Abstrak

Tingkat stres karang pembangun terumbu tropis akan meningkat dengan perkiraan meningkatnya CO2
atmosfer yang mengakibatkan suhu laut dan peningkatan pengasaman. Sebagian besar penelitian
hingga saat ini berfokus pada destabilisasi simbiosis karang-dinoflagellata karena pemanasan lautan,
atau penurunan kalsifikasi karena pengasaman laut. Dalam penelitian kami, kondisi pH dan suhu yang
konsisten dengan skenario akhir abad Panel Antar pemerintah tentang Perubahan Iklim (IPCC)
menyebabkan perubahan besar dalam fotosintesis dan respirasi, selain penurunan tingkat kalsifikasi di
karang Acropora millepora. Kepadatan populasi dinoflagellata simbiotik (Symbiodinium) di bawah
tingkat pengasaman dan suhu laut yang tinggi (Representative Concentration Pathway, RCP8.5)
menurun menjadi setengah dari yang ditemukan pada kondisi saat ini, dengan tingkat fotosintesis dan
pernapasan juga berkurang sebesar 40%. Perubahan fisiologis ini disertai dengan bukti pengaturan gen
pengangkut kalsium dan bikarbonat bersama dengan komponen matriks organik. Analisis data
Metatranscriptomic RNA-Seq menunjukkan keseluruhan regulasi transkrip metabolik, dan peningkatan
kelimpahan transkrip yang terlibat dalam kontrol jam sirkadian, mengendalikan kerusakan stres
oksidatif, pensinyalan / homeostasis kalsium, interaksi sitoskeletal, regulasi transkripsi, perbaikan DNA,
pensinyalan Wnt dan apoptosis/kekebalan/racun. Kami menyarankan bahwa peningkatan biaya
pemeliharaan di bawah pengasaman dan pemanasan laut, dan pengalihan ATP seluler ke homeostasis
pH, respons stres oksidatif, perbaikan UPR dan DNA, bersama dengan penekanan metabolisme, dapat
mendukung mengapa spesies Acroporid cenderung tidak berkembang di bawah tekanan lingkungan di
masa depan. Studi kami menyoroti potensi peningkatan permintaan energi ketika holobiont karang
terkena pemanasan laut tingkat tinggi dan pengasaman.

Perkenalan

Perubahan CO2 atmosfer cenderung mengubah ekosistem laut secara mendasar melalui pengaruhnya
terhadap suhu laut dan kimia ion karbonat [1,2]. Ekosistem terumbu karang adalah salah satu sistem
kelautan utama yang kemungkinan besar akan terpengaruh oleh pemanasan global dan pengasaman
laut (OA) [3,4]. Ekosistem yang sangat produktif dan beragam secara biologis ini menyediakan barang
dan jasa penting bagi lebih dari 450 juta orang di masyarakat pesisir di seluruh dunia [5]. Stresor lokal
dan global memengaruhi karang dan komunitas terumbu karang, dan mengancam kelangsungan hidup
jangka panjang mereka [6]. Lautan yang memanas dengan cepat mengancam karang pembentuk
terumbu karena suhu yang sangat tinggi menyebabkan kerusakan simbiosis antara inang karang dan
dinoflagellata simbiotiknya, sebuah fenomena yang disebut "pemutihan" karang. Selama beberapa
dekade terakhir, peristiwa pemutihan karang massal telah meningkat baik frekuensi maupun
intensitasnya [7-9]. Hasil dari peristiwa ini biasanya kematian karang yang tinggi dan untuk koloni yang
bertahan hidup, penurunan pertumbuhan koloni dan hasil reproduksi tertekan adalah hal biasa [10,11].
Ada perbedaan kerentanan dan tingkat keparahan pemutihan di antara spesies karang dan telah
ditunjukkan bahwa genera bercabang yang tumbuh cepat seperti Acropora lebih rentan terhadap
pemutihan yang parah [8,12]. Penyerapan CO2 atmosfer yang tinggi di lautan yang mengakibatkan OA
juga menimbulkan ancaman bagi berbagai organisme laut, karena hal itu berpotensi mempengaruhi laju
deposisi kalsium karbonat karena penurunan keadaan saturasi bentuk karbonat seperti aragonit, kalsit,
dan magnesium kalsit. 13]. Sebagian besar studi eksperimental tentang efek OA pada pengapur laut
telah dilakukan dalam eksperimen tangki atau mesocosm [4], dengan beberapa studi yang dilakukan di
lapangan menunjukkan perubahan komposisi spesies karang atau pergeseran dari dominasi karang
keras ke karang lunak [14, 15]. Studi telah menunjukkan bahwa kalsifikasi karang, seperti karang dan
alga kalsifikasi, akan mengalami penurunan tingkat kalsifikasi di bawah kondisi OA di masa depan
[16,17]. Sampai saat ini, studi tentang efek OA pada tingkat kalsifikasi kalsifikasi laut cenderung
mendominasi literatur [16], dengan korelasi negatif yang kuat antara tingkat kalsifikasi dan OA
[4,16,18,19]. Mengingat pentingnya variabel seperti pH dan konsentrasi ion karbonat, mungkin tidak
mengejutkan bahwa sejumlah besar proses fisiologis tampaknya dipengaruhi oleh OA pada organisme
laut [20-22] dan terdapat bukti bahwa OA dapat mempengaruhi populasi simbion. kepadatan dan
menekan metabolisme, proses yang mengarah pada pengendapan biologis kalsium karbonat di karang
pembentuk terumbu, sebelum efek pada laju kalsifikasi terlihat jelas [23].

