LAPORAN

PRAKTIKUM DIAGNOSIS MOLEKULER

“ DNA Amplification And Analysis : MiniPCRTM GMO Lab”

Disusun oleh :

Nama : Aulia Andhara Narulitta

NIM : 2011201026

Hari,tanggal : Senin, 10 Juli 2023

PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI S-1

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ‘AISYIYAH YOGYAKARTA
YOGYAKARTA
2023
 LAPORAN PRAKTIKUM DIAGNOSIS MOLEKULER
“ DNA Amplification And Analysis : MiniPCRTM GMO Lab”

A. TUJUAN

Praktikum ini bertujuan untuk mendeteksi GMO pada sampel makanan ringan
kripik jagung dan tepung maizena dengan menggunakan metode PCR.

B. LATAR BELAKANG

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan polinukleotida untai ganda yang

memiliki karakteristik komponen penyusun antara lain gula deoksiribosa, gugus
fosfat dan basa nitrogen (adenin, guanin, timin dan sitosin). Untai DNA tersusun
dari rangkaian nukleotida yang terhubung melalui ikatan fosfodiester yang
terbentuk diantara gula pentosa dan gugus fosfat. Sedangkan, untai ganda DNA
terhubung melalui ikatan hidrogen yang terbentuk diantara pasangan basa nitrogen.
Pasangan basa nitrogen pada DNA meliputi adenin dan timin (dua ikatan hidrogen)
serta guanin dan sitosin (tiga ikatan hidrogen) (Nur’aini et al., 2019). DNA tersebut
mengandung materi genetic yang dimilik oleh setiap organisme dan terorganisasi
menjadi kromosom yang disebut genom (Widyastuti, 2011).
Rekayasa genetika merupakan transplantasi satu gen ke gen lainnya baik
antara gen maupun lintas gen untuk menghasilkan produk yang berguna bagi
mahluk hidup. Awal mulanya rekayasa genetika hanya dilakukan pada tanaman
yang bertujuan untuk mengatasi kekurangan pangan penduduk dunia. Namun
perkembangan rekayasa genetika saat ini tidak hanya berlaku untuk tanaman dan
hewan yang serupa, tetapi telah berevolusi pada manusia dan lintas jenis. Adapun
prinsip dasar teknologi rekayasa genetika yaitu memanipulasi perubahan komposisi
asam nukleat DNA atau menyelipkan gen baru ke dalam struktur DNA mahkluk
hidup penerima (Anisatul & Lailatus, 2019).
Rekayasa genetika ini banyak diaplikasikan diberbagai bidang salah satunya
yaitu bidang tanaman pangan. Pada aplikasi ini melibatkan penggunaan mikroba
atau bahan biologi untuk melakukan proses spesifik pada tanaman untuk
kepentingan manusia. Hal ini dilakukan dengan menciptakan species tanaman yang
metabolismenya disesuaikan untuk menyediakan bahan baku sesuai dengan
kualitas, fungsionalitas, dan ketersediaannya. Oleh karena itu banyak tanaman
pangan yang dimodifikasi sehingga secara genetik untuk berbagai tujuan. Banyak
tanaman penting yang tumbuh dari benih hasil rekayasa genetik dengan kekebalan
terhadap herbisida, virus, serangga dan penyakit. Bahan makanan dari tanaman
rekayasa genetik (misalnya minyak, tepung, sirup, pewarna) telah digunakan di
berbagai industri pangan. Lebih dari setengah makanan olahan di Amerika Serikat
telah mengandung bahan hasil rekayasa genetik seperti kacang kedelai, jagung,
kanola, kapas atau produk kentang (Pramashinta et al., 2017).
Deteksi produk rekayasa genetika (transgenik) dapat dilakukan dengan
metode Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR merupakan teknik yang digunakan
untuk mengamplifikasi DNA secara in vitro yang cepat dan efektif. Metode PCR
melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus) dan pada setiap siklus terjadi
duplikasi jumlah target DNA untai ganda. Untai ganda DNA templat (unamplified
DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal dan kemudian didinginkan hingga
mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi waktu pada primer menempel (anneal
primers) pada daerah tertentu dari target DNA. Polimerase DNA digunakan untuk
memperpanjang primer (extend primers) dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP,
dGTP dan dTTP) dan buffer yang sesuai (Fauziah, 2014)
C. METODE PRAKTIKUM
1. Alat dan Bahan
Alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah mesin PCR, satu set alat
elektoforesis, erlenmeyer, hot plate, magnetik stirer, tube PCR, mikropipet, dan
UV transluminator. Sedangkan bahan yang digunakan adalah sampel makanan
(kripik jagung dan tepung maizena) , aquades steril, gel agarose, master mix,
GMO lab primers (forward-reverse) dan buffer TAE.
2. Cara Kerja
Metode yang digunakan dalam analisis GMO adalah sistemPCRyangberbasis
DNA. Dasar dari sistem ini ekstraksi DNA, produksi DNAdan deteksi panjang
gelombang yang sesuai. Tahapan dai metode ini dimulai denganpradenaturasi
dengan suhu 94°C selama 60 detik, denaturation suhu 94°Cselama10detik,
dilanjutkan dengan annealing suhu 55°C selama 10 detik, extensionsuhu72°C
selama 15 detik dengan siklus yang digunakan sebanyak 35 kali danfinal
extension suhu 72°C selama 30 detik. Sampel DNA dielektroforesis
dengantegangan 100 volt selama kurang lebih 30 menit.

