Pendahuluan
Analisis ultrasentrifugasi ( AUC ) adalah teknik biofisik yang berdasarkan prinsip utamanya,
pada abad ke-20 , telah lama terlibat dalam pengembangan biologi sel , biokimia, dan biologi
molekuler [ 1-6 ] . Hal ini banyak diterapkan dan telah memberikan banyak kontribusi untuk
mempelajari interaksi makromolekul, protein membran , dan lain-lain [ 7 , 8 ] , dan juga
digunakan secara komersial untuk karakterisasi pharmaceutical protein [ 9 ] dan polimer [ 10 ] .
Kecepatan Sedimentasi analitis ultrasentrifugasi mempelajari redistribusi spasial partikel dalam
larutan dengan menggunakan medan sentrifugal tinggi . Profil konsentrasi radial diukur sebagai
fungsi waktu , dengan menggunakan absorbansi atau interferometri Rayleigh sistem deteksi
optik . Batas sedimentasi biasanya diamati , dan pergerakannya merupakan fungsi waktu ,
laporan parameter makromolekul yang berkaitan dengan ukuran, bentuk , dan daya apung ,
terutama dalam bentuk translasi difusi dan sedimentasi koefisien (nialai- s) .
Distribusi koefisien sedimentasi diperoleh dari metode analisis data yang modern yang dapat
spesies co-sedimentas dengan resolusi hidrodinamik yang tinggi, dan akurasi nilai- s biasanya
pada rentang satu atau beberapa persen [ 11 ] . Hal ini membuat data ini sangat cocok untuk
interpretasi bentuk makromolekul , baik oleh bentuk Informasi de novo dalam model
kesetimbangan ellipsoids [ 12 ] , atau penggalian informasi lebih rinci dalam konteks struktur
yang tersedia atau struktur domain [ 13,14 ] , atau sudut kecil X - ray atau hamburan data neutron
[ 15 ] . Kesetaraan luas adalah penggunaan koefisien sedimentasi untuk mendapatkan perkiraan
massa molar , baik dari hukum Stokes sebagai massa minimum dari partikel dengan berat jenis
yang dapat diukur nilai-s nya, atau sebagai massa molar atas dasar asumsi bentuk model atau
bentuk umum asimetri .
Dengan kemajuan pesat baik pemodelan komputasi hidrodinamika dan data
anlisis
B.
Sampel
bovine
serum
albumin
BSA
disusun
oleh
diatur
pada suhu
kesetimbangan dalam ruang rotor dengan suhu nominal 20 C , dan kemudian dipercepat
sampai 50.000 rpm . Kedua interperensi (pengganggu) Rayleigh dan data absorbansi UV yang
diakuisisi , yang terakhir dalam mode berkelanjutan dengan kenaikan radial nominal 0,003 cm
dan satu akuisisi per scan . Sama halnya dengan sel AUC dengan BSA sampel dan PBS buffer
digunakan dalam semua eksperimen tanpa perubahan . Setiap percobaan SV , sampel remix
dengan perlahan membalikkan sel . Reprodusibilitas hasil eksperimen dikonfirmasi dari beberapa
replikasi
eksperimen
(data
tidak
ditampilkan
).
Data
dianalisis
di
SEDFIT
Hasil
Selama dua tahun terakhir , kami telah melakukan perbandingan data secara meluas terhadap
kecepatan sedimentasi antara 11 instrumen di laboratorium bersama kami . Seperti yang
dijelaskan secara rinci dalam ( R. Ghirlando dkk . , naskah dalam persiapan ) , kami telah
menemukan bahwa BSA cocok dan stabil untuk standar SV . Tipe kumpulan data SV
ditunjukkan pada Gambar 1 , dimana dapat dilihat bahwa ac ( s ) Analisis koefisien sedimentasi
memberikan hasil yang sangat baik . Spesies monomer BSA berasal dari oligomer , sehingga
memberikan tanda hasil yang tinggi untuk pengukuran kecepatan sedimentasi . Dalam
pengamatan ini , kami juga mengembangkan metode baru untuk mengendalikan suhu dan
kalibrasi
radial,
yang
akan
dijelaskan
dalam
pembahasan
selanjutnya
(R.
