Global diversity of microbial communities in marine sediment

(Keanekaragaman global komunitas mikroba dalam sedimen laut)

Kehidupan mikroba di sedimen laut berkontribusi besar terhadap biomassa global dan merupakan
komponen penting dari sistem Bumi. Sedimen bawah laut mencakup ekosistem mikroba aerobik dan
anaerobik, yang bertahan pada fluks energi yang tersedia secara hayati sangat rendah sepanjang waktu
geologis. Namun, keragaman taksonomi bioma mikroba sedimen laut dan distribusi spasial keragaman
itu telah dibatasi dengan buruk pada skala global. Kami menyelidiki 299 sampel inti sedimen yang
didistribusikan secara global dari 40 lokasi berbeda pada kedalaman 0,1 hingga 678 m di bawah dasar
laut. Kami memperoleh -47 juta 165 urutan gen RNA ribosom (rRNA) menggunakan subsampling bersih
yang konsisten dan prosedur eksperimental, yang memungkinkan perbandingan yang akurat dan tidak
bias dari semua sampel. Analisis statistik mengungkapkan korelasi yang signifikan antara komposisi
taksonomi, konsentrasi karbon organik sedimen, dan ada atau tidak adanya oksigen terlarut.
Ekstrapolasi dengan dua model hubungan spesies-area yang sesuai menunjukkan kekayaan taksonomi
dalam sedimen laut masing-masing menjadi varian urutan amplikon 7,85 x 10² hingga 6,10 x 10² dan
3,28 x 10 hingga 2,46 x 10° untuk Archaea dan Bakteri. Kekayaan ini sebanding dengan kekayaan tanah
lapisan atas dan kekayaan air laut, menunjukkan bahwa Bakteri lebih beragam daripada Archaea di
biosfer global Bumi.

Selama dua dekade terakhir, para ilmuwan telah mengeksplorasi sifat dan tingkat kehidupan bawah laut
melalui pengeboran laut ilmiah di berbagai pengaturan oseanografi. Jumlah total sel mikroba dalam
sedimen laut saat ini diperkirakan 2,9 × 1029 hingga 5,4 × 1029 sel, terhitung 0,18 hingga 3,6% dari total
biomassa hidup Bumi. Kelimpahan mikroba pada sedimen laut umumnya menurun dengan
bertambahnya kedalaman dan bertambahnya umur sedimen. Konsentrasi sel biasanya lebih tinggi
dalam sedimen anoksik yang kaya organik di tepi benua daripada di sedimen oksik yang miskin organik
di laut terbuka. Sebuah studi baru-baru ini menggunakan PCR digital mikrofluida untuk memperkirakan
bahwa sel archaeal merupakan 37,3% dari semua sel sedimen laut, dengan persentase sel archaeal yang
lebih tinggi di sedimen tepi laut daripada di sedimen laut terbuka (masing-masing 40,0% dan 12,8%; ref.
Studi terbaru lainnya memperkirakan bahwa 2,5 × 1028 hingga 1,9 × 1029 endospora bakteri (4,6 hingga
35 Pg karbon biomassa) ada di kilometer paling atas dari sedimen laut.

Profil jumlah sel dan kimia air pori menunjukkan bahwa aktivitas mikroba di sedimen dasar laut biasanya
sangat rendah, dengan laju respirasi rata-rata berkisar antara 2,8 × 10−18 hingga 1,1 × 10−14 mol
elektron per sel per tahun, tergantung pada ketersediaan elektron donor dan akseptor. Inkubasi
penyelidik isotop stabil bertarget sel tunggal dan spektrometri massa ion sekunder skala nanometer
telah menunjukkan bahwa sebagian besar sel mikroba dalam sampel sedimen dasar laut dapat
mengasimilasi beragam senyawa karbon dan nitrogen ke dalam biomassa seluler, bahkan dari
kedalaman 2 km. sedimen Miosen anoksik dan sedimen oksik 101,5-Ma.

Faktor-faktor yang dapat membatasi biosfer sedimen dalam tidak terbatas pada kelangkaan nutrisi dan
kelangkaan substrat penghasil energi. Faktor pembatas juga dapat mencakup suhu, tekanan, pH,
salinitas, ketersediaan air, porositas sedimen, atau permeabilitas. Misalnya, tanpa transportasi cairan
dalam sedimen, penyebaran sel mikroba dasar laut mungkin terbatas pada transportasi difusi karena
tidak mungkin bahwa motilitas flagellar yang digerakkan oleh pompa proton dapat terjadi di bawah fluks
energi rendah seperti itu (13). Dalam hal ini, transportasi hanya dapat mencapai 6 m selama 1 juta
tahun, bahkan pada lapisan yang sangat berpori (8, 14, 15). Studi terbaru tentang hubungan komposisi
komunitas antara sedimen dangkal dan air laut telah menunjukkan bahwa sedimen dasar laut dalam
dihuni oleh keturunan komunitas sedimen dasar laut, yang menjadi dominan melalui kelangsungan
hidup preferensial karena komunitas terkubur selama ribuan hingga ratusan ribu tahun ( 16-18).
Beberapa sel yang terkubur dalam kemudian dapat diperkenalkan ke laut melalui transportasi cairan
(mengalir melalui patahan, vulkanisme lumpur, dan rembesan hidrokarbon) pada margin konvergen
lempeng, tersebar sebagai "biosfer dalam". Berdasarkan model matematis ketersediaan energi dan
proses mikroba, energi yang dibutuhkan untuk bertahan hidup, bukan untuk tumbuh, terdiri dari
komponen penting dari total daya yang dikonsumsi oleh komunitas sedimen dasar laut.

Makna.

Sedimen laut menutupi 70% permukaan bumi dan menyimpan biomassa sebanyak air laut. Namun,
keragaman taksonomi global komunitas sedimen laut, dan distribusi spasial keragaman itu masih belum
jelas. Kami menyelidiki komposisi mikroba dari 40 lokasi pengambilan sampel yang didistribusikan
secara global, yang mencakup kedalaman sedimen 0,1 hingga 678 m. Analisis statistik mengungkapkan
bahwa ada atau tidak adanya oksigen dan konsentrasi karbon organik merupakan faktor lingkungan
utama untuk menentukan komposisi taksonomi dan keragaman komunitas sedimen laut. Kekayaan
taksonomi sedimen laut global yang diprediksi oleh model hubungan spesies-area adalah 7,85 × 103
hingga 6,10 × 105 untuk Archaea dan 3,28 × 104 hingga 2,46 × 106 untuk Bakteri sebagai varian urutan
amplikon, yang sebanding dengan kekayaan air laut dan tanah lapisan atas.