D. HASIL DAN PEMBAHASAN

Rekayasa genetika merupakan penyisipan suatu gen ke gen lainya yang
digunakan untuk meningkatkan kualitas suatu organisme seperti tanaman dan
hewan. Adapun prinsip dasar teknologi rekayasa genetika adalah memanipulasi
perubahan komposisi asam nukeat DNA atau menyelipkan gen baru ke dalam
struktur DNA mahkluk penerima (Anisatul & Lailatus, 2019). Produksi tanaman
transgenik melibatkan beberapa tahapan dalam teknik biologi molekuler. Sifat yang
diinginkan harus dipilih dan gen yang mengatur gen tersebut harus diidentifikasi.
Apabila gen yang diinginkan belum tersedia, maka harus diisolasi dari organisme
donor. Organisme donor dapat berasal dari virus, bakteri, jamur, serangga atau
hewan. Supaya gen dapat berfungsi maka harus dimodifikasi secara molekuler,
yakni harus mengandung daerah pengaturan (regulator region), sehingga dapat
diekspresikan di tanaman dengan tepat dan benar (Susilo, 2019).
Salah satu tanaman yang memiliki peluang untuk dikembangkan kualitasnya
yaitu jagung. Jagung ini adalah salah satu komoditas strategis dan bernilai ekonomi,
selain itu jagung juga sebagai sumber karbohidrat dan protein. Oleh karena itu saat
ini sering dilakukan penanaman jagung transgenik yang memiliki varietas unggul.
Beberapa keunggulan dari jagung transgenik (jagung PRG C7-NK603) yaitu
memiliki ketahanan terhadap herbisida berbahan aktif glifosat sehingga dapat
meningkatkan hasil produksi jagung. Sehingga penggunaan tanaman transgenik
dapat mengurangi penggunaan insektisida sampai 49.8%, dan rata-rata produktivitas
tanaman meningkat sampai 22.5% (Gulo et al., 2014).
Deteksi tanaman transgenik pada suatu produk dapat dilakukan dengan
metode PCR. Metode PCR dilakukan dengan mengekstrak DNA dari produk olahan
yang berbahan jagung. Kemudian dilakukan amplifikasi DNA menggunakan mesin
PCR. Kemudian hasil PCR divisualisasi dengan elektroforesis. Urutan peletakan
pada sumuran gel elektroforesis dari paling kanan adalah marker DNA, kontrol
positif, kontrol negatif, dan sampel. Hasil positif GMO ditunjukan dengan
terbentuknya doble band atau pita DNA yang sama dengan pita DNA yang
ditunjukkan oleh kontrol positif GMO.
 Gambar 1. Hasil elektroforesis untuk mendeteksi jagung transgenik

