KATA PENGNTAR

Puji dan syukur kehadiran Tuhan Yang Maha Esa karena atas pelenggaraannya saya dapat
menyelesaikan bahan ajar ini dengn baik. Bahan ajar mikrobiologi ini bertujuan untuk panduan
belajar bagi mahasiswa semester V, jurusan Biologi DI Fakultas Sains Dan Teknik UNDANA.

Ucapan terima kasih saya sampaikan kepada semua pihak yang telah membantu saya baik
secara langsung maupun tidak langsung dalam penulisan bahan ajar. Bahan ajar ini masih
banyak kekurangan, oleh karena itu segala kritik dan saran yang membangun saya terima
dengan senang hati demi menunggkatkan bahan ajar saya iini. Akhir kata semoga Bahan Ajar
ini bermanfaat bagi kita semua.

Kupang,mei 2017

penulis

BAB 1
1
NUTRISI MIKROBA

Untuk keperluan hidupnya, semua makhluk hidup memerlukan bahan makanan. Bahan
makanan ini diperlukan untuk sintesis bahan sel dan untuk mendapatkan energi. Demikian juga
dengan mikroorganisme, untuk kehidupannya membutuhkan bahan-bahan organik dan
anorganik dari lingkungannya. Bahan-bahan tersebut disebut dengan nutrient (zat gizi), sedang
proses penyerapanya disebut proses nutrisi.
Mikroba sama dengan makhluk hidup lainnya, memerlukan suplai nutrisi sebagai
sumber energi dan pertumbuhan selnya. Unsur-unsur dasar tersebut adalah : karbon, nitrogen,
hidrogen, oksigen, sulfur, fosfor, zat besi dan sejumlah kecil logam lainnya. Ketiadaan atau
kekurangan sumber-sumber nutrisi ini dapat mempengaruhi pertumbuhan mikroba hingga pada
akhirnya dapat menyebabkan kematian. Kondisi tidak bersih dan higienis pada lingkungan
adalah kondisi yang menyediakan sumber nutrisi bagi pertumbuhan mikroba sehingga mikroba
dapat tumbuh berkembang di lingkungan seperti ini. Oleh karena itu, prinsip daripada
menciptakan lingkungan bersih dan higienis adalah untuk mengeliminir dan meminimalisir
sumber nutrisi bagi mikroba agar pertumbuhannya terkendali.
Menurut Waluyo (2005), peran utama nutrien adalah sebagai sumber energi, bahan
pembangun sel, dan sebagai aseptor elektron dalam reaksi bioenergetik (reaksi yang
menghasilkan energi). Oleh karenanya bahan makanan yang diperlukan terdiri dari air, sumber
energi, sumber karbon, sumber aseptor elektron, sumber mineral, faktor pertumbuhan, dan
nitrogen. Selain itu, secara umum nutrient dalam media pembenihan harus mengandung
seluruh elemen yang penting untuk sintesis biologik oranisme baru.
Pertumbuhan mikoorganisme tergantung dari tersedianya air. Bahan-bahan yang
terlarut dalam air, yang digunakan oleh mikroorganisme untuk membentuk bahan sel dan
memperoleh energi, adalaah bahan makanan.

A. NUTRISI ORGANISME

2
 Mayoritas komponen seluler adalah karbon, oksigen, hidrogen, nitrogen, fosfor dan elemen
ini merupakan penyusun utama membran, protein, asam nukleat dan struktur seluler lainnya.
Elemen ini diperlukan paling banyak oleh mikroba untuk menyusun komponen selulernya. Oleh
karena itu disebut makronutrien. Elemen lainnya yang sedikit diperlukan oleh mikroba untuk
menyusun komponen selulernya disebut mikronutrien. Elemen lainnya yang sangat sedikit
(bahkan tidak terukur) diperlukan sel untuk menyusun komponen seluler, tetapi harus hadir dalam
nutrisinya disebut trace elemen. Semua elemen yang diperlukan oleh mikroba dipaparkan dalam
bab selanjutnya. Faktor pertumbuhan merupakan molekul organik yang penting bagi pertumbuhan
tetapi tidak mampu disintesis oleh mikroba sendiri seperti vitamin dan asam amino.

1. Sumber-sumber nutrisi

a. Sumber Karbon

Tumbuhan-tumbuhan dan beberapa bakteri mampu mengunakan energi fotosintetik untuk

mereduksi karbondioksida pada penggunaan air. Organisme ini termasuk kelompok autotrof,
makhluk hidup yang tidak membutuhkan nutrient organik untuk pertumbuhannya. Autotrof lain
adalah khemolitotrof, organisme yang menggunakan substrat anorganik seperti hidrogen atau
thiosulfat sebagai reduktan dan karbondioksida sebagai sumber karbon. Heterotrof membutuhkan
karbon organik untuk pertumbuhannya, dan karbon organik tersebut harus dalam bentuk yang
dapat diasimilasi. Contohnya, naphthalene

b. Sumber Nitrogen

Nitrogen merupakan komponen utama protein dan asam nukleat, yaitu sebesar lebih
kurang 10 persen dari berat kering sel bakteri. Sumber nitrogen yang paling lazim untuk
mikroorganisme adalah garam-garam ammonium. Beberapa prokariot mampu mereduksi nitrogen
molekul (N2 atau dinitrogen). Mikroorganisme lain memerlukan asam-asam amino sebagai
sumber nitrogen, jadi yang mengandung nitrogen organik. Tidak semua mikroorganisme mampu
mereduksi sulfat, beberapa diantaranya memerukan H2S atau sistein sebagai sumber S.

c. Sumber Belerang
3
 Belerang adalah komponen dari banyak substansi organik sel. Belerang membentuk bagian
struktur beberapa koenzim dan ditemukan dalam rantai samping cisteinil dan merionil protein.
Belerang dalam bentuk asalnya tidak dapat digunakan oleh tumbuhan atau hewan. Namun,
beberapa bakteri autotropik dapat mengoksidasinya menjadi sulfat (SO42-).
d. Sumber Phospor
Fosfat (PO43-) dibutuhkan sebagai komponen ATP, asam nukleat dan sejumlah koenzim seperti
NAD, NADP dan flavin. Selain itu, banyak metabolit, lipid (fosfolipid, lipid A), komponen
dinding sel (teichoic acid), beberapa polisakarida kapsul dan beberapa protein adalah bergugus
fosfat. Fosfat selalu diasimilasi sebagai fosfat anorganik bebas (Pi).
e. Sumber Mineral

Sejumlah besar mineral dibutuhkan untuk fungsi enzim. Ion magnesium (Mg 2+) dan ion
ferrum (Fe2+) juga ditemukan pada turunan porfirin yaitu: magnesium dalam molekul klorofil, dan
besi sebagai bagian dari koenzim sitokrom dan peroksidase. Mg2+ dan K+ keduanya sangat penting
untuk fungsi dan kesatuan ribosom. Ca2+ dibutuhkan sebagai komponen dinding sel gram positif,
meskipun ion tersebut bebas untuk bakteri gram negatif. Banyak dari organisme laut membutuhkan
Na+ untuk pertumbuhannya.

f. Sumber Oksigen

Untuk sel, oksigen tersedia dalam bentuk air. Selanjutnya oksigen juga terdapat dalam CO 2
dan dalam bentuk senyawa organik. Selain itu masih banyak organisme yang tergantung dari
oksigen molekul (O2 atau dioksigen). Oksigen yang berasal dari molekul oksigen hanya akan
diinkorporasi ke dalam substansi sel kalau sebagai sumber karbon digunakan metana atau
hidrokarbon aromatic yang berantai panjang. Mikroorganisme anaerob fakultatif tumbuh dengan
adanya O2 udara, jadi bersifat aerotoleran; tetapi organisme ini tidak dapat memanfaatkan O 2,
tetapi memperoleh energi semata-mata dari peragian. Jenis bakteri anaerob fakultatif lain
(Enterobacteriaceae) dan banyak ragi dapat beralih dari peroleh energi dengan respirasi (dengan
adanya O2) ke peragian (tanpa O2).

2. Tipe-Tipe Nutrisi Utama Bakteri

4
 Tipe Sumber Energi untuk Sumber Karbon Contoh genus
Pertumbuhan Untuk Pertumbuhan
Fototrof
Fotoautotrof Cahaya CO2 Chromatium
Fotoheterotrof Cahaya Senyawa organik Rhodopseumdomonas
Kemotrof
Kemoautotrof Oksidasi senyawa CO2 Thiobacillus
organik
Kemoheterotrof Oksidasi senyawa Senyawa organik Esherichia
Organic

3. Fungsi Natrium Untuk Mikroba

Setiap unsur nutrisi mempunyai peran tersendiri dalam fisiologi sel. Unsur tersebut
diberikan ke dalam medium sebagai kation garam anorganik yang jumlahnya berbeda-beda
tergantung pada keperluannya. Beberapa golongan mikroba misalnya diatomae dan alga tertentu
memerlukan silika (Si) yang biasanya diberikan dalam bentuk silikat untuk menyusun dinding sel.
Fungsi dan kebutuhan natrium (Na) untuk beberapa jasad belum diketahui jumlahnya. Natrium
dalam kadar yang agak tinggi diperlukan oleh bakteri tertentu yang hidup di laut, algae hijau biru,
dan bakteri fotosintetik. Jasad hidup dapat menggunakan makanannya dalam bentuk padat
maupun cair (larutan). Jasad yang dapat menggunakan makanan dalam bentuk padat tergolong
tipe holozoik, sedangkan yang menggunakan makanan dalam bentuk cair tergolong tipe holofitik.
Jasad holofitik dapat pula menggunakan makanan dalam bentuk padat, tetapi makanan tersebut
harus dicernakan lebih dulu di luar sel dengan pertolongan enzim ekstraseluler. Pencernaan di luar
sel ini dikenal sebagai extracorporeal digestion. Bahan makanan yang digunakan oleh jasad hidup
dapat berfungsi sebagai sumber energi, bahan pembangun sel, dan sebagai aseptor atau donor
elektron. Dalam garis besarnya bahan makanan dibagi menjadi tujuh golongan yaitu air, sumber
energi, sumber karbon, sumber mineral, faktor tumbuh, dan sumber nitrogen.

a. Air
5
Air merupakan komponen utama sel mikroba dan medium. Funsi air adalah sebagai sumber
oksigen untuk bahan organik sel pada respirasi. Selain itu air berfungsi sebagai pelarut dan alat
pengangkut dalam metabolisme.

b. Sumber energi

Ada beberapa sumber energi untuk mikroba yaitu senyawa organik atau anorganik yang
dapat dioksidasi dan cahaya terutama cahaya matahari.

c. Sumber karbon

Sumber karbon untuk mikroba dapat berbentuk senyawa organik maupun anorganik.
Senyawa organik meliputi karbohidrat, lemak, protein, asam amino, asam organik, garam asam
organik, polialkohol, dan sebagainya. Senyawa anorganik misalnya karbonat dan gas CO2 yang
merupakan sumber karbon utama terutama untuk tumbuhan tingkat tinggi.

e. Sumber mineral

Mineral merupakan bagian dari sel. Unsur penyusun utama sel ialah C, O, N, H, dan P. unsur
mineral lainnya yang diperlukan sel ialah K, Ca, Mg, Na, S, Cl. Unsur mineral yang digunakan
dalam jumlah sangat sedikit ialah Fe, Mn, Co, Cu, Bo, Zn, Mo, Al, Ni, Va, Sc, Si, Tu, dan
sebagainya yang tidak diperlukan jasad. Unsur yang digunakan dalam jumlah besar disebut unsur
makro, dalam jumlah sedang unsur oligo, dan dalam jumlah sangat sedikit unsur mikro. Unsur
mikro sering terdapat sebagai ikutan (impurities) pada garam unsur makro, dan dapat masuk ke
dalam medium lewat kontaminasi gelas tempatnya atau lewat partikel debu. Selain berfungsi
sebagai penyusun sel, unsur mineral juga berfungsi untuk mengatur tekanan osmose, kadar ion
H+ (kemasaman, pH), dan potensial oksidasireduksi (redox potential) medium.

f. Faktor tumbuh

Faktor tumbuh ialah senyawa organik yang sangat diperlukan untuk pertumbuhan
(sebagai prekursor, atau penyusun bahan sel) dan senyawa ini tidak dapat disintesis dari sumber
karbon yang sederhana. Faktor tumbuh sering juga disebut zat tumbuh dan hanya diperlukan
dalam jumlah sangat sedikit. Berdasarkan struktur dan fungsinya dalam metabolisme, faktor
tumbuh digolongkan menjadi asam amino, sebagai penyusun protein; base purin dan pirimidin,

6
sebagai penyusun asam nukleat; dan vitamin sebagai gugus prostetis atau bagian aktif dari
enzim.

g. Sumber nitrogen

Mikroba dapat menggunakan nitrogen dalam bentuk amonium, nitrat, asam amino,
protein, dan sebagainya. Jenis senyawa nitrogen yang digunakan tergantung pada jenis jasadnya.
Beberapa mikroba dapat menggunakan nitrogen dalam bentuk gas N2 (zat lemas) udara.
Mikroba ini disebut mikrobia penambat nitrogen.

4. Penggolongan Mikroba Berdasarkan Nutrisi Dan Oksigen

a. Berdasarkan sumber karbon

Berdasarkan atas kebutuhan karbon jasad dibedakan menjadi jasad ototrof dan heterotrof.
Jasad ototrof ialah jasad yang memerlukan sumber karbon dalam bentuk anorganik, misalnya
CO2 dan senyawa karbonat. Jasad heterotrof ialah jasad yang memerlukan sumber karbon dalam
bentuk senyawa organik. Jasad heterotrof dibedakan lagi menjadi jasad saprofit dan parasit.
Jasad saprofit ialah jasad yang dapat menggunakan bahan organik yang berasal dari sisa jasad
hidup atau sisa jasad yang telah mati. Jasad parasit ialah jasad yang hidup di dalam jasad hidup
lain dan menggunakan bahan dari jasad inang (hospes)-nya. Jasad parasit yang dapat
menyebabkan penyakit pada inangnya disebut jasad patogen.

b. Berdasarkan sumber energi

Berdasarkan atas sumber energi jasad dibedakan menjadi jasad fototrof, jika
menggunakan energi cahaya; dan khemotrof, jika menggunakan energi dari reaksi kimia. Jika
didasarkan atas sumber energi dan karbonnya, maka dikenal jasad fotoototrof, fotoheterotrof,
khemoototrof dan khemoheterotrof.

c. Berdasarkan kebutuhan oksigen

7
 Berdasarkan akan kebutuhan oksigen, jasad dapat digolongkan dalam jasad aerob,
anaerob, mikroaerob, anaerob fakultatif, dan kapnofil. Pertumbuhan mikroba di dalam media cair
dapat menunjukkan sifat berdasarkan kebutuhan oksigen

5. Interaksi Antar Jasad Dalam Menggunakan Nutrien

Jika dua atau lebih jasad yang berbeda ditumbuhkan bersama-sama dalam suatu medium,
maka aktivitas metabolismenya secara kualitatif maupun kuantitatif akan berbeda jika
dibandingkan dengan jumlah aktivitas masing-masing jasad yang ditumbuhkan dalam medium
yang sama tetapi terpisah. Fenomena ini merupakan hasil interaksi metabolisme atau interaksi
dalam penggunaan nutrisi yang dikenal sebagai sintropik atau sintropisme atau sinergitik. Sebagai
contoh ialah bakteri penghasil metan yang anaerob obligat tidak dapat menggunakan glukosa
sebagai substrat, tetapi bakteri tersebut akan segera tumbuh oleh adanya hasil metabolisme bakteri
anaerob lain yang dapat menggunakan glukosa.

