Isolasi mikroba adalah proses pemisahan mikroba dari medium atau lingkungannya di alam dan menumbuhkannya dalam medium buatan sehingga diperoleh kultur murni atau biakan murni. Mikroorganisme pada suatu lingkungan alami merupakan populasi campuran dari berbagai jenis, baik mikroorganisme pada tanah, air, udara, makanan, maupun yang terdapat pada tubuh hewan maupun tumbuhan. Isolas mikroba diperlukan untuk mengetahui jenis, mempelajari kultural, morfologi, fisiologi, dan karakteristik. Mikroba sangat jarang terdapat di alam dalam keadaan murni. Kebanyakan merupakan campuran bermacam-macam spesies mikroba. Macam-macam cara mengisolasi dan menanam mikrobia adalah : 1). Spread plate method (cara tebar/sebar), 2). Streak platemethod (cara gores), 3). Pour plate method (cara tabur).
2. Teknik Isolasi Mikroba
a) Spread Plate Method (Tebar/Sebar) Teknik spread plate merupakan teknik isolasi mikroba dengan cara menginokulasi kultur mikroba secara pulasan/sebaran di permukaan media agar yang telah memadat. Metode ini dilakukan dengan mengencerkan biakan kultur mikroba. Karena konsentrasi sel-sel mikroba pada umumnya tidak diketahui, maka pengenceran perlu dilakukan beberapa tahap, sehingga sekurang-kurangnya ada satu dari pengenceran itu yang mengandung koloni terpisah (30-300 koloni). Koloni mikrobia yang terpisah memungkinkan koloni tersebut dapat dihitung b) Pour Plate Method (Tabur) Dasar dari metode ini yaitu menginokulasi medium agar yang sedang mencair pada temperatur 45-50oC dengan suspensi bahan yang mengandung mikroba, dan menuangkannya ke dalam cawan petri steril. Setelah inkubasi akan terlihat koloni-koloni yang tersebar di permukaan agar yang mungkin berasal dari 1 sel bakteri, sehingga dapat diisolasi lebih lanju c) Streak Plate Method (Gores) Metode gores umumnya digunakan mengisolasi koloni mikroba pada cawan agar sehingga didapatkan koloni terpisah dan merupakan biakan murni. Dasar metode ini yaitu dengan menggoreskan suspensi bahan yang mengandung mikroba pada permukaan medium agar yang sesuai pada cawan petri. Setelah inkubasi maka pada bekas goresan akan tumbuh koloni-koloni terpisah yang mungkin berasal dari 1 sel mikroba, sehingga dapat diisolasi lebih lanjut. Penggoresan yang sempurna akan menghasilkan koloni yang terpisah. Bakteri yang memiliki flagella seringkali membentuk koloni yang menyebar terutama bila digunakan lempengan yang basah. Untuk mencegah hal itu harus digunakan lempengan agar yang benar-benar kering permukaannya
3. Faktor – Faktor yang Mempengaruhi Isolasi Mikroba
Teknik-teknik Isolasi atau Penanaman Mikroba Untuk menanam suatu mikroba perlu diperhatikan faktor-faktor nutrisi serta kebutuhan akan oksigen (gas, O2 atau udara). Cara menumbuhkan mikroba yang anaerob sangat berbeda dengan yang aerob. Beberapa faktor yang mempengaruhi isolasi mikroba adalah adalah komponen daru medium biakan seperti PH, aktivitas air, tekanan osmosis, serta beberapa faktor eksternal seperti suhu, kadar oksigen dan tekanan. Pada alam, umumnya siklus kehidupan mikroba baik fungi maupun bakteri tergantung dari objek yang ada untuk dirombak Adakalanya degradasi atau perombakan diawali oleh mikroba golongan fungi, setelah terjadi proses degradasi dalam kurun waktu tertentu, fungi akan mati tetapi tersimpan dalam bentuk spora untuk selanjutnya degradasi tersebut dilanjutkan oleh bakteri, atau bisa sebaliknya yaitu degradasi diawali oleh bakteri untuk selanjutnya diteruskan oleh fungi. Faktor faktor yang harus diperhatikan dalam isolasi mikroba adalah sebagai berikut : Nutrient Nutrien atau zat makanan yang digunakan untuk pertumbuhan bakteri harus mengandung sumber karbon, sumber nitrogen, mineral (sulfur, fosfat) dan faktor- faktor pertumbuhan yang meliputi asam amino, purin, pirimidin dan vitamin. Suhu Suhu optimal untuk pertumbuhan bagi bakteri sangat bervariasi tergantung pada jenis bakteri itu sendiri. Pada suhu yang tepat (optimal), sel bakteri dapat memperbanyak diri dan tumbuh sangat cepat. Kelembapan Kelembaban sangat penting untuk pertumbuhan bakteri bakteri membutuhkan kelembaban tinggi, pada umumya untuk pertumbuhan bakteri yang baik dibutuhkan kelembaban diatas 85%. Pencahayaan Bakteri lebih menyukai kondisi gelap, karena terdapatnya sinar matahari secara langsung dapat menghambat pertumbuhan bakteri. Oksigen Kebutuhan oksigen pada bakteri tertentu mencerminkan mekanisme yang digunakan untuk memenuhi kebutuhan energinya. PH pH pembenihan juga mempengaruhi kuman, kebanyakan kuma pathogen mempunyai pH optimum 7,2 – 7,6. Tekanan Osmotik Suatu tekanan osmotik akan sangat mempengaruhi bakteri jika tekanan osmotik lingkungan lebih besar (hipertonis) sel aka mengalami plasmolysis. Sebaliknya jika tekanan osmotic lingkungan yang hipotonis akan menyebabkan sel membengkak dan rusak.