Page 1

PENELITIAN
Open Access
Urutan genom dari bullhead Antartika
notothen mengungkapkan adaptasi evolusioner untuk
lingkungan yang dingin
Seung Chul Shin
1
, Apakah Hwan Ahn
1,2
, Su Jin Kim
3
, Chul Woo Pyo
4
, Hyoungseok Lee
1
, Mi-Kyeong Kim
1
.
Jungeun Lee
1
, Jong Eun Lee
5
, H William Detrich III
6
, John H Postlethwait
7
, David Edwards
8,9
, Sung Gu Lee
1,2
.
Juni Hyuck Lee
1,2
dan Hyun Taman
1,2 *
Abstrak
Latar Belakang: ikan Antartika telah disesuaikan dengan perairan pembekuan Samudra Selatan.
Adaptasi perwakilan
untuk lingkungan yang keras ini antara lain respon heat shock konstitutif dan evolusi protein
antibeku di
darah. Meskipun adaptasi mereka untuk dingin, studi genome belum dilakukan pada ikan ini
karena kurangnya genom sequencing. Notothenia coriiceps, yang dungu notothen Antartika,
adalah endemik
teleost ikan dengan distribusi sirkumpolar dan membuat model yang baik untuk memahami
adaptasi genom untuk

suhu di bawah nol konstan.

Hasil: Kami menyediakan urutan rancangan genom dan penjelasan untuk N. coriiceps.
Perbandingan genome
analisis dengan genom ikan lain menunjukkan bahwa protein mitokondria dan hemoglobin
berkembang pesat. Transkriptome
analisis respon stres termal menemukan mekanisme respon alternatif untuk strategi evolusi
dalam lingkungan yang dingin.
Hilangnya tergantung fosforilasi motif sumoylation di heat shock factor 1 menunjukkan bahwa
respon heat shock
berkembang menjadi mekanisme regulasi fosforilasi-independen sederhana dan cepat. Cepat
berkembang hemoglobin
dan induksi respon kejutan panas dalam darah dapat mendukung pasokan yang efisien oksigen
ke dingin diadaptasi
mitokondria.
Kesimpulan: Data dan Analisis kami menunjukkan bahwa strategi evolusi di efisien respirasi
selular aerobik adalah
dikendalikan oleh hemoglobin dan mitokondria protein, yang mungkin penting untuk adaptasi
ikan Antartika untuk
lingkungan mereka. Penggunaan data genom dari ikan endemik Antartika menyediakan sumber
tak ternilai menyediakan
bukti adaptasi evolusioner dan dapat diterapkan untuk penelitian lain ikan Antartika.
Latar belakang
Ikan Antartika telah mengalami evolusi yang luar biasa
episode sejak pendinginan Samudra Selatan ke
titik air laut (-1,9 C) beku sekitar 34 juta
tahun lalu setelah pembukaan bagian Drake dan
pembentukan arus Antartika melingkari,
yang menyebabkan isolasi termal dan glaciation luas
Antartika [ 1 , 2]. Khususnya di lingkungan ini,
adaptasi terjadi termasuk glikoprotein antibeku
gen yang berevolusi dari gen tripsinogen digandakan
[ 3 -5], dingin-efisien mikrotubulus perakitan [6,7], kehilangan
dari respon diinduksi heat shock [ 8 -10], dan
perubahan fluiditas membran [ 11 ]. The Channichthyidae
(Icefish putih berdarah) clade dari Notothenioids bahkan hilang
hemoglobin fungsional, mioglobin, dan kemampuan untuk membuat
sel darah merah [ 2 , 12,13]. Sejarah evolusioner
episode dapat mungkin diterjemahkan dari eksplorasi
genom ikan Antartika dan kompensasi mereka
adaptasi dengan lingkungan pembekuan dekat-mereka.
Perairan landas kontinen Antartika dan bagian atas
kemiringan mengandung 222 spesies ikan dari 19 keluarga. Itu
Notothenioids, kelompok perciform, account untuk 45,5% dari
spesies [14 ]. Di lintang tinggi (71s-78S) embayments dari
Ross dan Weddell Laut, Notothenioids mendominasi
* Korespondensi: hpark@kopri.re.kr

1
Divisi Polar Life Sciences, Korea Polar Research Institute, Yeonsu-gu,
Incheon 406-840, Korea Selatan
2
Polar Sciences, Universitas Sains & Teknologi, Yuseong-gu, Daejeon
305-333, Korea Selatan
Daftar lengkap informasi penulis tersedia di akhir artikel
2014 Shin et al .; lisensi BioMed Central Ltd Ini adalah artikel Open Access didistribusikan di
bawah ketentuan Creative
Lisensi Atribusi Commons (ht tp: //creativecommons.org/licenses/by/4.0), yang memungkinkan
penggunaan tak terbatas, distribusi, dan
reproduksi dalam media apapun, asalkan karya asli dikreditkan dengan benar. Creative
Commons Public Domain
Dedikasi pengabaian ( http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/) a pplies dengan data
yang tersedia dalam artikel ini,
kecuali dinyatakan lain.
Shin et al. Genome Biology 2014, 15: 468
http://genomebiology.com/2014/15/9/468
Halaman 2
Fauna ikan Antartika dan mewakili 77% dari spesies diversity. Ini akan menjadi 92% dari jumlah individu, dan 91%
dari biomassa [1 5] . Sembilan puluh tujuh persen dari Antartika
Ikan Notothenioid endemik [1 6]. coriiceps Notothenia
(Richardson, 1844) adalah salah satu ikan Antartika utama untuk
Studi adaptasi di Samudera Selatan [3 , 1 7-19]. N.
coriiceps sangat berlimpah di perairan Antartika dekat pantai
dan mungkin memiliki distribusi circumantarctic [ 20 ]. Di sini kita
membahas sequencing dan analisis genom dari
Antartika dungu notothen, N. coriiceps, dan laporan trananalisis scriptome dari percobaan RNA-seq dilakukan
untuk mengeksplorasi tantangan suhu terlibat dalam dingin diadaptasi
evolusi. Kami sequencing genom dari Antartika
dungu notothen, N. coriiceps, menerapkan seluruh genom
pendekatan senapan untuk total 84,5 cakupan untuk yang
Diperkirakan ukuran genom dari 637 Mb untuk memahami ini
mekanisme evolusi. Laporan ini menerangi evolusioner
tionary lintasan beberapa ciri kehidupan-sejarah besar ini
Ikan Antartika, memberikan petunjuk penting untuk ekologi dan
studi populasi yang dirancang untuk mengatasi masalah dari Antartika
biota, dan memberikan kontribusi genom referensi untuk digunakan di masa depan
studi banding adaptasi Antartika.
Hasil
Urutan dan perakitan
Kami sequencing DNA genomik diekstraksi dari satu
Coriiceps Notothenia dikumpulkan di Antartika Utara

Peninsula. Kami menggunakan tiga platform sequencing: Illumina

HiSeq2000, GS-FLX, dan Pacbio RS dengan cakupan
78,6 , 2.0 , dan 3,9 masing-masing. Rakitan hibrida awal
dilakukan dengan menggunakan Celera Assembler dengan Illumina
singkat membaca dan 454 berbunyi [2 1] (file tambahan 1: Tabel S1
dan S2). Sebanyak 25.794 kesenjangan perakitan dipenuhi
Illumina membaca dan kesalahan-dikoreksi panjang terus menerus berbunyi
(CLR) yang dihasilkan dari Pacbio RS [ 22 , 23] (file tambahan 1:
Tabel S3 dan tambahan berkas 2: Gambar S1). Sebanyak 18.400
kesenjangan dipenuhi Illumina membaca menggunakan Gapfiller
(Ver. 1.9) dan 7394 kesenjangan ditutup dengan CLR membaca
menggunakan PBjelly (Ver. 12.9.14). Perakitan akhir terdiri
dari 38.062 perancah yang terdiri 100.606 contigs
mencakup 637 Mb dengan sisa celah tertutup dari
sekitar 13,1 Mb (2,1% dari urutan perancah total).
Untuk memvalidasi keakuratan perakitan akhir dari perancah, kami
sequencing dan dirakit kromosom buatan bakteri
(BAC) klon menggunakan GS-FLX. Enam sequencing BAC
klon yang selaras dengan perancah, dan 99% dari
Total klon BAC yang identik dengan perancah dirakit
(File tambahan 2: Gambar S2). Perakitan akhir memiliki
N50 ukuran contig dari 11,6 Kb dan ukuran perancah N50 dari 219
Kb, dan perancah terbesar adalah 28 Mb (Tabel 1) .
Genom penjelasan
Untuk prediksi gen, kami menggunakan 36 Gb RNA sequencing
data dari tujuh jaringan (otak, kulit, telur, ginjal, otot,
perut, dan darah) dan 300 Mb kesalahan dikoreksi CLR dari
tiga jaringan (telur, kulit, dan otot) (file tambahan 1:
Tabel S4 dan S5), dan pipa MAKER penjelasan
Pendekatan menggunakan kedua metode initio berbasis bukti dan ab
[ 24 ] menghasilkan satu set gen akhir 32.260 protein-coding
gen. Sebanyak 29.045 dari gen protein-coding yang
ditugaskan fungsi awal dengan BLASTp, dan kita bisa
menetapkan Gene Ontologi (GO) istilah untuk 19.556 (60,57%)
gen diprediksi berdasarkan hasil BLASTp dan InterproScan,
meliputi proses biologis (14.602 (45,22%)),
komponen seluler (12.511 (38,75%)), dan molekul
fungsi (15.972 (49,47%)) (file tambahan 2 : Gambar S3).
Komisi enzim (EC) diperoleh untuk 3465 protein
(File tambahan 1: Tabel S6 dan S7). Gen Beranotasi
terkandung rata-rata 6.65 ekson, dengan rata-rata mRNA
panjang 1.478 bp dan CDS panjang 1.063 bp. The de novo
prediksi berulang menunjukkan bahwa urutan berulang menyumbang
untuk 18,15% dari N. dirakit genom coriiceps
(Tambahan fil e 1: Tabel S8) dan 529 tRNA juga
diprediksi (file tambahan 1 : Tabel S9).

