Sebuah Diskriminasi Ultra-Tinggi Y Sistem Kromosom Pendek Tandem Ulangi Multiplex

DNA Typing

Abstrak

Dalam kerja forensik, penanda berulang kromosom Y (Y-STRs) kromosom sering digunakan
untuk mengidentifikasi profil DNA donor laki-laki di hadapan jumlah berlebihan DNA
perempuan, seperti yang ditemukan dalam banyak penyelidikan kekerasan seksual. Multipleks
Y-STR yang tersedia secara komersial dengan menggabungkan 12-17 lokus saat ini digunakan
dalam kerja kasus forensik (PowerPlex® Y dari Promega dan AmpFlSTR® Yfiler® dari
Applosystem Biosystems). Terlepas dari kekokohan sistem Y-STR multipleks komersial dan
kemampuan untuk membedakan dua individu laki-laki dalam banyak kasus, probabilitas
kecocokan kebetulan antara laki-laki yang tidak terkait relatif rendah dibandingkan dengan set
standar penanda STR autosomal. Oleh karena itu masih ada kebutuhan untuk mengembangkan
sistem multipleks baru untuk melengkapi ini untuk kasus-kasus di mana kekuatan diskriminatif
tambahan diinginkan atau di mana ada kesesuaian Y-STR kebetulan antara peserta laki-laki yang
potensial. Lebih dari 400 lokus Y-STR telah diidentifikasi pada kromosom Y. Sementara ini
memiliki potensi untuk meningkatkan potensi diskriminasi yang diberikan oleh kit yang tersedia
secara komersial, banyak yang belum dikarakterisasi dengan baik. Dalam penelitian ini, 91 lokus
diuji kemampuan relatifnya untuk meningkatkan potensi diskriminasi dari lokus Y-STR 'inti' Y-
STR yang umum digunakan. Hasil dari evaluasi ekstensif ini adalah pengembangan sistem
pengetikan DNA multipleks ultra tinggi diskriminasi (UHD) yang memungkinkan penguatan
amplifikasi yang kuat dari 14 lokus Y-STR non-inti. Studi populasi dengan kumpulan sampel
Kaukasia Afrika-Amerika dan Amerika campuran (n = 572) menunjukkan bahwa potensi
diskriminatif keseluruhan dari multiplex UHD lebih unggul daripada semua kit komersial yang
diuji. Penggunaan gabungan dari multiplex UHD dan kit AmpFlSTR® Yfiler® dari Applied
Biosystems menghasilkan 100% diskriminasi semua individu dalam set sampel, yang
menunjukkan potensinya untuk secara maksimal menambah penanda kerja kasus forensik yang
saat ini tersedia. Itu juga bisa menemukan aplikasi dalam genetika evolusi manusia dan silsilah
genetik.
Tokoh

Kutipan: Hanson EK, Ballantyne J (2007) Sebuah Diskriminasi Y Ultra-Tinggi Kromosom

Pendek Tandem Ulangi Multiplex Sistem Pengetikan DNA. PLoS ONE 2 (8): e688.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000688

Editor Akademik: Rodolfo Aramayo, Universitas A&M Texas, Amerika Serikat

Diterima: 5 Mei 2007; Diterima: 14 Juni 2007; Diterbitkan: 1 Agustus 2007

Hak Cipta: © 2007 Hanson, Ballantyne. Ini adalah artikel akses terbuka yang didistribusikan di
bawah ketentuan Lisensi Atribusi Creative Commons, yang memungkinkan penggunaan,
distribusi, dan reproduksi tanpa batas dalam media apa pun, asalkan penulis asli dan sumbernya
dikreditkan.

Pendanaan: Pekerjaan ini didukung di bawah Penghargaan nomor 1998-IJ-CX-K003 dari Kantor
Program Keadilan, Institut Keadilan Nasional, Departemen Kehakiman. Sudut pandang dalam
dokumen ini adalah milik penulis dan tidak mewakili posisi resmi Departemen Kehakiman AS.
Sementara proyek ini didukung di bawah penghargaan yang disebutkan di atas, dana yang
diberikan tidak lagi tersedia.

Kepentingan yang bersaing: Penulis telah menyatakan bahwa tidak ada kepentingan yang
bersaing.
pengantar

Biologi unik kromosom Y telah menyebabkan penggunaan luas dalam studi forensik dan evolusi
penanda genetik di atasnya dalam menentukan hubungan patrilineal di dalam dan di antara
kelompok populasi [1] - [6]. Subset dari penanda ini, minisatellites atau pengulangan tandem
pendek (Y-STR), sekarang digunakan secara rutin dalam situasi kerja kasus forensik tertentu [7]
- [18]. Penggunaan yang dimaksudkan mereka bukan untuk menggantikan baterai lokus STR
autosomal saat ini tetapi untuk menerapkannya pada situasi kerja kasus tertentu yang ditetapkan
di mana lokus autosom tradisional tidak diharapkan untuk menghasilkan informasi probatif yang
cukup. Y-STR sangat bermanfaat untuk analisis donor pria dalam pencampuran DNA pria /
wanita ketika komponen DNA wanita hadir dalam kelebihan yang sangat besar (misalnya ≥100
×) dan ketika analisis STR autosomal tradisional gagal atau tidak mungkin [19] - [22].