6. Media Sebagai Sumber Nutrisi Mikroba

Media pertumbuhan mikroorganisme adalah suatu bahan yang terdiri dari campuran
zat-zat makanan (nutrisi) yang di perlukan mikroorganisme untuk pertumbuhan._
Mikroorganisme memanfaatkan nutrisi media berupa molekul-melekul kecil yang dirakit untuk
menyusun komponen sel. Dengan media pertumbuhan dapat dilakukan isolate mikroorganisme
menjadi kultur murni dan juga memanipulasi komponen media pertumbuhannya.

Medium yang digunakan untuk menumbuhkan dan mengembangbiakkan mikroorganise

tersebut harus sesuai susunanya dengan kebutuhan jenis-jenis mikroorganisme yang
bersangkutan. Untuk menumbuhkan mikroorganisme yang kita inginkan, yang pertama harus
dilakukan adalah memahami kebutuhan dasarnya kemudian memformulasikan suatu medium atau
bahan yang akan digunakan. Media biakan yang digunakan untuk menumbuhkan bakteri terdapat
dalam bentuk padat, semi-padat dan cair. Media biakan harus berisi zat hara dan mempunyai
keadaan fisik yang sesuai pertumbuhan bakteri. Nutrisi yang berbeda di dalam media biakan di
gunakan untuk pertumbuhan, sintesis sel, keperluan energi dalam metabolisme dan pergerakan.
Pada umumnya nutrisi atau kandungan unsure dalam media biakan yang dibutuhkan oleh bakteri
adalah sumber energi, karbon,nitrogen, sulfur, fasfor, unsur-unsur logam, vitamin dan air. Bahan-
bahan media biakan yaitu antaralain:

8
a. Bahan dasar

1. Air (H2O) sebagai pelarut

2. Agar (dari rumput laut) yang berfungsi sebagai pemadat media. Agar sulit di
degradasi oleh mikroorganisme pada umunya dan mencair pada suhu 450C.
3. Glatin juga memiliki fungsi yang sama seperti agar. Glatin adalah polimer asam
aminio yang diproduksi dari kologen. Kekurangannya adalah lebih banyak jemis
mikroba yang mampu menguraikan dibandingkan agar.
4. Silica gel, yaitu bahan yang mengandung natrium silikat. Fungsinya juga sebagai
pemadat media. Silica gel khususnya digunakan untuk memadatkan media bagi
mikroorganisme autotrof abligat.

b. Nutrisi atau zat makanan

1. Media harus mengandung unsur-unsur yang diperlukan untuk metabolisme sel yaitu
berupa unsur malro seperti C, H, O, N, P; unsur mikro seperti Fe, Mg dan unsur
pelekat/trace element.
2. Sumber karbon dan energi yang dapat di peroleh berupa semyawa organic atau
anorganik sesuai dengan sifat mikrobanya. Jasad heterotrof memerlukan sumber
karbon organik antara lain dari karbohidrat, lemak, protein, dan asam organic.
3. Sumber nitrogen mencakup asam amino, protein atau senyawa bernitrogen lain.
Sejumalah mikroba dapat menggunakan sumber N anorganik seperti urea
4. Vitamin-vitamin.

c. Bahan tambahan
Bahan-bahan tambahan yaitu bahan yang ditambahkan ke dalam medium dengan tujuan
tertentu, msalnya phenol red (indicator asam basa) ditambahkan untuk indicator perbahan pH
akibat produksi asam organic hasil metabolisme. Bahan yang sering digunakan dalam
pembuatan media yaitu :
1. Agar, dapat diperoleh dalam bentuk batangan, granula atau bubuk dan terbuat dari
rumput laut. Kegunaannya adalah sebagai pemadat (gelling). Jika dicampur dengan air
dingin, agar tidak akan larut, untuk melarutkannya harus diasuk dan dipanasi
2. Peptone, adalah produk hidrolisis protein hewani aau nabati seperti otot, liver, darah,
susu, kasein, laktobumin, gelatin, dan kedelai.
3. Meat extract, mengandung basa organic terbuat dari otak, limpa, plasenta, dan daging
sapi.
4. Yeast extract, terbuat dari ragi pengembang roti atau pembuat alcohol. Yeast extract
mengandung asam amino yang lengkap dan vitamin (B complex).
9
 5. Karbohidrat, ditambahkan untuk memperkaya asam amino dan gas dari karbohidrat.
Jenis karbohidrat yang umumnya digunakan adalah amilum, glukosa, fruktosa,
galaktosa, sukrosa, manitol, dan lain-lain. Konsentrasi yang ditambahkan untuk analisis
fermentasi adalah 0,5-1%.

Macam-macam media pertumbuhan:

1) Berdasarkan konsistensi ataupun kepadatannya, medium terbagi tiga bagian, yaitu:

1. Medium cair/broth/liquid yaitu media yang tidak mengandung agar, contohnya

adalah NB (Nutrient Broth), LB (Lactose Broth).
2. Medium setengah padat (semi solid medium) yaitu media yang mengandung
agar 0,3-0,4% sehingga menjadi sedikit kenyal, tidak padat, tidak begitu cair.
Media semi solid dibuat dengan tujuan supaya pertumbuhan mikroba dapat
menyebar ke seluruh media tetapi tidak mengalami percampuran sempurna jika
tergoyang. Misalnya bakteri yang tumbuh pada media NfB (Nitrogen free
Bromthymol Blue) semisolid akan membentuk cincin hijau kebiruan di bawah
permukaan media, jika media ini cair maka cincin ini dapat dengan mudah
hancur. Semisolid juga bertujuan untuk mencegah/menekan difusi oksigen,
misalnya pada media Nitrate Broth, kondisi anaerob atau sedikit oksigen
meningkatkan metabolisme nitrat tetapi bakteri ini juga diharuskan tumbuh
merata diseluruh media.
3. Medium padat (solid medium) yaitu media yang mengandung agar 15%
sehingga setelah dingin media menjadi padat. Contoh : endo agar, PDA,
Nutrient agar

2). Medium berdasarkan komposisi

1. Medium sintesis yaitu media yang komposisi zat kimianya diketahui jenis dan
takarannya secara pasti, misalnya Glucose Agar, Mac Conkey Agar.
2. Medium semi sintesis yaitu media yang sebagian komposisinya diketahui secara
pasti, misanya PDA (Potato Dextrose Agar) yang mengandung agar, dekstrosa dan
ekstrak kentang. Untuk bahan ekstrak kentang, kita tidak dapat mengetahui secara
detail tentang komposisi senyawa penyusunnya.

10
 3. Medium non sintesis yaitu media yang dibuat dengan komposisi yang tidak dapat
diketahui secara pasti dan biasanya langsung diekstrak dari bahan dasarnya,
misalnya Tomato Juice Agar, Brain Heart Infusio Agar, Pancreatic Extract.

3) Media berdasarkan tujuan

1. Medium umum, yaitu medium yang dapat ditumbuhi berbagai jenis

mikroorganisme. Contoh : NA (nutrient agar) umum untuk bakteri, PDA (potato
dextrose agar) dan toge umum untuk jamur.
2. Medium diferensial, yaitu medium yang hanya ditumbuhi berbagai jenis mikroba,
salah satu jenis memberikan cirri yang khas sehingga dapat segera diketahui
berbeda dari yang lain. Contoh : Blood Agar, EMB agar, dll.
3. Medium pengaya, yaitu medium yang kaya akan nutrient tertentu sehingga dapat
menumbuhkan dan memperbanyak sel dengan cepat. Contoh: medium Tetrathionat
Broth, dll.
4. Media diperkaya (Enrichment media), merupakan media yang mengandung
komponen dasar untuk pertumbuhan mikroba dan ditambah komponen kompleks
seperti darah, serum, kunuing telur.Media diperkaya juga bersifat selektif untuk
mikroba tertentu. Bakteri yang ditambah dalam media initidak hanya
membutuhkan nutrisi sederhana untuk berkembang biak, tetapi membutuhkan
komponenkompleks, misalnya Blood Tellurite Agar , Blle Agar, Serum Agar, dll.

Media Selektif/penghambat merupakan media yang selain mengandung nutrisi juga ditambah
suatu zat tertentu sehingga media tersebut dapat menekan pertumbuhan mikroba lain dan
merangsang pertumbuhan mikroba yang diinginkan. Misalnya Luria Bertani Medium yang ditambah
Amphisilin untuk merangsang E .coli resisten antibiotik dan menghambat kontaminan yang peka,
Ampicilline.Salt Broth yang ditambah NaCl 4% untuk membunuh streptococcus agalactioe yang
toleran terhadap garam.

Adapun beberapa definisi tentang media diperkaya/selektif diantaranya :

a. Media diperkaya ( Enrichment media) merupakan media yang diperlukan untuk

oganismeyang memerlukan makanan tambahan.
b. Media diperkaya digunakan untuk memperbanyak bakteribaik di dalam Specimen
maupun koloni-koloni yang kecil.

11
 c. Media diperkaya Eksklusif digunakan segolongan bakteri yang lain termasuk dalam
media iniantaralain Azide Broth, Selenite Broth.
Media Selektif merupakan media yang digunakan untuk membedakan golongan
sehinggadapat dipilih, koloni bakteri yang ada. Contoh : Endo Plat .

A. REGULASI AKTIVITAS ENZIM

Regulasi adalah aturan sistem yang ada di dalam tubuh makhluk hidup untuk dapat hidup
seimbang, mempertahankan keadaan teratur, konservasi energi, dan sebagai respon terhadap
perubahan lingkungan

Regulasi enzim terdapat dalam 2 bentuk, yaitu regulasi non-kovalen (noncovalent

bonding) dan regulasi modifikasi kovalen (covalent modification). Regulasi non-kovalen
adalah terikatnya efektor oleh (biasanya) produk pada daerah alosterik (allosteric effector)
secara nonkovalen (Gambar 1.1). Regulasi modifikasi kovalen adalah menempelnya gugus
kimia (misalnya fosfat atau nukleotida) pada enzim. Regulasi enzim pada metabolisme
tersebut sangat kompleks. oleh karena itu, regulasi enzim dapat dicapai dengan mengubah
konsentrasi dan aktifitas enzimatik melalui :

1. Kontrol genetika

Pada proses kontrol genetika, terdapat beberapa proses, yaitu Represi dan induksi
enzim. Represi enzim merupakan salah satu bentuk dari kontrol negatif pada transkripsi
bakteri. Proses tersebut, begitu pun dengan induksi enzim, disebut sebagai kontrol negatif
karena protein regulatornya akan menyebabkan inhibisi atau penghambatan dari sintesis
mRNA sehingga akan menyebabkan penurunan proses sintesis enzim-enzim.

12
 Sekalipun inhibisi balik akan menghentikan sintesis dari produk akhir dari suatu
pathway, proses ini masih memungkin terbuangnya energi dan karbon karena pembentukkan
enzim yang tidak diperlukan (karena sudah diinhibisi) masih dilanjutkan. Proses represi enzim
bertujuan untuk mencegah sintesis enzim yang turut terlibat dalam pembentukan suatu produk
akhir. Pada kasus biosintesis triptofan (gambar 3), produk akhir dari pathway, triptofan,
berperan sebagai sebuah molekul efektor yang dapat menghentikan sintesis dari Enzim a, b, c,
d, dan e yang turut terlibat pada biosintesis triptofan. Dengan demikian maka akan
menghemat banyak molekul ATP yang seharusnya dikeluarkan selama proses sintesis protein,
dan menjaga prekusor asam amino untuk sintesis protein lain. Proses ini berlangsung lambat
dibandingkan dengan inhibisi balik (yang bekerja sesegera mungkin) karena enzim-enzim
yang sudah ada harus dikurangi jumlahnya sebagai hasil dari pembelahan sel sebelum efeknya
benar-benar terlihat

2. Modifikasi Kovalen

Meskipun sebagian besar enzim diregulasi secara non-kovalen, tetapi terdapat beberapa enzim
atau protein yang diregulasi secara modifikasi kovalen. Modifikasi kovalen pada enzim atau
protein biasanya dilakukan oleh gugus asetil, fosfat, metil, adenil, dan uridil. Modifikasi kovalen
biasanya merupakan perlekatan dapat pulih (tidak permanen).

Enzim Modifikasi

Glutamin sintetase E. coliIsositrat liase E.

coliIsositrat dehidrogenase E. coliHistidin protein AdenilisasiFosforilasiFosforilasiFosforilasi
kinase sebagian besar bakteri
Fosforilasi
Protein regulator fosforilasi sebagian besar bakteri
Asetilasi
Sitrat liase pada Rhodopseudomonas
Metilasi
Protein kemotaksis E. coli

Tabel 2.1 Enzim yang diregulasi secara modifikasi kovalen

3. Enzim Allosterik

13
 Enzim allosterik merupakan enzim regulator yang memiliki dua sisi katalik. Salah satu sisi
ikatannya untuk substrat dan yang satunya sisi regulator yang berfungsi untuk memodulasi
aktivitas enzim. Sisi allosterik memiliki ikatan nonkovalen pada dan interaksinya bersifat
reversible. Sisi allosterik ini akan mengikat senyawa pengatur yang disebut efektor atau
modulator. Enzim allosterik ini dapat dipacu atau dihambat oleh modulatornya. Sebagai contoh
mekanisme penghambatan balik pada pengubahan L-teronin menjadi L-isoleusin yang
menggunakan lima macam enzim. Enzim yang pertama adalah dehidratase treonin (E1) akan
dihambat oleh L-isoleusin yang merupakan produk akhir dari reaksi multienzim tersebut
(Lehninger, 2004).

Gambar 3.1 Aktivasi Allosterik

Berdasarkan modulasinya, enzim allosterik dibedakan menjadi dua kelompok yakni

enzim allosterik homotropik dan enzim allosterik heterotropik. Pada enzim allosterik
homotropik substrat berperan sebagai modulator. Hal ini dikarenakan subtrat identik dengan

14
 modulator. Sementara pada enzim allosterik heterotropik, modulasinya tidak dipengaruhi oleh
substratnya sendiri.

4. Kompartementasi

Gambar 4.1 Kompartmentasi dari biosintesis NAD(P) dan Mayor NAD(P) pada sel eukaryotik

Kompartementasi enzim akan meningkatkan efisiensi banyak proses yang berlangsung didalam
sel, karena:

a. Reaktan tersedia pada tempat dimana enzim tersedia

b. Senyawa yang akan dikonversi dikirim kearah enzim yang akan berperan untuk
menghasilkan produk sesuai yang dikehendakidan tidak disimpangkan pada lintasan
yang lain.

Hasil suatu tahap reaksi akan dibebaskan pada tempat dimana hasil ini dapat segera
dikonservasi oleh enzim berikutnya. Proses ini berlangsung terus menerus sampai dihasilkan
produk akhirnya.

Jenis Enzim dan Aktivitas Enzim

Ada beberapa jenis enzim yang dikenal, di antaranya sebagai berikut.

