ASAM NUKLEAT

Dr. F. Y. Widodo, M. Kes.

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS WIJAYA KUSUMA
SURABAYA
Fungsi:
Informasi genetik, misal informasi tentang deferensiasi

Asam nukleat terdiri dari polimer nukleotida

Nukleotida terdiri dari: basa N + ribosa / deoksiribosa +

fosfat

Rumus umum:

P DEOKSIRIBOSA BASA N DNA

P RIBOSA BASA N RNA

 DEOXYRIBO NUCLEID ACID (DNA)
Terdiri dari 2 utas polinukleotida (double stranded) yang terpilin
membentuk Helix.

Basa N dalam utas 1 akan berpasangan secara spesifik dengan basa

N dalam utas 2 (komplementer) membentuk struktur double helix yang
stabil.

Informasi genetik dalam DNA tergantung :

Urutan tertentu dari basa N
Panjang molekul informasi ∽ jumlah informasi.

Basa N yang menyusun DNA :

Mengandung cincin pirimidin : Sitosin (C) dan Timin (T)
Mengandung cincin purin : Adenin (A) dan Guanin (G)

Urutan nukleotida  menentukan urutan asam amino dari protein

yang akan disintesis  dapat menentukan ciri-ciri suatu organisme

A ∽ T dan G ∽ C : dengan ikatan hdrogen.

DEOXYRIBO NUCLEID ACID (DNA)
 DEOXYRIBO NUCLEID ACID (DNA)
Nukleotida-nukleotida terikat dengan ikatan diester fosfat
Kerangka deoksiribosa –P terletak di luar, pasangan-pasangan basa N
terletak di bagian dalam double helix.
Ikatan diester fosfat menghubung-kan atom C—5’ suatu nukleotida
dengan atom C—3’ nukleotida lain. Berarti pada satu utas kerangka
terdapat ujung C—5’ dan C—3’.
TATA NAMA
BASA - N RIBONUKLEOSIDA NUKLEOTIDA

ADENIN ADENOSIN ADENOSIN –5’ –P

GUANIN GUANOSIN GUANOSIN –5’ –P
SITOSIN SITIDIN SITIDIN –5’ –P
James Watson
TIMIN TIMIDIN TIMIDIN –5’ –P

Nukleotida : nukleosida + fosfat

Bila karbohidrat yang terdapat pada
nukleosida / nukleotida adalah
Deoksiribosa  “Deoksi” (d), misal
deoksi-Adenosin (dA)
 CIRI-CIRI DOUBLE HELIX
Bagian luar DNA bersifat polar, karena semua gugus P berada di luar
(fosfo diester adalah asam kuat).
Bagian dalam DNA bersifat non polar, karena mengandung basa N yang
bersifat non polar.
Celah antara dua kerangka gula – fosfat tidak sama lebar  supaya
“molekul luar” dapat “mengintip” basa-basa N yang terdapat dalam
double helix  pemindahan informasi dari DNA.
Suhu meningkat  denaturasi double helix
Melting point : suhu dimana setengah dari jumlah DNA telah lengkap
terpisah.
bila suhu turun di bawah melting point, maka double helix akan
terbentuk kembali : Annealing.
 FUNGSI INFORMASI GENETIKA

1. Replikasi : - pembelahan sel  sel anak = induk. Jadi, DNA anak =

DNA induk

2. Transkripsi : - sintesis RNA yang berperan pada penerusan arus

informasi (mRNA)
- sebagian RNA membentuk struktur dari komponen-
komponen yang terlibat pada proses sintesis protein
(Ribosoma RNA) : rRNA.