Terlepas dari signifikansi ekologi dan evolusi kehidupan sedimen laut, distribusi spasial dan kendala
lingkungan keanekaragaman mikroba dalam sedimen laut digambarkan dengan buruk, sebagian karena
pengambilan sampel mikrobiologis sedimen bawah laut yang terbatas dan sebagian karena penggunaan
kontrol kualitas yang berbeda dan protokol analitik yang berbeda. oleh studi yang berbeda. Terlepas
dari keterbatasan ini, studi tentang urutan gen 16S ribosomal RNA (rRNA) telah menunjukkan bahwa 1)
beragam taksa bakteri dan archaeal ada di mana-mana dalam sedimen anoksik yang kaya organik, 2)
komunitas mikroba dikelompokkan berdasarkan kedalaman sedimen, dan 3) sifat geokimia dan
sedimentologi. mempengaruhi komposisi komunitas mikroba (10, 28-36). Selain itu, analisis gen
genomik, metagenomik, dan fungsional sel tunggal telah menunjukkan bahwa taksa bakteri dan
archaeal yang dominan (misalnya, anggota Atribacteria dan Bathyarchaeota) memiliki kemampuan
metabolisme yang dapat berkontribusi pada ekosistem dasar laut heterotrofik, seperti
homoacetogenesis dan kemampuan untuk mendegradasi berbagai senyawa organik.

Dengan kemajuan terbaru dalam pendekatan ekologi dan komputasi molekuler, mikrobioma habitat
lain, seperti air laut dan tanah lapisan atas, telah diselidiki secara komprehensif pada skala global (43,
44). Misalnya, keragaman global prokariota laut (Archaea dan Bakteri) di dekat permukaan laut (0
hingga 1.000 m di bawah permukaan laut [mbsl]) diperkirakan (3,75 × 104 unit taksonomi operasional)
menggunakan sampel air laut dari proyek Tara Oceans (43). Komposisi komunitas sampel air laut ini
kovarian dengan suhu (43). Penyelidikan keragaman mikroba global tanah lapisan atas juga
mengungkapkan bahwa komposisi komunitas bakteri tanah lapisan atas sangat dipengaruhi oleh pH
tanah dan variabel iklim (44). Baru-baru ini, Magnabosco et al. (45) mengumpulkan data
keanekaragaman mikroba yang diterbitkan dari sumber air tanah yang beragam dan memperkirakan
bahwa biosfer bawah permukaan benua mengandung 2 × 1029 hingga 6 × 1029 sel (23 hingga 31 Pg
karbon biomassa), dengan komposisi komunitas yang berkorelasi dengan litologi sampel. Namun,
penulis memperingatkan bahwa hasil ini kemungkinan dipengaruhi oleh efek batch, karena data untuk
situs proksimal umumnya dihasilkan oleh laboratorium yang sama menggunakan metodologi yang sama
(misalnya, kondisi pengambilan sampel dan penyimpanan, ekstraksi DNA dan prosedur pemurnian,
primer, dan teknologi pengurutan).

Untuk menemukan keragaman global mikrobioma sedimen laut dan untuk mengecualikan potensi bias
eksperimental, kami menetapkan prosedur subsampling dan eksperimental yang konsisten dan
menganalisis semua sampel di satu laboratorium. Sambil memberikan perhatian khusus pada kontrol
kualitas dan jaminan kualitas (QA/QC) pemrosesan sampel (28), kami menganalisis total 299 sampel
beku yang dikumpulkan dari 40 lokasi dengan pengeboran laut ilmiah dan ekspedisi coring, dimulai
dengan biosfer dalam pertama. - Program Pengeboran Laut (ODP) Leg 201 tahun 2002 (7). Dengan
menggunakan pendekatan ini, kami menyelidiki distribusi keragaman dalam mikrobioma sedimen laut
global dan menjelaskan faktor lingkungan yang membatasi komposisi komunitasnya pada skala global.

Hasil dan Diskusi

Sampel dan Urutan. 299 sampel sedimen dikumpulkan dari kedalaman inti 0,1-678 m di bawah dasar
laut (mbsf) (Gbr. 1 dan Dataset S1). Sampel diambil secara aseptik di kapal segera setelah pemulihan
inti, dibekukan pada suhu -80 °C segera setelah pengambilan sampel, dan disimpan pada suhu -80 °C
hingga subsampling. Prosedur QA/QC yang konsisten diterapkan untuk subsampling, ekstraksi DNA,
amplifikasi PCR, dan pengurutan. Misalnya, untuk lebih memahami kekayaan dan keragaman taksonomi
mikroba, set primer dan teknologi sekuensing yang sama digunakan selama penelitian, termasuk kontrol
eksperimental negatif.

Primer spesifik Archaea, spesifik Bakteri, dan universal digunakan untuk mengamplifikasi urutan gen 16S
rRNA dari masing-masing 236, 299, dan 287 sampel sedimen (Bahan dan Metode). Jumlah sampel yang
diamplifikasi dengan primer spesifik Archaea dan dengan primer universal kurang dari 299 karena set
primer tersebut tidak menghasilkan amplikon dari beberapa sampel. Setelah menyaring data mentah,
total 12,5, 16,0, dan 18,6 juta pembacaan urutan diperoleh dengan menggunakan primer spesifik
Archaea, spesifik Bakteri, dan universal. Kumpulan data yang diperoleh dengan kumpulan primer ini
disebut di bagian berikut sebagai "Archaea," "Bakteri," dan "Universal."

