LAYANAN MIKROBIOLOGI KLINIK

DAN MEMBUAT POLA MIKROBA YANG

SEDERHANA DAN INFORMATIF

Anis Karuniawati
KOMITE PENGENDALIAN RESISTENSI ANTIMIKROBA
KEMENTERIAN KESEHATAN R.I
Masalah Infeksi di Rumah Sakit

Penegakan Penggunaan
Diagnosis Antibiotik

Penanganan
Penanganan
Infeksi Rumah
Limbah Infeksi
Sakit
 Penanganan Kasus Infeksi di Rumah Sakit

Infectious Diseases
Specialists
Healthcare Infection Control
Epidemiologists Professionals

Clinical Optimal
Pharmacists Patient Care

Clinical Clinical
Pharmacologists
Microbiologists
Surgical Infection
Experts

Campaign to Prevent Antimicrobial Resistance in Healthcare Settings, CDC, 2011

 Pemeriksaan
Laboratorium Mikrobiologi

• Memberikan informasi yang akurat tentang ada atau

tidaknya mikroba di dalam spesimen atau sampel yang
mungkin merupakan penyebab infeksi

• Bila terdapat pertumbuhan mikroba patogen atau

teridentifikasi adanya mikroba patogen penyebab
infeksi (terutama bakteri dan jamur), maka dilanjutkan
dengan uji kepekaan mikroba terhadap antimikroba
(berbasis kultur atau dapat juga dengan pemeriksaan
molekular)

4
The Etiologies of AFIRE (Acute Fever Illness
Requiring Hospitalization)
The Etiologies of AFIRE, 2013-2014, INA-RESPOND
 Laboratorium Mikrobiologi
• Pemeriksaan mikroskopis
• Biakan dan identifikasi mikroba
• Uji kepekaan antimikroba
• Uji serologi infeksi
• Uji biologi molekuler
• Uji mikrobiologi lingkungan
 Pemeriksaan Mikrobiologi Klinik
• Berbeda dengan pemeriksaan laboratorium lain, pemeriksaan mikrobiologi:
“a science of interpretive judgment”

• Pemeriksaan otomatisasi, genomik, proteomik?  kualitas interpretasi

sangat tergantung pada kualitas:
– Fase preanalitik (kualitas specimen: jenis, jumlah, cara pengambilan, pengiriman
dan penyimpanan sebelum pemeriksaan dll)
– Fase analitik (kompetensi petugas laboratorium dan dokter penanggung jawab
layanan mikrobiologi klinik, metoda pemeriksaan, kualitas reagen, dll)
– Fase pasca analitik (kompetensi dokter penanggung jawab laboratorium,
manajemen pelaporan hasil)

• Diperlukan komunikasi yang efektif antara dokter penanggung jawab pasien

dengan dokter spesialis mikrobiologi klinik untuk mendapatkan hasil
pemeriksaan mikrobiologi klinik yang berkualitas

IDSA Guidelines. Clinical Infectious Diseases Advance Access published July 10, 2013
Essential to all aspects of health care
are Laboratory results that are

• Accurate
• Reliable, and
• Timely
Complexity of a Laboratory System

Reporting Patient/Client Prep

Sample Collection
Personnel Competency
Test Evaluations
•Data & Laboratory
Management
•Safety
•Customer Service
Sample Receipt and
Accessioning

Record Keeping

Sample Transport
Quality Control
Testing
 Quality In Quality Out

Test ordering
Result transcription
Order transcription
Result delivery
Patient preparation Sample testing
Result review
Specimen collection
Action taken on basis
Specimen identification of result
Specimen transport

Pre analytical Analytical Post analytical

Bakteri adalah prokariotik:
• lebih sederhana daripada
eukariotik
• Berkembang biak sangat
cepat Penanganan spesimen:
• kemampuan adaptasi • Pengambilan
pada pengaruh antibiotik • Transportasi
atau respon imun
• Penyimpanan akan sangat
memengaruhi interpretasi

“Pre-analytical specimen management

in microbiology is CRITICAL TO ACCURACY”
 Laboratory tests are influenced by

 laboratory environment
 knowledgeable staff
 competent staff
 reagents and equipment
 quality control
 communications
 process management
 occurrence management
 record keeping
Laboratory errors cost in

time

personnel
effort
patient
outcomes
Apa yang terjadi di laboratorium mikrobiologi?

Komunikasi

Pengumpulan Data

Pemeriksaan (mikroskopik,
kultur dan identifikasi, dll.)

Diagnosis
Laboratory
 Good?
• Appropriate testing
– Specimens handling
– Methods and procedures
– Human resources

• Appropriate reporting  clinical impact

Fast?