15
 1. Aktivitas Enzim - Hidrolase

Hidrolase adalah enzim yang memerlukan bantuan air dalam proses menguraikan zat. Enzim
ini bisa dikelompokkan menjadi beberapa jenis.

a. Karbohidrase adalah enzim yang menguraikan karbohidrat, misalnya:

1. enzim amilase yang menguraikan amilum menjadi maltose

2. enzim maltase yang menguraikan maltosa menjadi glukosa,
3. enzim ukrase yang mengubah sukrosa menjadi glukosa dan fruktosa,
4. enzim laktase yang mengubah laktase menjadi glukosa dan galaktosa,
5. enzim selulase yang menguraikan selulosa menjadi selobiosa, dan

b. Esterase adalah golongan enzim yang berfungsi memecah ester:

1. enzim lipase yang menguraikan lemak menjadi asam lemak, dan

2. enzim fosfatase yang menguraikan ester menjadi asam fosfat.

c. Protease adalah enzim yang berfungsi menguraikan protein, misalnya:

1. enzim peptidase yang menguraikan peptida menjadi asam amino

2. enzim renin yang berfungsi menguraikan kasein susu.

2. Aktivitas Enzim - Oksidase dan Reduktase

Oksidase dan reduktase adalah enzim yang berperan aktif membantu proses oksidasi dan
reduksi. Enzim ini bisa dikelompokkan menjadi dua.

a. Dehidrogenase adalah enzim yang mengubah zat-zat organik menjadi hasil-hasil

oksidasi
b. Katalase adalah enzim yang menguraikan hidrogen peroksida menjadi air dan oksigen

3. Aktivitas Enzim - Desmolase

Desmolase adalah enzim yang memutuskan ikatan C-C, C-N, dan dapat dikelompokkan
menjadi dua.

a. Karboksilase, adalah enzim yang mengubah asam piruyat menjadi asetaldehida.

b. Transaminase adalah enzim yang mengubah amine menjadi asam amino.

16
Kontrol Aktivitas Enzim

Untuk mencapai keadaan transisi dan berubah menjadi produk, substrat memerlukan te
na yang sangat besar. Tanpa campur tangan enzim, proses tersebut memakan waktu yang
sangat lama. Enzim menangkap substrat dan menekan energi aktivasi sehingga mempercepat
reaksi kimia dalam sel. Dalam aktivitas enzim, enzim menciptakan lingkungan dengan transisi
terstabilisasi, terdistribusi muatan berlawanan, membentuk lintasana alternatif, dan menggiring
substrat pada orientasi yang tepat untuk bereaksi. Untuk mencapai aktivitas enzim yang
optimal, beberapa enzim bekerja sendiri dan sebagian lagi memerlukan komponen tambahan
berupa molekul nonprotein yang disebut kofaktor. Bentuknya bisa berupa gugus prostetik yang
mengikat kuat atau berupa koenzim melepaskan diri saat reaksi kimia terjadi. Dalam satu detik,
melakukan reaksi hingga jutaan kali supaya bisa menjalankan fungsinya dengan baik. Reaksi
tersebut dipengaruhi oleh temperatur, asam basa, kadar garam, dan inhibitor, yaitu senyawa
kompetitif yang menghalangi pengikatan substrat oleh enzim.

Aktivitas enzim di dalam tubuh makhluk hidup dikontrol sel dengan cara sebagai
berikut.

Aktivitas enzim berupa produksi enzim dikontrol berkaitan dengan respon sel terhadap
lingkungan, dengan cara transkripsi dan translasi gen enzim, dan bentuk regulasinya disebut
induksi atau inhibisi. Pada kasus penggunaan penisilin sebagai antibiotik, enzim beta-
laktamase menginduksi hidrolis cincin beta-laktam pada penisilin dan membuat bakteri resistan
terhadap penisilin.

Membuat lintasan metabolisme beragan dalam kompartemen sel yang berbeda bisa
mengkompartemenkan enzim. Misalnya, lintasan majemuk pada sitosol, retikulum
endoplasma, dan aparat golgi, sekelompok enzim lainnya dalam mensintesis asam lemak.

Inhibitor dan aktivator meregulasi enzim dengan mekanisme umpan balik untuk
efisiensi dalam alokasi zat dan energi dan menghindari pembuaran produk secara berlebihan.

17
Aktivitas enzim berupa regulasi enzim juga dapat dilakukan melalui modifikasi pascatranslasio
nal, meliputi fosforilasi, miristoilasi, dan glikosilasi. Contohnya, polipeptida yang melakukan
pembelahan rantai Regulasi juga dipengaruhi oleh beberapa enzim yang teraktivasi saat berada
di lingkungan lain.

Kontrol aktivitas enzim tersebut diperlukan untuk menjaga homeostasis dan fungsi
enzim yang bisa menimbulkan penyakit dan penyimpangan genetika.

Faktor yang Mempengaruhi Aktivitas Faktor pertama yang dapat mempengaruhi

aktivitas enzim adalah suhu. Pada umumnya, enzim memiliki suhu optimal sama dengan suhu
normal sel organisme tersebut. Biasanya, suhu optimal enzim pada hewan poikilotermik di
daerah dingin lebih rendah dibandingkan enzim pada hewan homeotermik. Misalnya suhu
optimal enzim pada manusia yaitu 37 Derajat Celcius dan katak suhu optimalnya adalah 25
Derajat Celcius.

Adanya kenaikan suhu optimal tersebut dapat menyebabkan peningkatan dan

penurunan aktivitas enzim. Setiap kenaikan suhu 10 Derajat Celcius, maka kecepatan reaksinya
menjadi dua kali lipat dengan batas suhu yang wajar sehingga mempengaruhi aktivitas enzim.
Hal ini juga berlaku pada anzim dan aktivitas enzim. Panas yang dihasilkan karena adanya
kenaikan suhu mampu mempercepat reaksi dan menyebabkan kecepatan molekul meningkat.
Hasilnya yaitu frekuensi serta daya tumbukan molekuler pun ikut meningkat sehingga
mempengaruhi aktivitas enzim.

Kenaikan suhu dalam batas yang tidak normal mengakibatkan terjadinya perubahan
struktur enzim (denaturasi). Enzim yang talah mengalami perubahan struktur akan kehilangan
kemampuan katalisnya dan secara tidak langsung akan mempengaruhi aktivitas enzim itu
sendiri. Biasanya enzim yang sudah rusak secara fisik tidak dapat lagi diperbaiki. Inilah alasan
mengapa enzim lebih baik dikonsumsi pada makanan yang telah dimasak, terutama daging
dan telur daripada makanan yang mentah.

Pengawasan panas pada susu dan Enzim

Seperti kita ketahui, aktivitas enzim tertentu dapat berlangsung secara maksimal dalam
kondisi tertentu juga. Lalu, apa saja yang mempengaruhi aktivitas enzim? Beriklut faktor-
faktor yang dapat mempengaruhi aktivitas enzim atau kerja enzim.
18
Suhu Mempengaruhi Aktivitas Enzim

makanan dengan bahan susu yang lain, secara signifikan dapat mengurangi penyebaran
penyakit, misalnya TBC. Saat keadaan suhu kurang dari suhu optimal, aktivitas enzim akan
mengalami penurunan. Aktivitas enzim masih berlangsung pada suhu kurang dari nol dan
aktivitas enzim hampir berhenti pada suhu 196 Derajat Celcius.

Keasaman Mempengaruhi Aktivitas Enzim

Semua enzim dan aktivitas enzim cukup peka terhadap perubahan derajat keasaman (pH).
Aktivitas enzim menjadi terhenti jika diperlakukan pada asam basa yang bersifat kuat sekali.
Pada umunya, aktivitas enzim efketif di kisaran pH lingkungan yang sempit.

Di luar zona pH maksimal tersebut, kenaikan maupun penurunan pH mengakibatkan

aktivitas enzim menurun secara cepat. Contohnya, enzim pencerna pada lambung memiliki pH
optimal 2 sehingga aktivitas enzim hanya mampu bekerja saat kondisi sangat asam. Pengaruh
pH terhadap aktivitas enzim dapat termonitor karena enzim terdiri atas protein. Jumlah muatan
positif dan negatif yang ada dalam molekul protein dan bentuk dari permukaan protein
sebagiannya ditentukan oleh pH.Selain suhu dan keasaman, aktivitas enzim juga dipengaruhi
oleh konsentrasi enzim, substrat, kofaktor, dan inhibator enzim.

19
 BAB 2

RESPIRASI DAN FERMENTASI

A. RESPIRASI

Sel hidup membutuhkan energi dari sumber luar agar dapat melakukan kerja. Panda
mendapatkan energi untuk menghidupi sel-selnya dengan cara memakan tumbuhan sedangkan
hewan lain memakan organisme pemakan tumbuhan. Energi yang tersmpan dalam molekul
organik pada makanan berasal dari matahari. Energi mengalir ke dalam ekosistem sebagai
cahaya dan meninggalkan ekosistem sebagai panas. Sebaliknya, unsur kimia yang penting bagi
hidup di-recycled. Fotosintesis menghasilkan oksigen dan molekul organik yang digunakan
oleh mitokondria sel eukariot sebagai bahan bakar dalam respirasi sel. Proses respirasi
memecah bahan bakar tersebut dan menghasilkan ATP. Produk buangan respirasi yaitu CO2
dan air, merupakan bahan mentah untuk fotosintesis.
Tahap-tahap respirasi yaitu:
1. Glikolisis,
20
 2. Siklus asam sitrat, dan
3. Fosforilasi oksidatif terdiri dari transport elektron dan chemiosmosis
Secara teknis, respirasi sel didefinisikan hanya meliputi siklus asam sitrat dan
fosforilasi oksidatif. Glikolisis dimasukkan dalam bahasan ini karena sel-sel berespirasi
yang mengambil energi dari glukosa menggunakan proses ini untuk menghasilkan materi
awal yang digunakan pada siklus asam sitrat.
Seperti yang digambarkan pada Figure 9.6, dua tingkatan respirasi sel yaitu
glikolisis dan siklus asam sitrat adalah jalur katabolisme yang memecah glukosa dan
bahan bakar molekul organik lain. Glikolisis yang terjadi di dalam sitosol diawali dengan
proses degradasi memecah glukosa menjadi dua molekul piruvate. Siklus asam sitrat yang
berlangsung dalam matriks mitokondria sel eukariot (dalam sitosol sel prokariotik)
melengkapi pemecahan glukosa dengan cara mengoksidasi derivat piruvat menjadi karbon
dioksida. Jadi, molekul karbondioksida yang dihasilkan melalui respirasi sel merupakan
fragmen/bagian dari molekul organik yang teroksidasi.
Beberapa langkah reaksi dalam glikolisis dan siklus asam sitrat adalah reaksi
+
redoks dimana hidrogenase mentransfer elektron dari substrat menuju NAD untuk
membentuk NADH. Pada tingkat ketiga respirasi sel, rangkaian transport elektron
menerima elektron dari produk yang telah terurai pada kedua tingkatan sebelumnya (sebagian
besar melalui NADH) dan meneruskan elektron-elektron ini dari satu molekul ke molekul
yang lainnya. Pada akhir dari rantai transpot elektron, elektron bergabung dengan molekul
+
oksigen dan ion hidrogen (H ) membentuk air. Energi yang dilepaskan dari tiap tahapan.
dalam rangkaian tersebut disimpan dalam bentuk dimana mitokondria dapat
menggunakannya untuk membuat ATP. Model pembuatan ATP yang demikian disebut
fosforilasi oksidatif karena dikendalikan oleh rekasi redoks dari rangkaian transport
elektron.

21
 Dalam sel eukariotik, membran internal mitokondria merupakan tempat
berlangsungnya transport elektron dan kemiosmosis yaitu suatu proses yang secara
bersama-sama membentuk fosforilasi oksidatif. Pada sel prokariot, proses ini berlangsung di
membran plasma. Fosforilasi oksidatif memberikan hampir 90% ATP yang diproduksi
melalui respirasi. Sejumlah kecil ATP juga dibentuk secara langsung pada glikolisis dan
siklus asam sitrat melalui proses yang disebut substrate-level phosporilation (fosforilasi
level substrat) (Figure 9.7). Untuk setiap satu molekul glukosa yang diurai menjadi karbon
dioksida dan air melalui respirasi, sel memproduksi sekitar 38 molekul ATP.

1. Glikikolisis menghasilkan energi kimia oleh oksidasi glukosa menjadi piruvat

Kata glikolisis memiliki arti pemisahan gula dan inilah yang terjadi
selama glikolisis. Glukosa (gula berkarbon enam) dipisahkan menjadi dua buah gula
berkarbon tiga. Gula yang lebih kecil ini kemudian teroksidasi dan atom-atom yang
22
 tersisa membentuk dua molekul piruvat (piruvat merupakan bentuk ion dari asam piruvat).
Sebagaimana diringkas dalam Figure 9.8, glikolisis dapat dipisahkan menjadi dua
fase: energy invesment dan energy payoff. Selama fase energy invesment sel
menggunakan ATP. Pada fase energy payoff, ATP didapatkan kembali dalam jumlah
lebih banyak. Energi neto yang dihasilkan dari glikolisis untuk satu molekul glukosa
adalah 2 ATP ditambah 2 NADH. Selama proses glikolisis tidak ada CO2 yang
dilepaskan. Glikolisis terjadi tanpa atau dengan O2. Jika O2 tersedia maka energi
kimia yang tersimpan dalam piruvat dan NADH dapat diekstrak oleh siklus asam
sitrat dan forforilasi oksidatif.

2. Siklus asam sitrat yang lengkap hasil oksidasi energi dari molekul
organik
Proses glikolisis mampu melepaskan maksimum seperempat energi kimia
yang tersimpan dalam glukosa, sebagian besar energi masih tersimpan di dalam dua
molekul piruvat.
Apabila oksigen tersedia, maka piruvat memasuki mitokondria (sel

23
eukariot) dimana enzim-enzim siklus asam sitrat akan menyempurnakan oksidasi
glukosa (pada sel prokariot proses ini terjadi dalam sitosol). Piruvat memasuki
mitokondria melalui transport aktif. Pada saat memasuki mitokondria piruvat diubah
menjadi komponen asetil koenzim A atau acetyl coA (Figure 9.10).
Siklus asam sitrat disebut juga siklus asam trikarboksil atau siklus Krebs. Siklus ini
berfungsi sebagai pengoksidasi bahan bakar organik yang berasal dari piruvat. Figure 9.11
memberikan gambaran ringkas input dan output ketika piruvat dipecah menjadi
tiga molekul CO2 termasuk molekul CO2 yang dilepaskan selama konversi piruvat
menjadi acetyl coA. Siklus ini menghasilkan 1 ATP setiap putaran melalui fosforilasi
+
substrate- level, tetapi sebagian besar energi kimia ditransfer ke NAD dan pembawa
elektron lain yang terkait seperti coenzim FAD (berasal dari riboflavin, vitamin B) selama
reaksi redoks. Koenzim tereduksi (NADH dan FADH) membawa muatan elektron
berenergi tinggi menuju rangkaian transport elektron. Figure 9.12 menyajikan siklus asam
sitrat lebih detail.