3. Translasi : - urutan nukleotida pada mRNA menjadi urutan asam

amino
- t-RNA akan memindahkan asam amino bebas ke
tempat penyusunan protein (membawa asam amino
dari sitoplasma masuk ke dalam
ribosom) atas instruksi m-RNA.
FUNGSI INFORMASI GENETIKA
KLASIFIKASI DNA
1. Fraksi non-repetitif
Urutan nukleotida-nukleotida tertentu yang diulangi hanya
beberapa kali.
Sebagian besar instruksi sintesis protein.
2. Fraksi Repetitif Moderat
Pengulangan urutan > No. 1
Termasuk “DNA Spacer” yang terletak di antara fraksi non
repetitif.
Berperan pada pengendalian terhadap transaksi instruksi-
instruksi tertentu.
Termasuk pula disini bagian DNA yang ditranskripsikan menjadi r-
RNA dan t-RNA.
3. Fraksi sangat Repetitif
Segmen yang sangat pendek, meliputi 10c turunan (copies)
Sentrifugasi  terdapat segmen DNA yang bj-nya berbeda,
sehingga letaknya jauh terpisah dari fraksi yang lain : DNA
Satelit.
Terkait dengan nukleolus  peran struktural.
 REPLIKASI DNA
Pembentukan DNA baru yang sama dengan DNA induk  terjadi saat
pembelahan sel
Replikasi sebagian  pada saat sel tidak membelah  mengadakan
perbaikan-perbaikan pada kerusakan DNA.
Masing-masing utas DNA dipakai sebagai template untuk menyusun utas
DNA baru
Prekursor adalah deoksiribonukleosida – 3 – P
Penggabungan 1 mol. Nukleotida akan menghasilkan 1 mol. pirofosfat
inorganik.
Enzim : DNA polimerase  meregangkan ikatan antar basa-basa 
“pembacaan template”.
Terjadi besamaan pada kedua utas DNA  komplemen anti paralel baru
(utas baru)
Kemudian utas lama d utas baru menjadi template  DNA baru
Kedua utas DNA lama dengan adanya DNA polimerase membentuk
komplemen anti paralel baru.
Replikasi berjalan mengarah ke ujung 5’ utas induk DNA
TAHAP-TAHAP REPLIKASI
Tiap menit DNA polimerase membentuk DNA baru ± 1 mikrometer, 
replikasi lengkap 1 molekul DNA perlu 55 hari (in vitro)
Kenyataan (in vivo) hanya perlu 4-8 jam karena tiap molekul DNA memiliki
banyak titik awal (replikan)
Replikasi terjadi secara simultan dari banyak titik awal  Replication
Bubble.
Utas ganda yang mengalami replikasi agar tidak “terpilin” dipegang oleh
Unwinding Protein sehingga melting point rendah  disosiasi double strand.
Selain itu, satu ikatan fosfodiester dihidrolisis oleh Enzyme Helicase 
makin lepas / longgar (untuk memperbaiki DNA yang terputus  DNA
Ligase).
Replikasi terjadi pada masing-masing utas dengan arah berlawanan
(Bidirectional)  komplemen anti paralel.
Sebelum replikasi berlanjut, harus dibentuk RNA primer dulu (10-12
nukleotida)  replikasi berlanjut (RNA polimerase)  120 nukleotida DNA.
DNA baru (120 nukleotida) + RNA primer = Fragmen Okazaki.
RNA primer dilepaskan oleh enzim spesifik, tempat yang kosong diisi oleh
DNA yang komplementer.
Ujung 3’ dan 5’ yang berdekatan dihubungkan oleh DNA ligase  DNA baru
yg identik dg DNA asal
TAHAP-TAHAP REPLIKASI
TAHAP-TAHAP REPLIKASI
PROTEIN-PROTEIN YANG BERPERAN PADA PROSES
REPLIKASI

PROTEIN FUNGSI

DNA polimerase Polimerisasi deoksinukleotida

Helicase Proses “unwinding” DNA
Tropoisomerase Melepaskan “torsional strain” (belitan) akibat proses
unwinding
RNA primase Inisiasi sintesis primer RNA
Single-strand binding Melindungi reannealing dsDNA yang terlalu dini
proteins (premature reannealing of dsDNA)
DNA ligase Melekatkan utas single strand satu dg yang lain, dan
juga pada fragmen-fragmen Okazaki
 LANGKAH-LANGKAH REPLIKASI
1. Identification of the origins of replication
2. Unwinding (denaturation) of dsDNA to provide an ssDNA template
3. Formation of the replication fork
4. Initiation of DNA synthesis and elongation
5. Formation of replication bubbles with ligation of the newly synthesized
DNA segment
6. Reconstitution of chromatin structure

