KARATERISTIK MARKA GENETIK

DAERAH CYTOCHROME B SEBAGAI

ACUAN KONSERVASI GENETIK
HARIMAU SUMATERA
Oleh:
ULFI FAIZAH , S.Pd., M.Si.
Universitas Negeri Surabaya
Juli 2009
 SEMBILAN SUBSPESIES HARIMAU DI DUNIA &
DISTRIBUSINYA (Luo et al. 2004)

P. t. altaica
(Harimau Siberia)
Panthera tigris virgata
(Harimau Kaspia)

P. t. amoyensis
(Harimau China Selatan)
P. t. tigris
(Harimau India)

P. t. corbetti
(Harimau Indo-China)
P. t. jacksoni
(Harimau Malayan)
P. t. sondaica P. t. balica
(Harimau Jawa) (Harimau Bali)
P. t. sumatrae
(Harimau Sumatera)
2
 Status Harimau Sumatera
IUCN  Critically Endangered: satwa
International langka yang kritis yaitu kategori tertinggi
Union for
Conservation of dari ancaman kepunahan (IUCN 2006)
Nature and
Natural
Resources
CITES  Appendix I: kategori hewan
yang sangat dilarang untuk
diperdagangkan baik pada tingkat
Convention on
International nasional maupun internasional (Inskipp
Trade in
Endangered 2005)
Species of Wild
Fauna and Flora

3
Habitat Harimau Sumatera di Pulau Sumatera

Dulu: habitat tersebar di

seluruh Pulau Sumatera
1
Sekarang: habitat semakin
terbatas di daerah-daerah
tertentu

2 Keterangan:
3 1. Gunung Leuser
2. Bukit Tiga Puluh
4
3. Kerinci-Seblat
4. Berbak
6 5. Way Kambas
5 6. Bukit Barisan Selatan
(Shepherd & Magnus 2004)

4
 Konservasi Genetik
Populasi Harimau Sumatera yang semakin
menurun dan habitat yang terpencar ->
penyebaran gen terganggu & keragaman gen
menurun.

Memahami & mempertahankan keragaman

genetik suatu populasi sangat penting dalam
konservasi karena keragaman genetik yang tinggi
sangat membantu dalam beradaptasi terhadap
perubahan lingkungan.

5
Studi Keragaman DNA Mitokondria (mtDNA)

Mengungkapkan
perbedaan dengan lebih
teliti dalam membedakan
suatu spesies yang
menyangkut tentang
struktur, komposisi, dan
organisasi genom pada
tingkat DNA.

6
Marka Genetik DaerahCytochrome b (Cyt. b)
Daerah penyandi protein
yang tidak begitu
variatif/conserve.

Sekuen-sekuen yang
conserve bersifat
menguntungkan karena
dapat dijadikan
barcoding/marka genetik
untuk identifikasi kemurnian
spesies.

Digunakan untuk penelitian

hubungan spesies dari genus
atau famili yang sama.

7
 Tujuan Penelitian
1. Untuk menganalisis keragaman genetik
berdasarkan marka genetik daerah Cyt. b
parsial pada Harimau Sumatera;

2. Untuk mengetahui hubungan

kekerabatan antar subspesies Harimau
Sumatera dengan subspesies harimau
lainnya di dunia.

8
 Cara Kerja
 Pengambilan sampel

 Isolasi DNA

 PCR

 Cyt. b parsial

 Sekuensing

 Analisis data dengan program MEGA IV

Hasil Amplifikasi Daerah Cyt. b Parsial

1 2 3 4 5 Keterangan:
No. 1-4: DNA hasil
amplifikasi
menggunakan
pasangan primer
UF-06 dan UF-07,
No. 5: DNA
675 pb
700 pb penanda 100 pb
500 pb
(Fermentas)

10
 Keragaman Runutan Basa-Basa Nukleotida &
Marka Genetik yang Spesifik pada Daerah Cyt. b Parsial

11
 Filogeni Harimau Sumatera Berdasarkan
Runutan Basa Nukleotida Daerah Cyt. b Parsial
Pt. sum su5
Pt. sum su10
Pt. sum su9
Pt. sum su2
Pt. sum su4
HS4c/Bengkulu
Kelompok
87
HS2c/Riau
Pt. sum su3
Pt. sum su7
Harimau
Pt. sum su6
Pt. sum su1 Sumatera
HS1c/Medan

88
Pt. cor c1
HS3c/Jambi
jelas
Pt. tig b7
66 Pt. cor c2
terpisah
Pt. tig b5
Pt. tig b6
Pt. tig b8
dengan
Pt. alt s6
Pt. tig b9
kelompok
Pt. alt s8

42
Pt. alt s 11
Pt. alt s 14
subspesies
52

47
Pt. alt s5
Pt. alt s13
Pt. alt s 10
harimau
40
Pt. alt s1
Pt. alt s15
lainnya.
Pt. alt s2
Pt. alt s3
39 Pt. alt s12
Pt. alt s4
P t. x
Pt. alt s7

0 .00 1

12
 Simpulan
1. Berdasarkan analisis marka genetik daerah Cyt. b parsial
pada Harimau Sumatera didapatkan 2 buah situs basa
nukleotida spesifik (situs basa nukleotida ke 118 (G) dan
369 (A)). Marka genetik Cyt. b cocok digunakan untuk
membedakan antar subspesies Harimau Sumatera.

2. Berdasarkan rekonstruksi filogeni menggunakan marka

genetik daerah Cyt. b diketahui bahwa hubungan
kekerabatan subspesies Harimau Sumatera dengan
subspesies harimau lainnya adalah Harimau Sumatera (P.
t. sumatrae) paling dekat dengan Harimau India (P. t.
tigris) dan paling jauh dengan Harimau Siberia (P. t.
altaica).

13
Terima
kasih
&
Save the
world