24
3. Chemiosmosis: The Energy-Coupling Mechanisms
Selama fosforilasi oksidasi,kemosmosis pasangan transpor elektron untuk sintesis
ATP
Komponen protein yang disebut ATP sintase memenuhi membran internal mitokondria
(membran plasma pada sel prokariot). Enzim ini membentuk ATP dari ADP dan fosfat
inorganik. ATP sintase bekerja seperti pompa ion (ingat bahwa pemompaan ion biasanya
menggunakan ATP sebagai sumber energi untuk memindahkan ion melawan gradien). Pada
respirasi sel, ATP sintase menggunakan energi dari gradien ion untuk melawan gradien (tidak
menghidrolisa ATP untuk memompa proton melawan gradien). Sumber energi untuk ATP
+
sintase adalah adanya perbedaan konsentrasi ion H pada sisi berlawanan dari membran
internal motokondria (bisa dikatakan gradien ini sebagai perbedaan gradien pH karen pH
+
dinukanakan untuk mengukur konsentrasi H ). Proses ini, dimana energi disimpan dalam
bentuk gradien ion hidrogen digunakan untuk menjalankan kerja sel seperti sintesa ATP
disebut kemiosmosis.

25
 +
Berdasarkan struktur ATP sintase, maka diketahui bagaimana aliran H bergerak
melalui enzim yang besar ini dan mengendalikan pembentukan ATP. ATP sintase adalah
sebuah komponen multisubunit yang memiliki empat bagian, masing-masing tersusun atas
multiple polipeptida. Proton berpindah satu demi satu kedalam sisi pengikat pada rotor,
menyebabkan terjadinya perputaran sedemikian rupa sehingga mengkatalisa produksi ATP
dari ADP dan fosfat inorganik (Figure 9.14).

+
Fungsi dari rangkaian transport elektron (TE) adalah membangun gradien H
seperti ditunjukkan Figure 9.16 pada membran mitokondria. Rangkaian TE adalah
pengubah energi yang menggunakan aliran eksergonik elektron dari NADH dan
+
FADH2 untuk memompa H melewati membran (dari matriks menuju ruang antar
+
membran mitokondria). H memiliki kecenderungan untuk kembali melewati
membran berdifusi menuju kearah gradiennya sendiri. ATP sintase adalah tempat
+
yang menyediakan rute kembali melalui membran bagi H .

26
 Beberapa komponen di dalam rangkaian TE menerima dan melepaskan proton
+
(H ) bersamaan dengan penerimaan dan
+
pelepasan elektron (cairan di dalam dan disekitar sel merupakan sumber H yang siap
+
pakai). Pada tahapan tertentu sepanjang rangkaian, transfer elektron menyebabkan H

diambil dan dilepaskan ke dalam larutan disekitarnya. Pada sel eukariot, pembawa
+
elektron tersebar dalam membran sedemikian rupa sehingga H diterima dari matriks
mitokondria dan ditumpahkan dalam ruang antar membran (lihat gambar 9.16).
+
Gradien H yang dihasilkan disebut proton-motive force (menekankan pada kapasitas
gradien dalam melakukan kerja). Force (kekuatan) tersebut mengendalikan kembalinya
+ +
H menyeberangi membran melewati saluran H yang dibentuk oleh ATP sintase.

27
 Hasil dari produksi ATP oleh respirasi seluler
Selama respirasi, sebagian besar energi mengalir melalui urutan ini: glukose
NADH rangkaian TE proton-motive force ATP. Figure 9.17 memberikan
detail penghitungan ATP yang dihasilkan pada tiap satu molekul glukosa yang
teroksidasi. Empat ATP dihasilkan secara langsung melalui fosforilasi substrate-level
selama glikolisis dan siklus asam sitrat. Setiap NADH yang mentransfer sepasang
elektron dari glukosa menuju rangkaian TE menghasilkan maksimum 3 ATP. ATP
maksimum yang dihasilkan tiap molekul glukosa berkisar antara 36 dan 38 ATP.

B.FERMENTASI

Proses pembebasan energi tanpa adanya oksigen, nama lainnya adalah respirasi
anaerob(respirasi dalam lingkungan anaerobik dengan tanpa akseptor elektron
eksternal ).Fermentasi dalah proses enzimatik dimana enzim yang bekerja mungkin
sudah dalam keadaan terisolasi yaitu : terpisah dari selnya atau masih dalam keadaan
terikat didalam sel. Pada beberapa proses fermentasi yang menggunakan sel mikroba,
reaksi enzim mungkin sepenuhnya dalam sel mikroba, karena enzim yang bekerja

28
 bersifat intra seluler.
Sumber mikroba yaitu bakteri,kapang dan fungi.

Manfaat mikroba untuk fermentasi adalah:

1. Produksi massa sel
2. Produksi enzim,antigen,pigmen,lipid,
3. Produksi metabolit primer
4. Produksimetabolit sekunder
5. Aplikasi aktivitas metabolisme : pengawetan keju,pengolahan pembuatan
roti,pengolahan limbah,
6. Modifikasi struktur kimia / biotransformasi
7. Merangsang fixasi nitrogen

29
30
 Menurut Pasteur keberadaan oksigen akan menghambat jalur fermentasi di
dalam sel khamir sehingga sumber karbon yang ada akan digunakan melalui jalur
respirasi.Fenomena ini sering disebut sebagai Pasteur effect (Walker 1998). Pada
sel-sel prokariota dan eukariota, Pasteur effect banyak dijumpai, salah satu contoh
adalah fermentasi asam laktat oleh sel otot manusia ketika kekurangan oksigen.
Berdasarkan fenomena ini, seharusnya produksi ethanol oleh khamir terjadi pada
kondisi anaerob. Namun ternyata terjadi dalam proses aerob, Pasteur effect pada
sel khamir diamati pada sel yang telah memasuki fase stasioner
(resting),sedangkan produksi alkohol terjadi ketika sel berada pada fase
pertumbuhan (fase log) (Alexander & Jeffries 1990). Hal inilah yang membuat
Pasteur effect diduga bukan fenomena yang terjadi saat produksi ethanol oleh
Saccharomyces cerevisiae.

Karena sebagian besar ATP yang dihasilkan melalui respirasi sel adalah hasil
dari proses fosforilasi oksidatif, maka ATP yang dihasilkan dari respirasi aerobik
bergantung pada suplai oksigen dalam sel. Tanpa adanya oksigen yang bersigat
elektronegatif untuk menarik elekton dari rangkaian TE, fosforilasi oksidatif akan
berhenti. Namun demikian, terdapat dua mekanisme umum dimana sel-sel tertentu
mampu mengoksidasi bahan bakar organik (materi organik) dan menghasilkan ATP
tanpa menggunakan oksigen yaitu: respirasi anaerobik dan fermentasi. Perbedaan dari
keduanya terletak pada ada tidaknya rangkaian TE.
Anaerobik respirasi berlangsung pada organisme prokariot yang hidup pada
lingkungan tanpa oksigen. Organisme-organisme ini memiliki rangkaian TE tetapi
tidak menggunakan oksigen sebagai penangkap elektron terakhir pada akhir rangkaian
TE. Oksigen mampu menangkap elektron dengan sangat baik karena sifatnya yang
elektronegatif, tetapi substansi lainpun memiliki kemampuan menangkap elektron
walaupun tidak sebaik oksigen; dan substansi ini berfungsi sebagai penangkap
elektron terakhir dalam respirasi anaerobik. Sebagai contoh, bakteria sulfat

2-
menggunakan ion sulfate (SO4 ) pada akhir rangkaian TE. Rangkaian TE
membentuk proton-motive force yang digunakan untuk menghasilkan ATP dan
sebagai by-product-nya dihasilkan H2S (bukan H2O).
1
 Fermentrasi adalah salah satu cara memanen energi kimia tanpa menggunakan
oksigen maupun rangkaian TE (dengan kata lain tanpa respirasi sel). Bagaimanakah
molekul makanan dapat dioksidasi tanpa respirasi sel? Oksidasi merujuk pada
pengertian kehilangan elektron karena diberikan kepada penerima elektron sehingga
tidak membutuhkan adanya oksigen. Glikolisis mengoksidasi glukosa menjadi 2
+
molekul piruvat. Agen oksidasi glikolisis adalah NAD (oksigen dan rangkaian TE
tidak terlibat). Secara umum glikolisis adalah reaksi eksergonik dan sebagian dari
energi yang dihasilkan digunakan untuk membuat 2 ATP (neto) melalui fosforilasi
substrate-level.(glikolisis menghasilkan 2 ATP tanpa atau dengan oksigen - anaerobik
atau aerobik).
Fermentasi merupakan ekspansi glikolisis yang secara terus-menerus
menghasilkan ATP melalui fosforilasi substrate-level. Agar hal ini terus berlangsung,
+
maka harus terdapat suplai NAD yang mencukupi sebagai penerima elektron selama
proses oksidasi dalam glikolisis. Tanpa adanya mekanisme yang mampu mendaur
+ +
ulang NAD dari NADH, glikolisis akan menghabislakan sumber NAD karena
diubah menjadi NADH dan akhirnya glikolisis akan berakhir. Pada kondisi aerobik,
+
NAD didaurulang dari NADH oleh transfer elektron menuju rangkaian TE. Alternatif
pada kondisi anerobik adalah dengan mentransfer elektron dari NADH menuju piruvat
(produk akhir dari glikolisis).

Types of Fermentation
Fermentasi terdiri atas glikolisis ditambah dengan reaksi yang menghasilkan
+
NAD dengan cara mentransfer elektron dari NADH menuju piruvat atau derivat
+
piruvat. NAD kemudian dapat digunakan lagi untuk mengoksidasi gula melalui
glikolisis. Terdapat bermacam-macam fermentasi tergantung kepada produk akhir
yang dibentuk dari piruvat. Dua tipe umum fermentasi adalah fermentasi alkohol dan
fermentasi asam laktat.
Didalam fermentasi alkohol piruvat diubah menjadi ethanol (ethyl alcohol)
dalam dua langkah. Langkah pertama adalah pelepasan CO2 dari piruvat yang
2
kemudian dirubah menjadi acetaldehyde (memiliki dua karbon). Langkah kedua,
acetaldehyde direduksi oleh NADH menjadi ethanol. Reaksi ini juga meregenerasi
+
suplai NAD yang dibutuhkan untuk kelangsungan glikolisis. Banyak bakteria yang
melakukan fermentasi alkohol pada kondisi anaerobik. Yeast (fungi) juga mampu
melakukan fermentasi alkohol, untuk fermentasi bir, wine and pembuatan roti.
Gelembung CO2 yang dihasilkan oleh yeast selama fermentasi alkohol mampu
mengembangkan adonan roti.
Selama fermentasi asam laktat piruvat direduksi secara langsung oleh
NADH untuk membentuk laktat sebagai produk akhir tanpa adanya pelepasan CO2
(laktat merupakan bentuk ion dari asam laktat). Fermentasi asam laktat oleh bakteri
dan fungi digunakan dalam industri pembuatan yogurt dan keju.
Sel-sel otot manusia membuat ATP melalui fermentasi asam laktat jika oksigen
langka. Hal ini dapat terjadi selama periode awal dari latihan yang melelahkan dan
terjadi ketika katabolisme gula yang menghasilkan ATP melebihi suplai oksigen pada
otot. Pada kondisi ini sel-sel berubah dari respirasi aerobik menjadi fermentasi. Laktat
yang terakumilasi dalam sel otot semula diduga menjadi penyebab kelelahan dan rasa
sakit pada otot, tetapi riset terbaru mengindikasikan bahwa meningkatnya ion
+
potasium (K ) pada otot diduga kuat menjadi penyebabnya sedangkan laktat berperan
dalam meningkatkan performance dari otot. Laktat yang berlebihan ini akan terbawa
oleh aliran darah menuju ke organ liver yang kemudian akan dirubah kembali menjadi
piruvat oleh sel-sel liver.

3
 BAB 3

FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI PERTUMBUHAN MIKRORGANISME

1. Faktor-faktor Fisik

a. Pengaruh temperatur
Temperatur merupakan salah satu faktor yang penting di dalam kehidupan. Beberapa jenis
mikroba dapat hidup di daerah temperatur yang luas sedang jenis lainnya pada daerah yang
terbatas. Pada umumnya batas daerah tempetur bagi kehidupan mikroba terletak di antara 0 oC
dan 90oC, sehingga untuk masin -masing mikroba dikenal nilai temperatur minimum, optimum
dan maksimum. Temperatur minimum suatu jenis mikroba ialah nilai paling rendah dimana
kegiatan mikroba asih berlangsun. Temperatur optimum adalah nilai yang paling sesuai /baik
untuk kehidupan mikroba. Temperatur maksimum adalah nilai tertinggi yang masih dapat
digunakan untuk aktivitas mikroba tetapi pada tingkatan kegiatan fisiologi yang paling
minimal.
Daya tahan mikroba terhadap temperatur tidak sama untuk tiap-tiap spesies. Ada spesies
yng mati setelah mengalami pemanasan beberapa menit didalam medium pada temperature
60oC; sebaliknya bakteri yang membentuk spora seperti genus Bacillus dan genus Clostridium
tetap hidup setelah dipanasi dengan uap 100oC atau lebih selama 30 menit. Oleh karena itu,
proses sterilisasi untuk membunuh setiap spesies bakteri yakni dengan pemanasan selama 15-
20 menit dengan tekanan 1 atm dan temperatur 121oC di dalam otoklaf.
Mengenai pH medium kenapa berpengaruh terhadap daya tahan mikroba terhadap pemanasan
bahwa sedikit perubahan pH menuju asam atau basa sangat berpengaruh terhadap pemanasan.
Sehubungan dengan hal ini, maka buah-buahan yang masam lebih mudah disterilkan dari pada
sayur mayur atau daging.
Golongan bakteri yang dapat hidup pada batas-batas temperature yang sempit, misalnya
Gonococcus yang hanya dapat hidup pada kisaran 30-40oC. golongan mikroba yang memiliki
batas temperatur minimum dan maksimum tidak telalu besar, disebut stenotermik. Tetapi
4
Escherichia coli tumbuh pada kisaran temperatur 8-46oC, sehingga beda (rentang) antara
temperatur minimum besar, inilah yang disebut golongan euritermik. Bila mikroba dipiara
dibawah temperatur minimum atau sedikit diatas temperatur maksimum tidak segera mati,
melainkan dalam keadaan dormansi (tidur).

Berdasarkan daerah aktivitas temperatur, mikroba di bagi menjadi 3 golongan, yaitu:

a. Mikroba psirkofilik (kryofilik) adalah golongan mikroba yang dapat tumbuh pada
daerah temperatur antara 0oC sampai 300C, dengan temperatur optimum 15 0C.
kebanyakan golongan ini tumbuh d tempat-tempat dingin, baik di daratan maupun di
lauatan.
b. Mikroba mesofilik adalah golongan mikroba yang mempunyai temperatur optimum
pertumbuhan antara 250C-370C minimum 150C dan maksimum di sekitar 55 C.
umumnya hidup di dalam alat pencernaan, kadang-kadang ada juga yang dapat hidup
dengan baik pada temperatur 400C atau lebih.
c. Mikroba termofilik adalah golongan mikroba yang dapat tumbuh pada daerah
temperature tinngi, optimum 550C-600C, minmum 400C, sedangkan maksimum 750C.
golongan ini terutama terdapat di dalam sumber-sumber air panas dan tempat-tempat
lain yang bertemperatur lebih tinggi dari 550C.
Grafik pertumbuhan mikroba pada berbagai kisaran suhu pertumbuhan
Temperatur tinggi melebihi temperatur maksimum akan menyebabkan denaturasi protein dan
enzim. Hal ini akan menyebabkan terhentinya metabolisme. Dengan nilai temperatur yang
melebihi maksimum, mikroba akan mengalami kematian. Titik kematian termal suatu jenis
mikroba (Thermal Death Point) adalah nilai temperatur serendah-rendahnya yang dapat
mematikan jenis mikroba yang berada dalam medium standar selama 10 menit dalam kondisi
tertentu. Laju kematian termal (thermal Deat Rate) adalah kecepatan kematian mikroba akibat
pemberian temperatur. Hal ini karena tidak semua spesies mati bersama-sama pada suatu
temperatur tertentu. Biasanya, spesies yang satu lebih tahan dari pada yang lain terhadap suatu
pemanasan, oleh karena itu masing-masing spesies itu ada angka kematian pada suatu
temperatur. Waktu kematian temal (Thermal Death Time) merupakan waktu yang diperlukan
untuk membunuh suatu jenis mikroba pada suatu temperatur yang tetap.
Faktor-faktor yang mempengaruhi titik kematian termal antara lain ialah waktu,
temperatur, kelembaban, bentuk dan jenis spora, umur mikrroba, pH dan komposisi medium.

