Mikrobiologi pertemuan 2

Friday, November 4, 2022 7:04 AM

Untuk memastikan kepercayaan dapat dijadikan pendekatan secara molekuler.

Fenotip : ekspresi gen yang kita punya : morfologi, pewarnaan gram, uji imonologi; hal hal lain perubahan berdasarkan
lingkungan
Genotip : Berdasarkan gen yang dibawa, tidak dipengaruhi ingkungan (tidak berubah jadi dapat dijadikan acuan. Kalo
fenotip nanti bias.
Identifikasi Fenotip :
• Morfologi
• Pewarnaan gram
• Uji biokimia
• Uji sensitivitas bakteri
• Imunologi essay

Identifikasi Mikroba
 Identifikasi berdasarkan nukleus
○ Ribosekuensing (phylotyping)
○ Hybridzation
○ Ribotyping
○ PCR-Based Identification
 Identifikasi berdasarkan protein dasar
 Metoda berbasis komposisi sel

RIBOSEQUENSING

Analisa phylogeny
Pohon Filogenetik adalah studi hubungan kekerabatan dari organisme tertentu sehingga dapat ditentukan taksonominya
Phylogenetic marker :
• Satu gen tunggal: representasi dari organisme
• Multiple gen
• Gen secara kesuluruhan

Phylogenetic marker yang baik :

• Ada di semua taksa
• Homologinya : kemirripan seperti apa dengan induk
Senolog : transfer antar gen

Molecular Chronometer : suatu makromolekul laju mutasinya konsisten pada waktu yang lama sehingga tidak mudah
dimutasi. Secara universal ada di semua mahluk hidup sehingga dapat diisolasi dengan mudah. Memiliki daerah homolog

RNA ribosome : pada prokariot 16S-rRNA (di dalam ribosom, sitoplasma) Eukariot 18S-rRNA
RNA polimerase : enzim yang berperan sebagai
Enzim yang ada di semua mahluk hidup: SOD (Super oxide dismutase) : mencegah terjadinya mutasi. Anti penuaan pada
kosmetik .
DNA genom : seluruh DNA yang ada di dalam tubuh
PCR : perbanyakan DNA tertentu untuk sequensing.
Primer untuk PCR : untuk menentukan batas perbanyakannya. Dan tanpa primer tidak bisa berjalan.
Elektroforesis dilakukan setelah PCR. Perlu marker.
Setelah PCR didapatkan pita, setelahnya dilakukan sequensing.
Sequensing dilakukan agar membedakan pita dan mencegah mutasi.

Mikrobiol Halaman 1
Primer untuk PCR : untuk menentukan batas perbanyakannya. Dan tanpa primer tidak bisa berjalan.
Elektroforesis dilakukan setelah PCR. Perlu marker.
Setelah PCR didapatkan pita, setelahnya dilakukan sequensing.
Sequensing dilakukan agar membedakan pita dan mencegah mutasi.

Tipe tipe molekul kronometer

• Sequens asam nukleat: dapat mendapatkan hasil dengan cepat ,murah,dan bandel
• Sequens asam amino :
○ Mudah termutasi, 1 asam amino dapat dikode 6 tipe kodon. 1 kodon berubah tapi masih mengkode asam amino yang sama,
maka di protein tidak akan berubah. Tetapi berbeda di tingkat gen maka akan langsung diketahui perubahan yang terjadi.
○ Diukur dengan asam amino analyzed acid level
○ Proses translasi dapat di translasi pada komputer

Untuk melakukan Alignment dapat dibantu software BLAST

% identitas : untuk spesies yang sama
%similarity : untuk gen yang sama

Kapan 16S/18SrDNA digunakan dalam identifikasi?

Kelemahannya 16SrRNA mirip pada Bacillus sehingga sulit untuk dibedakan maka 16SRNA tidak digunakan dan digunakan
kronometer yang lain rpoB (RNA polimerase). Maka guunakan kronometer yang lain.
Beberapa strain (spesiesnya sama) yang memiliki 16SrDNA maka sequens variabillity nya > 1%

Untuk menginterpretasi panjang gen harus benar

Minimum : dikisar 500-525 bp
Dapat disebut sama spesies nya (cut-off value)
99-100% : spesiesnya sama
97-99% : genusnya sama
Selanjutnya dibuat pohon filogenik

Mikrobiol Halaman 2