BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang

Tanaman jagung merupakan salah satu jenis tanaman pangan biji-bijian dari
keluarga rumput-rumputan. Berasal dari Amerika yang tersebar ke Asia dan Afrika
melalui kegiatan bisnis orang-orang Eropa ke Amerika. Sekitar abad ke-16 orang
Portugal menyebarluaskannya ke Asia termasuk Indonesia. Orang Belanda
menamakannya mais dan orang Inggris menamakannya corn (saenong et all , 1988)
Jagung merupakan salah satu serealia yang strategis dan bernilai ekonomi
serta mempunyai peluang untuk dikembangkan karena kedudukannya sebagai
s`umber utama karbohidrat dan protein setelah beras (Purwanto, 2008). Namun,
upaya peningkatan produksi jagung masih menghadapi berbagai masalah sehingga
produksi jagung dalam negeri belum mampu mencukupi kebutuhan nasional
(Soerjandono, 2008). Satu tanaman berumur 80 150 hari. Paruh pertama dari siklus
merupakan tahap pertumbuhan vegetatif, dan paruh kedua untuk tahap pertumbuhan
generatif. Tinggi tanaman jagung sangat bervariasi. Memiliki ketinggian rata-rata
antara 1 meter sampai 3 meter, namun ada varietas yang dapat mencapai tinggi 6
meter. Tinggi tanaman bisa diukur dari permukaan tanah hingga ruas teratas sebelum
bunga jantan (Suprapto,2011).
Keragaman genetik tanaman merupakan salah satu upaya untuk mendukung
pemuliaan tanaman. Perbedaan tanaman dapat diketahui melalui beberapa penanda,
antara lain dengan pola pita DNA (Lamadji,1998), yang sering disebut sebagai
penanda dalam molekuler. Penanda molekuler berperan penting dalam konservasi dan
pengelolaan sumber daya genetic tanaman (Karp et al. 1997).
Perkembangan biologi molekuler yang pesat sejak akhir abad ke-20 ikut
mendukung berkembangnya penelitian-penelitian di bidang biologi termasuk

biodiversitas

dan

sistematika

tumbuhan.

Penggunaan

penanda

molekuler.

Penggunaan penanda molekuler memiliki beberapa keuntungan, yaitu hasil yang

konsisten dan dapat dideteksi pada semua jenis jaringan dengan berbagai tahap
perkembangan, serta tidak dipengaruhi oleh kondisi lingkungan (Mondini et al.
2009).
DNA berkualitas tinggi yang diperoleh melalui proses ekstraksi merupakan
satu kaidah dasar yang harus dipenuhi dalam studi molekuler, terutama dalam
penandaan sidik jari DNA. Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) merupakan
metode yang umum digunakan dalam ekstraksi DNA tanaman yang banyak
mengandung polisakarida dan senyawa polifenol (Jose dan Usha, 2000). Tahapan
dalam proses analisis keragaman genetik yaitu isolasi DNA genom, pemurnian dan
penetapan kualitas dan kuantitas DNA, seleksi primer, dan analisis polimorfisme
(Dwiatmini et al., 2003).

Tahapan

dalam proses analisis keragaman genetik yaitu isolasi DNA genom, pemurnian dan
penetapan kualitas dan kuantitas DNA, seleksi primer, dan analisis polimorfisme
(Dwiatmini et al., 2003).

Isolasi

DNA tanaman dan amplifikasinya menggunakan primer acak telah banyak

dikembangkan, namun tidak setiap prosedur dapat diamplifikasi pada setiap spesies
tanaman sekalipun memiliki hubungan kekerabatan yang dekat (genus yang sama)
(Padmalatha dan Prasaad, 2006).
1.2 Tujuan dan Manfaat
Tujuan dilakukannya magang ini yaitu untuk mengetahui dan memahami
prosedur ekstraksi DNA jagung bersari bebas..
Manfaatnya yaitu dapat memahami isolasi DNA dan mengetahui manfaat dari
penggunaan DNA.

