EVOLUSI GENOM

RESUME IV

Disusun untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika dan Evolusi

yang dibina oleh Prof. Dr. H. Agr. M. Amin, M. Si.

Oleh:

Kelompok 6/Offering B

Haryatin Nurul Afifah 190341864411

Qurniasty 190341864418
Unce Uti Fadhilah 190341864420

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

PASCASARJANA
UNIVERSITAS NEGERI MALANG
FEBRUARI 2020
 RESUME MATERI IV
EVOLUSI GENOM

Genom organel adalah yang pertama diurutkan; urutan mitokondria lengkap pertama (-
17.000 bp) diterbitkan pada tahun 1981, dan genom kloroplas pertama (-156.000 bp) pada tahun
1986. Urutan genom lengkap pertama dari organisme lepas, eubacterium Haemophilus influenzae
(-1,830.000 bp), selesai pada tahun 1995, diikuti secara berurutan dengan urutan lengkap dari
sebuah archaeon, Methanococcus jannaschii (-1.660.000 bp), dan semua 16 kromosom dari ragi
uniseluler, Saccharomyces cerevisiae (-12.000.000 bp). Genom lengkap pertama dari organisme
multiseluler, nematoda Caenorhabditis elegans (~ 97.000.000 bp), dilaporkan pada tahun 1998,
dan proyek genom untuk Drosophila melanogaster, manusia, tikus, beras, dan jagung diharapkan
akan selesai dalam waktu dekat.
Resume ini membahas tentang 5 topik, antara lain:
1. Ukuran genom yang sangat bervariasi di antara organisme. Bagaimana variasi muncul dan
mekanisme apa yang dapat menambah atau mengurangi ukuran genom untuk menghasilkan
variasi.
2. Informasi genetik yang termasuk dalam genom. Apakah genom sebagian besar
mengandung DNA genik, atau apakah genom sebagian besar terdiri dari urutan nongenik?
Apakah fraksi nongenik memiliki fungsi, atau hanya "junk"? Apakah ada banyak urutan
berulang dalam genom, dan jika demikian, apa fungsi dan pola distribusi kromosomnya?
3. Urutan gen dan dinamika perubahan evolusioner dalam urutan gen. Bagaimana gen
didistribusikan di sepanjang dan di antara kromosom? Mekanisme apa yang bertanggung
jawab untuk pembentukan kembali urutan gen selama evolusi?
4. Komposisi nukleotida genom. Apakah ada heterogenitas dalam komposisi di antara
berbagai daerah genom? Mekanisme apa yang dapat menimbulkan perbedaan lokal dalam
komposisi nukleotida?
5. Evolusi kode genetik. Bagaimana aturan penerjemahan berubah tanpa efek yang merusak,
dan dalam kondisi apa?
Karena prokariota dan eukariota menunjukkan struktur genomik yang berbeda, maka akan
dibahas secara terpisah:

A. NILAI C (C Value)
Organisme haploid seperti bakteri, ukuran genom mengacu pada jumlah total DNA dalam
genom. Dalam organisme diploid atau poliploid, ukuran genom didefinisikan sebagai jumlah
DNA dalam genom haploid yang tidak direplikasi, seperti yang ada dalam inti sperma. Ukuran
genom juga disebut nilai C, di mana C berarti "konstan" atau "karakteristik" untuk menunjukkan
fakta bahwa ukuran genom haploid menunjukkan sedikit variabilitas intraspesifik, yaitu cukup
konstan di dalam satu spesies. Sebaliknya, nilai C sangat bervariasi dari spesies ke spesies di
antara prokariota dan eukariota.
Ukuran genom nuklir dalam eukariota biasanya diukur dalam pikogram (pg) DNA (1 pg =
10-12 g). Genom prokariotik yang lebih kecil lebih sering diukur dalam dalton, satuan atom
relatif atau massa molekul. Ukuran genom yang lebih kecil, seperti organel dan virus, serta
ukuran rentang DNA spesifik, paling sering dinyatakan dalam pasangan basa (bp) atau pasangan
kilobase (Kb) dari DNA untai ganda atau RNA (1 Kb = 1.000 bp). Genom yang diurutkan secara
total biasanya diukur dalam pasangan megabase (1 Mb = 1.000 Kb). Berikut faktor konversi
disediakan pada Tabel 8.1.

B. EVOLUSI UKURAN GENOM PADA PROKARYOT

Ukuran genom bakteri bervariasi dalam kisaran 20 hingga 30 kali lipat, dari sedikit di
bawah 6 x 10 5 beberapa parasit intraseluler wajib, hingga lebih dari 10 7 bp pada beberapa
spesies cyanobacteria (Tabel 8.2). Mollicutes, yang tidak memiliki dinding sel dan merupakan
prokariota hidup bebas terkecil yang mampu bereproduksi sendiri, umumnya memiliki genom
yang sangat kecil. (Kelas Mollicutes terdiri dari enam genera, di antaranya Mycoplasma adalah
yang paling terkenal. Bahkan, istilah Mycoplasma telah sering digunakan untuk menunjukkan
semua spesies mollicute).

