DETEKSI DAN IDENTIFIKASI MOLEKULER

BAKTERI Burkholderia glumae DALAM BENIH PADI

VARIETAS UNGGUL, LOKAL, DAN HIBRIDA

TRI UNGKY YOLANDA

DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN

FAKULTAS PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2018
 PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi yang berjudul “Deteksi dan
Identifikasi Molekuler Bakteri Burkholderia glumae dalam Benih Padi Varietas
Unggul Nasional, Lokal, dan Hibrida” adalah benar karya saya dengan arahan dari
komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apapun kepada perguruan
tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang
diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks
dan telah dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.

Bogor, April 2018

Tri Ungky Yolanda

NIM A34130068

* Pelimpahan hak cipta atas karya tulis dari penelitian sampai kerja sama dengan
pihak luar IPB harus didasarkan pada perjanjian kerjasama yang terkait
 ABSTRAK

TRI UNGKY YOLANDA. Deteksi dan Identifikasi Molekuler Bakteri

Burkholderia glumae dalam Benih Padi Varietas Unggul, Lokal, dan Hibrida.
Dibimbing oleh KIKIN HAMZAH MUTAQIN.

Bakteri Burkholderia glumae adalah patogen terbawa benih yang

menyebabkan penyakit busuk bulir padi. Bakteri ini menjadi penyebab dari
penyakit yang baru meningkat kembali statusnya di beberapa negara penanam
padi, termasuk Indonesia. Bakteri ini merupakan patogen yang terbawa benih
padi, sehingga ketika benih terinfeksi ditanam, tanaman padi yang tumbuh telah
mulai terinfeksi sejak masih sangat dini. Deteksi dan identifikasi B. glumae
diperlukan dalam pengambilan keputusan untuk strategi pengendalian lebih awal
dan tepat. Deteksi dan identifikasi secara molekuler perlu diaplikasikan untuk B.
glumae dalam benih padi mengingat tingkat sensitifitas, akurasi dan efisiensinya
yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan deteksi dan identifikasi B.
glumae secara molekuler dalam benih padi berbagai varietas baik unggul, lokal,
dan hibrida yang diperoleh dari Pulau Jawa. Isolasi bakteri dari 25 varietas benih
padi dilakukan pada media selektif untuk B. glumae, sucrose phosphate glutamate
(S-PG). Sebanyak 15 isolat bakteri terduga B. glumae dari 15 varietas padi
menunjukkan kemiripan morfologi dengan karakter spesifik koloni tipe A dari B.
glumae pada media S-PG. Deteksi PCR dilakukan dengan primer 1418S dan
1418A yang spesifik mengamplifikasi wilayah sikuen insersi IS1418 dari B.
glumae. Hasil PCR menunjukkan bahwa dari 15 isolat bakteri dengan ciri koloni
spesifik B. glumae tipe A, 13 isolat terdeteksi positif sebagai bakteri B. glumae
dengan terbentuknya ukuran pita DNA berukuran 572 pb. Analisis nukleotida gen
16S rRNA hasil sekuensing dari produk PCR menggunakan pasangan primer 27F
dan 1429R dilakukan terhadap isolat-isolat positif B. glumae yaitu BCI11 asal
varietas Pandan Wangi Cianjur, BKL14 asal varietas IR-64 Klaten, dan BGE24
asal varietas Hibrida 2 Gresik. Isolat BCI11, BKL14 dan BGE24 menunjukkan
homologi berturut-turut sebesar 97%, 85%, dan 65% dengan isolat B. glumae
yang tersedia dalam pangkalan data GenBank berdasarkan uji BLAST sikuen
nukleotida gen 16S rRNA. Secara filogenetika, isolat BCI11 dan BKL11 berada
di dalam kelompok yang sama dengan isolat B.glumae dari negara lain yaitu
Thailand, Jepang, Cina, Timor Timur, Korea Selatan, India, Amerika Selatan, dan
Panama.

Kata kunci: Analisis nukleotida, busuk bulir, filogenetika, patogen terbawa

benih, PCR-sekuensing.
 ABSTRACT

TRI UNGKY YOLANDA. Molecular Detection and Identification of

Burkholderia glumae in Improved, Local, and Hybrid Rice Variety Seeds.
Supervised by KIKIN HAMZAH MUTAQIN.

Burkholderia glumae is a seed borne pathogen that cause rice grain rot
disease. This bacteria becomes a causal agent of newly reemerging disease in
some countries, including Indonesia. This pathogen is a seed borne pathogen, so
that when infected seeds are planted, the growing rice crops have started to
become infected at the very beginning. Detection and identification of B. glumae
is required in decision making for earlier and appropriate control strategy.
Molecular detection and identification are required to be applied for B. glumae in
rice seed, considering their high level of sensitivity, accuracy, and efficiency. The
objective of this study was to conduct molecular detection and identification of B.
glumae in assorted varieties of rice seeds including improved, local and hybrid
ones that obtained from locations representing whole Java Island. Bacterial
isolation from 25 varieties of rice seed was performed on selective media for B.
glumae, i.e. sucrose phosphate glutamate (S-PG) medium. A total of 15 isolates as
B. glumae from 15 rice varieties showed morphological similarity with the type A
of B. glumae specific characteristics on S-PG medium. Polymerase chain reaction
(PCR) detection was performed using 1418S and 1418A primer that spesifically
amplify IS1418 insertion sequence of B. glumae. The PCR result showed that
among 15 bacterial isolates with type A B. glumae specific characteristics, 13
isolates were positively detected as B. glumae with the 572 bp sized DNA bands.
Nucleotide analysis of 16S rRNA gene sequenced from PCR product using 27F
and 1429R primer pair was performed to positive isolates of B. glumae, i.e. BCI11
isolates from Pandan Wangi Cianjur, BKL14 from IR-64 Klaten, and BGE24
from Hybrid 2 Gresik. BCI11, BKL14, and BGE24 showed 97%, 85%, and 65%
homology, respectively with other B. glumae isolates that available in GenBank
based on 16S rRNA nucleotide sequence BLAST test. Phylogenetically, BCI11
and BKL14 were in the same cluster with B. glumae isolates from other countries,
i.e. Thailand, Japan, China, East Timor, South Korea, India, South America, and
Panama.

Keywords: grain rot, nucleotide analysis, PCR-sequencing, seed borne pathogen.

 ©Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2018
Hak Cipta Dilindungi Undang - Undang

Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan penhutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
yang wajar IPB.

Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis.

Dalam bentuk apapun tanpa izin IPB.
 DETEKSI DAN IDENTIFIKASI MOLEKULER
BAKTERI Burkholderia glumae DALAM BENIH PADI
VARIETAS UNGGUL, LOKAL, DAN HIBRIDA

TRI UNGKY YOLANDA

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Pertanian
pada
Departemen Proteksi Tanaman

DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN

FAKULTAS PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2018
 PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan atas kehadirat Allah Subhanahu Wa

Ta’ala atas segala karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan penulisan
skripsi berjudul “Deteksi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Burkholderia glumae
dalam Benih Padi Varietas Unggul, Lokal, dan Hibrida” sebagai syarat untuk
meraih gelar Sarjana Pertanian pada Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas
Pertanian, Institut Pertanian Bogor.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Dr Ir Kikin Hamzah Mutaqin,
MSi selaku dosen pembimbing skripsi yang telah banyak memberikan arahan,
saran, dan motivasi selama penelitian dan penulisan skripsi. Ucapan terima kasih
juga diberikan kepada Dr Ir Teguh Santoso, DEA selaku dosen pembimbing
akademik yang telah membimbing penulis selama proses kegiatan perkuliahan di
Departemen Proteksi Tanaman. Penulis juga menyampaikan terima kasih kepada
Prof Dr Ir Dadang, MSc selaku dosen penguji tamu yang telah memberikan
banyak saran dalam proses penulisan skripsi. Terimakasih kepada teman-teman
Proteksi Tanaman Angkatan 50 dan keluarga besar Laboratorium Bakteriologi
Tumbuhan atas bantuan dan saran selama penulis melakukan penelitian dan
penulisan skripsi.
Ucapan terimakasih juga penulis sampaikan kepada Papa, Ibu, Abang
Gilang, dan Abang Ganang yang selalu memberikan doa, kasih sayang, dan
motivasi yang tiada henti kepada penulis.
Semoga skripsi ini dapat bermanfaat.