2-5 day Grow Test bacteria

bacteria

1st day 2nd day 3rd day

Fast?
More than one Pure culture
bacteria:
Further testing
isolate for pure can be performed
culture

Grow bacteria Grow bacteria Test bacteria

Day 1 Day 2 Day 3- 4 Day 5

Fast?
Cheap?
Konvensional
biochemical tubes
Technology
Molecular testing
MALDI-TOF
Automation
 Appropriate Reporting

• clinically appropriate
• guided in interpretative statements
• evidence based
• concurrent with literature
 Interpreting Results

Contamination

Colonization

Infection
Flora Normal
 Interpreting results
Contamination Blood culture:
(Coagulase-negative
staphylococci, diptheroids)
• growing organisms
that are not from Urine culture:
the intended site Mixed bacterial growth, low
viable counts
culture
Sterile sites:
(Coagulase-negative
staphylococci, diptheroids)
 Interpreting results
Colonisation
• growing organisms that are Throat swabs:
unlikely to cause infection Gram-negative bacilli,
coagulase-negative
• or growing organisms without staph
signs of infection

Critical Colonisation Secret from Non-

• The point when the patient’s infected Wound:
immune system is no longer Gram-negative bacilli
able to control the colonising
bacteria
Specimen : Sputum in CAP
Epithelial cells: 2+
Growth of White cells: 1+
• Klebsiella pneumoniae
• Pseudomonas aeruginosa Mixed growth of Gram-negative
• Candida sp. bacilli
Klebsiella pneumoniae: Scanty
K.pneu P.aeru
Amox R
Comment:
Amox-Clav.acid S • presence of epithelial cells which
Cefuroxime I may indicate sample
Ciprofloxacin S R contamination with upper airway
flora.
Ceftriaxone S R
Ceftazidime S S
Tri/Sulpha S
Pip/Tazo S S
Imipenem S S
Meropenem S S
 Interpreting Result
Infection

• The presence of multiplying bacteria that

overwhelms the patient’s immune system and
result in bacterial spreading .
• Active signs and symptoms of disease present
 Contoh Kasus
• Laki, 55 th, dirujuk ke RS karena gagal jantung yang
tidak teratasi
• Terapi saat masuk: obat untuk gagal jantung
• Pemeriksaan di RS:
• Pasien dgn Gagal Jantung
• Suhu tubuh 380C (axilla)
• DPL: Lekosit 16.000/dl
• Kultur Darah dari 2 tempat pengambilan (2 botol)

29
 Hasil lab Mikrobiologi Klinik

Staphylococcus epidermidis
(pada 2 spesimen)
–Penyebab ? atau
–Kontaminan?

30
 CLINICAL SIGNIFICANCE OF Staphylococcus
epidermidis

Sets Sets % % % %Positive

Obtained Positive Significant Contamination Indeterminant Predictive Value
1 1 0 97 3 55
2 1 2 95 3 20
2 2 60 3 37 98
3 1 0 100 0 5
3 2 75 0 25 91
3 3 100 0 0 100

Spesimen: darah vena

Tokars, JI. Clin Infect Dis , 2004; 39:333
 Interpretasi hasil kultur:
Sekret Saluran Napas Bawah
Bacteria Amount Amount (CFU/ml) Action
(semiquantitative) (q.PBS/BAL)
S.pyogenes any any Id/no AST*
S.pneumoniae, <normal microbiota <103 No
M.catarrhalis Moderate-heavy->normal >103-4 Id/AST
H.Influenzae microbiota
N.meningitidis
S.aureus <normal microbiota <103 rule out MRSA No
Moderate-heavy->normal >103-4 Id/AST
microbiota
Strep group B,C,G <normal microbiota <103 No Id
Moderate-heavy->normal >103-4 Id/no AST*
microbiota
Other normal NA <103 No Id
microbiota >103-4 heavy amount or Id/AST
pure growth
Anaerobes NA PBS only Id/AST, in Aspiration or
obstructive pneumonia
Garcia, LS, Isenberg HD. Clinical Microbiology Procedures Handbook, 2010
Interpretasi Uji Kepekaan Antibiotik

• Pedoman CLSI
• Grup mikroba tertentu, diuji dgn
Grup AB tertentu (CLSI)
• Perhatikan intrinsic resistance:
–Enterobacteriaceae vs Eritromisin
 Prinsip pelaporan AST
• Laporkan obat-obat lini pertama dengan
spektrum paling kecil, toksisitas paling rendah
dan harga termurah

• Laporkan obat yang lain bila,

– Didapatkan resistensi pada obat lini pertama
– Infeksi dari bagian tubuh spesifik
 Pelaporan Hasil Uji Kepekaan:
Seleksi dalam Pelaporan
Pseudomonas aeruginosa

Cefepime S
Ciprofloxacin S
Gentamicin S
Pip-tazobactam S

Hindler A. The basics: Using CLSI Antimicrobial Susceptibility Testing Standards. CLSI.
Interpretative Reading  CLSI

Hindler A. The basics: Using CLSI Antimicrobial Susceptibility Testing Standards. CLSI.
 Uji Kepekaan Antibiotik:
Kapan menggunakan pelaporan selektif?

