KATA PENGANTAR Teori Genetika dasar yang diberikan dalam perkuliahan didukung oleh beberapa praktikum.

Praktikum ini dirancang untuk memperjelas prinsip-prinsip Genetika yang diberikan dalam perkuliahan dan untuk memberi ketrampilan dalam pengamatan dan pengumpulan data. Beberapa percobaan di dalam bidang Genetika dapat dilakukan dalam waktu yang singkat seperti pada percobaan teori probabilitas dan analisa statistik, Genetika populasi serta dalam percobaan Genetika tumbuh-tumbuhan. Untuk percobaan yang menyangkut persilangan serta pengamatan turunan yang dalam hal ini dengan menggunakan lalat buah Drosophila melanogaster, dibutuhkan waktu yang relatif lebih lama. Praktikum Genetika meliputi : 1. Teori probabilitas dan analisa statistika yang digunakan dalam bidang Genetika. 2. Genetika populasi. 3. Genetika tumbuhan. 4. Genetika hewan. 5. Pembuatan preparat kromosom. Diharapkan praktikum yang tercakup dalam penuntun ini dapat membantu pengertian tentang hukum-hukum hereditas yang berlaku. Padang, Maret 1996

I. TEORI PROBABILITAS DAN ANALISA STATISTIK YANG DIGUNAKAN DALAM ILMU GENETIKA PENDAHULUAN Tujuan dari percobaan berikut adalah untuk memberikan ketrampilan dalam menggunakan teori probabilitas dan statistik sebagai alat untuk menganalisa data yang dikumpulkan dari hasil suatu percobaan. Prosedur yang dipelajari dalam praktikum ini juga digunakan dalam percobaan genetika hewan dan tumbuhan. TEORI PROBABILITAS Teori probabilitas berkembang dari permainan peluang yang dilakukan oleh para pejudi untuk memperkirakan peluang kemenangannya. Probabilitas didefinisikan sebagai bagian dimana pembilangnya adalah jumlah kejadian yang diharapkan dan penyebutnya adalah jumlah dari kejadian yang mungkin terjadi. Jumlah cara untuk menang P (menang) = Jumlah total permainan Contoh pada pelemparan koin: Dalam hal ini ada dua kemungkinan yang muncul, yaitu angka (A) atau gambar (G). Jika A adalah sisi yang diharapkan, maka probabilitas untuk memperoleh A adalah 1/2 karena hanya ada satu sisi A dari dua kemungkinan yang ada (sisi A atau sisi G). A P (A) = (A + G) Asumsi yang sama juga berlaku untuk G, dimana; G P (B) = (A + G) Contoh pada pelemparan dadu: Ada enam sisi yang mempunyai peluang yang sama untuk muncul. jika 2 adalah sisi yang diharapkan akan muncul, maka probabilitas untuk mendapatkan 2 adalah 1/6 --------- > P(2) = 1/6. Dari kedua contoh di atas, dapat dilihat bahwa nilai probabilitas terletak antara 0 hingga 1. Jika nilainya kecil dari 0 atau besar dari 1 maka dalam penghitungannya harus ditambahkan galat (error). Contoh penggunaan dalam ilmu Genetika : Gen Aa dapat membuat 2 macam gamet, yaitu gamet A dan gamet a. Jika diumpamakan A adalah yang sukses, maka probabilitas untuk sukses adalah 1/2. Diasumsikan bahwa A dan a mempunyai kemungkinan yang sama untuk muncul. Ada dua kejadian yang sering dijumpai dalam masalah genetika, yaitu : 1. Kejadian indenpenden, dimana kejadian yang pertama tidak ada kaitannya dengan kejadian berikutnya. = 1/2 = 1/2

2. Kejadian mutually exclusive, dimana jika satu kejadian telah terjadi, maka kejadian yang lain tidak dapat terjadi lagi dalam waktu yang sama. Ada dua macam teorema yang digunakan. Teorema Multiplikasi : Jika ada dua atau lebih kejadian yang independen, probabilitas dari kejadian tersebut terjadi bersamaan dan merupakan jumlah dari probabilitas masing-masing individu. Contoh . Berapa probabilitas dari kemunculan dua A dalam dua kali pelemparan satu koin. Disini jelas bahwa apa yang didapat pada pelemparan pertama tidak ada pengaruhnya terhadap pelemparan yang kedua, dengan demikian kejadian ini adalah independen. Telah diketahui bahwa probabilitas dari A pada satu pelemparan koin adalah 1/2. Dengan menggunakan teorema multiplikasi, probabilitas untuk mendapatkan 2 A pada dua kali peleparan adalah: 1/2 x 1/2 = 1/4. Selain dari pelemparan satu koin dua kali dapat juga dilakukan pelemparan dua koin secara bersamaan sebanyak satu kali dan probabilitas untuk mendapatkan dua A adalah juga: 1/2 x 1/2 = 1/4. Dengan menggunakan teorema ini, probabilitas untuk mendapatkan dua angka tiga jika sepasang dadu dilemparkan adalah : 1/6 x 1/6 = 1/36. Contoh penggunaan dalam ilmu genetika : Pada sebuah heterozigotik Aa Bb, dimana gen A dan B tidak terikat dan inde-penden satu dengan lainnya, berapa probabilitas untuk memperoleh gamet AB. Telah diketahui bahwa probabilitas untuk mendapatkan gamet A adalah 1/2, demikian juga probabilitas untuk mendapatkan B adalah 1/2. Sehingga probabilitas untuk mendapatkan gamet AB adalah : 1/2 x 1/2 = 1/4. Teorema Adisional : Jika dua kejadian mutually exclusive, probabilitas dari suatu kejadian adalah merupakan jumlah dari kedua probabilitas. Contoh : Jika sebuah dadu dilemparkan, sisi 3 atau sisi 4 merupakan keja dian exclusive bersama. Dapat diperoleh 3 atau 4, tetapi tidak keduanya dalam pelemparan sebuah dadu, dengan menggunakan teorema ini, maka probabilitasnya adalah : 1/6 + 1/6 = 1/3 karena ada dua sisi yang muncul dan ada enam sisi yang mungkin muncul atau 2/6 = 1/3, Dengan menggunakan teorema ini dalam pelemparan koin, maka probabilitas untuk mendapatkan A atau B pada satu kali pelemparan sebuah koin adalah : 1/2 + 1/2 = 1 karena probabilitas untuk mendapatkan A adalah 1/2 dan B juga 1/2. DISTRIBUSI BINOMIAL. Dalam contoh terdahulu telah dapat diperkirakan kemungkinan dari beberapa percobaan independen, seperti pelemparan satu atau dua dadu untuk satu atau dua kali. Metode distribusi binomial dapat membantu menjawab pertanyaan probabilitas, apabila ada dua kejadian independen (A atau B, laki-laki atau perempuan, gen A atau a