pemindaian , secara konsisten dalam waktu 1 - 2 detik dengan tanda waktu yang diberikan oleh
sistem operasi untuk membuat file. Dengan demikian, file tnda waktu benar menggambarkan
antara interval waktu dengan scan(pembacaan). Oleh karena itu kami menggunakan faktor
dilatasi sebagai koreksi untuk memasukan waktu pembacaan dan menghasilkan satu set
pembacaan (scan) baru dari file data yang benar. Nilai-s diturunkan untuk monomer BSA dari
data mentah asliSebuah instrumen adalah 4,317 S , sedangkan nilai yang diperoleh dari
instrumen B adalah 7,7 % lebih tinggi , atau 4,680 S( Tambahan Gambar 1 ) . Telah kami
periksa, terlepas dari prosedur kalibrasi , baik itu suhu dan kalibrasi radial ( R. Ghirlando dkk . ,
naskah dalam persiapan ) , dan menemukan kesalahan-kesalahan kecil antara dua instrumen ( 44
% berasal dari suhu rotor 19,66 C untuk A dan 19,48 Cuntuk B ) dan perbedaan dalam
kalibrasi
radial
sebesar
kesalahan
sebesar
1,05
Tambahan
Tabel
T3
),
menghasilkan koreksi nilai-s 4,328 S A dan 4,762 S B , atau perbedaan 10,03 % ( Gambar 2 ) .
Setelah penerapan dilatasi waktu koreksi faktor , nilai untuk instrumen B tereduksi menjadi
4,332 S (Gambar2 ). Terdapat perbedaan 0,09 % sesuai dengan tingkat akurasi yang diharapkan
dari nilai-s yang diukur untuk sampel yang sama dianalisis sisi demi sisi dalam jangka waktu
yang sama [ 11 ] . Data nilai-s adalah bukti lebih lanjut untuk kesalahan dalam nilai waktu yang
telah berlalu dalam file header , dan memvalidasi penggunaan dilatasi waktu koreksi dari tanda
waktu sistem operasi . Nilai yang sama untuk t dan ditemukan gangguan dan data
absorbansi , mengesampingkan kesalahan dari batas waktu dibutuhkan untuk melakukan scan
absorbansi tunggal. Seperti faktor kecil , itu sendiri adalah nilai-s tergantung [ 19 ] , SEDFIT
dapat diperhitungkan dengan komputasi. Parameter tambahan disimpan dalam file data yang
terkait dengan berlalunya waktu adalah nilai untuk integral 2dt . Sebagai migrasi dari
sedimentasi tergantung hanya pada nilai terpisahkan ini , parameter ini telah digunakan secara
konvensional untuk perhitungan berbagai kecepatan rotor , dan yang lebih penting fae percepatan
awal , yang membutuhkan waktu beberapa menit untuk kecepatan rotor akhir 50.000 rpm .
Sayangnya , waktu yang jelas berdasarkan 2dt nilai-nilai yang benar untuk deskripsi difusi.
Pemodelan langsung dengan persamaan Lamm dengan waktu - yang bervariasi untuk kecepatan
rotor diperkenalkan lebih dari satu dekade yang lalu , dan ini memungkinkan untuk simulasi
komputasi percepatan rotor yang tepat , sehingga pemodelan yang lebih akurat dari kedua
sedimentasi dan difusi [ 20 ] . Namun demikian , nilai-nilai 2dt telah dimanfaatkan dalam
SEDFIT sebagai sumber informasi yang mudah tentang durasi dari fase percepatan rotor [ 20 ].