Genom bakteri dapat dibagi menjadi tiga fraksi: (1) DNA kromosom, (2) DNA yang
berasal dari plasmid, dan (3) elemen transposable (Hartl et al. 1986). Fraksi kromosom
mengandung gen penyandi protein yang diperlukan untuk pertumbuhan dan fungsi metabolisme
(90-95%), spacer dan berbagai sinyal (-5%), gen penentu RNA (-I%), dan sejumlah urutan
berulang, biasanya pada panjangnya beberapa lusin pasangan basa. Beberapa bakteri dapat
membawa plasmid sebagai elemen genetik ekstrachromosomal. Namun, dalam beberapa kasus,
gen yang berasal dari plasmid ditemukan terintegrasi dalam kromosom bakteri (Davey dan
Reanney 1980). Unsur yang dapat dipindahkan adalah komponen umum dari genom bakteri.
Misalnya, strain Escherichia coli mengandung 1-10 salinan dari setidaknya enam jenis urutan
penyisipan yang berbeda.

GAMBAR 8.1 Hubungan antara

jumlah gen dan ukuran genom
dalam dua belas spesies eubakteri
sepenuhnya diurutkan dengan
genom melingkar (lingkaran padat)
dan satu dengan genom linier
(lingkaran kosong).

Distribusi ukuran genom pada bakteri bersifat diskontinyu, menunjukkan puncak utama
dengan nilai modal sekitar 0,8 x 106, 1,6 x 106, dan 4,0 x 106 bp, dan beberapa puncak kecil
pada 7,2 x 106 dan 8,0 x 106 bp (Herdman 1985). Distribusi ukuran genom pada bakteri dapat
dijelaskan dengan kombinasi beberapa proses: (1) banyak duplikasi gen dan operon independen,
(2) penghapusan dan penyisipan skala kecil, (3) transposisi duplikat, (4) transfer gen secara
horizontal sebagian besar berasal dari plasmid dan fasa bakteri, tetapi juga dari spesies lain, dan
(5) hilangnya bongkahan DNA masif di banyak garis parasit

C. GENOM MINIMAL
Pencarian untuk genom dari "smallest autonomous self-replicating entity" dimulai pada
akhir 1950-an oleh Morowitz dan rekan kerja. Hal ini menyebabkan penelitian pada Mollicutes,
yang ditemukan sebagai organisme seluler dengan genom terkecil dan jumlah gen terkecil di
alam. Tidak ada bukti, bagaimanapun bahwa 468 gen pengkode protein dalam M. genitalium
sebenarnya mewakili persyaratan minimal untuk mempertahankan kehidupan. Ada kemungkinan
bahwa tingkat redundansi genetik tertentu ada bahkan dalam genom yang paling ramping.
Berikut ini kami akan menjelaskan dua pendekatan untuk menyimpulkan set gen minimal untuk
kehidupan seluler:
1. Pendekatan analitis
Alasan di balik metode analisis Koonin dan Mushegian (1996) dan Mushegian dan
Koonin (1996a) cukup mudah. Perkiraan awal dari komplemen gen minimal dibuat dengan
mengidentifikasi set semua gen ortolog yang umum untuk sekelompok organisme. Salah satu
contohnya, mengenai perbandingan proteom E. coli, H. influenzae, dan M. genitalium,
ditunjukkan pada Gambar 8.2. Dari perbandingan ini, perkiraan set minimal diperkirakan 239
gen.

Gambar 8.2 Diagram Venn yang umum gen pengkode protein ortologis di antara tiga spesies bakteri
M genitalium dan H. influenzae memiliki 240 orthologs yang sama, M. genitalium dan E.
coli memiliki 257, dan H. influenzae dan E. coli memiliki 1.128.Ada 239 ortholog yang umum
untuk ketiga spesies.

Gambar 3. Skenario hilangnya gen diferensial untuk pemindahan gen tidak ortologis. Nenek moyang
bersama memiliki dua protein (lingkaran dan segitiga) yang melakukan fungsi serupa. Gen yang mengkode
salah satunya hilang pada keturunan 1, sedangkan yang lain hilang pada keturunan 2. Hasilnya adalah
konvergensi fungsional. Dimodifikasi dari Koonin dan Mushegian (1996).
 Kumpulan gen minimal ditemukan mencakup: (1) sistem terjemahan yang hampir
lengkap; (2) mesin replikasi DNA yang hampir lengkap; (3) satu set gen yang belum sempurna
untuk rekombinasi dan perbaikan DNA; (4) peralatan transkripsi yang terdiri dari empat unit
RNA polimerase; (5) satu set besar protein seperti pendamping; (6) beberapa gen penyandi
protein yang terlibat dalam metabolisme anaerob; (7) beberapa gen yang mengkode enzim untuk
biosintesis lipid dan kofaktor; (8) beberapa protein transpor membran; dan (9) satu set 18 protein
dari fungsi yang tidak diketahui. Set minimal ini terkenal karena tidak mengandung mesin yang
diperlukan untuk biosintesis asam amino dan nukleotida, yang mungkin telah diperoleh "siap
dibuat" dari lingkungan.
2. Pendekatan Eksperimental
Pendekatan eksperimental yang elegan untuk masalah minimal-genom diambil oleh Itaya
(1995). Tujuh puluh sembilan lokus kode protein yang dipilih secara acak dalam bakteri Gram-
positif Bacillus subtilis tersingkir oleh mutagenesis (Gambar 8.4). Mutasi pada hanya enam lokus
ini membuat B. subtilis tidak dapat tumbuh dan membentuk koloni, sementara mutan pada sisa
73 lokus mempertahankan kemampuan mereka untuk berkembang biak. Hanya tiga dari enam
lokus pengkode protein yang diidentifikasi secara jelas dalam hal fungsinya. Ini adalah dnaA dan
dnaB, yang terlibat dalam inisiasi replikasi DNA, dan rpoD, yang produknya mengambil bagian
dalam sintesis RNA.