Komposisi Taksonomi Komunitas Archaeal. Komposisi taksonomi komunitas archaeal di sedimen bawah
laut anoxic sangat berbeda dari yang ada di sedimen bawah laut oxic (Gbr. 2 A dan C dan Lampiran SI,
Gbr. S1). Gambar 2A menunjukkan hasil dari perpustakaan pengurutan Archaea. Ini menggambarkan
komposisi komunitas mikroba untuk 235 sampel sedimen. Anggota Crenarchaeota, termasuk
Bathyarchaeia, lazim dalam komunitas anaerobik. Euryarchaeota dan Asgardaeota sangat melimpah di
komunitas anaerobik dari beberapa daerah, seperti Laut Baltik (Ekspedisi [Keluaran] 347) dan di lepas
Semenanjung Shimokita (Keluaran 902). Dalam beberapa sampel dari Laut Jepang (Exp. 346), margin
Peru (Leg 201), dan di lepas Semenanjung Shimokita, anggota Hadesarchaeaeota mencakup lebih dari
70% komunitas archaeal, dan kelimpahan relatif mereka meningkat dengan meningkatnya sedimen
kedalaman (Gbr. 2A). Anggota Nanoarchaeaeota merupakan lebih dari 95% dari komunitas archaeal
dalam sampel sedimen terdalam (678 mbsf) dari Teluk Benggala (Exp. 354). Berbeda dengan komunitas
anaerobik, komunitas archaeal aerobik didominasi oleh anggota Thaumarchaeota (misalnya,
Nitrososphaera). Dominasi oleh Thaumarchaeota ini menunjukkan kemungkinan bahwa
mikroorganisme air laut dimasukkan ke dalam sedimen oxic dan hidup di sana (15). Dari 3.892 total
varian urutan amplikon archaeal (ASV) yang terdeteksi dalam dataset Archaea, hanya 260 ASV yang
umum. 260 ASV ini menyumbang sekitar 70% dari total urutan archaeal (Lampiran SI, Gambar. S1).

Komposisi komunitas archaea yang diperoleh dengan menggunakan set primer universal sedikit berbeda
dari yang diperoleh dengan menggunakan primer spesifik archaea. Untuk banyak sampel sedimen,
Asgardaeota sangat dominan dalam kumpulan data Universal, sedangkan Crenarchaeota dan
Euryarchaeota dominan dalam kumpulan data Archaea. Secara khusus, Asgardaeota sangat dominan
dalam kumpulan data Universal untuk sedimen dalam dari Teluk Meksiko (Keluaran 308), Palung Nankai
(Keluaran 315 dan 316), dan di lepas Semenanjung Shimokita (Keluaran 902), dengan 80% . Perbedaan
ini menegaskan bahwa cakupan primer mempengaruhi komposisi komunitas yang nyata. Terlepas dari
sedikit perbedaan antara perpustakaan Archaea dan Universal, kedua perpustakaan menunjukkan
bahwa komunitas archaeal di sedimen anoxic berbeda dari yang ada di sedimen oxic. Sebagai contoh,
baik dataset Archaea dan dataset Universal menunjukkan bahwa Thaumarchaeota hanya dominan pada
sampel dari sedimen oxic.

Kelimpahan relatif Archaea dalam dataset Universal di bawah 10% untuk sebagian besar sampel (Gbr.
2C), meskipun hasil ini tidak kuantitatif karena perbedaan efisiensi PCR. Penelitian sebelumnya
menggunakan kuantifikasi PCR digital untuk mengidentifikasi persentase Archaea masing-masing
sebesar 5,6 dan 22,6% dalam sedimen laut terbuka dan tepi laut (5). Persentase dalam penelitian ini
adalah 4,3 dan 12,2%. Meskipun persentase ini sedikit lebih rendah dari pada penelitian sebelumnya,
mereka konsisten dalam menunjukkan Bakteri mendominasi secara signifikan atas Archaea di sedimen
dasar laut (Lampiran SI, Gambar. S2).

Komposisi Taksonomi Komunitas Bakteri. Seperti komunitas archaeal, komunitas bakteri dalam sedimen
anoxic sangat berbeda dari yang ada di sedimen oxic (Gbr. 2 B dan C dan Lampiran SI, Gbr. S1).
Komposisi komunitas bakteri yang diperoleh dari primer spesifik Bakteri dan primer Universal sesuai,
kecuali untuk perbedaan komposisi dalam Proteobacteria. Anggota Proteobacteria, termasuk
Alphaproteobacteria dan Betaproteobacteriales (Gammaproteobacteria), mendominasi, bersama
dengan anggota Firmicutes, dalam sedimen dasar laut oksik. Sebaliknya, anggota Atribacteria,
Chloroflexi, dan Planctomycetes lazim di sedimen anoxic, seperti yang dilaporkan sebelumnya oleh studi
yang lebih terbatas secara geografis (misalnya, ref. 40 dan 50). Namun, beberapa sedimen anoxic,
seperti sampel yang dikumpulkan dari Teluk Benggala (Exp. 353), dihuni oleh komunitas bakteri khas
sedimen oxic. Terlepas dari perbedaan yang konsisten dalam anggota dominan komunitas bakteri
anaerobik dan aerob, 5.212 dari 30.874 ASV dimiliki oleh komunitas anaerobik dan aerob. 5.212 ASV ini
secara kolektif membentuk sekitar 80% dari urutan 16S rRNA dalam dataset kami (Lampiran SI, Gambar.
S1).

Perbandingan Bioma Sedimen Laut dengan Bioma Air Laut dan Tanah Lapisan Atas. Untuk menilai
hubungan bioma sedimen laut dengan bioma utama lainnya, kami membandingkan perpustakaan
Universal kami untuk sedimen laut dengan perpustakaan urutan yang diterbitkan dari air laut dan tanah
lapisan atas (referensi pada Gambar 1) yang menggunakan primer yang sama (atau sedikit dimodifikasi)
sebagai universal primer yang digunakan dalam penelitian ini (Gbr. 3). Komposisi komunitas bakteri dan
archaeal dari ketiga bioma sangat berbeda. Seperti ditunjukkan pada Gambar. 2, Crenarchaeota dan
Asgardaeota dominan di sedimen laut, sedangkan Euryarchaeota dan Thaumarchaeota dominan di air
laut dan Thaumarchaeota di tanah lapisan atas. Komposisi komunitas bakteri menunjukkan dominasi
Proteobacteria pada data air laut dan tanah lapisan atas. Selain itu, Cyanobacteria, Marinimicrobia, dan
Bacteroidetes dominan di air laut, sedangkan Acidobacteria dan Verrucomicrobia sangat dominan di
tanah lapisan atas. Atribacteria dan Aerophobetes lazim di sedimen laut tetapi tidak ada di dua bioma
lainnya, menunjukkan bahwa mikroba sedimen laut merupakan bioma yang unik. Kesamaan antar
sampel dalam komposisi ASV menunjukkan komunitas yang berbeda dalam tiga bioma (Gbr. 3B) dan
keragaman antar sampel yang lebih tinggi dalam sedimen laut. Keanekaragaman yang tinggi ini mungkin
mencerminkan variasi yang lebih drastis dalam kondisi habitat sedimen laut (misalnya, dengan
kedalaman di bawah dasar laut, dari oksik hingga anoksik atau dari kaya energi hingga miskin energi)
dibandingkan bioma lainnya.