MACAM-MACAM DNA POLIMERASE

JENIS LOKASI PERANAN UTAMA

α INTI SEL REPLIKASI DNA INTI

β INTI SEL REPLIKASI DNA INTI

γ MITOKONDRIA REPLIKASI DNA MITOKONDRIA

REPLIKASI.MOV
KNOTTY.MOV
 KROMOSOM
Rantai polinukleotida DNA dalam inti sel berkondensasi dengan protein
 berkas Khromosom.
Sel somatik terdiri dari 46 khromosom (diploid)
Khromosom terdiri dari serat-serat yang tersusun dalam berkas-berkas
(bundle). Serat-serat tersebut = khromatin.
Khromosom terikat dengan protein (histon)  nukleoprotein. Histon
berperan pada proses replikasi dan transkripsi.
Serat-serat khromatin terdiri dari unit-unit. Masing-masing unit terdiri dari
± 200 bp DNA yang melingkari 8 molekul histon  nukleosoma.
KROMOSOM
 PERUBAHAN - PERUBAHAN PADA DNA
Sel membelah diri  α- DNA polimerase naik 10x. γ-DNA polimerase membentuk
DNA baru tanpa RNA primer.
Kerusakan DNA  perubahan susunan nukleotida (mutasi).
Penyebab kesalahan :
1. Kecelakaan waktu replikasi
Terjadi saat polimerasi DNA baru, ada nukleotida yang “hilang” atau
“disisipkan”  kesalahan penyusunan basa-basa komplemen.
Transisi : nukleotida sejenis, misal : seharusnya adenin (purin)
diganti guanin(purin).
Transversi : nukleotida tidak sejenis, misal : adenin (purin) diganti
sitosin (pirimidin).
2. Modifikasi kimiawi
Misal : deaminasi hidrolitik adenin menjadi hipoxantin  pasangan jadi
guanin (bukan timin)
3. Radiasi
- Terutama pada pirimidin (T dan C), khususnya T  aktivasi pada
ikatan etilen dari cincin pirimidin.
- Bila terjadi pada cincin pirimidin lain  ikatan antar cincin (dimer).
Molekul air dapat terikat pada ikatan etilen bila tidak terbentuk
dimer. Radiasi kuat (x, γ, dan lain-lain)  rantai putus dan cincin
terbuka.
PERUBAHAN - PERUBAHAN PADA DNA
 Types of damage to DNA
1. Single-base alteration
A. Depurination
B. Deamination of cytosine to uracil
C. Deamination of adenine to hypoxanthine
D. Alkylation of base
E. Insertion or deletion of nucleotide
F. Base-analog incorporation
2. Two-base alteration
A. UV light-induced thymine (pyrimidine) dimer
B. Bifungtional alkylating agent cross-linkage
3. Chain breaks
A. Ionizing radiation
B. Radioactive disintegration of backbone element
C. Oxidative free radical formation
4. Cross-linkage
A. Between bases in same or opposite strands
B. Between DNA and protein molecules (eq. histone)
 Mechanism of DNA repair

Mechanism Problem Solution

Mismatch repair Copying errors (single Methyl-directed strand
base or two – to – five- cutting, exonuclease
base unpaired loop digestion & replacement
Base excision repair Spontaneous, chemical Base removal by N-glyco-
or radiation damage to sylase, abasic sugar removal,
a single base replacement
Nucleotide excision Spontaneous, chemical Removal of an approximate-
or radiation damage ly 30 nucleotide oligomer
to as DNA segment and replacement
Double-strand break Ionizing radiation, Synapsis, unwinding, aligm-
repair chemotherapy, oxydat- ent, ligation
ive free radicals
MISMATCH REPAIR
Daerah yang rusak dikenali oleh endonuklease yang melakukan pemotongan
satu sisi.
Utas tersebut “dicerna” oleh Eksonuklease.
Kerusakan di perbaiki oleh Polimerase  Religasi oleh Ligase.

BASE EXCISION-REPAIR
Suhu tinggi  depurinisasi DNA. Sitosin, adenin & guanin berubah menjadi
urasil, xanthin atau hipoxanthin
N-glikosilase  mengenal basa yang salah  dipotong oleh endonuklease 
Kerusakan Kerusakan di perbaiki oleh Polimerase  Religasi oleh Ligase

NUCLEOTIDE EXCISION-REPAIR
Mereparasi kerusakan > 30 base akibat sinar UV, rokok, radiasi, kemoterapi
kanker & bahan kimia lain.
Area yang rusak dikenali  dipotong di dua tempat oleh Exinuclease  dibuang
 Kerusakan di perbaiki oleh Polimerase  Religasi oleh Ligase

DOUBLE-STRAND BREAK REPAIR

Mereparasi kerusakan akibat radiasi, radikal bebas, kemoterapi.
Melibatkan protein Ku dan DNA-PK (DNA protein kinase)
MISMATCH REPAIR
CH3 CH3
3’ 5’
5’ 3’

CH3 CH3 Single-site strand

3’ 5’ cut by GATC
endonuclease
5’ 3’

CH3 CH3 Defect removed

3’ 5’ By exonuclease
5’ 3’

CH3 CH3
Defect repaired
3’ 5’ By polymerase
5’ 3’

CH3 CH3
3’ 5’ Religated by
5’ 3’ ligase
 Base Excision-Repair
3’ 5’
ATCGGCTCATCCGAT ATCGGCTUATCCGAT
II I I I I I I I I I I III Heat I I I I I II I I I I I II I
TAGCCGAGTAGGCTA TAGCCGAGTAGGCTA
5’ 3’
Uracil DNA
glikosilase

ATCGGC TCCGAT ATCGGCT #ATCCGAT

I I I I I I I I I I II Nuclease I I I I I I I I I I I I III
TAGCCGAGT AGGCTA TAGCCGAGTAGGCTA

DNA polimerase + DNA ligase

ATCGGCTCATCCGAT
I II I I I I I I I I I I II
TAGCCGAGTAGGCTA
 Nucleotide Excision-Repair
3’ 5’
5’ XXXX 3’