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Karakterisasi Jagung secara umum
Jagung (Zea mays L) ialah salah satu tanaman pangan dunia yang
terpenting, selain gandum dan padi. Jagung dimanfaatkan sebagai sumber
karbohidrat utama di Amerika Tengah, juga bagi beberapa daerah di Indonesia. Di
Indonesia pemanfaatan jagung tidak hanya terbatas sebagai sumber pangan utama
saja namun juga telah dimanfaatkan untuk pakan unggas. Menurut Tangendjaja
(2007), jagung ialah bahan baku utama pakan unggas (sekitar 50% dari ransum.
Berdasarkan Angka Ramalan I (ARAM I) dimana produksi jagung pada tahun
2013 diperkirakan sebesar 18,84 juta ton pipilan kering atau turun sebesar 2,83
persen dibanding tahun 2012 (BPS, 2013).
Berdasarkan informasi tersebut, maka peningkatan produktivitas jagung pakan
sangat perlu dilakukan, mengingat masih terdapat beberapa kendala yang masih
menghambat produktivitas tanaman jagung itu sendiri baik dari pengaruh
lingkungan maupun secara genetik. Upaya peningkatan produktivitas yang dapat
dilakukan yaitu melalui salah satu program pemuliaan tanaman dengan perakitan
varietas jagung yang unggul. Upaya mendapatkan varietas jagung unggul yang
spesifik sesuai keinginan pengguna diperlukan dukungan ketersediaan plasma
nutfah yang informatif diantaranya melalui kegiatan karakterisasi. Adapun pada
kegiatan penelitian kali ini ada 4 populasi jagung yang di gunakan yaitu Lamuru ,
Bisma , Srikandi kuning , dan Srikandi putih . Adapun varietas varietas jagung
yang diteliti pada penelitian kali ini adalah : Varietas Bisma , Varietas Lamuru ,
Varietas srikandi putih , Varietas Srikandi kuning .

2.2 Isolasi DNA

Biologi Sel dan Molekuler merupakan bidang ilmu yang terus menerus
berkembang. Ilmu ini bermanfaat hampir di semua bidang. Baik dalam bidang
medis untuk menangani kelainan-kelainan genetik dan penemuan obat-obat baru,
pada bidang pertanian, peternakan, kehutanan untuk meningkatkan produkproduk baik tanaman maupun hewan unggul maupun di bidang lingkungan dalam
hal mengatasi polutan serta perannya dalam kemajuan produksi pangan.
Isolasi DNA merupakan teknik yang penting dalam pengembangan ilmu ini.
Derajat kemurnian dan kualitas dalam isolasi DNA sangat mempengaruhi hasil
yang akan diperoleh. Secara umum, prosedur ekstraksi yang baik untuk isolasi
DNA mencakup tiga hal penting, yaitu harus bisa dihasilkan DNA dengan
kemurnian yang tinggi, DNAnya harus utuh, dan jumlahnya mencukupi
(konsentrasi tinggi) (Clark, 1997).
Isolasi DNA juga merupakan langkah pertama dalam studi sekuen DNA dari
populasi DNA kompleks dan dalam analisis struktur genom dan ekspresi gen.
Kuantitas, kualitas dan integritas DNA akan mempengaruhi hasil yang diperoleh
secara langsung (Surzycki,2000).
Dengan adanya teknik isolasi DNA yang lebih murah, mudah dan cepat,
serang dosen diharapkan dapat memberikan bekal ketrampilan kepada mahasiswa
mengenai suatu teknik dasar yang dapat digunakan untuk mengembangkan
sumber daya hayati negara kita yang sangat kaya, agar mahasiswa tersebut dapat
mulai berpikir obyektif dan benar dalam mengembangkan teknologi, sehingga
penelitian di bidang ini dapat berkembang.
2.3 Marka Mikrosatelit atau SSR
Mikrosatelit atau simple sequence repeat (SSR) adalah sekuens DNA yang
mengandung motiv pendek yang diulang secara tandem dengan ukuran biasanya
2-5 bp dan terdapat dalam jumlah banyak menyelimuti seluruh genom . Akhir ini ,
mikrosatelit merupakan marka yang umum digunakan untuk pemetaan genetic
pada tanaman. Mikrosatelit berevolusi lebih cepat dibandingkan dengan DNA

disekitarnya yang menjadikannya sangat polimorfik yang menjadikannya marka

pilihan untuk spesies spesies yang memiliki tingkat polimorfisme rendah.
Mikrosatelit di amplifikasi melalui PCR dengan menggunakan pasangan primer
yang mengapit daerah berulang tertentu . sikuens nukleotida yang mengapit
bagian berulang ini digunakan untuk medisai pasangan primer tersebut.
Amplifikasi di visualisasikan melalui elektroforesis pada gel poliakrilamid .
Marka ini bersifat kodominan dan sangat reprodusibel . Beberapa keuntungan lain
dari teknologi marka ini adalah sederhana secara teknis, cepat dalam pelaksaaan ,
dan relative murah bisa di bandingkan dengan marka RFLP.
Hal yang harus dipertimbangkan dalam mengembangkan metode ini adalah
fragmen fragmen genom harus di klon dan di sekuense untuk mengidentifikasi
mikrosatelit yang memerlukan keahlian tehnis tinggi , waktu dan biaya.
Disamping itu , umumya teknologi ini memerluka gel dengan resolusi yang tinggi
untuk memisahkan prodak hasil amplifikasi .