Faktor Lingkungan yang Menghambat Komposisi Komunitas Sedimen Laut. Untuk memahami faktor
lingkungan mana yang membatasi komposisi komunitas mikroba pada skala global dan di berbagai
kedalaman sedimen, kami melakukan analisis penskalaan multidimensi nonmetrik (NMDS) dari
komposisi komunitas dan sifat lingkungan yang beragam. Sifat-sifat ini termasuk kedalaman air,
kedalaman sedimen, konsentrasi sulfat, konsentrasi karbon organik total, dan ada tidaknya oksigen
terlarut (Gbr. 4 A–C dan Dataset S1). Untuk analisis ini, kami mengecualikan ASV yang secara statistik
ditentukan sebagai kontaminan. Kami juga menganalisis data setelah mengurangkan semua ASV yang
terdeteksi pada kontrol negatif untuk memastikan bahwa koordinasi NMDS tidak dihasilkan dari
kontaminasi (Lampiran SI, Gambar S3).

Kompilasi komunitas archaeal sedimen laut skala global dapat dikategorikan menjadi dua kelompok
besar: kelompok laut terbuka aerobik dan kelompok anaerobik yang menghuni habitat kaya organik.
Komunitas bakteri juga mengelompok menjadi kelompok laut terbuka aerobik dan kelompok anaerobik
yang menghuni tepi benua dan daerah upwelling lainnya (Gbr. 4B). Asosiasi masing-masing kelompok
yang didefinisikan secara luas ini, dengan 1) adanya oksigen terlarut dan kelimpahan organik total yang
rendah dan 2) tidak adanya oksigen terlarut dan kelimpahan organik yang tinggi, masing-masing,
menunjukkan bahwa faktor-faktor lingkungan ini secara signifikan berkontribusi pada komposisi
taksonomi laut. mikrobioma sedimen dan, karenanya, fungsi ekologi ekosistem mikroba sedimen
aerobik dan anaerobik laut. Pentahbisan NMDS untuk primer universal (sekuens gen 16S rRNA bakteri
dan archaeal) lebih mirip dengan ordinasi untuk primer spesifik Bakteri daripada ordinasi untuk primer
spesifik Archaea (Gbr. 4 A–C), kemungkinan besar karena keragaman taksa bakteri yang lebih besar, jika
dibandingkan dengan keragaman taksa archaeal, di bioma sedimen laut (5). Di antara faktor lingkungan
yang diperiksa, vektor kedalaman sedimen tegak lurus terhadap vektor faktor lainnya, terlepas dari
analisis NMDS, menunjukkan bahwa kedalaman sedimen dapat berkorelasi secara independen dengan
komposisi komunitas. Hubungan tersebut mungkin hasil dari penurunan ketersediaan substrat nutrisi
dan energi dengan meningkatnya kedalaman sedimen (51).

Untuk menguji korelasi jarak geografis dan litologi sedimen dengan komposisi komunitas mikroba, kami
melakukan uji Mantel untuk kumpulan komunitas yang dikompilasi untuk masing-masing situs. Uji
tersebut menghasilkan korelasi positif yang sangat signifikan (P <0,001) tetapi relatif lemah antara jarak
geografis dan komposisi komunitas (r = 0,236, 0,224, dan 0,239 untuk dataset Archaea, Bakteri, dan
Universal; Gambar 4H). Analisis ini menunjukkan bahwa litologi sedimen (Dataset S2) berkorelasi kuat
dengan komposisi komunitas (r = 0,484, 0,543, dan 0,581 untuk dataset Archaea, Bakteri, dan Universal).
Korelasi yang kuat ini mungkin disebabkan oleh jumlah dan komposisi bahan organik yang berbeda
dalam litologi sedimen yang berbeda, yang dihasilkan dari sumber sedimen dan laju sedimentasi yang
berbeda. Untuk sampel sedimen individu, laju sedimentasi dan umur sedimen juga dapat menjadi
penentu penting komposisi komunitas (52); namun, kami tidak memasukkan variabel ini untuk analisis
NMDS karena tingkat sedimentasi tidak tersedia untuk lebih dari setengah sampel sedimen yang
digunakan dalam penelitian ini.

Analisis Jaringan Komunitas Mikroba Sedimen Laut. Untuk menentukan pola cooccurrence, kami
melakukan analisis jaringan berdasarkan korelasi peringkat Spearman dari ASV yang diperoleh
menggunakan primer universal. Jaringan dibangun hanya dengan menggunakan korelasi yang kuat,
positif, dan signifikan (r > 0,6, P <0,05; Gambar 5).

Grafik jaringan yang dihasilkan berisi 1.533 node (ASV). Lima puluh komunitas terdeteksi, berdasarkan
pengelompokan edge-betweenness (53). Modularitas jaringan tinggi (0,84). Pada Gambar 5B, hanya 10
komunitas terbesar yang disorot. 10 komunitas ini mencerminkan lingkungan redoks sedimen, dengan
lima komunitas yang terdiri dari ASV yang lazim di sedimen oxic (Komunitas 1, 5, 8, 9, dan 10) dan lima
komunitas yang terdiri dari ASV yang lazim di sedimen anoksik (Komunitas 2, 3, 4, 6, dan 7).