Gambar 8.4 Lokasi genomik dari 79 lokus (garis) yang dipilih secara acak di Bacillus subtilis yang
telah dihancurkan oleh mutagenesis. Enam lingkaran padat menunjukkan lokus yang sangat diperlukan,
yang tiga di antaranya diidentifikasi. Data dari Itaya (1995).

Untuk memastikan bahwa gen yang tersingkir yang tidak mempengaruhi pertumbuhan
bukanlah anggota keluarga multigene yang berlebihan, Itaya (1995) juga membangun bakteri
dengan banyak mutasi. Menariknya, bahkan ketika 33 lokus dilumpuhkan secara bersamaan,
bakteri dan keturunannya mempertahankan kemampuan mereka untuk membentuk koloni.
Dengan demikian, 73 dari 79 gen disimpulkan benar-benar dapat diabaikan, sementara hanya
sekitar 7,5% dari genom dianggap sangat diperlukan. Mengingat bahwa panjang genom B.
subtilis adalah 4,2 x 106 bp, dan dengan asumsi bahwa rasio genom dari gen yang tak tergantikan
dengan gen yang dapat dibuang adalah sama dengan yang ada dalam sampel, selisih dari genom
yang tak tergantikan diperkirakan 4.2 x 106 X 0,075 = 3,2 x 10 bp. Dengan menggunakan 1,25
Kb sebagai ukuran rata-rata gen pengkode protein, kami memperoleh perkiraan set gen minimal
320.000 / 1.250 = 254 gen.

D. MINIATURISASI GENOME
Pengurangan drastis dalam ukuran genom (miniaturisasi genom) selalu terkait dengan
hilangnya fungsi. Secara khusus, cara hidup parasit atau endosimbiotik ditemukan mempengaruhi
ukuran genom secara mendalam dan, seperti yang telah kita lihat sebelumnya, genom bakteri
terkecil yang termasuk dalam parasit endoseluler. Miniaturisasi genom dapat terjadi melalui dua
proses: transfer gen atau hilangnya gen. Berikut ini kita akan membahas pengurangan ukuran
genom karena endosimbiosis dan parasitisim secara terpisah.
1. Pengurangan ukuran genom setelah endosymbiosis
Miniaturisasi genom terjadi setelah peristiwa endosimbiotik yang memunculkan
mitokondria dan kloroplas. Banyak gen organel yang mungkin berlebihan dan hilang tanpa
penggantian melalui penghapusan; yang lain telah dipindahkan secara massal ke genom nuklir.
Sebagai contoh, genom nuklir ragi mengandung sekitar 300 gen penyandi protein yang berfungsi
secara eksklusif dalam mitokondria. Namun, genom mitokondrianya hanya mengandung delapan
gen penyandi protein. Agaknya, beberapa gen nuklir yang produknya berfungsi dalam
mitokondria pernah menjadi bagian dari genom mitokondria, yang kapasitas pengkodeannya saat
ini cukup terbatas. Bahkan genom mitokondria dengan kapasitas pengkodean terbesar, yaitu dari
flagel heterotrofik Reclinomonas americana, hanya mengandung 62 gen pengkode protein (Lange
et al. 1997), jauh lebih sedikit dari jumlah gen yang diperlukan untuk keberadaan independen.
Selain mitokondria dan kloroplas, banyak organel eukariotik lainnya diduga berasal dari
peristiwa endosimbiotik antara organisme independen. Margulis et al. (1979) mengusulkan
bahwa flagela, silia, dan organel lain dari motilitas sel berasal dari spirochetes yang hidup bebas
yang menjadi terkait secara simbiosis dengan leluhur eukariota. Jika proposal ini ternyata benar,
maka organel-organel ini pasti telah mengalami miniaturisasi genome maksimal, yakni yang telah
kehilangan seluruh genomnya
2. Pengurangan ukuran genom dalam parasite
Parasitisme melibatkan hubungan intim antara dua organisme: inang yang menyediakan
banyak kebutuhan metabolisme dan fisiologis untuk yang lain, parasit. Parasitisme selalu
melibatkan hilangnya fungsi genetik pada parasit dan pengurangan ukuran genom. Sebagai
contoh, Epiphagus virginiana, sebuah kerabat parasit nonfotosintetik lavender, basil, dan catnip,
memiliki genom kloroplas yang sangat kecil (-70.000 bp) yang hanya mengandung 42 gen. Dapat
dipahami, semua gen untuk fotosintesis dan klororespirasi tidak ada. Namun, tidak jelas mengapa
semua gen RNA polimerase berkode kloroplas, serta banyak gen penyandi protein ribosom dan
gen penentu tRNA juga telah hilang (Wolfe et al. 1992).
Parasitisme seluler Mycoplasma genitalium disertai dengan miniaturisasi genom karena
hilangnya gen. Namun, ada skala genomik dalam arah berlawanan yang harus dibayar untuk
mempertahankan parasitisme: penambahan gen. Yaitu, sejumlah besar gen unik dalam
Mycoplasma dikhususkan untuk pengkodean adhesin (protein perekat), organel perlekatan, dan
antigen permukaan-permukaan variabel yang diarahkan menuju penghindaran sistem kekebalan
tubuh (Razin 1997).