• Bila tidak yakin penggunaan antibiotik di

institusi yang dilaporkan dilakukan dengan
baik

• Tidak perlu pelaporan selektif bila pemberian

terapi di RS diyakini “prudent prescribing”
 Pemanfaatan hasil
pemeriksaan mikrobiologi

1. Sebelum ada hasil pemeriksaan mikrobiologi

terapi antibiotik empirik sesuai PPAB yang
disusun berdasarkan ANTIBIOGRAM

2. Setelah ada hasil pemeriksaan mikrobiologi 

terapi antibiotik definitif
 Antibiogram
• Mikroba dan kepekaannya terhadap
antimikroba di suatu fasyankes (rumah sakit)
yang diperoleh dari spesimen pasien dengan
infeksi

• Pedoman penyusunan CLSI M39-A 4 tentang

Analysis and Presentation of Cumulative
Antimicrobial Susceptibility Data
 Antibiogram
Digunakan untuk:
• Acuan pemilihan terapi antibiotik empirik
• Memonitor kecenderungan (trends) resistensi
mikroba di suatu fasyankes atau wilayah
tertentu  pengendalian AMR
• Membandingkan kepekaan antar
institusi/fasyankes
Kebijakan Antibiotik adalah salah satu komponen
penilaian akreditasi pelayanan kesehatan,
antibiogram adalah salah satu acuan dalam
penyusunan Kebijakan Antibiotik
 Antibiogram
• Penyajian data uji antibiotik:
– Persen kepekaan (%S), N minimal = 20
– Hindari data yang membingungkan dan tidak sesuai
dengan evidence based data
– Pengelompokan data: berdasarkan ruang perawatan;
ICU/non-ICU; dewasa/anak; medik/bedah; diagnosis

• Kesepakatan dalam analisis data:

– %peka yang dipilih untuk terapi empirik
– Terapi empirik yang dipilih tidak sesuai hasil klinis
– Bandingkan antibiogram dengan antibiogram nasional
 ANTIBIOGRAM
Sputum, Penyakit Dalam, RS “X”, Jan-Juli 2017

% Susceptibility
Organisms N AMK GEN TOB AMC FEP CTX CAZ CRO TZP CIP LVX ETP IPM MEM
Acinetobacter
baumanii 92 67 45 47 0 27 8 - 19 35 35 40 0 61 35
Enterobacter
cloacae 36 100 41 30 0 33 22 - 19 33 41 82 63 96 100
Escherichia coli 215 99 62 41 17 18 23 18 13 40 18 19 63 94 95
Klebsiella
pneumoniae 120 86 53 32 22 25 27 27 22 41 26 47 61 90 91
Pseudomonas
aeruginosa 62 71 44 42 0 44 - 75 - 71 34 46 0 71 69
N: number of isolates CTX: Cefotaxime CIP: Ciprofloxacin
AMK: Amikacin CAZ: Ceftazidime LVX: Levofloxacin
GEN: Gentamicin CRO: Ceftriaxone ETP: Ertapenem
TOB: Tobramicin TZP: Piperacilin IPM: Imipenem
AMC: Amoxicilin clav-acid tazobactam MEM: Meropenem
FEP: Cefepime
 Simpulan
1. Peran laboratorium mikrobiologi dalam PPRA:
i. Pendukung diagnosis penyakit infeksi 
• Kualitas pemeriksaan
• Faster is better, but good interpreting result is important
• Diperlukan sumber daya manusia berkompetensi
khusus untuk mikrobiologi klinik dan komunikasi efektif
antara dokter penanggung jawab pasien dengan
laboratorium mikrobiologi klinik
 Simpulan
1. Peran laboratorium mikrobiologi dalam PPRA:
i. Pendukung diagnosis penyakit infeksi

ii. Penentu tatalaksana terutama pemilihan antibiotik:

• Terapi empirik: berdasarkan antibiogram
• Terapi definit: berdasarkan hasil kultur dan AST
 Simpulan
2. Pembuatan antibiogram:
 Hanya bakteri patogen dan isolat pertama dari
seorang pasien, minimal 30 isolat
 Antibiotik sesuai formularium
 Pengelompokan data sesuai kesepakatan
 Disampaikan secara periodik, 1x/tahun
Komite Pengendalian Resistensi Antimikroba
KEMENTERIAN KESEHATAN R.I