BAB III
METODOLOGI
3.1 Waktu dan Tempat

Penelitian ini meliputi pengamatan di laboratorium yang berlangsung dari 28

Juli sampai 21 Agustus 2015 dan kegiatan ini dilaksanakan di laboratorium
Bologi Molekuler dan Rumah Kaca Balai Penelitian dan pengembangan
Tananaman serelia , Maros , Sulawesi Selatan .
3.2 Bahan dan Alat
Adapun alat dan bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah
3.2.1 Bahan
Adapun bahan yang digunakan adalah Sampel daun sebanyak 0,4 gram, buffer
ekstraksi CTAB, -mercaptoethanol, chisam, isopropanol, ethanol 70%, TE
buffer, agarose, TBE 0,5x, aquades, TBE 10x, acrylamide, temet, APS, Marker
SSR dan sekuense nukleotidanya.
3.2.2 Alat
Alat alat yang di gunakan dalam penelitian ini yaitu mesin PCR (Polymerase
Chain Reaction ) , UV Transilluminator , oven/ Microwafe , Spektropotometer ,
Microcentrifugase, Water Bath (60C) , perlengkapan electrophoresis Horizontal
dan Vertical , Vortex mixer , Alat alat yang di gunakan dalam penelitian ini yaitu
mesin PCR (Polymerase Chain Reaction ) ,

UV Transilluminator , oven/

Microwafe , Spektropotometer , Microcentrifugase, Water Bath (60C) ,

perlengkapan electrophoresis Horizontal dan Vertical , Vortex mixer , Shaker ,
Hotplate , stirrer bar , Freezer , kulkas , timbangan , pipet tip steril (10l , 20l,
100 l , 200l ) dan tip steril masing masing pipet , tray/nampan , kamera ,
masker , botol semprot , box es , gunting , ember , gayung , lakban , alat tulis
menulis .

3.3 Prosedur isolasi DNA

Kegiatan penelitian ini terdiri atas beberapa tahapan kegiatan yaitu sebagai
berikut:
3.3.1

Penyiapan materi DNA

Menggunakan 4 sampel varietas yang diujikan yaitu varietas Bisma, varietas

Lamuru, Varietas Srikandi Putih dan Srikandi Kuning dan juga telah memiliki kondisi
benih jagung yang baik tentunya agar penampakan hasil dapat sesuai yang diinginkan
berdasarkan schedule yang telah dibuat sebelumnya. Adapun cara penyiapan materi
yang digunakan adalah sebagai berikut:
Bahan yang digunakan untuk ekstraksi DNA adalah daun tanaman jagung
empat varietas yang telah berumur 10 15 hari setelah tanam. Untuk mendapatkan
daun tersebut, Benih jagung pulut dikecambahkan pada trey 30 x 50 cm dengan
terdapat 5 baris (5 tanaman/baris tiap varietas) menggunakan media tanah, pasir dan
pupuk kandang. Benih dipelihara hingga berkecambah dan tumbuh menjadi tanaman
jagung dan dengan menyiram pada saat media tanam terlihat kering. Setelah tanaman
berumur 10 15 hari, daun dari tiap tanaman diambil sebagai sampel dengan
memotong daun menjadi potongan potongan kecil. Setiap tanaman yang telah
ditimbang sebanyak 0,4 gram per varietas dan dibuat cadangan dengan berat yang
sama kemudian dimasukkan ke dalam tube. Daun dari tiap dalam satu dijadikan satu
(bulk) dan disimpan dalam kantong. Kantong disimpan dalam frezzer -200C.
3.3.2 Isolasi DNA dari daun yang telah disediakan mengikuti protocol CIMMYT
yang telah dimodifikasi.
Bahan:

Sampel

daun

sebanyak

0,4

gram,

buffer

ekstraksi

CTAB,

-mercaptoethanol, chisam, propanol, ethanol 70%, TE buffer.

