BAB IV

ALAT, BAHAN, DAN METODE PENELITIAN

A. ALAT PENELITIAN
1. APLIKASI
Menggunakan aplikasi yang dapat diunduh seperti:
a. PLANTS (Protein-Ligand ANT System)
Versi untuk Lnux dapat diunduh secara gratis di http://www.tcd.uni-
konstanz.de/index.php
b. YASARA
Dapat diunduh secara gratis di http://www.yasara.org/viewdl.htm
c. MarvinSketch
Dapat diunduh secara gratis di
http://www.chemaxon.com.marvin.download-user.html
d. VMD
Dapat diunduh secara gratis di
http://www.ks.uiuc.edu/Reseacrh/vmd/
e. Statistik R
Dapat diunduh secara gratis di www.r-project.org

2. Perangkat Keras
Laptop Asus VivoBook A412 with AMD Ryzen 3 3200U with Radeon
Vega Mobile Gfx 2,6 GHz , 4 GB Memory , 1000GB HDD , Windows
10 pro version 1803 (OS Built 17134.706) , 64 bit operating system ,
x64-based processor

29
 30

B. BAHAN PENELITIAN
1. Nama Kimia (IUPAC) Dan Struktur Senyawa Pada Tanaman Uji
Struktur senyawa uji diambil dari jurnal penelitian Pubchem.

a. Sambiloto (Andrographis paniculata Nees.)

. Nama Kimia Senyawa Pada Daun Sambiloto

No Golongan Nama Kimia

1. Diterpenlakton Andrographolide atau (3E,4S)-3-[2-

[(1R,4aS,5R,6R,8aS)-6-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-
5,8a-dimethyl-2-methylidene-3,4,4a,6,7,8-
hexahydro-1H-naphthalen-1-yl]ethylidene]-4-
hydroxyoxolan-2-one.

2, Diterpenlakton Deoxyandrographolide (andrografonin) atau 4-[2-

[(4aS,5R,6R,8aR)-6-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-
2,5,8a-trimethyl-3,4,4a,6,7,8-hexahydronaphthalen-
1-yl]ethyl]-2H-furan-5-one.

3. Diterpenlakton Neoandrographolide atau 4-[2-[(1R,4aS,5R,8aS)-

5,8a-dimethyl-2-methylidene-5-[[(2R,3R,4S,5S,6R)-
3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-
yl]oxymethyl]-3,4,4a,6,7,8-hexahydro-1H-
naphthalen-1-yl]ethyl]-2H-furan-5-one.

4. Diterpenlakton 14-deoksi-11,12-didehidroandrografolida atau 4-

[(E)-2-[(1R,4aS,5R,6R,8aR)-6-hydroxy-5-
(hydroxymethyl)-5,8a-dimethyl-2-methylidene-
3,4,4a,6,7,8-hexahydro-1H-naphthalen-1-
yl]ethenyl]-2H-furan-5-one.

5. Diterpenlakton Deoksiandrografosida (andropanosida) atau 4-[2-

[(1R,4aS,5R,6R,8aS)-6-hydroxy-5,8a-dimethyl-2-
methylidene-5-[[(2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-
6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-
3,4,4a,6,7,8-hexahydro-1H-naphthalen-1-yl]ethyl]-
2H-furan-5one.
 31

Struktur Senyawa Pada Daun Sambiloto

No Senyawa Struktur Kimia

1.
Andrographolide

C20H30O5

2.
Deoxyandrographolide atau
andrografonin

C20H30O4

3.

Neoandrographolide

C26H40O8

4.
14-deoksi-11,12-
didehidroandrografolida
C20H28O4

5.
Deoksiandrografosida
(andropanosida)

C26H40O9
 32

b. Kulit akar murbei (Morus alba L.)

Nama Kimia Senyawa Pada kulit akar murbei

No Golongan Nama kimia

1 Flavonoid Kuwanon-H atau 8-[(1S,5R,6S)-6-[2,4-dihydroxy-3-

(3-methylbut-2-enyl)benzoyl]-5-(2,4-
dihydroxyphenyl)-3-methylcyclohex-2-en-1-yl]-2-
(2,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-3-(3-
methylbut-2-enyl)chromen-4-one

2 Flavonoid Murosin atau 2-(2,4-dihydroxyphenyl)-5-hydroxy-

8,8-dimethyl-3-(3-methylbut-2-enyl)pyrano[2,3-
h]chromen-4-one

3 Flavonoid Morusin 4’-glikosida atau 5-hydroxy-2-[2-hydroxy-

4-[3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-
yl]oxyphenyl]-8,8-dimethyl-3-(3-methylbut-2-
enyl)pyrano[2,3-h]chromen-4-one

Struktur senyawa pada kulit akar murbei

No Senyawa Struktur senyawa

1 Kuwanon-H

2 Murosin
 33

3 Murosin 4’-
glukosida

c. Meniran (Phyllanthus niruri L.)

