untuk WGS. Ini adalah mengapa dasarnya semua pendekatan genotipe-
by-sequencing bertujuan mengurangi kompleksitas genom ke yang lebih kecil bagian (
"mengurangi representasi sequencing",). Dengan mengurangi genom dianalisis ruang untuk
ukuran dikelola, urutan cukup tinggi cakupan dapat dicapai yang memungkinkan untuk
mendeteksi polimorfisme (kebanyakan SNP) dengan keyakinan yang diperlukan, bahkan
pada tanaman dengan genom yang sangat besar.
Beberapa strategi yang dikembangkan yang bertujuan untuk memperkaya bagian
tertentu dari genom sebelum sekuensing. Salah satu pendekatan yang jelas adalah untuk
urutan hanya transcriptome yang yang tersedia dalam EST atau perpustakaan cDNA (untuk
rincian lihat "transcriptome sequencing: RNAseq dan terkait pendekatan "di bawah). Teknik
lain bergantung pada sebelum amplifikasi subset genom tertentu menggunakan PCR dengan
primer yang dipilih (misalnya, dengan SRAP primer), atau memperkaya bagian-bagian
tertentu dari genom dengan hibridisasi dengan satu set pra-cast oligonukleotida. Dalam teknik
paling banyak digunakan, genom DNA pertama kali dicerna dengan enzim restriksi, dan
hanya daerah di kedua situs mengapit dari enzymerecognition yang situs yang diurutkan
(untuk rinciannya lihat "Pembatasan Enzim Berlabuh Sequencing: RADseq dan terkait
pendekatan "di bawah). Prinsip ini pertama kali disajikan oleh Altshuler dan rekan yang
menggambarkannya sebagai "Mengurangi representasi shotgun sequencing", masih
menggunakan metodologi Sanger. Sebuah versi yang berbeda dari pendekatan ini, sudah
melibatkan tinggi-throughput sequencing, diperkenalkan oleh van Orsouw dan rekanyang
dimaksud teknik mereka sebagai tanaman (Kompleksitas Pengurangan Polymorphic Urutan).
Istilah yang paling banyak digunakan untuk konsep, termasuk banyak variannya, adalah
namun disarankan oleh Baird dan rekan yang menciptakan mereka Pendekatan "Pembatasan
Situs Associated DNA Sequencing" (RADseq). Seperti semua teknik ini bertujuan
sequencing pembatasan situs-terkait DNA, kita akan di sini menggunakan lebih istilah umum
"Pembatasan Enzim Berlabuh Sequencing" (REAS; lihat Gambar 4).
Batasan Enzim Pada Sequencing: RADseq dan Pendekatan Terkait
Tergantung pada urutan pengukurannya, pembatasan yang diberikan oleh target enzim
hanya sebagian kecil dari seluruh genom. Oleh karena itu pembatasan pencernaan adalah
yang pertama (Dan kadang-kadang satu-satunya) langkah mengurangi genom kompleksitas
dalam REAS. Sebagai situs restriksi dalam genom genotipe terkait erat biasanya bersama,
orthologous daerah genetik yang diurutkan seluruh berbeda genotipe. Dengan memilih yang
sesuai (sepasang) enzim restriksi (s), tingkat pengurangan genom representasi dapat
disesuaikan secara eksperimental. Sebagai contoh, empat-base cutter akan (dalam genom
teoritis dengan distribusi basis acak) dipotong setiap 256 bp, dan enam-base cutter setiap
4.096 bp. Dalam rangka untuk memfokuskan sequencing pada non-berulang, transcriptionally
aktif bagian dari genom, sebagian besar aplikasi menggunakan enzim metilasi-sensitif yang
mencerna hanya nonmethylated situs. Meskipun regulasi epigenetik yang berbeda dan
menyertai pola metilasi mungkin terjadi di genotipe yang berbeda dari bunga dan karenanya
ada risiko sequencing dan memkumpulaningkan daerah genetik yang berbeda genotipe yang
berbeda, keuntungan lebih besar daripada risiko ini.
Salah satu versi dari banyak teknik REAS berbeda diringkas dalam Gambar 4, sebagai
contoh representatif. Setelah pencernaan, adaptor yang diikat ke pembatasan situs, yang bisa
langsung digunakan untuk sequencing pada diinginkan platform yang tinggi-throughput.
Adaptor berisi urutan barcode sampel tertentu yang memungkinkan simultan "multiplexing"
tinggi-throughput sequencing dari berbagai sampel. Adaptor ini dapat terbiotinilasi di ujung
situs ligasi (seperti pada Gambar 4) atau berisi modifikasi lain yang menghambat
concatemerization adapter. Setelah barcode, DNA dapat baik lanjut dicerna dengan enzim
restriksi yang lain, seperti dalam "Double Digest RADseq" atau dapat secara acak dicukur
untuk mencapai ukuran optimal untuk sequencing diinginkan peron. Pendekatan yang
terakhir dipilih di asli RADseq kertas. Kedua, platformspecific adapter kemudian diikat ke
ujung adaptor-fragmen DNA. Penurunan lebih lanjut dari kompleksitas dapat dicapai dengan
ukuran-pemilihan dicerna DNA. Dalam hal ini, yang sering memotong enzim restriksi
digunakan, seperti yang diusulkan oleh Elshire dan rekan yang disebut teknik mereka
"genotip-by-sequencing" dan oleh Andolfatto dan rekan, yang menggunakan Istilah
"multiplexing senapan genotipe".