Bogor, April 2018

Tri Ungky Yolanda

 DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL i
DAFTAR GAMBAR i
DAFTAR LAMPIRAN ii
PENDAHULUAN 1
Latar Belakang 1
Tujuan Penelitian 2
Manfaat Penelitian 2
BAHAN DAN METODE 3
Waktu dan Tempat Penelitian 3
Alat dan Bahan 3
Isolasi dan Karakterisasi Koloni Bakteri B. glumae pada Media S-PG 3
Deteksi Bakteri dengan Teknik PCR 4
Ekstraksi DNA Bakteri 4
Amplifikasi PCR 4
Elektroforesis Gel Agarosa 5
Sikuensing DNA dan Analisis Nukleotida 5
HASIL DAN PEMBAHASAN 6
Gejala B. glumae 6
Isolasi dan Karakterisasi Bakteri B. glumae pada Media S-PG 7
Deteksi DNA Bakteri B. glumae dengan Teknik PCR 10
Amplifikasi Gen 16S rRNA Bakteri dengan Teknik PCR 11
Analisis Nukleotida Gen Parsial 16S rRNA Bakteri 12
Analisis Filogenetik 14
SIMPULAN DAN SARAN 15
Simpulan 15
Saran 15
DAFTAR PUSTAKA 16
LAMPIRAN 19
RIWAYAT HIDUP 23
 DAFTAR TABEL

1 Daftar varietas benih asal Pulau Jawa yang diisolasi untuk memperoleh
isolat bakteri B.glumae 7
2 Morfologi koloni isolat bakteri yang telah diseleksi berdasarkan
karakter morfologi khas bakteri B.glumae pada media selektif S-PG 8
3 Tingkat homologi sikuen isolat bakteri BCI1, BKL14, dan BGE24
dengan sikuen yang berasal dari negara lain di GenBank 13
4 Analisis BLAST dari pangkalan data GenBank untuk nukleotida isolat
bakteri BCI11 asal benih padi Pandan Wangi Cianjur 13
5 Analisis BLAST dari pangkalan data GenBank untuk nukleotida isolat
bakteri BKL14 asal benih IR-64 Klaten 13
6 Analisis BLAST dari pangkalan data GenBank untuk nukleotida isolat
bakteri BGE24 asal benih padi Hibrida 2 Gresik 13

DAFTAR GAMBAR

1 Gejala penyakit busuk bulir padi akibat infeksi B. glumae di lapang

(Kang et al. 2016) 6
2 Gejala B. glumae berupa perubahan warna lemma dan palea menjadi
coklat tua pada benih padi 6
3 Isolat bakteri dari varietas unggul dengan karakter koloni karakter
koloni khas B. glumae pada media S-PG 9
4 Isolat bakteri dari varietas lokal dengan karakter koloni karakter
koloni khas B. glumae pada media S-PG 10
5 Isolat bakteri dari varietas hibrida dengan karakter koloni karakter
koloni khas B. glumae pada media S-PG 10
6 Hasil amplifikasi DNA bakteri dengan menggunakan primer spesifik
B. glumae 11
7 Hasil amplifikasi DNA bakteri dengan primer universal gen 16S
rRNA bakteri 12
8 Pohon filogenetik yang menggambarkan kekerabatan strain isolat
BCI11, BKL14, dan BGE24 dengan isolat bakteri B. glumae yang
berasal dari beberapa negara 14
 DAFTAR LAMPIRAN

1 Sikuen nukleotida gen parsial 16S rRNA yang berasal dari isolat
bakteri BCI11 asal benih padi Pandan Wangi Cianjur 20
2 Sikuen nukleotida gen parsial 16S rRNA yang berasal dari isolat
bakteri BKL14 asal benih padi IR-64 Klaten 20
3 Sikuen nukleotida gen parsial 16S rRNA yang berasal dari isolat
bakteri BGE24 asal benih padi Hibrida 2 Gresik 21
 PENDAHULUAN

Latar Belakang

Padi (Oryza sativa L.) merupakan komoditas tanaman pangan yang menjadi
sumber penyedia energi utama bagi masyarakat Indonesia. Indonesia menempati
posisi ketiga sebagai negara produsen padi terbesar di dunia tahun 2013 setelah
Cina dan India. Produksi padi skala nasional di Indonesia mengalami fluktuasi
pada tahun 2013, 2014, dan 2015 masing-masing sebesar 71 279 709 ton, 70 846
465 ton, dan 75 397 841 ton (BPS 2016).
Fluktuasi produksi padi di Indonesia salah satunya disebabkan oleh adanya
gangguan dari organisme pengganggu tanaman (OPT). Burkholderia glumae
merupakan salah satu OPT dari kelompok bakteri yang dalam beberapa tahun
terakhir menjadi penting dan mengancam produksi padi di Indonesia. Gejala yang
ditimbulkan oleh infeksi B. glumae adalah keguguran dan busuknya bulir padi.
Keberadaan B. glumae pertama kali dilaporkan menginfeksi tanaman padi di
Jepang pada tahun 1950. Patogen ini telah menjadi salah satu penyakit yang
menjadi ancaman serius bagi produksi padi di seluruh dunia (Xie et al. 2003). B.
glumae dilaporkan telah menginfeksi pertanaman padi di daerah produsen padi
seperti Amerika Selatan, Amerika Tengah, Afrika, dan Asia (Cui et al. 2016).
Komoditas lain seperti kentang, tomat, lada, wijen, dan bunga matahari juga
dilaporkan dapat terinfeksi oleh B. glumae (Jeong et al. 2003). B. glumae sudah
dilaporkan keberadaannya di Indonesia sejak tahun 1987, namun belum pernah
dilaporkan menyebabkan kehilangan hasil panen yang signifikan (Joko 2017).
Tsushima (1996) juga pernah melaporkan keberadaan penyakit ini di Indonesia
pada tahun 1996. Patogen ini kemudian dilaporkan kembali menginfeksi
pertanaman padi di Indonesia terutama beberapa daerah di Pulau Jawa pada tahun
2014. B. glumae merupakan patogen yang sedang meningkat statusnya (emerging)
sejak dilaporkan kembali pada tahun 2014 (Wiyono et al. 2017).
B. glumae ditetapkan sebagai bakteri dengan potensi penyebab kerusakan
beresiko tinggi pada tanaman padi di beberapa negara (Ham et al. 2011).
Organisme ini merupakan patogen terbawa benih yang dapat menyebabkan
kehilangan hasil produksi padi mencapai 75% (Trung et al. 1993). Dampak dari
kehilangan hasil produksi padi akibat infeksi B. glumae diperkirakan berdasarkan
evaluasi sterilitas malai dan penurunan berat biji-bijian. Pendekatan ini masih
kurang akurat karena beberapa faktor dapat mempengaruhi produksi tanaman,
seperti faktor biotik dan abiotik. Evaluasi kehilangan hasil produksi padi akibat
patogen ini dibawah kondisi lingkungan yang terkendali perlu dilakukan untuk
mengetahui potensi kehilangan hasil produksi (Fory et al. 2013).
Bakteri patogen tanaman ini ditetapkan sebagai organisme penganggu
tanaman karantina (OPTK) A2 di Indonesia dengan daerah sebar di pulau Jawa,
Sumatera, dan Kalimantan (Deptan 2015). B. glumae merupakan patogen minor
telah meningkat statusnya menjadi patogen utama pada padi, hal ini berkaitan
dengan perubahan cuaca yang kondusif yaitu kondisi malam yang hangat dan
kelembaban serta curah hujan yang tinggi selama musim tanam (Joko 2017).
Tidak tertutup kemungkinan pula bahwa strain lebih virulen bakteri ini masuk ke
Indonesia terbawa benih yang diimpor dari luar negeri dalam jumlah besar.
2