5
Contoh waktu kematian thermal (TDT/ thermal death time) untuk beberapa jenis bakteri adalah
sebagai berikut :

Nama mikroba Waktu Suhu (0C)

(menit)
Escherichia coli 20-30 57
Staphylococcus aureus 19 60
Spora Bacilus subtilis 20-50 100
Spora Clostridium botulinum 100-330 100

b. Kelembaban dan Pangaruh Kebasahan serta Kekeringan

Mikroba mempunyai nilai kelembaban optimum. Pada umumnya untuk pertumbuhan ragi
dan bakteri diperlukan kelembaban yang tinggi di atas 85%, sedangkan untuk jamur di
perlukan kelembaban yang rendah dibawah 80%. Banyak mikroba yang tahan hidup di dalam
keadaan kering untuk waktu yang lama, seperti dalam bentuk spora, konidia, artospora,
klamidospora dan kista.
Setiap mikroba memerlukan kandungan air bebas tertentu untuk hidupnya, biasanya diukur
dengan parameter aw (water activity) atau kelembaban relatif. Mikroba umumnya dapat tumbuh
pada aw 0,998-0,6. bakteri umumnya memerlukan a w 0,90- 0,999. Mikroba yang osmotoleran
dapat hidup pada aw terendah (0,6) misalnya khamir Saccharomyces rouxii. Aspergillus glaucus
dan jamur benang lain dapat tumbuh pada aw 0,8. Bakteri umumnya memerlukan aw atau
kelembaban tinggi lebih dari 0,98, tetapi bakteri halofil hanya memerlukan a w 0,75. Mikroba
yang tahan kekeringan adalah yang dapat membentuk spora, konidia atau dapat membentuk
kista. Tabel berikut ini memuat daftar aw yang diperlukan oleh beberapa jenis bakteri dan
jamur :

Nilai aw Bakteri Jamur

1,00 Caulobacter -
Spirillum
0,90 Lactobacilus Fusarium
Bacillus Mucor
0,85 Staphylococcus Debaromyces
0,80 - Penicillium
0,75 Halobacterium Aspergillus
0,60 - Xeromyces
6
 Bakteri sebenarnya mahluk yang suka akan keadaan basah, bahkan dapat hidup di dalam
air. Hanya di dalam air yang tertutup mereka tak dapat hidup subur; hal ini di sebabkan karena
kurangnya udara bagi mereka. Tanah yang cukup basah baiklah bagi kehidupan bakteri.
Banyak bakteri menemui ajalnya, jika kena udara kering. Meningococcus, yaitu bakteri yang
menyebabkan meningitis, itu mati dalam waktu kurang daripada satu jam, jika digesekkan di
atas kaca obyek. Sebaliknya,spora-spora bakteri dapat bertahan beberapa tahun dalam keadaan
kering.
Pada proses pengeringan, air akan menguap dari protoplasma. Sehingga kegiatan
metabolisme berhenti. Pengeringan dapat juga merusak protoplasma dan mematikan sel. Tetapi
ada mikrobia yang dapat tahan dalam keadaan kering, misalnya mikrobia yang membentuk
spora dan dalam bentuk kista. Adapun syarat-syarat yang menentukan matinya bakteri karena
kekeringan itu ialah:
a. Bakteri yang ada dalam medium susu, gula, daging kering dapat bertahan lebih lama
daripada di dalam gesekan pada kaca obyek. Demikian pula efek kekeringan kurang
terasa, apabila bakteri berada di dalam sputum ataupun di dalam agar-agar yang kering.
b. Pengeringan di dalam terang itu pengaruhnya lebih buruk daripada pengeringan di
dalam gelap.
c. Pengeringan pada suhu tubuh (37C) atau suhu kamar (+ 26 C) lebih buruk daripada
pengeringan pada suhu titik-beku.
d. Pengeringan di dalam udara efeknya lebih buruk daripada pengeringan di dalam vakum
ataupun di dalam tempat yang berisi nitrogen. Oksidasi agaknya merupakan faktor-
maut.

c. Pengaruh perubahan nilai osmotik

Tekanan osmose sebenarnya sangat erat hubungannya dengan kandungan air. Apabila
mikroba diletakkan pada larutan hipertonis, maka selnya akan mengalami plasmolisis, yaitu
terkelupasnya membran sitoplasma dari dinding sel akibat mengkerutnya sitoplasma. Apabila
diletakkan pada larutan hipotonis, maka sel mikroba akan mengalami plasmoptisa, yaitu
pecahnya sel karena cairan masuk ke dalam sel, sel membengkak dan akhirnya pecah.
Berdasarkan tekanan osmose yang diperlukan, dapat dikelompokkan menjadi :
a. mikroba osmofil, adalah mikroba yang dapat tumbuh pada kadar gula tinggi,

7
 b. mikroba halofil, adalah mikroba yang dapat tumbuh pada kadar garam halogen yang
tinggi,
c. mikroba halodurik, adalah kelompok mikroba yang dapat tahan (tidak mati) tetapi
tidak dapat tumbuh pada kadar garam tinggi, kadar garamnya dapat mencapai 30 %.
Contoh mikroba osmofil adalah beberapa jenis khamir. Khamir osmofil mampu tumbuh pada
larutan gula dengan konsentrasi lebih dari 65 % wt/wt (aw = 0,94). Contoh mikroba halofil
adalah bakteri yang termasuk Archaebacterium, misalnya Halobacterium. Bakteri yang tahan
pada kadar garam tinggi, umumnya mempunyai kandungan KCl yang tinggi dalam selnya.
Selain itu bakteri ini memerlukan konsentrasi Kalium yang tinggi untuk stabilitas ribosomnya.
Bakteri halofil ada yang mempunyai membran purple bilayer, dinding selnya terdiri dari
murein, sehingga tahan terhadap ion Natrium.

d. Kadar ion hidrogen (pH)

Mikroba umumnya menyukai pH netral (pH 7). Beberapa bakteri dapat hidup pada pH
tinggi (medium alkalin). Contohnya adalah bakteri nitrat, rhizobia, actinomycetes, dan bakteri
pengguna urea. Hanya beberapa bakteri yang bersifat toleran terhadap kemasaman, misalnya
Lactobacilli, Acetobacter, dan Sarcina ventriculi. Bakteri yang bersifat asidofil misalnya
Thiobacillus. Jamur umumnya dapat hidup pada kisaran pH rendah. Apabila mikroba ditanam
pada media dengan pH 5 maka pertumbuhan didominasi oleh jamur, tetapi apabila pH media 8
maka pertumbuhan didominasi oleh bakteri. Berdasarkan pH-nya mikroba dapat
dikelompokkan menjadi 3 yaitu (a) mikroba asidofil, adalah kelompok mikroba yang dapat
hidup pada pH 2,0-5,0, (b) mikroba mesofil (neutrofil), adalah kelompok mikroba yang dapat
hidup pada pH 5,5-8,0, dan (c) mikroba alkalifil, adalah kelompok mikroba yang dapat hidup
pada pH 8,4-9,5. Contoh pH minimum, optimum, dan maksimum untuk beberapa jenis bakteri
adalah sebagai berikut :

Nama mikroba pH
minimum optimum maksimum
Escherichia coli 4,4 6,0-7,0 9,0
Proteus vulgaris 4,4 6,0-7,0 8,4
8
 Enterobacter aerogenes 4,4 6,0-7,0 9,0
Pseudomonas aeruginosa 5,6 6,6-7,0 8,0
Clostridium sporogenes 5,0-5,8 6,0-7,6 8,5-9,0
Nitrosomonas spp 7,0-7,6 8,0-8,8 9,4
Nitrobacter spp 6,6 7,6-8,6 10,0
Thiobacillus Thiooxidans 1,0 2,0-2,8 4,0-6,0
Lactobacillus acidophilus 4,0-4,6 5,8-6,6 6,8

Untuk menumbuhkan mikroba pada media memerlukan pH yang konstan, terutama pada
mikroba yang dapat menghasilkan asam. Misalnya Enterobacteriaceae dan beberapa
Pseudomonadaceae. Oleh karenanya ke dalam medium diberi tambahan buffer untuk menjaga
agar pH nya konstan. Buffer merupakan campuran garam mono dan dibasik, maupun senyawa-
senyawa organik amfoter. Sebagai contoh adalah buffer fosfat anorganik dapat
mempertahankan pH diatas 7,2. Cara kerja buffe adalah garam dibasik akan mengadsorbsi ion
H+ dan garam monobasik akan bereaksi dengan ion OH-.

g. Pengaruh Sinar
Kebanyakan bakteri tidak dapat mengadakan fotosintesis, bahkan setiap radiasi dapat
berbahaya bagi kehidupannya. Sinar yang nampak oleh mata kita, yaitu yang bergelombang
antara 390 m sampai 760 m , tidak begitu berbahaya; yang berbahaya ialah sinar yang lebih
pendek gelombangnya, yaitu yang bergelombang antara 240 m sampai 300 m . Lampu air
rasa banyak memancarkan sinar bergelombang pendek ini. Lebih dekat, pengaruhnya lebih
buruk. Dengan penyinaran pada jarak dekat sekali, bakteri bahkan dapat mati seketika, sedang
pada jarak yang agak jauh mungkin sekali hanya pembiakannya sajalah yang terganggu. Spora-
spora dan virus lebih dapat bertahan terhadap sinar ultra-ungu. Sinar ultra-ungu biasa dipakai
untuk mensterilkan udara, air, plasma darah dan bermacam-macam bahan lainya. Suatu
kesulitan ialah bahwa bakteri atau virus itu mudah sekali ketutupan benda-benda kecil,
sehingga dapat terhindar dari pengaruh penyinaran. Alangkah baiknya, jika kertas-kertas
pembungkus makanan, ruang-ruang penyimpan daging, ruang-ruang pertemuan, gedung-
gedung bioskop dan sebagainya pada waktu-waktu tertentu dibersihkan dengan penyinaran
ultra-ungu.
1. Faktor-faktor Kimia
9
 1. Mengubah permeabilitas membran sitoplasma sehingga lalu lintasb zat-zat yang keluar
masuk sel mikroorganisme menjadi kacau.
2. Oksidasi,beberapa oksidator kuat dapat mengoksidasi unsur sel tertentu sehingga fungsi
unsur terganggu. Misal, mengoksidasi suatu enzim.
3. Terjadinya ikatan kimia, ion-ion logam tertentu dapat megikatkan diri pada beberapa
enzim. Sehigga fungsi enzim terganngu.
4. Memblokir beberapa reaksi kimia,misal preparat zulfat memblokir sintesa folic acid di
dalam sel mikroorganisme.
5. Hidrolisa, asam atau basa kuat dapat menghidrolisakan struktur sel hingga hancur.
6. Mengubah sifat koloidal protoplasma sehingga menggumpal dan selnya mati.
Faktor zat kimia yang mempengaruhi prtumbuhan:
a. Fenol Dan Senyawa-Senyawa Lain Yang Sejenis
b. Formaldehida (CH2O)
c. Alkohol
d. Yodium
e. Klor Dan Senyawa Klor
f. Zat Warna
g. Obat Pencuci (Detergen)
h. Sulfonamida
i. Antibiotik
j. Garam Garam Logam

3. Faktor-faktor Biologi
a. Netralisme
Netralisme adalah hubungan antara dua populasi yang tidak saling mempengaruhi. Hal
ini dapat terjadi pada kepadatan populasi yang sangat rendah atau secara fisik dipisahkan dalam
mikrohabitat, serta populasi yang keluar dari habitat alamiahnya. Sebagai contoh interaksi
antara mikroba allocthonous (nonindigenous) dengan mikroba autochthonous (indigenous),
dan antar mikroba nonindigenous di atmosfer yang kepadatan populasinya sangat rendah.

b. Komensalisme

10
 Hubungan komensalisme antara dua populasi terjadi apabila satu populasi diuntungkan
tetapi populasi lain tidak terpengaruh. Contohnya adalah:
1) Bakteri Flavobacterium brevis dapat menghasilkan ekskresi sistein. Sistein dapat
digunakan oleh Legionella pneumophila.
2) Desulfovibrio mensuplai asetat dan H2 untuk respirasi anaerobic Methanobacterium.

c. Sinergisme
Suatu bentuk asosiasi yang menyebabkan terjadinya suatu kemampuan untuk dapat
melakukan perubahan kimia tertentu di dalam substrat. Apabila asosiasi melibatkan 2 populasi
atau lebih dalam keperluan nutrisi bersama, maka disebut sintropisme. Sintropisme sangat
penting dalam peruraian bahan organik tanah, atau proses pembersihan air secara alami.

d. Mutualisme (Simbiosis)
Mutualisme adalah asosiasi antara dua populasi mikroba yang keduanya saling
tergantung dan sama-sama mendapat keuntungan. Mutualisme sering disebut juga simbiosis.
Simbiosis bersifat sangat spesifik (khusus) dan salah satu populasi anggota simbiosis tidak
dapat digantikan tempatnya oleh spesies lain yang mirip. Contohnya adalah Bakteri Rhizobium
sp. yang hidup pada bintil akar tanaman kacang-kacangan. Contoh lain adalah Lichenes
(Lichens), yang merupakan simbiosis antara algae sianobakteria dengan fungi. Algae
(phycobiont) sebagai produser yang dapat menggunakan energi cahaya untuk menghasilkan
senyawa organik. Senyawa organik dapat digunakan oleh fungi (mycobiont), dan fungi
memberikan bentuk perlindungan (selubung) dan transport nutrien / mineral serta membentuk
faktor tumbuh untuk algae.Lichenes

e. Kompetisi
Hubungan negatif antara 2 populasi mikroba yang keduanya mengalami kerugian.
Peristiwa ini ditandai dengan menurunnya sel hidup dan pertumbuhannya. Kompetisi terjadi
pada 2 populasi mikroba yang menggunakan nutrien / makanan yang sama, atau dalam keadaan
11
nutrien terbatas. Contohnya adalah antara protozoa Paramaecium caudatum dengan
Paramaecium aurelia.

f. Amensalisme (Antagonisme)
Satu bentuk asosiasi antar spesies mikroba yang menyebabkan salah satu pihak
dirugikan, pihak lain diuntungkan atau tidak terpengaruh apapun. Umumnya merupakan cara
untuk melindungi diri terhadap populasi mikroba lain. Misalnya dengan menghasilkan senyawa
asam, toksin, atau antibiotika. Contohnya adalah bakteri Acetobacter yang mengubah etanol
menjadi asam asetat. Thiobacillus thiooxidans menghasilkan asam sulfat. Asam-asam tersebut
dapat menghambat pertumbuhan bakteri lain. Bakteri amonifikasi menghasilkan ammonium
yang dapat menghambat populasi Nitrobacter.

g. Parasitisme
Parasitisme terjadi antara dua populasi, populasi satu diuntungkan (parasit) dan
populasi lain dirugikan (host / inang). Umumnya parasitisme terjadi karena keperluan nutrisi
dan bersifat spesifik. Ukuran parasit biasanya lebih kecil dari inangnya. Terjadinya parasitisme
memerlukan kontak secara fisik maupun metabolik serta waktu kontak yang relatif lama.
Contohnya adalah bakteri Bdellovibrio yang memparasit bakteri E. coli. Jamur Trichoderma sp.
memparasit jamur Agaricus sp.

h. Predasi
Hubungan predasi terjadi apabila satu organisme predator memangsa atau memakan
dan mencerna organisme lain (prey). Umumnya predator berukuran lebih besar dibandingkan
prey, dan peristiwanya berlangsung cepat. Contohnya adalah Protozoa (predator) dengan
bakteri (prey). Protozoa Didinium nasutum (predator) dengan Paramaecium caudatum (prey),
dapat dilihat di gambar sebagai berikut.