Untuk sebagian besar, sebagian besar penelitian sebelumnya telah meneliti pemanasan laut dan
pengasaman laut dalam isolasi satu sama lain dengan pengecualian [24]. Mempertimbangkan bahwa
perubahan masa depan di konsentrasi CO2 atmosfer akan mempengaruhi suhu laut dan kimia pada saat
yang sama, penting untuk mempelajari efek gabungan dari perubahan suhu dan OA. Baru-baru ini telah
terjadi peningkatan laporan tentang efek gabungan dari peningkatan suhu dan pCO2 pada pengapur laut
[24-27]. Secara keseluruhan jelas bahwa respon bervariasi, bisa nonlinier dan ada varians intra dan
interspesifik untuk karang pembentuk terumbu, di mana efek gabungan suhu tinggi dan tingkat pCO2
tinggi sebagian besar mengarah pada penurunan tingkat kalsifikasi [24-27 ].

Studi sebelumnya terutama berfokus pada efek perubahan suhu laut dan kimia di masa depan pada
kalsifikasi, sementara banyak proses fisiologis lainnya, seperti fotosintesis, metabolisme energi,
perubahan fisiologi membran sel, reproduksi, kebugaran keseluruhan dan biaya energi yang terkait
dengan aklimasi terhadap kondisi lingkungan kurang mendapat perhatian [23]. Selain itu, ada
kekurangan pengetahuan tentang regulasi transkripsi jalur molekuler spesifik yang terlibat dalam
perubahan kalsifikasi, pemutihan, dan respons stres yang diamati. pada tingkat fenotipe, ketika terkena
perubahan suhu laut dan kimia. Beberapa penelitian telah menyelidiki perubahan ekspresi gen global
sebagai respons terhadap OA pada remaja [28]

dan karang dewasa [23,29], dan ada pengetahuan tentang efek peningkatan suhu pada transkriptom
karang larva dan karang dewasa [30-34]. Sampai saat ini, bagaimanapun, tidak ada informasi tentang
efek dari berbagai skenario pemanasan laut dan kimia di masa depan pada fisiologi karang pembentuk
terumbu, khususnya dalam hal fotosintesis dan tingkat respirasi, kepadatan Symbiodinium dan
konsentrasi pigmen, protein inang dan tingkat lipid. , dan tingkat kalsifikasi, ditambah dengan
mekanisme molekuler yang mendasari perubahan yang diamati pada tingkat fenotipe. Tujuan dari
penelitian kami adalah untuk berkontribusi pada kesenjangan pengetahuan ini dan menyelidiki
bagaimana perubahannya

baik suhu dan pCO2 mempengaruhi fisiologi holobiont karang, dan bagaimana perubahan tersebut
tercermin dalam metatranskriptome. Karang Acroporid bercabang adalah pembangun terumbu penting
yang menciptakan sebagian besar kompleksitas habitat di Indo-Pasifik, dan ditemukan sangat sensitif
terhadap tekanan termal dan tekanan OA [8,12,18]. Berdasarkan ciri-ciri biologis tersebut kami memilih
Acropora millepora sebagai spesies model untuk penelitian ini. Dalam penelitian ini kami bertujuan
untuk mengukur perubahan dalam proses fisiologis terpilih di holobiont karang, yang menyoroti fungsi
biologis penting seperti fotosintesis (tingkat evolusi oksigen, Symbiodinium
konsentrasi pigmen), respirasi, simbiosis karang-alga (kepadatan populasi Symbiodinium), potensi
penyimpanan energi (lipid dan protein) dan kalsifikasi. Proses fisiologis terpilih ini dapat memberikan
indikasi status kesehatan dan kalsifikasi holobiont karang secara keseluruhan

potensi organisme ketika terkena stres lingkungan.

Hasil

Proses fisiologis terpilih dari holobiont karang Fisiologi dalam hal proses pengukuran terpilih dari karang
pembentuk terumbu, A. millepora, bervariasi menurut apakah karang terkena skenario masa lalu,
sekarang atau masa depan suhu laut dan pCO2 (Tabel 1). Hasil kami menunjukkan bahwa populasi
Symbiodinium dari A. millepora holobiont menurun sebesar 50% saat terkena Perwakilan skenario masa
depan Jalur Konsentrasi, RCP8.5 dibandingkan dengan karang yang terpapar pada kondisi hari ini (PD)
(Gambar 1A, Tabel 2). Hal ini juga tercermin pada kadar klorofil a cm-2 yang juga terbelah dua. Sejalan
dengan perubahan ini, laju fotosintesis (yang diukur dengan P net max cm-2 dan P gross max cm-2)
karang yang terpapar RCP8.5 kondisi masa depan berkurang menjadi 33-41% dibandingkan dengan
karang dalam kondisi PD (Gambar 1B dan 1C, Tabel 2). Respirasi gelap yang ditingkatkan cahaya (LEDR)
juga berkurang menjadi 37% dibandingkan dengan karang dalam kondisi Pra Industri (PI). (Gambar 1C,
Tabel 2). Simbion yang tersisa di RCP8.5 kurang produktif (diukur dengan P net max cell-1 dan P gross
max cell-1) dibandingkan dengan populasi simbion yang ditemukan di karang terkena skenario PI
(Gambar 1D, Tabel 2). Karang PI lebih produktif baik per simbion sel (diukur dengan P net max cell-1 dan
P gross max cell-1) dan secara keseluruhan (diukur dengan P net max cm-2 dan P gross max cm-2)
dibandingkan dengan karang di bawah PD (Gambar 1C dan 1D). Kami juga melaporkan penurunan 2 kali
lipat dalam respirasi gelap per luas permukaan karang (cm-2) dan 75% penurunan
kalsifikasi/pertumbuhan (diukur dengan berat apung) untuk karang RCP8.5 dibandingkan ke karang PD
(Gambar 1E dan 1F, Tabel 2). Menariknya ada peningkatan 2 kali lipat kandungan lipid total per cm-2
untuk holobiont karang dalam skenario RCP4.5 dan 8.5 dibandingkan dengan PI dan PD kondisi, dan
kandungan larut air total per cm-2 meningkat sebesar 43% dalam kondisi RCP4.5 sebagai dibandingkan
dengan skenario lain (Gambar 1G dan 1H, Tabel 2). Pigmen fotosintesis di Symbiodinium berfluktuasi
antara 4 skenario berbeda. Klorofil sel-1 memiliki kandungan 2 kali lipat meningkat di bawah kondisi
RCP4.5, sedangkan klorofil c2 sel-1 jumlah meningkat 2 kali lipat baik dalam perawatan RCP4.5 dan 8.5
(Gambar 2A dan 2B, Tabel 2). Peridinin dan β karoten konten 2 kali lipat lebih tinggi pada karang RCP8.5
dibandingkan dengan karang saat ini, sementara hanya β karoten yang 2 kali lipat lebih tinggi pada
karang RCP4.5 (Gambar 2C dan 2D, Tabel 2). Tidak ada perbedaan dalam kandungan xanthophyll pool
(Diatoxanthin dan Diadinoxanthin) diantara perlakuan, sedangkan RCP4.5 karang mengalami
peningkatan 2 kali lipat dalam de-epoksidasi xantofil (Gambar 2E dan 2F, Tabel 2).