Evolusi keluarga gen di N. coriiceps

Keluarga gen adalah kelompok gen homolog yang
memiliki struktur yang sangat identik dan fungsi yang sama.
Keluarga-keluarga ini bervariasi dalam laba atau rugi gen, membuat
ukuran yang berbeda antara keluarga gen melalui evolusi
[ 25 -27]. Untuk mengidentifikasi evolusi N. gen coriiceps
keluarga, kami meneliti perbedaan ukuran antara
18.131 gen keluarga dengan setidaknya dua gen di
enam ikan bunga (Danio rerio, Gasterosteus aculeatus,
Takifugu rubripes, Tetraodon nigroviridis, Gadus morhua,
dan N. coriiceps) (Gambar 1A dan B). Kami mampu
mengidentifikasi jumlah terbesar dari kontraksi keluarga gen
(5495 keluarga gen) dan penurunan rata-rata (0,344),
yang berarti jumlah gen yang hilang per keluarga, di
N. coriiceps keturunan. Silsilah D. rerio memiliki terbesar
jumlah ekspansi keluarga gen (4715) antara ini
enam ikan. Dalam pendekatan kemungkinan untuk mempelajari keluarga gen
evolusi, keluarga gen berkembang pada tingkat yang signifikan
keuntungan dan kerugian dari genom rata lebar bisa menunjukkan
ekspansi atau kontraksi yang lebih tinggi [27 ]. Dari 18.131
keluarga gen, 82 menunjukkan ekspansi yang signifikan atau
kontraksi antara enam ikan pada P <0.0001 [ 26- 29].
Pada tingkat signifikansi ini, hanya satu keluarga diharapkan
kebetulan (tingkat penemuan palsu = 0,02%); akhirnya kami
diidentifikasi 32 keluarga menunjukkan signifikan perbedaan
penginapan. keturunan coriiceps. Namun, kami tidak bisa
mengidentifikasi ekspansi yang signifikan dalam N. coriiceps, tetapi hanya
kontraksi yang signifikan terjadi pada 32 keluarga gen
(File tambahan 3) .
Untuk menyelidiki tekanan selektif pada protein-coding
gen N. coriiceps, kami menentukan rasio dN / dS
(Rasio tingkat substitusi non-identik untuk
tingkat substitusi sinonim) dari 8.974 orthologs
Shin et al. Genome Biology 2014, 15: 468
Halaman 2 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468
Halaman 3
dalam enam ikan (Gambar 1A, file tambahan 1: Tabel S10 dan
File tambahan 2: Gambar S4). Orthologs menunjukkan keselarasan miskin
ment telah dihapus, dan mereka dengan sub identik tinggi
tarif stitution (lebih dari 3) dan berlebihan transisi / transversi
rasio (lebih dari 10) juga dihapus. Akhirnya, dN / dS dari
5039 orthologs ditentukan. Rata-rata rasio dN / dS
N. coriiceps (0,133) secara signifikan lebih tinggi dari
lima lainnya ikan (kisaran: 0,050-0,115) (Gambar 1 C).

Kami menafsirkan perbandingan ini untuk menunjukkan tingkat tinggi

tekanan selektif yang disebabkan oleh Antartika yang keras
lingkungan Hidup. Untuk menentukan gen fungsional
kategori berkembang paling cepat, kami memilih 505 dengan cepat
berkembang gen dengan dN, sebagai indikator untuk mengkategorikan cepat
dan lambat berkembang orthologs, di atas 10% dari 5.039 gen
penginapan. coriiceps, kemudian dianalisis mereka untuk statistik
lebih terwakili gen dalam Gene Ontologi [ 30 -32]
(File tambahan 1: Tabel S11 dan file tambahan 4).
Seventeen hal GO (termasuk 46 gen) yang signifikan
dalam analisis pengayaan GO menggunakan dipilih 505 cepat
gen berkembang (Gambar 1 D dan file tambahan 1: Tabel S12).
Rata-rata rasio dN / dS (0,294) dari 46 gen di N. coriiceps
secara statistik lebih tinggi dari orthologs dari 46 ini
gen dalam lima ikan lainnya (sekitar 0,061 untuk
0.150). Perlu dicatat bahwa 13 GO hal antara
diperkaya 17 hal GO dikaitkan dengan mitokondria
Dria (fil tambahan e 1: Tabel S12). Kami fokus pada 20
mitokondria gen penyandi protein yang diperkaya
di 13 hal GO (file tambahan 1 : Tabel S12). Hasil
menunjukkan bahwa rata-rata rasio dN / dS (0.320) untuk set
20 N. gen mitokondria coriiceps juga statistik
lebih tinggi dari gen mitokondria ikan lainnya (sekitar
0,063 0,147) (Gambar 1E). Pengamatan kami bahwa kebanyakan GO
hal terkait dengan cepat berkembang gen mitokondria di N.
coriiceps mungkin fungsi berkorelasi dengan tinggi termal
sensitivitas di notothenioids Antartika [ 33-35]. GO lainnya
hal signifikan diperkaya antara berkembang pesat gen
yang aktivitas transferase glutathione (GO: 0004364), rhodKegiatan opsin kinase (GO: 0050254), dan transporter oksigen
Kegiatan (GO: 0005344) dalam fungsi molekul, dan MHC
kelas I kompleks protein (GO: 0042612) di com- seluler
ponent. Kegiatan oksigen transporter (GO: 0005344) antara
hal GO diperkaya signifikan termasuk alpha dan beta
globins mungkin juga terkait dengan mitokondria melalui
memasok oksigen untuk fosforilasi oksidatif mereka.
Kami juga menyelidiki apakah gen yang berkembang pesat
seperti yang didefinisikan oleh dN khusus untuk N. yang keturunan coriiceps
dan apakah hasilnya telah karena positif
pilihan atau relaksasi dari tekanan seleksi. Kami menggunakan
-cabang tertentu model, dan mengidentifikasi bahwa dN / dS dari
117 gen secara signifikan berbeda dari sisa
pohon filogenetik dari enam ikan. Tujuh puluh dua gen (termasuk
10 gen mitokondria) antara 117 gen (termasuk 14
gen mitokondria) berada di bawah positif yang signifikan
seleksi (file tambahan 1: Tabel S11), dan juga

fosforilasi oksidatif (GO: 0006119) dari GO jangka adalah

statistik diwakili dalam tes pengayaan GO untuk
gen bawah seleksi positif.
Heat shock faktor N. coriiceps
Meskipun respon heat shock (HSR), pertahanan
Mekanisme melawan stres termal, adalah diinduksi di sebagian besar
hewan, ikan notothenioid Antartika telah dilaporkan
kurang sebuah HSR diinduksi [1 2, 31]. Sebaliknya, HSR
protein dalam ikan Antartika yang konstitutif menyatakan,
mungkin untuk mengurangi denaturasi protein dingin
[ 10 , 36-39]. Untuk mengidentifikasi apakah hilangnya gen mempengaruhi
Ekspresi HSR konstitutif dengan denaturasi dingin
protein [ 40 ], kita meneliti gen yang terkait dengan
Peraturan HSR di N. yang coriiceps, dan mengidentifikasi bahwa
Gen HSR terkait yang baik dilestarikan dalam draft mereka
genom dan ekspresi gen mereka juga diidentifikasi oleh
reverse transcriptase PCR (rt-PCR) dalam kondisi normal atau
dalam kondisi stres (Gambar 2A). Pada vertebrata HSR, yang
Faktor heat shock 1 (HSF1) gen yang dikenal sebagai master
regulator. Oleh karena itu, kami menyelidiki apakah fungsional
domain dari HSF1 baik dilestarikan. Akibatnya, HSF1 hilang
yang tergantung fosforilasi motif sumoylation (PDSM),
yang penting untuk menekan kapasitas transactivation nya
Tabel 1 Statistik Global N. yang genom perakitan coriiceps
Platform Sequencing
Ukuran insert
Jumlah data (Mb)
Cakupan urut ()
Illumina dipasangkan-end
150, 300, 350, 500, 600 bp
47.163
78,6
GS-FLX Mate-pair
Single, 3, 8, 20 kb
1.185
2.0
PacBioRS
Terus menerus Panjang Baca
2318
3.9
Hasil perakitan
Nomor
N50 (kb)
sebuah
ML (kb)
b

Size (Mb)
Contig
100.606
11,6
226,8
622
Perancah
38.062
219,1
28,796.7
637
Anotasi
Nomor
Panjang total (kb)
Persentase genom
Gen
32.260
47.712
7.5
Mengulangi
115.561
18.15
sebuah
Panjang urutan minimum di mana setengah dari basis dirakit ditemukan.
b
Panjang maksimum.
Shin et al. Genome Biology 2014, 15: 468
Halaman 3 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468
Halaman 4
Gambar 1 (Lihat legenda pada halaman berikutnya.)
Shin et al. Genome Biology 2014, 15: 468
Halaman 4 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468
Halaman 5
(Gambar 2 B dan tambahan berkas 2: Gambar S5). Phosphorylasi dari residu serin di PDSM (KxExxSP) adalah
prasyarat untuk konjugasi kecil ubiquitin-terkait
pengubah peptida (SUMO) ke lisin residu tunggal di
HSF1. Ketika aktivitas HSF1 maksimal diperlukan, desumoylating enzim menghapus modifikasi ini dari HSF1
[ 41 -44] (Gambar 2B dan C). Kami menemukan bahwa serin yang residen
karena dari PDSM di HSF1 diganti dengan asparagin di
N. coriiceps dan ikan Antartika lain juga termasuk

yang aceratus icefish Chaenocephalus dan dragonfish yang

Parachaenichthys charcoti) (file tambahan 2 : Gambar S5).
Dalam respon terhadap stres termal, DNA-mengikat dan transKapasitas aktivasi HSF1 yang terkoordinasi diatur
melalui beberapa modifikasi pasca-translasi (PTM),
interaksi protein-protein dan lokalisasi subselular
[ 41 ]. Kehilangan ini situs sumoylation dari PDSM (Ser303 ke
Asn303) akan memungkinkan untuk aktivasi maksimal dalam menanggapi
panas kejutan stres dengan metode sederhana dalam genom yang
konteks N. coriiceps (Gambar 2 C) [41,43].
Tanggapan Heat shock di N. coriiceps
Untuk menjawab pertanyaan tentang respon terhadap heat shock, mengangkat
oleh temuan kami hilangnya situs sumoylation di N. yang
protein coriiceps HSP1, kami menyelidiki HSR di
ikan ini. N. coriiceps adalah ikan stenothermal yang dapat
bertahan hanya dalam kisaran -2.5 C menjadi 6,0 C [ 45] .
Ketika kita terkena N. coriiceps panas syok (4 C) untuk
48 jam, 32 gen (termasuk HSP70, HSP40, dan Panas
ssb1 shock protein) secara bermakna diregulasi
lebih dari dua kali lipat berdasarkan analisis RNA-seq
(Gambar 3 A, file tambahan 1: Tabel S13 dan S14).
Kami mengkonfirmasi bahwa gen HSR terkait yang diregulasi
dalam sampel darah seluruh menggunakan qPCR (Gambar 3 B). Itu
tingkat ekspresi HSP70 berkorelasi positif dengan
meningkatkan paparan suhu tinggi hingga 48 jam
(Gambar 3 C) dan menolak untuk awal setelah 24 jam pemulihan
dari heat shock stres. Sejauh ini, protein heat shock yang
diketahui konstitutif dinyatakan dalam insang dan hati
jaringan dari ikan Antartika notothenioid [ 8 , 10], dan kami
bisa mengidentifikasi bahwa HSP70 itu juga konstitutif
ekspresi, tapi tidak diinduksi dalam hati atau jaringan lain
(Otak, kulit, ginjal, dan limpa) (Angka 2A dan 3B).
Ini adalah pengamatan pertama bahwa ekspresi
Gen HSR terkait diinduksi bawah tekanan panas di
sampel darah utuh. Karena stres dingin, serta panas
stres, juga dapat mengubah sifat struktur protein [ 37 , 39,46], kami
menyelidiki apakah ekspresi beberapa gen HSP adalah
diinduksi bawah tekanan kejutan dingin di -2 C. Kami menemukan bahwa 46
gen secara signifikan diregulasi lebih dari dua kali lipat
di bawah tekanan dingin dan 13 gen juga upregulated bawah heat shock stres, termasuk gen HSP
(Gambar 3 A, B, C, dan tambahan file 1: Tabel S15).
Berdasarkan tes pengayaan GO antara gen upregulated lebih dari dua kali lipat di bawah panas atau dingin tekanan, yang
Mayoritas istilah GO diperkaya dibagi antara
dua stres (file tambahan 1: Tabel S16, S17 dan