Berdasarkan hasil praktikum tidak terbentuk pita DNA pada semua sumuran
yang telah diisi, sehingga tidak diperoleh data sampel, apakah mengandung GMO
atau tidak. Hal tersebut dapat disebabkan karena kesalahan dalam persiapan sampel,
primer yang digunakan rusak produk PCR tidak spesifik, dan kit yang digunakan
sudah lama dan dimungkinkan expired. Selain itu dapat juga disebabkan karena
kegagalan dalam proses ekstraksi atau pengambilan DNA sampel, hal ini
merupakan tahapan yang paling penting dalam metode PCR. Keberhasilan proses
tersebut akan mendukung proses selanjutnya. Kemudian faktor lain yang dapat
mempengaruhi keberhasilan proses PCR yaitu kualitas sampel DNA, kesesuaian
primer yang digunakan, suhu amplifikasi, keberadaan inhibitor, konsentrasi primer
dan enzim polimerase. (Utaminingsih et al., 2022).
E. KESIMPULAN
Rekayasa genetika merupakan metode yang dapat meningkatkan kualitas
tanaman ataupun hewan sehingga dapat menghasilkan produk yang lebih unggul.
Deteksi produk GMO dapat dilakukan dengan metode PCR yang kemudian
divisualisasi dengan elektroforesis. Berdasarkan hasil parkatikum, tidak terbentuk
pita DNA pada semua sumuran sehingga tidak dapat diketahui apakah produk
tersebut mengandung GMO.
 DAFTAR PUSTAKA

Anisatul, F., & Lailatus, S. (2019). Epistemologi Rekayasa Genetika Serta Kontroversi
Terhadap Hasil Rekayasa Genetika. Aademia, 1–7.
Fauziah, A. (2014). Sebagai Salah Satu Syarat Untuk Memperoleh Gelar Sarjana
Teknologi Pertanian.
Gulo, S. A., Bakti, D., & Zahara, F. (2014). Keanekaragaman Jenis Serangga Pada
Beberapa Varietas Jagung Hibrida dan Jagung Transgenik. Jurnal Online
Agroekoteknologi, 2(4), 1347–1358.
Nur’aini, S., Mukaromah, A. S., & Muhlisoh, S. (2019). Pengenalan Deoxyribonucleic
Acid (DNA) Dengan Marker-Based Augmented Reality. Walisongo Journal of
Information Technology, 1(2), 91. https://doi.org/10.21580/wjit.2019.1.2.4531
Pramashinta, A., Riska, L., Hadiyanto, Maharani, L., Punaji, S., Saida, U., Anantyarta, P.,
Sari, R. L. I., & Utama, A. (2017). Siswa Dalam Bergaul Dengan Teman Sebaya Pada
Siswa Kelas X Di Sekolah Menengah Atas Negeri 1 Palembang. Jurnal Biologi Dan
Pembelajaran Biologi, 2(2), 58–68.
http://jurnal.unmuhjember.ac.id/index.php/BIOMA/article/view/821
Susilo, H. (2019). Analisis Potensi Budidaya Tanaman Transgenik di Indonesia. Jurnal
Universitas Banten, 2(1), 65–74.
Utaminingsih, S., Utami, S. D., & Sophian, A. (2022). Isolasi DNA pada Produk Otak-Otak
Ikan Bandeng. Muhammadiyah Journal of Nutrition and Food Science (MJNF), 3(1),
36. https://doi.org/10.24853/mjnf.3.1.36-41
Widyastuti, D. A. (2011). Isolasi DNA Kromosom Salmonella sp . dan Visualisasinya pada
Elektroforesis Gel Agarosa. 311–317.