Analisis STR autosomal mungkin tidak dapat dilakukan jika sampel berisi campuran cairan
tubuh selain air mani, seperti dalam campuran air liur / air liur, campuran air liur / vagina, atau
kerokan kuku yang terdiri dari sel-sel dari korban (perempuan) dan sel-sel dari pelaku. . Dalam
jenis sampel ini, ekstraksi diferensial untuk memisahkan sel pria dan wanita tidak dimungkinkan
dengan teknologi saat ini dan komponen pria sering tidak terdeteksi dengan sistem multipleks
STR autosom secara rutin digunakan karena titrasi reagen PCR kritis oleh kontributor utama
dalam sampel [22]. Analisis STR autosomal juga dapat gagal dengan beberapa sampel yang
mengandung semen di mana sperma hadir dalam jumlah salinan yang sangat rendah, atau hadir
dalam keadaan yang sangat rapuh, seperti dalam interval yang diperpanjang (mis.> 48 jam)
sampel pasca-koital. Ekstraksi diferensial dari sampel khusus ini tidak dapat menghasilkan profil
dari donor pria karena kombinasi lisis prematur konstituen seluler sperma ke dalam fraksi non-
sperma dan kehilangan sperma selama manipulasi fisik yang diperlukan dari proses isolasi DNA.
Oleh karena itu, penggunaan Y-STRs, yang hanya menargetkan fraksi pria, menghilangkan
kebutuhan untuk proses ekstraksi diferensial dan mengurangi potensi kehilangan jumlah jejak
DNA pria yang mungkin ada.
Ada beberapa manfaat tambahan dari analisis Y-STR dalam kerja kasus forensik. Analisis Y-
STR memungkinkan untuk menentukan jumlah kontributor pria dalam campuran. Profil Y-STR
bersifat hemizygous, dengan satu alel ditemukan di sebagian besar lokus (kecuali beberapa lokus
multi-salinan). Beberapa alel pada lokus salinan tunggal memberikan indikasi yang jelas tentang
jumlah kontributor pria [8], [10], [11], [15]. Analisis Y-STR juga dapat membantu dalam
identifikasi haplotipe orang hilang. Sementara kromosom X dan Y menunjukkan tingkat
homologi, mereka tidak mengalami rekombinasi genetik selama meiosis (kecuali untuk daerah
pseudoautosomal di ujung kromosom) [23]. Akibatnya, sebagian besar kromosom Y diwarisi
dari ayah sebagai blok dari penanda haplotipe yang terhubung dari generasi ke generasi. Dengan
demikian, laki-laki dalam garis keturunan yang sama akan memiliki haplotipe Y-STR identik
yang memungkinkan penentuan haplotipe pria orang hilang dengan mengetikkan kerabat pria.
Akhirnya, analisis Y-STR dapat memberikan kekuatan diskriminatif tambahan ketika
dikombinasikan dengan hasil profil STR autosomal (sering parsial) [24] - [26].

Satu set sembilan lokus Y-STR, yang biasa disebut sebagai "lokus haplotype minimal" (MHL),
telah direkomendasikan untuk digunakan dalam komunitas forensik [2]. Selanjutnya, beberapa
lokus tambahan dilaporkan bahwa, bersamaan dengan lokus MHL, ditawarkan peningkatan
kapasitas diskriminatif [9], [27] - [32]. Sejumlah kit Y-STR komersial yang divalidasi kasus
kerja tersedia dan sebagian besar menggabungkan 12-17 marka ke dalam sistem analisis
multipleks tunggal [16], [33], [34]. Kit komersial ini menggabungkan dua belas penanda Y-STR
'inti' yang direkomendasikan untuk penggunaan forensik oleh Kelompok Kerja Ilmiah AS
tentang Metode Analisis DNA (SWGDAM) [35]. Terlepas dari kekokohan sistem Y-STR
multipleks komersial dan kemampuan untuk membedakan dua individu laki-laki dalam banyak
kasus, probabilitas kecocokan kebetulan antara laki-laki yang tidak terkait relatif rendah
dibandingkan dengan set standar penanda STR autosomal. Oleh karena itu masih ada kebutuhan
untuk mengembangkan sistem multipleks baru untuk melengkapi ini untuk kasus-kasus di mana
kekuatan diskriminatif tambahan diinginkan atau di mana ada kesesuaian Y-STR kebetulan
antara peserta laki-laki yang potensial. Sejumlah besar lokus Y-STR (> 400) telah diidentifikasi
oleh berbagai kelompok dan disimpan ke dalam basis data publik seperti Basis Data Genom
Manusia GDB (www.gdb.org). Peta fisik STR komprehensif beranotasi dari kromosom Y
manusia merinci lokasi yang tepat dari setiap lokus di sepanjang kromosom [36]. Terlepas dari
identifikasi dan penentuan posisi ratusan lokus Y-STR yang saat ini dikenal, sebagian besar
penanda ini belum sepenuhnya dikarakterisasi sehubungan dengan kegunaannya dalam kerja
kasus forensik.