E. UKURAN GENOME DALAM EUKARYOT DAN C VALUE PARADOX

Nilai C pada eukariota biasanya jauh lebih besar dari pada prokariota, tetapi ada
pengecualian. Misalnya, ragi S. cerevisiae memiliki genom yang ukurannya hampir sama dengan
banyak bakteri Gram-positif, seperti Streptomyces coelicolor dan S. rimosus, dan lebih kecil
daripada kebanyakan spesies cyanobacterial, terutama yang termasuk dalam genus Calothrix.
Namun, karena genom nuklir eukariotik memiliki banyak asal replikasi sementara sebagian besar
prokariota tampaknya hanya memiliki satu, eukariota mampu mereplikasi jumlah DNA yang jauh
lebih besar per unit waktu daripada prokariota.
Variasi dalam nilai C pada eukariota jauh lebih besar daripada pada bakteri, dari 8,8 x 106
bp hingga 6,9 x 1011 bp, sekitar kisaran 80.000 kali lipat (Tabel 8.3). Protista uniseluler,
khususnya sarkodin amuba, menunjukkan variasi terbesar dalam nilai C, mendekati kisaran
20.000 kali lipat. Sebagai perbandingan, kisaran nilai C di seluruh dunia hewan, dari sponge
hingga manusia, hanya sekitar 3.000 kali lipat. Tiga kelas amniote (mamalia, burung dan reptil)
luar biasa di antara eukariota dalam variasi kecil dalam ukuran genom (hingga hanya empat kali
lipat). Kelas-kelas lain, yang memiliki tubuh substansial data nilai C, menunjukkan variasi
setidaknya 100 kali lipat.
Menariknya, variasi interspesifik besar dalam ukuran genom di antara eukariota
tampaknya tidak memiliki hubungan dengan kompleksitas organisme atau kemungkinan jumlah
gen yang dikodekan oleh organisme. Sebagai contoh, beberapa protozoa uniseluler memiliki
lebih banyak DNA daripada mamalia, yang mungkin lebih kompleks (Tabel 8.4). Selain itu,
organisme yang serupa dalam kompleksitas morfologis dan anatomis (mis., Lalat dan belalang,
bawang dan lily, Paramecium aurelia dan P. caudatum) menunjukkan nilai C yang sangat berbeda
(Tabel 8.4). Kurangnya korespondensi antara nilai C dan jumlah dugaan informasi genetik yang
terkandung dalam genom telah dikenal dalam literatur sebagai paradoks nilai C. Paradoks nilai
C juga terbukti dalam perbandingan spesies saudara kandung (yaitu, spesies yang sangat mirip
satu sama lain secara morfologis sehingga tidak dapat dibedakan secara fenotip).
Jumlah gen penyandi protein dalam eukariota diperkirakan bervariasi pada kisaran 50 kali
lipat (Cavalier-Smith 1985a). Variasi ini jelas tidak cukup untuk menjelaskan variasi 80.000 kali
lipat dalam konten DNA nuklir. Selain itu, jumlah gen berkorelasi positif dengan kompleksitas
struktural, sedangkan ukuran genom tidak. (Kami mencatat bahwa "kompleksitas" adalah
variabel yang cukup sulit untuk didefinisikan, apalagi dikuantifikasi.) Variasi interspesifik dalam
panjang
Molekul mRNA menjelaskan paradoks nilai C. Sementara ada perbedaan kecil dalam
panjang rata-rata daerah pengkodean dan nonkode di antara organisme yang berbeda, tidak ada
korelasi antara panjang gen rata-rata dan ukuran genom. Sebagai contoh, mRNA hanya sedikit
lebih lama pada organisme multisel daripada protista (1.400-2.200 bp dibandingkan 1.200-1.500
bp). Selain itu, organisme dengan genom yang lebih besar tidak selalu menghasilkan protein yang
lebih besar. Demikian pula, perbedaan dalam ukuran gen (yaitu, panjang intron dan daerah
nonkode lainnya) tidak dapat menjelaskan variasi dalam ukuran genom. Sementara gen hewan
rata-rata 3-7 kali lebih lama daripada gen protista, dan gen vertebrata 2-4 kali lebih besar
daripada invertebrata, tidak ada korelasi yang pernah ditemukan antara ukuran genom dan
panjang gen rata-rata.
Adapun jenis-jenis lain dari DNA genik, korelasi positif antara tingkat pengulangan
beberapa gen yang menentukan RNA dan ukuran genom memang telah ditemukan (Bab 6); sama
halnya, ada korelasi antara ukuran genom dan jumlah salinan dari beberapa gen yang tidak
ditranskripsi yang terlibat dalam replikasi, segregasi, dan rekombinasi kromosom selama meiosis
dan mitosis. Namun, semua gen ini hanya merupakan sebagian kecil dari genom yang dapat
diabaikan, sehingga variasi dalam jumlah gen yang menentukan RNA dan gen yang tidak
ditranskripsi tidak dapat menjelaskan variasi dalam ukuran genom.
Cara lain untuk membandingkan jumlah gen antara dua genom adalah dengan
membandingkan kompleksitas RNA polielomilasi polisomal, yaitu, total panjang molekul mRNA
yang berbeda yang dihasilkan oleh jenis jaringan tertentu. Perbandingan ini juga mengungkapkan
tidak ada korelasi antara jumlah gen dan ukuran genom. Sebagai contoh, kompleksitas RNA
polisomal dalam hati ayam adalah 2 x 106 nukleotida, sedangkan kompleksitas RNA polisomal
dalam hati tikus adalah setengah jumlah ini, meskipun fakta bahwa ukuran genom tikus lebih dari
dua kali lipat dari ayam (John dan Miklos 1988).
Singkatnya, kita dibiarkan dengan fraksi DNA nongenik sebagai biang kerok tunggal
untuk paradoks nilai C. Dengan kata lain, sebagian besar genom eukariotik terdiri dari DNA yang
tidak mengandung informasi genetik. Diperkirakan bahwa jumlah DNA nongenik per genom
bervariasi dalam eukariota dari sekitar 3,0 x 10 Kb hingga lebih dari 108 Kb (kisaran 300.000
kali lipat), dan merupakan sesuatu dari kurang dari 30% hingga sekitar 99,998% dari genom 3 (
Cavalier-Smith 1985).