Metode:
1. Sampel daun di gerus dengan menggunakan pestel yang telah diisi buffer
ekstraksi sebanyak 1,7 ml menggunakan mortar hingga halus

2. Hasil gerusan dimasukkan kedalam 2 tube 2 ml masing-masing setengah

volume dan setiap tube ditambahkan -mercaptoethanol sebanyak 10 l.
3. Tube dimasukkan kedalam waterbath suhu 600C selama 1 jam, setiap 15
menit tube digoyang-goyang agar mercaptoethanol tercampur secara merata.
4. Tube kemudian diangkat dan didinginkan dalam suhu ruang dan setiap tube
ditambah chisam sebanyak 700 l.
5. Larutan didalam tube dihomogenkan menggunakan shaker selama 10 menit
dan setelah itu dimasukkan kedalam centrifuges dengan kecepatan 11600 rpm
selama 10 menit.
6. Supernatant akan terbentuk berupa larutan berwarna kuning yang kemudian
dipindahkan kedalam tube baru.
7. Isopropanol dingin ditambahkan sebanyak 700 l untuk setiap tube berisi
supernatant.
8. Tube disimpan selama 24 jam di dalam frezzer suhu -200C.
9. Setelah 24 jam, tube diambil dan diputar-putar agar tebentuk untaian DNA
berupa berwarna putih.
10. Larutan selain DNA dikeluarkan dari tube sehingga hanya menyisakan DNA.
11. Pencucian DNA dilakukan dengan menggunakan 700 l ethanol 70% kedalam
tube selama 10 menit. Prosedur ini diulang sebanyak 2 kali.
12. DNA dalam tube kemudian dikering anginkan.
13. TE buffer ditambahkan kedalam tube sebanyak 100 ml untuk setiap tube.
14. Tube diinkubasi didalam water bath pada suhu 600C selama 60 menit.
15. Tube kemudian dicentrifuge dengan kecepatan 70 rpm selama 10 menit.
3.3.3

Uji

kuantitas

dan

kualitas

DNA menggunakan

alat

nanodrop

nanoPhotometer IMPLEN.
Bahan : 3 l DNA
Metode : DNA diteteskan diatas nanoPhotometer dengan volume 3-4 l per sample.
NanoPhotometer secara otomatis akan menghasilkan data berupa konsentrasi DNA
(ng/mikroL) dan kemurnian DNA dalam optical dencity (OD) pada gelombang
cahaya 260/280. Kemurnian yang bagus untuk marka SSRs adalah OD 1,7 2 murni.
3.3.4 Uji kualitas DNA dengan Elektroforesis Horizontal

Bahan: agarosa dan TBE 0,5x.

Metode pembuatan gel agarosa: buat gel agarosa untuk wadah besar 25x25 cm TBE
0,5x 300 ml, dan agarosanya 3 gram. Masukkan kedua bahan tersebut dalam labu
erlemeyer, tutup dengan plastic atau aluminium foil dan masukkan kedalam
microwave selama 2 menit. Angkat bahan dan dinginkan dengan air mengalir hingga
agak dingin kemudian tuangkan kedalam wadah gel agarosa. Setelah gelnya sudah
dingin dan padat sisir-sisir wadah diangkat.
Metode uji kualitas dengan elektroforesisi horizontal:
1. Meneteskan loading dye pada kertas parafilm sebanyak sampel yang ada
dengan volume 4 l menggunakan pipet mikro.
2. Mengambil masing-masing sampel sebanyak 4 l dan dicampurkan pada
masing-masing titik loading dye.
3. Menyedot kembali loading dye yang sudah tercampur dengan DNA.
4. Mengisi pada sumur ke 5 gel agarosa, karena pada sumur 1 sampai 4 akan
diisi dengan lambda.
5. Setelah semua sampel seleseai dimasukkan kesumur, selanjutnya sambungkan
listrik dengan tegangan 100 volt selama 1 jam.
6. Gel agarosa hasil elektroforesis direndam pada larutan etidium bromide
selama 30 menit
7. Gel dicuci dengan aquades, kemudian diperiksa hasilnya dengan alat
transuliminator.
8. Memotret gambar, kemudian print out dan selanjutnya melakukan
perbandingan DNA , menghitung kuantitas DNA dan menghitung
pengenceran DNA.

3.3.5 Amplifikasi PCR

Amplifikasi PCR menggunakan 30 SSR primer yang dipilih berdasarkan
marker yang berasosiasi dengan karakter toleransi bulai yang diperoleh melalui
database genom jagung pulut. Prosedur amflifikasi PCR mengikuti George et al.
(2004).
Tabel 1: Cocktail PCR untuk 1x reaksi
9

No

Larutan stok

Volume

.
1 GoTagGreen Master Mix (Biorad)
2 Primer
3 DNA
4 Nonapure (ddH2O) 2,25
Volume total
Metode :

