RESUME REPLIKASI DNA, PEMBELAHAN SEL DAN KANKER

Disusun Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Pengembangan Biologi Sel Molekuler

Yang dibina oleh Prof. Dr. agr. H. Moh Amin, S.Pd., M.Si.

Oleh:
Kelompok 4/Kelas B
Zurienia Mimi Bibiyana 190341864402
Lidiya Praktika Rosa 190341764447
Rati Sarina Passoe 190341764442

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MALANG
PASCASARJANA BIOLOGI
November 2019

1
DAFTAR ISI

2
 REPLIKASI DNA, PEMBELAHAN SEL DAN KANKER

A. REPLIKASI DNA
1. DNA (sari)
2. Kromosom
DNA dalam nukleus terbagi antara seperangkat kromosom yang berbeda. Sebagai contoh,
genom manusia - sekitar 3,2 x 109nukleotida didistribusikan lebih dari 24 kromosom yang
berbeda. Setiap kromosom terdiri dari satu molekul DNA linear yang sangat panjang yang terkait
dengan protein yang melipat dan mengemas benang DNA halus menjadi struktur yang lebih
kompak. Kompleks DNA dan protein disebut kromatin (dari bahasa Yunani kroma, "warna,"
karena sifat pewarnaannya). Selain protein yang terlibat dalam pengemasan DNA, kromosom
juga dikaitkan dengan banyak protein dan molekul RNA yang diperlukan untuk proses ekspresi
gen, replikasi DNA, dan perbaikan DNA.
Penggambaran kromosom biasanya dilakukan pada tahap dalam siklus sel yang disebut
mitosis.

Gambar 1. Set lengkap kromosom manusia. Kromosom ini dari laki-laki, diisolasi dari sel yang mengalami
pembelahan nukleus (mitosis) dan sangat padat. Setiap kromosom telah "dicat" warna yang berbeda untuk
memungkinkan identifikasi yang jelas di bawah mikroskop cahaya.

Pola pita pada setiap jenis kromosom adalah unik, dan pola inilah yang awalnya
memungkinkan setiap kromosom manusia untuk diidentifikasi dan diberi penomoran.

3
Gambar 2. Pola pita kromosom manusia. Kromosom 1-22 diberi nomor sesuai urutan ukuran. Sel somatik manusia
berisi dua dari masing-masing kromosom ini, ditambah dua kromosom seks-dua kromosom X pada perempuan, satu
kromosom X dan satu Y pada laki-laki. Kromosom yang digunakan untuk membuat peta ini diwarnai pada tahap
awal mitosis, ketika kromosom tidak dipadatkan dengan sempurna. Garis merah horizontal mewakili posisi
sentromer, muncul sebagai penyempitan kromosom mitosis. Kenop merah pada kromosom 13, 'l4, 15,21, dan 22
menunjukkan posisi gen yang mengkode RNA ribosom besar.
Tampilan 46 kromosom manusia pada mitosis disebut kariotipe manusia. Jika bagian-
bagian kromosom hilang atau dialihkan di antara kromosom, perubahan-perubahan ini dapat
dideteksi oleh perubahan dalam pola pita atau oleh perubahan dalam pola lukisan kromosom.
Sebagai contoh berikut:

Gambar 3. Kromosom manusia yang menyimpang. (A) Dua pasang kromosom, diwarnai dengan Giemsa dari pasien
ataksia, suatu penyakit yang ditandai dengan kemunduran keterampilan motorik yang progresif. Pasien memiliki
sepasang kromosom 4 yang normal (sepasang lengan kiri), tetapi satu kromosom 12 normal dan satu kromosom 12
menyimpang, seperti yang terlihat pada panjangnya yang lebih besar (pasangan tangan kanan). Bahan tambahan
yang terkandung pada kromosom menyimpang 12 (braket merah) disimpulkan, dari pola pita, sebagai salinan bagian
dari kromosom 4 yang telah melekat pada kromosom 12 melalui peristiwa rekombinasi yang abnormal, yang disebut
translokasi kromosom. (B) Menggambar pasangan kromosom yang sama, "dicat" merah untuk kromosom 4 DNA
dan biru untuk kromosom 12 DNA. Kedua teknik menghasilkan kesimpulan yang sama mengenai sifat kromosom