Gen yang diekspresikan secara berbeda Investigasi kami juga mengeksplorasi apakah ada perubahan
transkriptomik yang luas oleh A. millepora holobiont sebagai respons terhadap perubahan suhu dan
pCO2 di masa lalu, sekarang, dan yang diprediksi di masa depan. RNA-Seq menghasilkan 33–62 juta
bacaan (99bp) per perawatan. Penerapan Differential K-mer Analysis Pipeline (DiffKAP) dan analisis k-
mer (ukuran 16-mer) menghasilkan lebih dari 300.000 pembacaan yang dinyatakan secara berbeda
(DER) per perlakuan/perbandingan kontrol. Hanya sekitar 10% dari DER ini dianotasi dengan
penyelarasan basis data kueri-protein nukleotida (BLASTx) yang diterjemahkan secara signifikan (nilai-E
10−15) ke basis data Swiss-Prot, yang kemudian kami samakan dengan gen yang diekspresikan secara
berbeda (DEG). Dengan setiap skenario perubahan iklim dibandingkan dengan kondisi PD, terdapat
ekspresi gen diferensial pada 2592 (1032 ke atas dan 1560 ke bawah yang diatur) DEG dalam skenario
Pra-Industri (PI), 2677 (2138 ke atas dan 539 ke bawah yang diatur) DEG di RCP4. 5 karang dan 1642
(899 ke atas dan 743 diatur ke bawah) DEG di karang RCP8.5 (Gambar S1). Ini mewakili modifikasi
keseluruhan dari metatranskriptome, berdasarkan singkatnya membaca dengan hit BLASTx yang
signifikan ke database Swiss-Prot, masing-masing sebesar 4,9, 4,6 dan 3,1% di karang PI, RCP4.5 dan
RCP8.5, dibandingkan dengan kondisi PD. Ada 210 DEG yang tumpang tindih di semua 3 skenario
(Gambar S1). Komposisi taksonomi dari metatranskriptom kami cukup seragam di seluruh perlakuan, di
mana sebagian besar bacaan berasal dari karang (73–79%), diikuti oleh bacaan dari Symbiodinium (10–
13%) dan bacaan dari organisme lain, termasuk bakteri, virus. dan jamur, yang mewakili sebagian kecil
dari total transkrip (~ 1%). Ada juga sebagian dari bacaan kami yang tidak cocok dengan yang mana pun
referensi taksonomi (10–15%) (Gambar S2). Proporsi DEG Symbiodinium tertinggi ditemukan di PI
dibandingkan dengan kondisi PD, di mana 72% dari DEG yang diatur ke bawah dalam metatranskriptome
berasal dari Symbiodinium. Kondisi RCP4.5 di sisi lain memiliki proporsi DEG tertinggi (disebut lain) yang
tidak cocok dengan referensi taksonomi mana pun atau berasal dari bakteri / virus, DEG ini mewakili
21% dari DEG yang diatur dalam perawatan ini. Secara keseluruhan, DEG karang dominan dan mewakili
antara 46-83% dari DEG yang diatur ke bawah atau ke atas, kecuali untuk DEG yang diatur ke bawah PI
(Tabel S1). Kami menggunakan analisis qPCR dari 13 kandidat gen yang dipilih secara acak (Tabel S2)
berdasarkan gradien ekspresi dari DEG yang diatur sangat tinggi ke DEG yang diatur sangat rendah. Hasil
kami menunjukkan bahwa ada korelasi antara hasil qPCR dan RNA-seq, berdasarkan ekspresi gen lipatan
log2 (relatif terhadap kontrol) (r2 = 0,79; p<0,0001) (Gambar S3), memvalidasi pendekatan kami
menggunakan DiffKAP pada data RNA-seq. Secara keseluruhan, peningkatan terbesar dalam kelimpahan
transkrip terlihat untuk protein non-fluorescent seperti GFP, racun / sitolisis, gen yang terlibat dalam
metabolisme dan fotosintesis dalam kondisi PI (lihat Tabel S1). Di bawah kondisi RCP4.5, banyak
transkrip ribosom yang diekspresikan ditemukan bersama dengan transkrip yang terlibat dalam proses
berbasis mikrotubulus dan pergerakan cilium. Sebaliknya, di bawah kondisi RCP8.5, kami melihat
peningkatan transkrip yang terlibat dalam stres oksidatif, pensinyalan / homeostasis kalsium, interaksi
sitoskeletal, regulasi transkripsi, perbaikan DNA, pensinyalan Wnt dan apoptosis / kekebalan / racun
(termasuk pensinyalan NF-κB) dan gen jam sirkadian (Gambar 3, Tabel S1 dan S3). Ada penurunan
transkrip untuk proses metabolisme piruvat, transduksi sinyal kecil yang dimediasi GTPase dan proses
berbasis mikrotubulus dalam kondisi PI. Holobion karang RCP4.5 mengalami penurunan regulasi

