TUGAS

BIOLOGI TANAH
PERANAN MIKROBA DALAM TRANSFORMASI NITROGEN

NAMA

: NATALIA D. DJ. NDUA

NIM

: 1004065109

JURUSAN

: AGROTEKNOLOGI II

MINAT

: MANAJEMEN SUMBERDAYA LAHAN

DOSEN WALI

: Ir. LINCE MUKKUN, MS, PhD

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS NUSA CENDANA
KUPANG
2013

PERANAN MIKROBA DALAM TRANSFORMASI NITROGEN

Sebagian nitrogen dalam tanah berasal dari nitrogen bebas dari udara dan sebagian
kecil berasal dari bahan organik. Ada tiga bentuk utama N organik, yaitu protein, Nitrogen
dalam dinding sel seperti chitin dan peptidoglikan, dan asam nukleat. Nitrogen bebas dari
udara dapat masuk kedalam tanah melalui berbagai cara, yaitu (1) penambatan oleh jasad
renik, baik yang simbiotik maupun non simbiotik; (2) melalui air hujan; dan (3) melalui
pupuk yang diberikan kedalam tanah. Tanaman dapat menyerap nitrogen dalam bentuk NH4 +
dan NO3-. Ion-ion tersebut berasal dari proses transformasi bentuk organik maupun pupuk.
Transformasi ini melalui tahap-tahap, yaitu mineralisasi, nitrifikasi, denitrifikasi dan
sebagainya. Dalam proses transformasi nitrogen ini terdapat mikroba yang sangat berperan
penting. Berikut akan dibahas mengenai mikroba-mikroba yang terlibat dalam proses-proses
transformasi nitrogen.

Fiksasi Nitrogen
Fiksasi nitrogen adalah proses alam, biologis atau abiotik yang mengubah nitrogen di
udara menjadi amonia (NH3). Mikroorganisme yang memfiksasi nitrogen disebut diazotrof.

Milroorganisme ini memiliki enzim nitrogenaze yang dapat menggabungkan hidrogen dan
nitrogen. Reaksi untuk fiksasi nitrogen biologis ini dapat ditulis sebagai berikut :
N2 + 8 H+ + 8 e 2 NH3 + H2.
Mikroorganisme yang melakukan fiksasi nitrogen antara lain: Cyanobacteria,
Azotobacteraceae, Rhizobia, Clostridium, dan Frankia. Selain itu ganggang hijau biru juga
dapat memfiksasi nitrogen. Beberapa tanaman yang lebih tinggi, dan beberapa hewan (rayap),
telah

membentuk

asosiasi

(simbiosis)

dengan

diazotrof.

Selain

dilakukan

oleh

mikroorganisme, fiksasi nitrogen juga terjadi pada proses non-biologis, contohnya sambaran
petir. Lebih jauh, ada empat cara yang dapat mengkonversi unsur nitrogen di atmosfer
menjadi bentuk yang lebih reaktif :
a. Fiksasi biologis: beberapa bakteri simbiotik (paling sering dikaitkan dengan tanaman
polongan) dan beberapa bakteri yang hidup bebas dapat memperbaiki nitrogen sebagai
nitrogen organik. Sebuah contoh dari bakteri pengikat nitrogen adalah bakteri Rhizobium
mutualistik, yang hidup dalam nodul akar kacang-kacangan. Spesies ini diazotrophs. Sebuah
contoh dari hidup bebas bakteri Azotobacter.
b. Industri fiksasi: Di bawah tekanan besar, pada suhu 600 C, dan dengan penggunaan
katalis besi, nitrogen atmosfer dan hidrogen (biasanya berasal dari gas alam atau minyak
bumi) dapat dikombinasikan untuk membentuk amonia (NH3). Dalam proses Haber-Bosch,
N2 adalah diubah bersamaan dengan gas hidrogen (H2) menjadi amonia (NH3), yang
digunakan untuk membuat pupuk dan bahan peledak.
c. Pembakaran bahan bakar fosil : mesin mobil dan pembangkit listrik termal, yang
melepaskan berbagai nitrogen oksida (NOx).
d. Proses lain: Selain itu, pembentukan NO dari N2 dan O2 karena foton dan terutama petir,
dapat memfiksasi nitrogen.
Hasil penelitian tentang fiksasi N ini menunjukkan bahwa ada cukup banyak genera
bakteri yang dapat memfiksasi N termasuk spesies dari Bacillus, Clostridium, dan Vibrio.
Pada habitat perairan, Cyanobacteria adalah kelompok utama yang melakukan fiksasi N
(Anabaena, Nostoc, Gloeotrichia, Oscillatoria, Lyngbya, dll). Komponen yang berperan
dalam fiksasi N di habitat perairan adalah heterocyst, tapi ada cyanobacteria yg tidak
memiliki heterocyst yg juga dapat memfiksasi N. Fiksasi N memerlukan cukup banyak energi
dalam bentuk ATP dan koenzim.
Intensitas fiksasi nitrogen oleh bakteri non-simbiosis bermacam-macam dan
dipengaruhi oleh tempat dan kondisi iklim setempat. Secara umum tiap tahun perhektar dapat
mencapai 30 kg dan daerah perairan, Cyanobakteria memfiksasi nitrogen antara 30 70 kg