dan lain-lainnya). Bentuk umum dari binomial adalah (a + b) n, a adalah probabilitas kejadian a (sebagai A), b adalah probabilitas kejadiab b (sebagai B), n adalah jumlah dari kejadian independen (sebagai jumlah pelemparan satu dadu atau jumlah koin yang dilempar secara bersamaan) dan (a + b) = 1. Contoh : 1. Berapa probabilitas untuk mendapatkan 2A dalam 2 kali pelemparan sebuah koin ?. a = 1/2 b = 1/2 n=2 (a + b) 2 = (a + b)(a + b) = a 2+ 2ab +b2 a2 = prob. untuk mendapatkan 2A 2ab = prob. untuk mendapatkan 1A dan 2G b2 = prob. untuk mendapatkan 2G maka P(2A) = (1/2)2 = 1/4 Untuk 3 kali pelemparan 1 koin atau 1 kali pelemparan 3 koin, berlaku : (a+b)3 = a3+3a2b+3ab2+b3 dengan demikian ada 4 kemungkinan yang muncul, yaitu (3A), (2A dan 1G), (1A dan 2G) serta (3G). Nilai dari keempat kemunculan ini adalah : (1/2) 3 + 3(1/2) 2(1/2) + 3(1/2)(1/2)2 + (1/2) 3 = 1 Koefisien untuk masing-masingnya adalah 1, 3, 3 dan 1. Angka ini menggambarkan kombinasi dari kejadian yang dapat muncul. Dengan demikian, 2A dan 1G dapat muncul dalam 3 cara, yaitu AAG atau AGA atau GAA. Dalam mencari probabilitas untuk mendapatkan 5A dan 3G dalam 8 kali pelemparan koin, struktur segi tiga pascal sangatlah membantu. n 11 121 1331 14641 1 5 10 10 5 1 1 6 15 20 15 6 1 1 7 21 35 35 21 7 1 1 8 28 56 70 56 28 8 1 dan seterusnya Koefisien dalam urutan ke 8 pada segi tiga Pascal ad'alah 1, 8, 28, 56, 70, 56, 28, 8 dan 1, yaitu koefisien untuk memperoleh 8A, 7A, 6A, 5A, 4A, 3A, 2A, IA dan OA. Yang akan diinginkan adalah 5A dan 3G. Koefisien untuk a5 b3 adalah 56. Maka : P(5A, 3G) = 56 (1/2) 5 (1/2) 3 = 56 (1/2) 8 = 0,22 atau dengan cara lain sebagai berikut : n! P(nl, n2) = (a)nl (b)n2 ni! x n2! sehingga,

8! P(5A, 3G) = 5! x 3! 8 x 7 x 6 x 5! = 5! x 3 x 2 x 1 = 0,22 Dari bentuk umum diatas, dapat dikembangkan penganalisaan probabilitas terhadap 3 atau lebih kejadian. Contoh : 1. Lokus A mempunyai 2 alel, A dan a. Ada 3 kemungkinan genotip, yaitu AA, Aa dan aa. (Dalam suatu populasi, pada persilangan individu secara random dapat memiliki frekuensi yang berbeda untuk setiap genotip). Umpamanya, suatu populasi mempunyai frekuensi 1/4 AA, 1/2Aa dan 1/4 aa. Jika dikumpulkan 25 individu dari populasi tersebut, berapa besarnya probabilitas untuk mendapatkan 4 AA, 20Aa dan 1 aa. n! P(nl,n2,n3) = (q)n1 (r)n 2 (s)n3 nl! x n2! x n3! dimana ; q = frekuensi dari individu AA r = frekuensi dari individu Aa s = frekuwnsi dari individu aa n = nl + n2 + n3 (jumlah total dari individu yang diamati) maka : 25 P (4AA,20Aa,1aa) = (1/4) 4 (1/2) 20 (1/4) 1 4! x 20! x 11 24 x 23 x 22x 21 x 20! = 4! x 20! x 1! = 0,00024 Dengan demikian, dalam hal ini, probabilitas untuk memperoleh 4AA, 20Aa dan l aa adalah sangat kecil yaitu, 0,00024 atau hanya sebesar 0,024 %. 2. Untuk persoalan yang menggunakan dadu, maka persamaan dapat diperbesar menjadi multinomial: n! P(n1,n2,n3,n4,n5,n6) = x nl! x n2! x n3! x n4! x n5 x n6 (a)nl (b)n2 (c)n3 (d)n4 (e)n5 (f)n6 dimana, n = jumlah total pelemparan satu dadu atau jumlah dadu dalam satu kali (1/4) 15 (1/2) 8 (1/2) 5 (1/2) 3

pelemparan nl = jumlah pemunculan angka 1 n2 = jumlah pemunculan angka 2 n6 = jumlah pemunculan angka 6 Dengan menggunakan bentuk umum ini, beberapa probalitas untuk pemunculan angka 3 satu kali, 4 dua kali dan 6 tiga kali dari enam kali pelemparan. 6! P(0-1,0-2,1-3,2-4,0-5,3-6) = x 0! x 0! x 1! x 2! x 0! x 3! (1/6)0(1/6)0(1/6)1(1/6)2(1/6)0(1/6)3 = 0,00129 Dengan demikian, probabilitas dari sejumlah menggunakan binomial ataupun multinomial kejadian dapat dicari dengan