Sejumlah kecil penelitian telah diterbitkan yang melibatkan evaluasi mendalam dari sejumlah
besar penanda novel ini [8], [11], [36], [37]. Sebuah studi mani oleh Kayser dan rekan kerjanya
menggambarkan survei ekstensif mikrosatelit Y-kromosom manusia [37]. Sementara
memberikan ikhtisar yang luas, kurang detail diberikan pada lokus spesifik, dengan sejumlah
kecil lokus yang diidentifikasi sebagai “variabel terbanyak”. Namun nilai keanekaragaman gen
yang digunakan dalam mengklasifikasikan lokus ini sebagai variabel didasarkan pada ukuran
populasi hanya delapan sampel laki-laki. Literatur forensik saat ini penuh dengan studi data
populasi kecil yang melibatkan beberapa penanda novel [10], [29], [38] - [49]. Namun, hanya
menggambarkan frekuensi alel individu dalam banyak populasi tidak cukup untuk menentukan
apakah novel Y-STR dapat digunakan dalam kerja kasus forensik. Sementara beberapa dari
penanda ini mungkin menunjukkan nilai keanekaragaman gen yang tinggi secara individual,
beberapa penelitian telah menunjukkan kemampuan penanda ini untuk membantu dalam
menyelesaikan kecocokan kebetulan.

Hanya beberapa novel non-'marker' yang telah dimasukkan ke dalam sistem PCR multipleks
yang telah menjalani studi validasi perkembangan yang luas [8], [11] diperlukan, misalnya,
dengan standar nasional AS [50]. Tanpa studi validasi perkembangan seperti itu tidak mungkin
untuk mengevaluasi apakah lokus cukup kuat untuk digunakan dengan jumlah sampel
terdegradasi dan membatasi dalam format analisis multipleks, atau dapat memberikan potensi
diskriminasi tambahan yang cukup ketika digunakan dalam kombinasi dengan penanda Y-STR
inti lainnya. .
Kami telah mengevaluasi secara ekstensif seratus tiga puluh tiga lokus Y-STR (33% dari semua
lokus yang diketahui) untuk kemungkinan digunakan dalam kerja kasus forensik [8] - [11], [36],
[42], [42], [43]. Dua puluh lima lokus ini ditolak karena nilai keanekaragaman yang buruk atau
inefisiensi amplifikasi. Seratus delapan lokus yang tersisa telah dimasukkan ke dalam sepuluh
sistem multipleks yang telah menjalani validasi perkembangan penuh seperti yang disyaratkan
oleh standar industri ([8], [11], data yang tidak dipublikasikan). Namun, karena jumlah sampel
yang terbatas dan sumber daya laboratorium kriminal operasional yang terbatas, tidak mungkin
bahwa semua multipleks akan digunakan secara bersamaan untuk menghasilkan profil 108 lokus.
Selain itu, tidak setiap lokus yang termasuk dalam sistem multipleks ini akan bermanfaat dalam
membantu membedakan antara individu pria. Oleh karena itu dalam karya ini, upaya dilakukan
untuk membangun lokus non-inti yang berisi sistem multipleks Y-STR yang, berdasarkan data
empiris, menawarkan potensi diskriminasi yang sangat tinggi dan cukup kuat untuk penggunaan
forensik.

Hasil dari upaya ini adalah pengembangan sistem multipleks diskriminasi ultra-tinggi (UHD)
yang menggabungkan empat belas lokus Y-STR novel dengan kapasitas diskriminatif yang lebih
besar daripada yang dicapai dengan kit komersial apa pun.

Metode

Persiapan Noda Cairan Tubuh

Cairan tubuh dikumpulkan dari sukarelawan menggunakan prosedur yang disetujui oleh Dewan
Peninjau Institusional Universitas Central Florida. Informed consent tertulis diperoleh dari
masing-masing donor. Sampel bukal dikumpulkan dari donor menggunakan penyeka steril
dengan menyeka bagian dalam mulut donor. Sampel semen yang rapi disediakan dalam tabung
plastik tertutup dan disimpan dalam keadaan beku sampai mereka dikeringkan pada kapas yang
steril. Usapan servikovaginal pasca-koital diambil dari peserta perempuan pada berbagai periode
waktu tertentu setelah hubungan seksual. Sampel darah dikumpulkan dengan venipuncture dan
50 ml alikuot ditempatkan pada kain katun dan dikeringkan pada suhu kamar. Sampel populasi
(noda darah) untuk studi keragaman gen diperoleh dari Divisi Virginia Ilmu Forensik,
Richmond, VA, Laboratorium Forensik Negara Dakota Selatan, dan Departemen Ilmu Forensik
Alabama. Semua sampel disimpan pada suhu -47 ° C sampai dibutuhkan.

