ANALISIS KRITIS ARTIKEL

Kelompok :1
Nama Anggota/ NIM :
1. Lucy Nafis (190342621225)
2. Siti Nurazizah (190342621307)
3. Yulia Dewi Wulandari (190342621201)
Offering :I

A. Topik
Interaksi Lethal pada Drosophila melanogaster

B. Referensi
a. Artikel Utama
Yu, Xiaomeng M., et al. 2013. Plum, an Immunoglobulin Superfamily Protein, Regulates
Axon Pruning by Fcilitating TGF-β Signaling. Neuron, 75: 456-468. DOI:
http://dx.doi.org/10.1016/j.neuron.2013.03.004.

b. Artikel Penunjang
Vanderhaeghen, Pierre & Hwai-Jong Cheng. Guidance Molecules in Axon Pruning and
Cell Death. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. DOI:
10.1101/cshperspect.a001859.

Cusack, Corey L., et al. 2013. Distnct Pathways Mediate Axon Degeneration During
Apoptosis and Axon-Specific Pruning. Nature Communications, 4, 1876. DOI:
10.1038/ncomms2910.

C. Tujuan Penilitian
Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi Plum, protein ummunoglobulin
superfamily (IgSF) yang berfungsi pada permukaan sel neuron MB γ dan secara otonom
diperlukan untuk pemangkasan dengan mengatur ekspresi EcR-BI.

D. Metode Penelitian
- MARCM-Basd Forward Genetic Screen
Menggunakan ethyl methane sulfonate (EMS) untuk mutagenisasi lalat jantan yang
membawa FRT2A dan FRT82B yang merupakan tempat rekombinasi yang dimediasi
FLP di lengan kiri dan kanan kromosom ketiga.

- Generation and Imaging MARCM Clones

Neuroblast MB MARCM atau klon sel tunggal yang dihasilkan oleh kejutan panas
larva yang baru menetas. Otak dipasang di Slowfade sedangkan larva yang akan diuji
NMJ dipasang di Vectashield.
 - Genetic Mapping of Plum
Pemetaan genetic untuk gen penyebab di EMS4-39 dilakukan menggunakan pemetaan
rekombinasi berbasis SNP. Pemetaan ini mempersempit daerah yang dicurigai
menjadi lokasi sitologi antara 97A10 dan 97C5.

- Cloning Plum
Dilakukan amplifikasi cepat ujung cDNA (RACE) 5’ menggunakan Invitrogen Gene
Racer Kit. Diperoleh RNA lengkap plum dan menemukan dua akson hulu tambahan
yang mengkode protein mengandung peptide sinyal.

- Neuromuscular Ectopic Projection Analysis

Selama pencitraan, saluran HRP ditingkatkan secara artifisial untuk mengungkapkan
pewarnaan latar belakang tingkat rendah otot-otot yang medasarinya

- Immunofluorescence Antibody Conditions

Kondisi antibody yang digunakan; tikus monoclonal anti-tikus CD8 α subunit; kelinci
poliklonal anti HA (ab9110); tikus monoclonal anti-HA (12CA5); antibody tikus
monoclonal anti-Flag M2 (F1804), dan lain-lain.

E. Konsep yang Dipelajari dari Artikel

No. Konsep yang Dipelajari

1. Plum adalah Immunoglobulin superfamily protein yang diperlukan untuk pemangkasan
akson.

2. Melalui visualisasi neuron MB γ dihasilkan klon neuroblast yang mengekspresikan ikan

membrane GFP yang digerakkan oleh driver 201Y-GAL4 yang diekspresikan dalam
neuron γ selama larva dan awal tahap kepompong

3. Ditemukan mutan EMS4-39 yang menyebabkan beberapa kecacatan pemangkasan. Pada

otak Wild Type (WT), cabang γ akson dorsal dan medial serta dendrit sepenuhnya
dipangkas pada 18 jam setelah pembentukan puparium

4. Melalui penggabungan SNP dan pemetaan defisiensi, diidentifikasi mutasi EMS4-39

sebagai mutasi nonsense dalam gen CG6490. Gen ini dinamakan plum karena neuron γ
mutan tidak “terpangkas”

5. Plum mengkode protein transmembrane, immunoglobulin superfamily (IgSF) protein.

Ada empat domain Ig, satu domain fibronectin III (FNIII) yang diprediksi oleh
algoritma SMART dan 4 domain diduga tambahan FNIII

6. Defeksi pada SCCs diakibatan oleg kurangnya protein plum dalam neuron γ postmitotic
Melalui percobaan pemulihan, menggunakan driver dalam MB uang hanya
diekspresikan dalam postmitotic neuron (201Y-GAL4) yang mendorong ekspresi
 PlumWT pada klon neuroblast mutan. Pada percobaan ini menunjukkan bahwa Plum
berfungsi secara otonom dalam neuron γ postmitotic untuk mendorong pemangkasan
akson

