MARKA

MOLEKULER
MARKA MOLEKULER
Marka berbasis DNA yang secara
langsung digunakan untuk
membandingkan materi genetik antar
individu tanaman.
Sistem ini telah merevolusi bidang
pemetaan genetik: berhubungan dengan
keragaman genetik, klasifikasi dan
filogeni yang berhubungan dengan
pengelolaan plasma nutfah,
Sebagai alat bantu dalam pemuliaan dan
seleksi melalui penandaan gen.
Prinsip Pemanfaatan
penanda Genetik
Penanda genetik merupakan ekspresi pada

individu yang terlihat oleh mata atau

terdeteksi dengan alat tertentu, yang
menunjukkan dengan pasti genotipe suatu
individu

Penanda genetik dapat diketahui lokasinya

pada kromosom

Penanda genetik hanya berguna apabila ia

polimorfik dan terpaut dengan sifat yang akan

diamati atau dengan penanda genetik lain
Contoh-contoh Aplikasi Penanda
Genetik:
Sidik jari DNA pada pembuktian
forensik.
Uji serologi untuk mengetahui
kehadiran penyakit tertentu.
Analisis hubungan kekerabatan
etnis manusia.
Pembuatan peta genetik
Seleksi berbantuan marker
(marker-assisted selection,
MAS).
Deskripsi keanekaragaman
genetik
Analisis kekerabatan/
taksonomi.
Analisis kualitas lingkungan.
Macam-macam Penanda
Genetik

Random Amplified Polymorphism

DNA RAPD
Mikrosatelit (dikenal juga sebagai
simple e sequence repeat (SSR);
short tandem repeats( STR)
Minisatelit
Inter-SSR
AFLP
RFLP
Dua Macam Penanda Genetik Dalam
Kaitannya Dengan Hukum Pewarisan
Mendel
1. Penanda yang bersifat kodominan,
artinya dapat membedakan ketiga
kelas genotipe pada generasi F2
(dua homozigot dan heterozigot)

2. Penanda yang bersifat dominan,

artinya tidak bisa memisahkan
heterozigot dari salah satu kelas
homozigot.
 Penanda morfologi
Penanda ini mudah dilihat oleh mata dan telah
banyak digunakan sejak masa awal genetika.
Contohnya adalah warna, ukuran, atau bentuk
organ tertentu.
Mudah dan masih dipakai (biasanya digunakan
untuk mengontrol berhasilnya suatu
persilangan),
penanda morfologi dapat termodifikasi oleh
pengaruh lingkungan sehingga dianggap tidak
stabil.
Selain itu, penanda morfologi jumlahnya
sangat terbatas
dan untuk mengamatinya orang harus
menunggu hingga sifat penanda itu muncul.
 Penanda biokimia
Penanda biokimiawi biasanya memerlukan alat
atau metode khusus untuk mengamatinya.
Kajian genetik hewan dan kedokteran pada
masa lalu banyak menggunakan penanda ini,
misalnya untuk menentukan golongan darah
atau kehadiran suatu penyakit dengan uji
serologi). Kalangan genetika tumbuhan banyak
menggunakan penanda biokimia sejak tahun
1960-an dengan menggunakan isoenzim
(isozim). Penanda isoenzim bersifat kodominan
sehingga dapat dipakai pada populasi
segregasi dengan individu heterozigot.
 Meskipun cukup diskriminatif dan tidak mudah
terpengaruh lingkungan, penanda ini seringkali
diekspresikan pada waktu dan organ tertentu
saja.
Jumlahnya tidak banyak dan analisisnya
memakan waktu dan biaya.
Ditemukannya enzim endonuklease restriksi,
penanda biokimia mulai ditinggalkan
penggunanya.
Penanda biokimia hingga sekarang masih
digunakan oleh industri benih gandum untuk
menyeleksi galur-galur berdasarkan kandungan
glutennya.
 Penanda molekul
Penanda molekul adalah penanda yang
mengandalkan sifat-sifat aplikatif DNA atau
cDNA. Jadi, penanda biokimia tidak termasuk
di dalamnya meskipun sebenarnya juga
merupakan molekul.
Penanda molekul bersifat stabil karena DNA
bersifat baka dan tidak terpengaruh
lingkungan.
Penanda ini mulai dipakai semenjak
ditemukannya secara berturut-turut enzim
endonuklease restriksi, teknik Southern blot,
dan PCR pada dasawarsa 1970-an.
 Teknik elektroforesis gel, yang juga
menjadi prasyarat penggunaan
penanda ini, telah dipakai bertahun-
tahun sebelumnya. Dukungan dari
bidang automasi, robotika, dan
bioinformatika terhadap teknik
sekuensing pada tahun 1990-an
hingga awal abad ke-21 menjadikan
penanda molekul menjadi hal yang
relatif ekonomis untuk dikerjakan.
 Restriction Fragment Length
Polymorphism/RFLP)
merupakan penanda molekul yang
pertama kali ditemukan dan digunakan.
Penggunaannya dimungkinkan semenjak
orang menemukan enzim endonuklease
restriksi (RE), suatu kelas enzim yang
mampu mengenal dan memotong
seurutan pendek basa DNA (biasanya 4-6
urutan basa). Enzim ini dihasilkan oleh
bakteri dan dinamakan menurut spesies
bakteri yang menghasilkannya. Contoh:
 Contoh:
EcoRI adalah enzim RE yang dihasilkan dari bakteri
Escherichia coli strain RI (baca: R satu)
BamHIII diperoleh dari bakteri Bacillus americanus
strain HIII (H tiga).
RFLP bersifat kodominan, cukup berlimpah, serta
frekuensi polimorfismenya tinggi. Penanda ini mudah
dipetakan dalam peta genetik dan bersifat stabil
(tidak mudah berubah hasilnya bila diulang).
Penanda ini juga tidak spesifik spesies, karena bukan
berbasis PCR, sehingga hasilnya bisa digunakan
untuk
 Random Amplification of
Polymorphic DNA (RAPD)
merupakan satu jenis penanda molekular
yang banyak dipakai dalam penelitian dan
diagnostik biologi molekular. Penanda ini
lebih dikenal sebagai RAPD (biasa
dipanggil rapid), singkatan dari Random
Amplification of Polymorphic DNA.
Sebagai penanda genetik, RAPD dikenal
sebagai penanda yang relatif murah dan
tidak memerlukan keterampilan teknis
yang tinggi.
 Penanda ini bersifat dominan, dalam arti, ia
dapat membedakan kelas genotipe resesif
dari kelas-kelas genotipe yang lain. RAPD
memerlukan teknik PCR dan elektroforesis
gel dalam penerapannya. Kelemahan RAPD
yang sangat dikenal adalah dapat
memberikan hasil yang berbeda-beda
apabila diulang, sehingga dianggap kurang
handal (reliable), khususnya bagi keperluan
diagnostik, seperti sidik jari DNA.