Kebutuhan beras untuk konsumsi yang tinggi di Indonesia belum dapat

diimbangi dengan kemampuan untuk meningkatkan kapasitas produksi melalui
penyediaan benih oleh produsen padi dalam negeri dengan memiliki kualitas yang
baik. Dengan demikian impor benih padi belum dapat dihindari. Impor benih padi
varietas hibrida dari negara lain, seperti Cina, India, dan Filipina dalam jumlah
yang besar membuat resiko masuknya B. glumae ke Indonesia semakin tinggi
(Wiyono et al. 2017). Penggunaan benih padi varietas hibrida yang memiliki
potensi hasil tinggi tetapi kemungkinan lebih rentan terhadap penyakit turut
menjadi salah satu penyebab meningkatnya status infeksi dan penyebaran
penyakit (emerging disease) (Joko 2017).
Metode molekuler merupakan teknik yang memiliki sensitifitas dan akurasi
tinggi untuk mendeteksi dan mengidentifikasi patogen tanaman (Cui et al. 2016).
Teknik molekuler yang dapat digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi
B. glumae adalah Polymerase chain reaction (PCR) yang dilanjutkan dengan
perunutan nukleotida (sikuensing). Deteksi B. glumae dengan teknik PCR dapat
dilakukan dengan menggunakan sepasang primer spesifik yang akan
mengamplifikasi daerah spesifik dari DNA B. glumae sehingga deteksi B. glumae
dapat dilakukan dengan cepat dan akurat.
Teknik perunutan nukleotida (sikuensing) merupakan metode untuk
menentukan urutan basa adenin, guanin, sitosin, dan timin dalam molekul DNA
(Kumar 2012). Urutan nukleotida gen dan bagian lain dari genom organisme
diperlukan untuk mengidentifikasi dan mempelajari keberagaman karakter
molekuler dari B. glumae. Sikuensing gen 16S rRNA dilakukan untuk
mengidentifikasi B. glumae pada tingkat genus dan spesies. Gen 16S rRNA
digunakan untuk mempelajari filogeni dan taksonomi bakteri (Janda dan Abbott
2007). Sikuensing gen 16S rRNA dapat mengidentifikasi berbagai isolat B.
glumae. Isolat B. glumae yang beragam memiliki mekanisme virulensi yang
berbeda. Pemahaman yang baik tentang keberagaman mekanisme virulensi yang
berbeda pada B.glumae dapat berkontribusi untuk mengembangkan metode
pengendalian yang efektif.

Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri B.glumae

yang menginfeksi beberapa varietas benih padi dari varietas benih padi unggul
nasional, lokal, dan hibrida secara molekuler dengan teknik PCR dan perunutan
DNA (sikuensing).

Manfaat Penelitian

Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai keberadaan

dan keberagaman karakter molekuler bakteri B. glumae yang menginfeksi varietas
benih padi unggul, lokal, dan hibrida.
 BAHAN DAN METODE

Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilakukan di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen
Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Penelitian
dilaksanakan dari bulan Maret sampai Desember 2017.
Alat dan Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah benih atau biji dari 25
varietas padi yang berasal dari berbagai daerah di Pulau Jawa, media sucrose
phosphate glutamate (S-PG), media luria broth (LB), akuades steril, buffer Tris-
EDTA (TE), buffer cetyl trimethyl ammonium bromide (CTAB) 2%, sodium
dodecyl sulphate (SDS) 10%, kloroform:isoamil alkohol (C:I, 24:1 v/v), etanol
70%, sepasang primer spesifik untuk B. glumae 1418S dan 1418A (Hasebe dan
Iida 2000), sepasang primer universal untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA
bakteri 27F dan 1429R (Lane 1991), Go Taq® Green PCR Master Mix (2X),
ddH2O, gel agarose 1%, buffer Tris Acetate-EDTA (TAE) 1X, buffer TAE 2X,
larutan ethidium bromide (EtBr), marker 100 bp dan marker 1 kb.
Alat yang digunakan adalah mortar, pistil, mikropipet, tabung reaksi, cawan
petri, laminar air flow, vortex mixer, tabung mikro 2 ml, tabung mikro 0.2 ml,
mesin sentrifugasi, water bath shaker, GeneAmp PCR System 9700, alat
elektroforesis, dan transluminator UV.

Isolasi dan Karakterisasi Koloni Bakteri B. glumae pada Media S-PG

Sampel benih yang digunakan terdiri dari 25 varietas benih padi unggul
nasional, lokal, dan hibrida dari daerah - daerah sentra pertanaman padi di Pulau
Jawa. Benih yang digunakan berupa benih komersil dari toko pertanian atau biji
dari hasil panen petani. Sebanyak 1 g benih padi dari setiap varietas digerus dalam
10 ml air akuades steril dengan menggunakan mortar. Suspensi bakteri hasil
penggerusan diencerkan berseri sampai pengenceran 10-3 dengan menambahkan 1
ml suspensi bakteri ke dalam tabung reaksi yang berisi air steril sebanyak 9 ml.
Tiap seri pengenceran dituangkan sebanyak 100 µl ke dalam cawan petri yang
telah berisi media S-PG dan disebar pada cawan dengan menggunakan segitiga
penyebar. Isolat bakteri yang tumbuh kemudian dimurnikan pada media S-PG.
Karakter koloni bakteri B. glumae pada media S-PG adalah bulat, cembung,
berwarna coklat kemerahan, dan pinggiran koloni berwarna seperti susu dengan
bagian tengah koloni berwarna ungu atau ungu kemerahan (Tsushima et al. 1986).
Hasil isolasi bakteri pada media S-PG diinkubasikan pada suhu ruang dan diamati
pertumbuhannya. Hasil isolasi bakteri pada media S-PG diinkubasikan pada suhu
ruang dan diamati pertumbuhannya. Koloni bakteri diseleksi berdasarkan
kemiripan karakter morfologi dengan karakter morfologi spesifik B. glumae pada
media S-PG.
4

Deteksi Bakteri dengan Teknik PCR

Ekstraksi DNA Bakteri

Ekstraksi DNA bakteri dilakukan pada koloni bakteri yang telah diisolasi
dan dimurnikan pada media S-PG. Proses isolasi DNA diawali dengan
menyiapkan kultur bakteri pada media LB. Sebanyak 1 lup koloni bakteri
dimasukan ke dalam tabung reaksi yang berisi 3 ml media LB kemudian di-shaker
selama 24 jam sehingga warna media LB berubah menjadi keruh. Suspensi bakteri
dimasukan ke dalam tabung mikro sebanyak 2 ml dan dipeletkan dengan
menggunakan mikrosentrifus dengan kecepatan 12 000 rpm selama 5 menit pada
suhu ruang.
Pelet bakteri hasil sentrifugasi ditambahkan buffer TE sebanyak 250 µl.
Suspensi diinkubasi di water bath shaker selama 30 menit dengan suhu 37 oC.
Larutan SDS 10% sebanyak 50 µl kemudian ditambahkan pada suspensi dan
dicampur dengan membolak-balikkan tabung mikro. Suspensi diinkubasi kembali
pada water bath shaker selama 60 menit pada suhu 37 oC. Sebanyak 65 µl NaCl
dan 80 µl CTAB 2% ditambahkan ke suspensi lalu diinkubasikan kembali pada
water bath shaker selama 20 menit dengan suhu 65 oC. Setelah diinkubasi pada
water bath shaker, suspensi ditambahkan 450 µl C:I (24:1) dan dihomogenasi
selama 30 menit. Suspensi disentrifugasi pada kecepatan 11 000 rpm selama 20
menit sehingga terbentuk tiga lapisan. Tiga lapisan yang terbentuk dari hasil
sentrifugasi yaitu lapisan terbawah yang berupa larutan C:I, lapisan tengah yang
berupa debris sel, dan lapisan atas yang bening (epifase) yang berisi DNA.
Lapisan atas dipindahkan ke tabung mikro 2 ml yang baru, kemudian dipresipitasi
dengan ditambahkan 40 µl larutan isopropanol dingin (-20 oC). Suspensi
diinkubasi minimal 30 menit pada suhu -20 oC.
Sentrifugasi dilakukan dengan kecepatan 12 000 rpm selama 20 menit pada
suhu 4 oC untuk mengendapkan DNA. Supernatan dibuang, pelet yang terbentuk
dicuci dengan etanol dingin 70% (-20 oC) dan disentrifugasi dengan kecepatan 12
000 rpm selama 2 menit pada suhu 4 oC. Pencucian dengan menggunakan etanol
dingin 70% dilakukan sebanyak 2 kali dengan proses yang sama. Etanol dibuang
dan pelet DNA dikeringkan selama satu jam pada suhu ruang. Pelet DNA
dilarutkan dengan 50 µl buffer TE dan disimpan dalam kondisi suhu -20 oC.