File tambahan 2: Gambar S6). Hal GO bersama dihasilkan

dari gen bersama diregulasi di bawah tekanan yang berlawanan,
seperti panas dan dingin, yang relevan dalam hal protein
stabilitas. HSR induksi pada ikan Antartika bawah termal
stres menunjukkan bahwa protein yang stabil di bawah yang normal
kondisi dalam darah. Berdasarkan spesifik jaringan mantan gen
pression analisis, gen yang terkait dengan protein dilipat
respon (UPR) [4 7- 49] dengan HSP70, FKBP, 78-kDa
-diatur glukosa prekursor protein (GRP78), IRE1, dan
faktor transkripsi X-box binding protein 1 (XBP1), yang
juga menurunkan regulasi di seluruh darah dibandingkan dengan lainnya
jaringan (otak, kulit, hati, ginjal, usus, dan limpa)
(File tambahan 2 : Gambar S7). Ekspresi relatif
tingkat gen yang terkait dengan UPR mendukung stabil
negara protein darah.
Diskusi
Evolusi keluarga gen di N. coriiceps
Kami menyelidiki perbedaan ukuran dalam keluarga gen dan
dihitung nilai dN / dS untuk mengungkap bukti
evolusi pada ikan Antartika. Kami menemukan con signifikan
tractions di 32 keluarga gen, tetapi tidak bisa mengidentifikasi
ekspansi yang signifikan berdasarkan evolusi keluarga gen
analisis. Meskipun beberapa gen (tiga zat terlarut pembawa
keluarga dan dua reseptor glutamat) dari fungsi yang sama
ditemukan dalam keluarga gen dikontrak (file tambahan 3 ) ,
(Lihat gambar di halaman sebelumnya.)
Gambar 1 analisis Genome-macam gen penyandi protein di N. coriiceps. (A) diagram Venn
menampilkan tumpang tindih dalam keluarga gen dalam enam ikan
spesies. Sebanyak 18.131 keluarga gen yang termasuk dalam latar belakang abu-abu yang
digunakan untuk menganalisis keuntungan dan kerugian dari gen dalam enam ikan. (B) Silsilahspesifik
gen ekspansi dan kontraksi antara enam ikan. Angka-angka dalam kotak adalah pengidentifikasi
untuk cabang internal filogeni tersebut. Nomor pada masing-masing
cabang menunjukkan jumlah keuntungan gen (+) / kerugian (-). AE dan AR menunjukkan ratarata keluarga ekspansi (berarti jumlah gen yang diperoleh) dan rata-rata
keluarga pengurangan (berarti jumlah gen yang hilang), masing-masing. (C) rata-rata dN / dS
dari 5039 orthologs ditentukan. Bar chart menunjukkan rata-rata
dN / dS nilai untuk enam spesies ikan. Data dianalisis menggunakan analisis varian (ANOVA)
diikuti oleh Bonferroni post hoc tes; nilai merupakan
berarti SEM (* P <0,001). (D) Dalam tes pengayaan GO antara gen yang cepat berkembang
dengan dN di atas 10%, 17 GO hal termasuk 46 gen yang
secara signifikan diperkaya dengan N. coriiceps. Rata-rata dN / dS dari 46 protein termasuk
dalam hal GO diperkaya. Bar chart menunjukkan rata-rata nilai dN / dS untuk
enam spesies ikan. Data dianalisis menggunakan analisis varian (ANOVA) diikuti oleh
Bonferroni post hoc tes; Nilai mewakili berarti SEM

(* P <0,001). (E) rata-rata rasio dN / dS dari 20 protein mitokondria termasuk dalam hal GO
diperkaya. Bar chart menunjukkan rata-rata nilai dN / dS selama enam
spesies ikan. Data dianalisis menggunakan analisis varian (ANOVA) diikuti oleh Bonferroni post
hoc tes; Nilai mewakili berarti SEM (* P <0,001).
Shin et al. Genome Biology 2014, 15: 468
Halaman 5 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468
Halaman 6
Gambar 2 (Lihat legenda pada halaman berikutnya.)
Shin et al. Genome Biology 2014, 15: 468
Halaman 6 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468
Halaman 7
Gambar 3 RNA-Seq analisis N. coriiceps darah, otak, dan jaringan kulit di bawah stres dingin
dan panas. (A) Gen signifikan diregulasi di
Menanggapi panas stres atau stres dingin di seluruh darah (> dua kali lipat). Karakter yang berani
mewakili gen dibagi antara kedua tekanan. Karakter Red
merupakan gen yang terkait dengan HSR. Ekspresi nilai adalah pada skala log. Urutan gen
didasarkan pada tingkat ekspresi di seluruh darah. (B) qPCR
Hasil HSP70, HSP40, shock protein Panas ssb1, dan heat shock protein serumpun 70 gen
(HSC70). Beta-aktin digunakan sebagai kontrol. (C) Waktu
Tentu saja ekspresi gen HSP70. Tingkat ekspresi gen HSP70 meningkat dengan meningkatnya
waktu pemaparan panas atau stres dingin hingga
48 jam dan menurun setelah 24 jam pemulihan stres.
(Lihat gambar di halaman sebelumnya.)
Gambar 2 Panas respon kejutan di N. coriiceps. (A) Tissue ekspresi spesifik gen HSR terkait di
berbagai jaringan. Kompleks multi-pendamping
dari HSP90 (FKBP dan PTGES), SIRT1 (tergantung NAD decetylase-sirtuin 1; SIRT1
berhubungan negatif dengan asetilasi HSF1 pada manusia), SUMO,
HSP90-alpha, dan UBC9 diekspresikan dalam darah dan jaringan lainnya. SUMO-cconjugation
enzim ubiquitin pembawa 9 (UBC9) mendiskriminasikan
antara terfosforilasi dan non-terfosforilasi PDSM dari HSF1. (B) HSF1 dan situs modifikasi
pasca-translasi di N. coriiceps. Serin
sesuai dengan ser303 dari HSF1 manusia diganti dengan asparagin. Situs ini bertanggung jawab
untuk sumoylation dari lys298 dari PDSM pada manusia
hsf1. Dalam Xenopus sp. dan G. aculeatus, asam amino lainnya diidentifikasi di lokasi yang
sesuai dengan ser303 dari HSF1 manusia. Semua sequencing
mamalia dan ikan yang paling memiliki serin di situs ini. Ini substitusi serin untuk asparagin juga
diidentifikasi dalam icefish dan ikan Naga di
Samudera Antartika. (C) Komponen bertanggung jawab atas HSR di N. coriiceps dan peraturan.
Shin et al. Genome Biology 2014, 15: 468
Halaman 7 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468

Halaman 8
kita tidak bisa menemukan istilah GO signifikan dalam pengayaan GO
tes untuk kelompok keluarga gen dikontrak. Kita
menegaskan bahwa N. coriiceps memiliki kontraksi terbesar
keluarga gen antara enam ikan. Dalam analisis dN / dS
membandingkan orthologs, pengamatan kami bahwa rata-rata
Rasio dN / dS dari N. gen coriiceps secara signifikan
lebih tinggi dari lima ikan lainnya yang mendukung
Kesimpulan dari tekanan seleksi yang kuat mempengaruhi
Rata-rata rasio dN / dS dari N. coriiceps (0,133). Con The
suhu rendah stant sekitar 1 C dan oksigen yang lebih tinggi
kelarutan dalam Samudra Selatan kemungkinan akan menjadi kuat
faktor selektif pada ikan Antartika di 34 juta
tahun sejak Antartika mulai dingin.
Dalam tes pengayaan GO dengan berkembang paling pesat
10% dari N. gen coriiceps, kami mengkonfirmasi bahwa sebagian besar
hal GO diperkaya berhubungan dengan mitokondria. Itu
Rata-rata rasio dN / dS dari 20 gen yang mengkode mitokondria
protein di N. coriiceps secara signifikan lebih tinggi dari itu
ditemukan di lima ikan lainnya. Sepuluh gen yang terkait langsung
untuk fosforilasi oksidatif; enam gen subunit dikodekan dari
ATP synthase, satu gen dikodekan subunit mitokondria
kompleks III, dan tiga gen dikodekan subunit dari
mitokondria IV kompleks. Pengamatan ini menunjukkan
bahwa evolusi yang cepat dalam protein mitokondria mungkin kembali
lated untuk adaptasi di bawah lingkungan yang dingin. Investigasi
pada fungsi mitokondria ikan Antartika menunjukkan bahwa
tingkat konsumsi oksigen dan efisiensi kopling
antara transpor elektron dan sintesis ATP lebih
sensitif terhadap suhu dari ikan beriklim [ 33 -35]. Itu
Arrhenius suhu istirahat (ABT) mencerminkan adaptasi
suhu dari spesies, dan itu adalah suhu di
yang ada diskontinuitas di lereng sebuah Arrhenius
bidang O
2
Konsumsi versus suhu. ABT untuk
mitokondria ikan Antartika sekitar 12 C lebih sedikit
dari 20 C dari beberapa taksa invertebrata laut dan
Ikan [33 -35]. Suhu rasio kontrol akseptor
(ACR), yang merupakan tingkat max rasio adenosin difosfat
(ADP) diinduksi O
2
konsumsi dengan tingkat basal di
tidak adanya ADP, mulai berkurang juga mencerminkan
Suhu adaptasi. ACR menurun pada perkiraan
18 C dalam mitokondria ikan Antartika berbeda dengan