Oleh karena itu, menarik untuk memeriksa akurasi 2dt pemasukan dalam file scan. Kami
menemukan parameter ini untuk sama-sama dipengaruhi oleh dilatasi waktu kesalahan :
perbedaan pembacaan waktu berdasarkan perbedaan entri 2DT berada dalam angka presisi
yang konsisten dengan waktu masuk dalam hitungan detik dan sama-sama salah. Dengan
demikian , analisis software
berdasarkan entri 2DT akan menguntungkan dari koreksi yang sama seperti yang diterapkan
di dalam SEDFIT. Selanjutnya, kami secara sistematis meneliti perbedaan waktu untuk data SV
diperoleh pada kecepatan rotor yang berbeda . Seperti ditunjukkan dalam Gambar 3 , ada
ketergantungan yang kuat terhadap kecepatan rotor, dengan peningkatan yang linier sampai
50.000 rpm dimana kesalahan maksimum ~ 10 % diamati . Sama pelakuan keceptan rotor
tergantung pada instrumen lain yang menjalankan versi 6.0 dari data pabrikan perangkat lunak
akuisisi ProteomeLabTM XL-A/XL-I Graphical User Interface. Akhirnya , dalam rangka
memfasilitasi pengakuan kesalahan ini , pemeriksaan tanda otomatis dilaksanakan di perangkat
lunak SEDFIT versi 14.0c ( tersedia dari sedfitsedphat.nibib.nih.gov ) yang membandingkan
dengan tOS tAUC dan alert pengguna untuk ditemukannya kesalahan ini . Karena kita tidak
tahu pasti tentang asal-usul t relatif kecil untuk data dari data akuisisi versi software
sebelumnya , kami menerapkan batasan yang ditetapkan pengguna untuk , secara default
awalnya sebesar 1.005 untuk saat ini . Jika melebihi ambang batas , SEDFIT menciptakan
sebuah data laporan dan meminta pengguna untuk menulis file data baru dengan waktu koreksi
dan 2dt waktu masuk , melalui perkalian kedua angka yang ada dengan , di pemindaian file
data baru untuk analisa lebih lanjut .
Diskusi
Hal yang tak terdugadalam kesalahan sistematis kami menemukan waktu awal sentrifugasi
yang menyebabkan terjadinya kelebihan dugaan koefisien sedimentasi dari biasanya hingga
mencapai ~ 10 % pada penggunaan kecepatan rotor yang tinggi . Tampaknya terkait dengan
akuisisi data pabrikan software versi 6.0 , yang dipasang pada instrumen yang dibuat pada
musim semi dan musim panas 2011 . Kami percaya bahwa software terinstal di fraksi yang
signifikan di laboratorium ultracentrifuge seluruh dunia. Kesalahan sistematis secara signifikan
lebih besar , sekitar 10 kali lipat , dibandingkan dengan akurasi biasanya eksperimental nilai-s,
dan sekitar 100 kali lipat lebih besar dari presisi statistik nilai-s yang diukur dalam jangka
waktu yang sama [ 11 ] . Kami telah menunjukkan bahwa hal itu dapat hampir dihindari dengan
penggunaan sistem operasi file data tanda waktu . Sedangkan versi sekarang dari perangkat
lunak analisis data SEDFIT memungkinkan seseorang untuk mendeteksi masalah ini,
kemungkinan kesalahan besar terjadi sebelumnya menimbulkan pertanyaan tentang integritas
yang terjadi pada data kecepatan sedimentasi yang telah diterbitkan selama dua tahun terakhir
(termasuk beberapa kita sendiri ) , beberapa yang mungkin harus dikaji ulang. Tentu saja,
kesalahan 10 %dalam nilai-s dapat menyebabkan salah tafsir kuantitatif dan kualitatif yang
signifikan pada berbagai tingkatan . Sebagai contoh, jika kita mempertimbangkan 30S subunit
ribosom 70S dari prokariota [ 21 ] , kondisi itu bisa muncul untuk dijalankan pada 33S , yang
harus ditafsirkan sebagai tambahan yang signifikan atau perubahan konformasi . Penerapan SV
untuk menentukan konsistensi persiapan protein , misalnya , dalam pharmaceutical protein , kan
memberikan hasil yang keliru
Selanjutnya , perhitungan 10 % nila -s terlalu tinggi bisa menimbulkan kesimpulan bias yang
signifikan dari pemodelan hidrodinamik . Misalnya, 65 kDa sedimentasi di 4.1 S memiliki rasio
gesekan 1,39 , sesuai dengan kesataraan luas yg tersebar hidrodinamis ellipsoid rasio aksial
4,82 , tetapi dengan nilai-s 10 % lebih tinggi nilai gesekan jelas akan 1.27, sesuai dengan luas
yg tersebar ellipsoid dengan rasio aksial 3.22 , yakni akan muncul menjadi 30 % terlalu
pendek
