Analisis Kritis Artikel

Identitas
Kelompok :1
Nama Anggota/NIM : 1. Lucy Nafis/ 190342621225
2. Siti Nurazizah/ 190342621307
3. Yulia Dewi Wulandari/ 190342621201
Offering :I

A. Topik
Crossing Over
B. Referensi
a. Artikel Utama
Hemmer, W. L., & Blumenstiel, P. 2016. Holding it Together: Rapid Evolution and
Positive Selection in the Synaptonemal Complex of Drosophila. BMC
Evolutionary Biology, 16:91. DOI: 10.1186/s12862-016-0670-8.
b. Artikel Penunjang
Manheim, A. E., & McKim, S. K. 2003. The Synaptomal Complex Component
C(2)M Regulates Meiotic Crossing over in Drosophila. Current Biology,
Vol. 13, 276-285. DOI: 10.1016/S0960-9822(03)00050-2.
Anderson, K. L., Royer, M. S., Page, L. S., McKim, S. K., Lai, A., Lilly, A. M., &
Hawley, S. R. 2005. Juxtaposition of C(2)M and the Transverse Filament
Protein C(3)G within the Central Region of Drosophila synaptonemal
complex. PNAS 102 (12) 4482-4487. DOI: 10.1073/pnas.0500172101.

C. Tujuan Penelitian
Tujuan dari penelitian artikel utama adalah:
 Untuk melakukan analisis evolusi molekuler dari protein SC di Drosophila untuk
menentukan kekuatan apa yang mungkin mendorong laju evolusi protein ini.
 Untuk menguji hipotesis nol bahwa divergensi dalam protein SC secara efektif
netral.
 Untuk menguji hipotesis bahwa pola evolusi molekuler pada komponen SC seragam
di seluruh genus.
D. Metode Penelitian
Metode dari penelitian artikel utama ialah dengan menggunakan beberapa tahap: (1)
pencarian ortholog, (2) pengambilan urutan, (3) perataan urutan dan Drosophila filogeni,
(4) analisis evolusi molekuler, dan (5) tes netralis menggunakan polimorfisme dan
divergensi.

E. Konsep yang Dipelajari dari Artikel

No Konsep
1. Synaptonemal complex (SC) merupakan struktur meiosis yang berguna untuk
berpasangan homolog dan memfasilitasi rekombinasi meiosis.
2. SC terdiri dari tiga bagian utama: elemen lateral (LE), filamen transversal (TF) dan
elemen sentral (CE).
3. ORD yang melokalkan arm kromosom selama profase I dan diperlukan untuk
segregasi kromosom, serta C(2)M yang merupakan komponen dari LE yang
bertanggung jawab atas formasi inti kromosom.
4. C(3)G diketahui satu-satunya protein TF Drosophila yang berbentuk bulat N-
domain terminal dan internal coiled-coil sentral domain.
5. Hanya C(2)M dan ord orthologs yang dapat diidentifikasi di semua spesies
Drosophila. Sedangkan, tiga komponen SC yang tersisa, C(3)G, corolla, dan cona,
dapat diidentifikasi di semua spesies Drosophila.
6. Ada hubungan yang jelas antara posisi di dalam SC dan ω di SC . Estimasi ω
meningkat sesuai posisi dalam SC: komponen elemen lateral, berkembang paling
lambat, komponen sentral elemen berkembang paling cepat, dan filamen transversal
berkembang dalam rentang sedang.
7. Laju evolusi komponen SC sangat bervariasi. Angka-angka pada cabang
menunjukkan kemungkinan posterior bahwa suatu gen telah berevolusi menjadi
seleksi positif di sepanjang cabang tertentu.
8. SC sebagai struktur yang dilestarikan diperlukan untuk kesuburan.
9. C(2)M memiliki peran dalam kohesi kromatid saudara.
10. Mutan C(2)M mempengaruhi distribusi persilangan yang diinduksi secara eksogen
dan juga secara endogen.
11. Protein C(2)M yang berlebih mampu mengikat kromosom dan merangsang
akumulasi C(3)G.
 12. C(2)M adalah komponen struktur yang dapat terbentuk tanpa adanya sinapsis
homolog.
13. Mutasi dalam C(3)G menghilangkan baik pembentukan SC dan rekombinasi
meiosis.
14. Lokalisasi termini N dan C dari C(3)G menjangkau daerah pusat antara CE dan LE.