Carbonic anhydrase, biosintesis asam lemak, dan transkrip yang terlibat dalam regulasi transkripsi. Di
bawah kondisi RCP8.5, terjadi penurunan regulasi dalam transkrip yang terlibat dalam metabolisme,
pemrosesan RNA, siklus sel, biosintesis asam lemak, transporter glukosa, karbonatanhydrase,
transportasi bikarbonat, protein matriks organik kerangka dan pensinyalan Notchjalur (Gambar 3, Tabel
S1 dan S3).

Analisis pengayaan ontologi gen dan interaksi protein

Variasi ekspresi gen global dalam metatranskriptom lintas suhu danskenario pCO2 dieksplorasi lebih
lanjut melalui analisis pengayaan GO. Saat membandingkan karang dari kondisi PI ke PD, terdapat 39
proses biologis dan 56 fungsi molekuler diperkaya (File S1), yang ketika dikelompokkan ke dalam
kategori mother GO (Gambar 4A) mereka menunjukkan hal itu perubahan proses metabolisme dalam
holobiont karang dominan di bawah skenario PI. Proses metabolisme dominan di bawah semua 3
skenario; Namun, proporsi pengayaan adalah yang terbesar di bawah kondisi PI. Juga, kategori proses
berbasis mikrotubulus adalah yang terbesar di karang PI di antara 3 perlakuan. Selain itu, kami melihat
perubahan dalam fotosintesis, sel motilitas, respons terhadap toksin dan kematian sel dan perubahan ini
tidak ada di bawah RCP4.5 dan kondisi RCP8.5 (Gambar 4A). Karang RCP4.5 memiliki 189 proses biologis
dan 55 molekuler fungsi diperkaya (S1 File), dan menunjukkan bahwa sebagian besar proses biologis
diperkaya terlibat dalam proses biosintetik, proses katabolik, embriogenesis dan morfogenesis, dan
reproduksi (Gambar 4B). Baik karang PI dan RCP4.5 mengalami pengayaan dalam siklus sel proses, tetapi
proporsi pengayaan lebih besar dalam kondisi PI. Selain itu, embriogenesis dan morfogenesis, dan
proses reproduksi yang juga diperkaya di bawah kondisi RCP8.5 menunjukkan proporsi pengayaan yang
lebih besar di bawah RCP4.5. Unik Kategori GO yang diperkaya dengan skenario RCP4.5 juga mencakup
translasi dan proliferasi dan pertumbuhan sel (Gambar 4). Karang terpapar skenario masa depan tanpa
pengurangan emisi (RCP8.5), menunjukkan pengayaan GO untuk 138 proses biologis dan 49 fungsi
molekuler (S1 Mengajukan). Di bawah skenario ini, proporsi proses metabolisme adalah yang terkecil di
antara 3 suhu masa lalu dan masa depan serta kondisi pCO2 dan pensinyalan/regulasi membentuk yang
terbesar proporsi pengayaan (Gambar 4C). Kategori GO hanya ditemukan di bawah RCP8.5 termasuk
seluler homeostasis, respons seluler terhadap stres, stres oksidatif, respons terhadap stimulus kimia,
endositosis, dan pemrosesan RNA. Proses biosintetik, embriogenesis dan morfogenesis, dan kategori
reproduksi membentuk proporsi pengayaan yang jauh lebih kecil, sementara respon imun adalah
proporsi yang lebih besar dibandingkan dengan karang dalam kondisi RCP4.5. Ada 210 DEG yang
tumpang tindih di semua perlakuan (Gambar S1), dan analisis pengayaan GO ini menunjukkan bahwa
proporsi terbesar dari kategori ini adalah proses biologis yang terlibat dalam gerakan berbasis
mikrotubulus, organisasi dan perakitan komponen seluler, dan pengembangan organisme multiseluler
(File S2). Jalur yang diperkaya secara signifikan ditemukan di RCP4.5 karang yang memiliki sejumlah gen
ditemukan di ribosom, sedangkan karang RCP8.5 telah diperkaya jalur proteolisis yang dimediasi
ubiquitin (Tabel 3). Untuk mendapatkan pemahaman lebih lanjut tentang proses seluler yang terjadi
selama tekanan holobiont karang, seperti yang terlihat pada tingkat fenotipik (Gambar 1), kami
menyelidiki interaksi antara protein yang dikodekan oleh gen yang diatur naik dan turun dalam
holobiont karang, di bawah RCP8.5 kondisi (Gambar 3). DEG yang diatur ke atas menunjukkan
sekelompok besar protein yang terlibat dalam penginderaan dan memperbaiki kerusakan DNA, yang
terhubung dengan respons stres seluler, pensinyalan WNT, kontrol jam sirkadian, interaksi sitoskeletal,
pemrosesan mRNA, dan regulasi transkripsi. Cluster respons stres seluler dihubungkan ke kelompok
matriks ekstraseluler yang terdiri dari beberapa jenis kolagen. Sekelompok protein pengatur
pertumbuhan, bertanggung jawab untuk mengatur penangkapan siklus sel, terhubung ke cluster regulasi
transkripsi. Kelompok lain ke atas protein yang diatur yang terlibat dengan pensinyalan / homeostasis
kalsium dikaitkan dengan transportasi yang dimediasi ER-Golgi, yang pada gilirannya dikaitkan dengan
kontrol proliferasi dan organisasi sel matriks ekstraseluler (Gambar 3A). Protein yang terlibat dalam
proteolisis yang dimediasi ubiquitin (Tabel 3) berinteraksi dengan protein yang terlibat dalam perbaikan
DNA, homeostasis kalsium / pensinyalan, respons stres seluler, dan transpor yang dimediasi ER-Golgi.
Protein yang diatur turun termasuk kelompok besar metabolisme, proliferasi sel, pemrosesan RNA, dan
siklus sel. Di sini klaster metabolik terhubung ke regulasi turun proliferasi sel dan pemrosesan RNA.
Regulasi siklus sel turun terhubung ke pelipatan protein. Di antara kelompok yang diatur ke bawah, kami
juga melihat anggota jalur pensinyalan Notch dan protein yang terlibat dalam respirasi aerobik.
Diskusi