DISTRIBUSI NORMAL. Dengan menggunakan distribusi normal, trinomial atau multinomial, besarnya peluang kemungkinan-kemungkinan kejadian dari sejumlah sampel yang relatif kecil dapat dicari. Tetapi jika jumlah sampel bertambah besar, diperlukan satu cara lain untuk pemecahan masalah, yaitu dengan distribusi normal. Dapat dilihat pada contoh berikut, dalam persilangan Aa x aa, kemungkinan yang diharapkan dari progeni adalah 1/2 Aa dan 1/2 aa. Jika digunakan distribusi binomial (a + b) ndimana : a = frekwens i Aa = 1/2 b = frekw ens i aa = 1/2 Maka dengan menggunakan segi tiga paskal dapat dibuat histogram sebagai berikut :

n=2 n=3

x 2Aa x x 2Aa

x x 1Aa x x 1Aa x x x x x x 2Aa x x x x x x x x x x

x 0Aa

x 3Aa n=4 x x x x 3Aa

x 0Aa

x 4Aa n=5

x x x x 1Aa

x 0Aa

x 5Aa n=6

x x x x 4Aa

x x x x x 3Aa x x x x x x x x x x x x x x x x x x x x 3Aa

x x x x x 2Aa

x x x x 1Aa

x 0Aa

x 6Aa

x x x x x x 5Aa

x x x x x x x x x x x x x x x 4Aa

x x x x x x x x x x x x x x x 2Aa

x x x x x x 1Aa

x 0Aa

Jika jumlah n bertambah besar, bentuk histogram akan lebih mendekati kurva normal sebagai berikut :

. . . .

. . . . . . . .

. . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . . . . . .

. . . . . . . . . . . .

. . . . . . . .

. . . .

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-2,6 0 1 1,96 2, 6 68 % 95 % 99 % Distribusi ini ditentukan oleh 2 parameter 1. harga rata-rata 2. standard deviasi Kurva normal yang digambarkan di atas mempunyai nilai rata-rata = 0 dan standar deviasi = 1,0. Untuk kurva normal yang lain, dengan harga rata-rata = (X), standar deviasi = S dapat ditransformasikan kedalam bentuk N (0,1) dengan mengganti harga rata-rata (X) dari semua nilai yang mewakili populasi dan kemudian selisihnya dibagi dengan standar deviasi dari populasi (S). Umumnya pada kurva normal ditemukan bahwa : 1. 68% dari seluruh populasi dibawah kurva normal terletak dalam interval X 1,00 S 2. 95% dari seluruh populasi dibawah kurva normal terletak dalam interval X + 1,96 S 3. 99% dari seluruh populasi dibawah kurva normal terletak dalam interval X + 2,60 S Dalam distribusi normal dimana harga rata-rata adalah merupakan perbandingan antara p (bagian dari kejadian yang diharapkan) dan q (bagian dari kejadian yang tidak diharapkan) dan p + q = 1 , rata-rata normal adalah p dan standar deviasi adalah. pq/n Dengan demikian, jika dikumpulkan data dari beberapa percobaan dimana rata-rata X =1/2 , standar deviasi adalah S= 1/2x1/2/n, dimana n adalah besarnya sampel. Jika n= 100, S= 1/2x1/2/100 = 1/20. D apat dikatakan bahw a pada s elang kepercayaan 95% harga rata-rata dari populasi terletak pada interval berikut : 1/2 + 1,96 x 1/20 atau 0,5 0,05 atau antara 0,45 dan 0,55. Selanjutnya, akan dijelaskan suatu percobaan genetika dimana proporsi yang diharapkan tidak diketahui tetapi proporsinya dapat dihitung dari data. ANALISA CHI-SQUARE Dalam suatu eksperimen sering terjadi beberapa penyimpangan antara hasil yang diamati dengan yang diharapkan dari suatu hipotesa. Dengan menggunakan metoda chi-cquare dapat ditentukan apakah hipotesa ditolak atau diterima. Jika penyimpangan itu terlalu besar, maka hipotesa itu harus ditolak. CHI-SQUARE adalah suatu pengukuran penyimpangan dari hasil pengamatan dibandingkan dengan angka-angka yang diharapkan secara hipotesis. Jika dalam suatu eksperimen hanya ada dua kelompok fenotip yang muncul, maka suatu kelompok dianggap sebagai non variable (bebas), misalnya : Dalam penyilangan lalat jantan normal heterozigot dengan lalat betina bersayap melengkung (curved) akan menghasilkan lalat normal 50 X dan curved 50 X. Percobaan ini dikatakan mempunyai derajat kebebasan satu (one degree of freedom : df) Perhitungan X2 dalam percobaan dengan derajat kebebasan satu dapat dilihat sebagai berikut : Umpamanya ada dua galur murni dari jagung, yellow memberikan progeni 100 X yellow dan purple memberikan progeni 100 % purple. Bagaimana warna yang berbeda tersebut diturunkan, apakah dua sifat tersebut dikontrol oleh satu pasang gen atau lebih apakah ada keterlibatan linkage dan apakah ada kaitannya dengan hubungan dominan resesif. Untuk menjawab pertanyaan tersebut, mula-mula dilakukan persilangan resiprokal antara parental yellow ( P 1 ) dan purple (P2) dan tentukan fenotip F1 (umpamanya seluruhnya -1, 96 -1