Data primer terdiri dari informasi urutan daerah mengapit situs pembatasan dimana
adapter yang diikat. Pembatasan situs terkait ini urutan DNA yang disebut sebagai "tag", atau
"tag RAD". Sequencing dapat dilakukan baik oleh end tunggal atau dengan dipasangkan-end
sequencing. Yang terakhir ini biasanya lebih murah efisien dan memfasilitasi pemetaan
wilayah sequencing untuk diketahui genom terkait Sejauh ini yang terbesar bagian dari situs
restriksi biasanya akan mewakili orthologous lokus seluruh genom yang berbeda. The tag
urutan kemudian langsung disejajarkan dan dikumpulaningkan, memungkinkan untuk
identifikasi SNP atau indels. RAD Pendekatan sequencing berbeda dari AFLPs atau CAPS
penanda, yang fokus pada perbedaan pengakuan situs sendiri. Ruang genom yang dianalisis
oleh REAS karenanya jauh lebih besar dikumpulaningkan dengan prosedur yang didasarkan
pada polimorfisme pembatasan-situs saja.
Berbagai aplikasi dari REAS baru-baru ini telah dijelaskan dalam tanaman. Misalnya,
di artichoke, Cynara cardunculus, Scaglione dan rekan ditemukan sekitar 34.000 SNP dan
hampir 800 indels dari 9,7 juta berbunyi, sesuai dengan 1.000 Mb urutan. Bus dan rekan
sequencing lebih dari 113.000 RAD tag dan mengidentifikasi lebih dari 20.000 SNP dan
indels di rapeseed allotetraploid, Brassica napus. Yang dan rekan, menggunakan RADseq di
BSA untuk mengidentifikasi penanda untuk ketahanan penyakit antraknosa di Lupinus
angustifolius. Akhirnya, Pfender dan rekan [331] digunakan RADseq untuk genotipe 193
individu F1 dari persilangan antara batang-karat garis orangtua tahan dan rentan Lolium
perenne dan menemukan beberapa QTL utama untuk karat perlawanan.

Transcriptome Sequencing: RNAseq dan Pendekatan Terkait

high-throughput sequencing yang digunakan untuk penemuan polimorfisme adalah
sekuensing cDNA dalam RNAseq pendekatan diciptakan (Sequencing daerah ditranskrip).
RNAseq pada dasarnya adalah sequencing EST tanpa kloning sebelumnya dan pada mesin
sekuensing throughput tinggi. teknik ini dan aplikasi pada tanaman baru-baru Ulasan oleh
Martin dan rekan, dan "RNAseq tutorial" disampaikan oleh Wolf. Beberapa keuntungan
dalam membuat transcriptome sequencing. (1) Setelah perakitan de novo atau anotasi, urutan
protein serta sebagai variannya yang langsung terungkap. polimorfisme ini mewakili penanda
yang ideal untuk identifikasi gen di pendekatan pemetaan, sebagai gen itu sendiri, bukan
cosegregating sebuah, wilayah genomik anonim ditandai. (2) Metode mengurangi
kompleksitas genom untuk bagian transcriptionally aktif dan dengan demikian
memungkinkan perkumpulaningan genom sangat besar. (3) RNAseq secara bersamaan
memungkinkan kedua penentuan genotipe, dan penilaian ekspresi gen kuantitatif, yang
memungkinkan analisis QTL ekspresi.
Konsep ini digambarkan oleh Harper dan rekan sebagai "asosiatif transcriptomik ".
Para penulis ini digunakan transcriptome sequencing di napus Brassica untuk
mengkorelasikan perbedaan urutan gen dan ekspresi gen pada satu sisi dengan keragaman
sifat pada yang lain. Kelemahan dari Pendekatan RNAseq adalah bahwa, agar dapat
mengurutkan transkrip, itu harus dinyatakan dalam keadaan tertentu - Yaitu, di jaringan
diselidiki - dan pada saat itu titik RNA isolasi. Masalah lain adalah tidak merata distribusi
spesies transkrip, yang baik membutuhkan sequencing sangat dalam, atau normalisasi
sebelum sequencing. Masalah ini terutama menyangkut transkrip langka, seperti yang coding
untuk faktor transkripsi atau lainnya unsur peraturan.