Recognition & Unwinding

3’ 5’
5’ 3’
XXXX

Oligonucleotide excision by cutting at two site

3’ 5’
5’ 3’
XXXX
Degradation of mutated DNA
Resynthesis and religation
3’ 5’
5’ 3’
DOUBLE-STRAND BREAK REPAIR
KERUSAKAN PROSES
REPARASI

Xeroderma Pigmentosum
Proses perbaikan dengan eksisi
nukleotida memperlihatkan
aktivitas yang rendah.

Ataksia Teleangiektasia
Peningkatan kerusakan karena
kepekaan terhadap sinar-X
tinggi. Kerusakan (?)

Anemia Fanconi
Gangguan dalam perbaikan
kerusakan pada pembentukan
ikatan silang.
 SIKLUS HIDUP SEL
Fase mitosis (M)  GAP (G1)  fase sintesis DNA (S)  G2  M  G1  S 
G2 …..G0

Mitotic Phase

Siklus aktif pada : GIT, sistem Hematopoitik, infeksi

Siklus kurang aktif pada : ginjal, hati.
G0 dan G1 : - transkripsi RNA  sintesis protein
- setelah kebutuhan protein dipenuhi  replikasi DNA (fase S) +
sintesis histon  khromatin  Tetraploid Khromatid.
G2 : Sintesis RNA dan protein
 SIKLUS HIDUP SEL
M: - pemisahan satu sel induk  2 sel anak
- pembelahan khromosom
- dapat terjadi “crossover”

crossover pada sel somatik tetap identik hasilnya.

sex khromosom (germ-cell) : tetraploid khromatid yang terbentuk pada fase S dibagi
rata  4 sel anak “haploid”  replikasi tanpa pembelahan  miosis.

X Y
X Y X Y X Y X Y
X Y X Y X Y X Y
Branch migration
X Y
Crossing Over

Siklus hidup sel dapat dihambat oleh antibiotik dan khemoterapetik.

 RIBONUCLEIC ACID (RNA)

Meneruskan “informasi” dari DNA  sintetis protein.

Selalu “berubah” atau “dirusak”
Basa : adenin, guanin, sitosin, urasil A><U, G><C
Sifat-sifat ∽ DNA, perbedaan:

DNA RNA
KARBOHIDRAT 2`-DEOKSIRIBOSA RIBOSA
BASA A,G,C,T A,G,C,U
UNTAI TUNGGAL, TAPI ADA
UTAS DOUBLE HELIX YANG BERSIFAT DOUBLE
HELIX (MELIPAT)
BASA
JUMLAH HARUS SAMA JUMLAH TIDAK PERLU SAMA
KOMPLEMEN
TIDAK DAPAT
DAPAT DIHIDROLISIS OLEH
STABILITAS DIHIDROLISIS OLEH
ALKALI  2`,5`-DIESTER
ALKALI

Jenis : mRNA, tRNA, rRNA, (snRNA)

TRANSKRIPSI DNA MENJADI RNA
• Rantai polinukleotida RNA dibangun dengan cara setiap kali terjadi
penambahan satu molekul nukleotida.
• –OH atom C3 (ribosa) mengikat gugusan fosfat pada atom C5 (ribosa) dari
nukleotida yang baru : polimerisasi setiap kali + 1 molekul nukleotida  melepas
1 ⓟ.
• Pemanjangan rantai RNA 5`3`. DNA ditranskripsikan 3`5`.

Lilitan double helix DNA harus dibuka  “template” dapat “terlihat”  RNA
polimerase melakukan transkripsi.
Hanya 6 basa yang terlihat, hanya satu utas DNA yang bertindak sebagai
template (utas sense), yang lain tidak sebagai template (anti sense).
RNA polimerase :
Tipe I/A : dalam nukleolus  rRNA
Tipe II/B : dalam nukleoplasma  mRNA
Tipe III/C : dalam nukleoplasma  tRNA
TRANSKRIPSI DNA MENJADI RNA