purple). Dari hasil persilangan diantara F1, diperoleh F2. Umpamanya ada 2 macam progeni yang tampak pada F2, purple dan yellow. Hitung jumlah progeni dari masing-masing tipe. Umpamanya teramati 10 progeni yellow dan 10 progeni purple. Bagaimana pola penurunan perbedaan warna tersebut ?. Dari F 1 dapat diketahui bahwa purple dominan terhadap yellow dan dari F2 dapat dilihat bahwa ada segregasi gen. Umpamakan ada satu gen tunggal yang terlibat sebagai penyebab terjadinya perubahan pada fenotip parental. Jika purple di tulis sebagai PP dan yellow sebagai pp. F1 akan menampilkan pp, jika disilangkan individu-individu pp sesamanya maka di antara turunannya harus ada 1/2q PP, 1/2 Pp dan 1/4 pp. Jika purple dominan terhadap yellow, maka PP dan Pp akan berfenotip sama. Dengan demikian menurut teori, yang diharapkan dari satu pasang gen dengan simple dominan dan resesif adalah 3/4 P- (purple) dan 1/4 pp (yellow). Dari hasil pengamatan pada persilangan diamati 10 purple dan 10 yellow diharapkan akan ada 15 purple (3/4 x 20) dan 5 yellow (1/4 x 20). 20! P(10P,10Y) = x (3/4)10 (1/4)10 10! x 10! = 0,009922 = 1% 20! P(15P,5Y) = 15! x 5! = 20,2 % Artinya : kemungkinan untuk memperoleh 15P, 5Y adalah 20,2%, sedangkan untuk mendapatkan IOP,lOY hanya 1%. Untuk membandingkan data pengamatan dengan hasil yang diharapkan, digunakan analisa chisquare sebagai berikut : Observed progeni (0) 10 10 20 Expected progeni (E) 15 5 20 (0 - E) (0 - E)2 E Purple Yellow Total -5 5 0 1,67 5,00 6,67 x (3/4) 15 (1/4) 5

Fenotip

Dengan demikian, nilai chi-square = 6,67 dan jika dilihat pada tabel, kejadian ini kecil dari 1%. Tetapi karena sample yang diamati terlalu kecil, deviasi dapat saja terjadi secara kebetulan. Dengan alasan tersebut, dibutuhkan sample yang lebih besar. Qmpamanya dikumpulkan 200 progeni dan rasio masih tetap 100P : 100Y. Berapa X*2 jika yang diharapkan 150 P : 150 Y ?. Observer Expected (O E) (O E)2 Fenotip progeni (O) progeni (O) E Purple Yellow 10 0 10 0 150 50 -50 50 16,67 50,00

Total

200

200

66,67

Nilai X2 nya masih terlalu besar, maka pengamatan dengan rasio 3 : 1 menjadi diragukan, dengan demikian hipotesis bahwa jagung pada persilangan ini diatur oleh satu pasang gen ditolak. Adalah mungkin bahwa perbedaan warna tersebut dapat dijelaskan dengan dua pasang gen yang bukan linkage dengan perbandingan 9P : 7Y. Jika asumsi ini dibuat, maka perhitungan X 2 menjadi sebagai berikut:

Fenotip Purple Yellow Total

Observed progeni (0) 100 100 200

Expected progeni (E) 112 88 200

(0 - E)

(0 - E)2 E

-12 12 0

1,29 1,64 2,93

Dengan demikian hipotesis nol bahwa warna purple dikontrol oleh dua pasang gen yang berintegrasi dengan rasio 9 : 7 untuk memproduksi 2 warna yang berbeda, purple dan yellow dapat diterima. LATIHAN BINOMIAL 1. Pelemparan satu koin: Lemparkan satu koin sebanyak 200 kali. Catat permukaan yang muncul (A atau G). Berdasarkan teori probabilitas, berapa hasil yang diharapkan dari percobaan ini ?. Hitung selang kepercayaan 95% untuk pemunculan A dari data yang diperoleh. Gunakan analisis X*2 untuk membandingkan nilai yang diharapkan dengan yang didapat. Dari hasil analisis, apakah hipotesis dapat diterima ?. 2. Pelemparan dua koin. Lemparkan sepasang koin sebanyak 200 kali. Catat permukaan yang muncul. Ada tiga kemungkinana pemunculan, AA, AG dan GG. Dengan cara perluasan binomial, hitung frekuensi yang diharapkan dari masing-masing pemunculan. Lakukan analisis X*2 untuk menguji hipotesis saudara. 3. Ulangi pelemparan sepasang koin sebanyak 200 kali, jika yang muncul AA atau AG, catat sebagai A. Jika GG yang muncul, catat sebagai G. Dengan menggunakan cara binomial, hitung jumlah yang diharapkan dari A dan G. Dengan menggunakan X*2 bandingkan hasil pelemparan dengan hasil yang diharapkan berdasarkan perhitungan cara binomial. Apakah hipotesis dapat diterima 4. Lemparkan 2 koin sebanyak 2 kali untuk total masing-masing sebanyak 200 kali dengan aturan sebagai berikut : Jika dua koin pertama adalah TT atau HT, catat sebagai T= Tall, jika HH catat sebagai short. Jika dua koin kedua adalah HH atau HT, catat sebagai H= Hollow, jika TT catat sebagai solid. Dengan demikian ada 4 kemungkinan yang muncul : T-H- = Tall- hollow, T-TT = Tallsolid, HHH- = short-hollow dan HHTT = short-solid. Keempat hasil ini berhubungan dengan 9 kemungkinan pelemparan berikut:

TTHH TTHT atau TTTH TTTT THHH atau HTHH THHT atau HTHT atau THTH atau HTTH THTT atau HTTT HHHH HHHT atau HHTH HHTT

TH Tall-hollow TH Tall-hollow TT Tall-solid TH Tall-hollow TH Tall-hollow TT Tall-solid HH Short-hollow HH Short-hollow HT Short-solid