perha pertahun. Masing-masing pool dapat diakses oleh mikroorganisme secara nonsimbiosis maupun simbiosis. Bentuk simbiosis mutualisme bakteri dan jamur baik didarat
maupun di perairan yang memfiksasi nitrogen adalah lichens.
Fiksasi nitrogen oleh mikroorganisme dapat dilakukan dengan bantuan ensim
nitrogenase

dan

memungkinkan

N2

8H+

8e-

reaksi
>

berikut
2NH3

terjadi
+

H2

Reaksi tersebut memerlukan 16 molekul ATP (Adenosine Triphosphate). Hasilnya juga

merupakan bentuk gas dan bila di dalam tanah terdapat air yang cukup maka gas NH3 akan
larut membentuk ion amonium.
Gen yang menyandikan ensim nitrogenase saat ini menarik untuk dilakukan penelitian
sebab ia terpengaruh oleh gas hidrogen tersebut (Davet, 2004). Gen Hup menyandikan
nitrogenase A chroococcum, Bradyrhizobium japonicum misalnya, siklus hidrogen diperoleh
melalui metabolisme pernafasan (intermidiate). Adapun mekanisme lainnya antara lain
reaksi-reaksi kimia dalam sel berkenaan dengan nitrogenase tersebut berbeda-beda; genus
Azotobacter memproteksi protein ensim atas adanya oksigen dari peristiwa respirasi
aerobiknya, membran mukosa berbentuk polisakarida dalam genus Beijerinckia, jenis nodul
dan vesikel pada jenis simbiosis golongan Sianobakteri (Alga biru-hijau).
Akomodasi unsur biotik dan abiotik seperti terjadi pada interaksi kompetisi; sumbersumber karbon, oksigen, pH, suhu, ketersediaan trace element, ion-ion NH 4+, NO3-, asamamino di dalam tanah, merupakan faktor yang mempengaruhi fiksasi biologis N 2 dari udara.
M termolithotropicus memfiksasi pada suhu 64 oC dan saat ini diketahui pula Streptomyces
thermoanthotrophicus pada suhu 65 oC secara anaerobik (organotrof) dari domain Archaea.
Unsur fosfor dibutuhkan tingkat yang relatif tinggi pada saat bakteri melakukan fiksasi N2.
Oleh karena itu unsur abiotik menjadi penting keberadaannya dan berpengaruh secara
langsung maupun tak langsung.
Fiksasi nitrogen dari udara secara non-simbiosis dan aerob dilakukan Azotobacter
chroococcum, A agilis, A macrocytogenes, Pseudomonas saccharophila. Sedangkan aerob
fakultatif seperti Bacillus polymixa, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter agglomerans,
Erwinia herbicola. Menurut McNaughton dan Wolf (1998) daerah ekosistem terestrial iklim
sedang (temperat), fiksasi nitrogen dilakukan oleh bakteri aerob ataupun anaerob dalam
sampah atau lapisan tanah bagian atas. Sedangkan hutan tropis sejumlah 60% tanaman
merupakan jenis leguminosa yang memiliki bakteri pengikat nitrogen dari genus Rhizobium
dan terdapat pada akarnya untuk mefiksasi nitrogen sebagaimana reaksi di atas.