Nama Kimia Senyawa Pada Daun Meniran
No Golongan Nama Kimia

1 Lignan Filantin atau 4-[(2S,3S)-3-[(3,4-

dimethoxyphenyl)methyl]-4-methoxy-2-
(methoxymethyl)butyl]-1,2-dimethoxybenzene.

2 Lignan Hipofilantin atau (7R,8R,9S)-9-(3,4-dimethoxyphenyl)-4-

methoxy-7,8-bis(methoxymethyl)-6,7,8,9-
tetrahydrobenzo[g][1,3]benzodioxole.
3 Lignan Nirurin atau 6,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-8-(3-
methylbut-2-enyl)-5-[3,4,5-trihydroxy-6-[(3,4,5-
trihydroxy-6-methyloxan-2-yl)oxymethyl]oxan-2-yl]oxy-
2,3-dihydrochromen-4-one.

4 Terpen Simena atau 1-methyl-4-propan-2-ylbenzene.

5 Terpen Limonena atau 1-methyl-4-prop-1-en-2-ylcyclohexene.

Lupeol atau
(1R,3aR,5aR,5bR,7aR,9S,11aR,11bR,13aR,13bR)-
6 Terpen 3a,5a,5b,8,8,11a-hexamethyl-1-prop-1-en-2-yl-
1,2,3,4,5,6,7,7a,9,10,11,11b,12,13,13a,13b-
hexadecahydrocyclopenta[a]chrysen-9-ol.

7 Flavonoid Kuersetin atau 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-3,5,7-

trihydroxychromen-4-one.

8 Flavonoid Isokuersetin atau 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-

dihydroxy-3-[(2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-
(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxychromen-4-one.
 34

9. Flavonoid Astragalin atau 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-3-

[(2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-
(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxychromen-4-one.

10. Flavonoid Rutin atau 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-3-

[(2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-
[[(2R,3R,4R,5R,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-methyloxan-2-
yl]oxymethyl]oxan-2-yl]oxychromen-4-one.

Struktur Senyawa Pada Daun Meniran

No Senyawa Struktur Kimia

1. Filantin

C24H34O6

Hipofilantin
2.
C24H30O7

3.

Nirurin

C32H40O15

4.

Simena

C10H14
 35

5 Limonena
C10H16

6 Lupeol
C30H50O

7 Kuersetin
C15H10O7

8 Isokuersetin
C21H20O12

9 Astragalin
C21H20O11
 36

10 Rutin
C27H30O16

d. Mengkudu (Morinda citrifolia L.)

Nama Kimia Senyawa Pada Daun Mengkudu
No Golongan Nama Kimia

1 Flavonoid Iridoid atau methyl (1S,4aS,7R,7aS)-4'-

(hydroxymethyl)-5'-oxo-1-[(2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-
trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-
yl]oxyspiro[4a,7a-dihydro-1H-cyclopenta[c]pyran-
7,2'-furan]-4-carboxylate.

2 Flavonoid Katekin atau (2R,3S)-2-(3,4-dihydroxyphenyl)-3,4-

dihydro-2H-chromene-3,5,7-triol.

3 Flavonoid Leukoantosianidin atau 2-(3,4,5-trihydroxyphenyl)-

3,4-dihydro-2H-chromene-3,4,5,7-tetrol.

4 Flavonoid Flavanon atau 2-phenyl-2,3-dihydrochromen-4-one.

5 Flavonoid Flavon atau 2-phenylchromen-4-one.

6 Flavonoid Flavonol atau 3-hydroxy-2-phenylchromen-4-one.

7 Flavonoid Khalkon atau (E)-1,3-diphenylprop-2-en-1-one.

8 Flavonoid Auron atau (2Z)-2-benzylidene-1-benzofuran-3-one.

9 Flavonoid Isoflavon atau 3-phenylchromen-4-one.

10 Steroid Stigmasta-4,22-dien,3-one atau

(8S,9S,10R,13R,14S,17R)-17-[(E,2R,5S)-5-ethyl-6-
methylhept-3-en-2-yl]-10,13-dimethyl-
1,2,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-
 37

dodecahydrocyclopenta[a]phenanthren-3-one.

11 Steroid Beta-Sitosterol atau (3S,8S,9S,10R,13R,14S,17R)-

17-[(2R,5R)-5-ethyl-6-methylheptan-2-yl]-10,13-
dimethyl-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-
dodecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-3-ol.

12 Steroid Stigmasterol atau (3S,8S,9S,10R,13R,14S,17R)-17-

[(E,2R,5S)-5-ethyl-6-methylhept-3-en-2-yl]-10,13-
dimethyl-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-
dodecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-3-ol.

13 Steroid Epidioxysterol atau (1S,2R,5R,6R,9R,10R,13S,15S)-

6,10-dimethyl-5-[(2R)-6-methylheptan-2-yl]-16,17-
dioxapentacyclo[13.2.2.01,9.02,6.010,15]nonadec-18-
en-13-ol.