Isolasi dan Pemurnian DNA

DNA diekstraksi dari apusan bukal, apusan vagina, dan apusan semen menggunakan metode
fenol: kloroform standar [51]. Noda atau swab dipotong-potong kecil dan ditempatkan ke dalam
tabung Spin-Ease (Gibco-BRL, Grand Island NY). Tabung diinkubasi semalaman dalam bak air
56 ° C menggunakan 400 μl DNA Extraction Buffer (100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl, pH 8,0,
25 mM EDTA, 0,5% SDS), 0,1 mg / mL Proteinase K, dan 10 % 0,39 M DTT (ditambahkan ke
sampel yang mengandung semen). Setelah inkubasi semalaman, kain usap atau noda
ditempatkan ke dalam keranjang Spin-Ease, keranjang dimasukkan kembali ke dalam tabung
asli, dan sampel disentrifugasi pada 14.000 rpm selama 5 menit untuk menghilangkan cairan
yang diserap dari bahan kapas. Volume fenol / kloroform / isoamil alkohol yang sama dengan
volume ekstrak kasar ditambahkan dan dicampur kuat dengan pengocokan. Lapisan berair, yang
mengandung DNA, telah dihapus. Pengendapan DNA dilakukan dengan penambahan etanol
absolut dingin (dua setengah kali volume ekstrak lapisan berair) dan dibiarkan berlangsung
semalam pada suhu -20 ° C. DNA dipellet dengan sentrifugasi, dicuci sekali menggunakan
etanol 70% dan dilarutkan kembali dengan 100 μl TE − 4 (10 mM Tris-HCl, 0,1 mM EDTA, pH
7,5) semalam pada 56 ° C.

Lisis Sel Diferensial untuk Pemulihan DNA Sperma

Sel sperma dan non-sperma dipisahkan menggunakan protokol diferensial diferensial standar,
dengan modifikasi kecil [52]. Usapan serviks pasca koital diinkubasi semalaman pada 37 ° C
dalam 400 μl buffer ekstraksi DNA (100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl, 25 mM EDTA, 0,5%
SDS) dan 0,1 mg / mL Proteinase K. Sisa-sisa swab dihilangkan. ke keranjang Spin-
convenience, keranjang dimasukkan kembali ke tabung asli, dan disentrifugasi pada 14.000 g
selama 5 menit. supernatan yang dihasilkan, yang mengandung fraksi DNA non-sperma,
dipindahkan ke tabung terpisah untuk analisis lebih lanjut. Pelet sperma ditangguhkan kembali
dalam 400 μl buffer ekstraksi DNA, 0,1 mg / mL Proteinase K, dan 40 μl 0,39 M DTT dan
diinkubasi selama 1 jam pada 56 ° C. DNA dari fraksi sperma dan non-sperma diisolasi dan
dimurnikan menggunakan metode fenolachloroform yang dijelaskan di atas.

Isolasi dan Pemurnian DNA Sampel Darah Kering

Noda darah kering diinkubasi semalaman pada 56 ° C dalam 400 μl buffer ekstraksi DNA (100
mM NaCl, 10 mM Tris-HCl, 25 mM EDTA, 0,5% SDS) dan 0,1 mg / mL Proteinase K.
Potongan swab ditempatkan ke dalam keranjang putaran mudah dan disentrifugasi pada 14.000 g
selama 5 menit. Volume yang sama dari fenol / kloroform / isoamil alkohol ditambahkan ke
ekstrak kasar. Ekstrak fase air yang mengandung DNA dimurnikan menggunakan konsentrator
Centricon 100TM (Millipore, Bedford, MA) sesuai dengan instruksi pabrik.

Kuantisasi DNA

DNA dikuantifikasi menggunakan etidium bromida yang diinduksi fluoresensi pada gel 1%
agarosa, menggunakan set referensi standar DNA dari konsentrasi yang diketahui [53].

Karakterisasi Penanda Genetik

Nomenklatur Lokus.

Semua karakteristik lokus, termasuk struktur dan ukuran unit berulang dan lokasi kromosom
umum, diperoleh dari sumber yang dipublikasikan atau dengan mengurutkan.

Pengembangan Sistem Multipleks

Calon lokus Y-STR.

Calon lokus dipilih berdasarkan nilai keanekaragaman, kinerja dalam sistem multiplex dengan
sampel forensik, dan rentang ukuran alel yang diperoleh melalui penelitian sebelumnya yang
melibatkan validasi perkembangan multipleks Y-STR novel [8], [10], [11], [42], [43].

Keragaman Haplotype.

Semua lokus kandidat dievaluasi secara individual dengan menentukan kontribusi yang akan
dibuat oleh masing-masing lokus untuk meningkatkan keanekaragaman haplotype yang
diberikan oleh lokus inti SWGDAM. Program HapYDive digunakan untuk menentukan
keragaman haplotype (http://www.ipatimup.pt/app/) [54].

