BAB I

PENDAHULUAN
A. LATAR BELAKANG
Tidak hanya jalan raya yang memiliki marka yang berupa garis warna putih yang ada
di nampang di tengah jalan. Dalam dunia biologi molekular pun juga ditemukan istilah
marka molekular (molecular marker) atau dapat juga diartikan penanda molekuler.
Pembahasan molekular dalam biologi yang dimaksud adalah mengacu pada materi asam
nukleat terutama DNA. Seperti yang kita ketahui, DNA memiliki sekuens yang terdiri dari
empat huruf yakni A, T, G, dan C yang memiliki pola tertentu dalam urutannya. Pola-pola
sekuens itulah yang nantinya akan menjadi suatu marka atau penanda dengan ciri khas dari
suatu sekuens DNA (baca: nukleotida). Untuk lebih gampangya adalah contoh marka jalan
raya ada yang berupa garis putus-putus dan garis yang tidak putus-putus. Garis itu memiliki
ciri khas tersendiri bagi suatu jalan raya begitu pula dengan marka molekular pada sekuens
DNA.
Marka molekular sendiri merupakan sekuen DNA yang dapat diidentifikasi dengan
suatu metode tertentu yang terdapat pada lokasi tertentu dalam suatu genom serta dapat
diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Dengan berbagai metode identifikasi
tertentu, maka urutan DNA itulah yang nantinya akan menjadi suatu ciri khas dari pola urutan
DNA. Namun ada juga yang mengatakan dengan lebih spesifik bahwa marka molekular
adalah suatu metode yang bertujuan untuk menunjukkan keberadaan suatu urutan DNA pada
suatu genom tertentu. Marka molekular pada umumnya berupa daerah yang conserve alias
daerah yang perubahannya sangat sedikit atau tidak mengalami perubahan akibat berbagai
faktor seperti mutasi, insersi, dan seleksi alam. Karena marka molekular adalah urutan DNA
yang bersifat conserve, maka daerah tersebut juga diwariskan kepada keturunannya. Dengan
adanya daerah conserve inilah dapat dilakukan berbagai macam analisis untuk mengetahui
karakter suatu DNA pada mahkluk hidup.

B. RUMUSAN MASALAH
Rumusan masalah dalam makalah ini ialah:
1. Apa pengertian penanda genetik ?
2. Bagaimana prinsip pemanfaatan penanda genetik ?
3. Bagaimana macam-macam penanda genetik ?
4. Bagaimana penggunaan penanda genetik ?

C. TUJUAN PENULISAN
Tujuan penulisan dari makalah ini ialah:
1. Mengetahui apa pengertian penanda genetik
2. Mengetahui bagaimana prinsip pemanfaatan penanda genetik
3. Mengetahui bagaimana macam-macam penanda genetik
4. Mengetahui bagaimana penggunaan penanda genetik

BAB II
PEMBAHASAN
A. PENGERTIAN PENANDA GENETIK
Penanda genetik, juga disebut dengan penanda, marker, marka, atau markah di
berbagai kepustakaan, merupakan penciri individu yang terlihat oleh mata atau terdeteksi
dengan alat tertentu yang menunjukkan genotipe suatu individu. Bentuknya dapat berupa
penampilan fenotipe/morfologi tertentu, kandungan senyawa (protein atau produk biokimia
tertentu), berkas (band) pada suatu lembar hasil elektroforesis gel atau kromatogram, atau
hasil pembacaan sekuensing. Suatu penanda genetik dapat diketahui lokasinya pada
kromosom maupun tidak. Penanda yang lokasinya dapat diketahui pada kromosom lebih
disukai karena dapat memberikan informasi lebih jauh menuju karakterisasi suatu gen.
Aplikasi penanda genetik sangat luas. Bidang-bidang kedokteran, pertanian, ilmu pangan,
lingkungan, antropologi, sejarah, hukum menggunakannya sebagai alat analisis atau alat
pembuktian. Beberapa penanda genetik sangat tepercaya karena bersifat lembam (tidak
mudah berubah karena pengaruh lingkungan).

B. PRINSIP PEMANFAATAN PENANDA GENETIK

Penanda genetik hanya berguna apabila ia polimorfik dan terpaut dengan sifat yang
akan diamati atau dengan penanda genetik lain. Syarat polimorfik diperlukan karena penanda
genetik harus bisa mengelompokkan individu-individu ke dalam sejumlah subpopulasi
berdasarkan alel yang teramati. Penanda harus terpaut dengan gen atau faktor-faktor lain
karena ia akan dipakai sebagai "tanda pengenal" yang harus melekat pada sifat yang diteliti.
Penanda genetik mengikuti Hukum Pewarisan Mendel sehingga dapat digunakan dalam
analisis genetik. Dalam kaitan dengan hal ini terdapat dua kelas penanda genetik:

Penanda bersifat kodominan, artinya dapat membedakan ketiga kelas genotipe pada

generasi F2 (dua homozigot dan heterozigot);

Penanda bersifat dominan, yang tidak bisa memisahkan heterozigot dari salah satu
kelas homozigot.
5

