UTILITAS PCR

UNTUK TATA KELOLA

PENYAKIT INFEKSI

dr. Andri, Sp. PK

Sabtu, 11 DESEMBER 2021
Deteksi Patogen
yg akurat dan cepat menentukan :

• Intervensi klinis
• Terapi

• Kontrol infeksi
• Penyediaan layanan kesehatan

• Vaksinasi
Keterbatasan labor konvensional
dalam identifikasi patogen

Hasil lama

Memerlukan pemeriksaan tambahan untuk

membedakan strain dan resistensi anti mikroba

Pemakaian antibiotik mempengaruhi hasil

 Terapi yg
diberikan
bersifat
empiris

AKIBAT
• Biaya naik
Terapi • Iatrogenik
empiris
• Resistensi
antimikroba
Pemeriksaan molekuler

Lebih spesifik

Lebih sensitif

Waktu lebih cepat

Mengidentifikasi patogen yg tidak bisa dikultur

Aplikasi PCR
Pada Virus
Pemeriksaan konvensional

• Biaya tinggi

• Waktu lama

• Sensitivitas rendah

• Lambatnya virus tumbuh di media artifisial

Dg PCR
Deteksi asam nukleat virus
Mendeteksi : HSV encephalitis dan enteroviral meningitis
• Memerlukan biopsi otak
• Sensitifitas kultur CSF rendah
• Deteksi PCR dg sampel CSF, sensitivitas
• 95%
• Menghindari metode invasif : biopsi otak

HCV
• Antibodi HCV tidak bisa membedakan infeksi dulu atau infeksi
sekarang
• HCV RNA menandakan hepatitis aktif
• deteksi HCV RNA menentukan tidakan transfusi, transplantasi, luka
jarum suntik, dan infeksi vertikal
• Pemantauan terapi interferon alfa dan ribavirin
• tetap (-) HCV RNA 6 bln setelah selesai terapi dinyatakan bebas
infeksi
Mendeteksi :

HIV
• deteksi DNA HIV lebih cepat
• deteksi transmisi vertikal pada bayi
• mengurangi window period menjadi 7-9
hari
• pemantauan terapi menggunakan viral
load, mendeteksi sampai batas 50
kopi/mL

CMV
• deteksi lewat cairan amnion
• deteksi viral load
Mendeteksi :

HBV
• deteksi DNA HBV lebih cepat
• deteksi HBV mutan, terutama hilangnya HBeAg yg merupakan
penanda hepatitis aktif
• Hilangnya HBeAg disebabkan mutasi titik pada pre core gene
(G1896A) atau mutasi pada basal core yg meregulasi produksi
HBeAg

HPV
• Skrining untuk Ca cervix biasanya menggunakan Papsmear
• Terdapat 15 genotype HPV yg berisiko tinggi menyebabkan Ca
cervix
• Jika Pap smear normal dan pemeriksaan genetik HPV (15
genotype) negatif, jarak pemeriksaan selanjutnya lebih lama
Aplikasi PCR
Pada Jamur dan
Parasit
Aplikasi PCR Pada Jamur dan Parasit

Sisa jejak DNA jamur dapat

dideteksi

Early detection sebelum

simptom terjadi

Biasa digunakan pada jamur

yg sistematik
Contoh :
Pneumocytis jivoreci pada pasien HIV atau
non HIV
✓deteksi dg mikroskop sangat terbatas

Aspergillus spp pada pasien neutropenia

✓deteksi cepat di awal penyakit

Plasmodium spp
✓lebih sensitif dan spesifik
✓deteksi pada mix infection

Toxoplasma gondii
✓deteksi lewat cairan amnion untuk fetal infection
✓deteksi lewat CSF untuk toxoplasma encephalitis
Aplikasi PCR
Pada Bakteri
Aplikasi PCR Pada Bakteri

Ditujukan pada bakteri yg susah

untuk dikultur (fastidious bacteria)

Pemakaian PCR awal untuk

Mycobacterium tuberculosis
Perkembangan selanjutnya

Deteksi bakteri pada PMS

Diagnosis cepat infeksi bakteri

Multi drug resistence bacteria

Fastidious Bacteria

Mycobacterium tuberculosis

Mempercepat diagnostik

PCR pada M.tuberculosis ini kurang

sensitif dibandingkan kultur

Hal ini karena proses ekstraksi DNA yg

sulit
Fastidious Bacteria

Bordetella pertusis
Sebagai gold standard untuk
pertusis

Deteksi 48% kasus dibandingkan

5% kasus yg diperiksa lewat kultur
Fastidious Bacteria

Legionell spp

Mycoplasma pneumoniae

Chlamydia pneumoniae
Deteksi bakteri pada PMS

Secara konvensional
Sampel servix pada wanita

Swab uretra pada pria

Deteksi bakteri pada PMS

Sampel pada PCR

Swab vagina yg diambil sendiri

Initial stream urine pada pria

Deteksi bakteri pada PMS

Pada daerah dg transportasi yg sulit, swab yg

kering masih bisa diperiksa

Deteksi N.gonnorhoe dan C.trachomatis dg

sampel non invasive menunjukkan sensitivitas
yg sama dari sampel swab servix dan swab
uretra
Diagnosis Cepat

Deteksi cepat N.Meningitidis

Deteksi cepat Haemophillus

influenza

Deteksi cepat Streptococcus

pneumoniae
Multi Drug Resistence Bacteria

MDR Tb
Konvensional memerlukan inkubasi
tambahan

Resisten terhadap rifampicin &

isoniazid

Menggunakan sequensing gen target

rpoB dan hsp65
Multi Drug Resistence Bacteria

MRSA
Deteksi gen mecA

ESBL
Deteksi mutasi titik gen β-lactamase
Broad-range PCR

• Deteksi bakteri dan jamur di tempat steril

• Deteksi bakterimia menggunakan gen 16S

rRNA

• Deteksi jamur menggunakan gen 18S rRNA

• Molecular petri-dish
False Positive

Kontaminasi
Harus ada pemisahan fisik antara
persiapan reagen dan persiapan sampel
UV light untuk kontaminasi amplicon

Primer yg kurang bagus

False Negative

Ekstraksi DNA yg sulit

Khusus pada M.tuberculosis

Substansi sampel (sputum, feses)

mendegradasi RNA dan DNA
Polisakarida, hemoglobin, dan obat2an
menghambat beberapa enzim PCR

Jumlah sampel yg sedikit

Aplikasi PCR
Pada Era BPJS
Aplikasi PCR Pada Era BPJS

Biaya mahal

Include dg plafon sesuai

Ina-CBGs
Aplikasi PCR Pada Era BPJS

Mempercepat tegaknya
diagnosis

Keunggulan Diagnosis cepat

PCR mempersingkat LOS pasien

LOS yg singkat memperbesar

margin RS