Perubahan dalam proses fisiologis yang dipilih dari fenotipe Studi kami menunjukkan bahwa paparan
karang pembentuk terumbu, A. millepora, terhadap prediksi pH di masa depan dan kondisi suhu di
bawah proyeksi RCP8.5 business-as-usual, menghasilkan karang dengan berkurangnya populasi
Symbiodinium dan kadar klorofil a, menunjukkan pemutihan karang ringan, hasil ini mendukung temuan
sebelumnya tentang efek peracikan dari interaksi antara peningkatan suhu dan tekanan OA, dan di
mana destabilisasi karang-alga simbiosis terjadi pada ambang termal yang lebih rendah [19,20,35]. Kami
juga melaporkan perubahan besar dalam fotosintesis dan respirasi, selain penurunan kalsifikasi (Gambar
1). Meskipun penelitian kami tidak dapat menjelaskan potensi adaptasi atau aklimatisasi karang
pembangun terumbu di masa depan suhu laut dan kondisi pengasaman, kami memberikan informasi
tentang potensi dampak untuk karang bercabang dalam kondisi seperti itu. Bukti kami untuk penurunan
laju fotosintesis bruto per luas permukaan dan sel Symbiodinium, ditambah dengan berkurangnya
populasi Symbiodinium, menunjukkan gangguan proses fotofisiologis di Symbiodinium dan dapat
menyebabkan pengurangan fotoasimilat yang ditranslokasi ke karang inang. Hasil seperti itu bisa
memiliki dampak serius pada kemampuan inang untuk pulih dari pemutihan. Dari cukup menarik, adalah
pengamatan bahwa ada penurunan 2 kali lipat dalam respirasi gelap per luas permukaan karang (cm-2)
yang menunjukkan penurunan tingkat pertumbuhan dan/atau metabolisme di bawah kondisi lingkungan
ini. Perubahan ini cenderung memiliki efek negatif jangka panjang pada tuan rumah pertumbuhan dan
kesuburan, dengan prospek peningkatan kerentanan terhadap penyakit dan kematian, terutama jika
populasi Symbiodinium gagal pulih dengan cepat [36]. Menariknya, ada sebuah peningkatan fotosintesis
untuk karang PI dibandingkan dengan sejenisnya dalam kondisi PD (Gambar 1C dan 1D), yang mungkin
mencerminkan bahwa karang ini lebih cocok dengan kondisi laut terlihat 100 tahun yang lalu, dan
konsisten dengan studi mesocosm menemukan komunitas terumbu karang berkinerja lebih baik di
bawah kondisi pra-industri [24]. Namun, dalam penelitian kami, peningkatan produktivitas pada karang
PI tidak berarti pertumbuhan jaringan atau tingkat kalsifikasi yang lebih tinggi. Ini mungkin konsekuensi
dari kerangka waktu percobaan yang singkat (5 minggu) dan kemungkinan ini manfaat mungkin telah
diamati jika inkubasi eksperimental yang lebih lama dilakukan. Terlepas dari itu, implikasi dari hasil ini
perlu diperhitungkan saat berspekulasi tentang potensi pembangun terumbu karang untuk
menyesuaikan diri atau menyesuaikan diri dengan kondisi masa depan (sebagaimana ditekankan oleh
[24]). Terlepas dari variabilitas di antara kalsifikasi karang, tingkat kalsifikasi secara keseluruhan telah
diprediksi menurun pada akhir abad ini, sebagai akibat dari perubahan pCO2 dan suhu [4,37– 39]. Hasil
kami menunjukkan bahwa karang yang terpapar pada kondisi seperti RCP8.5 memiliki tingkat kalsifikasi
negatif dan lebih jauh menekankan tingkat tantangan yang mungkin dihadapi oleh karang pembangun
terumbu. menghadapi lautan masa depan yang lebih hangat dan lebih asam. Karang memiliki
kemampuan untuk mempertahankan pH sel homeostasis, karena sangat penting untuk berbagai fungsi
seluler [40] dan dapat meningkatkan pH pada situs kalsifikasi, bahkan di bawah kondisi yang sangat
diasamkan [41-43]. Proses pengaturan pH ini membutuhkan biaya pemeliharaan yang tinggi
[4,22,23,44]. Dalam penelitian kami, di bawah kedua pCO2 lebih tinggi dan suhu, hasil kami tidak
mencerminkan penurunan cadangan energi (total lipid dan protein); faktanya, kami melihat peningkatan
lipid untuk karang RCP4.5 dan RCP8.5, dan peningkatan dalam protein di bawah kondisi RCP4.5 (Gambar
1). Namun, penting untuk dicatat bahwa ukuran kami total lipid tidak memisahkan fraksi karang dari
fraksi Symbiodinium, dan mungkin saja bahwa Symbiodinium berperan penting dalam menentukan
kadar lipid pada Acropora millepora dalam kondisi lingkungan yang berbeda, seperti yang telah