Ketentuan PCR Standar

Komponen Reaksi.

Optimalisasi sistem multiplex UHD menghasilkan serangkaian kondisi standar. Campuran reaksi
25 μl mengandung: 1ng DNA templat, primer 0,08-1,6 µM (lihat di bawah), 1 mM dNTPs, 1X
PCR Buffer II (10 mM Tris-HCl, pH 8,3, 50 mM KCl), 1,75 mM MgCl2, 10 μg albumin serum
sapi non-asetat (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO), dan 2,0 unit AmpliTaq Gold DNA Polymerase
(Applied Biosystems).

Primer.

Urutan primer diperoleh dari sumber yang diterbitkan, Human Genome Database atau dirancang
ulang menggunakan Perangkat Lunak Analisis Primer Oligo 6 (Sumber Daya Perangkat Lunak
Lifescience, Long Lake, MN). Primer diuji awalnya pada multiplex yang dikembangkan
sebelumnya, pertama sebagai singleplex dan kemudian dalam sistem multiplex. Konsentrasi
primer untuk Multiplex UHD adalah sebagai berikut: DYS444 - 1,04 μM; DYS446 - 0,40 μM;
DYS449 - 1,6 µM; DYS459 - 0,28 μM; DYS481 - 0,12 μM; DYS508 - 0,20 µM; DYS522 - 1,6
µM; DYS527 - 1,12 µM; DYS549 - 0,24 μM; DYS552 - 0,56 μM; DYS570 - 0,12 μM; DYS576
- 0,08 µM; DYS607 - 0,24 µM; DYS627 - 1,12 μM; (Invitrogen, Grand Island, NY; Biosystems
Terapan, Foster City, CA).

Kondisi Bersepeda.

(1) 95 ° C 11 mnt, (2) 32 siklus 96 ° C 30 dtk, 59 ° C 1 mnt 30 dtk, 72 ° C 1 mnt 30 dtk, (3) dan
ekstensi akhir 72 ° C selama 45 menit.

Deteksi Produk PCR

Alikuot 0,75 μl dari produk yang diamplifikasi ditambahkan ke 8,7 μl formamida terdeionisasi
dan 0,3 μl standar jalur internal GeneScan 500 LIZ. Tabung yang mengandung di atas
dipanaskan pada 95 ° C selama 3 menit dan didinginkan pada es selama 3 menit. Sampel
disuntikkan ke Applied Biosystems 3130 Genetic Analyzer, menggunakan Module G5 dan
dianalisis dengan GeneMapper Analysis Software v3.7 menggunakan Filter Set G5. Ambang
deteksi puncak 50 RFU digunakan untuk penunjukan alel.

Kinerja Sistem Multipleks

Sensitivitas Multipleks.

Jumlah input DNA templat pria yang berbeda diuji menggunakan kondisi reaksi multipleks UHD
standar. Jumlah yang diuji adalah: 25 pg, 50 pg, 100 pg, 125 pg, 150 pg, 200 pg, 250 pg, 500 pg,
1 ng, 3 ng, 5 ng, dan 10 ng.

Kekhususan.

Untuk mengevaluasi kemungkinan reaktivitas silang DNA perempuan, DNA dari sukarelawan
perempuan diuji menggunakan jumlah berikut: 3 ng, 30 ng, 300 ng, dan 1 ug.
Studi Campuran

Pria / pria

DNA dari dua individu laki-laki digabungkan dalam rasio berikut: 1/2 (1,5 ng DNA pria / 1,5 ng
DNA pria), 1/3 (1,0 ng DNA pria / 2,0 ng DNA pria), 1/6 (0,5 ng DNA pria / 2,5 ng DNA pria),
1/12 (0,25 ng DNA pria / 2,75 ng DNA pria), 1/20 (0,15 ng DNA pria / 2,85 ng DNA pria), dan
1/30 (0,10 ng DNA pria / 2,90 ng pria) DNA). Dalam setiap kasus 3 ng dari DNA yang dicampur
diuji.

Pria / Wanita.

3 ng DNA pria diamplifikasi dengan peningkatan jumlah DNA wanita dalam rasio berikut: 1/2,
1/10, 1/100, 1/500, 1/1000 dan 1/5000.

