Pemodelan Molekuler

SWISS MODEL dan

Visualisasi dengan CHIMERA
Proyek Biotek 2019:
Analisis Mutasi “BRCA1”

Kuliah Bioteknologi
Selasa, 22 Oktober 2019
Artist in his Studio (Rembrdandt, 1628)
• Menggambarkan momen
perenungan, konsepsi dan
keputusan yang diperlukan
dalam menghasilkan karya
seni
• Terefleksi dari cahaya dan
bayangan
• Pemikiran bukan tindakan
• Sosok pelukis nampak
dikerdilkan oleh karyanya
Proyek Biotek 2019: Analisis Mutasi “BRCA1”
Materi
• Mendapatkan sekuen asam amino BRCA1
• UniPROT
• Melakukan pemodelan molekuler BRCA1 (wild type)
• Server SWISS-MODEL
• Evaluasi kualitas model BRCA1
• Ramachandran Plot/MolPROBITY dan ProSA
• Visualisasi efek mutasi BRCA1
• Software UCSF-CHIMERA
• Validasi termodinamika efek mutasi BRCA1
• Webserver MuPRO
Uniprot https://www.uniprot.org/

Masukkan Kode
Protein BRCA1
pada manusia
“P38398” pada
kolom Search
 Klik
“Sequence”
 Klik “FASTA”

Dalam bioinformatika dan biokimia, format FASTA adalah format berbasis teks untuk menampilkan sekuens nukleotida
atau asam amino (protein), di mana nukleotida atau asam amino diwakili menggunakan kode huruf tunggal.
Urutan asam amino Protein BRCA1

• Breast Cancer Type 1 Susceptibility

Protein
• Lokasi berada di inti sel (nucleus)
• Terdiri atas 1863 asam amino
• Berat Molekul 207 kDa
• Terdapat 3 segmen funsgional atau
domain yang menentukan fungsi
protein BRCA1
- RING
- SCD
- BRCT
Copy Paste
ke MS Word
Format Fasta untuk Pemodelan dan Analisis
 Pemodelan Struktur 3D BRCA1 – RING
dan
BRCT domain
menggunakan server SWISS MODEL
https://swissmodel.expasy.org/interactive
Copy paste sekuen RING atau BRCT domain
(1) Copy paste format FASTA sekuen ke dalam
“target sequence box”
(2) Beri nama project “RING-XX” atau “BRCT-XXX”
(3) Klik “Search for Templates”
(4) Pilih satu template dengan skor “identity
100.00”
(5) Kemudian, klik “Build Models”
(6) Save file “PDB format” dengan klik “Model 01”
(7) “Klik Structure Assesement” untuk Evaluasi/Validasi
kualitas Struktur 3D Model
(8) Buka file PDB “Model-01” dgn WordPad
*File PDB berisi nilai koordinat (x,y,z) dari semua
atom-atom dari asam-asam amino protein
(9) Pada laman “Structure Assessment” Copy atau
Snapshot Ramachandran Plot
(10) Simpan informasi data nilai “MolProbity Score”
dan “Ramachandran Favoured”
 Apa itu Ramachandran Plot??
• Diagram yang menunjukkan posisi sudut dihedral yang paling disukai
oleh asam amino dalam menempati ruang geometri tertentu
• Penempatan ini memberikan energi yang rendah dengan potensi
tumbukan antar atom yang juga rendah sehingga bisa dikatakan stabil
• Perkecualian pada asam amino glisin dan prolin yang bisa menempati
banyak area karena fleksibilitas dan rigiditas dari strukturnya.
Ikatan Peptida dan Efek Sterik
• atom-atom pada ikatan peptida
membentuk konformasi trans,
dimana Cα yang mengikat rantai
samping R berada pada sisi yang
berlawanan dengan ikatan
rangkap –C=O.
• Konformasi Cis dimana Cα
berada pada sisi yang sama
dengan ikatan rangkap –C=O
kurang disukai oleh dikarenakan
adanya efek sterik yang
dimungkinkan antara rantai
samping R dan atom O.
Bidang planar dan keterbatasan sudut putar
• Konformasi polipeptida dapat
digambarkan dengan besaran sudut
putar (torsional atau dihedral angles)
sekitar ikatan antara Cα-N (phi, ϕ)
atau Cα-C (psi, ψ) dari setiap residu
asam amino
• Namun demikian kebebasan
konformasi dan sudut putar ini
sangat terbatas karena adanya efek
sterik yang muncul.
Ramachandran Plot
• Oleh karena keterbatasan dari
sudut–sudut ini, maka asam
amino dalam protein hanya dapat
mengadopsi konfigurasi tertentu
• Nilai-nilai dari besaran sudut ψ
dan ϕ yang secara sterik diijinkan
dapat dihitung yang disajikan
dalam diagram atau plot
Ramachandran
Ramachandran Plot
• Mayoritas area di dalam plot
Ramachandran yang merupakan
kombinasi sudut ϕ dan ψ
merepresentasikan area-area
konformasi dari rantai polipeptida
yang tidak dijinkan karena adanya
faktor sterik
• Hanya tiga area kecil dari diagram
yang secara fisik dapat diakses oleh
sebagian besar residu
• Skor yang bagus dari “Ramachandran
favoured” diatas 80%
Ramachandran favoured 82,05% (BRCA1-Ring
Domain dengan SWISS MODEL)
ProSA: Analisis Error Model 3D Protein
https://prosa.services.came.sbg.ac.at/prosa.php
• Membandingkan kualitas
struktur model 3D proein
dengan struktur protein
yang telah dielusidasi
secara eksperimen di
database
• Didasarkan atas nilai Z-
score pada rentang nilai
yang diijinkan
• Plih file “Model-01.pdb”
• Klik “Analyze”
Visualisasi dan Analisis Mutasi BRCA1-BRCT Domain
dengan Software UCSF – CHIMERA