ditunjukkan pada spesies karang lainnya [45]. Kita hasil menunjukkan peningkatan lipid cocok dengan
pengamatan yang di bawah paparan jangka panjang hingga OA, beberapa spesies karang mampu
bertahan hidup meski kehilangan kerangka dan berubah menjadi polip soliter besar dengan biomassa
koloni karang tiga kali lipat dalam kondisi terkendali [46]. Meskipun kami tidak dapat menghubungkan
hasil kami dengan perubahan pengasaman saja, perubahan diamati dalam penelitian ini juga berkorelasi
baik dengan perubahan cadangan energi untuk A. millepora [47], di mana cadangan energi tidak
dimetabolisme sebagai fungsi peningkatan pengasaman atau peningkatan baik dalam suhu maupun
pengasaman. Schoepf et al [47] memiliki hasil yang serupa pada kalsifikasi tersebut menurun di bawah
OA dan suhu tinggi, sementara konsentrasi lipid meningkat. Disarankan bahwa pemeliharaan cadangan
energi seperti konsentrasi lipid di bawah lingkungan kondisi stres memungkinkan karang
mempertahankan hasil reproduksinya [48]. Ini mungkin menjelaskan hasil penelitian kami, karena
karang A. millepora kami terpapar pada percobaan kondisi tepat sebelum acara pemijahan tahunan
mereka. Mengingat bahwa paparan suhu yang meningkat dapat menyebabkan disfungsi fotosintesis di
Symbiodinium [36] dan fotosintesis yang dihambat dapat mempengaruhi sensitivitas terhadap OA dan
pemulihan sel inang dari asidosis seluler [49], eksplorasi kami terhadap profil pigmen Symbiodinium
selain mengukur fotosintesis memberikan wawasan lebih jauh ke dalam proses fotosintesis. kapasitas
holobiont karang. Karang dapat menyesuaikan konsentrasi pigmen fotosintesis memaksimalkan tingkat
radiasi yang tersedia untuk endosimbion fotosintesis [50]. Meskipun a pengurangan populasi
endosimbion pada karang RCP8.5, tingkat klorofil per sel tidak berubah dibandingkan dengan karang PD
dan PI, sedangkan pada karang RCP4.5 konsentrasi klorofil per sel meningkat (Gambar 2). Selain itu,
karang RCP4.5 juga meningkatkan konsentrasinya pigmen fotosintesis aksesori per sel (Gambar 2). Ini
mungkin mencerminkan kemampuan RCP4.5 karang untuk menyesuaikan unit fotosintesis mereka di
bawah kondisi lingkungan yang berubah, untuk memaksimalkan pemanfaatan cahaya dan potensi
produktivitas yang lebih tinggi, yang juga diamati pada per tingkat sel dalam karang RCP4.5 (Gambar
1D). Karang RCP8.5 memang meningkatkan kadar pigmen aksesori, yang dalam hal ini mungkin
mencerminkan lingkungan cahaya yang berubah di dalam karang ini karena populasi endosimbion
berkurang setengahnya dan pigmen aksesori diperlukan untuk menyerap kelebihan energi cahaya [51].
Paparan cahaya yang tinggi juga telah terbukti menginduksi produksi karotenoid di karang [52]. De-
epoksidasi xanthophyll, yaitu konversi diadinoxanthin (Ddn) menjadi diatoxanthin (Dtn) pada
penyerapan cahaya, dapat mengurangi tekanan cahaya tinggi melalui disipasi menyerap radiasi menjadi
panas [53-55]. Hanya karang RCP4.5 yang memiliki de-epoksidasi lebih besar (Dtn/Dtn +Ddn)
dibandingkan dengan karang PD. Sebuah korelasi antara peningkatan de-epoksidasi dan pendinginan
non fotokimia yang lebih besar telah ditunjukkan [56]. Ini konsisten dengan kemungkinan kebutuhan
yang lebih besar untuk pendinginan non-fotokimia pada karang RCP4.5 dalam kondisi lingkungan yang
berubah [57]. Pengamatan bahwa karang RCP8.5 tidak mengubah de-epoksidasinya tingkat
dibandingkan dengan karang PD mungkin mencerminkan bahwa fotosintesis tidak berfungsi secara
memadai kompleks karang-alga ini, mendukung penurunan produktivitas (Gambar 1C dan 1D) dan
supresi metabolik (Gambar 1E). Disipasi energi sangat penting untuk organisme yang terpapar tekanan
lingkungan, di mana peningkatan tingkat penyerapan cahaya yang berlebihan disertai dengan a
peningkatan kebutuhan untuk disipasi energi [57]. Kurangnya pengaturan oksidasi dalam xanthophyll
dalam kasus ini, dapat menunjukkan potensi stres oksidatif dan / atau kerusakan yang ada di dalam
holobiont karang.
Respons ekspresi gen global: Skenario pra-industri