Amplifikasi PCR
Amplifikasi DNA bakteri menggunakan teknik PCR dilakukan pada seluruh
sampel DNA hasil ekstraksi. DNA diamplifikasi dengan menggunakan mesin
PCR GeneAmp PCR System 9700 dengan menggunakan sepasang primer spesifik
untuk bakteri B. glumae (primer forward 1418S: 5’- GCG ATA TGG CAA GAC
GCA AA -3’ dan reverse 1418A: 5’- AGT CAT ACC CTT TGT CAG CGT -3’)
dengan produk PCR berukuran ±572 pb. Reaksi PCR dilakukan pada volume total
25 µl dengan rincian 1 µl DNA template, 1 µl primer 1418S dan 1418A, 12.5 Go
Taq Green PCR Master Mix 2X, dan 9.5 µl ddH2O. Proses PCR meliputi
denaturasi awal 94 ºC, 3 menit; 30 siklus denaturasi 94 ºC, 30 detik; annealing 60
ºC, 30 detik; ekstensi 72 ºC, 30 detik; dan ekstensi akhir 72 ºC, 10 menit.
Amplifikasi PCR menggunakan primer universal gen 16S rRNA (primer
forward 27F: 5’- AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG -3’ dan reverse 1429R:
5’- CGG TTA CCT TGT TAC GAC TT -3’) juga dilakukan untuk isolat bakteri
 5

yang telah positif terdeteksi sebagai B. glumae dengan primer spesifik

sebelumnya. Reaksi PCR dilakukan pada volume total 25 µl dengan rincian 1 µl
DNA template, 1 µl primer 1418S dan 1418A, 12.5 Go Taq Green PCR Master
Mix 2X, dan 9.5 µl ddH2O. Proses PCR meliputi denaturasi awal 95 ºC, 5 menit;
35 siklus denaturasi 95 ºC, 30 detik; annealing 55 ºC, 30 detik; ekstensi 72 ºC, 1
menit; dan ekstensi akhir 72 ºC, 10 menit. Hasil PCR dengan menggunakan
primer universal akan digunakan untuk proses sekuensing DNA bakteri B.
glumae. Produk PCR yang dihasilkan membentuk pita DNA dengan ukuran
±1500 pb dan selanjutnya dilakukan sikuensing untuk mengurutkan sikuen
nukleotida isolat bakteri.

Elektroforesis Gel Agarosa

Sebanyak 5 µl DNA hasil PCR dari masing-masing sampel dielektroforesis
dengan gel agarosa 1% dalam TAE 2X. Marker berukuran 100 bp atau 1 kb
digunakan untuk memperkirakan ukuran DNA hasil elektroforesis. Elektroforesis
gel agarose dilakukan dengan tegangan 75 volt DC selama 45 menit. Gel agarosa
kemudian direndam di dalam larutan ethidium bromide (EtBr) selama 10 menit
dan kemudian dibilas dengan menggunakan akuades. Hasil elektroforesis
divisualisasi dengan menggunakan transluminator UV dan dipotret dengan
kamera digital.

Sikuensing DNA dan Analisis Nukleotida

Sebanyak 40 µl DNA hasil PCR dengan menggunakan primer universal gen

16S rRNA dikirim ke Laboratorium Macrogen, Korea Selatan, melalui jasa PT.
Indolab Utama Indonesia untuk dilakukan perunutan sikuen nukleotida. Hasil
sikuen DNA bakteri disejajarkan antara forward dan reverse (contig)
menggunakan piranti lunak BioEdit Sequence Alignment Editor versi 7.2.5.0.
Hasil perunutan sikuen nukleotida dianalisis dengan program Basic local
alignment search tools (BLAST) untuk mengetahui kesejajaran dengan bakteri
lain pada basis data GenBank. Data sikuen nukleotida yang terpilih kemudian
dianalisis dengan program ClustalW multiple alignment pada piranti lunak Bioedit
untuk mengetahui nilai homologi dari masing-masing sampel bakteri. Analisis
filogenetika antar sikuen DNA bakteri dilakukan dengan menggunakan piranti
lunak Clustal X 1.83 dan Molecular Evolutionary Genetic Analysis (MEGA 6.06)
dengan metode neighbor joining dan bootstrap 1000 ulangan.
 HASIL DAN PEMBAHASAN

Gejala B. glumae

Gejala yang muncul akibat serangan B. glumae sering disebut sebagai hawar
malai (panicle blight) dan busuk bulir (grain rot). Bakteri ini juga menyebabkan
busuk pelepah (sheath rot) dan hawar benih (seedling blight) (Joko 2017). Malai
yang terinfeksi B. glumae tidak berkembang dengan baik selama pengisian
sehingga malai menjadi tetap tegak dan tidak merunduk. Bercak abu gelap atau
coklat pada sebagian atau seluruh bagian biji namun tangkai malai masih
berwarna hijau merupakan karakter khas patogen ini di lapang (Fory et al. 2014).

Gambar 1 Gejala penyakit busuk bulir padi akibat infeksi B. glumae di lapang
(Kang et al. 2016)

Gejala infeksi B. glumae pada benih adalah adanya perubahan warna

menjadi coklat keunguan atau coklat tua pada bagian lemma dan palea yang
terinfeksi (Gambar 2). Perubahan bobot benih menjadi lebih ringan juga terjadi
pada benih yang terinfestasi. B. glumae juga dapat terdeteksi pada benih yang
tidak menunjukkan gejala.

Gambar 2 Gejala B. glumae berupa perubahan warna lemma dan palea menjadi
coklat tua pada benih padi
 7

Isolasi dan Karakterisasi Bakteri B. glumae pada Media S-PG

Isolasi bakteri dilakukan pada 25 varietas benih dan biji padi unggul, lokal,
dan hibrida yang berasal dari sentra produksi benih padi di Pulau Jawa (Tabel 1).
Benih padi diperoleh dari pembelian di toko pertanian dan biji diperoleh dari hasil
panen petani secara langsung di lahan pertanaman. Isolasi bakteri dilakukan dari
benih padi karena B. glumae merupakan bakteri tular benih pada padi yang
menginfeksi melalui stomata dan luka, dan berkembang di dalam ruang
interselular parenkim selama perkecambahan benih (Cui et al. 2016). Bakteri ini
terdeteksi berada di epidermis, parenkim dan sklerenkim pada bulir yang telah
terinfeksi (Hikichi 1993). Patogen ini dapat bertahan pada benih pada
penyimpanan dengan suhu ruang (Yuan 2004). Benih padi dengan kondisi
bergejala atau tanpa gejala dapat berpotensi membawa bakteri B. glumae yang
berperan sebagai propagul awal di lapang dan menimbulkan epidemi apabila
kondisi lingkungan mendukung (Suryani 2017).

Tabel 1 Daftar varietas benih asal Pulau Jawa yang diisolasi untuk memperoleh
isolat bakteri B. glumae
Bahan
Provinsi Kabupaten No. Varietas Kolonia PCRb
Pertanaman
Banten Lebak 1 Inpari Sidenuk Benih √ +
Lebak 2 Inpari 32 Benih TD
Serang 3 Mekongga Benih √ +
DKI Jakarta Jakarta Utara 4 Hibrida 1 Benih √ +
Jawa Barat Subang 5 Inpari Sidenuk Benih TD
6 IR-64 Benih TD
7 PB-42 Benih √ +
8 Ciherang Benih √ +
9 Mekongga Benih √ +
Bogor 10 IPB-3S Biji √ -
Cianjur 11 Pandan Wangi Biji √ +
Jawa Tengah Grobogan 12 Ciherang Benih √ -
Klaten 13 Rojolele Benih TD
14 IR-64 Benih √ +
Pemalang 15 Situ Bagendit Benih √ +
Magelang 16 Nolnol Biji TD
Mentik Wangi
17 Susu Biji TD
D.I. Yogyakarta Sleman 18 Situ Bagendit Benih √ +
Bantul 19 IR-64 Benih TD
Kulonprogo 20 Ciherang Benih TD
Way Apo
Jawa Timur Nganjuk 21 Buru Benih TD
22 Ciherang Benih √ +
23 IR-64 Benih TD
Gresik 24 Hibrida 2 Benih √ +
Kediri 25 Hibrida 3 Benih √ +
a
Tanda (√) menunjukkan koloni khas B. glumae
b
Tanda (+) menunjukkan hasil positif B. glumae pada primer spesifik, tanda (-) menunjukkan
hasil negatif B. glumae pada primer spesifik, TD: Tidak dikerjakan
8

Isolasi bakteri dilakukan dengan menggunakan media selektif untuk bakteri

B. glumae yaitu sucrose-phosphate glutamate (S-PG). Bakteri B. glumae yang
tumbuh pada media S-PG akan membentuk koloni yang khas. Morfologi koloni
berbentuk bulat, cembung, dan tepiannya halus. Koloni khas B. glumae yang
tumbuh pada media S-PG terbagi menjadi dua tipe, yaitu koloni tipe A yang
memiliki warna coklat kemerahan dan koloni tipe B yang memiliki warna seperti
susu dengan bagian tengah berwarna ungu atau ungu kemerahan (Tsushima et al.
1986).
Seleksi berdasarkan karakter morfologi spesifik bakteri B. glumae pada
media S-PG dilakukan pada isolat yang berhasil ditumbuhkan dari tiap benih yang
diisolasi. Bakteri dengan bentuk morfologi koloni yang berbeda juga ditemukan
tumbuh pada media S-PG. Bakteri lain dari genus Pseudomonas dan Burkholderia
spesies lain juga dapat tumbuh pada media S-PG namun dengan bentuk morfologi
koloni yang berbeda (Chun dan Jones 2011).