6,25
0,5
1
2,25
10

1. DNA sebanyak 1 l dimasukkan kedalam mikroplate PCR. DNA diletakkan

didasar mikroplate dan disimpan dalam es.
2. Hasil amplifikasi PCR dibuat dengan mencampurkan semua larutan stok
kedalam tabung mikrosentifuge sesuai dengan volume reaksi yang
dibutuhkan.
3. Hasil amplifikasi PCR sebanyak 9 l dimasukkan kedalam mikroplate yang
sudah berisi DNA.
4. Diatas hasil amplifikasi PCR ditambahkan mineral oil satu tetes dan
mikroplate kemudian ditutup menggunakan aluminium foil atau selotip.
5. Mikroplate kemudian dimasukkan kedalam thermal cycle (mesin PCR) dan
PCR dilakukan dengan siklus PCR sebagai berikut:
Tabel 2. Siklus reaksi PCR
Step
Reaksi
Kondisi
1
Initial denaturation
94oC selama 2 menit
2
Denaturation
94oC selama 30 detik
3
Annealing
56oC selama 1 menit
4
Extension
72oC selama 1 menit
5
Cycling
Kembali ke step 2, 29 kali
6
Final Extension
72oC selama 5 menit
7
Soak
4oC,
6. Setelah siklus PCR selesai, mikroplate diambil dan disimpan pada suhu -20 oC
atau 4oC dengan menggunakan dye.
3.3.6

Elektroforosis pita DNA berbasis 8% polyacrylamide Gel Electrophoresis

(PAGE) dan visualisasi pita DNA.

10

Pemisahan

pita

DNA

hasil

PCR

dilakukan

dengan

elektroforesis

menggunakan PAGE 8% mengikuti protocol CIMMYT. Elektroforesis menggunakan

alat elektroforesis mini yaitu Dual Mini-Verticals complete system MGV-202-33.
Visualisasi fragmen-fragmen DNA yang terdeteksi dari proses elektroforesis
menggunakan teknik pewarnaan perak (silvertstaining) mengikuti George et al.
(2004)
Bahan: Bahan-bahan yang diperlukan untuk pembuatan PAGE 8% dan silverstaining
disajikan dalam table 4 dan 5.
Tabel 3. Bahan untuk pembuatan 8% Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE)
dengan volume 500 ml dari konsentrasi stok 40%.
N

Larutan Stok

o
1 Acrrylamide
2 10x Tris-borate-EDTA (TBE)
3 ddH2O
Total Volume

Volume
100
50
350
500

Tabel 4: Bahan yang digunakan untuk gel elektroforesis

N

Bahan

Volume

o
1
2
3
4

8% PAGE
Red Safe
N,N,N,N-tetrametil-etiled-diamin (TEMED)
Ammonium persulfat (APS)

50 ml
5 l/palte
50 l
500 l

Tabel 5: bahan untuk visualisasi pita DNA

No
.
1
2

Larutan Stok

Volume

1 L Silverstining
Silvernitrat
ddH2O
1 L NaOH

1 gr
1L

11

NaOH
Formaldehid
ddH2O

20 gr
3 l
1L

\ Eklektroforesis berbasis 8% PAGE

1. Persiapan gel elektroforesis (gel casting)
A. Plate elektroforesis dibersihkan dengan ethanol 95% menggunakan tisu
kimwipes. Prosedur ini diulang sebanyak tiga kali.
B. Gasket Gel wrap dikeringkan menggunakan tisu kimwipes hingga tidak ada
air yang menempel.
C. Gasket dipasang pada plate kaca
D. Kemudian spacer dipasang pada plate kaca
E. Plate kaca dirangkai dengan memasangkan pasangan plate pada plate kaca
yang sudah berisi spacer dan gasket.
F. Plate kaca lengkap kemudian dijepit menggunakan penjepit white spring
clamp
G. Gel elektroforesis dituang kedalam plate kaca yang sudah dirangkai melalui
dari bagian tengah plate menggunakan syringe
H. Sisir kemudian dimasukkan kedalam gel dan plete kemudian ditutup
menggunakan aluminium foil.
I. Gel didiamkan selama 20 menit atau sampai membeku. Setelah beku ambil
sisir dari dalam gel, sehingga terbentuk sumur-sumur gel.
2. Elektroforesis
a. Set plate diletakkan ke dalam buffer dengan plate yang lebih kecil
menghadap buffer reservoir atas.
b. Letakkan set plate dengan tempat plate menggunakan white clamp lebar (Cat.
# GPC-0001) dengan menjepitkan clamp 4 mm dibawah ujung reservoir atas.
c. Buffer TBE 1x kemudian dituang kedalam reservois atas dan bawah. Sumursumur gel dibersihkan dengan menyemprotkan buffer yang terdapat pada
bagian atas gel menggunakan syringe.
d. Sampel elktroforesis berupa DNA hasil PCR dipanaskan dan kemudian
disimpan dalam es.
e. Sampel segera dimasukkan kedalam sumur-sumur gel sebanyak 4 l
f. Setelah sampel selesai dimasukkan, power lead diletakkan pada elektroda
dibagian tutup buffer reservoir dipasang.
12

g. Power lead disambungkan ke power supply dan proses eletroforesis dimulai.