F. MEKANISME UNTUK PENINGKATAN GLOBAL DALAM UKURAN GENOM

Dalam upaya menjelaskan keberadaan sejumlah besar DNA nongenik dalam genom
eukariota, pertama-tama kita harus berurusan dengan proses-proses yang dapat menyebabkan
peningkatan ukuran genom. Kami membedakan antara dua jenis peningkatan genom: (1)
peningkatan global, di mana seluruh genom atau bagian utama darinya, seperti kromosom,
diduplikasi; dan (2) peningkatan regional, di mana urutan tertentu dikalikan untuk menghasilkan
DNA berulang. Pada bagian ini kami hanya akan membahas peningkatan genom secara global.
1. Poliploidisasi
Poliploidisasi yakni penambahan satu atau lebih set kromosom lengkap ke set asli.
Organisme yang selnya mengandung empat salinan setiap autosom adalah tetraploid; satu
dengan enam salinan adalah hexaploid, dan sebagainya. Gamet organisme poliploid bukan
haploid, dan organisme dengan jumlah autosom ganjil, misalnya, tanaman pisang domestik
triploid (Musa acuminata) tidak dapat menjalani meiosis dan bereproduksi secara seksual.
Ada dua jenis utama poliploidi: allopolyploidy, kondisi yang muncul dari kombinasi
set kromosom yang berbeda secara genetik; dan autopoliploidi, penggandaan satu set dasar
kromosom. Allopolyploidy cukup umum pada tanaman. Misalnya, gandum biasa (Triticum
aestivum) adalah allohexaploid yang mengandung tiga set kromosom berbeda yang berasal
dari tiga spesies diploid rumput kambing (Aegilops) yang berbeda. Pada bagian ini kita
terutama akan berurusan dengan autotetraploidy (atau hanya tetraploidy), juga disebut
duplikasi genom atau penggandaan genom. Duplikasi genom terjadi sebagai akibat dari
kurangnya disjungsi antara semua kromosom anak perempuan setelah replikasi DNA.
Tetraploidy adalah kejadian mutasi yang umum di alam. Memang, tetraploidy somatik
ditemukan di hampir semua organisme, termasuk protista, ganggang, tanaman, moluska,
serangga, dan mamalia (Nagl 1990). Namun, selama sejarah evolusi tetraploid tampaknya
jarang bertahan. Alasannya adalah bahwa, dalam banyak kasus, tetraploidi berbahaya dan akan
sangat tidak disukai. Efek buruk termasuk (1) perpanjangan waktu pembelahan sel, (2)
peningkatan volume nukleus, (3) peningkatan jumlah disosiasi kromosom selama meiosis, (4)
ketidakseimbangan genetik, dan (5) gangguan dengan diferensiasi seksual ketika jenis kelamin
organisme ditentukan oleh rasio antara jumlah kromosom seks dan jumlah autosom (seperti
pada Drosophila), atau dengan tingkat ploidi (seperti pada Hymenoptera).
2. Polisomi
Aneuploidy mengacu pada kondisi di mana jumlah kromosom dalam sel bukan
kelipatan integral dari haploid khas yang ditetapkan untuk spesies. (Euploidy mengacu pada
nomor kromosom yang merupakan kelipatan tepat dari jumlah kromosom haploid.) Karena
kita berurusan dengan mekanisme yang bertanggung jawab untuk peningkatan ukuran genom,
kita hanya akan berurusan dengan dua jenis aneuploidy: duplikasi kromosom lengkap
(polisomi) ), dan duplikasi sebagian besar kromosom (polisomi parsial).
Polisomi paling sering merusak. Pada mamalia, misalnya, sering dikaitkan dengan
kematian atau infertilitas. Pada manusia, contoh-contoh polisomi yang terkenal termasuk
anomali seperti sindrom Down (trisomi 21), dan trisomi 18. Demikian pula, manifestasi buruk
yang parah sering dikaitkan dengan polisomi parsial (mis., Sindrom mata-kucing). Oleh
karena itu, duplikasi kromosom - lengkap atau sebagian-tidak diharapkan berkontribusi secara
signifikan terhadap peningkatan ukuran genom.
3. Genom ragi: Tetraploidy atau duplikasi regional?
Kriteria yang digunakan untuk mendefinisikan dua daerah sebagai duplikat adalah: (1)
kesamaan urutan antara kedua daerah yang terkait dengan probabilitas kurang dari 1018 dari
itu menjadi kebetulan; (2) setidaknya tiga gen yang sama, dengan jarak intergenik kurang dari
50 Kb; dan (3) konservasi urutan gen dan orientasi relatif gen. Menurut kriteria ini, Wolfe dan
Shields (1997) mengidentifikasi 54 pasangan daerah duplikasi yang tumpang tindih yang
mencakup sekitar 50% genom ragi.
Ada dua penjelasan yang mungkin untuk pengamatan Wolfe dan Shields (1997). Salah
satu (1) daerah duplikat yang dibentuk secara independen oleh banyak duplikasi regional yang
terjadi pada waktu yang berbeda selama evolusi S. cerevisiae, atau (2) daerah yang digandakan
diproduksi secara bersamaan oleh peristiwa tetraploidisasi tunggal, diikuti oleh penataan ulang
besar-besaran genom dan hilangnya banyak duplikat gen yang berlebihan. Ada dua alasan
untuk mendukung model yang terakhir. Pertama, 50 dari daerah yang digandakan telah
mempertahankan orientasi yang sama sehubungan dengan sentromer. Kedua, berdasarkan
distribusi Poisson, 54 duplikasi regional independen diharapkan menghasilkan sekitar tujuh
wilayah rangkap tiga (yaitu, duplikat duplikat), tetapi tidak ada yang diamati.
Wolfe dan Shields (1997) mengemukakan bahwa S. cerevisiae adalah tetraploid kuno,
yang dibentuk melalui perpaduan dua genom ragi diploid leluhur, masing-masing berisi sekitar
5.000 gen. Mereka memperkirakan peristiwa tetraploidisasi terjadi sekitar 100 juta tahun yang
lalu pada nenek moyang empat spesies Saccharomyces setelah divergensi S. kluyveri. Spesies
baru kemudian menjadi cryptotetraploid, dan sekitar 92% dari salinan gen duplikat hilang
melalui peluruhan urutan atau penghapusan. Sekitar 70-100 gangguan peta berikutnya (mis.,
 Translokasi regional) disimpulkan telah diminta untuk menjelaskan distribusi kromosom gen
duplikat saat ini (Seoighe dan Wolfe 1998). Skenario skematis dari jumlah gen dan evolusi
urutan gen setelah duplikasi genom ditunjukkan pada.
4. Poliploidi genom vertebrata
Vertebrata memiliki lebih banyak gen daripada invertebrata. Survei ekstensif keluarga gen
dari aldolase ke faktor transkripsi seng-jari mengungkapkan bahwa gen invertebrata tunggal
biasanya berhubungan dengan hingga empat gen vertebrata pada kromosom yang berbeda.
Selain itu, tampaknya urutan banyak salinan quadruple sama-sama berjarak satu sama lain.
Pola ini pertama kali diamati untuk kelompok gen Hox, tetapi, menurut Spring (1997),
fenomena ini bersifat umum. Spring mengajukan hipotesis, yang dengannya kemunculan
vertebrata dimungkinkan oleh dua putaran tetraploidisasi, yang menghasilkan quadruplication
genom.