sekitar 35 C pada ikan beriklim [3 5]. ABT rendah dan

penurunan ACR pada suhu rendah di mitokondria
ikan Antartika kemungkinan adaptasi terhadap dingin dan
termostabil Oceans Selatan, dan dapat mempengaruhi cepat
kematian stenotherm, ikan Antartika, pada suhu
sekitar 10 C [3 4] . Aktivitas transporter oksigen, termasuk
alpha dan beta globin, antara istilah GO diperkaya yang
juga terkait dengan fungsi fosforilasi oksidatif
dengan efisien memasok oksigen ke mitokondria. Mereka
Evolusi yang cepat mungkin mempengaruhi fenomena
sensitivitas termal fungsi mitokondria di Antartika
ikan dan mungkin bisa membantu untuk menafsirkan batas termal
aklimatisasi metabolisme [ 50, 51].
Kehilangan PDSM di HSF1 dan heat shock respon dalam darah
sampel N. coriiceps
Dalam kebanyakan organisme, tanggapan heat shock dimediasi
terutama oleh faktor heat shock. Di hadapan stres,
HSF1 kompleks memisahkan ke HSP90, HSP40, dan HSP70,
setelah itu HSF1 telah trimerized [52 ]. Trimerik HSF1
melokalisasi ke nukleus dan mengaktifkan transkripsi
gen target. Selama proses ini, HSF1 mengalami extenPTM komprehensif dalam domainnya peraturan [ 41 ]. Pada manusia, HSF1
berisi domain peraturan dengan tiga fosforilasi
situs dan satu tergantung fosforilasi sumoylation
motif (PDSM) [4 2] , dan sumoylation dari HSF1 berbanding terbalik
terkait dengan kegiatan HSF1 [43 , 44]. HSF1 adalah maksimal
diaktifkan dalam ketiadaan sumoylation [ 43] (Gambar 2C).
Selama fase pelemahan, yang transactivation dari HSF1
diatur secara negatif oleh peningkatan kadar kedua HSP40
(DNAJB1) dan HSP70 [52 ]. Aktivitas DNA-pengikatan
HSF1 diatur oleh asetilasi HSF1, dan expression yang
sion NAD
+
sirtuin -tergantung (SIRT1) adalah negatif
terkait dengan asetilasi HSF1 (Gambar 2 B dan C) [52].
Kami menemukan bahwa protein utama yang mengatur HSR yang
dinyatakan dalam darah dan jaringan lainnya berdasarkan kedua
RNA-seq dan rt-PCR (Gambar 2 A) dan ac- DNA-binding
tivity dari HSF1 dilaporkan dalam hepatosit dari Trematomus
bernacchii (spesies notothenioid Antartika umum) [ 36] .
Keberpihakan urutan juga menunjukkan bahwa HSF1 dari N. coriiceps
mengandung dilestarikan domain DNA mengikat, peraturan
domain, dan situs dari urutan yang berkaitan dengan trimerization.
Namun, HSF1 N. coriiceps tidak mengandung dikebijaksanaan PDSM dalam domain peraturan, tapi Asn diganti
untuk Ser di PDSM (KxExxSP) (file tambahan 2 : Gambar S5).

Akibatnya, HSF1 N. coriiceps tidak sumolyated oleh

PTM, yang berarti transactivation dari HSP1 tidak
ditekan oleh sumoylation. Tidak adanya sumoylation di
HSF1 memaksimalkan lebih mudah diaktifkan dari HSF1 di
Kehadiran stres (Gambar 2C) [43]. Kami berhipotesis
bahwa HSR di notothenioids Antartika tidak konstitutif
diaktifkan untuk memperbaiki denaturasi protein dalam dingin konstan
lingkungan, tapi mudah responsif terhadap lingkungan.
Berdasarkan percobaan transcriptomic kami memeriksa panas
ekspresi shock protein dalam berbagai jaringan sasaran
tegangan termal (Gambar 3A), induksi dari HSR adalah
konsisten dengan hipotesis kami. The HSR di N. coriiceps
tetap memiliki kemampuan untuk meningkatkan ekspresi panas
shock protein (HSP70, HSP ssb1, dan HSP40) di transponder yang
tingkat scriptional di seluruh darah N. coriiceps dalam menanggapi
akut stres termal. Evolusi molekuler dari alpha dan
globin beta, yang terdiri 21,2% dari total transkrip di
sampel darah utuh (file tambahan 1 : Tabel S18), mungkin
terkait dengan hipotesis ini. Karena hemoglobin merek
naik sekitar 40% dari sel-sel darah merah dalam beberapa merah-berdarah
notothenioids [ 53 ], evolusi cepat mereka dapat mempengaruhi
stabilitas protein. Bersama dengan kehadiran antibeku
glikoprotein dalam darah, yang berasal terutama dari
Shin et al. Genome Biology 2014, 15: 468
Halaman 8 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468
Halaman 9
eksokrin pankreas dan perut [3 - 5], pengamatan kami
yang HSR terjadi di darah N. coriiceps mungkin menjadi salah satu
strategi evolusi untuk memasok oksigen yang cukup dalam
lingkungan yang dingin.
Pola ekspresi gen spesifik jaringan yang terkait dengan HSR
dan UPR
Pola ekspresi gen spesifik jaringan yang terkait dengan
HSR menunjukkan bahwa ekspresi FKBP dan HSP70 yang
menurun dalam sampel darah seluruh dibandingkan tis- lainnya
menggugat dalam kondisi normal (file tambahan 2: Gambar S10).
Respon heat shock diketahui terjadi di sitosol,
jadi kami juga meneliti gen yang terkait dengan UTR di
retikulum endoplasma (ER) (file tambahan 2 : Gambar S7)
[ 47, 49] GRP78, IRE1, dan XBP1 yang menurunkan regulasi di.
darah. UPR biasanya dipicu dalam menanggapi
akumulasi protein yang gagal melipat dalam lumen ER,
setelah GRP78 dilepaskan dari IRE1 untuk mendukung tepat
protein lipat [4 9]. IRE1 melalui autofosforilasi

mengaktifkan domain ribonuklease dan mengkatalisis eksisi yang

intron dari konvensional dari ubiquitously dinyatakan
XBP1 [4 8]. eksisi ini menyebabkan pergeseran bingkai di XBP1 yang
coding urutan, sehingga produksi
376-amino protein asam XBP1. Aktif meregulasi XBP1
gen yang terlibat dalam UPR [4 7, 49]. Hasil ini mendukung kami
kesimpulan bahwa protein darah dalam sitosol dan ER memiliki
stabilitas yang tidak diinduksi konstitutif HSR.
Kesimpulan
Dalam studi ini, kami menyediakan genom dijelaskan pertama
spesies Antartika yang mendominasi fauna ikan dari
Southern Ocean dan menunjukkan adaptasi yang luar biasa untuk
suhu dingin. Urutan genom dari N. coriiceps
meningkatkan pemahaman kita tentang evolusi lintasan
dari beberapa ciri kehidupan-sejarah besar ini ikan Antartika.
Kami menunjukkan bahwa N. coriiceps telah dengan cepat berkembang
protein mitokondria dan hemoglobin, dan memiliki
diawetkan HSR dalam darah. Pengamatan kami yang
terkait dengan fosforilasi oksidatif di aerobik
respirasi sel dan mungkin memberikan kontribusi untuk
beradaptasi dengan lingkungan yang sangat dingin melalui
fungsi yang tepat dari respirasi sel aerobik. Kami
studi menyediakan genom referensi untuk digunakan di masa depan
studi banding adaptasi Antartika dan dapat
diterapkan untuk penelitian ekologi dan populasi
Biota Antartika.
Bahan dan metode
Pernyataan Etika
Penelitian ini termasuk pengumpulan sampel dan eksperimental
Penelitian dilakukan pada hewan-hewan ini telah sesuai dengan
undang-undang tentang kegiatan dan perlindungan lingkungan untuk
Antartika disetujui oleh Menteri Luar Negeri
dan Perdagangan Republik Korea.
Konstruksi perpustakaan DNA dan sekuensing
Coriiceps N. (panjang 35 cm) yang dikumpulkan dari kedalaman
dari 20 sampai 30 m di Marian Cove, dekat King Sejong Station,
di bagian utara Semenanjung Antartika (62 14'S, 58 47'W)
pada Januari 2012 dengan menggunakan metode hook-dan-line, dan
suhu air dipantau pada 1,6 0,8 C di
Januari 2012. Tinggi berat molekul DNA genom dari
N. coriiceps diekstraksi menggunakan Gentra Puregene
Darah Kit (Qiagen). Untuk Illumina Hiseq 2000 sequencing,
lima jenis perpustakaan yang dibangun dengan 150, 300, 350,
500, dan 600 bp dicukur DNA genomik, dan kemudian
disusun dengan menggunakan standar Illumina persiapan sampel
metode. Perpustakaan Mate-pair (3, 7, dan 20 kb) untuk

Aparat titanium GS-FLX disiapkan untuk perancah,

dan sequencing dilakukan menurut pabrikan yang
instruksi turer ini (file tambahan 1: Tabel S1). Semua
proses sequencing dilakukan oleh DNA Link, Inc.
(File tambahan 1 : Tabel S2).
Perakitan genom menggunakan Celera perakitan
Hybrid rakitan yang dilakukan menggunakan Celera
Assembler (Ver. 7.0) dengan Illumina singkat membaca dan 454
berbunyi [ 21 ]. Sebelum perakitan, Illumina membaca dipangkas
menggunakan FASTX-Toolkit (Ver. 0.0.11) [ 54 ] dengan
parameter -t 20, l 70, dan -Q 33, setelah dipasangkan
berurutan dari dipangkas Illumina berbunyi terpilih.
Akhirnya, membaca data dengan cakupan 110 kali lipat diperoleh.
Di antara membaca data akhir, 74 dipangkas Illumina berbunyi
dengan berbagai ukuran insert (150, 350, 500, dan 600 bp) yang
dipilih secara acak karena keterbatasan memori pada
mesin linux yang tersedia, dan dikonversi ke FRG
format file (dibutuhkan oleh assembler Celera) menggunakan
FastqToCA. Menggunakan sffToCA, 1,8 454 berbunyi dikonversi
dengan format file FRG dengan menghapus urutan linker dari
454 berbunyi dihasilkan menggunakan GS-FLX. Majelis itu perdibentuk pada workstation 96-prosesor dengan Intel Xeon
X7460 2,66 GHz prosesor dan 1 terabyte RAM dengan
parameter overlapper = ovl, unitigger = bogart, utgGraphErrorRate = 0,03, utgGraphErrorLimit = 2,5, utgMergeErrorTingkat = 0.030, utgMergeErrorLimit = 3.25, dovlErrorRate =
0,1, cnsErrorRate = 0,1, cgwErrorRate = 0,1, merSize = 22,
dan doOverlapBasedTrimming = 1. awal Celera assembly memiliki ukuran total 602 Mb, N50 Contig ukuran
8581 bp, dan N50 perancah ukuran 219 kb dengan 88.548 kesenjangan
(18 Mb). Distribusi ukuran contigs Celera
yang diplot dan contig dirakit mengungkapkan contig sebuah
cakupan sekitar 33 (file tambahan 1 : Tabel S3
dan file tambahan 2 : Gambar S1).
Koreksi kesalahan dari PacbioRS berbunyi
Genom itu sequencing menggunakan PacbioRS, yang
dapat menghasilkan terus menerus panjang berbunyi (CLRS) hingga
10 kb panjang, dan dapat digunakan untuk meng-upgrade rancangan genom
mengandung kesenjangan menggunakan PBJelly (Ver. 12.9.14) [22 ]. Namun,
Shin et al. Genome Biology 2014, 15 : 468
Halaman 9 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468
Halaman 10
CLRS menunjukkan akurasi stasiun base 82,1% untuk 84,4% [5 5] .
Dengan demikian, koreksi kesalahan dilakukan dengan menggunakan com- yang