Tabel 2 Morfologi koloni isolat bakteri yang telah diseleksi berdasarkan karakter
morfologi khas bakteri B.glumae pada media selektif S-PG
Morfologi
Kode
Varietas Warna Elevasi Bentuk Tekstur PCRa
Isolat
Permukaan
BLE1 Inpari Sidenuk Coklat tua Cembung Bundar Halus +
BLE3 Mekongga Coklat Cembung Bundar Halus +
BJU4 H1 Coklat Tua Cembung Bundar Halus +
BSU7 PB-42 Coklat Tua Cembung Bundar Halus +
BSU8 Ciherang Coklat Kemerahan Cembung Bundar Halus +
BSU9 Mekongga Coklat Kemerahan Cembung Bundar Halus +
BBO10 IPB-3S Coklat Kekuningan Cembung Bundar Halus -
BCI11 Pandan Wangi Coklat Tua Cembung Bundar Halus +
BGR12 Ciherang Coklat Kemerahan Cembung Bundar Halus -
BKL14 IR-64 Coklat Cembung Bundar Halus +
BPE15 Situ Bagendit Coklat Cembung Bundar Halus +
BSL18 Situ Bagendit Coklat Kemerahan Cembung Bundar Halus +
BNG22 Ciherang Coklat Muda Cembung Bundar Halus +
BGE24 H2 Coklat Kekuningan Cembung Bundar Halus +
BKE25 H3 Coklat Kemerahan Cembung Bundar Halus +
a
Tanda (+) menunjukkan hasil positif B. glumae pada primer spesifik, tanda (-) menunjukkan
hasil negatif B. glumae pada primer spesifik.

Koloni bakteri mulai tumbuh pada media pada hari ke 3-5 setelah inkubasi.
Koloni bakteri pada media S-PG diinkubasi pada suhu ruang. Isolat bakteri yang
berhasil didapatkan dan telah diseleksi berdasarkan morfologi spesifik B. glumae
 9

pada umumnya berbentuk bulat, cembung dan tepiannya halus. Warna koloni
yang terlihat pada awal pertumbuhan di media adalah transparan, lalu berubah
menjadi krem. Koloni kemudian akan berubah warna menjadi coklat, coklat
kemerahan atau seperti susu dengan warna keunguan rata-rata pada hari ke 7
setelah inkubasi.
Semua isolat bakteri yang telah diseleksi berdasarkan karakter khas
morfologi koloni pada media selektif S-PG memiliki morfologi koloni yang
menyerupai koloni B. glumae tipe A. Perbedaan ketajaman warna pada tiap koloni
bakteri tergantung pada strain bakteri (Tsushima 1986).

a b c

d e f

g h i

j k
Gambar 3 Isolat bakteri dari varietas unggul dengan karakter koloni khas B.
glumae pada media S-PG a) BLE1; b) BLE3 ; c) BSU7; d) BSU8; e)
BSU9; f) BBO10 ; g) BGR12; h) BKL14; i) BPE15; j) BSL18; k)
BNG22
10

Gambar 4 Isolat bakteri BCI11 asal varietas lokal Pandan Wangi Cianjur dengan
karakter koloni khas B. glumae pada media S-PG

a b c

Gambar 5 Isolat bakteri dari varietas hibrida dengan karakter koloni khas B.
glumae pada media S-PG a) BJU4: b) BGE24; c) BKE25

Deteksi DNA Bakteri B. glumae dengan Teknik PCR

Ekstraksi DNA dilakukan pada isolat bakteri yang telah dimurnikan. DNA
diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer spesifik B. glumae, yaitu
1418S dan 1418A. Primer 1418S dan 1418A mengamplifikasi sikuen sispan
IS1418 dari DNA B. glumae. Sikuen sisipan IS1418 merupakan elemen yang
hanya terdapat pada DNA B. glumae dan beberapa spesies terkait lainnya seperti
B.plantarii. Sikuen sisipan IS1418 berperan dalam mutasi atau ketidakstabilan
genetik yang terjadi pada B. glumae, seperti berkurangnya patogenisitas dan
perubahan morfologi koloni (Hasebe dan Iida 2000).
Sebanyak 13 isolat bakteri asal benih padi dengan bentuk koloni khas B.
glumae pada media S-PG terdeteksi positif dengan terbentuknya pita DNA yang
berukuran ±572 pb (Gambar 6). Dua isolat bakteri yang berasal dari varietas IPB
3S asal Bogor dan Ciherang asal Grobogan yang memiliki karakter koloni
menyerupai karakter koloni spesifik B. glumae pada media S-PG, tidak terdeteksi
positif pada saat diamplifikasi dengan menggunakan primer spesifik. Media S-PG
terkadang tidak berhasil untuk membedakan koloni bakteri lain yang menyerupai
bakteri B. glumae. Bakteri dari spesies lain masih dapat tumbuh pada media S-PG
(Kawaradani et al. 2000).
Bakteri B. glumae terdeteksi berada pada benih varietas unggul, lokal, dan
nasional dari enam provinsi di Pulau Jawa yang merupakan daerah sentra
produksi padi. Menurut Wiyono et al. (2017) B. glumae telah ditemukan di
pertanaman padi di berbagai daerah di Pulau Jawa seperti Purwakarta, Cianjur,
Bogor, Karawang, Indramayu, Semarang, Tegal, Blitar, Brebes, Kendal, dan
 11

Karanganyar pada tahun 2014 sampai 2016. Hal ini menunjukkan bahwa B.
glumae merupakan patogen padi yang sedang meningkat status serangannya
(emerging). Faktor pendorong yang dapat menyebabkan patogen menjadi
emerging adalah introduksi patogen dari negara lain, perubahan iklim, perubahan
teknik budidaya, perubahan habitat, peningkatan populasi vektor dan perubahan
genetik patogen (Wiyono et al. 2017).

BKE25
BBO10

BGR12

BNG22
BKL14

BGE24
BSL18
BPE15
BCI11
BSU9
BSU8
BSU7
BLE1

BJU4
BLE3
M

572 pb
500 pb

Gambar 6 Hasil amplifikasi DNA bakteri dengan menggunakan primer spesifik

B. glumae. M: Marker 100 pb

Amplifikasi Gen 16S rRNA Bakteri dengan Teknik PCR

Isolat bakteri BCI11 dari varietas Pandan Wangi Cianjur, BKL14 asal IR-64
dan BGE24 asal Hibrida 2 Gresik yang telah positif terdeteksi sebagai B. glumae
dengan menggunakan primer spesifik, kemudian diamplifikasi dengan
menggunakan primer universal 16S rRNA untuk proses identifikasi bakteri B.
glumae dengan metode perunutan nukleotida (sikuensing). Gen 16S rRNA
merupakan penanda molekuler yang stabil dan spesifik untuk mengidentifikasi
bakteri. Gen 16S rRNA digunakan sebagai gen target dalam proses amplifikasi
DNA untuk analisis perunutan nukleotida (sikuensing) karena sifat gen yang
universal, sikuen basanya konservatif, terdapat dalam jumlah yang sangat banyak
di dalam sel, memenuhi ukuran untuk analisis statitiska karena ukuran sikuennya
tidak terlalu panjang atau pendek, dan ketersediaan informasi di GenBank
(Madigan et al. 1997). Hasil amplifikasi isolat bakteri dengan menggunakan
primer universal 16S rRNA adalah terbentuknya pita DNA dengan ukuran ±1500
pb (Gambar 7).
Ketiga isolat dipilih untuk mewakili varietas-varietas unggul nasional, lokal,
dan hibrida yang telah diuji. Varietas IR-64 merupakan padi varietas unggul untuk
lahan sawah (Suprihatno et al. 2010) dan banyak di tanam di daerah Jawa Barat,
Jawa Tengah, dan Jawa Timur (Syamsiah 2016). Varietas Pandan Wangi adalah
varietas padi aromatik yang sentra produksinya berada di Kabupaten Cianjur,
Jawa Barat. Varietas ini merupakan varietas lokal yang telah dijadikan sebagai
varietas unggul daerah (Suryana et al. 2009). Varietas padi hibrida tersebar di
12

Indonesia berasal dari produksi secara lokal dan didatangkan melalui impor.
Produksi benih padi hibrida di Indonesia masih tergolong rendah. Benih padi
hibrida yang ditanam oleh petani di Indonesia umumnya masih diimpor dari Cina
atau India (Ruskandar 2010).

