LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL

“Memperkirakan Konfigurasi Dengan Energi Minimum dan

Dinamika Suatu Molekul”

Disusun oleh :

Nurul Hidayati Afriwany 13171033

Gelombang 2
Kelas : Matrikulasi FA 1

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

SEKOLAH TINGGI FARMASI BANDUNG
2018
 “Memperkirakan Konfigurasi Dengan Energi Minimum dan
Dinamika Suatu Molekul”

I. Tujuan
Memperkirakan konfigurasi dengan energi minimum dan pergerakan dinamika dari suatu
molekul dengan menggunakan aplikasi Chem 3D.

II. Prosedur
1. Gambarlah keempat struktur molekul pada aplikasi ChemDraw.
2. Tandai/blok struktur pertama lalu di copy paste ke file kosong pada aplikasi Chem
3D.
3. Pilih menu Calculations pilih sub menu MM2 lalu klik minimize energy dan klik run.
Amati dan gambar/print konfigurasi yang ditampilkan.
4. Kemudian pilih sub menu MM2 dan klik molecular dynamis. Amati bagian dari
molekul yang paling dinamis dan relatif stabil.
5. Ulangi langkah tersebut untuk molekul yang lain.

III. Hasil Pengamatan

IV. Pembahasan
Pada praktikum kali ini memperkirakan konfigurasi dengan energi minimum dan
dinamika suatu molekul. Konfigurasi suatu molekul terutama yang berikatan dengan pusat
kiral merupakan faktor lain yang menentukan aktivitas biologi suatu obat. Konfigurasi
merupakan susunan dalam ruang dari atom-atom dalam suatu molekul. Konfigurasi dengan
energi paling minimum merupakan konfigurasi yang paling stabil, dan reaktivitas senyawa
rendah. Reaktivitas merupakan suatu senyawa yang berikatan dengan reseptor sehingga dapat
menghasilkan suatu aktivitas biologi, sedangkan stabilitas adalah kemampuan senyawa
mempertahankan gugus farmakofor. Agar obat dapat menghasilkan aktivitas biologi maka
obat tersebut harus stabil dan reaktiv.
Pada percobaan kali ini memperkirakan konfigurasi dengan energi minimum dengan
empat senyawa. Didapat total energi dari ke empat senyawa yaitu senyawa (S)-2-(6-
methoxynaphtalen-2-yl)propanoic acid = 2,3824 kcal/mol, total energi senyawa 2-(2-((2,6-
dichlorophenyl)amino)phenyl)acetimidic acid = 32,2124 kcal/mol, senyawa (3aS,6aS)-
octahydropentalene-1,4-diyl dinitrate = 18,0474 kcal/mol, dan senyawa dimethyl 2,6-
dimethyl-4-(2-nitrosophenyl)pyridine-3,5-dicarboxylate = 80,1370. Jika diurutkan dari total
energi yang paling minimum yaitu (S)-2-(6-methoxynaphtalen-2-yl)propanoic acid,
(3aS,6aS)-octahydropentalene-1,4-diyldinitrate, 2-(2-((2,6-dichlorophenyl) amino)phenyl)
acetimidic acid, dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrosophenyl)pyridine-3,5-dicarboxylate.
Senyawa yang memiliki total energi minimum paling rendah maka senyawa tersebut lebih
stabil dan kurang reaktif sehingga kurang mampu berinteraksi dengan reseptor untuk
menghasilkan suatu aktivitas biologi. Sebaliknya, jika senyawa memiliki total energi
minimum nya tinggi maka senyawa kurang stabil dan reaktif nya tinggi sehingga lebih
mampu berinteraksi dengan reseptor untuk menghasilkan suatu aktivitas biologi
Dari ke 4 senyawa tersebut, dilanjutkan dengan memperkirakan dinamika suatu molekul
yang dilihat dari pergerakan molekul tersebut. Senyawa (S)-2-(6-methoxynaphtalen-2-
yl)propanoic acid menunjukkan pergerakan yang cepat dan menunjukkan bahwa senyawa
tersebut kurang dinamis, merupakan bagian yang paling stabil dan tidak mudah putus atau
lepas dengan gugusnya dan mampu mempertahankan gugus kromofornya dibandingkan
senyawa lainnya. Sedangkan senyawa dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrosophenyl)pyridine-
3,5-dicarboxylate menunjukkan pergerakan molekul yang lama dan menunjukkan bahwa
senyawa tersebut dinamis dan kurang stabil dan cenderung mudah putus atau lepas dengan
gugusnya dibandingkan senyawa lain.
V. Kesimpulan
1. Dari ke empat senyawa tersebut, senyawa (S)-2-(6-methoxynaphtalen-2-yl)propanoic
acid memiliki total energi minimum lebih rendah dari yang lainnya = 2,3824. Maka
senyawa tersebut lebih stabil cenderung mempertahankan gugus kromofornya dan
reaktivitasnya rendah. Dan menunjukkan pergerakan molekul yang cepat dan kurang
dinamis.
2. Dari ke empat senyawa tersebut, senyawa dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-
nitrosophenyl)pyridine-3,5-dicarboxylate memiliki total energi minimum lebih tinggi
dari yang lainnya = 80,1370. Maka senyawa tersebut tidak stabil cenderung mudah
melepaskan ikatan gugus dan reaktivitasnya tinggi. Dan menunjukkan pergerakan
molekul yang lama dan dinamis.