Dr.

Aiyi Asnawi-2021

MEKANIKA MOLEKUL
 Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler
Teknik Pemodelan Molekuler adalah Komponen Penting dalam Menentukan
Struktur Protein dengan NMR:
• Struktur protein dihitung dengan menambah fungsi pemodelan tradisional dengan data
NMR eksperimental
Pemodelan Molekuler / Mekanika Molekuler adalah metode untuk menghitung struktur dan
energi molekul berdasarkan gerakan inti..
• elektron tidak dipertimbangkan secara eksplisit
• akan diperoleh distribusi optimal setelah posisi inti diketahui
•Pendekatan Born-Oppenheimer dari persamaan Shrödinger
• inti lebih berat dan bergerak lebih lambat dari elektron
➢ gerakan nuklir (getaran, rotasi) dapat dipelajari secara terpisah

➢ elektron bergerak cukup cepat untuk menyesuaikan dengan gerakan inti apa pun

pemodelan molekul memperlakukan molekul sebagai kumpulan

bola yang dihubungkan dengan pegas, di mana bola mewakili
inti dan pegas mewakili ikatan.
 Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler
Medan Gaya digunakan untuk menghitung energi dan geometri suatu molekul.

•Kumpulan jenis atom (untuk menentukan atom dalam molekul), parameter (untuk panjang
ikatan, sudut ikatan, dll.) Dan persamaan (untuk menghitung energi suatu molekul)
•Dalam medan gaya, atom tertentu mungkin memiliki beberapa jenis atom..
➢Misalnya, fenilalanin mengandung karbon hibridisasi sp3 dan karbon aromatik.

➢ Karbon hibrid sp3 memiliki geometri ikatan tetrahedral

➢ karbon aromatik memiliki geometri ikatan trigonal.

➢ Ikatan C-C dalam gugus etil berbeda dengan ikatan C-C dalam cincin fenil

➢ Ikatan C-C antara cincin fenil dan gugus etil berbeda dari semua ikatan C-C

lainnya dalam etilbenzena. Medan gaya terdiri dari berbagai parameter dari berbagai
ikatan
Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler

Medan Gaya digunakan untuk menghitung energi dan geometri suatu molekul.

•Energi total suatu molekul dibagi menjadi beberapa bagian yang disebut potensial gaya, atau
persamaan energi potensial.
•Potensial gaya dihitung secara independen, dan dijumlahkan untuk menghasilkan energi total
molekul..
•Contoh potensial gaya adalah persamaan energi yang terkait dengan peregangan ikatan,
tekukan ikatan, regangan torsi, dan interaksi van der Waals.
➢ Persamaan ini menentukan permukaan energi potensial suatu molekul.
Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler
Persamaan Energi Potensial (Panjang Ikatan)
Setiap kali ikatan dikompresi atau diregangkan, energinyab akan naik.
•Potensial energi untuk peregangan dan kompresi ikatan dijelaskan dengan persamaan
yang mirip dengan hukum Hooke untuk pegas.
•Melibatkan dua atom.

Melibatkan semua ikatan dalam struktur

lo – expected/natural bond length

From what we know about protein structures →
kl – force constant
what we have been discussing up to this point
l – actual/observed bond length
From the structure
Plot of Potential
Energy Function
for Bond Length
Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler
Persamaan Energi Potensial (Sudut)
• Saat sudut ikatan dibengkokkan dari norma, energinya naik.
• Melibatkan atom.
•

Melibatkan semua sudut ikatan dalam struktur

From what we know about protein structures →

fo – expected/natural bond angle what we have been discussing up to this point
kf – force constant
From the structure
f – actual/observed bond angle

Plot of Potential
Energy Function
for Bond Angle
Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler
Persamaan Energi Potensial (Dihedral Tidak Tepat)
• Karena dihedral yang tidak tepat dibengkokkan dari norma, energinya naik.
• Jumlahkan lebih dari empat atom.
•

Sum over all improper

dihedrals in the structure

wo – expected improper dihedral (usually set to 0o)

kw – force constant
w – actual/observed improper dihedral

Plot of Potential
Energy Function
for Improper
Dihedrals (wo = 0)
Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler
Persamaan Energi Potensial (Sudut Dihedral)
• Saat sudut dihedral dibengkokkan dari norma, energinya naik.
• Potensial torsi adalah rangkaian Fourier yang menyumbang semua 1-4 melalui ikatan
• Melibatkan empat atom.