Dari 10 komunitas ini, Komunitas 1 berisi jumlah ASV terbesar (84 ASV), yang sebagian besar terdiri dari
Chloroflexi, Proteobacteria, dan Thaumarchaeota (Gbr. 5C). Diagram jaringan menunjukkan bahwa
Chloroflexi dan Thaumarchaeota adalah anggota penting dari jaringan cooccurrence (Gbr. 5A)
berdasarkan PageRank. Thaumarchaeota ini terdeteksi terutama pada sedimen permukaan dari South
Pacific Gyre (Exp. 329). Mereka milik keluarga Nitrosopumilaceae (Dataset S3). Isolat dari kelompok
Thaumarchaeota ini adalah pengoksidasi amonia autotropik. Nitrosopumilaceae tersebar luas di laut
dan dapat diendapkan di dasar laut dari air laut. Mereka telah dilaporkan bertahan hidup di kerak
samudera menggunakan amonia yang dihasilkan oleh mineralisasi aerobik bahan organik dan dapat
dipertahankan sama dalam sedimen (54). Anggota Chloroflexi dalam komunitas ini termasuk dalam
famili Dehalococcoidia dan Anaerolineae. Meskipun Dehalococcoidia umumnya dianggap sebagai
bakteri anaerob, mereka juga muncul di Komunitas aerobik 10. Anaerolineae termasuk isolat yang
mampu tumbuh aerobik (55), yang sesuai dengan potensi pengurangan O2 katabolik yang disimpulkan
untuk taksa terkait dari metagenom (56 –58). Anggota Proteobacteria di Komunitas 1 termasuk taksa
yang ditugaskan untuk keluarga dengan anggota yang terlibat dalam siklus logam dalam nodul mangan
dan kerak mangan, seperti Magnetospiraceae (heterotrof mikroaerob) dan Kiloniellaceae (59)
(dilaporkan sebagai aerob kemoheterotrofik; ref. 60 dan 61) . Komunitas lain yang terdeteksi dalam
sedimen oxic (Komunitas 5, 8, 9, dan 10) sebagian besar terdiri dari ASV yang ditugaskan ke taksa yang
lebih tinggi yang terkait dengan metabolisme anaerobik. Sejauh mana ASV ini mampu melakukan
aktivitas aerobik umumnya tidak diketahui. Selain Thaumarchaeota, taksa terkait air laut dalam
komunitas sedimen oksik termasuk Proteobacteria, seperti klad SAR86 dari Gammaproteobacteria (di
Komunitas 5), dan filum Cyanobacteria (di Komunitas 5, 8, dan 9). Cyanobacteria telah dilaporkan
terjadi jauh di bawah permukaan benua, di mana mereka dihipotesiskan untuk bertahan hidup dengan
hidrogenotrofi tanpa adanya cahaya (62). Mereka mungkin juga mengandalkan hidrogenotrofi di
sedimen bawah laut.

Dari lima komunitas sedimen anoksik, Komunitas 3 terutama terdiri dari Atribacteria, Chloroflexi, dan
Planctomyces yang biasanya ditemukan di sedimen dasar laut anoksik. Diagram jaringan menegaskan
bahwa Chloroflexi adalah komponen yang menonjol. Namun, hampir semua Chloroflexi yang terdeteksi
berafiliasi dengan MSBL9, urutan kandidat dengan properti yang sedikit diketahui. Genom
Phycisphaerae yang dilaporkan dalam MSBL9 menunjukkan bahwa bakteri tersebut diadaptasi untuk
memanfaatkan berbagai polimer gula kompleks (63). Atribacteria yang lazim di sedimen bawah laut
yang kaya organik (30, 64). Mereka adalah bakteri anaerob heterotrofik yang memfermentasi asam
organik untuk menghasilkan asetat dan karbon dioksida (40). Dehaloccoidia, milik Chloroflexi, juga
merupakan bakteri heterotrofik anaerobik dan dapat bersaing dengan bakteri yang berafiliasi dengan
MSBL9 dan/atau Atribacteria untuk substrat umum. Atau, karena Dehaloccoidia dapat memanfaatkan
senyawa organik aromatik dan terhalogenasi (65), mereka dapat hidup berdampingan dengan
memanfaatkan substrat yang berbeda. Jaringan juga dapat mewakili penggunaan asam organik,
metabolit Chloroflexi, oleh Atribacteria dan Planctomyces. Di Komunitas 6, diagram jaringan
menunjukkan bahwa Asgardaeota dan Chloroflexi adalah anggota utama. Hampir semua Asgardaeota di
komunitas ini adalah Lokiarchaeia (Dataset S3). Genom metagenom-assembled Lokiarchaeia dari
sedimen tepi Kosta Rika menunjukkan bahwa mereka hidup heterotrofik dengan memanfaatkan
hidrokarbon aromatik tetapi termodinamika membutuhkan simbiosis dengan bakteri pereduksi sulfat
(66). Clade Chloroflexi lain di Komunitas 6 adalah Anaerolineae, yang umumnya dikenal sebagai
anaerobik dan heterotrofik. Tiga komunitas anaerobik lainnya berbeda dengan lokasi pengambilan
sampel mereka. Komunitas 4 dan 7 adalah karakteristik sampel Laut Baltik (Exp. 347). Komunitas 2
adalah karakteristik sampel Peru Margin (Leg 201). Eks. 347 sedimen glasial dan interglasial yang dibor,
di mana Komunitas 4 terdiri dari anggota yang berasal dari sedimen glasial dengan alkalinitas terlarut
rendah.

Singkatnya, analisis jaringan cooccurrence menunjukkan bahwa sedimen laut, komposisi komunitas
mikroba dibentuk oleh keadaan redoks dan donor elektron yang tersedia dalam sedimen. Hasil analisis
ini juga menunjukkan bahwa mikroba sedimen dasar laut berinteraksi satu sama lain untuk
memanfaatkan substrat terbatas yang tersedia secara efektif di lingkungan ekstrem ini.