G. PEMELIHARAAN DNA NONGENIK

Menghitung jumlah besar dari nongenic DNA yang tampaknya berlebihan mengharuskan
kita menjawab pertanyaan tentang fungsi apa yang mungkin dimiliki DNA ini, jika ada. Berbagai
upaya telah dilakukan untuk menyelesaikan paradoks nilai C dan berikut empat hipotesis dan
bukti empiris yang bersangkutan:
1. Hipotesis penyeleksi menyatakan bahwa apa yang disebut DNA nongenik melakukan
fungsi-fungsi penting, seperti regulasi global ekspresi gen (Zuckerkandl 1976a). Menurut
hipotesis ini, kelebihan DNA hanya tampak, dan DNA sepenuhnya berfungsi. Akibatnya,
penghapusan DNA semacam itu akan memiliki efek buruk pada kebugaran.
2. Hipotesis netralis mengusulkan bahwa fraksi DNA nongenik dalam genom eukariotik
bersifat inert secara genetik dan fisiologis (Darlington 1937). Ohno (1972) sengaja memilih
istilah sampah DNA provokatif untuk fraksi nongenik dari genom untuk menekankan
kegunaannya. DNA Sampah dilakukan secara pasif oleh kromosom hanya karena
keterkaitan fisiknya dengan gen fungsional (Rees dan Jones 1972). Menurut pandangan ini,
kelebihan DNA adalah hasil insidental dari proses evolusi dan, selama itu tidak
mempengaruhi kebugaran organisme, itu akan dibawa dari generasi ke generasi tanpa batas
waktu.
3. Hipotesa penyeleksi intragenomik menganggap DNA nongenik sebagai "parasit
fungsional" (Ostergren 1945), atau "simbion genetik" (Cavalier-Smith 1983) yang
terakumulasi dalam genom dan secara aktif dipertahankan oleh seleksi intragenomik karena
peningkatan laju reproduksi sebagai perbandingan dengan fraksi genomik (Cavalier-Smith
1980). Dalam literatur, adalah umum untuk menemukan istilah DNA egois (selfish DNA)
 yang diterapkan pada fraksi nongenik (Orgel dan Crick 1980; Doolittle dan Sapienza 1980).
DNA egois memiliki dua sifat yang berbeda: (1) ia muncul ketika sekuens DNA menyebar
dengan membentuk salinan tambahan dari dirinya sendiri dalam genom, dan (2) ia tidak
memberikan kontribusi spesifik pada kebugaran organisme inang, atau sebenarnya
merugikan. Mekanisme utama untuk memperkuat DNA egois adalah transposisi duplikat,
dan tipe DNA egois yang paling melimpah adalah elemen transposable dan
retrotransposable. Perbedaan penting antara DNA egois dan DNA junk adalah bahwa yang
pertama mampu mempromosikan amplifikasi sendiri, sedangkan yang terakhir dilakukan
secara pasif dalam genom. Dengan demikian, DNA junk dipertahankan dalam populasi
dengan penyimpangan genetik acak, sedangkan DNA egois dikelola oleh jenis penyisipan-
penghapusan kuasi-keseimbangan, di mana proses eliminasi dengan pemilihan DNA egois
terlalu lambat untuk mengimbangi laju akumulasi. DNA egois memiliki kecenderungan
meningkat dalam genom. Namun, itu tidak dapat meningkat tanpa batas waktu, karena
suatu organisme dengan jumlah DNA nongenik yang berlebihan akan berada pada
metabolisme, dan karenanya selektif, merugikan relatif terhadap organisme dengan jumlah
yang lebih sedikit.
4. Hipotesis nukleotipik (Bennett 1971) atribut fungsi struktural untuk DNA nongenik, yaitu,
fungsi yang tidak terkait dengan tugas membawa informasi genetik. Salah satu skema
nukleotipik seperti itu telah dikemukakan oleh Cavalier-Smith (1978, 1985a), yang
berpendapat bahwa harus ada "kekuatan evolusi utama" yang mempertahankan genom
besar. Hipotesisnya adalah bahwa DNA bertindak sebagai "nukleoskeleton" yang
mempertahankan volume nukleus pada ukuran yang sebanding dengan volume sitoplasma.
Karena sel yang lebih besar membutuhkan inti yang lebih besar, pemilihan volume sel
tertentu akan menghasilkan seleksi untuk ukuran genom tertentu. Menurut skema ini,
kelebihan DNA dipertahankan oleh seleksi, tetapi komposisi nukleotida dapat berubah
secara acak. Banyak fungsi nukleotipik tambahan telah dikaitkan dengan fraksi nongenik,
tetapi semua hipotesis nukleotipik memiliki satu kesamaan: mereka semua menganggap
genom sebagai unit struktural arsitektur nuklir-blok bangunan yang terbuat dari asam