h. Elektroforesis dihentikan setelah satu jam atau dye berada ditengah-tengah
gel elektroforesisi. Pita DNA siap untuk diwarnai dan dilihat.
3.3.7 Hasil PCR
1. Plate kaca fragmen DNA dimasukkan kedalam tray yang berisi larutan
silverstaining sebanyak 1 L dan tray di shaker dengan kecepatan 70 rpm selama 5
menit.
2. Plate dipindahkan kedalam tray yang berisi 1 L ddH2O dan tray digoyangkan
dengan kecepatan 70 rpm selama 5 menit.
3. Plate kemudian dipindahkan kedalam tray yang berisi 1 L NaOH dan tray di
goyangkan dengan kecepatan 100 rpm selama 10 menit.
4. Plate dipindahkan kedalam tray yang berisi 1 ddH2O dan tray di goyangkan
dengan kecepatan 70 rpm selama 5 menit.
5. Pita DNA siap di foto dan diskoring.

13

BAB IV
HASIL dan PEMBAHASAN
4.1 Kuantitas dan kualitas DNA berdasarkan Nanospektrometer
Menurut teori , sampel DNA yang dianggap cukup murni memiliki perbandingan
A260 / A280 (Purity) = 1,80 2,0. Menurut Sambrook et al. (1989), kisaran angka
tersebut telah memenuhi persyaratan yang dibutuhkan dalam analisis molekuler.
Tingkat tinggi rendahnya kemurnian dalam pengujian kuantitas DNA dengan
spektrofotometer dapat dipengaruhi pada saat pengambilan supernatant tidak
maksimal sehingga DNA genom banyak yang terbuang. Selain itu, tinggi rendahnya
nilai kemurnian yang dimiliki oleh DNA menunjukkan bahwa DNA tergolong masih
kotor. Dalam proses isolasi dan purifikasi DNA tanaman adalah terjadinya degradasi
DNA oleh enzim endonuklease, tingginya kandungan polisakarida, senyawa inhibitor
seperti polifenol dan metabolit sekunder lain yang dapat mengganggu reaksi
enzimatis (Padmalatha & Prasad, 2006).
Hasil pengecekan kualitas dan kuantitas dengan spektrofotometer pada grup A
konsentrasi DNA berkisar antara 158 ng/ul hingga 196,3 ng/ul . Konsentrasi sampel
tertinggi berada pada sampel L-A-16 yaitu 851 ng/ul . Dan konsentrasi sampel
terendah berada pada sampel L-A-21 158 ng/ul.
Adapun hasil pengecekan kualitas dan kuantitas dengan spektrofotometer
pada grop B konsentrasi DNAnya berkisar antara 142 ng/ul hingga 239 ng/ul .

14

Konsentrasi DNA tertinggi berada pada sampel L-B-11 yaitu 239ng/ul dan
konsentrasi sampel yang paling rendah berada pada sampel L-B-16 yaitu 142 ng/ul.
Hasil kuantifikasi dengan menghitung konsentrasi dan tingkat kemurnian
DNA menggunakan alat spektrofhotometer dapat dilihat pada tabel. 4 :

Tabel 5 Daftar Konsentrasi dan kemurnian STOCK DNA Lamuru 2015

Daftar Konsentrasi STOCK DNA Lamuru 2015
Group A
No.
Sampel
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22

Konsentrasi DNA
ng/ul
177
177
228
208
213
222
226
201
242
851
180
220
230
217
162
196,3
169
203
197
208
158
225

Group B
Purity
(260/280)
1,031
1,055
1,127
1,024
1,120
1,043
1,151
0,986
1,367
0,920
1,043
1,069
1,090
1,270
0,973
1,252
1,217
1,097
0,993
1,074
1,109
1,381

Konsentrasi DNA
ng/ul
186
211
237
201
219
204
223
196
212
210
239
207
219
212
148
200
142
201
206
196
196
193

Purity
(260/280)
1,035
1,275
1,214
0,998
1,125
1,122
1,106
0,998
1,226
0,933
1,098
1,083
1,266
1,289
0,935
0,990
0,942
1,347
0,998
1,037
1,344
1,104