F. Kelebihan dan Kekurangan Artikel

Kelebihan
1. Pada artikel utama menampilkan struktur SC yang jelas beserta komponen-
komponenya yang didukung oleh gambar.
2. Pada artikel utama bukti evolusi komponen SC didukung oleh analisis cabang GA dan
pohon filogenik.
3. Pada artikel utama dijelaskan secara rinci mengenai perkembangan SC yang
dipengaruhi oleh posisi didukung oleh program penyelarasan yang bervariasi
(MAFFT, MUSCLE, dan PRANK).
4. Pada artikel utama, penjelasan mengenai penyimpangan dari netralitas pada garis
keturunan Drosophila lengkap disertai Tes McDonald-Kreitmen (MKT) untuk
mendeteksinya.

Kekurangan
1. Pada artikel utama tidak dijelaskan mengenai bukti yang jelas bahwa C(2)M adalah
komponen kompleks synaptonemal (SC), seperti pada artikel penunjang dengan
melakukan eksperimen kolokalisasi dengan antibodi terhadap C(3)G, dan
menghasilkan bahwa sebagian besar pewarnaan C(2)M dikolokalisasi dengan C(3)G,
menunjukkan bahwa C(2)M juga merupakan komponen SC.
2. Pada artikel utama tidak dijelaskan secara rinci hubungan antara C(2)M dengan
C(3)G, seperti pada artikel penunjang bahwa ekspresi C(2)M yang berlebih dapat
mendorong akumulasi C(3)G.
3. Pada artikel utama tidak dijelaskan pengaruh kerusakan C(2)M terhadap distribusi
persilangan dan pengaruh kerusakan C(3)G terhadap pembentukan SC, seperti pada
artikel penunjang yang menemukan tingkat penyilangan yang relatif tinggi pada
mutan C(2)M.
 4. Pada artikel utama tidak dijelaskan pengaruh kerusakan C(3)G, seperti pada artikel
penunjang yang mengungkapkan bahwa mutasi dalam C(3)G menghilangkan
pembentukan Sc dan rekombinasi meiosis.

G. Pertanyaan dan Jawaban

1. Apa yang dimaksud dengan SC dan bagaimana proses perakitannya?
Jawab:
Kompleks synaptonemal atau SC adalah perancah khusus meiosis yang
menghubungkan kromosom homolog dari ujung ke ujung selama profase meiosis
dan diperlukan untuk pembentukan persilangan meiosis. Perakitan komponen SC
diatur oleh kombinasi protein nonstruktural terkait dan modifikasi pasca-translasi,
seperti SUMOylation yang bersama-sama mengoordinasikan waktu antara pasangan
kromosom homolog, pembentukan untai ganda, dan rekombinasi.selain itu,
mekanisme control transkripsi dan translasi memastikan pembongkaran SC tepat
waktu setelah resolusi crossover dan sebelum segregasi kromosom pada anafase I.

2. Mengapa SC sangat dibutuhkan pada betina Drosophila?

Jawab:
SC diperlukan untuk pertukaran meiosis pada betina Drosophila. Di Drosophila
mutan c(3)G (penekan crossover pada 3Gowen) pada dasarnya menghilangkan
pertukaran meiosis, pertukaran intragenic, dan konversi gen. tingginya tingkat
nondisjungsi meiosis disebabkan oleh kurangnya petukaran. Meskipun SC
berkumpul di sepanjang bivalen pada betina Drosophila wild-type, studi EM
ovarium betina mutan c(3)G mengungkapkan tidak adanya SC dalam mutan c(3)G.
salah satu hipotesis untuk peranan c(3)G adalah sebagai komponen structural SC.
c(3)G mengkodekan komponen SC, kemungkinan filamen transversal (TF).