Davet (2004) menjelaskan, Rhizobia merupakan bakteri pengikat nitrogen yang melimpah di
daerah perakaran khususnya pada pH tanah sekitar 7.
Mekanisme simbiosis diawali dengan adanya zat flavonoida oleh akar dalam
konsentrasi nanoMolar, sehingga banyak bakteri yang hadir. Senyawa yang diidentifikasi
sebagai lipochitooligosaccharides (lipositooligosakarida) yang mempunyai efek kemostatik
tetapi dapat mengaktivasi transkripsi gen-gen nod dalam plasmid bakteri, sebagai awal
adanya kerjasama antara tanaman dan bakteri. Bakteri dalam melakukan fiksasi nitrogen
dipengaruhi adanya oksigen dan bagaimana yang terjadi pada simbiosis tanaman-bakteri
tentang hal ini masih sedang dipelajari.
Selanjutnya nodulin merupakan ekspresi protein di dalam tanaman yang menjadi host,
sebagai respon atas stimulan dari bakteri. Protein tersebut adalah hasil kerja gen-gen yaitu
dalam rambut-rambut akar, pembentukan infeksi, morfogenesis nodul (gelembung),
penutupan membran, suplai energi, transportasi oksigen ke nodul (leghaemoglobins) dan
asismilasi

pengikatan

nitrogen

dan

transportasinya

ke

organ-organ

tumbuhan.

Fiksasi nitrogen oleh Sianobakteri seperti Nostoc dan Anabaena dalam bentuk simbiosis di
perairan yaitu antara Anabaena dan Azolla yang diberi nama Anabaena azollae. Pengikatan
nitrogen oleh simbiosis mutualisme ini dibatasi oleh adanya konsentrasi Fe dan P terlarut di
perairan. Banyak dimanfaatkan untuk produksi beras di Asia timur dan adanya mikroba ini
dengan kondisi baik dapat menambahkan atau 2 kg N per ha per hari atau sering dijumpai di
lapang sebanyak 100 kg N tiap ha. pertahun (Sylvia, 2005).
Tabel: Jenis, sumber energi dan kemampuan sistem fiksasi N2
mikroorganisme
Sistem Fiksasi

Contoh Organisme

Sumber Energi

Kemampuan

Yang Terlibat

(COrg)

Fiksasi (N ha-1
tahun -1)

Simbiosis

Rhizobium,

Sukrosa &

legum : 57 - 600

karbohidrat

Asosiatif
Hidup bebas

Actynomycetes

lain dalam inang

non legum: 2-300

Azospirillium

Eksudat akar

12 313

Azotobacter paspali

Tanaman inang

Azotobacter,

Heterotrof :

Klebsiella,

residu tanaman

Rhodospirillium

autotrof :

25

Fotosintesis
Sumber : Evans dan Barber (1977) dalam Marchner (1986)
Mineralisasi Nitrogen
Mineralisasi adalah perubahan N-organik menjadi N-anorganik. Perombakan protein
dan senyawa nitrogen organik lainnya menjadi amonium dan nitrat. Tahap pertama, polimer
dalam molekul protein akan dipecah di luar sel, dan pemecahan dilakukan oleh ensim-ensim
ekstraseluler yang dihasilkan oleh sel mikroba seperti proteinase, protease dan peptidase.
Sedangkan nitrogen dalam chitin akan dilakukan oleh chitinase, chitobiosa oleh chitobiose,
peptidoglikan oleh lysozyme, DNA dan RNA oleh endonuklease dan eksonuklease serta urea
oleh urease. Tujuan pemecahan polimer tersebut adalah menghasilkan molekul lebih kecil
yaitu asam amino dan dapat memasuki membran sel serta terjadi dekomposisi.
Di dalam sel, asam amino akan terjadi pemecahan oleh ensim glutamat dehidrogenase
dengan ko-ensim NADP (Nicotinamide Adenine Dinucleotide Phosphate) menghasilkan ketoglutarat dan amonium (NH4+). Davet (2004) menjelaskan bahwa amonium juga
dihasilkan oleh mikrofauna yang mempunyai hubungan predatorisme (sebagai predator)
dengan bakteri. Biomassa bakteri dikonsumsi oleh mikrofauna tanah akan menghasilkan
banyak karbon dioksida dalam pernafasannya dan mempunyai rasio C/N yang tetap sama
dengan biomassa bakteri. Amonium merupakan bentuk eskret nitrogen.
Nitrifikasi
Peruraian protein yang dapat melepaskan amonia berbentuk gas maupun terlarut dapat
dimanfaatkan oleh bakteri yang mengoksidasi atau mereduksi senyawa nitrogen. Nitrat
merupakan hasil akhir dari oksidasi amonium dan bila oksidasi menghasilkan nitrit (NO 2-),
maka bakteri akan diberikan nama genus Nitroso- seperti Nitrosomonas ureae, Nitrosomonas
marina, Nitrosospira multiformis. Sedangkan bila nitrit dioksidasi menjadi nitrat dilakukan
oleh bakteri tertentu, maka diberikan nama genus Nitro- sperti Nitrococcus mobilis,
Nitrobacter alkalicus, N vulgaris dan Nitrobacter winogradskyi, Nitrospira marina.
Tabel : Daftar Mikroorganisme Pelaku Nitrifikasi