Analisis kami tentang perubahan metatranskriptom global pada A. millepora memungkinkan kami
mengidentifikasi jalur molekuler potensial dan gen kandidat yang terlibat dalam respons holobiont dari

proses fisiologis terpilih yang terlihat pada tingkat fenotipe (Gambar 1 dan 2), dan untuk memprediksi
perubahan selama pemanasan laut dan kondisi kimia masa lalu dan masa depan. Meskipun karang

holobiont terdiri dari inang karang, populasi Symbiodinium dan mitra simbion lainnya (bakteri, virus,
jamur, dan lainnya) [58-60] respons ekspresi gen global kami didominasi oleh karang dan kedua gen
Symbiodinium, sedangkan gen dari komunitas mikroba di holobiont karang adalah proporsi kecil. Ini
membatasi kemampuan penelitian kami untuk menentukan perubahan penting yang mungkin terjadi
pada mitra mikroba holobiont karang yang mungkin memengaruhi perubahan yang kami lihat dalam
proses fisiologis pada tingkat fenotipe. Kami juga tidak mengukur perubahan komunitas mikroba di
cabang karang kami di bawah

perawatan eksperimental dan mengakui pentingnya mengukur fluks dalam komunitas mikroba dalam
penelitian selanjutnya untuk mengeksplorasi peran apa yang mungkin mereka mainkan. Lebih dari
setengah modifikasi metatranskriptom pada karang yang terpapar suhu PI dan kondisi pCO2 terlibat
dalam proses metabolisme, seperti pembentukan metabolit prekursor dan energi, dan

proses metabolisme protein (Gambar 4A, Tabel S1). Pola transkrip metabolisme inang karang kami yang
terlibat dalam pembuatan jalur energi prekursor seperti glikolisis, diatur ke atas sementara transkrip
metabolik untuk glikolisis, siklus Calvin, dan fotorespirasi asal Symbiodinium diatur ke bawah (Tabel S1)
menyiratkan susunan kompleks jalur metabolisme di inang dan endosimbion yang mendukung
peningkatan fotosintesis yang terlihat pada tingkat fenotipe dan

memerlukan penyelidikan lebih lanjut untuk memahami mekanisme yang mendasarinya. Fotosintesis
juga merupakan target utama modulasi transkripsional, di mana transkrip Symbiodinium untuk psbA,
psbB, psbC, psbD1 dan petB diatur ke atas (Gambar 4A, Tabel S1), mencerminkan peningkatan
fotosintesis yang terlihat pada tingkat fisiologis (Gambar 1) dan menyarankan potensi produksi energi
yang lebih besar untuk karang PI dibandingkan dengan sejenis PD mereka. Koloni Acropora millepora
kami mengandung clade C3 dari Symbiodinium. Dalam sebuah penelitian yang membandingkan
transkriptom dari empat klad Symbiodinium (A, B, C dan D) [61], ditemukan bahwa transkrip terkait
fotosintesis adalah

sangat terkonservasi dan dibagi di antara keempat clade dan oleh karena itu mendukung gagasan bahwa
mereka unik untuk dinoflagellata dan tidak berubah sepanjang waktu evolusi. Peningkatan yang diamati
dalam proses siklus sel, termasuk siklus sel mitosis, dan pelepasan dupleks DNA selama replikasi dan
fase M (Gambar 4, File S1), dapat mencerminkan peningkatan pertumbuhan baik pada populasi
endosimbion dan / atau inang karang. Selain itu, fakta bahwa kondisi PI menghasilkan regulasi
transkripsi terbesar dari gen Symbiodinium selanjutnya menunjukkan perubahan dalam populasi
endosimbion. Perubahan dalam proses metabolisme, fotosintesis, dan siklus sel yang terlihat pada
tingkat transkripsi, menegaskan kembali fakta bahwa kondisi lingkungan masa lalu sebenarnya lebih
bermanfaat bagi A. millepora, mungkin menunjukkan bahwa adaptasi terhadap kondisi saat ini belum
terjadi.

Respons ekspresi gen global: skenario pengurangan emisi (RCP4.5)

Menanggapi gangguan lingkungan dalam suhu laut dan kimia yang disimulasikan oleh skenario emisi
(RCP4.5), sebagian besar fungsi biologis dari perubahan metatranskriptom adalah milik proses
metabolisme dan biosintetik (Gambar 4B, Tabel S1). Temuan ini mungkin menunjukkan potensi energi
yang lebih besar untuk karang RCP4.5 dibandingkan dengan karang PD, mendukung peningkatan
fotosintesis per sel alga yang terlihat pada tingkat fenotipe (Gambar 1D). Hal ini mungkin disebabkan
oleh peningkatan suhu dan pCO2, yang keduanya telah terjadi di masa lalu terbukti meningkatkan
produktivitas [20]. Walaupun tidak terlihat dalam penelitian ini karena waktu yang singkat kerangka,
karang Acroporid cenderung mengalami stres dan menunjukkan tanda-tanda pemutihan dan
pengurangan kalsifikasi di bawah skenario RCP4.5, terutama setelah paparan yang lebih lama pada
kondisi ini dan selama dan/atau setelah musim panas [24]. Berbagai protein ribosom sangat
diekspresikan di bawah kondisi RCP4.5 (Tabel 3, Tabel S1) dan mungkin menunjukkan bahwa
pertumbuhan sel terjadi di respon terhadap perubahan lingkungan. Regulasi biogenesis ribosom adalah
elemen kunci dalam mengendalikan pertumbuhan sel karena ribosom diperlukan untuk pertumbuhan
dan juga karena biogenesis ribosom mengkonsumsi sebagian besar energi seluler. Bahkan, dalam sel
yang tumbuh, hingga 95% dari total transkripsi dapat dikaitkan dengan biogenesis ribosom [62]. Ini
konsisten dengan pengayaan gen dalam proliferasi dan pertumbuhan sel, dan proses biologis siklus sel
(Gambar 4B). Peningkatan dalam proses reproduksi dibandingkan dengan karang PD kemungkinan
merupakan cerminan dari percobaan ini terjadi tepat sebelum acara pemijahan tahunan, dan karang
RCP4.5 terpapar lebih tinggi suhu. Telah ditunjukkan bahwa ketika karang terkena suhu yang lebih tinggi
selama periode akhir gametogenesis, pemijahan dapat terjadi lebih awal pada bulan pemijahan [63],
yang mungkin menjelaskan mengapa dalam penelitian kami, terjadi peningkatan gen yang berkaitan
dengan reproduksi peristiwa di karang RCP4.5.