Secara umum, jika diasumsikan bentuk diketahui tetapi massa molar tidak , akan mecapai 10 %
over- estimate pada koefisien
nilai-s
hidrodinamik partikel,
. Pertama, setiap
kesimpulan dari percobaan kesetimbangan sedimentasi akan bervariasi. Demikian juga , ketika
menggunakan persamaan pemodelan Lamm untuk menentukan massa molar dari kombinasi
koefisien sedimentasi dan difusi ( atau rasio gesekan , masing-masing, seperti pada c ( s )
metode [ 22 ] ) , selama keduanya diambil dari data yang sama dari perubahan bentuk batas ,
kesalahan dalam batas waktu yang akan membatalkan ( seperti dapat dilihat dari pemeriksaan
Lamm dan Svedberg persamaan ( R. Ghirlando dkk . , naskah persiapan) ) . Demikian pula ,
konstanta mengikat berasal dari isoterm sinyal - tertimbang s- nilai (baik terpadu selama populasi
spesies , atas sistem sedimenting seluruh [ 23 ] , atau di atas batas reaksi [ 24 ] ) akan erpengaruh
, meskipun nilai - s spesies masih akan tidak akurat . Kesalahan dalam tingkat konstanta kinetik
dari pemodelan persamaan eksplisit Lamm [ 25-27 ] akan lebih signifikan dibandingkan dengan
presisi dalam pendekatan ini . Kesimpulan dari penggunaan SV untuk mendeteksi perubahan
konformasi secara kualitatif , berdasarkan koefisien sedimentasi relatif [ 28 ] , sama akan
invarian. akhirnya , kesimpulan pada stoichiometries kompleks diambil dari penerapan
sedimentasi multi- sinyaldistribusi koefisien [ 29,30 ] akan terpengaruh karena mereka hanya
tergantung pada amplitudo sinyal . Terakhir, fakta bahwa kesalahan lebih besar ditemukan pada
set yang percobaannya menggunakan BSA sebagai sampel stabil untuk mengkaji akurasi
instrumen dan konsistensi ( R. Ghirlando dkk . naskah dalam persiapan ) melihat kebutuhan
untuk menjalankan secara berkala percobaan kontrol dalam analitis ultrasentrifugasi dengan
wellcharacterized sampel , meskipun kenyataanya diketahui bahwa ultrasentrifugasi analitis
adalah teknik biofisik dengan prinsip utama. , dalam penelitian itu kami juga telah mengamati
kesalahan yang sebelumnya tidak diketahui yaitu kesalahan kalibrasi suhu, meskipun hanya
adventitiously di salah satu dari 11 instrumen diperiksa . kami percaya bahwa , dalam
hubungannya dengan difusi - deconvoluted c ( s ) analisis , BSA sangat cocok untuk diamati,
karena sudah tersedia , waktu ke waktu yang stabil dan lama , dan menghasilkan puncak yang
tajam dalam distribusi koefisien sedimentasi , seperti yang akan dijelaskan selanjutnya
(R.Ghirlando et al . Naskah dalam persiapan ) .
Pemberitahuan
Karya ini didukung oleh Program Penelitian Intramural dari National Institute of Biomedical
Imaging dan Bioengineering, National Institute of Diabetes dan Pencernaan dan Penyakit Ginjal,
dan National Heart, Lung dan Darah Institute, National Institutes of Health.
Gambar Legends
Gambar 1 :
Puncak : scan data absorbansi kecepatan sedimentasi BSA disentrifugasi dalam instrumen A
( simbol , menunjukkan hanya setiap 3 Data titik setiap pemindaian 3 ) , dan Model batas
kecocokan dari c ( s ) analisis ( garis solid ) .
Tengah : Residu fit , dengan deviasi akar kuadrat rata-rata dari 0,0054 OD Bawah : Best- fit
sedimentasi koefisien distribusi c ( s ) .
Gambar 2 : Tampilan dari distribusi koefisien sedimentasi yang sama sampel BSA dari
sentrifugal A dan B. cyan garis utuh tebal adalah c ( s ) distribusi untuk instrumen A menjalankan
Dataperangkat lunak akuisisi versi 5.8 . C ( s ) distribusi dari instrumen B menggunakan
perangkat lunak akuisisi data versi 6.0 ditampilkan dalam warna ungu. Setelah koreksi waktu
scan , distribusi koefisien sedimentasi Instrumen B ditampilkan sebagai garis biru , hampir
tumpang tindih bahwa instrumen A. Terlihat distribusi suhu dan kalibrasi radial , karena plot
analog c ( s ) distribusi dikoreksi untuk radius dan kesalahan kalibrasi suhu , lihat Tambahan
Gambar 1 .
Gambar 3 : Ketergantungan scan faktor scan (pembacaan) dilatasi waktu sebagai fungsi dari
kecepatan rotor , untuk instrumen menggunakan data akuisisi perangkat lunak versi 6.0