Sampel Darah Berdampak Lingkungan

50 μl alikuot darah manusia dikeringkan ke kain katun. Sampel-sampel ini terpapar pada kondisi
lingkungan yang berbeda termasuk berbagai suhu, sumber cahaya, dan pengaruh lingkungan
termasuk kelembaban dan hujan. Kondisi lingkungan adalah sebagai berikut: RTED (suhu
kamar, amplop kering), HLHR (ditempatkan di luar untuk paparan panas, cahaya, kelembaban,
dan hujan), HLH (ditempatkan di luar dan tertutup paparan panas, cahaya, dan kelembaban).
Sampel dari semua rangkaian kondisi dikumpulkan pada berbagai jangka waktu, termasuk 3 hari,
1 minggu, 1 bulan, 3 bulan, 6 bulan, dan 1 tahun. Sampel juga terkena gelombang pendek UV
pada suhu kamar selama 3 hari, 1 minggu, 1 bulan, 3 bulan, 6 bulan dan 18 bulan. Untuk sampel
yang terpapar dengan UV dan suhu ruangan, 3 ng DNA input diamplifikasi. Untuk sampel HLH
dan HLHR, tidak ada produk yang diamati selama kuantisasi. Oleh karena itu, 5 µl alikuot
ekstrak DNA (5%) digunakan untuk amplifikasi.
Sampel Pekerjaan Mock

Sampel Post Coital.

Usapan servikovaginal pasca-koital diambil dari peserta perempuan pada berbagai interval waktu
setelah hubungan seksual (segera (0 jam), 12 jam, 24 jam, 36 jam, dan 48 jam). Hanya satu set
penyeka diambil setelah masing-masing individu melakukan hubungan seksual untuk
memastikan bahwa jumlah semen yang ada pada saat itu tidak terpengaruh oleh pengambilan
sampel sebelumnya. Dua penyeka diambil pada setiap interval waktu dan DNA diisolasi seperti
yang dijelaskan di atas. Salah satu penyeka diekstraksi menggunakan metode ekstraksi
diferensial untuk memisahkan fraksi sperma dan non-sperma.

Pemulihan Profil Y-STR Pria dari Wadah Minuman.

Untuk menentukan apakah multipleks dapat menampung sampel forensik dengan jumlah salinan
rendah, usap tutup wadah minuman (tutup cangkir kopi plastik) dikumpulkan setelah disimpan
oleh relawan laki-laki. DNA diekstraksi menggunakan metode fenol: kloroform standar yang
dijelaskan sebelumnya. Alikuot 5 μl ekstrak DNA (5%) digunakan untuk amplifikasi karena
tidak ada produk yang diamati selama kuantisasi.

Studi Populasi

Statistik deskriptif.

Rumus berikut digunakan: (1) kapasitas diskriminatif = tidak. individu / tidak. dari berbagai
haplotipe yang diamati; (2) keragaman gen (h), setara dengan frekuensi yang diharapkan dari
heterozigot dengan lokus diploid autosom, dihitung sebagai (n / (n − 1)) * (1 − Σpi2), di mana pi
= frekuensi alel di lokus engan [ 55].
Hasil

Pemilihan Lokus UHD

Dalam kerja forensik, dua kit amplifikasi multipleks kromosom Y Y yang tersedia secara
komersial, kit Promega PowerPlex® Y dan kit AmpFlSTR® Yfiler® Terapan Biosystems,
banyak digunakan. Kit komersial ini masing-masing memiliki 12 dan 17 marker, dan keduanya
termasuk lokus inti SWGDAM. Sementara kit memiliki kemampuan untuk membedakan
sebagian besar individu pria dalam kasus tertentu, terjadinya kecocokan kebetulan antara dua
individu yang tidak terkait masih dapat terjadi. Sejumlah lokus Y-STR non-inti lainnya telah
diidentifikasi pada kromosom Y yang, secara hipotetis, dapat memberikan kemampuan untuk
menyelesaikan sebagian besar kecocokan kebetulan ini. Kami sebelumnya mengevaluasi dan
mengkarakterisasi 133 dari 400 lokus Y-STR yang dikenal (33%). Hal ini menghasilkan
pengembangan sepuluh sistem Y-STR multipleks novel yang mencakup 91 lokus Y-STR non-
inti di samping lokus yang terkandung dalam kit komersial [8] - [11], [42], [43]. Desain dan
validasi perkembangan sistem multipleks ini menghasilkan penentuan kinerja masing-masing
lokus dalam format sistem multipleks [8], [11] serta keragaman gennya [8], [10], [11], [ 42],
[43].

Spesifikasi desain UHD awal adalah: (i) bahwa jumlah lokus tidak akan melebihi 15 karena
pengalaman kami sebelumnya dengan pengembangan multipleks menunjukkan bahwa sistem
yang paling kuat mengandung 15 lokus atau lebih sedikit (data tidak ditampilkan), dan (ii) hanya
lokus yang belum dimasukkan ke dalam kit komersial dipertimbangkan. Sejumlah lokus kandidat
inti tidak ditolak sebagai kandidat UHD karena keterbatasan kinerja, nilai keanekaragaman gen
rendah atau tidak akurat (karena efek pengambilan sampel) dan ini menghasilkan daftar kandidat
'lulus pertama' dengan 65 lokus.