Dengan cara binomial, hitung probabilitas untuk memperoleh hasil-hasil tersebut di atas dari pelemparan koin saudara. Hitung jumlah yang diharapkan dari masing-masingnya. bandingkan dengan data yang diperoleh dengan menggunakan X*2. Pereobaan genetik apakah yang tergambarkan dari hasil yang saudara peroleh ?. 5. Lemparkan 5 koin sebanyak 320 kali. Catat jumlah A dan G. Ada 6 kemungkinan pemunculan dari setiap kali pelemparan yaitu: 5A-OG, 4A-1G, 3A-2G, 2A-3G, 1A4G dan OA-5G. Bandingkan hasil yang didapat dengan yang diharapkan dengan menggunakan analisis X*2. 6. Lemparkan sepasang koin sebanyak dua kali. Jika pada pelemparan pertama adalah A dan yang kedua juga A catat sebagai A. Jika ada 2G pada pelemparan pertama dan 2G pada pelemparan kedua, catat sebagai G. Jadi dari 4 koin yang dilemparkan akan ada dua kemungkinan yang diperoleh :A atau G. Lemparkan tiap pasangan sebanyak 200 kali. Hitung frekuensi yang diharapkan berdasarkan aturan di atas dan bandingkan dengan data yang diperoleh dengan menggunakan anlisis X*2. LATIHAN MULTINOMIAL 1. Pelemparan dadu. Lemparkan sepasang dadu sebanyak 360 kali, catat setiap pemunculan. Ada 21 kemungkinan: 1.1 = 2.2 = 3.3 = 4.4 = 5.5 = 6.6 = 1.2 = 2.3 = 3.4 = 4.5 = 5.6 = 1.3 = 2.4 = 3.5 = 4.6.= 1.4 = 2.5 = 3.6 = 1.5 = 2.6 = 1.6 = Dengan menggunakan multinomial, hitung probabilitas yang dari maing-masing kejadian. Periksa perhitungan saudara dengan menjumlahkan probabilitasprobabilitas dari seluruh kemungkinan, totalnya harus = 1. Hitung masing-masing jumlah yang di - rapkan, bandingkan dengan data yang diperoleh dengan menggunakan analisis X*2, apakah hipotesis dapat diterima ?. 2. Lemparkan 1 dadu dan 1 koin sebanyak 240 kali. Setiap pelemparan, yaitu 1A, iG, 2A, 2G, 3A, 3G, 4A, 4G, 5A, 5G, 6A dan 6G. Hitung frekwensi yang diharapkan dari masingmasingnya dan bandingkan dengan data dengan menggunakan analisis X*2. 3. Lemparkan 2 dadu sebanyak 180 kali, dengan ketentuan sebagai berikut : Untuk dadu yang pertama, jika hasilnya 1 atau 3, catat sebagai 1 dan jika 2,4,5,6 catat sebagai 2. Untuk dadu yang kedua, jika hasilnya 3 atau 6 catat sebagai 2 dan jika 1,2,4,5 catat sebagai 4. Hitung probabilitas yang diharapkan dari setiap kejadian Yang munaul. Bandingkan dengan data yang diperoleh dengan menggunakan analisis X*2.

II GENETIKA POPULASI Pengamatan pewarisan karakter tidak hanya terbatas pada individu akan tetapi juga dapat dilakukan pada tingkat yang lebih besar yaitu pada tingkat populasi. Dalam kesempatan praktikum ini ada beberapa fenomena dalam populasi yang mungkin dapat diamati : 1. Ada 10 kaleng kacang dengan nomor 1 sampai 10. Masingmasing kaleng mempunyai 2 macam kacang, merah dan putih. Frekuensi kacang pada setiap kaleng tidaklah sama. Tanpa melihat, ambil dua kacang sekaligus dari dalam satu kaleng. Kedua kacang tersebut mewakili dua gon dari suatu individu. Jika kedua kacang ters,ebut merah, maka individu tersebut adalah AA, jika satu merah dan satu putih (berfenotip pink), maka individu tersebut adalah Aa sedangkan jika dua-duanya putih, maka individu tersebut adalah aa (berfenotip putih). Selanjutnya dilakukan pengambilan 500 pasang kacang (500 individu masing-masing dengan 2 gen), catat hasil yang diperoleh, yaitu AA,Aa atau aa, kembalikan dan kocok kacang sebelum pengambilan berikutnya dilakukan. Sekarang saudara telah mempunyai dua populasi. Pertanyaan : Berapa frekuensi gen A pada kedua populasi tersebut pada interval kepercayaan 95% ?. Untuk menjawab pertanyaan ini saudara harus menggabungkan apa yang pernah saudara pelajari pada teori probabilitas dan analisis chi-square. Umpamanya p = frekuensi dari gen A dalam populasi dan q = frekuensi dari gen a dalam populasi. p + q = 1, karena hanya ada dua macam gen dalam populasi tersebut. Jika didapat satu gen secara random, probabilitas untuk mendapatkan A = p probabilitas untuk mendapatkan a = q. Jika secara random didapat dua gen dari populasi tersebut, lakukan percobaan yang sama dengan cara trinomial di atas, dimana frekuensi AA = p x p= p2, frekuensi Aa = 2 x p x q dan aa = q x q= q2. Bentuk trinomialnya adalah : ( p 2 + 2pq + q 2 = 1). Formulasi ini dikenal dengan Hukum keseimbangan dari Hardy Weinbera yang bentudengan persyaratan bahwa jumlah populasi harus besar, tidak ada mutasi baru terhadap gen, tidak terjadi migrasi dan persilangan yang terjadi dalam populasi harus secara random. Karena nilai p dan,nilai q tidak diketahui, maka nilai p dan q ini ditentukan dari sampel 500 individu tersebut dengan menggunakan definisi dari teari probabilitas ; .............. P(A) = .............. jumlah yang sukses ( dalam hal ini gen A) dibagi jumlah total kejadian ( dalam hal ini, total gen). Perbandingan di atas memberikan penghitungan frekuensi gen A dari tiap populasi. Dengan menggunalsan penghitungan untuk frekuensi gen A pada kedua populasi saudara, hitung frekuensi yang diharapkan dari tiap genotip AA, Aa dan aa. untuk kedua populasi tersebut. Hitung juga nilai pada interval kepercayaan 95 % dari nilai tersebut. Bandingkan nilai yang saudara amati dengan nilai yang diharapkan dengan menggunakan X*2. Dari analisis yang saudara lakukan, berapa frekuensi dari kacang merah (gen A ) pada setiap kaleng yang saudara amati. Dari analisis X*2 saudara, tentukan apakah frekuensi progeni yang diamati (AA, Aa dan aa) dari kedua populasi sesuai dengan frekuensi yang diharapkan dengan cara binomial. 2. Pengamatan frekuensi gen yang menentukan karakter pada : - golongan darah dengan sistim ABO - golongan darah dengan sistim Rh - lidah menggulung - tipe ujung daun telinga