BAB 4

PEMANFAATAN MIKROORGANISME DALAM KEHIDUPAN SEHARI-HARI

12
A. Pemanfaatan mikroorganisme

Mikroorganisme merupakan salah satu makhluk hidup yang tidak dapat di lihat oleh
mata atau jasad renik yang sangat kecil. Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki
kemampuan untuk melangsungkan aktivitas kehidupan antara lain dapat mengalami
pertumbuhan, menghasilkan energi dan bereproduksi dengan sendirinya. Mikroorganisme
memiliki fleksibilitas metabolisme yang tinggi karena mikroorganisme ini harus mempunyai
kemampuan menyesuaikan diri yang besar sehingga apabila ada interaksi yang tinggi
dengan lingkungan menyebabkan terjadinya konversi zat yang tinggi pula. Mikroorganisme
bisa memberikan kontribusi dalam Penemuan antibiotik yang telah menghantarkan pada
terapi obat dan industri obat ke era baru. Karena adanya penemuan penisilin dan produk-
produk lain sekresi fungi, aktinomiset, dan bakteri lain, maka kini telah tersedia obat-obat
yang manjur untuk memerangi penyakit infeksi bakteri. (Anonymous-a ,2008).

Antibiotik digunakan dalam berbagai bentuk-masing-masing menetapkan persyaratan

manufaktur agak berbeda. Untuk infeksi bakteri di permukaan kulit, mata, atau telinga,
antibiotik dapat diterapkan sebagai salep atau krim. Jika infeksi internal, antibiotik dapat
ditelan ataudisuntikkan langsung ke dalam tubuh. Dalam kasus ini, antibiotik dikirim
seluruh tubuh dengan penyerapan ke dalam aliran darah . Telah dilakukan oleh manusia
sejak zaman dahulu. Bahkan sebelum mikroskop ditemukan yaitu saat keberadaan
mikroorganisme belum diketahui. Delapan ribu tahun yang lalu, bangsa Babylonia tanpa
sadar telah memfermentasikan grain untuk membuat bir. Beribu tahun yang lalu suku kuno
Aztek di Meksiko memakan Spirullina. Pada perang dunia ke-1, bangsa Inggris
menggunakan Clostridium acetobutylicum untuk membuat aseton yang digunakan dalam
bahan peledak. Saat ini seiring dengan perkembangan pengetahuan dan teknologi,
mikroorganisme makin banyak dimanfaatkan oleh manusia. Mikroorganisme umumnya
dianggap mencakup seluruh prokariota, alga renik, dan protista. Terutama yang mempunyai
ukuran kecil serta tidak membentuk hifa, bisa juga diaggap sebagai bagiannya, walaupun
banyak lagi yang tidak sepakat. Kebanyakan orang beranggapan bahwa yang bisa dianggap
mikroorganisme ialah seluruh organisme sangat kecil yang bisa dibiakan dalam cawan petri
atau inkubator di dalam labolatorium serta bisa mempebanyak diri secara mitosis.

13
 Mikroorganisme memiliki perbedaan dengan sel mikroorganisme . Sel
Mikroorganisme tidak dapat hidup bebas di alam melainkan menjadi bagian struktur
multiseluler yang membentuk jaringan, sistem organ dan organ. Sementara itu besar
mikroorganisme bisa menjalankan proses kehidupan dengan mandiri, bisa menghasilkan
energi sendiri, serta dapat berreproduksi secara independen tanpa ada bantuan sel lain.

1. Produk pangan

Produk pangan hasil pemanfaatan mikroorganisme banyak dikenal di berbagai

belahan dunia. Di Eropa, Penicillium roqueforti, P. camemberti dan Brevibacterium
linens dimanfaatkan untuk menfermentasi susu menjadi keju. Saccharomyces
cereviseae dimanfaatkan untuk fermentasi roti. Di Jepang, Aspergillus oryzae atau A.
sojae dimanfaatkan untuk fermentasi kedelai menjadi shoyu (soy sauce). Di Thailand,
Lactobacillus plantarum, L. farciminis dan ''Lactococcus lactic'' digunakan untuk
fermentasi ikan menjadi nam pla (fish sauce). Di Indonesia, produk pangan yang
memanfaatkan mikroorganisme dalam pembuatannya diantaranya adalah tape, tempe
dan sawi asin. Bahan baku berupa beras ketan atau singkong difermentasi menggunakan
mikroorganisme Saccharomyces cereviceae, ''Amylomyces rouxii'' dan ''Candida
pelliculosa'' untuk menghasilkan tape ketan atau tape singkong. Tempe dibuat
menggunakan bahan baku kacang kedelai yang difermentasi oleh Rhizopus oligosporus
dan Rhizopus oryzae. Sawi menjadi sawi asin difermentasi oleh ''Lactobacillus
farciminis'', L. fermentum, L. namurensis, L. plantarum, L. helveticus, L. brevis, L.
versmoldensis, L. casei, L. rhamnosus, L. fabifermentans dan L. satsumensis.

2. Kesehatan

Dalam bidang kesehatan, produk dari mikroorganisme yang paling banyak digunakan
adalah antibiotik. Antibiotik merupakan hasil metabolit sekunder mikroorganisme. Contoh
jenis antibiotik adalah antibiotik penisilin dari Penicillium notatum. Selain itu ada juga
antibiotik sefalosporin yang dihasilkan oleh ''Acremonium chrysogenum''. Walaupun pada
saat ini telah ditemukan berbagai jenis antibiotik, penemuan antibiotik jenis baru masih terus
dilakukan. Hal tersebut dilakukan karena adanya resistensi terhadap antibiotik.

14
3. Industri

Produk mikroorganisme telah banyak dimanfaatkan dalam industri contohnya yaitu

pigmen dan Vitamin B12. Pigmen merupakan hasil metabolit sekunder dari
mikroorganisme. Pigmen merupakan zat warna yang aman untuk digunakan pada bahan
pangan. Sebagai contoh yaitu pigmen merah yang dihasilkan oleh Monascus purpureus
dan ''Monascus ruber'' yang ditumbuhkan pada beras untuk menghasilkan angkak (obat
tradisional cina). Vitamin B12 dibutuhkan oleh manusia untuk fungsi sistem syaraf dan
pembentukan darah. Vitamin B12 tidak dapat dihasilkan oleh hewan maupun tumbuhan,
namun dapat dihasilkan oleh mikroorganisme. Vitamin B12 dapat dihasilkan oleh
beberapa mikroorganisme diantaranya Streptomyces filementosus, S. ruber, S. niveus, S.
lusitanus, S. aureofaciens, S. gougeroti, S. albus, S. eurocidicus, S. nitrosporeus, S.
erythreus, S. gougeroti, S. rochei, S. candidus, S. fulvissimus dan S. olivaceus.

4. Bioremediasi

Bioremediasimerupakan pengembangan dari bioteknologi lingkungan dengan

memanfaatkan proses biologi dalam mengendalikan pencemaran. Sebagai contoh,
mikroorganisme dapat digunakan untuk membersihkan polutan berupa deterjen.
Deterjen merupakan produk industri yang banyak digunakan dalam kehidupan sehari-
hari. Di pasaran, deterjen yang beredar mengandung bahan aktif Linear Alkilbenzene
Sulfonate (LAS). LAS termasuk deterjen golongan sulfonat (SO3-) yang memiliki
rantai alkil lurus panjang. LAS dapat terakumulasi di dalam air. Keberadaan senyawa
tersebut dalam konsentrasi tinggi dapat merusak ekosistem, yaitu mengganggu
pertumbuhan mikroba tanah dan menghambat pertukaran oksigen di dalam air. LAS
dapat didegradasi menjadi senyawa yang lebih sederhana yang tidak berbahaya bagi
lingkungan perairan dilakukan oleh konsorsium mikroorganisme Alcaligenes,
Aquaspirillum dan Oceanospirillum. Bioremediasi menggunakan mikroorganisme juga
dapat diterapkan pada tanah yang tercemar limbah minyak bumi yaitu hidrokarbon.
Tanah yang tercemar limbah hidrokarbon berbahaya bagi lingkungan karena senyawa
hidrokarbon bersifat toksik dan karsinogenik. Mikroorganisme yang umum digunakan
dalam adalah bakteri hidrokarbonoklastik yang memiliki kemampuan mendegradasi
senyawa hidrokarbon yang terdapat dalam limbah. Contoh bakteri pendegradasi yang
15
 dapat digunakan yaitu Acinetobacter baumannii, Alcaligenes eutrophus, Methylococcus
capsulatus, Pseudomonas diminuta, Xanthomonas albilineans, Bacillus cereus dan
Flavobacterium branchiophiia.

5. Biokontrol

Kecoa mati karena terinfeksi M. anisopliae

Biokontrol adalah pemberantasan hama dan penyakit tanaman dengan

menggunakan parasit atau musuh alami. Penggunaan mikroorganisme sebagai
biokontrol dapat dicontohkan pada rumput teki (Cyperus rotundus) yang mengganggu
tanaman padi gogorancah. Jamur karat Puccinia sp. dapat digunakan sebagai musuh
alami rumput teki. Jamur karat tersebut akan menyebabkan klorosis sehingga lama-
kelamaan rumput teki akan mati. Kecoa (Blatella germanica) yang mudah di temukan
di lingkungan tempat tinggal dan aktivitas manusia dapat menyebabkan gangguan
berupa bau tidak sedap dan kerusakan pada kertas. Kecoa juga menjadi vektor bagi
penyakit yang disebabkan oleh bakteri, fungi dan cacing. Kecoa tersebut dapat diatasi
menggunakan musuh alaminya yaitu Metarizhium anisopliae. Metharizhium anisopliae
akan menginfeksi tubuh kecoa. Akibatnya kecoa akan mati dan mengeras seperti mumi.

BAB 5

PERTUMBUHAN DAN PERKEMBANAN MIKROBA

16
 A. \ PERHITUNGAN MIKROBA

Jumlah mikroba suatu bahan dapat ditentukan dengan bermacam-macam cara,

tergantung pada bahan dan jenis mikroba yang ditentukan. Dalam analisa mikrobiologi,
menghitung jasad renik mikroorganisme suatu sediaan, harus diperhitungkan sifat-sifat dari
bahan yang akan diperiksa, terutama: kelarutan, kemungkinan adanya zat anti mikroba, dan
derajat kontaminasi yang dperkirakan.
Penyebaran mikroorganisme yang tumbuh pada bahan hasil pertanian pada hasil
olahnya pada umumya terdiri dari bakteri, jamur/kapang, virus dan disamping itu terdapat juga
binatang satu sel. Pertumbuhan dan perkembangan mikroorganisme dalam bahan (makanan),
akan menyebabkan perubahan-perubahan tertentu yaitu : perubahan yang bersifat fisik dan dan
kimiawi, sebagai contoh yaitu: konsistensi bahan menjadi lunak, timbul gas atau aroma tertentu
dan zat racun yang membahayakan. Jumlah penyebaran bakteri/mikroorganisme pada bahan
(makanan) yang sedang mengalami pembusukan sangat bervariasi jumlahnya dan tidak sama
jenis (species)-nya serta tergantung pada: varietas, habitat, susunan kimia, cara penanganan,
suhu penyimpanan, dan lain-lain.
Pertumbuhan mikroorganisme yang membentuk koloni dapat dianggap bahwa setiap
koloni yang tumbuh berasal dari satu sel, maka dengan menghitung jumlah koloni dapat
diketahui penyebaran bakteri yang ada pada bahan. Jumlah mikroba pada suatu bahan dapat
dihitung dengan berbagai macam cara, tergantung pada bahan dan jenis mikrobanya.
Ada 2 macam cara perhitungan jumlah mikroba/bakteri, yaitu perhitungan secara langsung
(direct method) dan tidak langsung (indirect method).

a. Perhitungan jumlah mikroba secara langsung

Cara ini dipakai untuk menentukan jumlah mikroba dihitung secara keseluruhan, baik yang
mati atau yang hidup. Berbagai cara perhitungan mikroba secara langsung menggunakan:
a) Menggunakan Kamar Hitung (Counting Chamber)
Perhitungan ini dapat menggunakan hemositometer. Peteroff Hauser Bacteria Counter
atau alat-alat lain yang sejenis. Dasar perhitungannya ialah dengan menempatkan satu tetes

17
suspense bahan atau biakanmikroba pada alat tersebut ditutup dengan gelas penutup kemudian
diamati dengan mikroskop yang perbesarannya tergantung pada besar kecilnya mikroba.
Dengan menentukan jumlah sel rata-rata tiap petak (ruangan) yang telah diketahui volumenya,
dari alat tersebut dapat ditentukan jumlah sel mikroba tiap cc.
Prinsip dari perhitungan Petroff-Hauser yaitu melakukan perhitungan dengan
pertolongan kotak-kotak skala, di mana dalam setiap ukuran skala seluas 1 mm 2 terdapat 25
buah kotak besar
dengan luas 0,04 mm2, dan setiap kotak besar terdiri dari 16 kotak kecil. Alat haemocytometer
digunakan di bawah mikroskop, sisinya mempunyai ukuran 0,05 mm. Sedangkan satu kotak
sedang berukuran nilai 0,2 mm. Dan tebal nya adalah 0,1 mm. Jumlah sel per mL sampel dapat
dihitung sebagai berikut:
1. Jumlah sel dalam 25 kotak besar = Jumlah sel per kotak besar 25 kotak
2. Jumlah sel per mm3 sampel = Jumlah sel dalam 25 kotak besar (1/0,02)
3. Jumlah sel per ml sampel = Jumlah sel per mm3 sampel 103
4. Jumlah sel per kotak besar 25 kotak (1/0.02)x 103
5. Jumlah sel per ml sampel = Jumlah sel per kotak besar 25 kotak 50 103
Misalnya : didapatkan jumlah mikroba yang mau dihitung 12 sel mikroba, maka jumlah sel per
ml sampel adalah: 12 1,25 106 = 1,5 107.