C. MACAM-MACAM PENANDA GENETIK

Terdapat bermacam-macam penanda genetik, yang masing-masing memiliki
kelebihan dan kelemahan.
1. Penanda Morfologi
Penanda ini mudah dilihat oleh mata dan telah banyak digunakan sejak masa awal
genetika. Contohnya adalah warna, ukuran, atau bentuk organ tertentu. Walaupun mudah dan
masih dipakai (biasanya digunakan untuk mengontrol berhasilnya suatu persilangan),
penanda morfologi dapat termodifikasi oleh pengaruh lingkungan sehingga dianggap tidak
stabil. Selain itu, penanda morfologi jumlahnya sangat terbatas dan untuk mengamatinya
orang harus menunggu hingga sifat penanda itu muncul.
2. Penanda Biokimia
Penanda

biokimia

biasanya

memerlukan

alat

atau

metode

khusus

untuk

mengamatinya. Kajian genetik hewan dan kedokteran pada masa lalu banyak menggunakan
penanda ini, misalnya untuk menentukan golongan darah atau kehadiran suatu penyakit
dengan uji serologi. Kalangan genetika tumbuhan banyak menggunakan penanda biokimia
sejak tahun 1960-an dengan menggunakan isoenzim (isozim). Penanda isoenzim bersifat
kodominan sehingga dapat dipakai pada populasi segregasi dengan individu heterozigot.
Meskipun cukup diskriminatif dan tidak mudah terpengaruh lingkungan, penanda ini
seringkali diekspresikan pada waktu dan organ tertentu saja. Jumlahnya tidak banyak dan
analisisnya memakan waktu dan biaya. Semenjak ditemukannya enzim endonuklease
restriksi, penanda biokimia mulai ditinggalkan penggunanya. Penanda biokimia hingga
sekarang masih digunakan oleh industri benih gandum untuk menyeleksi galur-galur
berdasarkan kandungan glutennya.
3. Penanda Molekul
Yang dimaksud dengan penanda molekul adalah penanda yang mengandalkan sifatsifat aplikatif DNA atau cDNA. Jadi, penanda biokimia tidak termasuk di dalamnya
meskipun sebenarnya juga merupakan molekul. Penanda molekul bersifat stabil karena DNA
bersifat baka dan tidak terpengaruh lingkungan. Penanda ini mulai dipakai semenjak
ditemukannya secara berturut-turut enzim endonuklease restriksi, teknik Southern blot, dan
6

PCR pada dasawarsa 1970-an. Teknik elektroforesis gel, yang juga menjadi prasyarat
penggunaan penanda ini, telah dipakai bertahun-tahun sebelumnya. Dukungan dari bidang
automasi, robotika, dan bioinformatika terhadap teknik sekuensing pada tahun 1990-an
hingga awal abad ke-21 menjadikan penanda molekul menjadi hal yang relatif ekonomis
untuk dikerjakan. Berikut ini adalah beberapa penanda molekul yang dipakai dalam berbagai
analisis genetik:

RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms)

Minisatelit atau VNTR
RAPD (Random Amplified Polymorphisms DNA)
Mikrosatelit (dikenal juga sebagai SSR atau STR)
Inter-SSR
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms)
STS (Sequence-Tagged Sites)
SCAR (Sequence Characterized Amplified Regions)
SNP
Terdapat juga kelas penanda molekular yang berbasis RNA (melalui penggunaan

cDNA) seperti Microarray dan SAGE.

D. PENGGUNAAN PENANDA GENETIK

Penanda genetik digunakan untuk berbagai macam kepentingan yang biasanya
bersifat diagnostik serta forensik. Selain itu, penanda genetik bisa dipakai sebagai alat bantu
seleksi dan pengukur keanekaragaman genetik. Contoh-contoh penggunaan penanda genetik:

Sidik jari DNA pada pembuktian forensik.

Uji serologi untuk mengetahui kehadiran penyakit tertentu.
Pembuatan peta genetik.
Seleksi berbantuan marker (marker-assisted selection, MAS).
Deskripsi keanekaragaman genetik.
Analisis hubungan kekerabatan etnis manusia.
Analisis kekerabatan/taksonomi.
Analisis kualitas lingkungan.
Analisis kandungan bahan pangan/pakan.

BAB III
PENUTUP
KESIMPULAN
1. Penanda genetik, juga disebut dengan penanda, marker, marka, atau markah di
berbagai kepustakaan, merupakan penciri individu yang terlihat oleh mata atau
terdeteksi dengan alat tertentu yang menunjukkan genotipe suatu individu.
2. Terdapat dua kelas penanda genetik:
Penanda bersifat kodominan, artinya dapat membedakan ketiga kelas genotipe
pada generasi F2 (dua homozigot dan heterozigot);
Penanda bersifat dominan, yang tidak bisa memisahkan heterozigot dari salah
satu kelas homozigot.
3. Terdapat bermacam-macam penanda genetik, yang masing-masing memiliki
kelebihan dan kelemahan: Penanda Morfologi, Penanda Biokimia, Penanda Molekul.
4. Penanda genetik digunakan untuk berbagai macam kepentingan yang biasanya
bersifat diagnostik serta forensik. Selain itu, penanda genetik bisa dipakai sebagai alat
bantu seleksi dan pengukur keanekaragaman genetik.

DAFTAR PUSTAKA

Wikipedia. 2014. Penanda Genetik, https://id.wikipedia.org/wiki/Penanda_genetik

Anonym. 2015. Penanda Genetik, http://tulisanterkini.com/artikel/biologi/penandagenetik-dan-biokimia.html
Anonym. 2012. Marka Molekuler, http://www.generasibiologi.com/2012/08/markamolekular.html