M BCI11 BKL14 BGE24

4

2000 pb
1500 pb
1000 pb

Gambar 7 Hasil amplifikasi DNA bakteri dengan primer universal gen 16S
rRNA bakteri. M: Marker 1 kb

Analisis Nukleotida Gen Parsial 16S rRNA Bakteri

Hasil sekuensing menunjukkan adanya perbedaan ukuran sikuen dari

masing-masing isolat bakteri. Isolat bakteri BCI11 memiliki ukuran sikuen
sebesar 1453 pb, isolat bakteri BKL14 memiliki ukuran sikuen sebesar 1565 pb,
dan isolat bakteri BGE24 memiliki ukuran sikuen sebesar 1571 pb. Berdasarkan
uji BLAST dengan membandingkan sikuen masing-masing isolat bakteri dengan
sikuen dari pangkalan data GenBank, diperoleh bahwa isolat bakteri BCI11,
BKL14, dan BGE24 memiliki nilai homologi mencapai 97%, 85%, dan 65%
dengan isolat bakteri B. glumae yang berasal dari negara lain (Tabel 3).
Isolat BCI11 dan BKL14 memiliki nilai homologi sebesar 97% dan 90%
dengan isolat B.glumae asal negara lain (Tabel 4 dan 5). Isolat BGE24 yang
teramplifikasi positif B. glumae pada deteksi dengan primer spesifik 1418S dan
1418A memiliki homologi dengan isolat B. glumae paling rendah. Isolat BGE24
memiliki kemiripan sebesar 88% dengan isolat bakteri dari kelompok Bacillus sp.
(Tabel 6). Hal ini dapat disebabkan oleh adanya kontaminasi bakteri lain pada
kultur isolat murni yang digunakan untuk ekstraksi DNA kromosom. Menurut
Bosshard et al. (2003), suatu sikuen bakteri dapat dikatakan berasal dari satu
spesies apabila memiliki nilai homologi mencapai ≥99% dan berasal dari satu
genus apabila nilai homologi mencapai ≥95% dengan sikuen acuan dari GenBank.
Identifikasi B. glumae dengan menggunakan gen 16S rRNA memiliki kekurangan
dari segi keakuratan analisis filogenetik karena tidak mencerminkan keseluruhan
sejarah evolusi organisme. Selain itu, klasifikasi 16S rRNA hanya
untuk tingkatan di atas peringkat spesies sehingga analisis 16S rRNA tidak
memiliki kemampuan tinggi untuk tingkatan yang lebih rendah dari spesies seperti
strain (Takahashi et al. 2009)
 13

Tabel 3 Tingkat homologi sikuen nukleotida isolat bakteri BCI11, BKL14, dan
BGE24 dengan isolat B. glumae yang berasal dari negara lain di
GenBank
Homologi (%)
Isolat B. glumae
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
BCI11 ID
BKL14 83% ID
BGE24 65% 66% ID
Thailand 96% 85% 65% ID
Jepang 97% 85% 65% 99% ID
China 97% 85% 65% 99% 100% ID
Timor Timur 97% 85% 65% 99% 100% 100% ID
Korea Selatan 97% 85% 65% 99% 100% 100% 100% ID
India 97% 85% 65% 99% 100% 100% 100% 100% ID
Amerika Selatan 97% 85% 65% 99% 100% 100% 100% 100% 100% ID
Panama 97% 85% 65% 99% 100% 100% 100% 100% 100% 100% ID

Tabel 4 Analisis BLAST dari pangkalan data GenBank untuk nukleotida isolat
bakteri BCI11 asal benih padi Pandan Wangi Cianjur
Query Cover Kemiripan
Isolat Asal Negara No Aksesi
(%) (%)
B. glumae strain PA22.1 Panama EF193638.1 98 97
B. glumae strain PA24.5 Panama EF193639.1 98 97
B. glumae strain GRbb 6 Korea Selatan KX638433.1 98 97
B. glumae strain ITCCBQ001 India KP689100.1 98 97
B. glumae strain 336gr-1 Amerika Selatan DQ355164.1 98 97
B. glumae strain 99gr-4b Amerika Selatan DQ355167.1 98 97

Tabel 5 Analisis BLAST dari pangkalan data GenBank untuk nukleotida isolat
bakteri BKL14 asal benih padi IR-64 Klaten
Query Cover Kemiripan
Isolat Asal Negara No Aksesi
(%) (%)
B. glumae strain GRbb 6 Korea Selatan KX638433.1 90 90
B. glumae strain JXNC2 Cina KF995706.1 90 90
B. glumae strain DLA67 Timor Timur JX522463.1 90 90
B. glumae strain P 1-22-1 Jepang NR_029211.1 90 90
B. glumae strain CIP 106418 Jepang NR_116155.1 89 90
B. glumae strain 1BGCR2-2 Thailand KY826523.1 89 90

Tabel 6 Analisis BLAST dari pangkalan data GenBank untuk nukleotida isolat
bakteri BGE24 asal benih padi Hibrida 2 Gresik
Query Cover Kemiripan
Isolat Asal Negara No Aksesi
(%) (%)
Bacillus cereus strain 9 julio Argentina KM349186.1 99 88
Bacillus cereus strain 165PP Argentina KM349191.1 99 88
Bacillus cereus strain DZ4 Cina HQ143564.1 99 88
Bacillus altitudinis strain 8 Cina KU898277.1 99 88
Bacillus cereus strain Chi Korea Selatan GQ280806.1 99 88
Bacillus cereus strain Hs2-17 Cina JF899264.1 99 88
 14

Analisis Filogenetika

Analisis filogenetika berdasarkan sikuen nukleotida menunjukkan bahwa

isolat BCI11 dan BKL14 berada dalam satu kelompok dengan isolat B. glumae
dan B. gladioli dari negara lain pada pohon filogenetik (Gambar 8). Hal ini
menunjukkan hubungan kekerabatan yang dekat antar isolat BCI11 dan BKL14
dengan isolat B. glumae dengan B. gladioli secara filogeni. B. gladioli dan B.
glumae dilaporkan terdapat secara bersamaan pada padi bergejala hawar malai di
Amerika Serikat, namun frekuensi keberadaan B. glumae lebih tinggi daripada B.
gladioli (Joko 2017). Isolat BGE24 tidak berada dalam satu kelompok yang sama
dengan isolat BCI11 dan BKL14. Isolat ini berada dalam satu kelompok dengan
isolat bakteri Bacillus cereus.

DQ355164 B. glumae Amerika Selatan

EF193638 B. glumae Panama
KP689100 B. glumae India

71 KX638433 B. glumae Korea Selatan

KF995706 B. glumae Cina
KY826523 B. glumae Thailand
56
NR 11615 B. glumae Jepang
79 JX522463 B. glumae Timor Timur
NR 118061 B. gladioli
100
BCI11
BKL14
BGE24
KM349186 Bacillus cereus

0.02

Gambar 8 Pohon filogenetik yang menggambarkan kekerabatan isolat BCI11,

BKL14, dan BGE24 dengan isolat bakteri B. glumae yang berasal dari
beberapa negara.
 SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

Koloni 15 isolat yang diduga B. glumae memiliki ciri khas morfologi koloni
tipe A bakteri B. glumae pada media S-PG. Morfologi koloni berwarna coklat
kemerahan dengan tingkat ketajaman warna yang berbeda, berbentuk bulat,
elevasi cembung, dan tepiannya halus. Infeksi bakteri B. glumae di Indonesia
terdeteksi pada beberapa benih padi varietas unggul, lokal dan hibrida asal Pulau
Jawa yaitu Inpari Sidenuk (Lebak), Mekongga (Serang), Hibrida 1 (Jakarta
Utara), PB-42 (Subang), Ciherang (Subang), Mekongga (Subang), Pandan Wangi
(Cianjur), IR-64 (Klaten), Situ Bagendit (Pemalang), Situ Bagendit (Sleman),
Ciherang (Nganjuk), Hibrida 2 (Gresik), dan Hibrida 3 (Kediri) melalui deteksi
dengan teknik PCR. Berdasarkan uji BLAST Isolat bakteri BCI11, BKL14, dan
BGE24 memiliki nilai homologi mencapai 97%, 85%, dan 65% dengan bakteri B.
glumae yang berasal dari negara lain. Hasil identifikasi menunjukkan bahwa isolat
BCL11 dan BKL14 terkonfirmasi sebagai B. glumae. Berdasarkan hasil analisis
filogenetik isolat bakteri B. glumae yang berasal dari BCI11 dan BKL14
memililki kekerabatan yang dekat dengan isolat B. glumae asal negara lain yaitu
Thailand, Jepang, Cina, Timor Timur, Korea Selatan, India, Amerika Selatan, dan
Panama.