15

23
24
25

192
208
227

1,018
1,046
1,199

203
228
126

0,989
1,083
1,976

4.2 Kuantitas dan kualitas DNA hasil Elektroforesis Horizontal

Agarosa merupakan polisakarida turunan yang didapat dari alga merah. Gel
agarose dapat digunakan untuk memisahkan DNA berukuran lebih dari 100 bp,
sedangkan untuk memisahkan DNA dengan ukran lebih pendek dapat digunakan gel
poliakrilamid. Gel agarose merupakan fase diam dalam pemisahan fragmen DNA dan
muatan listrik sebagai fase geraknya.
Adapun

hasil

elektroforesis

gel

agarosa

setelah

visualisasikan

di

UVtransluminator menunjukkan kecerahan kecerahan masing masing DNA yang

dapat di bandingkan dengan menggunakan pembanding 200 300 100 50.
Sehingga dapat diketahui pengenceran yang harus dilakukan untuk mencapai tahap
PCR.Bila dihubungkan dengan hasil table 1 , hasil table 1 seharusnya memiliki rasio
nilai yang lebih tinggi bila dibandingkan dengan hasil visualisasi elektroforesis DNA
Lamuru akan tetapi hasil menunjukkan hal yang sebaliknya. Salah satu
kemungkinannya yaitu karena Lambda pada elektroforesis ini terlalu sering
digunakan sehingga hasil visualisasi DNA tidak sesuai dengan konsentrasi yang di
inginkan.
Setelah proses elektroforesis selesai lalu di amati di atas UV transimulator
dapat di peroleh hasil seperti gambar di bawah ( Gambar 1)

16

Gambar Ia. Stok DNA jagung Lamuru

Gambar Ib. DNA lamuru hasil pengenceran

Gambar III . Lanjutan elektroforesis Horizontal untuk perhitungan kuantitas

dan kualitas DNA

Gambar III a Stok DNA lamuru susulan

17

Gambar III b DNA Hasil Pengenceran Lamuru

Data di atas memiliki beberapa gambar yang terjadi menjadi Ia & Ib dan IIa & IIb ,
dikarenakan oleh sampel DNA pada gambar II baik A ataupun B di tidak tepat waktu panen .
Hal ini bisa saja dikarenakan oleh benih benihnya tidak memiliki kekuatan tumbuh yang tinggi
sehingga tidak dapat di panen tepat waktu atau bisa saja di karenakan oleh lingkungan di
sekitar benih menyebabkan benih tidak dapat tumbuh dan berkembang sesuai dengan
seharusnya.

4.3 Visualisasi pemisahan DNA hasil amplifikasi PCR

Visualisasi pemisahan DNA hasil amplifikasi PCR sebagai berikut :

Gambar 4 .Visualisasi hasil amplifikasi PCR menggunakan marka SSR phi233376

Gambar 5. Visualisasi hasil amplifikasi PCR menggunakan marka SSR phi093

Berdasarkan gambar ( Gambar 4 & Gambar 5 ) diatas menunjukkan bahwa seluruh

sampel DNA teramplifikasi dengan baik dan menunjukkan variasi gambar pita DNA
yang jelas dan beragam. Apabila di bandingkan dengan hasil pengenceran , ada

18

beberapa DNA yang memiliki konsentrasi yang tinggi adapun di antranya yaitu L-1,
L-14 , L-24 akan tetapi masih dapat teramplifikasi dengan baik dan memunculkan
visualisasi pita DNA yang bagus. Pada beberapa visualisasi pita DNA bervariasi ada
pita DNA yang tipis dan tebal , dikarenakan oleh beberapa hal seperti pada proses
pengisian DNA yang lebih ataupun kurang dari standar yang telah di tetapkan
sebelumnya sehingga visualisasi DNA tidak seragam.
Adapun hasil yang di peroleh dari perhitungan berat molekul ada beragam . Pada
visualisasi hasil amplifikasi PCR menggunakan marka SSR phi233376 ( Gambar 4 ) berkisar
antara 28 bp hingga 533,5 bp . Berat molekul yang tertinggi ialah 533,5 bp yang berada pada
marker g3 . Dan berat molekul terendah yaitu 28 bp yang berada pada marker I 2 . Adapun
rinciannya sebagai berikut G1 = 159.9 ; G2 = 186,6 ; G3 = 533,5 ; H =142.75 ; I1= 233,5 ; I2
= 28 .
Dan hasil yang diperoleh dari perhitungan berat molekul pada phi093 ( Gambar 5)
juga beragam . Berat molekul berkisar antara 266,71 bp hingga 451 bp . Berat molekul
tertinggi yaitu 266,71 bp pada marker E. Dan berat molekul terendah yaitu 451 bp berada pad
marker C . Adapun rinciannya ialah sebagai berikut : C = 451 bp ; D1 = 360,71 ; D2=
377,28 ; E = 266,71 bp . Data data tersebut menunjukkan karakter yang disandikan memiliki
variasi yang tinggi karena berasal dari tetua yang bersari bebas .