Genus
NH4+ ----- NO2Nitrosomonas

Spesies

Habitat

europea

tanah, air, linbah

Nitrosospira

briensis

tanah

Nitrosococcus

nitroaus

laut

Nitrosovibrio

oceanus

laut

mobilis

tanah

tennis

tanah

NO2----- NO3Nitrobacter

Winogtradskyi

tanah

Nitrospira

agilis

tanah, air

Nitrococcus

gracilis

laut

mobilis

laut

Sumber : Bergeys Manual of Determinative Bacteriology dalam Paul dan Clark (1989)
Disamping mikroorganisme tersebut diatas, ada bakteri dan aktinomycetes heterotrof
yang mampu menghasilkan NO2- dari NH4+. Beberapa bakteri seperti Arthrobacter, dan
jamur seperti Aspergillus dapat menghasilkan NO3- dari NH4+. Nitrat mudah hilang dalam
tanah melalu pencucian dan reduksi. Penelitian telah dikembangkan dalam menemukan suatu
zat inhibitor untuk menghambat nitrifikasi. Dengan demikian diharapkan akan terbentuk
nitrat yang sedikit dengan perlakuan inhibitor tersebut. Megrew dan Knowles (1987)
mengemukakan bahwa bakteri metanotrof menghambat bakteri nitrifikasi. Penghambatan ini
berhubungan dengan kompetisi O2 dan kebutuhan asimilasi yang tinggi dari bakteri
metanotrof.
Denitrifikasi
Pada proses denitrifikasi, bakteri menggunakan N oksida sebagai penerima elektron
terakhir untuk bioenergetik seluler dalam keadaan anaerob, mikroaerofil atau bahkan dalam
kondisi aerob. Denitrifikasi merupakan proses transformasi secara disimilatif, berhubungan
dengan konservasi energi. Pemindahan elektron secara enzimatik berpasangan dengan
sintesis Adenosine Triphosphate (ATP) melalui translokasi proton dan pembentukan potensial
membran. Terjadinya denitrifikasi dalam sel dipicu oleh kondisi lingkungan dengan tekanan
O2 rendah dan tersedianya N oksida (Zumft 1997). Populasi bakteri denitrifikasi dalam tanah
sebanyak 0,1 5 % dan keragamannya didominasi oleh Pseudomonas sp dengan Alcaligenes