mand pacBioToCA [56 ] dengan parameter -Panjang

500, -partitions 200, -shortReads, l NC, rt 20, dan -s
pacbio.spec. Illumina (50 baca cakupan genom)
berbunyi digunakan untuk koreksi. Illumina membaca Were
dipangkas menggunakan FASTX-Toolkit [ 56 ] dengan-parameter yang
ters rt 20, l 50, dan 33. -Q file Pacbio.spec ditentukan
parameter untuk tumpang tindih Illumina dan pacbio data untuk
Koreksi: utgErrorRate = 0,25, utgErrorLimit tgErrorLcnsErrorRate = 0,25, cgwErrorRate = 0,25, ovlErrorRate =
0,25, dan merSize = 10. Setelah koreksi, pacBio-dikoreksi
dibaca dianalisis menggunakan FastQC [5 7]. Sebanyak 2.640.379
CLRS (7,6 baca cakupan genom) yang digunakan untuk kesalahankoreksi, yang dihasilkan 2.415.333 kesalahan dikoreksi berbunyi
(2.3 baca cakupan genom) (file tambahan 1 : Tabel
S1). Panjang CLR rata menurun dari 1.819 ke
969 bp. The CLRS kesalahan dikoreksi dihasilkan digunakan untuk
kesenjangan mengisi.
Gap mengisi
Gap mengisi dilakukan dalam dua tahap. Awalnya, kami
kesenjangan tertutup menggunakan software Gapfiller Ver.1.9 dengan
116 dipangkas Illumina membaca dengan pengaturan default [ 23, 58].
Kesenjangan yang tersisa dari perancah dari Gapfiller yang
tertutup menggunakan CLRS kesalahan dikoreksi dari PacbioRS menggunakan
software PBJelly (Ver. 12.9.14) dengan parameter
minGap = 10 [2 2]. Menggunakan Gapfiller, 18.400 kesenjangan (2,3 Mb di
panjang) ditutup dan 7394 kesenjangan (3.0 Mb) diisi
dengan CLRS kesalahan dikoreksi. Sebanyak 25.794 kesenjangan yang
tertutup (closed ukuran celah 5,3 Mbases). Setelah kesenjangan mengisi,
jumlah perancah menurun dari 11.622 ke 8.155
dan ukuran N50 contig meningkat dari 8.518 basis untuk
11.563 basis (file tambahan 1 : Tabel S3).
Ulangi analisis
Kami membangun novo de perpustakaan berulang menggunakan diulangi
Modeler (Ver. 1.0.3) [5 9], termasuk RECON (Ver.
1,07) [ 59 ] dan RepeatScout (Ver. 1.0.5) [60] software,
dengan parameter standar. Urutan konsensus dan penggolongan
Informasi kation untuk setiap keluarga berulang yang dihasilkan,
dan mengulangi tandem termasuk sederhana mengulangi, satelit, dan
mengulangi kompleksitas rendah diprediksi menggunakan TRF [ 61] .
Validasi perakitan
The N. coriiceps perpustakaan BAC diperoleh dari
Rumah Sakit Anak Oakland Research Institute (BAC
perpustakaan ID, VMRC-19). Kami sequencing enam klon BAC
menggunakan GS-FLX dan rakitan yang dilakukan menggunakan
Celera Assembler (Ver. 7.0). Enam klon BAC sequencing
yang disesuaikan dengan perancah genom dirakit menggunakan

NUCmer (Ver. 3.07) dengan pengaturan default. Mummerplot

(Ver. 3.5) digunakan dengan NUCmer berkas delta sebagai masukan
[ 62 ] (file tambahan 2: Gambar S2).
Transkriptome perakitan
RNA total dari tujuh jaringan (otak, kulit, telur, ginjal,
otot, perut, dan darah) yang disusun dengan menggunakan
Qiagen kit sesuai dengan instruksi produsen.
Kualitas RNA total dikonfirmasi pada Agilent
Bioanalyzer . Perpustakaan konstruksi dan sequencing yang
dilakukan dengan menggunakan DNAlink dengan Illumina HiSeq 2000
Sistem dan PacbioRS. Sebanyak 36.046 Mbases dan 300
Mbases diperoleh dengan menggunakan dua metode, respectively (file tambahan 1: Tabel S4). The Transkriptome sequence membaca dipetakan ke N. coriiceps genom
menggunakan paket yang tersedia untuk umum Bowtie (Ver. 0.12.9)
[ 63 , 64], TopHat (Ver. 2.0.6) [65,66], dan manset (Ver.
2.0.2) [67 -69] (file tambahan 1: Tabel S5). PacbioRS
membaca dari setiap jaringan (telur, kulit, dan otot) yang
error-dikoreksi dengan Illumina dipasangkan-akhir berbunyi mRNA
sesuai untuk setiap jaringan [ 56] (lihat koreksi kesalahan
dari PacbioRS membaca dan file tambahan 1: Tabel S5). Tranrakitan naskah dengan manset dan kesalahan-dikoreksi CLR
keduanya digunakan untuk penjelasan gen.
Gen penjelasan (MAKER)
Kami menggunakan MAKER2 untuk genom penjelasan [7 0]. MAKER
adalah genom penjelasan portabel dan mudah dikonfigurasi
pipa. Pembuat pertama kali diidentifikasi unsur berulang menggunakan
RepeatMasker (Ver. 3.3.0) [7 1]. Genom bertopeng ini
Urutan digunakan untuk ab initio prediksi gen dengan
SNAP software [7 2] , setelah penyelarasan menyatakan
tag urutan dengan BLASTn dan informasi protein
dari tBLASTx dimasukkan. Kami menggunakan de novo
Perpustakaan pengulangan N. coriiceps dari RepeatModeler (Ver.
1.0.5) untuk RepeatMasker (Ver 3.3.0).; protein dari lima
spesies ikan dengan data dari Ensembl rilis 69 ( D. rerio ,
G. aculeatus , T. rubripes , T. nigroviridis , dan G. morhua )
dimasukkan dalam analisis. Transkriptome perakitan
Hasilnya digunakan untuk tag urutan diungkapkan. Berikutnya,
MAKER dipoles keberpihakan menggunakan program
Membebaskan, yang memberikan informasi yang terintegrasi untuk
mensintesis SNAP penjelasan. MAKER kemudian dipilih dan
direvisi model gen akhir mempertimbangkan semua informasi.
Sebanyak 32.661 transkrip dan 32.260 gen yang pradisangka menggunakan MAKER di N. coriiceps , dan 93.090 ab
initio prediksi gen yang dihasilkan. Selain itu,
29.045 dari 32.260 gen ditugaskan awal

fungsi berdasarkan penjelasan otomatis menggunakan Blast2Go

(Ver. 2.6.0) [ 73 ].
Non-coding RNA
Paket perangkat lunak Infernal (Ver. 1.1) [7 4] dan CMs
dari database Rfam [7 5] yang digunakan untuk mengidentifikasi non
coding RNA di N. coriiceps perancah (Tambahan
berkas 1: Tabel S8). Kami mengidentifikasi gen tRNA diduga
menggunakan tRNAscan-SE (Ver. 1.21) [ 76 ]. tRNAscan-SE menggunakan
model kovarians (CM) yang berdasarkan nilai calon
Shin et al. Genome Biology 2014, 15 : 468
Halaman 10 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468
Halaman 11
pada urutan dan struktur sekunder diprediksi
(File tambahan 1 : Tabel S9).
Analisis ortolog
Kami mengidentifikasi kelompok orthologous menggunakan OrthoMCL
(Ver. 2.0.5) [7 7], yang menghasilkan representasi grafis
tion hubungan urutan yang kemudian dibagi menjadi
subgraphs menggunakan Algoritma Clustering Markov (MCL)
dari beberapa genom eukariotik [ 77 ]. Kami menggunakan stand yang
parameter ard dan pilihan dari OrthoMCL untuk semua langkah. Di
analisis ini, enam genom ikan ( D. rerio , G. aculeatus , T.
rubripes , T. nigroviridis , G. morhua , dan N. coriiceps ) yang
digunakan, dengan pengkodean urutan dikumpulkan dari Ensemble
melepaskan 69 kecuali untuk N. coriiceps (file tambahan 2:
Gambar S4). Untuk N. coriiceps , urutan coding dari
pipa MAKER penjelasan digunakan.
Analisis kemungkinan keuntungan gen dan kerugian
Untuk memperkirakan rata-rata gen gain tingkat kerugian / dan
mengidentifikasi keluarga gen yang telah mengalami signifikan
perubahan ukuran, kami menggunakan program CAFE3.0 [2 6, 27,29,78].
Pohon filogenetik dari spesies digambar dengan Timetree
[ 79 ] digunakan untuk analisis. Kami melakukan program
menggunakan P <0,05, lahir diperkirakan () dan kematian () suku bunga
menggunakan lambdamu Program dengan '-s' pilihan. Kami calculated jumlah keuntungan dan kerugian gen pada masing-masing cabang
pohon dengan 't' pilihan. Menggunakan P <0,0001, kami berharap
ada menjadi sekitar satu hasil yang signifikan secara kebetulan
dan dihitung persis P nilai untuk transisi atas setiap
cabang. Kami disebut cabang individu signifikan pada
P <0,005 [ 29] .
analisis dN / dS
Kami pertama kali diidentifikasi kelompok orthologous menggunakan OrthoMCL
untuk analisis dN / dS. Enam genom ikan ( D. rerio , G. aculea-