4
menyimpang 12, tetapi lukisan kromosom memberikan resolusi yang lebih baik, memungkinkan identifikasi yang
jelas bahkan potongan pendek kromosom yang telah menjadi translokasi. Namun, pewarnaan Giemsa lebih mudah
dilakukan.
Ciri mencolok pertama dari genom manusia adalah seberapa sedikit (hanya beberapa
persen) yang mengkode protein. Fitur kedua yang penting dari genom manusia adalah ukuran
gen rata-rata besar dari 27.000 nukleotida informasi untuk urutan linier asam amino protein.
Hanya sekitar 1.300 pasangan nukleotida yang diperlukan untuk menyandikan protein dengan
ukuran rata-rata (sekitar 430 asam amino manusia). Sebagian besar DNA yang tersisa dalam gen
terdiri dari DNA nonkode yang membentang panjang yang mengganggu segmen DNA yang
relatif pendek yang mengkode protein. Urutan pengkodean disebut ekson; urutan intervensi
(noncoding) dalam gen disebut intron. Kebanyakan gen manusia terdiri dari sekumpulan panjang
ekson dan intron secara bergantian, dengan sebagian besar gen terdiri dari intron. Sebaliknya,
sebagian besar gen dari organisme dengan genom pendek tidak memiliki intron.

Gambar 5. Organisasi gen pada kromosom manusia. (A) Kromosom 22, salah satu kromosom manusia terkecil,
mengandung 48 x 106 pasangan nukleotida dan membentuk sekitar 1,5% dari seluruh genom manusia. Sebagian
besar lengan kiri kromosom 22 terdiri dari sekuens pendek berulang DNA yang dikemas dalam bentuk kromatin
(heterokromatin) yang sangat ringkas (B) Ekspansi sepuluh kali lipat dari bagian kromosom 22, dengan sekitar 40
gen diindikasikan. Yang berwarna merah adalah gen yang diprediksi. (C) Bagian yang diperluas dari (B)
menunjukkan seluruh panjang beberapa gen. (D) Susunan intron-ekson dari gen tipikal ditunjukkan setelah ekspansi

5
sepuluh kali lipat lebih lanjut. Setiap ekson (merah) mengkode sebagian protein, sedangkan urutan DNA intron
(abu-abu) relatif tidak penting.
Genom manusia (3,2 x 109 pasangan nukleotida) adalah totalitas informasi genetik yang
dimiliki spesies manusia. Hampir semua genom ini didistribusikan melalui 22 autosom dan 2
kromosom seks yang ditemukan dalam nukleus. Sebagian kecil dari genom manusia (16.569
pasangan nukleotida-dalam banyak salinan per sel) ditemukan dalam mitokondria. Istilah urutan
genom manusia mengacu pada urutan nukleotida lengkap DNA dalam 24 kromosom nukelus dan
mitokondria.

Gambar 4. Skala genom manusia. Jika digambar dengan ruang 1 mm antara masing-masing nukleotida, seperti
dalam gambar, genom manusia akan memanjang 3.200 km (sekitar 2.000 mil), cukup jauh untuk membentang
melintasi pusat Afrika.
Selain intron dan ekson, masing-masing gen dikaitkan dengan sekuens pengaturan DNA
yang bertanggung jawab untuk memastikan bahwa gen diaktifkan atau dinonaktifkan pada waktu
yang tepat, pada tingkat yang sesuai, dan hanya dalam jenis sel yang tepat. Studi komparatif
telah mengungkapkan tidak hanya bahwa manusia dan mamalia lain memiliki sebagian besar gen
yang sama, tetapi juga bahwa blok besar genom kita mengandung gen-gen ini dalam urutan yang
sama.
Untuk membentuk kromosom fungsional, sebuah molekul DNA harus mampu melakukan
lebih dari sekadar membawa gen: ia harus mampu mereplikasi, dan salinan yang direplikasi
harus dipisahkan dan secara andal menjadi sel anak di setiap pembelahan sel. Selama interphase,
kromosom direplikasi, dan selama mitosis mereka menjadi sangat kental dan kemudian
dipisahkan dan didistribusikan ke dua inti anak.