sp, Flavobacterium sp; juga biasanya Bacillus sp. Jalur perubahan denitrifikasi diberikan oleh
Ye, Averiil dan Tiedje (Myrold, 2005) melibatkan ensim-ensim.
Meskipun denitrifikasi pada umumnya berlangsung dalam kondisi anaerob dan
aktivitas enzim-enzim denitrifikasi dihambat oleh O2, beberapa bakteri dapat melakukan
proses denitrifikasi dalam kondisi aerob. Pseudomonas stutzeri SU2 mereduksi NO3
menghasilkan N2 tanpa akumulasi NO2 selama 92 jam pada kondisi konsentrasi O 2 di
lingkungan 92% dan NO3 yang tereduksi sebanyak 99.24% (Su et al. 2001a). Pada kondisi
yang sama Pseudomonas stutzeri NS-2 dan Pseudomonas stutzeri SM-3 mereduksi NO3
menghasilkan N2 hampir tanpa akumulasi NO2 selama 20 jam (Su et al. 2001b). Thiosphaera
pantotropha LMD 82.5 dapat melakukan seluruh proses denitrifikasi dalam kondisi aerob
(Van Niel 1992). Pada Thauera mechernichensis DSM12266 reduksi NO3 terjadi dalam
keadaan aerob tetapi N2O terbentuk dalam kondisi anaerob (Scholten et al. 1999).
Bakteri yang memiliki kemampuan melakukan proses denitrifikasi memiliki sifat
fisiologis beraneka ragam. Sebagian besar bakteri denitrifikasi merupakan organisme
heterotrof aerob (Zumft 1997). Bakteri Alcaligenes sp. yang diisolasi dari tanah merupakan
bakteri denitrifikasi heterotrof yang sekaligus memiliki kemampuan nitrifikasi (Castignetti
dan Hollocher 1982).
Di antara bakteri denitrifikasi terdapat bakteri penambat N2. Bradyrhizobium
japonicum merupakan bakteri penambat N2 yang memiliki enzim-enzim untuk reduksi NO3-,
NO2-, NO dan N2O. NO3- reduktase berupa NO3- reduktase periplasmik (Bedmar et al. 2005).
Bradyrhizobium japonicum yang bersimbiosis dengan tanaman kedelai dan membentuk bintil
akar dapat mereduksi N2O di sekitar akar kedelai (Sameshima-Saito et al. 2006).
Azospirillum brasilense yang diisolasi dari rizoplen tanaman sorgum memiliki kemampuan
menambat N2, denitrifikasi maupun nitrifikasi (Kundu et al. 1987).
Thioalkalivibrio denitrificans ALJD adalah bakteri denitrifikasi yang bersifat alkalifil,
autotrof obligat, pengoksidasi belerang dan dapat tumbuh secara anaerob dengan proses
denitrifikasi. Bakteri ini dapat menggunakan NO2- dan N2O, tetapi tidak dapat menggunakan
NO3- sebagai penerima elektron selama pertumbuhan anaerob pada senyawa belerang
tereduksi. NO3- hanya digunakan sebagai sumber N. Dalam biakan sekali unduh (batch) pada
pH 10, pertumbuhan berlangsung cepat dengan menggunakan N2O sebagai penerima elektron
dan tiosulfat sebagai pemberi elektron. Pertumbuhan menggunakan NO 2- hanya dapat
berlangsung setelah memperpanjang waktu adaptasi biakan terhadap peningkatan konsentrasi
NO2- (Sorokin et al. 2001).

Bakteri denitrifikasi fototrofik Rhodopseudomonas sphaeroides sp. denitrificans

(Rhodobacter sphaeroides IL106) dapat tumbuh secara anaerobik, dengan atau tanpa cahaya,
menggunakan NO3-. Bakteri yang ditumbuhkan pada kondisi denitrifikasi, memiliki
kandungan bakterioklorofil dan karotenoid setengah dari kandungan senyawa-senyawa
tersebut dalam sel yang ditumbuhkan tanpa NO3-. Sintesis polipeptida yang merupakan
bagian dari kompleks penerima cahaya mengalami tekanan oleh NO 3-, sedangkan aktivitas
enzim-enzim denitrifikasi mengalami peningkatan. Jumlah ATP yang dihasilkan selama
denitrifikasi mencukupi kebutuhan sel sehingga ATP yang dihasilkan melalui fotosintesis
menjadi kurang efektif (Michalski dan Nicholas 1984).
Bakteri denitrifikasi memiliki penyebaran pertumbuhan di banyak lingkungan.
Komposisi komunitas bakteri dipengaruhi oleh beberapa hal misalnya jenis pupuk yang
ditambahkan ke tanah (Enwall et al. 2005). Di daerah pantai, komposisi komunitas
denitrifikasi dipengaruhi oleh lokasi geografis dan kondisi biokimia sedimen terutama
konsentrasi NO3- dan O2 (Liu et al. 2003a). Komposisi komunitas bersama dengan faktor
lingkungan berpengaruh terhadap aktivitas denitrifikasi (Rich et al. 2003).
Lim et al. (2005) mengisolasi bakteri denitrifikasi dari tempat pengolahan limbah dan
banyak mendapatkan bakteri dari anggota filum Proteobacteria terutama dari kelas
Gammaproteobacteria (Aeromonas, Klebsiella, Enterobacter) dan Betaproteobacteria
(Acidoverax, Burkholderia dan Commamonas). Selain itu juga banyak didapatkan bakteri
anggota Firmicute (Bacillus).