Profil Kedalaman Kekayaan Taksonomi. Untuk memperkirakan kekayaan taksonomi untuk setiap
sampel, 1.000 urutan dipilih secara acak dari data urutan untuk sampel dan digunakan untuk
menghitung kekayaan ASV (Chao-1) untuk sampel. Untuk memastikan kekokohan perkiraan kekayaan
kami, proses ini diulang 100 kali untuk setiap sampel. Kekayaan ASV bakteri dan ASV archaeal keduanya
umumnya menurun dengan meningkatnya kedalaman sedimen anoksik (Gbr. 6). Namun, dalam
sedimen oxic, kekayaan bakteri umumnya menurun dengan bertambahnya kedalaman, sedangkan
kekayaan archaeal tetap relatif konstan di seluruh kolom sedimen. Kekayaan bakteri 10 kali lipat lebih
tinggi dari kekayaan archaeal dan juga lebih tinggi pada sedimen anoxic daripada sedimen oksik
(Gbr.6B), mungkin karena sedimen anoxic yang kaya organik umumnya memiliki kelimpahan sel yang
lebih tinggi daripada sedimen oxic yang miskin organik (1, 5) . Secara umum, kecuraman penurunan
kekayaan terkait kedalaman berhubungan positif dengan kekayaan komunitas di sedimen dangkal.
Misalnya, berdasarkan kemiringan garis regresi yang lebih curam untuk kekayaan ASV dan kedalaman
sedimen di sedimen anoksik daripada di sedimen oxic (Gbr. 6 A–C), fraksi yang lebih kecil dari kekayaan
awal bertahan dari tekanan pemilihan dasar laut di sedimen an-oksik daripada dalam sedimen oxic.
Demikian pula, baik dalam sedimen anoksik dan oksik, kekayaan archaeal berkurang secara dramatis
daripada kekayaan bakteri dengan meningkatnya kedalaman sedimen. Penurunan yang lebih rendah
dalam kekayaan archaeal dengan kedalaman konsisten dengan saran bahwa taksa archaeal umumnya
lebih toleran terhadap ketersediaan energi yang sangat rendah daripada taksa bakteri (8). Namun,
meskipun tingkat penurunan kekayaan arkea yang lebih rendah dengan kedalaman sedimen, kekayaan
arkea umumnya lebih rendah daripada kekayaan bakteri di semua kedalaman sedimen.

Kekayaan Taksonomi Total Bioma Sedimen Laut. Kami menggunakan tiga set perpustakaan urutan gen
16S rRNA (Archaea, Bakteri, dan Universal) untuk memperkirakan jumlah global ASV dalam sedimen laut
(Bahan dan Metode). Untuk memastikan kekokohan hasil kami, kami menggunakan lima model
hubungan spesies-area (SAR) yang berbeda untuk perkiraan independen kekayaan taksonomi (Lampiran
SI, Gambar S4). Dari kelima model ini (Arrhenius, Gleason, asimtotik, logistik, dan Gitay) (SI Appendix,
Tabel S1), skor Akaike information criteria (AIC) menunjukkan bahwa model asimtotik dan Gitay adalah
yang terbaik dan terbaik kedua untuk ketiga kumpulan data. , masing-masing (Tabel 1). Ketika
diekstrapolasi ke volume global sedimen laut (67), jumlah total ASV archaeal adalah 7,85 × 103
menggunakan model asimtotik dan 6,10 × 105 menggunakan model Gitay. Jumlah total ASV bakteri
dalam sedimen laut global adalah 3,28 × 104 menggunakan model asimtotik dan 2,46 × 106
menggunakan model Gitay. Dengan kedua model, kekayaan bakteri global sekitar empat kali lipat lebih
tinggi dari kekayaan archaeal global (Tabel 1). Rentang ekstrapolasi model adalah 6,18 × 103 hingga
7,90 × 1015 untuk archaeal dan 2,88 × 104 hingga 1,32 × 1015 untuk ASV bakteri (Tabel 1 dan Lampiran
SI, Gambar S4). Menggunakan dataset Universal untuk memperkirakan keragaman global, kami kembali
menemukan model asimtotik sebagai model terbaik, dengan keragaman archaeal dan bakteri masing-
masing 1,98 × 103 dan 3,90 × 104 (Lampiran SI, Tabel S2 dan Gambar S5). Hasil ini konsisten dengan
hasil yang dijelaskan di atas untuk kumpulan data Bakteri dan Archaea. Perkiraan ini menggunakan
model asimtotik dan Gitay jauh di bawah perkiraan sebelumnya tentang kekayaan taksonomi mikroba di
bioma bawah permukaan terestrial (yaitu, 109 hingga 1012) (45). Estimasi bawah permukaan terestrial
sebelumnya didasarkan pada hubungan penskalaan Arrhenius (R = aNb, di mana a adalah konstanta, b
adalah faktor penskalaan, R adalah kekayaan taksonomi, dan N adalah jumlah pembacaan urutan) (45).
Dengan model Arrhenius, di mana N adalah jumlah sampel alih-alih jumlah pembacaan urutan, kekayaan
ASV total mikrobioma sedimen laut adalah 8,71 × 1013. Nilai ini mirip dengan perkiraan berbasis
Arrhenius untuk bioma bawah permukaan terestrial (45 ). Namun, model Arrhenius secara konsisten
menghasilkan skor AIC yang lebih tinggi daripada model asimtotik untuk sedimen laut (Tabel 1). Ini juga
menghasilkan perkiraan kekayaan yang jauh lebih tinggi (5 hingga 12 kali lipat) daripada model lainnya
(Tabel 1). Akibatnya, kami menganggap nilai ASV global yang dihitung menggunakan model Arrhenius
sebagai perkiraan yang terlalu tinggi (Tabel 1; lih. ref. 68; Lampiran SI, Teks Tambahan).

Untuk membandingkan kekayaan bakteri dan archaeal global bioma sedimen laut dengan kekayaan
global bioma utama lainnya, kami menyusun publikasi urutan gen 16S rRNA yang dibaca dari tanah
lapisan atas dan air laut (tanah lapisan atas: 190 lokasi, 234 sampel; air laut: 20 lokasi, 352 sampel ; ref.
44 dan referensi pada Gbr. 1). Wilayah 16S yang sama dianalisis untuk ketiga bioma. Namun, data
untuk bioma yang berbeda diperoleh dengan menggunakan metode ekstraksi DNA yang berbeda,
kondisi PCR yang berbeda, dan sedikit perbedaan dalam urutan primer. Setelah memasukkan lima
model SAR ke data lapisan tanah atas dan data air laut, skor AIC menunjukkan model asimtotik dan Gitay
lebih baik untuk tanah lapisan atas dan air laut, seperti halnya sedimen laut. Kekayaan ASV global tanah
lapisan atas dan kekayaan ASV global air laut, masing-masing, 7,88 × 104 dan 3,00 × 104 menggunakan
model asimtotik (Tabel 1). Mereka adalah 1,69 × 107 dan 1,69 × 106 menggunakan model Gitay (Tabel
1). Total gabungan global dari tiga bioma (jumlah dari semua kekayaan AVS untuk lapisan tanah atas,
sweter, dan sedimen laut) adalah 1,49 × 105 menggunakan model asimtotik dan 2,19 × 107
menggunakan model Gitay (Tabel 1). Seperti pada sedimen laut, keanekaragaman bakteri global
melebihi tanah lapisan atas dan air laut dengan keanekaragaman archaeal global (Lampiran SI, Tabel S2).