lidah pengecap panjang ekor kucing/anj ing III. GENETIKA TUMBUHAN

PENDAHULAN Prinsip-prinsip dasar ilmu genetika berlaku sama pada tumbuhan dan hewan. Prinsipprinsip ini dapat digambarkan dengan mudah pada tumbuhan walaupun untuk sebagian tumbuhan termasuk tanaman yang mempunyai nilai ekonomi seperti jagung dan padi membutuhkan waktu lebih dari 9 bulan untuk stu generasi. Sehubungan dengan keterbatasan waktu, maka kepada mahasiswa dlberikan jagung(Zea maiza) yang merupakan turuflan kedua (F2) dari jenis persilangan monohibrid dan dihibrid. Tujuan dari percobaan ini adalah untuk mengenal bagaimana cara melalsukan pengamatan, cara mengumpulkan dan menganalisa data. PERCOBAAN Fenotip dari suatu organisma merupakan salah satu aspek dari organisma tersebut yang dapat dipelajari. Pada tumbuhan dapat berupa berat biji, bentu serta ukuran biji, tinggi tanaman, lebar daun dan lain-lain. Jagung yang akan dipelajari pada kesempatan ini memiliki fenotipe dengan bermacam-macam variasi. Tiap tongkol jagung dapat mempunyai 300 - 400 progeni hasil dari persilangan monohibrid. Warna biji menjelaskan keberadaan pigmen pada lapisan aleuron. Adanya pigmen meyebabkan biji berwarna ungu (purple) atau merah (red). Purple dominan terhadap merah. Simbal genotipe untuk aleuron yang berpigmen adalah R -. Bentuk biji menjelaskan pengendapan kamponen pada endosperm. Biji yang licin menandakan bahwa banyak zat tepung yang mengendap (starchy) dengan simbol genotipe Su/Su. Biji yangberkerut adalah bentuk resesifnya dengan simbol su/su. Endosperm ada yang mempunyai warna kuning (yellow = Y -) serta dominan terhadap endosperm yang berwarna putih (yy). Endosperm yang berwarna ini diberi ciri simbol genotipe rr. Ada 10 jenis tongkol yang berbeda yang telah diberi nomor 1 sampai 10 untuk dipelajari pada praktikum ini. Tugas pertama adalah mengamati dan menghitung biji-biji jagung serta menentukan fenotipe dari biji-biji ayng ada pada setiap tongkol jagung (1 - 10), tentukan bentuk persilangan parentalnya. Jikasecara genetik antara jantan dan betinanya sama, maka progeni yang dihasilkan akan sama semuanya. Jika gametofit jantan dan betinanya bersegregasi untuk gen yang berbeda yang mempengaruhi fenotipe biji, maka bijinya akan memperlihatkan perbedaan ini. Kesepuluh tongkol yang berbeda mewakili 10 persilangan yang berbeda . Setiap persilangan dapat memperlihatkan 1, 2, 3 atau 4 fenotipe. Jika pada tongkol yang sama tampak fenotipe yang berbeda, berarti parentalnya adalah individu yang heterozigot. Parental dapat bersifat heterozigot untuk 1, 2 atau lebih gen. Dengan menghitung tiap jenis dari turunan yang terlihat pada tiap tongkol, pola keturunannya dapat ditentukan. Untuk menentukan pola keturunan, dilakukan langkah sebagai berikut; 1. Tentukan jumlah fenotip dari masing-masing tongkol jagung. 2. Hitung jumlah turunan dari tiap fenotipe. 3. Tentukan rasio genotipe. 4. Dengan menggunakan analisa chi-square, uji apakah hasil pengamatan sesuai dengan hipotesis yang diharapkan.

Dalam laporan saudara, jelaskan pengamatan terhadap : 1. Fenotipe. 2. Penghitungan yang dibuat untuk masing-masing tongkol ( untuk lebih meyakinkan, dapat dilakukan penghitungn ulang). 3. Hipotesis genetik yang dibuat untuk menerangkan hasil penga matan dari persilangan. 4. Analisa chi-square untuk mengujis hipotesis dan kesipulan. 5. Daftar dari seluruh pengamatan seperti berikut : No. Tongkol 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 1 1 dst Parental Genotipe turunan Fenotipe turunan

IV GENETIKA HEWAN Drosophila melanogaster PENDAHULUAN Tujuan dari percobaan berikut adalah untuk mengenalkan prinsip-prinsip yang digunakan dalam ilmu genetika hewan. Seperti halnya dengan percobaan genetika tumbuhan, ada beberapa spesies hewan yang dapat diguanakan untuk memperlihatkan prinsip-prinsip dasar genetika serta hukum-hukum hereditas. Untuk lebih mempermudah pemahaman hukum hereditas, dilakukan persilangan individu yang memiliki perbedaan karakter yang mencolok antara satu dengan yang lainnya. Dari pengamatan generasi selanjutnya, dapat dikeratui mekanisma penurunan karakter ini. Sebagai hewan percobaan, dibutuhkan hewan yang mempunyai waktu generasi yang pendek. Salah satu diantaranya yang paling umum digunakan adalah lalat buah Drosophila melanogaster. Hewan ini inempunyai beberapa sifat yang dapat dianggap memenuhi persyaratan untuk dapat digunakan sebagai hewan percabaan antara lain karena : 1. Mempunyai waktu generasi yang singkat. 2. Hewan betina dapat menghasilkan turunan yang banyak. 3. Mudah dipelihara dalam medium yang sederhana. 4. Memiliki jumlah kromosom yang sedikit. 5. Larva memiliki kromosom raksasa 6. Banyak mutan-mutan yang telah tersedia untuk dipelajari. BAHAN DAN ALAT Alat-alat : 1. Mikroskop binokuler