Respons ekspresi gen global: skenario bisnis seperti biasa (RCP8.5)

Metabolisme. Di bawah skenario bisnis seperti biasa, RCP8.5, holobiont A. millepora menunjukkan
tanda-tanda respons stres pada tingkat fenotipe melalui pengurangan endosimbion kepadatan populasi
dan konsentrasi klorofil a, penurunan produktivitas dan penurunan laju respirasi yang dapat
menunjukkan potensi depresi metabolik (Gambar 1). Respons stres seluler juga terlihat pada tingkat
ekspresi gen global. Analisis pengayaan gen menunjukkan bahwa karang RCP8.5 memiliki proporsi
proses biologis metabolisme terkecil dibandingkan dengan karang yang terpapar kondisi RCP4.5 atau PI
(Gambar 4). Hal ini juga didukung oleh penurunan regulasi keseluruhan transkrip yang terlibat dalam
metabolisme glukosa, TCA, dan fosforilasi oksidatif, yang menunjukkan berkurangnya metabolisme
oksidatif dan kapasitas untuk menghasilkan ATP dan NADPH, serta pengurangan gula karang dan
pengangkut glukosa (Gambar 3B, S3 Meja). Juga, proses biosintetik kurang terwakili dibandingkan
dengan karang dalam kondisi PI dan RCP4.5, mungkin mencerminkan penurunan jalur metabolisme yang
membutuhkan energi. Selain itu, ada lebih sedikit transkrip yang didedikasikan untuk reproduksi,
embriogenesis, dan morfogenesis dibandingkan dengan karang RCP4.5, yang mungkin sekali lagi
menunjukkan keseimbangan energi yang lebih negatif pada karang RCP8.5 yang tertekan. Metabolik
depresi dalam penelitian ini juga bisa menjadi akibat asidosis seluler karena karang RCP8.5 kami
mengalami penurunan fotosintesis dan pengurangan populasi Symbiodinium (Gambar 1) yang mungkin
menunjukkan penghambatan fotosintesis, dan telah ditunjukkan bahwa aktivitas fotosintesis
Symbiodinium terkait erat dengan kemampuan sel inang untuk pulih dari asidosis seluler setelah
paparan pCO2 yang tinggi [49]. Adalah umum bagi organisme untuk menekan tingkat metabolisme
mereka sebagai akibat dari tekanan lingkungan, untuk sementara waktu menghadapi kondisi yang
merugikan [64]. Depresi metabolik yang terlihat dalam penelitian ini, bagaimanapun, sangat
mengkhawatirkan jika terjadi dalam jangka waktu yang lama, karena karang tidak dapat kembali ke
tingkat metabolisme istirahat normal [22].

Jam sirkadian. Jam sirkadian adalah mekanisme inti di hampir semua organisme yang mengontrol dan
menyinkronkan proses fisiologis dengan siklus siang/malam. Dengan demikian, ritme sirkadian penting
dalam mengendalikan metabolisme suatu organisme (lihat ulasan, [65]). Telah ditunjukkan bahwa
gangguan ritme sirkadian, baik lingkungan maupun genetik, dapat memiliki efek mendalam pada
metabolisme dan menyebabkan penyakit metabolik pada mamalia [66]. Ada komponen jam sirkadian
yang dapat merasakan perubahan pada metabolisme sel, dan diduga bahwa metabolisme tidak hanya
dipengaruhi oleh jam sirkadian, tetapi juga dapat bertindak sebagai modulator jam sirkadian [65]. Di
karang, seperti di banyak organisme, ekspresi gen metabolik terkait dengan ritme sirkadian [67].
Mengingat perubahan dramatis dalam metabolisme dalam hal penurunan laju respirasi (Gambar 1) dan
penurunan regulasi transkrip karang yang terlibat dalam metabolisme oksidatif, menunjukkan potensi
depresi metabolik (Tabel S3) yang terlihat pada karang RCP8.5 kami, menarik untuk dicatat bahwa
unsur-unsur dari mesin jam sirkadian karang adalah up-regulated (Gambar 3A, Tabel S3), dan NPAS3
telah terbukti terlibat dalam regulasi sirkadian glukoneogenesis pada mamalia [68,69]. Ini mungkin
menunjukkan bahwa jam sirkadian di karang secara intrinsik terkait, mungkin untuk mengendalikan
peristiwa metabolisme (seperti depresi metabolik) selama gangguan lingkungan. Ini adalah jalan yang
perlu dieksplorasi dalam studi masa depan.