Kegunaan forensik dari lokus Y-STR pada individu yang membedakan tidak semata-mata
ditentukan oleh nilai-nilai keanekaragaman gennya tetapi juga terkait dengan seberapa baik ia
melengkapi penanda lain dalam set pengetikan yang digunakan. Haplotype Y-STR seseorang
terdiri dari satu set marka STR yang terkait secara fisik dan genetik yang diketik bersama setelah
amplifikasi multipleks dengan set standar lokus inti yang dikarakterisasi dengan baik. Sejauh
mana lokus tambahan menambah kapasitas diskriminatif sistem multipleks tidak hanya
bergantung pada keanekaragaman genetik yang melekat dari lokus (jumlah dan frekuensi alel)
tetapi juga pada sejarah evolusi lokus yang dipertanyakan dalam kelompok haplog yang berbeda.
Haplotype Y-STR multi-lokus sering kali akan sangat prediktif (atau bahkan menentukan)
haplogroup Y-SNP yang menjadi milik individu dan karenanya utilitas menambahkan penanda
Y-STR lain ke perangkat pengetikan tergantung pada sejauh mana ini dapat lebih jauh
membedakan individu dalam haplogroup tertentu. Dengan demikian lokus yang menampilkan
varians rendah dalam frekuensi alel dalam haplogroup tertentu akan kurang berguna dalam
membedakan individu daripada yang memiliki varians tinggi. Dengan demikian dapat
dibayangkan bahwa lokus Y-STR tertentu yang menunjukkan keragaman gen yang tinggi dalam
populasi umum (yang terdiri dari individu-individu yang memiliki beberapa kelompok haplog)
tidak akan menambahkan, karena varians intra-haplogroup yang rendah, sejumlah besar kekuatan
diskriminasi tambahan untuk multipleks.

Untuk menggabungkan lokus yang paling informatif dari kandidat non inti 65 ke dalam
multiplex UHD, kemampuan relatif masing-masing kandidat dalam meningkatkan kekuatan
diskriminatif set lokus inti ditentukan secara empiris. Untuk ini, populasi campuran Amerika
Afrika dan Kaukasia (n = 560) diharapkan mengandung sebagian besar kelas haplogroup yang
hadir dalam dua populasi ini digunakan. Pertama keanekaragaman haplotype dari lokus inti
SWGDAM ditentukan. Kemudian masing-masing dari 65 lokus kandidat ditambahkan ke set inti
SWGDAM dan peningkatan keanekaragaman haplotype ditentukan. Untuk setiap lokus, nilai
keanekaragaman lokus tunggal diplot terhadap peningkatan keanekaragaman multi-lokus
haplotype yang dicapai oleh lokus tersebut ketika digunakan dalam kombinasi dengan lokus
SWGDAM (Gambar 1). Secara umum ada korelasi antara keanekaragaman lokus tunggal dan
kemampuannya untuk meningkatkan keragaman multi-lokus dari multipleks SWGDAM (r2 =
0,51). Lokus dengan nilai keragaman individu yang rendah (mis. DYS425 (0,11); DYS434
(0,12); DYS435 (0,05); DYS436 (0,08); DYS476 (0,12); DYS575 (0,05); DYS590 (0,09);
DYS641 (0,16)) menghasilkan sedikit peningkatan keanekaragaman multi-lokus haplotype untuk
lokus inti SWGDAM. Banyak lokus dengan nilai keragaman tinggi (misalnya DYS449 (0,81);
DYS456 (0,67); DYS464 (0,99); DYS527 (0,92); DYS570 (0,83); DYS576 (0,83); DYS627
(0,86) mengakibatkan peningkatan yang lebih besar dalam keragaman haplotype. Namun
beberapa lokus menghasilkan sedikit atau tidak ada peningkatan keragaman haplotipe, meskipun
nilai keragaman moderat (DYS426-0.48; DYS445-0.41; DYS453-0.40; DYS462-0.54; DYS494-
0.51; DYS578-0.46; DYS594- 0,56; DYS598-0,59; YAP-0,50) dan mengilustrasikan kebutuhan
untuk pengujian empiris dari kemanjuran relatif lokus untuk melengkapi satu set lokus
multiplexing.

Karakteristik Kinerja UHD

Optimasi PCR.

Kondisi reaksi PCR multipleks dioptimalkan dengan mengubah konsentrasi reagen PCR kritis
dan kondisi thermocycling dan menggunakan DNA jantan (3 ng) dan perempuan (300 ng)
sebagai templat masukan. Ini menghasilkan penentuan seperangkat kondisi reaksi standar yang
diuraikan dalam Bagian Metode.

Kepekaan.

Sistem pengetikan DNA forensik harus dapat bekerja dengan jumlah DNA template sub-
nanogram. Sensitivitas multipleks UHD diuji menggunakan berbagai jumlah DNA templat
masukan laki-laki (25 pg-10 ng). Meskipun 500 pg (Gambar 2A) hingga 2 ng DNA memberikan
intensitas sinyal yang optimal dan keseimbangan antar-lokus, haplotipe Y-STR pria jantan 14-
lokus penuh masih diperoleh dengan 25 pg DNA (Gambar 2B), yang setara dengan ∼ 4–5 sel
diploid.