tus , T. rubripes , T. nigroviridis , G. morhua , dan N. coriiceps ) digunakan untuk analisis, dan coding urutan dari
lima genom dikumpulkan dari Ensembl rilis 69.
Kami mengidentifikasi 8.974 kelompok orthologous umum untuk semua
enam ikan (file tambahan 1: Tabel S10). Untuk membangun set
othologs antara enam ikan, metode timbal balik terbaik
memukul menggunakan BLASTp digunakan. Urutan protein-coding
dari orthologs yang selaras dengan lelucon (Ver. 130.820)
di bawah model kodon [8 0] , dan situs keselarasan miskin
tersingkir menggunakan Gblock (Ver. 0.91) di bawah kodon
Model [ 81] . Urutan keselarasan miskin juga mengeliminasi
terkontaminasi (di bawah 50% kesamaan panjang dan 40% di iDENtity). Codeml dalam Analisis filogenetik oleh Maksimum
Kemungkinan (PAML) paket (Ver. 4.7a) digunakan untuk memperkirakan
kawin yang dN (tingkat substitusi non-identik),
dS (tingkat substitusi identik) dan rasio
dari dN / dS menggunakan model cabang (model = 2, NSsites =
0, fix_omega = 0) dan model dasar (model = 0, NSsites =
0, fix_omega = 0) di bawah F3X4 kodon frekuensi dan
jenis kodon urutan [8 2] . Pohon spesies itu calculated dengan menggunakan program PHYLIP ini dnaml (Ver. 3,695). Untuk mengidentifikasi
apakah dN / dS di setiap garis keturunan berbeda dari
sisa pohon, Test Ratio Kemungkinan (LRT) cabang
Model untuk model dasar dilakukan, dan penemuan palsu
Tingkat (FDR) digunakan untuk mengontrol P nilai dalam beberapa
tes. Selain itu, kami melakukan LRT dari cabang
Model ke model netralitas (model = 2, NSsite = 0,
fix_omega = 1) dan FDR juga digunakan untuk mengatur P
nilai [ 82 ]. Orthologs dengan dS> 3 atau tanssition / tranversion
rasio> 10 disaring. Akhirnya, dN / dS dari 5.039 single-copy
orthologs gen untuk enam ikan ditentukan.
Analisis fungsional yang berkembang pesat gen
dN dianggap sebagai indikator untuk membedakan apakah
protein cepat berkembang atau tidak, karena sangat disajikan
gen dapat mengakibatkan meremehkan dari sinonim
tingkat substitusi bahkan dengan metode kemungkinan [ 32] . Untuk divestigate apakah kategori fungsional yang statistiCally lebih terwakili di antara yang berkembang pesat N. coriiceps
gen (terdiri tercepat berkembang 10% dari total gen,
505 gen dalam semua) dalam hal dN [3 0, 32], kita diterapkan
AgriGO [3 1], alat berbasis web untuk analisis ontologi gen,
dengan tingkat signifikan P = 0,05. Hierarki lengkap
GO istilah untuk setiap gen diperiksa.
Ekspresi gen di bawah tekanan suhu
N. coriiceps diangkut dalam wadah terisolasi
dengan air laut diangin-anginkan ke Sejong Stasiun King, dan

yang menyesuaikan diri dalam tangki besar yang beredar dengan laut segar
air pada 2,0 0,2 C minimal 3 hari sebelum percobaan.
Kami menyiapkan dua tangki besar lainnya di -2 C, 2 C, dan 4 C
untuk stres dingin, kontrol, dan stres panas, masing-masing.
Setelah aklimatisasi, tiga kelompok sembilan spesimen setiap
dari N. coriiceps disimpan dalam tangki dingin, tangki normal,
dan tangki dipanaskan dengan air laut diangin-anginkan. Tiga kelompok
tiga spesimen dari N. coriiceps setiap dikorbankan di
0, 24, dan 48 jam setelah stres. Kami kemudian membedah setiap
jaringan (otak, kulit, telur, ginjal, otot, dan perut) dari
N. coriiceps . Sebelum pembedahan, sampel darah collected dari brakialis vena menggunakan steril 3 mL jarum suntik.
Jaringan dibedah segaris, tenggelam dalam RNAlater, dan
disimpan pada -70 C untuk percobaan berikutnya.
Untuk percobaan RNA-Seq, kita siap mRNA dari
sampel darah dari tiga spesimen masing-masing individu
sampel pada setiap kondisi suhu. Sequencing adalah
dilakukan dengan Illumina Hiseq 2000, dan dihasilkan
dibaca yang dipangkas menggunakan sabit (Ver. 1.2) dengan kirakira 75 basis panjang dan sekitar 20 basis
kualitas (fil tambahan e 1: Tabel S13). Dipangkas membaca dari
masing-masing jaringan yang dipetakan ke perancah dijelaskan dari
N. coriiceps genom menggunakan TopHat (Ver. 2.0.6) [ 66] , dan
berbeda-beda gen menyatakan dinilai menggunakan Cuffdiff
(Ver. 2.0.2) [6 9]. Cuffdiff membandingkan FPKM (fragmen per
Shin et al. Genome Biology 2014, 15 : 468
Halaman 11 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468
Halaman 12
kilobase ekson per juta fragmen dipetakan) nilai
antara masing-masing sampel dan menghitung lipat perubahan mantan
pression untuk setiap gen berdasarkan signifikansi statistik
(Cutoff, P 0.05) (file tambahan 1: Tabel S14 dan tambahan
mengajukan 5 ).
Ekspresi gen spesifik jaringan
Illumina dipasangkan-akhir berbunyi setiap jaringan yang dipetakan ke
perancah dijelaskan dari N. coriiceps genom menggunakan TopHat
(Ver. 2.0.6) [66 ], dan berbeda-beda gen diekspresikan adalah
dinilai menggunakan Cuffdiff (Ver. 2.0.2) [6 9] (cutoff, P 0.05).
Analisis statistik
Perbandingan beberapa sampel dibuat oleh analisis varians (ANOVA) dengan Bonferroni post hoc tes.
Statistik Paket untuk perangkat lunak Ilmu Sosial
(SPSS) digunakan untuk analisis.
Kode Aksesi

The N. coriicpes telah disimpan di BioProject:

66.471, dan proyek senapan seluruh genom memiliki
telah disimpan di DDBJ / EMBL / GenBank di bawah aksesi
AZAD00000000. Makalah ini menjelaskan versi pertama,
AZAD01000000. RNA sequencing baku berbunyi telah
diserahkan ke database NCBI Urutan Baca Arsip
(SRA091269).
File-file tambahan
File tambahan 1:. Tabel S1 Statistik untuk setiap perpustakaan DNA. Sepuluh kategori
perpustakaan DNA dengan berbagai ukuran insert selama tiga sequencer platform yang berada
dibangun. Tabel S2: Insert ukuran masing-masing dipasangkan-end perpustakaan. Kisaran
ukuran insert dipasangkan-end diperkirakan dengan pemetaan membaca ke
urutan genom dirakit. Tabel S3: Statistik perakitan genom dan
kesenjangan mengisi. Tabel S4: statistik Sequencing analisis Transkriptome dari masing-masing
organ N. coriiceps menggunakan dua platform sequencer. Tabel S5: Majelis
Hasil analisis Transkriptome setiap organ N. coriiceps. Tabel S6:
Statika genom penjelasan. Tabel S7: statistik Jenderal gen di N.
coriiceps . Tabel S8: Dikenal elemen berulang dan transposabel di N.
coriiceps genom. Tabel S9: Jumlah tRNA di N. coriiceps nuklir
genom. Tabel S10: Bersama kelompok gen orthologous antara enam ikan.
Untuk gen dengan beberapa transkrip alternatif, transkrip dengan yang terbaik
keselarasan terpilih. Gen dengan panjang kurang dari 100 bp dibuang.
Tabel S11: GO hal lebih terwakili dalam analisis dN / dS. Tabel S12: Gene
yang termasuk dalam istilah GO lebih terwakili dalam analisis dN / dS. Tabel S13:
Sekuensing berbunyi digunakan dalam analisis RNA-Seq bawah tekanan. Tabel S14:
Hasil RNA-seq. Daftar gen rinci ditunjukkan pada Tabel S16 - S22.
Tabel S15: diregulasi gen dalam darah di bawah kedua stres dingin dan panas.
Tabel S16: GO tes pengayaan dalam darah di bawah tekanan panas. Tabel S17: GO
tes pengayaan dalam darah di bawah tekanan dingin. Tabel S18: Top darah tertentu
gen dan persentase transkrip mereka di transcriptomes darah utuh.
Tabel S19: menurunkan regulasi gen dalam darah di bawah stres dingin. Tabel S20:
Gen menurunkan regulasi dalam darah di bawah tekanan panas. Tabel S21: menurunkan regulasi
gen dalam darah di bawah kedua stres dingin dan panas. Tabel S22: Bersama gen di
menurunkan regulasi kelompok bawah panas dan stres dingin di otak.
File tambahan 2: Gambar S1. karakteristik Contig. (A) contig The
distribusi panjang menunjukkan bahwa ukuran kecil contig dimasukkan ke dalam
contig lainnya. Cakupan (B) Contig. Gambar S2: Perbandingan
dirakit genom dengan enam BAC urutan. Keberpihakan NUCmer dari
Perancah Celera genom perakitan (x-axis) dan urutan BAC (y-axis)
memerintahkan dan berorientasi sehingga hits terbesar mengelompok. Gambar S3: Gene
ontologi (GO) distribusi setelah analisis BlastX maupun BlastN untuk N. coriiceps
Transkriptome urutan sebagai dikelompokkan oleh proses biologis (merah), seluler
komponen (cyan), dan fungsi molekul (abu-abu). Gambar S4: cladogram
mewakili hubungan filogenetik antara yang dipilih 5039
gen orthologous enam ikan. Gambar S5: Urutan keselarasan panas
kejutan faktor-1. Situs diperlukan untuk modifikasi pasca-translasi yang

baik dilestarikan kecuali Ser303, sesuai dengan manusia HSF1 di PDSM di

Ikan Antartika ( coriiceps N. , Naga ikan dan Icefish). Gambar S6: Secara signifikan
lebih terwakili hal GO bawah panas dan stres dingin antara diregulasi
gen dari darah. Gambar S7: ekspresi-Tissue spesifik gen yang berhubungan dengan
HSR. (A) HSR dan UPR dikonfirmasi untuk menurunkan regulasi dengan
Analisis RNA-Seq dalam sampel darah utuh. (B) FKBP, HSP70, dan HSP40 gen
dikonfirmasi untuk menurunkan regulasi dalam sampel darah lebih dari yang lain
jaringan-jaringan di HSR. Gen XBP1, faktor transkripsi perwakilan di UPR,
juga menurunkan regulasi dalam sampel darah. Gambar S8: Secara signifikan
lebih terwakili hal GO bawah panas dan stres dingin antara
gen menurunkan regulasi dari ekspresi darah dan gen termasuk dalam
heme mengikat (GO: 0020037). (A, B) Secara signifikan lebih terwakili GO
hal antara gen menurunkan regulasi dari darah menunjukkan GO serupa
istilah hierarki. Lima hal GO dibagikan di kedua stres dingin dan panas.
(C) Hasil studi RNA-Seq menunjukkan ekspresi-pola gen
termasuk dalam GO: 00200037. Gambar S9: Toksisitas oksida nitrat dan superoksida.
Gambar S10: istilah Empat puluh satu GO difokuskan pada tujuh hal GO di gen
ontologi hirarki.
File tambahan 3: kontraksi yang signifikan. Tiga puluh dua keluarga menunjukkan
signifikan perbedaan N. coriiceps keturunan. Program CAFE3.0 adalah
digunakan untuk mengidentifikasi keluarga gen yang telah mengalami ukuran yang signifikan
Perubahan menggunakan P <0,0001.
File tambahan 4: Cepat gen berkembang. dN dianggap sebagai
Indikator untuk membedakan apakah protein cepat berkembang atau tidak, dan 505
gen yang terdiri tercepat berkembang 10% dari total gen yang dipilih
dengan dN. Sebanyak 505 gen yang dilambangkan sebagai R gen berkembang pesat
(Kolom D), N. coriiceps gen-garis keturunan tertentu yang dilambangkan sebagai D, dan
gen bawah pilihan positif dilambangkan sebagai PS.
File tambahan 5: ekspresi gen di bawah tekanan suhu.
Bersaing kepentingan
Para penulis menyatakan bahwa mereka tidak memiliki kepentingan bersaing.
Kontribusi penulis '
HP dan HWD dikandung proyek; HP, SCS, JP, dan HWD dipahami dan
dirancang percobaan dan analisis; SJK, HL, MKK, JL, JHL, dan SGL dilakukan
percobaan; SCS, JEL, DE, dan CWP dilakukan bioinformatika. Semua penulis memiliki
membaca dan menyetujui versi final dari naskah ini.
Ucapan Terima Kasih
Kami ingin mengucapkan terima kasih Harold H. Zakon untuk komentar dan diskusi. Ini
Karya ini didukung oleh hibah Antartika Ikan Genome Project (PE11150,
HP) dan Antartika Organisme: Mekanisme Dingin-adaptasi dan Aplikasinya
hibah (PE14070, HP) yang didanai oleh Korea Polar Research Institute (KOPRI).
Pendanaan tambahan diberikan oleh US National Institutes of Health hibah
5R01AG031922 (JHP dan HWD) dan oleh US National Science Foundation
hibah OPP-0944517 dan PLR-1247510 (HWD). Ini adalah jumlah kontribusi
316 dari Northeastern University Marine Science Center.
Rincian Penulis