 Apabila ada bagian DNA yang akan ditranskripsi oleh RNA  bagian ini dibagi
dalam unit-unit (operon).
 Operon yang mengarah ke ujung-ujung 3` akan ditempeli oleh RNA polimerase
(promotor)
 Terdapat tempat-tempat tertentu dalam DNA yang memiliki signal untuk
dimulainya atau diakhirinya proses transkripsi RNA  initiatur dan terminatur.
 Urutan nukleotida pada bagian awal operon merupakan susunan yang simetris,
yang tidak terdapat pada bagian lain  PALLINDROM. Palindrom membentuk
tonjolan spesifik sehingga dikenal oleh RNA polimerase.
 RNA polimerase bakteri terdiri dari 4 subunit (2α2β) + faktor φ (sigma). Yang
emngikat RNA polimerase dengan bagian promotor DNA.
 Proses transkripsi berhenti karena adanya urutan nukleotida yang spesifik dari
sense DNA, dimana “signal” ini dikenal oleh protein terminator yang disebut
faktor ρ (rhu).
 Setelah terminasi RNA polimerase akan dilepaskan dari utas “sense” DNA.
 Suatu gen pada utas sense DNA dapat ditranskripsikan oleh lebih dari satu
molekul RNA polimerase.
TRANSKRIPSI DNA MENJADI RNA

Transkripsi

PROCESSING RNA
Terjadi dalam inti sel atau sampai dengan perjalanan ke sitoplasma.
Processing :
1. Pemutusan rantai (nukleotik)
2. Penyambungan rantai (ligasi)
3. Penambahan nukleotida-nukleotida
4. Modifikasi nukleosida
PROCESSING RNA
RNA hasil transkripsi mengadakan pemutusan rantai.
 bagian yang tidak dikehendaki akan dibuang (intron)
 sisanya (exon) membentuk RNA mature
Contoh : heterogenous RNA (hn RNA)  mRNA
Fungsi intron :
Exon vs Intron
1. Spacer (pengisi kekosongan)
2. Faktor pengendali
3. Gen struktural

mRNA
Prekursor : hn RNA  modifikasi sebagai berikut :
1. DNA  transkripsi untuk membentuk RNA
2. Penambahan gugus adenosin fosfat pada ujung 3` prekursor BB
 + ekor poli AAAAA  rentan terhadap hidrolisis
 tanpa ekor poli AAAAAA  tahan terhadap hidrolisis.
Tujuan +/- poli A : proses pengendalian
mRNA
3. Nukleotida-nukleotida ekstra di ujung 5` dihidrolisis.
4. Ujung 5` diberi “topi” oleh guanosin fosfat melalui jembatan anhidrida 
jembatan trifosfat antara ujung 5` RNA dan guanosin (G5``-ppp….)
5. Modifikasi kovalen (metilasi) segmen terminal dari unit-unit basa dan
ribosa. Pemberian tutup / topi di bagian awal akan diubah menjadi m7G-
ppp-m6am…
Struktur awal ini penting untuk pengenalan mRNA oleh ribosoma.
6. Saat menuju sitoplasma, mRNA melepas sebagian ekor poli A.

TRANSFER RNA (tRNA)

Adaptor proses translasi mRNA  asam-asam amino  protein
Processing tRNA :
- pemutusan rantai nukleotida (nukleolitik) oleh ribonuklease P. yang
diputus
adalah bagian intervening sequences  dibuang.
- alkilasi  bentuk fungsional (melipat  double stranded pada beberapa
bagian).
- pengikatan rantai nukleotida (C-C-A) pada ujung-ujung 3`  mengikat
asam amino spesifik.
tRNA rRNA
Ribosom :
- tempat sintesis protein
- molekul-molekul protein dan
molekul-molekulRNA
tersusun secara khusus.
- Ø 30nm, koefisien
sedimentasi ± 805 yang
merupakan gabungan 2
subunit 605 dan 405.

INHIBITOR SINTESIS DNA

DAN RNA
Antibiotika, anti cancer,
analog nukleotida
Mekanisme/efek:
bermacam-macam.
 KODE GENETIKA
Gen (DNA)  transkripsi  mRNA  ke sitoplasma  ribosom / polisom 
asam amino disusun oleh tRNA.
Dalam ribosom mRNA mengikat tRNA (kodon-anti kodon)  menyusun asam
amino.
Ikatan kodon-antikodon terdiri dari urutan 3 nukleotida (triplet). Jenis nukleotida :
4 (A,G,C,T/U). Jumlah variasi triplet 43 = 64. (AUU,CCA, dan lain-lain). Jumlah
asam amino: 20 macam (UUC  PHE). Jadi satu jenis asam amino dapat
“dikenal” oleh lebih dari 1 macam tRNA.
Dari 64 variasi triplet, ada yang tidak memberikan kode  kodon nonsens 
sebagian sebagai signal untuk menghentikan proses polimerisasi (stop kodon)
 2/3 triplet, 61 sisanya  kodon sense.
Daya “memilih / mengenal” dari kodon / anti kodon dapat menurun  wobble.