For Free download

https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
Klik .. Tools … Sequence … Sequence … untuk
tampilkan urutan asam amino nya
Highlight dengan kursor asam amino yang akan dimutasi
misalkan Mutasi M1775R (asli) atau M135R (CHIMERA)
Klik .. Actions .. Atoms/Bonds .. Side chain/base ..
Show … untuk menampilkan rantai samping residu
yang akan dimutasi
Klik … Select .. Zone .. Untuk menandai Residu
tetangga yang ada dalam range 5 Angstrom (untuk
melihat potensi tumbukan setelah mutasi)
Melakukan mutasi M1775R atau M135R
• Pilih dan highlight residu M135R dengan menekan tombol “Ctrl” dan
pada saat bersamaan arahkan dan klik kursor pada rantai samping
Metionin
• Klik Tools.. Structure Editing … Rotamers..
• Pada Rotamer Type ganti Met dengan Arg dan kilk OK
• CHIMERA akan memberikan table berisi daftar banyak kemungkinan
posisi residu Arginin berdasarkan database
• Pilih posisi Arginin dengan probabilitas terbesar (list pertama) dan klik
Apply (Jika klik OK table dan informasi akan hilang)
Analisis potensi tumbukan atau Clash/Contact
antara M135R dengan residu-residu asam amino
disekitar
• Pilih R135 dengan menekan tombol “Ctrl” dan pada saat bersamaan
klik kursor di R135
• Kemudian tekan tanda panah ke atas pada keyboard untuk
menghiglight semua rantai Arginin
• Kemudian Klik .. Tools .. Surface/Binding Analysis .. Find
Clashes/Contacts
• Klik Designate dan check “select” pada bagian “Treatment of
Clash/Contact Atoms
• Klik Apply dan catat berapa banyak “contact”yang terjadi
M135R terdapat 14 contacts/clashes
Energi Minimisasi untuk menurunkan energi
tinggi akibat contact/clash
Tambah atom hidrogen ..
Tambah muatan …
Spesifikasi muatan bersih ..
Klik Apply .. Dan cek dibagian bawah Masih
didapati 5 contacts/clashes …
Validasi efek mutasi M1775R atau M135R pada
terhadap kestabilan protein BRCA1 secara
komputasional atau in silico
• Analisis efek mutasi bisa dilakukan secara komputasional (In silico)
dengan menganalisis efek perubahan asam amino dan dibandingkan
dengan semua sekuen asam amino yang ada di database
• Ada 3 server komputasi yang sering digunakan untuk mengukur efek
point mutasi terhadap perubahan energy bebas Gibss (ΔΔG) dari
struktur 3D protein
1. MUpro: Prediction of Protein Stability Changes for Single Site Mutations
from Sequences
2. I Mutant 2.0
3. STRUM: Mutant Stability Change Prediction
 Kestabilan struktur 3D protein dari
sudut pandang Termodinamika
• Efek mutasi terlihat dari kestabilan termal
dari struktur protein
• Kestabilan Protein terlihat dari perbedaan