Sum over all

dihedrals in the structure

… Fourier Series

fo – expected improper dihedral

An – force constant for each Fourier term
f – actual/observed improper dihedral Plot of Potential
Energy Function
n – multiplicity (same parameter seen in the XPLOR constraint file) for Dihedrals

Multiple minima
Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler
Persamaan Energi Potensial (Sudut Dihedral)
• Perlu menyertakan suku-suku yang lebih tinggi dari ikatan non-simetris
⧫ Bedakan trans, konformasi goyang

Different multiplicities identify which

torsion angles are energetically equivalent

For c1, 60, -60 & 180 are all equivalent

and should yield 0 torsion energy
Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler
Persamaan Energi Potensial (Interaksi tidak terikat)
• Interaksi van der waals
⧫ Bertindak hanya pada jarak yang sangat pendek

⧫ Interaksi yang muncul oleh dipol yang diinduksi antara atom

yang tidak bermuatan ~ r6

⧫ Ketika atom terlalu dekat, kulit valensi mulai tumpang

tindih dan menolak ~ r12

Van der Waals potential energy function

Than becomes
repulsive

Interaction first
attractive
Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler

Persamaan Energi Potensial (Interaksi tidak terikat)

• interaksi elektrostatis
⧫ Interaksi elektrostatis dari atom bermuatan

⧫ Gaya dipengaruhi jarak

⧫ Hukum Coulomb

Coulomb’s Law

Positive interaction that

Negative interaction if of inversely increases
the same charge distance
 Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler
Persamaan Energi Potensial (Interaksi tidak terikat)
• interaksi elektrostatis
⧫ Permasalahan → mendefinisikan konstanta dielektrik (e)

⧫ konstanta dielektrik berbeda dalam pelarut dan interior

protein
➢ eprotein ~ 2-4

➢ esolvent ~80

⧫ Untuk kalkulasi protein menggunakan batasan NMR,

biasanya matikan elektrostatis

➢ Bagaimana cara mendefinisikan pelarut, buffer, garam,

dll dengan benar?

➢ Dapat secara eksplisit mendefinisikan pelarut →

meningkatkan kompleksitas perhitungan.

➢Dengan elektrostatik mati selama perhitungan struktur,

dapat menggunakan perhitungan energi potensial setelah

fakta untuk menentukan kualitas struktur NMR
 Pengantar Teknik Pemodelan Molekuler
Persamaan Energi Potensial (Interaksi tidak terikat)
• interaksi elektrostatis
⧫ Permasalahan → mendefinisikan konstanta dielektrik (e)
1) Jangan menggunakan energi potensial elektrostatis
selama kalkulasi struktur
2) Gunakan konstanta dielektrik tunggal
➢ eprotein ~ 2-4; esolvent ~80
3) Gunakan pelarut eksplisit dalam kalkulasi struktur
➢ Peningkatan kualitas struktur
➢ Peningkatan waktu komputasi
➢ Mendefinisikan pelarut dengan benar
➢ Mendefinisikan perilaku medan
gaya dengan benar dalam pelarut

PROTEINS: Structure, Function, and Genetics 50:496–506 (2003)

 EXAMPLE OF THE USE OF MM

The main application of MM method :

❖ To calculate geometries and energies of polymers
(mainly proteins and nucleic acids)
❖ To generate the potential energy function for
molecular dynamic calculations
❖ As an aid to organic synthesis
 STRENGTH AND WEAKNESS OF MM

Strength :
- Fast
- modest computer requirement
- can supply reasonable geometries for semiempiris, ab
initio, of DFT calculation

Weakness :
- Not so accurate compare to other method (semiempiris,
ab initio or DFT)
- Can’t provide information about the shapes and energies
of molecular orbital nor related phenomena such as
electronic spectra
 LIMITATION OF MM

➢ Can’t be used to a study processes that include cleavage of

covalent bonds such as chemical reactions, protonation states
etc.
➢ Can’t be used to study properties dependent on electron
distribution such as spectroscopic data
➢ Problem with geometry containing metal atoms.
➢ Has limited precision, significantly lower than QM calculations
➢ Empirical parameters must be obtained before the method can
be used → requires parameterization