FUNGSI tRNA
Asam nukleat tidak memiliki afinitas untuk bergabung dengan asam amino 
perlu protein pembantu yang spesifik : aminoasil-tRNA sintetase. Pengenalan /
pengikatan tRNA terhadap asam amino berlangsung 2 tahap :
1. Pembentukan kompleks enz-amp-asam amino (intermediate aktif)
2. Pembentukan kompleks tRNA-asam amino.
KODE GENETIKA
 NUKLEASE
Memecah asam nukleat
Klasifikasi berdasarkan substrat :
1. Deoksiribonuklease : memecah DNA
2. Ribonuklease : memecah RNA
Kedua enzim memecah ikatan fosfodiester di tengah, menghasilkan ujung 3` hidroksil dan
5` fosforil, atau 3` fosforil dan 5` hidroksil.
Klasifikasi berdasarkan tempat ikatan fosfodiester yang dipecah :
1. Endonuklease : memecah ikatan fosfodiester di tengah
2. Eksonuklease : memecah ikatan fosfodiester di bagian tepi polinukleotida.
Ada enzim yang dapat menghidrolisis 2 utas sekaligus pada double stranded, tetapi ada
yang hanya bisa menghidrolisis satu utas saja.
Endonuklease restriksi
- dapat “mengenali” rangkaian yang spesifik dalam DNA.
- riset DNA rekombinan.
Eksonuklease hanya bisa bekerja / menghidrolisis nukleotida yang berada di terminal
molekul dan bekerja searah (3`5` atau 5`3`)
AA diikat oleh tRNA di ujung rantai C-C-A.
Lengkung TjC berperan pada pengikatan asam amino – tRNA dengan ribosom.
Lengkung D berperan pada pengenalan enzim.
Lengkung antikodon terdiri dari 7 nukleotida, dibaca dari 3`5`. Kodon dibaca dari 5`3`.
Pasangan basa dapat berubah (wobble) pada nukleotida ke III.
Kesimpulan : nukleotida ke III tidak penting.
MUTASI
 mutasi
Mutasi : perubahan urutan nukleotida dari suatu gen.
Gen  mutasi  transkripsi  mRNA berubah urutannya pada
daerah yang sesuai dengan mutasi.

POINT MUTATION
Transisi : purin  purin, pirimidin  pirimidin.
Transversi : purin  pirimidin, pirimidin  purin
Akibat point mutation :
1. Tidak berpengaruh : apabila yang mengalami mutasi adalah nukleotida ke
III (wobble)
2. Missense (salah makna)
Asam amino yang berbeda ditempatkan pada urutan polipeptida.
3. Kodon non sense  terminasi prematur
Apabila terjadi missense, maka asam amino tersebut :
1. Acceptable (diterima)  fungsi normal
2. Partially acceptable  fungsi kurang normal Missense
3. Unaceptable  fungsi tidak normal Nonsense
 mutasi

Acceptable Hb A, rantai β 61 lisin AAA atau AAG

missense
Hb hikari, rantai β asparagin AAU atau AAC
Partially Hb A, rantai β 6 glutamat GAA atau GAG
acceptable
missense Hb S, rantai β Valin GUA atau GUG
Unaceptable Hb A, rantai α 58 histidin CAU atau CAC
missense
Hb M (boston, α) Tirosin UAU atau UAC
 FRAME SHIFT MUTATION
Penghapusan / penyisipan nukleotida dalam DNA  mRNA akan berubah. Contoh :
B-thalasemia : terbentuk kodon non sense pada posisi 17 rantai β
Hb wayne : nukleotida ke 138 lepas pada sintesis rantai α
Hb icaria dan Hb constant spring : perubahan pada kodon terminal / non sense Normal

mRNA UAG UUUG AUG GCC UCU UGC AAA GGC UAU AGU AGU UAG …
MET -ALA-SER-CYS-LYS -GLY-TYR-SER -SER-STOP
(-1) (-1U)
mRNA UAG UUUG AUG GCC CUU GCA AAG GCU AUA GUA GUU AG …
MET-ALA –LEU -ALA-LYS-ALA -THR-UAL-UAL-SER  KELIRU

(-3) (-3UGC)
mRNA UAG UUUG AUG GCC UCU AAA GGC UAU AGU AGU UAG …
MET-ALA-SER-LYS -GLY-TYR-SER- SER-STOP

(+1) (+1C)
mRNA UAG UUUG AUG GCC CUC UUG CAA AGG CUA UAG UAG UUAG …
MET-ALA -LEU-LEU-GLN-ARG-LEU –STOP  KELIRU

(+1/-1) (+1U) (-1C)

mRNA UAG UUUG AUG GCC UCU UUG CAA AGG UAU AGU AGU UAG …
MET-ALA-SER-LEU- GLN-ARG-TYR-SER-SER-STOP  KELIRU
SINTESIS PROTEIN (TRANSLASI) A

