Ligan Scout

Ligan scout merupakan algoritme penyelarasan yang berbasis farmakofor yang baru dikembangkan secara
signifikan dari metode dalam hal menerjemahkan conformer 3D untuk menjadi satu point farmakofor yang
langsung menggunakan posisis atom untuk menyelaraskan ke model. Maka algoritma ini dapat digunakan tidak
hanya untuk berbasis farmakofor tetapi juga untuk penjelasan farmakofor secara umun dan studi 3D-QSAR.
Langkah pertama untuk penerapannya ini :
1. Akan menghasilkan identifikasi poin farmakoforik 3D untuk conformer database.
2. Algoritma membuat setiap tipe fitur satu set jarak antar fiturnya
3. Bandingkan secara berpasangan
4. Jalankan pencocokan Hungaria untuk penetapan optimal
5. Jarak fitur antara model dan conformer diminimalkan dengan algoritma penyelarasan Kabsch
Untuk menilai kualitas keselarasan ada 4 skor berbeda :
6. Farmakoforfiskor t menghitung jumlah fitur farmakofor yang cocok dan jarak kuadrat rata-rata akar (RMSD)
7. Tumpang tindih bola atom van der Walls ditentukan oleh skor tumpeng tindih atom
8. Tumpang tindih representasi fungsi Gauss Volume molekul diukur untuk mendapatkan skor kesamaan
bantuk Gaussian
9. Skor kombo dari dua skor pertama tersedia sebagai farmakofor fit dan skor tumpeng tindih atom
MOE
Langkah-langkah penyaringan pencarian berbasis data MOE :
1. Membuang conformer yang tidak cocok dengan jenis fitur dan jarak antar
fitur
2. Fitting antara fitur model dan fungsi kimia dari dimulainya konformer
Tujuannya untuk melakukan super posisi antara fitur konformer dan model.
Sehingga, hanya gerakan rotasi translasi dan bebas yang diperbolehkan untuk
model fitting.
Untuk penilaian kualitas pemetaan MOE ini hanya menggunakan RMSD
yang dihitung untuk model superposisi conformer. Hal ini bertentangan dengan
DS CATALYST yaitu skor rendah sesuai dengan keselarasan yang baik antara fitur
model dengan fitur konformer.
Tahap
Penyaringan basis data virtual menggunakan model farmakofor PHASE dijalankan
dalam dua langkah yang disebut ??fimenemukan?? dan ??mengambil.??
Itufimenemukan langkah mewakili sebuah prafimemfilter konformer basis data
untuk langkah pengambilan berikut. Selamafimenemukan, PHASE mencari
konformer basis data dengan geometri yang mengandung fungsi kimia dengan jarak
satu sama lain seperti yang diamati untuk model farmakofor. Mengambil adalah
filangkah pertama dari algoritma skrining berbasis farmakofor PHASE. Ini
meminimalkan jarak antara kelompok kimia konformer dan fitur model dan
menghitung apa yang disebutfiSkor tness. Untuk meringkas, keenam alat
pemodelan farmakofor - DS CATALYST, GALAHAD, GASP, LIGANDSCOUT, MOE, dan
PHASE - menggunakan algoritma VS yang melakukan prethatfipenyaringan
konformer basis data diikuti oleh penyelarasan konformer-kemodel yang secara
komputasi lebih mahal. Berbeda dengan algoritma penyaringan lainnya, langkah
penyelarasan prosedur VS DSCATALYST adalah pilihan independen dan dapat
dimatikan. Tanpa opsi penyelarasan, DS CATALYST memungkinkan dengan
cepatfipenyaringan database molekul kecil yang besar.