Hemasitometer adalah metode perhitungan secara mikroskopis. Ruang hitung terdiri

dari 9 kotak besar dengan luas 1 mm. Satu kotak besar di tengah, dibagi menjadi 25 kotak
sedang dengan panjang 0,05 mm. Satu kotak sedang dibagi lagi menjadi 16 kotak kecil.
Dengan demikian satu kotak besar tersebut berisi 400 kotak kecil. Tebal dari ruang hitung ini
adalah 0,1 mm. Sel bakteri yang tersuspensi akan memenuhi volume ruang hitung tersebut
sehingga jumlah bakteri per satuan volume dapat diketahui.
Kelebihan perhitungan sel dengan menggunakan hemasitometer adalah dapat
menghitung jumlah sel yang hidup maupun yang mati, tergantung dari pewarna yang
digunakan. Misalnya. Bila pewarna trypan blue dicampurkan kedalam larutan sel maka sel
yang hidup tidak akan berwarna dan sel yang mati akan berwarna biru. Kelebihan lainnya
adalah morfologi sel dapat diamati, dapat mengevaluasi homogenitas dan data mendeteksi.
b) Menggunakan Cara Pengecatan dan Pengamatan Mikroskopik

18
 Pada cara ini mula-mula dibuat preparat mikroskopik pada gelas benda, suspensi bahan
atau biakan mikroba yang telah diketahui volumenya diratakan diatas gelas benda pada suatu
luas tertentu. Setelah itu preparat dicat dan dihitung jumlah rata-rata sel mikroba tiap bidang
pemandangan mikroskopik. Luas bidang pemandangan mikroskopik dihitung dengan
mengukur garis tengahnya. Jadi jumlah mikroba yang terdapat pada gelas benda seluruhnya
dapat dihitung.Dengan perhitungan dapat diperoleh jumlah mikroba tiap cc bahan/cairan yang
diperiksa.
Cara yang hampir sama dan biasa dipakai untuk menghitung jumlah bakteri , ialah
dengan mencampurkan 1 cc biakan bakteri dengan 1 cc darah manusia. Setelah homogen
dibuat preparat mikroskopik. Dari perbandingan jumlah rata-rata jumlah sel bakteri dan jumlah
sel darah merah dalam tiap bidang pemandangan, jumlah bakteri tiap cc dapat dihitung ,sebab
darah manusia yang normal mengandung 5 juta sel darah merah tiap cc.Perbandingan darah
dengan bakteri yaitu 1:1.
c) Menggunakan filter membran
Mula-mula disaring sejumlah volume tertentu suatu suspensi bahan atau biakan
mikroba, kemudian disaring dengan filter membran yang telah disterilkan terlebih dahulu.
Dengan menghitung jumlah sel rata-rata tiap saat satuan luas pada filter membran, dapat
dihitung jumlah sel dari volume suspense yang disaring. Jika perhitungan secara biasa susah,
perlu dilakukan pengecatan pada filter membran, kemudian filter membran dijenuhi dengan
minyak imersi supaya tampak transparan.

Keuntungan metode ini ialah pelaksanaannya cepat dan tidak memerlukan banyak peralatan.
Kelemahannya sebagai berikut:
1) Sel-sel mikroba yang telah mati tidak dapat dibedakan dari sel yang hidup. Karena itu
keduanya terhitung. Dengan kata lain hasil yang diperoleh ialah jumlah total sel yang
ada di dalam populasi. Pada beberapa macam sel eukariotik, penambahan zat warna
tertentu (misalnya biru metilen sebanyak 0,1 %) pada sampel yang akan dihitung dapat
membedakan sel hidup dari sel mati. Pada sel khamir misalnya baik sel hidup maupun
sel mati akan menyerap biru metilen namun hanya sel hidup mampu mereduksi zat
warna tersebut secara enzimatik menjadi tidak berwarna; jadi sel-sel mati akan tampak
biru.

19
 2) Sel-sel yang berukuran kecil sukar dilihat di bawah mikroskop, seperti bakteri karena
ketebalan hemasitometer tidak memungkinkan digunakannya lensa obyektif celup
minyak, sehingga kalau tidak teliti tidak terhitung. Hal ini biasanya diatasi dengan cara
mewarnai sel sehingga menjadi lebih mudah dilihat.
3) Untuk mempertinggi ketelitian, jumlah sel di dalam suspensi harus cukup tinggi,
minimal untuk bakteri 106 sel/mL. Hal ini disebabkan dalam setiap bidang pandang
yang diamati harus terdapat sejumlah sel yang dapat dihitung
4) Tidak dapat digunakan untuk menghitung sel mikroba di dalam bahan yang banyak
mengandung debris atau ekstrak makanan, karena hal tersebut akan mengganggu dalam
perhitungan sel.
5) Kelemahan lain adalah sulitnya menghitung sel yang berukuran sangat kecil seperti
bakteri karena ketebalan hemasitometer tidak memungkinkan digunakannya lensa
obyektif celup minyak. Hal ini biasanya diatasi dengan cara mewarnai sel sehingga
menjadi lebih mudah dilihat. Kadang-kadang sel cenderung bergerombol sehingga
sukar membedakan sel-sel individu. Cara mengatasinya ialah mencerai-beraikan
gerombolan sel-sel tersebut dengan menambahkan bahan anti gumpal seperti dinatrium
etilen diamin tetraasetat dan Tween 80 sebanyak 0,1 %.

b. Perhitungan jumlah mikroba secara tidak langsung

Jumlah mikroba dihitung secara keseluruhan baik yang mati atau yang hidup atau hanya
untuk menentukan jumlah mikroba yang hidup saja, ini tergantung cara-cara yang digunakan.
Untuk menentukan jumlah miroba yang hidup dapat dilakukan setelah larutan bahan atau
biakan mikroba diencerkan dengan factor pengenceran tertentu dan ditumbuhkan dalam media
dengan cara-cara tertentu tergantung dari macam dan sifat-sifat mikrobanya.

Perhitungan jumlah mikroba secara tidak langsung ini dapat dilakukan dengan:
1. Menggunakan Centrifuge
Harus ditutup kapas supaya tidak terkontaminasi bakteri lain. Caranya adalah 10 cc
biakan cair mikroba dipusingkan dengan menggunakan centrifuge biasa dan digunakan untuk
dipertanggungjawabkan, maka kecepatan dan waktu centrifuge harus diperhatikan. Setelah
20
diketahui volume mikroba keseluruhannya , maka dapat dipakai untuk menentukan jumlah sel-
sel mikroba tiap cc, yaitu dengan membagi volume mikroba keseluruhan dengan volume rata-
rata tiap sampel. Dengan kecepatan 3500-6000 rpm dan dengan waktu 5-10 menit.
2. Berdasarkan kekeruhan (turbiditas/turbidimetri)
Turbidimetri merupakan metode yang cepat untuk menghitung jumlah bakteri dalam
suatu larutan menggunakan spektrofotometer. Bakteri menyerap cahaya sebanding dengan
volume total sel (ditentukan oleh ukuran dan jumlah). Ketika mikroba bertambah jumlahnya
atau semakin besar ukurannya dalam biakan cair, terjadi peningkatan kekeruhan dalam biakan.
Kekeruhan dapat disebut optical density (absorbsi cahaya, biasanya diukur pada panjang
gelombang 520 nm 700 nm). Untuk mikroba tertentu, kurva standar dapat memperlihatkan
jumlah organisme/ml (ditentukan dengan metode hitungan cawan) hingga pengukuran optical
density (ditentukan dengan spektrofotometer).
Dasar penentuan cara ini adalah jika seberkas sinar dilakukan pada suatu suspensi
bakteri, maka makin pekat (keruh) suspensi tersebut makin besar intensitas sinar yang
diabsorbsi, sehingga intensitas sinar yang diteruskan makin kecil. Untuk keperluan ini
digunakan alat-alat seperti fotoelektrik, turbidimeter, elektrofotometer,spektrofotometer,
nefelometer, dan alat-alat lainyang sejenis. Alat-alat tersebut menggunakan sinar
monokromatik dengan panjang gelombang tertentu.
Turbidimeter merupakan sifat optik akibat dispersi sinar dan dapat dinyatakan sebagai
perbandingan cahaya yang dipantulkan terhadap cahaya yang tiba. Intensitas cahaya yang
dipantulkan oleh suatu suspensi adalah fungsi konsentrasi jika kondisi-kondisi lainnya konstan.
Metode pengukuran turbiditas dapat dikelompokkan dalam tiga golongan , yaitu pengukuran
perbandingan intensitas cahaya yang dihamburkan terhadap intensitas cahaya yang datang;
pengukuran efek ekstingsi, yaitu kedalaman dimana cahaya mulai tidak tampak di dalam
lapisan medium yang keruh. instrumen pengukur perbandingan Tyndall disebut sebagai Tyndall
meter. Dalam instrumen ini intensitas diukur secara langsung. Sedang pada nefelometer,
intensitas cahaya diukur deagan den-an larutan standar. Turbidimeter meliputi pengukuran
cahaya yang diteruskan. Turbiditas berbanding lurus terhadap konsentrasi dan ketebalan, tetapi
turbiditas tergantung. juga pada warna. Untuk partikel yang lebih kecil, rasio Tyndall sebanding
dengan pangkat tiga dari ukuran partikel dan berbanding terbalik terhadap pangkat empat
panjang gelombangnya.

21
 Dengan mengetahui presentase sinar yang diabsorbsi (sinar yang dteruskan) dan
dibandingkan dengan standar mikroba yang telah diketahui jumlahnya tiap cc, maka dapat
diketahui jumlah mikroba tersebut tiap cc-nya. Alat yang paling sederhana untuk penentuan
cara tersebut dapat memakai komparator blok, tetapi penggunaan alat ini kesalahannya sangat
besar sebab pengamatannya hanya menggunakan mata biasa.

3. Menggunakan Perhitungan Elektronik (Elektronic Counter)

Alat ini dapat digunakan untuk menentukan beribu-ribu sel tiap detik secara tepat.
Prinsip kerja alat ini yaitu adanya gangguan-gangguan pada aliran ion-ion (listrik) yang
bergerak diantara dua electrode. Penyumbatan sementara oleh sel mikroba pada pori sekat yang
terdapat diantara kedua electrode itu menyebabkan terputusnya aliran listrik. Jumlah
pemutusan aliran tiap satuan waktu dihubungkan dengan kecepatan aliran cairan yang
mengandung mikroba merupakan ukuran jumlah mikroba dalam cairan tersebut.

4. Berdasarkan Analisa Kimia

Cara ini didasarkan atas hasil analisa kimia sel-sel mikroba. Makin banyak sel-sel
mikroba, makin besar hasil analisa kimianya secara kuantitatif.
Yang dipakai sebagai dasar penentuan umumnya kandungan protein, asam-asam nukleat (DNA
dan RNA) atau fosfor dari asam-asam nukleat.

5. Berdasarkan Berat Kering

Cara ini terutama digunakan untuk penentuan jumlah jamur benang misalnya dalam
industry mikrobiologi.Kenaikan berat kering suatu mikrobia berarti juga kenaikan sintesa dan
volume sel-sel yang dipakai untuk menentukan jumlah mikrobia.

6. Menggunakan Cara Pengenceran

Cara pengenceran ini dipakai untuk menentukan jumlah mikroba yang hidup saja Dasar
perhitungannya adalah dengan mengencerkan sejumlah volume tertentu suatu suspense bahan
atau biakan mikroba secara bertingkat, setelah diinokulasikan ke dalam medium dan
diinkubasikan, dilihat pertumbuhan mikrobanya. Misalnya suatu seri pengenceran dengan
kelipatan sepuluh pada pengenceran 1:10000 , tetapi pada pengenceran 1:100000 tidak ada

22
pertumbuhan, berarti secara teoritis jumlah mikroba pada suspense bahan atau biakan mikroba
antara 10000 dan 100000 tiap cc per ml sampel
7. Menggunakan Cara Most Probable Number (MPN)
Menggunakan media cair, contoh laktosa broth. Prinsip metode ini adalah
menggunakan media cair di dalam tabung reaksi dan menggunakan tabung durham (untuk
melihat gas). Perhitungan dilakukan berdasarkan jumlah tabung yang positif yaitu ditumbuhi
mikroba setelahdiinkubasi pada suhu dan waktu tertentu. Pengamatan tabung yang positif
dilihat dengan mengamati timbulnya kekeruhan atau terbentuk gas di dalam tabung durham
(tabung kecil dengan posisi terbalik). Metode MPN biasanya dilakukan untuk pengujian air
minum, dengan 3-5 seri tabung.

Prosedurnya dilakukan dengan beberapa tahap, yaitu:

a. Tahap 1: Uji pendahuluan (presumtif)
Dimasukkan sampel ke dalam 3 seri tabung yang telah berisi laktosa browth (media) dan 3 seri
tabung durham, dengan rincian: seri pertama berisi 10 ml, seri kedua berisi 1 ml, dan seri
ketiga berisi 0,1 ml. Diinkubasi pada suhu 35C-37C selama 24 jam. Dihitung jumlah tabung
yang positif yaitu terbentuknya gas dan kekeruhan pada tabung durham. Fermentasi laktosa
menjadi asam dan gas (1/10 sebagian tabung durham).
b. Tahap 2: Uji penegasan (konfirmasi untuk bakteri non fekal dan fekal)
Untuk bakteri non fekal (contoh:Enterobacter aeroginas), suspensi yang positif dari uji
presumtif ditanam pada media BGLBB(Briliant Green Lactosa Bile Broth), diinkubasi pada
suhu 36C selama 24 jam,sedangkan untuk bakteri fekal (contoh: E. Coli) diinkubasi padasuhu
44,5C selama 24 jam.
c. Tahap 3: Uji lengkap (Complete Test)
Yaitu dengan menggunakan media spesifik, misalnya dengan media endo agar (untuk
Enterobacter aeroginas) dan eosin metilen blue(untuk E.Coli).

Keuntungan:
1) Dapat dibuat sangat peka dengan penggunaan volume inokulum yang berbeda-beda
2) Bahan-bahan dapat dipersiapkan untuk tugas lapangan
23
 3) Media pertumbuhan selektif dapat digunakan untuk menghitung jenis mikroba yang
diinginkan diantara jenis-jenis lain yang ada di dalam bahan pangan/sampel tersebut
Kerugian:
1. Dibutuhkan banyak pengulangan untuk memperoleh hasil yang lebih teliti.
2. Untukanalisa air digunakanlaktosa broth,sedangkan bakteri asam laktat pada
susudigunakanBGLBB (Briliant Green Lactosa Bile Broth)

A. Menghitung Dengan Metode Cawan

Prinsip metode ini adalah sel mikroba yang masih hidup ditumbuhkan padamedia agar
padat, maka sel mikroba tersebut akan berkembangbiak dan membentuk koloni yang dapat
dilihat langsung dengan mata tanpa mikroskop. Sebaiknya jumlah koloni mikroba yang tumbuh
dan dapat dihitung berkisar antara 30-300 koloni. Metode cawan dengan jumlah koloni yang
tinggi (>300) sulit untuk dihitung sehingga kemungkinan kesalahan perhitungan sangat besar.

Pengenceran sampel membantu untuk memperoleh perhitungan jumlah yang benar,

namun pengenceran yan terlalu tinggi akan mengahasilkan jumlah koloni yang
rendah/menghancurkan koloni. Metode perhitungan cawan merupakan cara yang paling sensitif
untuk menghitung jumlah mikroba.