3. Bagaimanakh identifikasi dari gen c(3)G?

Jawab:
Gen c(3)G dipetakan ke interval 17-kb di wilayah 89A2-5 oleh P. Szauter. Beberapa
transkrip dari wilayah ini diidentifikasi dengan tag urutan yang diekspresikan dari
proyek genom Drosophila Berkeley. Sebuah konstruksi penyelamatan, P{X203}
yang berisi 8 kb DNA genom dari interval ini diamasukkan ke dalam genom
Drosophila dengan transformasi elemen P. meskipun pertukaran dalam homozigot
 c(3)G68 hampir dihilangkan , dengan adanya transgen P{X203}, pertukaran
dikembalikan ke tingkat yang sedikit lebih tinggi daripada tipe liar. Kemampuan
P{X203} menyelamatkan fenotip c(3)G menunjukkan bahwa gen c(3)G terdapat
dalam bentuk konstruktransgen 8 kb. Dalam analisis sekuens, tiga unit transkripsi
lengkap dan dua unit transkripsi parsial diperkirakan ada dalam 8 kb yang dicakup
oleh P{X203}. Gen utuh termasuk gen yang diperkirakan akan menyandikan protein
uroporfirin-III-C-metiltransferase (CG9589), gen yang mengandung homologi
menjadi asilfosfatase (CG18505) dan unit transkripsi yang diprediksi akan
menyandikan protein dengan daerah kumparan melingkar yang besar (CG17604).
P{X203} juga membawa ujung 3’ dari sebuah gen (CG9590) tanpa 5’ daerah
promotor mengapitnya dan gen yang terpotong di awal transkripsi (CG4699).

4. Kapankah waktu lokalisasi c(3)G ke kromosom?

Jawab:
Untuk lebih mengkarakterisasi sel-sel di mana c(3)G muncul, lokalisasi c(3)G
dibandingkan dengan protein Drosophila Orb. Orb adalah protein pengikat RNA
yang diekspresikan dalam pola kompleks dalam sel germ-line selama oogenesis.
Protein pertama kali terdeteksi di sitoplasma semua sel dalam krista 16 sel yang
memasuki wilayah 2a germarium, dan terakumulasi dalam sitoplasma oosit pada
kista yang lebih tua. Coimmunostaining untuk c(3)G dan protein Orb menunjukkan
bahwa c(3)G pertama kali muncul pada waktu yang hampir bersamaan dengan
protein Orb menjadi terlihat di sitoplasma sel krista lini germinal, tetapi sebelum
Orb terkonsentrasi di oosit. Meskipun Orb dapat dilihat dari semua 16 sel pada krista
krista germ—line 16 sel awal, pewarnaan c(3)G biasanya ada di 4 sel. Pada
Drosophila pembentukan SC biasanya terjadi pada empat sel krista germ-line dua sel
kanal empat cincin dan dua sel kanal tiga cincin. Biasanya, dua sel yang berdekatan
mewarnai lebih cerah dengan anti c(3)G.

H. Refleksi
- Setelah kami membaca artikel mengenai crossing over yang lebih tepatnya
membahas mengenai adanya evolusi dan seleksi positif dalam kompleks sinaptonema
(SC) dari Drosophila. Kompleks sinaptonema sendiri merupakan sturktur yang
terbentuk dari meiosis yang terkonservasi dan berfungsi untuk memasangkan
 homolog dan memfasilitasi rekombinasi dari meiosis di sebagian besar eukariota. SC
terdiri dari tiga bagian utama pada kebanyakan eukariota: elemen lateral (LE),
filamen transversal (TFs) dan elemen sentral (CE).
- Pada pengamatan yang dilakukan diartikel tersebut juga kita dapat mengetahui bahwa
adanya mekanisme lain dapat memastikan segresi kromosom yang tepat tanpa adanya
SC. Meskipun memiliki struktural konservasi yang kuat disemua eukariota, tetapi
protein yang menyusun SC sendiri bentuknya sangat bervariasi.
- Beberapa protein SC telah diidentifikasi dan dikarakterisasi dari Drosophila
melanogaster dan lima protein tersebut dimasukkan dalam penelitian ini.
- Penelitian ini juga bertujuan untuk melakukan analisis secara molekuler dari protein
SC yang berada di Drosophila melanogaster untuk menentukan faktor apa yang
mungkin mendorong laju evolusi yang tinggi dari protein tersebut dan bertujuan
untuk menguji hipotesis bahwa pada evolusi molekuler dalam komponen SC seragam
di seluruh genus.