6
Gambar 5. Selama interfase, sel secara aktif mengekspresikan gennya dan karenanya mensintesis protein. Selama
interfase dan sebelum pembelahan sel, DNA direplikasi dan setiap kromosom diduplikasi untuk menghasilkan dua
kromosom anak yang berpasangan. Setelah replikasi DNA selesai, sel dapat memasuki fase M, ketika mitosis terjadi
dan inti dibagi menjadi dua inti anak. Selama tahap ini, kromosom mengembun, selaput nukleus rusak, dan spindel
mitosis terbentuk dari mikrotubulus dan protein lainnya. Kromosom mitosis yang terkondensasi ditangkap oleh
gelendong mitosis, dan satu set kromosom lengkap kemudian ditarik ke setiap ujung sel dengan memisahkan setiap
pasangan kromosom anak. Sebuah selaput nukleus terbentuk kembali di sekitar setiap set kromosom, dan pada
langkah terakhir fase M, sel membelah untuk menghasilkan dua sel anak, Sebagian besar waktu dalam siklus sel
dihabiskan dalam interfase.
Sebuah kromosom beroperasi sebagai unit struktural yang berbeda: untuk salinan yang
akan diteruskan ke setiap sel anak. Masing-masing kromosom harus dapat mereplikasi, dan
salinan yang baru direplikasi kemudian harus dipisahkan dan dipartisi dengan benar ke dalam
dua sel anak. Fungsi-fungsi dasar ini dikendalikan oleh tiga jenis urutan nukleotida khusus dalam
DNA, masing-masing mengikat protein spesifik yang memandu mesin yang mereplikasi dan
memisahkan kromosom.

Gambar 6. Setiap kromosom memiliki banyak asal replikasi, satu sentromer, dan dua telomere. Yang ditunjukkan di
sini adalah serangkaian peristiwa yang diikuti oleh kromosom yang khas selama siklus sel. DNA bereplikasi di sela-
sela, dimulai dari asal-usul replikasi dan melanjutkan dua arah dari asal-usul melintasi kromosom. Dalam fase M,
sentromer menempel kromosom duplikat ke gelendong mitosis sehingga satu salinan didistribusikan ke setiap sel

7
anak selama mitosis. Sentromer juga membantu menahan kromosom yang digandakan bersama-sama sampai siap
dipisah. Telomer membentuk caos khusus pada setiap ujung kromosom.
Kromosom pada umumnya didekondensasi selama interfase, sehingga detail strukturnya
sulit untuk divisualisasikan. Pengecualian penting adalah kromosom lampbrush khusus dari oosit
vertebrata dan kromosom polytene dalam sel sekretori serangga raksasa. Studi dari kedua jenis
kromosom interphase ini menunjukkan bahwa setiap molekul DNA panjang dalam kromosom
dibagi menjadi sejumlah besar domain diskrit yang diorganisasikan sebagai loop kromatin, setiap
loop mungkin terdiri dari serat kromatin 30 nm yang dipadatkan dengan pelipat lebih lanjut.
Ketika gen yang terkandung dalam satu lingkaran dinyatakan, lingkaran terbentang dan
memungkinkan akses mesin sel dengan DNA.
Sebagai serat 30-nm, kromosom manusia pada umumnya masih memiliki panjang 0,1 cm
dan dapat menjangkau nukleus lebih dari 100 kali. Organisasi kromosom sebagai contoh
digambarkan pada kromosom lampbrush. Lingkaran yang diberikan selalu mengandung urutan
DNA yang sama, dan itu tetap diperluas dengan cara yang sama dengan pertumbuhan oosit.

8
Gambar 7. Mode untuk struktur kromosom lampbrush. Himpunan kromosom lampbrush dalam banyak amfibi
mengandung total sekitar 10.000 loop kromatin, meskipun sebagian besar DNA dalam setiap kromosom sangat
terkondensasi dalam kromomer. Setiap loop berhubungan dengan urutan DNA tertentu. Empat salinan dari setiap
loop hadir di setiap sel, karena masing-masing dari dua unit utama yang ditunjukkan di bagian atas terdiri dari dua
kromosom yang baru saja direplikasi.

Gambar 8. Suatu metode untuk menentukan posisi loop pada kromosom interphase. Dalam teknik ini, yang dikenal
sebagai metode capture konformasi kromosom (3C), DNA binding protein diperlakukan dengan formaldehid
sehingga terbentuk hubungan silang. Terjadi pemotongan oleh nuclease restriksi. Kemudian DNA mengalami ligasi
sehingga menyebabkan ujung 5 dan 3 membentuk ikatan. Mengganti cross link oleh tretmen panas dan proteolysis.

Gambar 9. Sebuah model untuk organisasi kromosom interfase. Bagian dari kromosom interphase ditunjukkan
dilipat menjadi spesies domain melingkar, masing-masing berisi sekitar 50.000-200.000 pasangan nukleotida dari
DNA heliks ganda mengembun menjadi serat 30 nm. Kromatin pada masing-masing individu lebih lanjut
terkondensasi meskipun proses pelipatan kurang dipahami yang dibalik ketika sel membutuhkan akses langsung ke
DNA yang dikemas dalam loop.
Kromosom mitosis dibentuk dari chromatin dalam kondisi terkondensasi. Kondensasi
kromosom interphase menjadi kromosom mitosis dimulai pada fase M awal, dan itu terkait erat
dengan perkembangan siklus sel,

9
Gambar 10. Pengemasan Chromatin. Model ini menunjukkan beberapa tingkat pengemasan kromatin yang
dipostulatkan untuk menimbulkan kromosom mitosis yang sangat pekat.