 DNA replikasi DNA transkripsi RNA

RNA translasi (sitesis protein) protein
 INISIASI  ELONGASI  TERMINASI

INISIASI
B

60S + 40S = 80S

A. Disosiasi ribosom
Faktor EIF (Eukaryotic Initiation Factor) :
menghalangi reasosiasi ribosom
C
B. Pembentukan kompleks prainisiasi 40s
C. Pembentukan kompleks inisiasi 40s
D. Pembentukan kompleks inisiasi 80s
D
ELONGASI
Faktor : EF-1 dan EF-2 (elongation factor)
Mula-mula A-site kosong, aminoasil –
tRNA akan masuk ke A-site
A. Pengikatan aminoasil – tRNA
pada A-site
Faktor EF-1 membentuk kompleks
dng GTP dan aminoasil – tRNA
 masuk ke A-site.
B. Pembentukan ikatan peptida
- Gugus α-amino pada aminoasil –
tRNA dalam A-site melakukan
“serangan” nukleofilik pada gugus
karboksil dalam peptidil – tRNA di P-site (enzim peptidil transferase ∽ rRNA)
- tRNA di P-site keluar
- GTP EF-1 dilepaskan
C. Translokasi
- Pemindahan peptidil – tRNA dari A-site ke P-site
- Perlu GTP dan EF-2
- Kemudian GTP  GDP + Pi
- Tempat A (A-site) kembali kosong
IMAGE OF RIBOSOME
TERMINASI
Dimulai saat kodon non sense muncul di A-site. Kodon non sense tidak
dikenal oleh tRNA, tapi dikenali oleh RE (releasing factor).
EF + GTP + peptidil transferase  menghidrolisis ikatan ester antara
rantai peptida dengan tRNA di P-site.
Ribosom 80 s  disosiasi 40 s + 60 s.
EF-1 mengenali UAA dan UAG
EF-2 mengenali UAA dan UGA
Satu molekul mRNA, beberapa ribosom dapat melakukan translasi
bersama-sama secara simultan.
Jarak ribosom satu dengan yang lain tidak boleh kurang dari 80
nukleotida
Dalam 10 detik, 1 ribosom dapat menstranslasi 400 kodon menjadi
protein dengan berat molekul ±40.000
Poliribosom (polisom) bisa bebas atau terikat dengan retikulum
endoplasma
Poliribosom bebas mensintesis protein untuk kebutuhan sel itu sendiri,
sedangkan yang terikat dengan R.E.  dikeluarkan
TERMINASI

40S

60S

TRANSLASI
PROCESSING PROTEIN
Protein yang diproduksi harus dimodifikasi dulu  berfungsi
Contoh:
1. Virus : protein yang panjang harus dipotong-potong  Protein
spesifik.
2. Insulin : disintesis sebagai “pro insulin” yang terdiri dari 2 rantai
polipeptida yang dihubungkan oleh ikatan disulfida.
3. Prokolagen  hidroksilasi dan oksidasi pada asam amino spesifik
 cross link (lebih stabil)

INHIBITOR SINTESIS PROTEIN

1. Puromycin : mirip dengan tirosinil – tRNA  terikat pada ribosom
2. Toksin difteri : mengkatalisis ADP – ribosilasi pada EF-2  tidak bisa
aktif.
PENGENDALIAN
EKSPRESI
GEN
 PENGENDALIAN EKSPRESI GEN
Ekspresi informasi genetika harus dapat dikendalikan agar :
- dapat beradaptasi dengan lingkungan
- menghemat “makanan” atau energi
- tanggap terhadap signal dari luar
Pengendalian positif : ↑ ekspresi informasi gen
Pengendalian negatif : informasi genetik ↓
Molekul protein yang berperan : regulator +/-
Efektor : menghambat regulator (-)  pengendalian (+)

RESPON TERHADAP SIGNAL PENGENDALIAN :