14 Kumarin Skopoletin atau 7-hydroxy-6-methoxychromen-2-

one.

Struktur Senyawa Pada Daun Mengkudu

No Senyawa Struktur Senyawa

1 Iridoid
C20H24O12

Katekin
2 C15H14O6
 38

3. Leukoantosianidin
C15H14O8

4 Flavanon
C15H12O2

5 Flavon
C15H10O2

6 Flavonol
C15H10O3

7 Khalkon
C15H12O
 39

Auron
8. C15H10O2

9 Isoflavon
C15H12O2

10 Stigmasta-4,22-
dien,3-one
C29H46O

11 Beta-sitosterol
C29H50O

12 Stigmasterol
C29H48O
 40

Epidioxysterol
13 C27H44O3

14 Skopoletin
C10H8O4

e. Jinten hitam (Nigella sativa L.)

Nama Kimia Senyawa Pada Daun Mengkudu
No Golongan Nama kimia

1. Minyak atsiri Thymoquinone atau 2-methyl-5-propan-2-

ylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione

2. Minyak atsiri Dithymoquinone atau 4b,8b-dimethyl-3,7-

di(propan-2-yl)-4a,8a-dihydrobiphenylene-
1,4,5,8-tetrone

3. Minyak atsiri Thymol atau 5-methyl-2-propan-2-ylphenol

4. Minyak atsiri Thymohydroquinone atau 2-methyl-5-propan-2-

ylbenzene-1,4-diol
 41

Struktur Senyawa Pada Jinten Hitam

No Senyawa Struktur Senyawa

1. Thymoquinone

2. Dithymoquinone

3. Thymol

4. Thymohidroquionon
 42

2. Nama Kimia (IUPAC) Dan Struktur Senyawa Pembanding

Nama Kimia Senyawa Pembanding

No Nama Kimia

Zidovudine atau 1-[(2R,4S,5S)-4-azido-5-

(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-
1
methylpyrimidine-2,4-dione

Struktur Kimia Senyawa Pembanding

No Stuktur Kimia

3. Reseptor
Struktur enzim target di ambi dari Protein Data Bank (PDB)
No Kode PDB Struktur

1. HIV-1 Reserve
Transcriptase
(4QAG)
 43

C. TEKNIK ANALISIS
Teknik analisis dilakukan secara in silico dengan docking molekular
menggunakan software PDB (Protein Data Bank), YASARA, PLANTS
(Protein-Ligand ANT System), MarvinSketch, VMD dan Statistik R.

D. METODE PENELITIAN
1. Preparasi Reseptor (Protein)
a. Struktur komplek protein dalam format (.pdb) yang didapatkan dari
PBD yang diunduh dari situs http://mm.rscb.org/
b. Dilakukan preparasi menggunakan aplikasi YASARA.
c. Dari prosedur akan didapatkan dua file yaitu protein.mol2 dan
ref_ligand.mol2.

2. Preparasi Native Ligand (Ligan asal), Ligan Pembanding, dan

Ligan Uji.
a. Pada prosedur ini dilakukan preparasi Native Ligand (Ligan
asal/ligan yang terikat pada protein), ligan Pembanding, dan ligan
Uji menggunakan MarvinSketch pada pH 7,4.
b. Ligan disimpan sebagai Ligand_2D.mrv.
c. Kemudian pilih conformational search lalu hasil pencarian
konformasi disimpan sebagai ligand dan tipe.mol2.
d. Prosedur ini dilakukan pada setiap satu ligan.

3. Optimasi Protein dan Menetapkan Nilai RMSD

a. Pada prosedur ini, native ligand yang telah di preparasi, selanjutnya
di optimasi dengan struktur kistal protein menggunakan program
PLANTS sampai didapatkan nilai (score).
b. Nilai terbaik dipilih, kemudian disimpan dalam bentuk file.mol2.
c. Nilai RMSD dihitung dengan menggunakan program YASARA.
 44

4. Docking ligan Pembanding

a. Pada prosedur ini file ligand pembanding yang diperoleh pada
prosedur preparasi protein yang selanjutnya akan dilakukan docking
menggunakan program PLANTS.
b. Nilai (score) yang diperoleh disimpan untuk dibandingkan dengan
nilai dari senyawa uji.

5. Docking Ligan Uji.

a. Pada prosedur ini dilakukan docking pada masing-masing ligan
senyawa uji menggunakan program PLANTS.
b. Hasil score docking yang diperoleh dari ligan senyawa uji kemudian
dibandingkan dengan score docking senyawa pembanding.

6. Visualisasi Interaksi Ligand dan Reseptor.

a. Pada prosedur ini akan membuat file hasil docking dari masing-
masing ligan senyawa uji menggunakan program YASARA (tipe
file.pdb) atau VMD.
b. File docking tersebut akan divisualisasi dan diinterpretasi untuk
diketahui interaksi-interaksi yang terjadi.