Kesimpulan

Dalam studi ini, kami menganalisis keragaman mikroba di 299 sampel sedimen laut dari seluruh dunia,
menggunakan metode yang dikontrol dengan tepat dan konsisten. Hasil kami menunjukkan bahwa
komunitas mikroba dalam sedimen laut terdiri dari dua kelompok mikroba utama, satu anaerobik dan
aerob lainnya. Keanekaragaman sedimen laut berkurang dengan bertambahnya kedalaman sedimen.
Tingkat penurunan umumnya lebih rendah untuk Archaea daripada Bakteri. Meskipun tingkat
penurunan keanekaragaman archaeal lebih rendah dengan kedalaman, keanekaragaman bakteri
melebihi keanekaragaman archaeal di setiap kedalaman sedimen. Dari lima model hubungan ASV-area,
model asimtotik paling baik menggambarkan data kami, memprediksi total ASV dalam sedimen laut
menjadi 7,85 × 103 untuk Archaea dan 3,28 × 104 untuk Bakteri. Analisis komparatif dari mikrobioma
sedimen laut, tanah lapisan atas, dan air laut menunjukkan bahwa setiap bioma mengandung komunitas
yang sangat berbeda tetapi secara kasar tingkat kekayaan mikroba global yang serupa. Hasil ini
menunjukkan bahwa Bakteri lebih beragam daripada Archaea di biosfer global Bumi.

Bahan dan metode

Sampel Inti Sedimen. 299 sampel sedimen yang digunakan dalam penelitian ini (0,1 hingga 678 mbsf)
berasal dari 40 lokasi yang diambil sampelnya selama 14 ekspedisi pengeboran atau coring, termasuk
ekspedisi Integrated Ocean Drilling Program (IODP) pada tahun 2002 hingga 2015 (Gbr. 1 dan Dataset S1
). Inti sedimen diambil sampelnya secara aseptik di atas kapal, dan sampel dibekukan pada suhu -80 °C
segera setelah pengambilan sampel. Sampel sedimen beku disimpan pada suhu -80 ° C sampai
subsampling pasca ekspedisi di ruang bersih. Metadata lingkungan (kedalaman sedimen, usia, kimia air
pori) untuk setiap sampel sedimen diperoleh dari laporan ekspedisi yang dipublikasikan (Dataset S1).
Komposisi mineral ditentukan berdasarkan pengamatan slide smear sampel beku di bawah mikroskop
terpolarisasi (Dataset S2).

Ekstraksi DNA. Dari setiap sampel inti beku, 5 g sedimen beku diambil sampelnya secara aseptik untuk
ekstraksi DNA, seperti yang dijelaskan sebelumnya (19). Untuk mengurangi bias yang dapat disebabkan
oleh penggunaan prosedur yang berbeda, subsampling, ekstraksi DNA, amplifikasi gen 16S rRNA, dan
sekuensing dilakukan dengan prosedur yang sama, di laboratorium yang sama, dan pada waktu yang
sama. Selain itu, kontrol negatif (5 mL air) dimasukkan dengan setiap batch subsampel dan tunduk pada
ekstraksi DNA. DNA diekstraksi dari setiap subsampel menggunakan PowerMax Soil DNA Isolation kit
(Qiagen), sesuai dengan instruksi pabrik. Masing-masing larutan DNA 5 mL yang dihasilkan dipekatkan
dengan presipitasi etanol dan kemudian disimpan pada -20 °C.

Urutan dan Analisis. Daerah hipervariabel V3-V4 dari gen 16S rRNA diamplifikasi dengan PCR
menggunakan primer universal (U515F dan U806R; ref. 69). Selain itu, wilayah V4–V5 dari gen 16S rRNA
diamplifikasi menggunakan set primer spesifik domain (518F/926R dan 517F/958R;
https://vamps.mbl.edu/resources/primers.php) yang menargetkan Bakteri dan Archaea, masing-
masing.

Volume ekstrak DNA yang digunakan untuk semua PCR adalah 1 L. Untuk menghindari overamplifikasi,
jumlah siklus PCR ditetapkan antara 25 dan 40 berdasarkan hasil tes PCR awal yang memantau kurva
amplifikasi. Setelah produk PCR dimurnikan, urutan indeks dan adaptor ditambahkan sebanyak delapan
siklus PCR, dilanjutkan dengan pemurnian menggunakan AMPure XP (Beckman Coulter). Produk PCR
kemudian diurutkan menggunakan platform MiSeq dengan MiSeq Reagent Kit v3 (600 siklus) atau MiSeq
Reagent Kit v2 (500 siklus; Illumina).

Setelah pemangkasan kualitas, pembacaan urutan demultipleks diproses menggunakan Mothur (versi
1.35.0) (70) dan USEARCH (versi 64-bit; www.drive5.com/usearch/), untuk menggabungkan pembacaan
pasangan-akhir dan mengelompokkan urutan membaca ke dalam unit taksonomi (ASV). ASV dengan
kelimpahan 3 atau kurang dibuang. Qiime (71) digunakan untuk menentukan ASV mana yang secara
signifikan lebih melimpah (P <0,20; ANOVA) dalam rangkaian kontrol negatif daripada di rangkaian
sampel sedimen. Untuk perbandingan ini, kami menggunakan 18 kontrol negatif. ASV dianggap sebagai
kontaminan potensial telah dihapus dari semua sampel dan dikeluarkan dari analisis lebih lanjut.
Setelah penghilangan kontaminan potensial ini, sampel dengan kurang dari 1.000 urutan untuk Archaea
dan kurang dari 10.000 urutan untuk Bakteri dan Universal telah dihapus. Akibatnya, 235, 272, dan 281
sampel untuk Archaea, Bakteri, dan Universal, masing-masing, tetap untuk analisis lebih lanjut.