1. Tipe A : ↑ signal penginduksi  ekspresi gen ↑
↓ signal penginduksi  ekspresi gen ↓
2. Tipe B : signal induksi  ekspresi gen hilang – timbul (transient)
3. Tipe C : ekspresi gen berlanjut walau signal penginduksi (-). Signal
hanya sebagai trigger.
MODEL PENGENDALIAN EKSPRESI GEN
 Gen konstitutif : - gen yang diekspresikan secara konstan dan tidak
diatur
- akibat mutasi  gen induksibel  dapat berjalan
seperti gen konstitutif
 Transcriptional control:
# Represi: - end-product
- block RNA polymerase from initiating transcription
# Induksi: - substrat
- menghasilkan enzim induksibel (inducible
enzyme)
 Operon: - pembentukan gen-gen baru pada suatu utas DNA
- terbentuk dari satu utas RNA
- promoter site: mengikat RNA polimerase
- operator site : mengikat regulatory protein
Lac operon :
E. coli ∽ glukosa
Bila dalam media E.coli tidak diberi glukosa, tapi diberi laktosa 
produksi enzim-enzim sebagai berikut :
a. b-galaktosidase (gen Z)
laktosa  galaktosa + glukosa
b. galaktosida permease (gen Y)
mempermudah masuknya galaktosa ke dalam sel
c. thiogalaktosida transasetilase (gen A)
- Respon lac operon termasuk tipe A : inducer / signal ↓  laju
sintesis protein ↓
- E.coli  media glukosa + laktosa  glukosa di metabolisme dulu 
berhenti  memetabolisme laktosa setelah gen Z lac operon
terbentuk.
- Untuk melekatkan RNA polimerase dengan promotor perlu CAP
(Catabolite gene Activator Protein) yang harus berikatan dulu
dengan cAMP
Tryptophan Operon
“A GENETIC SWITCH IN
A BACTERIAL VIRUS”
  Virus menyerang bakteri
 Virus memasukkan
DNA ke dalam tubuh
bakteri.
 Fase Lisogenik  DNA
virus berintegrasi dg
kromosom bakteri 
Lytic pathway Lysogenic pathway
Virus Dorman 
Prophage.
Sel yg mengandung
virus dorman: Lisogen
 Fase Litik  replikasi
DNA virus  terbentuk
banyak virus baru  sel
bakteri rusak
 Radiasi UV  prophage
“bangun”  fase litik
Virus bakteriofag lambda (l)  virus DNA  E.coli
Induktor akan menyalakan “switch”, sehingga virus pada keadaan
“tidur” (dormant)  menjadi aktif.
Virus memiliki gen yang disebut OR (right operator), yang diapit oleh
gen struktural (Cro) dan gen represor (cl)
Gen represor “on” maka gen Cro “off”, sebaliknya bila gen represor
“off”, maka gen Cro “on”.
Gen represor (ke kiri) memproduksi protein represor yang terikat pada
OR1 dan OR2 berfungsi untuk mempererat ikatan RNA polimerase
dengan promotor (kiri)
Protein represor yang terikat pada OR1 dan OR2 akan menghalangi
pengikatan enzim pada “bagian kanan”.
Radiasi uv akan mengaktifkan enzim protease rec A yang memecah
monomer protein represor  enzim polimerase dapat menuju ke
kanan.
Polimerase RNA akan terikat pada daerah “kanan”  transkripsi gen
Cro dan gen-gen lisis lain.
 Virus Dorman dalam
Lisogen  Induksi UV
 “Bangun”
 Polymerase Chain Reaction (PCR)
 Tehnik penggandaan DNA in vitro, melalui
cara replikasi enzimatik (10 kb – 40 kb)
 Komponen dasar yang diperlukan:
- DNA template
- primers
Thermal cycler for PCR - DNA polimerase (Taq polimerase)
- Deoxynucleotide triphosphate (dNTPs)
- larutan buffer
- kation divalen (Mg2+ / Mn2+ )
- kation monovalen (K+)

PCR tubes in a stand after a colony PCR

Prosedur PCR
1. Initialization
pemanasan 960C  5’  penambahan
DNA polimerase
2. Melting
pemanasan 960C  30’ DNA dena-
turasi
3. Annealing
primer pindah  polimerase mulai meng-
copy template
4. Elongation
pemanasan 720C  45’

# Tahap 2 – 4 dpt diulang sp 25-35 kali

# Didinginkan sd 70C

PCR
Hasil PCR dibaca melalui elektreoforesis gel

Negative Gel electrophoresis image of a standard

PCR. Two sets of specific primers were used to
amplify one gene from three separate tissues.
As the gel shows, Tissue #1 lacks that gene,
whereas Tissue #2 and #3 possess that gene.

Kegunaan PCR:
1. DNA fingerprinting
Gel Electrf
2. Paternity testing
3. Deteksi penyakit
herediter
4. Cloning genes
5. Mutagenesis
6. Dll. Ayah Anak Ibu
 Recombinant DNA
• Artificial DNA sequence resulting from the combination of different DNA
sequences
• Recombinant DNA is used for genetic transformation to produce
genetically modified organisms. Some examples of recombinant DNA
products are peptide hormone medications including insulin, growth
hormone, and oxytocin. Vaccines can also be produced using
recombinant processes (as is the case with the Hep. B vaccine). The
organism most commonly used is Escherichia coli.

Plasmids
Plasmids are extrachromosomal fragments of DNA present in some
bacteria
A plasmid can transfer genetic material to another bacterium, allowing it
to express the transmitted gene(s).
Most of the plasmid is used for the production of antibiotics.
DNA Recomb