1
Divisi Polar Life Sciences, Korea Polar Research Institute, Yeonsu-gu,
Incheon 406-840, Korea Selatan.
2
Ilmu kutub, Universitas Sains &
Teknologi, Yuseong-gu, Daejeon 305-333, Korea Selatan.
3
Divisi
Bioteknologi, Korea University, Sungbuk-gu, Seoul 406-840, Korea Selatan.
4
Fred Hutchinson Cancer Research Center, 1100 Fairview Avenue North,
D4-100, Seattle, WA 98109-1024, USA.
5
DNA Link, Inc, Songpa-gu, Seoul
138-736, Korea Selatan.
6
Departemen Kelautan dan Ilmu Lingkungan,
Marine Science Center, Northeastern University, Nahant, MA 01908, USA.
7
Departemen Biologi, University of Oregon, Eugene, OR 97403, USA.
8
Pusat Australia untuk Tanaman Fungsional Genomic, Sekolah Pertanian dan
Ilmu Pangan, Universitas Queensland, St Lucia, QLD, Australia.
9
Sekolah
Tanaman Biologi, University of Western Australia, Crawley, WA 6009, Australia.
Shin et al. Genome Biology 2014, 15 : 468
Halaman 12 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468
Halaman 13
Diterima: 7 Maret 2014 Diterima: 11 September 2014
Referensi
1.
Clarke A, Crame JA, Stromberg JO, Barker P: The Southern Ocean bentik
fauna dan perubahan iklim. perspektif sejarah Philos Trans R Soc Lond
B Biol Sci 1992, 338: 299-309.
2.
Eastman JT, Pratt D, Winn W: Antartika Fish Biology: Evolusi dalam Unik
. Lingkungan San Diego, CA: Academic Press; 1993.
3.
Chen L, DeVries AL, Cheng CH: Evolusi gen glikoprotein antibeku
dari gen tripsinogen ikan notothenioid Antartika. Proc Natl Acad Sci
USA 1997, 94: 3811-3816.
4.
Cheng CH, Cziko PA, Evans CW: asal Nonhepatic dari notothenioid

antibeku mengungkapkan sintesis pankreas sebagai mekanisme umum di kutub

. ikan beku menghindari Proc Natl Acad Sci USA 2006 103: 10491-10496.
5.
DeVries AL: Peran glikopeptida antibeku dan peptida di pembekuan
menghindari ikan Antartika. Comp Biochem Physiol B 1988, 90: 611-621.
6.
Detrich HW 3, Johnson KA, Marchese-Ragona SP: Polimerisasi
Tubulin ikan Antartika pada suhu rendah: aspek energik.
Biokimia tahun 1989, 28: 10085-10093.
7.
Detrich HW 3, Parker SK, Williams Jr RC, Nogales E, Downing KH: Dingin
adaptasi perakitan mikrotubulus dan dinamika. Struktural
interpretasi urutan utama perubahan hadir dalam alpha dan
. beta-Tubulin ikan Antartika J Biol Chem 2000, 275: 37038-37047.
8.
Hofmann GE, Buckley BA, Airaksinen S, tajam JE, Somero GN: Panas-shock
ekspresi protein tidak ada di Trematomus bernacchii ikan Antartika
. (Keluarga Nototheniidae) J Exp Biol 2000, 203: 2331-2339.
9.
Tempat SP, Hofmann GE: Perbandingan Hsc70 orthologs dari kutub dan
beriklim ikan notothenioid: perbedaan dalam pencegahan agregasi
dan melipat protein terdenaturasi. Am J Physiol regul integr Comp
Physiol tahun 2005, 288: R1195-R1202.
10. Tempat SP, Zippay ML, Hofmann GE: peran konstitutif untuk gen diinduksi:
bukti untuk perubahan dalam ekspresi gen hsp70 diinduksi di
Ikan notothenioid Antartika. Am J Physiol regul integr Comp Physiol 2004
287: R429-R436.
11. Romisch K, Collie N, N Soto, Logue J, Lindsay M, Scheper W, Cheng CH:
Protein translokasi melintasi membran retikulum endoplasma di
organisme dingin-disesuaikan. J Sel Sci tahun 2003, 116: 2875-2883.
12. Ruud JT:. Vertebrata tanpa eritrosit dan pigmen darah Alam
1954, 173: 848-850.
13. Sidell BD, O'Brien KM: Ketika hal-hal buruk terjadi pada ikan yang baik: hilangnya
hemoglobin dan mioglobin ekspresi dalam ikan dari Antartika. J Exp Biol
2006, 209: 1791-1802.
14. Eastman JT: Sifat keragaman ikan Antartika. Polar Biol 2005
28: 93-107.
15. Eastman JT, Hubold G:. Fauna ikan dari Laut Ross, Antartika Antartika
Sci tahun 1999, 11: 293-304.
16. Andriashev A: Sebuah tinjauan umum Antartika fauna ikan bawah. Di
Prosiding Kelima Kongres Eropa ichthyologists, Stockholm: 1985.
Disunting oleh Kullander SO, Fernholm B. Stockholm: Swedia Museum of
Sejarah Nasional; 1985: 357-372.
17. Egginton S: reologi darah ikan Antartika: adaptasi viskositas di
suhu yang sangat rendah. J Ikan Biol tahun 1996, 48: 513-521.
18. Hernandez-Blazquez FJ, Guerra RR, Kfoury JR Jr, Bombonato PP, Cogliati B,

da Silva JRMC: Fat proses penyerapan di usus dari Antartika

ikan Notothenia coriiceps (Richardson, 1844). Polar Biol 2006, 29: 831-836.
19. Johnston IA, Fernndez DA, Calvo J, Vieira VL, North AW, Abercromby M,
Garland T: Pengurangan jumlah serat otot selama adaptif
radiasi ikan notothenioid: perspektif filogenetik. J Exp Biol
2003, 206: 2595-2609.
20. Gon O, Heemstra PC: (Eds): Ikan dari Samudra Selatan , Volume 1.
Grahamstown: JLB Smith Institute of Iktiologi; 1990.
21. Myers EW, Sutton GG, Delcher AL, Dew IM, Fasulo DP, Flanigan MJ, Kravitz
SA, Mobarry CM, Reinert KH, Remington KA, Anson EL, Bolanos RA, Chou
HH, Jordan CM, Halpern AL, Lonardi S, Beasley EM, Brandon RC, Chen L,
Dunn PJ, Lai Z, Liang Y, Nusskern DR, Zhan M, Zhang Q, Zheng X, Rubin
GM, Adams MD, Venter JC: Sebuah perakitan seluruh genom Drosophila.
Ilmu 2000, 287: 2196-2204.
22. Bahasa AC, Richards S, Han Y, Wang M, Vee V, Qu J, Qin X, Muzny DM, Reid JG,
Worley KC: Pikiran kesenjangan: upgrade genom dengan Pacific Biosciences RS
teknologi sequencing panjang-baca. PLoS One 2012, 7: e47768.
23. Nadalin F, Vezzi F, Policriti A: GapFiller: a de novo pendekatan perakitan untuk
mengisi kesenjangan dalam dipadankan berbunyi. BMC Bioinform 2012, 13: S8.
24. Cantarel BL, Korf saya, Robb SM, Parra G, Ross E, Moore B, C Holt, Alvarado AS,
Yandell M: MAKER: pipa penjelasan yang mudah digunakan yang dirancang untuk
muncul genom organisme model. Genome Res 2008, 18: 188-196.
25. Lynch M, Conery JS: Nasib evolusi dan konsekuensi duplikat
gen. Ilmu 2000, 290: 1151-1155.
26. Demuth JP, De Bie T, Stajich JE, Cristianini N, Hahn MW: Evolusi
keluarga gen mamalia. PLoS One 2006, 1: E85.
27. Hahn MW, De Bie T, Stajich JE, Nguyen C, Cristianini N: Memperkirakan
tempo dan modus dari keluarga gen evolusi dari genom komparatif
Data. Genome Res 2005, 15: 1153-1160.
28. De Bie T, Cristianini N, Demuth JP, Hahn MW: CAFE: alat komputasi
untuk studi keluarga gen evolusi. Bioinformatika 2006 22: 1269-1271.
29. Hahn MW, Han MV, Han SG: Gene keluarga evolusi di 12 Drosophila
genom. PLoS Genet 2007, 3: e197.
30. Castillo-Davis CI, Kondrashov FA, Hartl DL, Kulathinal RJ: The fungsional
distribusi genom dari perbedaan protein dalam dua filum hewan:
evolusi bersama, konflik genomik, dan kendala. Genome Res 2004,
14: 802-811.
31. Du Z, Zhou X, Y Ling, Zhang Z, Su Z: agriGO: toolkit analisis GO untuk
masyarakat pertanian. Asam nukleat Res 2010, 38: W64-W70.
32. Dunn KA, Bielawski JP, Yang Z: tarif Pergantian di Drosophila nuklir
gen: implikasi untuk seleksi translasi. Genetika 2001, 157: 295-305.
33. Mark FC, Lucassen M, Strobel A, Barrera-Oro E, Koschnick N, Zane L, Patarnello
T, Portner HO, Papetti C: fungsi mitokondria di nototheniids Antartika
dengan ND6 translokasi. PLoS One 2012, 7: e31860.
34. Strobel A, Graeve M, Poertner HO, Mark FC: aklimatisasi mitokondria
kapasitas pemanasan laut dan pengasaman terbatas di