Untuk analisis komposisi komunitas menggunakan setiap kumpulan data, jumlah urutan dalam setiap
sampel diperhalus hingga jumlah urutan terendah dalam sampel mana pun dalam kumpulan data
tersebut. Menggunakan data yang dimurnikan ini, analisis NMDS dilakukan dengan menggunakan
indeks Jaccard dan paket "vegan" di R, seperti yang dijelaskan di tempat lain (72, 73). Selain itu, uji
permutasi dilakukan dengan menggunakan fungsi envfit "vegan" agar sesuai dengan vektor metadata
lingkungan ke plot ordinasi NMDS, dan kekayaan taksonomi (ASV) (penaksir Chao) dari setiap sampel
sedimen dihitung menggunakan " Paket iNEXT” (74) di R. Cytoscape (https://cytoscape.org) digunakan
untuk menghasilkan jaringan cooccurrence. Jaringan ini digunakan untuk memvisualisasikan hubungan
antara ASV dalam sampel sedimen. Hanya genera yang melimpah, yang didefinisikan sebagai genera
yang terdiri dari> 1,0% pembacaan setidaknya dalam satu sampel sedimen (total 2.246 ASV), dipilih dari
perpustakaan urutan Universal untuk membangun jaringan. Koefisien korelasi Spearman dihitung, dan
korelasi kuat, positif, dan signifikan (Spearman > 0,6; P <0,05) digunakan untuk konstruksi jaringan.
Perhitungan PageRank dari node dan identifikasi komunitas dengan edge-betweenness (75) dilakukan
dengan menggunakan paket “igraph” di R.

Pemodelan Kekayaan Global. Jumlah ASV global dievaluasi menggunakan lima model SAR (Lampiran SI,
Teks Tambahan). Berbagai model SAR telah digunakan selama beberapa dekade (76). Fungsi hukum
pangkat, seperti model Arrhenius, telah digunakan terutama secara klasik, tetapi ada banyak model SAR
dengan fungsi ekspresi yang berbeda (misalnya, saturasi, linier, dan logaritma kuadrat). Untuk
meningkatkan kepercayaan pada hasil, kami menggunakan lima model untuk mengevaluasi hubungan
antara jumlah sampel dan ASV, serta untuk memprediksi jumlah ASV global (Lampiran SI, Tabel S1 dan
Teks Tambahan). Untuk analisis ini, data komposisi ASV dari setiap sampel sedimen dijernihkan
menggunakan metode berbasis cakupan dalam paket “rtk” R (77) untuk mengurangi bias yang
disebabkan oleh upaya pengurutan. Kami secara terpisah menerapkan model SAR ke dataset Archaea,
Bakteri, dan Universal (Gbr. 1) (Lampiran SI, Gbr. S5 dan Tabel S2). Sebelum melakukan analisis SAR,
pertama-tama kami mengecualikan sampel dengan kurang dari 10.000 urutan dari kumpulan data.
Akibatnya, 213, 272, dan 281 sampel dari dataset Archaea, Bakteri, dan Universal masing-masing
digunakan untuk analisis. Dataset laut dan tanah lapisan atas yang dikompilasi dari studi sebelumnya
(referensi pada Gambar 1) menghasilkan 349 dan 227 sampel, masing-masing. Kedalaman pengambilan
sampel untuk penjernihan diatur ke total pembacaan minimum dari setiap sampel di setiap kumpulan
data menurut Saary et al. (77). Kedalaman sampling ini adalah 10.183, 10.092, dan 10.546 urutan untuk
dataset Archaea, Bakteri, dan Universal, masing-masing. Untuk dataset laut dan tanah lapisan atas,
pembacaan minimum masing-masing adalah 11.030 dan 11.165.

Algoritma "rtk" bekerja dengan mengubah jumlah input menjadi vektor kemunculan fitur dan
mengacaknya menggunakan nomor acak Mersenne Twister. Bagian dari vektor acak yang panjangnya
sama dengan kedalaman pengambilan sampel ini digunakan untuk menyusun sampel yang dijernihkan
dan untuk memperkirakan keragaman (77). Lima model SAR dijalankan menggunakan kumpulan data
ASV yang dijernihkan dan metadata lingkungan (Lampiran SI, Tabel S1), dengan 1.000 iterasi acak,
menggunakan fungsi specaccum dan fitspecaccum dalam paket “vegan” di R. Kekayaan ASV global dari
sedimen laut diperkirakan menggunakan masing-masing model SAR. Volume digunakan, bukan luas,
untuk memprediksi kekayaan ASV sedimen laut global dan air laut (78). Kekayaan ASV global dalam
sedimen laut diekstrapolasi untuk volume sedimen laut global 3,01 × 108 km3 (67). Kekayaan ASV tanah
lapisan atas dan laut diekstrapolasi untuk volume masing-masing 14,7 × 108 km2 (79) dan 1,33 × 109
km3 (80).
Untuk menguji pengaruh kedalaman sekuensing pada perkiraan kekayaan global kami, kami sebelumnya
melakukan analisis model SAR dengan sampel yang dijernihkan menjadi 1.000 sekuens dan dengan
sampel yang dirifikasi menjadi 10.000 sekuens (Lampiran SI, Gambar. S6 dan S7 serta Tabel S3 dan S4) .
Untuk memeriksa potensi efek kontaminan, kami juga melakukan analisis SAR menggunakan kumpulan
data dengan dan tanpa potensi penghilangan kontaminan (Lampiran SI, Gambar S8 dan Tabel S5).
Perkiraan dari tes ini berbeda kurang dari 1,6 kali lipat, yang menegaskan bahwa kedalaman urutan dan
penghilangan kontaminasi memiliki sedikit pengaruh pada perkiraan kekayaan spesies oleh model SAR.

Ketersediaan Data. Urutan gen 16S rRNA, termasuk kontrol negatif yang dihasilkan oleh penelitian ini,
telah disimpan dalam database urutan nukleotida Data Bank of Japan (aksesi no. DRA005492,
DRA008420, DRA008547, dan DRA008548).