Gambar 11. Protein eSMC dalam kondensin. (A) Elektron mikrograf dimer SMC yang dimurnikan. (B) Struktur
dimer SMC. Wilayah tengah yang panjang dari protein ini adalah koil-koil anti paralel dengan engsel fleksibel di
tengahnya. (C) Sebuah model untuk cara protein SMC dalam kondensin dapat memadatkan kromatin.

10
Gambar 12. Lokasi kondensinin terkondensasi kromosom mitosis.
Selama mitosis, ekspresi gen dimatikan dan semua kromosom mengadopsi konformasi
yang sangat kental dalam proses yang dimulai pada awal fase M untuk mengemas dua molekul
DNA dari masing-masing kromosom yang direplikasi sebagai dua kromatid yang terlipat secara
terpisah. Proses ini disertai dengan modifikasi histone yang memfasilitasi pengemasan kromatin.
Namun, penyelesaian yang memuaskan dari proses yang teratur ini, yang mengurangi jarak
ujung ke ujung dari setiap molekul DNA dari panjang interfase-nya dengan faktor tambahan
sepuluh, membutuhkan protein kondensor.

11
3. Nukleosom
(Gambar 4-22) ( Albert , 211)
Gambar 4-22 Nukleosom seperti
yang terlihat di mikroskop elektron. (A)
kromatin dipisahkan secara langsung dari
inti antarfase muncul dalam mikroskop
elektron setebal 30 meter. (B) mikrograf
elektron ini memperlihatkan panjang
kromatin yang telah dilepas, atau
didekomposisi, setelah isolasi untuk
menunjukkan nukleosomes
Gambar 4-22 A. menunjukkan sekumpulan kromatin sedangkan gambar B
menunjukkan 1 rantai kromatin yang memanjang terdiri dari manik-manik nukleosom
Gambar 4-23 Struktur organisasi nukleosom.
Nukleosom mengandung inti protein yang terbuat dari
delapan molekul histon. Dalam percobaan biochemicall,
partikel inti nukleosome dapat dilepaskan melalui proses
isolasi kromatin oleh pencernaan DNA linker dengan
nuklease. Setelah mengisolasi nucleolus a ke dalam inti
protein dan DNA, panjang DNA yang ada di sekitar
intinya dapat ditentukan. Panjangnya dari 147 pasangan
nukleotida cukup untuk membungkus 1,7 kali sekitar
histon.
Maka kromatin terdiri atas beberapa nukleosom
yang saling terikat oleh linker DNA. Nukleosom terdiri
dari 4 pasang histon yaitu histon H2A, H2B,H3 dan H4

12
 Gambar 4-24 struktur partikel inti nukleosome, yang ditentukan oleh difus x-ray analisa
kristal. Setiap histon berwarna sesuai dengan skema 4-23, dengan helix ganda DNA berwarna
abu-abu terang

Gambar 4-25 struktur keseluruhan dari Histon. (A) setiap histon mengandung ekor yang
berterminal n, yang dapat dikendalikan oleh beberapa bentuk modifikasi kovalen, dan bagian
lipatan histonnya, sebagaimana ditunjukkan. (B) struktur lipatan histon yang dibentuk oleh
keempat inti. (C) Histon 2A dan 2B membentuk gradasi melalui interaksi yang dikenal sebagai
"jabat tangan." Histon H3 dan H4 membentuk dimer melalui jenis interaksi yang sama.

13
 Gambar 4-26 perakitan histone octamer pada DNA. Histone H3-H4 dimer dan H2A-H2B
dimer dibentuk dari interaksi jabat tangan. Bentuk tetramer H3-H4 dan mengikat DNA. Dua
dimers H2A-H2B kemudian ditambahkan, untuk membentuk nukleosom.

14
 Gambar 4-30 Penghapusan nukleosom dan pertukaran histone dikatalisis oleh kompleks
remodeling kromatin yang bergantung pada ATP. Dengan bekerja sama dengan pendamping
histon spesifik, beberapa kompleks remodeling kromatin dapat menghilangkan dimer H2A-H2B
dari nukleosom (serangkaian reaksi teratas) dan menggantinya dengan dimer yang mengandung
varian histone, seperti dimer H2AZ-H2B.