Saran

Perlu dilakukan pengujian lebih lanjut mengenai mekanisme dan tingkat

virulensi dari masing-masing isolat B. glumae yang didapatkan dan deteksi B.
glumae benih padi varietas lain di Indonesia untuk pencegahan penyakit dan
menciptakan mekanisme pengendalian penyakit yang tepat.
 DAFTAR PUSTAKA

[BPS] Badan Pusat Statistik. 2016. Produksi padi tahun 2013, 2014, dan 2015
[internet]. [diunduh 2017 Feb 11]. Tersedia pada: www.bps.go.id.
Bosshard PP, Abels S, Zbinden R, Böttger EC, Altwegg M. 2003. Ribosomal
DNA sequencing for identification of aerobic gram-positive rods in the
clinical laboratory (an 18-month evaluation). J. Clin Microbiol. 41: 4134–
4140.
Chun W, Jones JB. 2001. Gram-negative bacteria: Burkholderia. Schaad NW,
Jones JB, Chun W, editor. Di dalam: Laboratory Guide for Identification of
Pathogenic Bacteria. 3rd Ed. Minnesota (US): APS Press. hlm 139-150.
Cui ZQ, Zhu B, Xie GL, Li B, Huang SW. 2016. Research status and prospect of
Burkholderia glumae, the pathogen causing bacterial panicle blight. Rice
Science. 23(3): 111-116.
[Deptan] Departemen Pertanian. 2015. Peraturan Menteri Pertanian Republik
Indonesia Nomor 51/Permentan/KR.010/9/2015 Tentang Perubahan atas
Peraturan Menteri Pertanian Nomor 93/Permentan/OPT.140/12/2011
Tentang Jenis Organisme Penganggu Tumbuhan Karantina [Internet].
[diunduh 2017 Feb 11]. Tersedia pada: www.perundangan.pertanian.go.id.
Fory PA, Triplett L, Ballen C, Abello JF, Duitama J, Aricapa MG, Prado GA,
Correa F, Hamilton J, Leach JE, Tohme J, Mosquera GM. 2014.
Comparative analysis of two emerging rice seed bacterial pathogens.
Phytopathology. 104(5):436–444.
Ham JH, Melanson RA, Rush MC. 2011. Burkholderia glumae: next major
pathogen of rice?. Molecular Plant Pathology. 12(4): 329-339.
Hasebe A, Iida S. 2000. The novel insertion sequences IS 1417, IS 1418, and IS
1419 from Burkholderia glumae and their strain distribution. Plasmid. 44:
44-53.
Hikichi Y, Okuno T, Furusawa I. 1993. Immunoflourescent antibody technique
for detecting Pseudomonas glumae on rice plant. Ann. Phythopath. Soc.
Japan. 59: 477-480.
Janda JM. Abbott SL. 2007. Minireview: 16S rRNA gene sequencing for bacterial
identification in the diagnostic laboratory: pluses, perils, and pitfalls. J. of
Clinical Microbiology. 45(9): 2761-2764.
Jeong Y, Kim J, Kang Y, Nagamatsu T, Hwang I. 2003. Toxoflavin produced by
Burkholderia glumae causing rice grain rot is responsible for inducing
bacterial wilt in many field crops. Plant Dis. 87 (8): 890-895.
Joko T. 2017. Burkholderia glumae sebagai emerging pathogen: status, potensi,
kerusakan, dan strategi pengendalian. Di dalam: Prosiding Simposium
Nasional Fitopatologi: Kemunculan Penyakit Baru dan Impor Benih. 2017
01 10. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. hlm 27-35.
Kang IJ, Kang MH, Noh TH, Shim HK, Shin DB, Heu S. 2016. Simultaneous
detection of three bacterial seed-borne diseases in rice using multiplex
polymerase chain reaction. Plant Pathol. J. 32(6): 575-579.
Kawaradani M, Okada K, Kusakari S. 2000. New selective media for isolation of
Burkholderia glumae from rice seeds. J. Gen. Plant Pathol. 66: 234-237.
 17

Kumar BR. 2012. DNA Representration. Munshi A, editor. Di dalam: DNA

Sequencing: Method and Applications. Croatia (HR): InTech.
Lane DJ. 1991. 16S/23S rRNA sequencing. Stackebrandt E, Goodfellow M,
editor. Di dalam: Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematic. New
York (US): John Wiley and Sons. hlm 115-175.
Madigan MT, Martinko JM, Parker J. 1997. Brock, The Biology of
Microorganisms. Eight Edition. New Jersey (US): Prentice Hall.
Ruskandar A. 2010. Persepsi petani dan identifikasi faktor penentu
pengembangan dan adopsi padi varietas hibrida. Iptek Tanaman Pangan.
5(2): 113-125.
Suprihatno B, Daradjat AA, Satoto, Baehaki, Suprihanto, Widiarta IN, Setyono A,
S. Indrasari DS, Wardana IP, Sembiring H. 2010. Deskripsi Varietas Padi.
Balai Besar Penelitian Tanaman Padi. Badan Penelitian dan Pengembangan
Pertanian. Departemen Pertanian.
Suryana RM, Rachmina D, Sumedi, Novianti T. 2009. Ajian Efisiensi Daya Saing
Padi Pandan Wangi. Ringkasan Eksekutif Hasil-Hasil Penelitian Tahun
2009. Kerjasama Kemitraan Penelitian Pertanian dengan Perguruan Tinggi
(KKP3T).
Suryani L. 2017. Burkholderia glumae, Bakteri Penyebab Hawar Pada Malai Padi.
Balai Karantina Pertanian Kelas I Banjarmasin.
Syamsiah S. 2016. Sikap dan preferensi petani terhadap penggunaan benih padi
varietas unggul di Kabupaten Subang Jawa Barat [tesis]. Bogor (ID): Institut
Pertanian Bogor.
Takahashi M, Kryukov K, Saitou N. 2009. Estimation of bacterial species
phylogeny through oligonucleotide frequency distances. Genomics. 93: 525-
533.
Trung HM, Van NV, Vien NV, Lam DT, Lien M. 1993. Occurrence of rice rot
disease in Vietnam. Int Rice Res Notes. 18(3): 30.
Tsushima S, Wakimoto S, Mogi S. 1986. Medium for detecting Pseudomonas
glumae Kurita et Tabei, the causal bacterium of grain rot of rice. Ann.
Phytopath. Soc. Japan. 52: 253-259.
Tsushima S. 1996. Epidemiology of bacterial grain rots of rice caused by
Pseudomonas glumae. JARQ. 30(2):85-89.
Wiyono S, Giyanto, Mutaqin KH, Hidayat SH, Supramana, Widodo. 2017.
Emerging disease pada tanaman pertanian: strategi dan opsi kebijakan
pengendalian. Di dalam: Prosiding Simposium Nasional Fitopatologi:
Kemunculan Penyakit Baru dan Impor Benih. 2017 01 10. Bogor (ID):
Institut Pertanian Bogor. hlm 1-11.
Xie GL, Luo JY. Li B. 2003. Bacterial panicle blight: a rice dangerous diseases
and its identification. Plant Prot. 29: 47-49.
Yuan X. 2004. Identification of bacterial pathogens causing bacterial panicle
blight of rice in Louisiana [tesis]. Louisiana (US): Louisiana State
University.
LAMPIRAN
20

Lampiran 1 Sikuen nukleotida gen parsial 16S rRNA yang berasal dari isolat
bakteri BCI11 asal benih padi Pandan Wangi Cianjur
TGGCATGCCGGCATGCTTAACATGCAGTCGAACGGCAGCACGGGTGCTTGCACCTGGTGGCGAGTGGCGAACGGGTG
AGTAATACATCGGAACATGTCCTGTAGTGGGGGATAGCCCGGCGAAAGCCGGATTAATACCCCATACGATCTACGGAA
GAAAAGCGGGGGACCTTCGGGCCTCCCCCCATAAGGGTTGGCCGATGGCGGATTAAACTAGTTGGTGGGGTAAAGCC
CTACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGACGACCAGCCACACCGGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCT
ACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCAATGCCGCGTGTGTGAAGAAAGCC
TTCGGGTTGTAAAGCACTTTTGTCCGGAAAGAAATCCTGAGGGCTAATATCCTTCGGGGATGACGGTACCGGAAGAAT
AAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAA
GCGTGCGCAGGCGGTTTGCTAAGACCGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTGGTGACTGGCAGGC
TAGAGTATGGCAGAGGGGGGTAGAATTCCACGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAATACCGATGGCG
AAGGCAGCCCCCTGGGCCAATACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGT
CCACGCCCTAAACGATGTCAACTAGTTGTTGGGGATTCATTTCCTTAGTAACGTAGCTAACGCGTGAAGTTGACCGCCT
GGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGATGATGTGGATTAATT
CGATGCAACGCGAAAAACCTTACCTACCCTTGACATGGTCGGAATCCTGAGGAGACTCGGGAGTGCTCGAAAGAGAA
CCGATACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCC
TTGTCCTTAGTTGCTACGCAAGAACACTCTAAGGAAACTGCCGGTGACAAACCGGAGAAAGGGGGGGGATAAAGTCA
AGTCCTCCAGGGCCCTTATGGGGAGGGCTTCACACGGCATACAAAGGGGCGGAAAAAAGGGGCCCCAACCCCCGAG
GGGGAGCTAATCCCCAGAAAACAAAATAGAAGTCCGGATGGCACTCTCGCAACTCCGAGTGCATGAAGACTGGAAAC
CCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGT
GGGTTTTACCAGAAGTGGCTAGTCTAACCGCAAGGAGGACGGTCACCACGGTAGATCAGCTCAG