Ikan Antartika Nototheniid, Notothenia Rossii dan Lepidonotothen

. squamifrons PLoS One 2013, 8: e68865.
35. Weinstein R, Somero G: Pengaruh suhu pada fungsi mitokondria
di Antartika Trematomus ikan bernacchii. J Comp Physiol B tahun 1998,
168: 190-196.
36. Buckley BA, tempat SP, Hofmann GE: Peraturan gen heat shock di
hepatosit terisolasi dari ikan Antartika, Trematomus bernacchii.
J Exp Biol 2004, 207: 3649-3656.
37. Chen Z, Cheng CH, Zhang J, Cao L, Chen L, Zhou L, Jin Y, Ye H, Deng C, Dai
Z, Xu Q, Hu P, Sun S, Shen Y, Chen L: transcriptomic dan genomik
evolusi bawah dingin konstan dalam ikan notothenioid Antartika. Proc Natl
Acad Sci USA 2008, 105: 12944-12949.
38. Frank F: Protein destabilisasi pada suhu rendah. Adv Protein Chem
1995, 46: 105-139.
39. Todgham AE, Hoaglund EA, Hofmann GE: Apakah dingin panas baru? Tinggi
tingkat protein ubiquitin-terkonjugasi dalam jaringan ikan Antartika sebagai
bukti dingin-denaturasi protein in vivo. J Comp Physiol B 2007,
177: 857-866.
40. Bettencourt BR, Hogan CC, Nimali M, Drohan BW: Inducible dan
ekspresi gen heat shock konstitutif merespon modifikasi dari
Hsp70 jumlah copy di Drosophila melanogaster tetapi tidak
mengkompensasi hilangnya thermotolerance di Hsp70 lalat null. BMC Biol
2008, 6: 5.
41. Akerfelt M, Morimoto RI, Sistonen L: faktor Heat shock: integrator sel
stres, pengembangan dan umur. Nat Rev Mol Sel Biol 2010, 11: 545-555.
42. Hietakangas V, Ahlskog JK, Jakobsson AM, Hellesuo M, Sahlberg NM,
Holmberg CI, Mikhailov A, Palvimo JJ, Pirkkala L, Sistonen L:
Fosforilasi serin 303 merupakan prasyarat untuk stres-inducible
SUMO modifikasi panas faktor kejutan 1. Mol Sel Biol 2003
23: 2953-2968.
43. Hietakangas V, Anckar J, Blomster HA, Fujimoto M, Palvimo JJ, Nakai A,
Sistonen L: PDSM, motif untuk tergantung fosforilasi SUMO
. modifikasi Proc Natl Acad Sci USA 2006, 103: 45-50.
44. Kline MP, Morimoto RI: Represi dari heat shock factor 1
domain aktivasi transkripsi dimodulasi oleh konstitutif
fosforilasi. Mol sel Biol 1997, 17: 2107-2115.
45. Somero GN, DeVries AL: toleransi Suhu beberapa ikan Antartika.
Ilmu 1967, 156: 257-258.
46. Gulevsky AK, Relina LI: aspek molekuler dan genetik protein dingin
denaturasi. Cryo Surat 2013, 34: 62-82.
47. Bernales S, Papa FR, Walter P: intraselular sinyal oleh dilipat
respon protein. Annu Rev Sel Dev Biol 2006, 22: 487-508.
Shin et al. Genome Biology 2014, 15 : 468
Halaman 13 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468

Halaman 14
48. Calfon M, Zeng H, Urano F, Sampai JH, Hubbard SR, Harding HP, Clark SG, Ron
D: pasangan IRE1 endoplasma retikulum beban kapasitas sekretori oleh
pengolahan XBP-1 mRNA. Nature 2002, 415: 92-96.
49. Kaufman RJ: Stres sinyal dari lumen endoplasma yang
retikulum: koordinasi transkripsi gen dan translasi
kontrol. Gen Dev 1999, 13: 1211-1233.
50. Bargelloni L, Marcato S, Patarnello T: hemoglobin ikan Antartika: Bukti
evolusi adaptif di bawah nol suhu. Proc Natl Acad Sci tahun 1998,
95: 8670-8675.
51. D'Avino R, di Prisco G: Hemoglobin dari ikan Antartika Notothenia
coriiceps neglecta. Eur J Biochem tahun 1989, 179: 699-705.
52. Westerheide SD, Anckar J, Stevens SM Jr, Sistonen L, Morimoto RI:
Peraturan stres-diinduksi dari heat shock factor 1 oleh deacetylase yang
SIRT1. Ilmu 2009, 323: 1063-1066.
53. Zukowski S-SC: Darah ikan Antartika: Notothenia rossi marmorata
Fischer dan Notothenia neglecta Nybelin. Pol Polar Res 1980, 1: 103-108.
54. Gordon A, Hannon GJ: Fastx-toolkit: FASTQ / A pendek berbunyi preprocessing
alat. [http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit ]
55. Rasko DA, Webster DR, Sahl JW, Bashir A, Boisen N, Scheutz F, Paxinos EE,
Sebra R, Chin CS, Iliopoulos D, Klammer A, Peluso P, Lee L, Kislyuk AO, Bullard J,
Kasarskis A, Wang S, Eid J, Pangkat D, Redman JC, Steyert SR, Frimodt-Moller J,
Struve C, Petersen AM, Krogfelt KA, Nataro JP, Schadt EE, Waldor MK: Origins
dari E. coli galur menyebabkan wabah sindrom hemolitik uremik-di
. Jerman N Engl J Med 2011, 365: 709-717.
56. Koren S, Schatz MC, Walenz BP, Martin J, Howard JT, Ganapathy G, Wang Z,
Rasko DA, McCombie WR, Jarvis ED, Phillippy AM: koreksi kesalahan Hybrid
dan novo perakitan de tunggal molekul sequencing membaca. Nat
Biotechnol 2012, 30: 693-700.
57. FastQC. [H ttp: //www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc ]
58. Boetzer M, Pirovano W: Menuju genom hampir tertutup dengan GapFiller.
Genome Biol 2012, 13: R56.
59. Bao Z, Eddy SR: Otomatis identifikasi de novo urutan berulang
keluarga dalam genom sequencing. Genome Res 2002, 12: 1269-1276.
60. Harga AL, Jones NC, Pevzner PA: identifikasi De novo keluarga berulang
dalam genom besar. Bioinformatika 2005 21: i351-i358.
61. Benson G: Tandem mengulangi finder: program untuk menganalisis urutan DNA.
Asam nukleat Res 1999, 27: 573-580.
62. Delcher AL, Salzberg SL, Phillippy AM: Menggunakan pemain sandiwara bisu untuk
mengidentifikasi sejenis
daerah di set urutan besar. Curr Protoc Bioinformatika tahun 2003, Bab
10: Unit 10.3.
63. Bowtie: Sebuah memori-efisien dibaca pendek aligner ultrafast. [H ttp: // bowtie-bio.
sourceforge.net/index.shtml ]
64. Langmead B, C Trapnell, Pop M, Salzberg SL: ultrafast dan memori-efisien
penyelarasan DNA pendek sekuens ke genom manusia. Genome Biol

2009, 10: R25.

65. TopHat: Sebuah mapper baca disambung untuk RNA-Seq. [Ht tp: //ccb.jhu.edu/software/
tophat / index.shtml ]
66. Trapnell C, Pachter L, Salzberg SL: TopHat: menemukan persimpangan sambatan
dengan RNA-Seq. Bioinformatika 2009, 25: 1105-1111.
67. Manset: Transkrip perakitan, ekspresi diferensial, dan diferensial
Peraturan untuk RNA-Seq. [H ttp: //cufflinks.cbcb.umd.edu ]
68. Roberts A, Pimentel H, Trapnell C, Pachter L: Identifikasi novel
transkrip dalam genom dijelaskan menggunakan RNA-Seq. Bioinformatika 2011
27: 2325-2329.
69. Trapnell C, Hendrickson DG, Sauvageau M, L Goff, Rinn JL, Pachter L:
Analisis diferensial regulasi gen pada resolusi transkrip dengan
RNA-seq. Nat Biotechnol 2013, 31: 46-53.
70. Holt C, Yandell M: MAKER2: pipa penjelasan dan genom database
manajemen alat untuk proyek genom generasi kedua. BMC Bioinform
2011, 12: 491.
71. Smit AFA HR, Hijau P: RepeatMasker Open-3.0. 1996-2004. [ http: // www.
repeatmasker.org/ ]
72. Korf Saya:. Temuan Gene dalam genom baru BMC Bioinform 2004 05:59.
73. Conesa A, Gotz S, Garcia-Gomez JM, Terol J, Talon M, Robles M: Blast2GO: a
alat universal untuk penjelasan, visualisasi dan analisis di fungsional
. genomik penelitian Bioinformatika 2005 21: 3674-3676.
74. Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR: Infernal 1.0: inferensi dari keberpihakan RNA.
Bioinformatika 2009, 25: 1335-1337.
75. Gardner PP, Daub J, Tate J, Moore BL, Osuch IH, Griffiths-Jones S, Finn RD,
Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR, Bateman A: Rfam: Wikipedia, klan dan
yang "desimal" rilis. Asam nukleat Res 2011, 39: D141-D145.
76. Lowe TM, Eddy SR: tRNAscan-SE: program untuk meningkatkan deteksi
mentransfer gen RNA dalam urutan genom. Asam nukleat Res tahun 1997,
25: 955-964.
77. Li L, Stoeckert CJ Jr, Roos DS: OrthoMCL: identifikasi kelompok ortolog
untuk genom eukariotik. Genome Res 2003 13: 2178-2189.
78. CAFE: analisis Komputasi dari (gen) evolusi keluarga. [www.bio.
indiana.edu/hahnlab/Software.html ]
79. Hedges SB, Dudley J, Kumar S: TimeTree: pengetahuan-dasar umum
divergensi kali antara organisme. Bioinformatika 2006 22: 2971-2972.
80. Loytynoja A, Goldman N: Sebuah algoritma untuk beberapa penyelarasan progresif
urutan dengan sisipan. Proc Natl Acad Sci USA 2005
102: 10557-10562.
81. Castresana J: Seleksi blok lestari dari beberapa keberpihakan untuk
penggunaannya dalam analisis filogenetik. Mol Biol Evol tahun 2000, 17: 540-552.
82. Yang Z: PAML 4: analisis filogenetik oleh kemungkinan maksimum. Mol Biol
Evol 2007, 24: 1586-1591.
doi: 10,1186 / s13059-014-0468-1
Mengutip artikel ini sebagai: Shin et al. : Urutan genom dari Antartika
dungu notothen mengungkapkan adaptasi evolusioner untuk dingin

lingkungan. Genome Biology 2014 15: 468.

Kirim naskah Anda sebelah BioMed Central
dan mengambil keuntungan penuh dari:
pendaftaranonlineNyaman
peerreviewTeliti
Tidakadakendalaruangataubiayasosokwarna
PublikasiSegerapadapenerimaan
InklusidiPubMed,CAS,ScopusdanGoogleScholar
Penelitianyangtersediasecarabebasuntukredistribusi
Mengirimkan naskah Anda di
www.biomedcentral.com/submit
Shin et al. Genome Biology 2014, 15 : 468
Halaman 14 dari 14
http://genomebiology.com/2014/15/9/468

Original English text:

Here we
Contribute a better translation