19

BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Dari proses isolasi DNA 25 individu varietas jagung lamuru bersari bebas dapat
disimpulkan hasil isolasi DNA, rata rata diperoleh DNA dengan kuantitas

dan

kualitas yang cukup tinggi. Adapun dari hasil visualisasi dari proses amplifikasi PCR
ada beberapa DNA yang tidak murni karena mengandung kotoran kotoran seperti
protein. Hasil PCR menunjukkan dari 2 primer yang digunakan menampilkan gambar
pita DNA dengan heterozigositas yang tinggi dan juga letak posisi alel yang
bervariasi hal ini bisa menjadi bukti bahwa varietas jagung lamuru merupakan
varietas jagung yang bersari bebas.

20

UCAPAN TERIMA KASIH

Saya mengucapkan puji syukur kepada Tuhan YME , atas kesempatan dan kesehatan
yang diberikan untuk mengikuti kegiatan penelitian dan magang yang dilaksanakan di
Balai Penelitian Tanaman Serealia Maros. Kegiatan ini didanai oleh Balai Penelitian
Tanaman Serealia Maros. Ucapan terima kasih diberikan Kepada Dr. Marcia
B.Pabendon selaku Kepala Laboratorium Biologi Molekuler dan kak Tati , Kak
Karlina , Kak Edita , Kak Fristy selaku pendamping di Laboratorium, yang telah
sabar dalam membantu dan membimbing kami dalam kegitan magang ini sehingga
tujuan penelitian dan kegitan magang dapat tercapai. Dan terimakasih untuk segala
ilmu yang telah diberikan kepada kami , semoga ilmu yang telah Ibu dan kakak kakak
berikan dapat kami manfaatkan dengan sebaik baiknya.

21

Daftar Pustaka
Clark, M.S. (1997). Plant Molecular Biologi . Lab Fox. BIOS Scientific Publisher
Limited. UK.
BPS. 2010-2013. Statistik Indonesia. Badan Pusat Statistik Indonesia.
Dwiatmini, K., Mattjik, N.A., Awidinnor, H., & Toruan-Matius, N.L. 2003. Analisis
pengelompokan dan hubungan kekerabatan spesies anggrek Phalaenopsis
berdasarkan kunci
determinasi fenotipik dan marka molekuler RAPD.
Jurnal Hortikultura, 3(1), 16-17
Devereux, R. & S.S. Wilkinson. 2004. Amplification of Ribosomal RNA Sequences.
Kluwer Academic Publisher, Netherlands.
Karp A., S. Kresnovich, K.V. Bhat, W.G. Ayad, and T. Hodgkin. 1997. Moleculer
tools in plant genetic resources
conservation:
a
guide
to
the
technologies. IPGR. Teechnical Bulletin no.2.
Khosravinia, H., H.N.N. Murthy, D.T. Parasad, & N. Pirany. 2007. Optimizing
Factors Influencing DNA Extraction from Fresh Whole Avian Blood. African
Journal of Biotechnology. 6 (4): 481-486.
Mondini, L., A. Noorani, M,A. and Pagnotta. 2009. Assesing Plant Genetic Diversity
byMolecular Tools. Diversity. 2009(1): 19-35

22

Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha Muda.

Bogor.
Jose, J. and R. Usha. 2000. Extraction of geminiviral DNA from a highly
mucilaginous plant (Abelmoschus esculentus). Plant Mol. Biol. Rep. 18: 349 355.
Padmalatha, K., M.N.V. Prasad. 2006. Optimization of DNA isolation and PCR
protocol for RAPD analysis of selected medicinal and aromatic plants of
conservation concern from Peninsular India. African J. Biotech. 5: 230-234.
Saenong, Sania. (1988). Teknologi Benih Jagung. Pusat Penelitian
Pengembangan Tanaman Pangan. Bogor. Badan Penelitian
Pengembangan Pertanian.

dan
dan

SAMBROOK, J. and D.W. RUSSEL. 1989. Molecular Cloning: ALaboratory

Manual. New York: Cold-Spring Harbor Laboratory Press. 2nd edition 165p
Surzycki, S.(2000). Basic Techniques in Molecular Biology , Springer-Verlay, Berlin
Heidelberg. Germany.
Suryo, 2004. Genetika Strata 1. Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta.
Toha, Abdul Hamid A. 2001. Biokimia Metabolisme Biomolekul. Bandung: Alfa Beta.
Yunus, Muhammad, 2004 . Marka molekuler untuk perbaikan tanaman.. Makassar
:Buku panduan laboratorium.

23