energi bebas Gibbs (ΔG) pada keadaan
terdenaturasi (unfold) dan tidak
terdenaturasi atau native (fold).
(ΔGp=Gu-Gf)
• Semakin positif nilai ΔGp, semakin stabil
protein
• Mutasi mempengaruhi lansekap dan
stabilitas protein.
• Perbedaan energy bebas ΔΔG antara
protein normal (w) dengan mutan (m)
menjadi parameter untuk mengukur efek
mutase
• Semakin negatif ΔΔG maka semakin tidak
stabil struktur dan sistem protein
Analisis sekuen M1775R atau M135R dengan MUPRO
Kesimpulan efek mutasi M1775R atau M135R
pada BRCA1-BRCT domain
• Mendestabilkan struktur 3D BRCA1
• ΔΔG = -1,4 kJ/mol
• Ini dikarenakan adanya clash atau contact atau tumbukan (14) dari atom-
atom pada gugus samping Arginin (R135) dengan atom-atom pada gugus
samping Leusin 140 (L140)
• Ini yang meningkatkan energy bebas dari mutan M135R lebih besar dari
energy bebas wild type M135 yang memberikan angka ΔΔG = -1,4 kJ/mol
• Ketidakstabilan akibat mutasi ini mempengaruhi fungsi protein BRCA1
yang dihubungkan dengan penyakit breast dan ovarium cancer
Pembagian Kelompok dan Tugas Proyek
Biotek 2019
• Kelompok 1 • Kelompok 3
1.Apris B S Boimau 1.Desilya M. Be'a
2.Ayu S Matheos 2. Agustiani Viani b
3.Beaktriks H Esteves 3. Aprilonia Masaubat
• Kelompok 2 • Kelompok 4
1. Maria Y. Dee 1. Harlisye Haba
2. Maria I.B Nama 2. Asni Maria Ine
3. Martina B. Suban 3. Agusto F. Taneo
Pembagian Kelompok dan Tugas Proyek
Biotek 2019
• Kelompok 5 • Kelompok 7
1.Maria Stefani Leda Ugal 1. Hanne H.M Sogen
2.Muhamad Zainal 2. Greis A. Ina Patty
3.Maria Kristina Gu 3. Severianus S. Hardin
• Kelompok 6 • Kelompok 8
1. Maria Elisabeth Besin 1.Sensiana y. Seno
2. Maria Angelin 2. Patheresia j.n. luntar
3. Maria Kristina Bene 3. Rosi m. L. Bhara
Pembagian Kelompok dan Tugas Proyek
Biotek 2019
• Kelompok 9 • Kelompok 11
1. Diana Natalia Mase 1. Rufina Dwisanti Menge
2. Winarti Suyatno 2. Sonya Yunira Boimau
3. Greacelia N. Ndun 3. Paulina Dadi Here
• Kelompok 10 • Kelompok 12
1. Siti F. Lamowa 1. Magdalena kidi
2. Theresia F. Delang 2. Margareth tri enjel ayu lamuri
3. Yoseva Padamai 3. Siti aysa kidi beda
•
Pembagian Kelompok dan Tugas Proyek
Biotek 2019
• Kelompok 13 • Kelompok 15
1.Marselina Sabu 1. Yublina Pae
2.Maria Goreti Jeni 2. Bonifansiana Tiu
3.Emilia Nita 3. Mariana I. Sandri
• Kelompok 14 • Kelompok 16
1.Murni C. B. Nautani 1.Ruta Imelda kause
2.Ivoni M. Barawisi 2.Maria M.Sengkoen
3. Jeli Y. Faitmoes • Kelompok 17
1. Agustinus Tefa
2. Roden Lete Boro
Pembagian Kelompok dan Tugas Proyek Biotek 2019
Kirim slides powerpoint ke email:
fredy_saudale@staf.undana.ac.id