Keuntungan:
1. Hanya sel yang hidup yang dapat dihitung.
2. Beberapa jenis mikroba dapat dihitung sekaligus.
3. Digunakan untuk isolasi & identifikasi mikroba

Kerugian:
1. Hasil perhitungan tidak menunjukkan jumlah sel mikroba yang sebenarnya
karenabeberapa sel yang berdekatan membentuk satu koloni.
2. Media dan kondisi yang berbeda menghasilkan nilai yang berbeda pula.
3. Mikroba yang tumbuh harus pada media padat dan membentuk koloni yang
kompak,jelas serta tidak menyebar.
4. Memerlukan persiapan dan waktu inkubasi beberapa hari sehingga pertumbuhankoloni
baru dapat dihitung
24
Metode cawan ada dua cara:
1). Metode tuang
Hal-hal yang harus diperhatikan adalah pengenceran sampel dan memasukkan hasil
pengenceran tersebut. Pada pembuatan pengenceran, diambil 1 ml larutan uji dan dimasukkan
dalam cawan petri kemudian dimasukkan ke media cair steril dengan suhu kira-kira 50oC
sebanyak 15 ml (sebaiknya selama penuangan tutup cawan jangan dibuka terlalu lebar untuk
menghindari kontaminasi). Cawan petri digerakkan di atas meja dengan gerakan melingkar
seperti angka 8, gunanya untuk menyebarkan sel mikroba secara merata. Setelah agar
memadat, cawan diinkubasikan dalam inkubator denganposisi terbalikpada suhu 35oC-37oC
selama 24 jam. Koloni yang terbentuk dihitung dengan Quebec Colony Counter. Larutan
pengencer yang biasa digunakan adalah NaCl 0,9%; larutan buffer fosfat, atau larutan ringger.
2). Metode permukaan
Caranya: media cair steril dituang terlebih dahulu ke dalam cawan petri, setelah
membeku dituang 0,1 ml sediaan yang telah diencerkan, lalu diratakan dengan alat pengusap di
atas permukaan media, kemudian diinkubasi dalam inkubator. Cara ini dilakukan minimal
duplo (2 kali), misalkan yang pertama 60 koloni dan yang kedua 64 koloni.
B. Berdasarkan jumlah koloni
Cara ini paling umum digunakan untukperhitungan jumlah mikroba. Dasarnya adalah membuat
satu seri pengenceran bahan dengan kelipatan 10 dari masing-masing pengenceran diambil 1 cc
dan dibuat taburan dalam petridis (pour plate) dengan medium agar yang macam dan caranya
tergantung pada macamnya mikroba. Setelah diinkubasikan dihitung jumlah koloni tiap petridis
dari masing-masing pengenceran. Dari jumlah koloni masing-masing petridis da[at ditentukan
jumlah bakteri tiap cc atau gram bahan, yaitu dengan mengalikan jumlah koloninya dengan
pengenceran yang dipakai.
Jumlah koloni yang didapat X pengenceran
Misalnya pengenceran yang dipakai 103 dan koloni yang didapat 45 koloni bakteri, maka
bakteri tiap cc adala: 45 koloni bakteri x 103 = 45.000 bakteri

Untuk membantu menghitung jumlah koloni dalam Petridis dapat digunakan colony counter
yang biasanya dilengkapi dengan register elektronik. Pada perhitungan dengan cara ini
diperlukan beberapa syarat yang harus dipenuhi, antara lain:
25
 a. Jumlah koloni tiap Petridis 30-300. Jika memang tidak ada yang memenuhi syarat,
dipilih yang jumlahnya mendekat 300.
b. Tidak ada koloniyang menutup lebih besar dari setengah luas Petridis, koloni tersebut
dikenal sebagai speader
c. Perbandingan jumlah bakteri dari hasil pengenceran yang berturut-turut antara
pengenceran yang lebih besar dengan pengenceran sebelumnya, jika sama atau lebih
kecil dari 2 hasilnya dirata-rata, tetapi jika lebih besar dari 2 yang dipakai jumlah
mikroba dari hasil pengenceran sebelumnya.
d. Jika dengan pengulangan pemeriksaan (duplo) setelah memenuhi syarat hasilnya dirata-
rata.

B. PERTUMBUHAN MIKROBA
Pertumbuhan merupakan proses bertambahnya ukuran atau subtansi atau masa zat suatu
organisme. Pada organisme bersel satu pertumbuhan lebih diartikan sebagai pertumbuhan
koloni yaitu pertambahan jumlah koloni, ukuran koloni yang semakin besar atau subtansi atau
massa mikroba dalam koloni tersebut semakin banyak. pertumbuhan pada mikroorganisme
lebih ditunjukan oleh adanya peningkatan jumlah mikroorganisme dan bukan peningkatan
ukuran sel individu (Pratiwi, 2008).
Pertumbuhan bakteri pada umumnya akan dipengaruhi oleh faktor-faktor tertentu. Faktor-
faktor yang mempengaruhi pertumbuhan bakteri atau kondisi untuk pertumbuhan optimum
adalah (Anonim, 2010):
1. Suhu
Berdasarkan kisaran suhu aktivitasnya, bakteri dibagi menjadi 3 golongan:
a. Bakteri psikrofil, yaitu bakteri yang hidup pada daerah suhu antara 0- 30C, dengan
suhu optimum 15C.
b. Bakteri mesofil, yaitu bakteri yang hidup di daerah suhu antara 15-55C, dengan suhu
optimum 25-40C.
c. Bakteri termofil, yaitu bakteri yang dapat hidup di daerah suhu tinggi antara 40 - 75C,
dengan suhu optimum 50-65C.

2. Kelembapan

26
 Pada umumnya bakteri memerlukan kelembapan yang cukup tinggi, kirakira 85%.
Pengurangan kadar air dari protoplasma menyebabkan kegiatan metabolisme terhenti, misalnya
pada proses pembekuan dan pengeringan.

3. Cahaya
Cahaya sangat berpengaruh pada proses pertumbuhan bakteri. Umumnya cahaya
merusak sel mikroorganisme yang tidak berklorofil. Sinar ultraviolet dapat menyebabkan
terjadinya ionisasi komponen sel yang berakibat menghambat pertumbuhan ataumenyebabkan
kematian. Pengaruh cahaya terhadap bakteri dapat digunakan sebagai dasar sterilisasi atau
pengawetan bahan makanan. Jika keadaan lingkungan tidak menguntungkan seperti suhu
tinggi, kekeringan atau zat-zat kimia tertentu, beberapa spesies dari Bacillus yang aerob dan
beberapa spesies dari Clostridium yang anaerob dapat mempertahankan diri dengan spora.
Spora tersebut dibentuk dalam sel yang disebut endospora. Endospora dibentuk oleh
penggumpalan protoplasma yang sedikit sekali mengandung air. Oleh karena itu endospora
lebih tahan terhadap keadaan lingkungan yang tidak menguntungkan dibandingkan dengan
bakteri aktif.
Bakteri umumnya melakukan reproduksi atau berkembang biak secara aseksual
(vegetatif = tak kawin) dengan membelah diri. Pembelahan sel pada bakteri adalah pembelahan
biner yaitu setiap sel membelah menjadi dua. Reproduksi bakteri secara seksual yaitu dengan
pertukaran materi genetik dengan bakteri lainnya. Pertukaran materi genetik disebut
rekombinasi genetik atau
rekombinasi DNA (Anonim, 2010). Rekombinasi genetik dapat dilakukan dengan tiga cara
yaitu (Pratiwi, 2008):
1. Transformasi adalah pemindahan sedikit materi genetik, bahkan satu gen saja dari satu
sel bakteri ke sel bakteri yang lainnya.

27
 Transformasi
2. Transduksi adalah pemindahan materi genetik satu sel bakteri ke sel bakteri lainnnya
dengan perantaraan organisme yang lain yaitu bakteriofage (virus bakteri).

Transduksi

3. Konjugasi adalah pemindahan materi genetik berupa plasmid secara langsung melalui
kontak sel dengan membentuk struktur seperti jembatan diantara dua sel bakteri yang
berdekatan. Umumnya terjadi pada bakteri gram negatif.

Konjugasi

C. PENGARUH LINGKUNGAN TERHADAP MIKROBA

1) Lingkungan
Lingkungan adalah kombinasi antara kondisi fisik yang mencakup keadaan sumber
daya alam seperti tanah, air, energi surya, mineral, serta flora dan fauna yang tumbuh di atas
tanah maupun di dalam lautan, dengan kelembagaan yang meliputi ciptaan manusia seperti
keputusan bagaimana menggunakan lingkungan fisik tersebut.Lingkungan terdiri dari
komponen abiotik dan biotik. Komponen abiotik adalah segala yang tidak bernyawa seperti

28
tanah, udara, air, iklim, kelembaban, cahaya, bunyi. Sedangkan komponen biotik adalah segala
sesuatu yang bernyawa seperti tumbuhan, hewan, manusia dan mikro-organisme (virus dan
bakteri).

2) Mikroba
Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme yang berukuran sangat kecil sehingga
untuk mengamatinya diperlukan alat bantuan. Mikroorganisme disebut juga organisme
mikroskopik. Mikroorganisme seringkali bersel tunggal (uniseluler) maupun bersel banyak
(multiseluler). Namun, beberapa protista bersel tunggal masih terlihat oleh mata telanjang dan
ada beberapa spesies multisel tidak terlihat mata telanjang. Virus juga termasuk ke dalam
mikroorganisme meskipun tidak bersifat seluler. Ilmu yang mempelajari mikroorganisme
disebut mikrobiologi. Orang yang bekerja di bidang ini disebut mikrobiolog.

3) Pengaruh lingkungan terhadap mikroba

Mikroorganisme mempunyai penyebaran yang sangat luas, ada di dalam air, di udara,
bahan makanan, minuman, dalam sediaan farmasi, dalam tubuh manusia, bahkan
mikroorganisme masih dapat ditemukan di atmosfer sampai ketinggian 10 km Perubahan yang
terjadi pada lingkungan turut mempengaruhi perubahan organisme, baik secara morfologi
maupun sifat-sifat fisiologisnya. Bakteri memiliki kemampuan yang cukup besar
terhadapperubahan lingkungan dan dapat beradaptasi secara cepat terhadap perubahan
lingkungan yang baru tersebut. Semua proses pertumbuhan tergantung pada reaksi kimia dan
karena laju reaksi-reaksi ini dipengaruhi oleh suhu, maka pola pertumbuhan bakteri dapat
sangat dipengaruhi oleh suhu. Suhu juga mempengaruhi laju pertumbuhan dan jumlah total
pertumbuhan organisme.

Faktor-faktor lingkungan yang dapat mempengaruhi mikroba dibagi atas faktor-faktor abiotik
dan faktor-faktor biotik.
a) Faktor abiotik

a. Faktor-faktor alam, terdiri atas :

1. Pengaruh temperatur

29
Temperatur merupakan salah satu faktor yang penting di dalam kehidupan. Beberapa jenis
mikroba dapat hidup pada daerah yang bertemperatur yang luas, sedangkan jenis yang lainnya
pada daerah yang terbatas. Pada umumnya batas daerah temperatur bagi kehidupan mikroba
terletak antara 0oC sampai 90oC dan kita kenal adanya temperatur minimum, optimum, dan
maksimum. Daya tahan mikroba terhadap temperatur tidak sama untuk tiap-tiap species.
2. Pengaruh kebasahan dan kekeringan
Mikroba mempunyai nilai kelembaban optimum. Bakteri sebenarnya adalah makhluk yang
suka akan keadaan basah, bahkan dapat hidup di air. Tanah yang cukup basah sangat baik untuk
kehidupan bakteri. Tetapi banyak bakteri mati, jika udara kering. Keadaan kering menyebabkan
proses pengeringan protoplasma yang berakibat berhentinya metabolisme.
3. Pengaruh perubahan nilai osmotik
Pada umumnya larutan hipertonik menghambat pertumbuhan mikroba karena dapat
menyebabkan plasmolisis. Medium yang paling cocok bagi kehidupan mikroba adalah medium
yang isotonik terhadap isi sel mikroba.
4. Pengaruh sinar
Pada umumnya mikroorganisme rusak akibat cahaya, terutama pada mikroba yang tidak
mempunyai pigmen fotosintetik. Sinar dengan gelombang pendek akan berpengaruh buruk
terhadap mikroba. Sedangkan sinar dengan gelombang panjang mempunyai daya fotodinamik
dan daya biosfik.

b) Faktor biotik
Di alam bebas banyak mikroba dari berbagai genus maupun dari berbagai species hidup
berkumpul di dalam suatu medium yang sama. Tidak mudah meneliti pengaruh atau hubungan
hidup antar species, namun pengaruh timbal balik niscya ada. Hal ini karena pada suatu species
yang mencerna zat makanan menimbulkan perubahan kimia dalam komposisi substrat.
Pengaruh kemungkinan baik, buruk, mungkin juga pengaruh tersebut tidak memiliki efek sama
sekali.
Hubungan antar species termasuk pada mikroba dapat dibedakan yaitu, netralisme,
kompetisi, antagonisme, komensalisme, mutualisme, sinergisme, parasitisme,predatorisme, dan
sintropisme. Suhu adalah faktor terpenting yang mempengaruhi perumbuhan mikroorganisme
dan kelangsungan hidupnya. Suhu yang rendah umumnya memperlambat metabolisme seluler,
30
sedangkan suhu yang lebih tinggi meningkatkan taraf kegiatan sel. Tetapi tiap organisme
memiliki batas suhu terendah dan batas suhu tertinggi, serta suhu optimum bagi organisme
tersebut.

DAFTAR PUSTAKA
Brooks, dkk., 1994, Mikrobiologi Kedokteran Edisi 2, Penerbit buku Kedokteran EGC, Jakarta.

Buckle, K. A, 1985, Ilmu Pangan, Penerbit Universitas Indonesia, Jakarta.

Dwidjoseputro, 1994, Dasar-Dasar Mikrobiologi, Djambaran, Jakarta

31
Fardiaz, S., 1992, Analisa mikrobiologi Pangan, Gramedia, Jakarta.

Hadioetomo, R.S., 1993, Teknik dan Prosedur Dasar Laboratorium Mikrobiologi, Gramedia.
Jakarta.
Jahuddin Rahmat, Baharuddin dan Kuswinanti Tutik.2007.Pengaruh beberapa Faktor
Lingkungan dan Bakteri Antagonis terhadap Tingkat Serangan Penyebab Penyakit
Busuk
Pangkal Batang (Phytophtor Capsici) pada Tanaman Lada (Piper nigrum
l.),Prosiding
Seminar Ilmiah dan Pertemuan Tahunan PEI dan PFI XVIII Komda Sul-Sel.Sulawesi
Selatan
NN.2012.Jurnal Praktikum Mikrobiologi.http://artikelteknikkimia.blogspot.com/2012/03/tes
jurnal-praktikum-mikrobiolgi-jilid.html (diakses pada rabu 12 April 2017)

Pelczar, M.J. dan Chan, E.C.S. 1986, Dasar-Dasar Mikrobiologi, UI-Press, Jakarta.

Pelczar, M.J dan E.C.S Chan. 1986. Dasar-Dasar Mikrobiologi 1. UI Press.Jakarta.

32
33