7. Protein Ig terlibat dalam berbagai langkah perkembangan otak, termasuk migrasi

neuronal, pencarian jalur akson, pengenalan target, pembentukan sinaps, dan
pemeliharaan dan fungsi jaringan saraf dewasa. Protein IgSF memediasi interaksi sel-
sel melalui domain Ig dan FNIII

8. Domain Ig 1-3 tidak diperlukan dalam pemangkasan neuron. Delesi keempat domain Ig
(Plum∆Ig1-4) sebagian mengurangi kemampuan penyelamatan transgen. Penghapusan
domain ini mengakibatkan beberapa perubahan pada ekspresi dan lokalisasi

9. Ekspresi plum mempromosikan agregasi sel 2. Namun, interaksi trans homofilik yang
dimediasi plum membutuhkan domain Ig 1-3 yang tidak diperlukan secara in vivo
untuk mendorong pemangkasan. Plum kemungkinan berinteraksi dengan ligan
heterofilik untuk mengatur pemangkasan akson neuron MB γ

10. Plum∆1 lalat homozigot mengekspresikasn plum transgen dengan atau tanpa domain
sitoplasmik di bawah control promoternya menggunakan kombinan bacterial artificial
chromosome (BAC) dihasilkan bahwa kedua transgen BAC (Plum BAC∆Cyt dan
PlumBAC-GFP:HA) menyelamatkan fenotip mutan dari klon neuroblast plum dengan
cara yang sama menandakan bahwa sitoplasma tidak diperlukan untuk pemangkasan

11. Rseptor hormone steroid EcR-B1 adalah inisiator utama pemangkasan akson yang
ekspresinya diatur oleh berbagai mekanisme. Plum juga diperlukan untuk ekspresi EcR-
B1. Ekspresi EcR-B1 tidak ada dalam klon neuron plum ∆1 MARCM γ neuron. Ekspresi
transgenic PlumWT atau Plum∆Cyt dalam klon MARCM mutan Plum∆1 mengembalikan
ekspresi EcR-B1

12. Protein permukaan sel yang terlibat dalam pemangkasan MB adalah TGF-β reseptor,
Babo (Reseptor tipe I), dan Wishful thinking (Wit) dan Punt (Reseptor Tipe II) bersama
mereka mengatur ekspresi EcR-B1 sebelum pemangkasan akson

13. Ekpresi berlebih glia dari Myo ditekan pada mutan plum homozigot menunjukkan
bahwa plum endorgen diperlukan untuk mentransduksi sinyal turunan Myo yang
menyebabkan kematian

14. Plum mengatur proyeksi motoneuron ektopik di NMJ melalui EcR-B1. Plum bertindak
dalam neuron untuk mengatur konektivitas normal karena memulihkan ekspresi plum
neuronal (tetapi bukan otot atau glia) dalam latar belakang Plum∆2 cukup untuk
mengembalikan hemisegmen dengan koneksi ektopik ke tingkat WT

15. Reseptor TGF-β Babo dan Ecdysone reseptor EcR-B1 berfungsi pada NMJ dalam
 mengatur sinaps pertumbuhan dan pembongkaran sinaps selama metamorphosis.

F. Kelebihan dan Kekurangan Artikel

a. Kelebihan
- Pada artikel utama memaparkan materi dengan menggunakan sub-sub bahasan
sehingga mudah untuk dipahami

- Bahasa yang digunakan tidak berbelit dan langsung ke poin bahasan sehingga
pemahaman antar sub bahasan tidak terputus atau antar sub bahasan saling sinkron

- Selain menggunakan pemaparan dalam bentuk sub, keterangan gambar dan gambar
yang dipaparkan memudahkan pemahaman. Gambar yang dicantumkan juga telah
rinci

- Pada setiap bahasan dicantumkan teknik yang digunakan untuk memperoleh hasil
percobaan. Tidak hanya itu, penulis telah memaparkan gen-gen terkait dengan rinci.
Sumber rujukan yang digunakan sudah cukup banyak.

- Artikel penunjang menjelaskan bahwa mekanisme degenerasi axon pada Body

Mushroom Drosophila memiliki paralelitas pada degenerasi mamalia.

b. Kekurangan
- Metode dalam artikel dipaparkan pada bagian akhir artikel, sehingga menurut kami
hal ini kurang runtut. Letak metode seharusnya terletak setelah pengantar dan
sebelum hasil atau result.

- Bahasan mengenai letalitas akibat overekspresi glial dari Myo hanya dibahas dalam
sedikit bagian pada sub “Plum Interacts Gebetically with the TGF-β Ligand
Myoglianin”

- Pembahasan Wit dan Punt hanya sekedar pada kemiripan reaksi keduanya dan tidak
dibahas secara detail lagi

- Artikel penunjang 1 tidak memaparkan gambar hasil percobaan