Sekuensing asam nukleat adalah proses penentuan urutan

nukleotida pada suatu fragmen DNA atau RNA.

Penentuan sekuens RNA biasanya dilakukan dengan
melakukan sekuensing terhadap DNA cetakannya.
Dewasa ini, hampir semua usaha sekuensing DNA dilakukan
dengan menggunakan metode terminasi rantai yang
dikembangkan oleh Frederick Sanger dan rekan-rekannya [1].
Teknik tersebut melibatkan terminasi atau penghentian reaksi
sintesis DNA in vitro yang spesifik untuk sekuens tertentu
menggunakan substrat nukleotida yang telah dimodifikasi.
 Pada metode sekuensing terminasi rantai (metode Sanger), perpanjangan
atau ekstensi rantai DNA dimulai pada situs spesifik pada DNA cetakan
dengan menggunakan oligonukleotida pendek yang disebut primer yang
komplementer terhadap DNA pada daerah situs tersebut.
Primer tersebut diperpanjang menggunakan DNA polimerase, enzim yang
mereplikasi DNA.
Bersama dengan primer dan DNA polimerase, diikutsertakan pula empat
jenis basa deoksinukleotida (satuan pembentuk DNA), juga nukleotida
pemutus atau penghenti rantai (terminator rantai) dalam konsentrasi
rendah.
Penggabungan nukleotida pemutus rantai tersebut secara terbatas kepada
rantai DNA oleh polimerase DNA menghasilkan fragmen-fragmen DNA
yang berhenti bertumbuh hanya pada posisi pada DNA tempat nukleotida
tertentu tersebut tergabungkan.
Fragmen-fragmen DNA tersebut lalu dipisahkan menurut ukurannya
dengan elektroforesis.
The DNA to be sequenced is prepared as a
single strand.

This template DNA is supplied with

a mixture of all four normal (deoxy) nucleotides
in ample quantities
dATP
dGTP
dCTP
dTTP
a mixture of all four dideoxynucleotides, each
present in limiting quantities and
each labeled with a "tag" that fluoresces a
different color:
ddATP
ddGTP
ddCTP
ddTTP
DNA polymerase I
Sekuensing protein
Sekuensing protein atau
sekuensing peptida adalah
penentuan urutan asam
amino pada suatu protein
atau peptida (oligopeptida
maupun polipeptida).
Metode untuk
sekuensing protein
umumnya melibatkan
pemutusan ikatan yang
diikuti dengan identifikasi
asam amino.
Pada metode degradasi Edman, residu pada
ujung-N (ujung amino) protein dipotong
satu per satu dengan reaksi kimia.
Setelah setiap pemotongan, residu asam
amino yang telah dipotong tersebut dapat
diidentifikasi menggunakan kromatografi.
Prosedur tersebut diulangi untuk setiap
residu asam amino.
Kelemahan metode ini adalah bahwa
polipeptida yang di-sekuensing tidak dapat
lebih panjang dari 5060 residu (dapat
disiasati dengan memotong-motong
polipeptida berukuran besar menjadi
peptida-peptida berukuran lebih kecil
sebelum dilakukan reaksi).
 METODE SEKUENSING

MELALUI METODE RADIOAKTIF

MELALUI METODE FLUORESENSE
 M.S. Radioaktif
Metode sintesis frgamen berlabel radioaktif
dari rantai DNA yg tdk berlabel
Metode manual dgn 3 tahap :
1. Preparasi templat, utk mendptkan DNA rantai
tunggal
2. Reaksi annealing, penempelan primer pada
DNA rantai tunggal cetakan
3. Pembentukan kelompok fragmen berlabel
4. Elektroforesis, pembacaan gel
 M.S fluoresens
Metode pemanjangan enzimatik utk sekuensing DNA mgnkan
basa terminasi dye fluoresense
Dilakukan secara otomatis dgn mesin sekuenser
Pada metode ini dpt dilakukan proses elektroforesis gel,
pembacaan gel
Fragmen yg dihasilkan melalui sekuensing berlabel f.dye
Hasil sekuensing adalah urutan nukelotida DNA pada puncak
grafik dgn arah 5 3 dari kanan ke kiri
Berguna utk menentukan tingkat homologi urutan nukleotida
DNA dari berbagai organisme,membuat primer PCR
Principle of DNA sequencing
(Sanger methode)