nukleat, bukan sekadar pembawa genetik. informasi.
Terdapat bukti untuk hipotesis di atas, yakni:
Faktanya, sebagian besar indikasi adalah bahwa sebagian besar dari apa yang sekarang dianggap
sebagai DNA nongenik memang tanpa informasi genetik dan dapat dihapus tanpa efek fenotipik
yang jelas. Karena itu, tampaknya kelebihan DNA dalam eukariota tidak membebani sistem
metabolisme secara signifikan, dan bahwa biaya (misal.,energi dan nutrisi) untuk
mempertahankan dan mereplikasi sejumlah besar DNA nongenik tidak berlebihan. Namun,
mungkin ada beberapa kelemahan dalam mempertahankan sejumlah besar DNA nongenik.
Pertama, genom besar telah ditemukan menunjukkan sensitivitas yang lebih besar terhadap
mutagen daripada genom kecil (Heddle dan Athanasiou 1975). Kedua, mempertahankan dan
mereplikasi sejumlah besar DNA nongenik dapat membebani organisme tertentu, terutama ketika
sebagian besar genom adalah nongenik. Oleh karena itu dapat diterima bahwa DNA nongenik
hanya dapat terakumulasi sampai biaya untuk organisme yang menggandakannya menjadi
signifikan.
Sangat sulit untuk membedakan antara hipotesis penyeleksi intragenomik dan hipotesis
netral pada tingkat konseptual, apalagi untuk menguji mereka terhadap data nyata. DNA egois
memang bisa menjadi kontributor utama DNA nongenik, meskipun ada mekanisme penting
lainnya untuk menghasilkan DNA semacam itu. Namun, sama benarnya bahwa sebagian besar
fraksi nongenik dari genom yang berasal dari DNA egois tidak lagi egois. Sebagian besar saat ini
berada dalam elemen transposable mati-mati dan hampir mati yang sudah merosot, yang tidak
lagi mampu melakukan transposisi.
Mengapa spesies serupa memiliki ukuran genom yang berbeda? Masalahnya adalah
perbedaan ukuran genom antara organisme yang terkait erat, di mana paradoks nilai C tidak bisa
dijelaskan berangkat dengan mengemis fungsi nukleotipik, karena tidak ada perbedaan
nukleotipik ada. Terdapat dua mekanisme kemungkinan: ada perbedaan dalam tingkat akumulasi
DNA junk, atau ada perbedaan dalam tingkat di mana berbagai organisme menyingkirkan DNA
junk.
Untuk waktu yang cukup lama telah diketahui bahwa genom spesies Drosophila
mengandung sangat sedikit pseudogen (Vanin 1985; Weiner et al. 1986; Wilde 1986). Petrov et
al. (1996) dan Petrov dan Hartl (1998) menemukan bahwa Helena retroposons yang mati
kehilangan DNA pada tingkat yang luar biasa tinggi selama evolusi. Mereka menempatkan dua
dan dua bersama-sama, dan menyarankan bahwa wilayah DNA yang tidak tunduk pada batasan
selektif dihapus pada tingkat "merajalela", dan mereka lebih lanjut memperkirakan bahwa tingkat
penghapusan yang berbeda daripada tingkat akumulasi, dapat berkontribusi pada perbedaan
ukuran genom antara taksa. Asumsi yang didapatkan adalah tingkat penghapusan yang tinggi
tidak terbatas pada elemen Helena saja, tetapi bahwa fenomena tersebut adalah aplikasi umum
untuk semua daerah yang tidak dibatasi seleksi.
Untuk menguji asumsi ini, mereka membandingkan ukuran intron antara dua Spesies
Drosophila. D. virilis memiliki genom dua kali lebih besar dari D. melanogaster (Moriyama et al.
1998). Diakui, bagian dari perbedaan itu dapat dikaitkan dengan heterokromatin (lihat halaman
390), tetapi bahkan jika faktor ini diperhitungkan, genom D. virilis masih sekitar 36% lebih besar
daripada D. melanogaster. Dalam perbandingan mereka dengan 115 intron lengkap yang
dikumpulkan dari 42 gen ortolog, mereka menemukan bahwa perbedaan panjang intron antara
kedua Drosophila spesies secara statistik signifikan. Perbedaan dalam panjang rata-rata intron
antara D. virilis dan D. melanogaster (masing-masing 394 dan 283 bp) adalah 39%, yang secara
mengejutkan mendekati perbedaan ukuran dalam fraksi yang tidak berulang antara genom.
Dengan demikian, tampaknya beberapa organisme lebih efisien dalam " "throwing out the trash"
daripada yang lain (Petrov dan Hartl 1997).