2. Botol ether dengan pipet tetes 3. Etheriser 4. Botol-botol kultur dengan sumbat busa 5. Kwas kecil 6. Botol/ kaleng pembuang lalat 7. Marker Bahan ; 1. Lalat buah 2. Medium 3. Ether 4. Anti jamur Peneliharaan kultur Masalah-masalah teknis yang sering dijumpai dalam pemeliharaan Drosophila adalah kontaminasi oleh jamur, tungau dan Drosophila dari strain lain. Untuk mencegah kontaminasi tersebut, setiap praktikan dituntut untuk bekerja rapi dan bersih serta ikut menjaga kebersihan laboratorium. Jangan biarkan botol kultur terbuka dengan lalat berterbangan di ruangan tempat berkerja. Kontaminasi jamur dapat dikurangi dengan sterilisasi botol-botol dan sumbatnya sebelum digunakan. Penyediaan kultur : Dalam memilih parental yang akan digunakan dalam suatu penyila ngan, lalatlalat tersebut dibius terlebih dahulu dengan ether, kemudian dalam keadaan pingsan pindahkan kedalam botol kultur. Untuk menghindari agar jangan melekat pada medium yang basah, Jetakkan lalat tersebut pada kerucut kertas yang ditempatkan diatas medium. Pembuangan sisa kultur atau kultur yang sudah tidak digunakan lagi dapat dilakukan dengan cara membunuh seluruh isi botol (merendam dengan detergent). Membius lalat : Untuk dapat melakukan pengamatan terhadap lalat, terlebih dahulu dilakukan pembiusan dengan menggunakan botol pembius yang sudah ditetesi ether. Bila lalat sudah terlihat tidak bergerak lagi di dalam botol pembius, tunggulah sampai 30 detik sebelum mengeluarkan isi botol keatas secarik kertas untuk diamati. Pem biusan yang terlalu lama dapat membunuh lalat (hal ini ditandai dengan sayap yang membentang tegak lurus pada tubuh). Lalat tersebut dalam keadaan terbius selama 5 - 10 menit. Biasanya lalat sudah bangun sebelum pengamatan selesai, dapat dibius kembali dengan menggunakan reetherizer. Untuk memindahkan lalat yang sudah terbius ltedalam botol kultur, buat kerucut kertas kecil, isikan lalat tersebut kedalamnya dan diletakan diatas medium. Lalat-lalat yang akan dibuang setelah dihitung dan diamati, dimasukan kedalam botol bangkaii yang berisikan minyah atau air dengan detergent. Dalam pengamatan dan penghitungan, pemindahan lalat harus dilakukan dengan mempergunakan kuwas kecil untuk menyapu-nyapu. Mengisolasi virgin : Untuk keperluan penyilangan antara dua strain yang berlainan digunakan lalat betina yang perawan (virgin). Karena Drosophila betina dapat menyimpan dan memakia sperma dari suatu inseminasi alam jangka waktu panjang maka betina yang tidak virgin tidak dapat lagi dipakai untuk suatu penyilangan dua strain yang berbeda. Biasanya lalat betina belum akan melakukan perkawinan dalam waktu kurang lebih 8 jam setelah keluar dari kepompong. Untuk menjamin suatu keperawanan, dapat dilakukan prosedur sebagai berikut : 1. Dengan pembiusan keluarkan semua lalat dewasa ( imago ) dari botol kultur yang sudah banyak mengandung pupa sehingga tidak satupun yang tertinggal.

2. Setelah 8 jam keluarkan semua lalat yang baru keluar dari kepompong kemudian pilihlah yang betina. Penghitungan : Bila keturunan dari suatu persilangan akan dihitung jumlahnya, maka hal ini sebaiknya dimulai sejak hari pertama muncul imago. Penghitungan dilakukan setiap hari selama 8 hari berturut-turut. Penghitungan yang lebih dari 8 hari mungkin telah mengikut sertakan lalat dari generasi yang berikutnya, dan penghitungan kurang dari 8 hari mungkin belum mengikut sertakan semua mutan atau sex yang pertumbuhannya mengalami keterlambatan. Pindahkan lalat yang telah dibius keatas secarik kertas, kemudian dengan fenotip dan seks. Pengamatan lalat : Standar untuk membandingkan persamaan atau perbedaan dari menggunakan mikroskop binokuler pisahkan lalat tersebut menurut ialah stok lalat normal dan setelah beberapa generasi tidak memperlihatkan perubahan fenotip. Perhatikan hal-hal berikut dalam pengamatan lalat (lihat gambar 1). Seks. Betina mempunyai ukuran tubuh yang sedikit lebih besar abdemen pada bagian posteriot barakhir lancip dan bergaris-garis hitam pada bagipn dorsalnya sampai keujung. Ukuran tubuh yang jantan lebih kecil, abdomen hitam. Segmen tarsal pertama dari kaki depan mempunyai bagian yang bersikat, yang disebut "sex comb". Mata majemuk. Perhatikan warna, bentuk dan ukuran dari mata. Ocelli. Yaitu 3 omatida tunggal pada bagian atas kepala. Perhatikan warna dan susunannya. Anntenna. Perhatikan bentuk, cabang-cabang pada arista. Kepala dan Bristel thorax. Perhatikan perbedaan ukuran antara rambut sikat (bristle) yang besar (microchaetae) dan rambut sikat (microchaerae). Bristel ini berfungsi sebagai organ indera dan diturunkan dengan pola tertentu. Perhatikan warna, bentuk dan ukuran. Sayap. Perhatikan bentuk, panjang, warna, posisi pada waktu istirahat. Amati posisi vena longitudinal dan vena melintang. Perhatikan warna dan bentuk dari haltera. Tubuh. Perhatikan bentuk dan ukuran, warna dasar dari thorax (kuning) dan pola garis hitam pada segmen abdominal. Genitalia. Perbedaan antara genetalia jantan dan betina tempak cukup jelas (lihat gambar). Perhatikan adanya lengkung-lengkung genital pada jantan dan keping vaginal serta keping anal pada betina. SIKLUS HIDUP Drosophila melanogaster Pada hari kedua setelah keluar dari pupa, Drosophila betina mulai bertelur, yang jumlahnya kurang lebih 50 - 75 perhari sengan jumlah maksimal dapat mencapai 400 sampai 500 dalam 10 hari. Telur berbentuk lonjong, panjang kira-kira 0,5 cm. Pada ujung anterior terdapat dua tangkai kecil seperti sendok (lihat gambar) Pertumbuhan dimulai segera setelah fertiliasi dibagi dua tahap, yaitu : - Periode embrionik didalam telur, mulai saat fertiliasi hingga menetas - Perioda post embrianik yang dibagi dalam 3 stadia ; larva, pupa, dan imago. Berikut ini adalah kronologis dari pertumbuhan Drosophila melanogaster pada suhu 25 C. Jam Hari (+/- ) Stadium 00 0 telur diletakan 0 22 0-1 embrio 22 1 menetas ( instar 1 ) 47 2 pergantian kulit I (molting)