4. Genom
Gen membawa informasi biologis yang harus disalin secara akurat untuk transmisi ke
generasi berikutnya setiap kali sel membelah untuk membentuk dua sel anak. Kumpulan
informasi lengkap dalam DNA organisme disebut genomnya, dan membawa informasi untuk
semua protein dan molekul RNA yang akan disintesis organisme. (Istilah genom juga digunakan
untuk menggambarkan DNA yang membawa informasi ini) Jumlah informasi yang terkandung
dalam genom sangat mengejutkan: misalnya, sel diploid manusia yang khas mengandung 2
meter DNA helix ganda.
Gambar 4-75 Pohon filogenetik yang
menunjukkan hubungan antara manusia dan kera
besar berdasarkan data urutan nukleotida , Seperti
ditunjukkan, urutan genom keempat
spesies diperkirakan berbeda dari urutan genom
leluhur mereka.

15
 Gambar 4-82 Perbandingan urutan genom gen manusia dan Fugu yang mengkode
perburuan protein. Kedua gen (ditunjukkan dengan warna merah) mengandung 67 ekson pendek
yang sejajar dalam korespondensi 1: 1 satu sama lain; ini ekson dihubungkan dengan garis
melengkung

16
B. PEMBELAHAN SEL DAN KANKER
1. Pembelahan Sel

Siklus Sel adalah serangkaian urutan

menuju replikasi sel
Gambar 21-1, siklus sel dibagi menjadi
empat fase utama. Dalam (mereplikasi)sel
somatik, sel mensintesis RNA dan protein
selama G1 fase, persiapan untuk sintesis DNA
dan replikasi kromosom selama itu S fase
(sintesis). kemudian melalui G2 fase, sel
memulai proses mitosis yang rumit, juga
disebut fase M (mitosis).
Gambar 21-1 Ringkasan peristiwa
siklus sel dalam eukariotik. Dalam sel yang
berkembang biak, G1 adalah periode antara "kelahiran" sel berikut mitosis dan inisiasi sintesis
DNA, yang menandai awal fase S. Pada akhir fase S, kromosom yang direplikasi terdiri dari dua
DNA saudara molekul dan protein kromosom yang terkait. Masing-masing molekul DNA anak
perempuan individual dan yang terkait protein kromosom (tidak diperlihatkan) disebut
chromatid saudara. Akhir dari G2 ditandai dengan timbulnya mitosis, di mana gelendong
mitosis (garis merah) terbentuk dan menarik saudara perempuan yang terpisah kromatid, diikuti
oleh pembelahan sitoplasma (sitokinesis) untuk menghasilkan dua sel anak. G1, S, dan G fase
disebut sebagai interfase, periode antara satu mitosis dan selanjutnya.
Siklus sel eukariotik dibagi menjadi empat fase: M (mitosis), G1 (periode antara mitosis
dan inisiasi replikasi DNA nuklir), S (periode DNA nuklir replikasi), dan G2 (periode antara
selesainya replikasi dan mitosis DNA nuklir)

17
 Gambar 21-2 Tinjauan umum untuk proses regulasi siklus sel eukariotik.
1. Proses awal DNA replikasi yang terdapat dalam tubuh
2. Fase G1, Cyclin-CDK inaktif Cdh1. Cyclin-CDK merupakan enzim
3. Fase G1, Cyclin-CDK aktif mengekspresikan menuju fase S
4. Fase S terdapat inhibitor. Inhibitor menahan proses sehingga belum aktif untuk melakukan
proses sintesis.
5. Kemudian terdapat SCF untuk mendegradasi inhibitor sehingga fase S aktif
6. Fase S , Cyclin CDK aktif dan terjadi replikasi DNA kemudian Cyclin CDK mengaktifkan
pre replikasi.
7. Fase Mitotik yaitu profase, metafase, anaphase.
8. Untuk masuk ke tahan anaphase dibutuhkan APC-Cdc20 atau proteasome degrades securin.
Securin yaitu protein yang berfungsi dalam proses berpasangan antar kromosom. Ketika
securing di degradasi maka kromosom akan berpisah.
9. Mitotic cyclin di degradasi oleh APC-Cdh1 tidak terjadi pembelahan lagi sehingga akan
terpisah menjadi telafase

18
 Masing-masing tahap memiliki Check point yaitu
1. Fase G, DNA prereplikasi
2. Fase S, degradasi dari Cyclin-CDK yang dilakukan oleh SCF.

19
20