Pertanyaan
1. Bagaimana perbedaan secara eksperimental antara DNA junk dan penjelasan
nukleoskeletal?
Jawab: Membedakan secara eksperimental antara DNA junk dan penjelasan
nukleoskeletal cukup sulit. Pagel dan Johnstone (1992) mengusulkan dua harapan yang
berasal dari masing-masing dua teori. Menurut para penulis ini, biaya utama dari DNA
sampah adalah waktu yang diperlukan untuk mereplikasinya. Karenanya, organisme yang
berkembang lebih lambat mungkin dapat "mentolerir" jumlah besar sampah DNA, dan
dengan demikian korelasi negatif antar spesies antara ukuran genom dan laju
perkembangan diperkirakan. Sebaliknya, prediksi hipotesis nukleoskeletal adalah untuk
korelasi positif antara ukuran genom dan ukuran sel. Sayangnya, organisme dengan sel
besar juga cenderung berkembang lambat, sedangkan organisme yang tumbuh lebih cepat
biasanya memiliki sel yang lebih kecil. Dengan demikian, menurut hipotesis DNA
kerangka, korelasi negatif antara laju perkembangan dan nilai C juga diharapkan. Namun,
menurut hipotesis nukleotipik, hubungan antara laju perkembangan dan ukuran genom
hanya terjadi secara sekunder, sebagai akibat dari hubungan antara laju perkembangan
dan ukuran sel.

2.