70 118 122 130 167 214 215

3 3 5 5 1/2 7 9 9

( instar 2 ) pergantian kulit II (instar 3) pembentukan puparium pergantian kulit prepupa (instar) pupa : penampakan kepala, sayap dan kaki pigmentasi mata imago keluar dari puparium dengan sayap terlipat sayap merentang sampai bentuk dewasa

Lamanya pertumbuhan ini bervariasi dengan temperatur. Pemanasan yang terus menerus diatas 300 C dapat menyebabkan sterilnya lalat. PERCOBAAN : I. Pengamatan siklus hidup Drosophila Drosophila yang akan diamati ditangkap di daerah tempat tinggal praktikan. a Letakan botol kultur yang berisikan makanan pengumpan ditempat yang banyak makanannya, seperti ruang makan, dapur atau tempat sampah. b Setelah terlihat adanya beberapa lalat yang terjebak, tutup botol tersebut. c Catat tanggal dan jam penangkapan tersebut. d Amati dan catat waktu dan tanggal munculnya telur, larva, pupa dan imago e Bandingkan dengan siklus hidup Drosophila pada suhu 25 0 C II. Persilangan monohibrid. 1. Gen resesif. Buat persilangan antara jantan mutan dengan betina normal. Jika F 1 muncul, lakukan persilangan di antaranya untuk memperoleh F2. Amati dan catat apa yang tampak pada Fl. Amati dan hitung lalat yang ada pada F2. 2. Gen dominan. Buat persilangan antara jantan mutan dengan betina normal. Lanjutkan persilangan ini untuk memperoleh F2. Amati dan catat apa yang teramati pada Fl. Amati dan hitung lalat yang ada pada F2. III. Persilangan dihibrid. Buat persilangan antara dua mutan. Jika F1 muncul, lanjutkan persilangan untuk memperoleh F2. Lakukan pengamatan dan penghitungan seperti di atas. IV. Analisa dua titik linkage. Lakukan persilangan antara betina mutan ganda dengan jantan normal. Amati sex dan fenotip progrni Fl. Lakukan persilangan betina F1 dengan jantan mutan ganda (classic backcross). Tentukan sex dan fenotip dari tiap lalat dan catat jumlahnya. Dari data ini, tentukan jarak antara ke dua gen mutan. IV. PEMBUATAN PREPARAT KROMOSOM TUJUAN Agar mahasiswa dapat membuat preparat kromosom dan menganalisis kariotip suatu species.

BAHAN DAN ALAT-ALAT Senyawa-senyawa kimia yang digunakan methanol absolut, colchisine natrium sitrat, asam asetat glasial, akuades, asam laktat, alkohol, larutan Giemsa, larutan buffer, Sorensen (KHZP04 4,4 gram + Na2HP03 4,75 gram) dan testis hewan jantan. Alat yang digunakan adalah pisau, pinset, gelas, arloji, jarum, objek glass, glass penutup, botol ukuran 10 ml (botol penisilin), pewarnaan dan mikroskop. CARA KERJA Hewan jantan dibedah diambil testisnya didalam larutan hipotonik. Testis yang didapat dipisahkan dari organ lainnya dan dibersihkan lemak-lemak yang melekat. Testis kemudian dipindahkan ke larutan hipotonik 0,1 % colchisine 0,5 ml, 9,5 ml natrium sitrat 1 %. Biarkan selama 5 - 15 menit, kemudian disentrifuga f 15 menit dengan 1.500 rpm sebanyak 2 kali. Tambahkan larutan fiksatif yaitu 3 methanol absolut : 1 asam asetat glasial biarkan selama 5 menit. Setelah itu pindahkan objek ke gelas arloji dan tambahkan larutan asam laktat asetat ( 6 asam asetat glasial : asam laktat. 1 akuades). Biarkan sampai objek menjadi transparan dan hubungan antar sel terlepas. Kemudian dengan menggunakan pipet atau hematokrit diambil satu atau dua tetes dan teteskan dalam objek glass yang telah dibersihkan dan direndam dalam alkohol 96 % selama satu hari satu malam. Sebelum objek menjadi kering tambahkan beberapa tetes fiksatif. Kemudian biarkan sampai pada temperatur kamar selama atu hari. Objek yang sudah kering diwarnai dengan larutan Giemsa selama 15 menit. Setelah itu dibersihkan dengan air mengalir selama + 1 detik dan dikering anginkan. Amati di bawah mikroskop dan gambarkan fase metafase mitosis dan fase metafase miosis.