Lampiran 2 Sikuen nukleotida gen parsial 16S rRNA yang berasal dari isolat
bakteri BKL14 asal benih padi IR-64 Klaten
TTCTATCGTATGTAGCACGTTATTACTATACGACGACGACGGGTGCTTGCACCTGGTGGCGAGTGGCGAACGGGTGAG
TAATACATCGGAACATGTCCTGTAGTGGGGGATAGCCCGGCGAAAGCCGGATTAATACCGCATACGATCTACGGAAG
AAAGCGGGGGACCTTCGGGCCTCGTGCTATAGGGTTGGCCGATGGCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTAC
CAAGGCGACGATCAGTAGCTTGGTCTCCGAGAAAAGGACCCGGACCCAAGGCCAAACCCTTGGGGAACTTGGAGGAC
ACCCGGCCCCAGAACTTCCTTACCGGGGAGGGCCAGGCAAGTTGGGGGAATTTTTTGGGACCAATTGGGGCGGAAAA
GGCCTGGATCCCAAGCCAATTGCCCGCCGTGTGGTGAAAAGAAAGGCCCTTTCCGGGGTTGGTAAAAGGCACCTTTTT
GTTCCCGGAAAAGAAAATCCCTGGAGGGACTAAATATTCCTTTCGGGGGATGAACGGTACCCGGAAAGAAATAAGGC
ACCCGGCCTAACTTACGTGGCCAGGCAGTCCGCGGTTAATTACGTAGGGGTGGCGAGGCGTTTAATTCGGAAATTAAC
TGGGGCGTAAAAGCGTGGCGCAGGGCGGTTTTGCTAAGACCCGATGTGAAATCCCCCGGGGCTCAAACTGGGAAGCT
GCATTTGGTGACTGGGCAGGACTAGAGTATGGCAGAGGGGGGGTAGAATTTCCACGTGTAGCAGTGAAATGCGTAG
AGATGTGGAGGAATACCGATGGCGAAGGCAGCCCCCTGGGCCAATACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGGGAG
CAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCCTAAACGATGTCAACTAGTTGTTGGGGGATTCATTTTCCTTAGTA
ACGTAGCTAACGCGTGAAGGTTGACCGCCTGGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGG
ACCCGCACAAGCGGTGGATGATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAAAAACCTTACCTACCCTTGACATGGTCGGAA
TCCTGAGGAGACTCGGGGAGTGCTCGAAAGAGAACCGATACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTG
AGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAAGGAGACTGCCG
GTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGGGTAGGGCTTCTCACCGTCATACAAT
GGTCGGAACACAGGGATGCCAACCCGTGAGGGGGAGCTAATCCCAGAAAACCGATCGTAGTCCGAGCATTGCACTCT
GAAATTACAGGGCATGAAGCCAGAATAAGATAGTAATCAAGGTTCAGAATGCGGCAGAGAATACCTTGACAGATACA
GGAAGCTCCTCCGTCAAGATGAGAAAAATGTCACCCCACCACTGTGTGTTCACTCCCCTTGCGAGAGATGGCCGGTCG
ATTGTAATGACGTTCACAA
 21

Lampiran 3 Sikuen nukleotida gen parsial 16S rRNA yang berasal dari isolat
bakteri BGE24 asal benih padi Hibrida 2 Gresik
ATGCATGCGCTCCTATACATGCAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAG
TAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCG
CATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAA
CGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGGCCCACCCCCTGAGGAAGGGGTGATCTTGGCCACACCCCTGGGGGAATTTG
AGACACCCCGCCCCCCAAACTTCCTTTACGGGGAGGGCACCACCTATGGGGGAATCTTTTCCCCCAAATGGGAAGAAA
ATCTTGACGGAGGAAACAACCCCCCCCTTGAAATGAAAGAAAGGCCTTTCCGGGTTCGTAAAAAATCTTGTTGTTTTAG
GGAAAGAACCAAATTGCTTAGGTGGAATAAAGCTTGGCACCCTTGGACGGGTACCTTAACCCAGAAAAGCCCACGGCT
AAATTACGTGCCAGGCAGCCGCGGTTAATAAGGTAGGGTGGCCAAGCGTTATTCCGGAATTTATTGGGGCGTAAAAG
CCCGCGCCAGGTGGTTTTCTTAAAGTCTGGATGGGAAAAGCCCCACGGCTTCAACCCGGGGAGGGGTCATTGGGAAA
CTGGGAGGACTTGAGTGCCAGAAGAGGGAAAAGTGGAATTTCCATGGGGAAGCGGTGAAATGCGTAAGAGATATGG
AGGGAACACCCAGTGGCGAAGGCGGACTTTCTTGGTCTGTAACTGACACTGAGGGCGCGAAAAGCGTGGGGAGCAA
ACAGGGATTAGATACCCTGGTAGTTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCT
GAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCCGGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG
CACAAGCGGTGGAAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCC
TAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAATGACAGGTGGGGGCATGGTTGTCGTCAGCTCCTGTCCTGAAAATGTT
GGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCATCATTTTAGTTGGGCACTCTAAGGTGGACTGCCGG
TGACAAACCGAAGAAAAGGGGGGGGGGATGAAATCCAAATAATCCTGGCCCCCTATGAACCGGGGCGACCACCCTGC
TACAATGGAGCGGGACAAAAAAGTCCTAAACCCGGGAGGTGGAGGTAATTTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGT
TGGCTGCAACTTGCCTACCAGAAGCCGGAATCGGTTGTTATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGC
CTTGTACACCCCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTTAACCCCCGAAGTCGGTGGGGTACCCTTTTTGGAGCCAGCCGCTA
AGGTGACAGAGGTGAT
 RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Kisaran, Kabupaten Asahan, Sumatera Utara pada 22

Oktober 1996 dari Ayah bernama Sunaryo Wasitra dan Ibu Eni Hariani Arsyad.
Penulis adalah anak ketiga dari tiga bersaudara. Penulis menamatkan pendidikan
sekolah menengah atas di SMAN 1 Kisaran pada tahun 2013. Penulis kemudian
menjadi mahasiswi Institut Pertanian Bogor (IPB) pada September 2013 melalui
jalur Seleksi Bersama Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SBMPTN) di Departemen
Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian.
Selama mengikuti perkulian penulis aktif di organisasi dan kepanitiaan, di
antaranya aktif menjadi anggota English Conversation Club (ECC) Himpunan
Mahasiswa Proteksi Tanaman (HIMASITA) IPB, anggota divisi Komisi Disiplin
(KOMDIS) di Masa Perkenalan Departemen (MPD) Proteksi Tanaman di tahun
2015, staff divisi Hubungan Masyarakat (Humas) dan Liaison Officer (LO) IPB
Green Environmental Ambassador (IGEA) IPB di tahun 2015 dan 2016, dan
panitia Year End Seminar (YES) ECC HIMASITA di tahun 2015 dan 2016.
Penulis melaksanakan kegiatan Kuliah Kerja Nyata Tematik (KKN-T) IPB
di Kabupaten Bekasi pada Juli-September 2016, dengan tema “Pemberdayaan
Masyarakat dalam Upaya Peningkatan Pengetahuan, Kualitas, dan Kuantitas Hasil
Pertanian dan Peternakan melalui Usaha Pertanian Terpadu”. Penulis juga aktif
menjadi asisten praktikum mata kuliah Hama dan Penyakit Tanaman Pangan dan
Hortikultura (2016/2017) dan mata kuliah Penyakit Benih dan Pascapanen
(2016/2017).