Immobilisasi / Assimilasi Nitrogen

Immobilisasi adalah perubahan N-anorganik menjadi N-organik.

Penggunaan

amonium dan atau nitrat oleh tanaman dan mikroba untuk pembentukan protein dan senyawa
N organik lainnya.
Bila jumlah NH4+ di sekitar sel lebih dari 0,1 mM atau setara dengan 0,5 mg N per kg
tanah, maka akan terjadi pembentukan asam amino melalui mekanisme GOGAT (Glutamine
synthethase-Glutamate synthase). Dengan lain perkataan terjadi pembentukan nitrogenorganik dari amonium.
Tanaman mendapatkan nitrogen dari tanah melalui absorbsi akar baik dalam bentuk
ion nitrat atau ion amonium. Sedangkan hewan memperoleh nitrogen dari tanaman yang
mereka makan. Tanaman dapat menyerap ion nitrat atau amonium dari tanah melalui rambut
akarnya. Jika nitrat diserap, pertama-tama direduksi menjadi ion nitrit dan kemudian ion

amonium untuk dimasukkan ke dalam asam amino, asam nukleat, dan klorofil. Pada tanaman
yang memiliki hubungan mutualistik dengan Rhizobia, nitrogen dapat berasimilasi dalam
bentuk ion amonium laangsungdari nodul. Hewan, jamur dan organism heterotrof lain
mendapatkan nitrogen sebagai asam amino, nukleotida dan molekul organik kecil.
Asimilasi merupakan Penyerapan dan penggabungan dengan unsur lain membentuk
zat baru dengan sifat baru. Senyawa Nitrat (NO 3-) diserap oleh tumbuhan mengalami proses
asimilasi menjadi bahan penyusun organ pada tumbuhan. Tumbuhan sebagai Produsen
dikonsumsi oleh manusia dan hewan. Nitrogen pada biomassa tumbuhan masuk ke dalam
proses biokimia pada manusia dan hewan.
Jumlah relatif NO3- dan nitrogen organik dalam xylem bergantung pada kondisi
lingkungan. Jenis tumbuhan yang akarnya mampu mengasimilasi N, dalam cairan Xylem
dijumpai banyak asam amino, amide an urine, tidak dijumpai NH 4+. Sedangkan jika di dalam
cairan xylem mengandung NO3- berarti akar tumbuhan itu tidak mampu mengasimilasi NO 3-.
Kalau dalaam lingkungan perakaran NO3- terdapat dalam jumlah besar, cairan xylem akan
mengandung NO3- juga.

DAFTAR PUSTAKA

Anomim. 2011. Daur/Siklus Nitrogen. http://kamuspengetahuan.blogspot.com/2011/08/daursiklus-nitrogen.html. Diakses 4 Mei 2013.

Laily,

R.
2012.
Laporan
Fisiologi
Tanaman
:
Siklus
Nitrogen.
http://hinatatata.blogspot.com/2013/03/v-behaviorurldefaultvmlo.html. Diakses 4 Mei
2013.

Somekto, R. 2008. Bioteknologi dan Keharaan Tanaman (Mikroorganisme, Nitrogen dan

Fosfor ). Jurnal Inovasi Pertanian. Vol. 7. No. 1. Hal. 66 85.
Sumarsih, S. 2010. Peran Mikroba dalam Perubahan Senyawa Nitrogen. Fakultas Pertanian,
UPN Veteran Yogyakarta.