RNAseq juga telah digunakan di BSA. Sebagai contoh, Trik dan rekan Memetakan
sebutir cloning konten gen protein, GPC-B1, dalam gandum, sedangkan Liu dan rekan
mampu langsung menemukan, mengidentifikasi dan mengkloning gen panjang mencari
glossy3 (gl3), yang terbukti menjadi faktor MYB transkripsi diduga. Sebuah berbasis
sequencing tinggi-throughput, mengurangi kompleksitas Strategi analisis untuk
transkriptomika tanaman baru-baru ini disajikan oleh Kahl dan rekan [343] yang digunakan
platform Illumina untuk urutan hanya 3'-UTRs dari transkrip dengan Analisis besar-besaran
dari cDNA Ends. Sebagai 3'-UTRs adalah daerah yang paling polimorfik dari transkrip,
mereka menyediakan sumber yang kaya penanda molekuler. Strategi ini memungkinkan
urutan jumlah yang lebih besar genotipe dalam uji multiplexing di cakupan yang cukup, bila
dikumpulaningkan dengan RNAseq, tetapi juga mengungkapkan ekspresi gen kuantitatif nilai
untuk setiap transkrip. Untuk menggambarkan konsep ini, istilah "TranSNiPtomics" yang
diciptakan. Tidak seperti REAS, teknik melakukan tidak tergantung pada enzim restriksi,
tetapi menargetkan daerah 100 sampai 500 bp hulu dari poli-A ekor setiap transkrip molekul.
Pendekatan baru-baru ini berhasil diterapkan untuk fine-memetakan gen introgresi untuk
kuning penyakit virus kerdil dari H. bulbosum ke barley.

Pandangan
Identifikasi skala besar SNP dan SSR melalui pendekatan sequencing highthroughput
sangat banyak digunakan, dan pembagian genotypisangat banyak. metode sequencing
berbasis SNP telah digunakan berbagai berbagai model dan jenis tanaman. Terutama berlaku
untuk pemetaan genetik, seperti yang telah diuraikan dalam pemetaan genetik. Sejumlah
penelitian harus berkembang untuk model dan jenis tanaman liar. Di bidang genetika
populasi, misalnya, kemampuan kepadatan untuk sampel genom yang jauh lebih tinggi dari
sebelumnya dapat mengatasi keterbatasan penanda metodologi tradisional, yang
memungkinkan untuk pertama dalam mengevaluasi pola keragaman genetik di seluruh
genom. Hasil dan wawasan yang diperoleh dari pendekatan "Populasi genomik" akan
memiliki dampak besar pada bidang ekologi dan konservasi. Menanam yang sistematik akan
mendapatkan keuntungan dari generasi filogenetik, karena filogeni tanaman bisa mengatur
seluruh dasar plastid yang diurutkan genom atau beberapa set gen nuklir. penanda nuklir yang
baru dapat diidentifikasi oleh urutan perkumpulaningan dari tingkatan taksonomi, dan dapat
di analisis secara langsung dalam mengatasi masalah orthology di polyploidy filogenetik.
filogeni Akhirnya, membantu menyelesaikan menjelaskan batas-batas spesies dan hubungan
spesies (lihat review oleh Harrison dan Kidner).
Kemanapun kita pergi? Pasti, kemampuan teknologi masih jauh dari apa yang
diharapkanpada generasi berikutnya. Diharapkan ada perbaikan dan inovasi lebih lanjut dari
metode sequencing, dan dan meminimalkan biaya untuk metode sequencing dari setiap
spesies tanaman. Bahkan seluruh sekuensing genom mungkin menjadi layak untuk aplikasi
tertentu, seperti analisis somaclonals atau penyaringan mutasi. Namun, urutan data genom
untuk semua individu harus lengkap termasuk waktu dan biaya dala, penelitian ini. Kumpulan
data yang dihasilkan oleh generasi sekuensing perlu ditangani dan disimpan, dan
bioinformatika sudah menjadi tantangan nyata. Pertanyaan penting pada awal penelitian
adalah, bagaimana mengalokasikan jumlah sumber daya yang terbatas antara (1) cakupan
urut (yaitu, jumlah nukleotida pada masing masing sequencing), (2) pengambilan sampel
density (yaitu, jumlah individu dianalisis), dan (3) fraksi genom yang mengalami sequencing.
Kami membayangkan bahwa jumlah sequencing diperlukan di masa depan akan terbatas,
dan FingerprintingDNA yang dihasilkan dengan set memadai disesuaikan penanda,
sequencing dari representasi yang dipilih genom semakin rendah, metode lain yang
digunakan pada identifikasi genotip tanaman akan sama, populasi genetika, studi keterkaitan
dan pemetaan. Oleh karena itu kami berharap bahwa istilah "FingerprintingDNA", yang
dibuat oleh Alec Jeffreys sangat jelas untuk menggambarkan identifikasi individu manusia
dengan minisatelit hibridisasi, akan bertahan dalam jangka panjang, bahkan dalam kemajuan
sekuensing DNA di masa yang akan datang.