Kekhususan.

Manfaat yang signifikan dari menggunakan analisis Y-STR adalah amplifikasi spesifik dari
DNA pria pada pencampuran DNA pria / wanita, sebuah situasi yang sering muncul pada noda
biologis yang pulih dari investigasi kekerasan seksual. Meskipun tidak ada rekombinasi genetik
antara kromosom X dan Y, kehadiran urutan homolog pada kromosom X dapat mengacaukan
analisis Y-STR dengan cara titrasi reagen kritis atau menghasilkan alel pseudo-Y. Jadi pengujian
empiris set primer Y-STR untuk reaktivitas silang DNA wanita sangat penting. UHD diuji
dengan jumlah DNA wanita yang bervariasi (3 ng-1 μg) dan tidak ada produk amplifikasi yang
diamati (Gambar 2C).

Campuran.

Pria / pria

Seringkali dalam kerja kasus forensik ada lebih dari satu kontributor pria untuk sampel. Dengan
analisis STR autosomal standar seringkali sulit untuk menentukan jumlah kontributor dalam
pencampuran. Karena sifat hemizygous dari lokus Y-STR, dengan hanya satu alel yang
ditemukan di sebagian besar lokus, penentuan jumlah kontributor laki-laki mudah.

Untuk mengevaluasi kemampuan multiplex UHD untuk mengidentifikasi beberapa kontributor

pria, pencampuran DNA pria / pria dari dua individu yang tidak terkait diuji pada berbagai rasio
termasuk 1/2, 1/3, 1/6, 1/12, 1/20 dan 1/30. Untuk setiap pencampuran, 3 ng dari total DNA
diamplifikasi. Profil komponen pria minor penuh diperoleh ketika terdiri dari 1/2, 1/3 dan 1/6
dari total DNA pria (Gambar 3A). Profil komponen minor pria parsial diperoleh ketika terdiri
1/12 dan 1/20 dari total DNA (data tidak ditampilkan).

Pria / Wanita

Untuk menguji kemampuan multiplex UHD untuk menghasilkan haplotipe pria di hadapan
sejumlah besar DNA wanita, sebuah situasi yang sering dijumpai dalam kasus kerja aktual,
serangkaian campuran pria / wanita disiapkan di mana 3 ng dari total DNA pria diamplifikasi,
dengan jumlah DNA wanita yang bervariasi. Profil 14 lokus lengkap diperoleh ketika komponen
DNA pria terdiri dari 1/2, 1/10, 1/100, 1/500 1/1000, dan 1/5000 (Gambar 3B) dari total DNA.
Efek Lingkungan.

Agar sistem multipleks berguna dalam kerja kasus forensik, ia harus memungkinkan pemulihan
profil DNA dari sampel yang telah terpapar berbagai kondisi lingkungan. Untuk menilai
kemampuan multiplex UHD untuk memulihkan haplotipe Y-STR dari sampel yang
dikompromikan secara lingkungan, noda darah yang berasal dari individu pria yang sama
terpapar pada kondisi lingkungan yang berbeda termasuk berbagai suhu, sumber cahaya, dan
pengaruh lingkungan termasuk kelembaban dan hujan. Untuk penelitian ini, sampel
dikelompokkan ke dalam empat kategori: 1) noda darah kering disimpan dalam amplop pada
suhu kamar (RTED), 2) noda darah kering dibiarkan di luar dan tidak tertutup (HLHR), terpapar
panas, cahaya, kelembaban, dan hujan; 3) noda darah kering yang terpapar sinar UV (UV); dan
4) noda darah kering yang tersisa di luar dan ditutupi (HLH), terkena panas, cahaya, dan
kelembaban. Sampel dibiarkan terkena kondisi ini dan dikumpulkan pada berbagai interval
waktu termasuk tiga hari, satu minggu, satu bulan, tiga bulan, enam bulan, satu tahun dan, untuk
set paparan UV, delapan belas bulan.

Untuk sampel RTED, profil lengkap dipulihkan untuk semua sampel hingga dan termasuk satu
tahun, tanpa pengurangan intensitas sinyal alelik yang diamati ketika interval waktu meningkat
(Gambar 4A). Profil lengkap juga diperoleh dari sampel yang terpapar UV, hingga dan termasuk
delapan belas bulan (Gambar 4B).

Sampel HLHR dan HLH ditempatkan di area outdoor yang tidak berhutan di Orlando, Florida
yang memiliki iklim semi tropis. Selama studi ini (satu tahun), sampel-sampel ini terpapar suhu
mulai dari 32 ° F hingga 94 ° F (rata-rata tinggi 88 ° F dan rata-rata rendah 37 ° C) dan sampel
HLHR juga terkena hujan. jatuh pada 137 hari dalam setahun (sampel tiga hari menerima hujan
satu hari; sampel satu minggu menerima hujan satu hari; sampel enam bulan menerima hujan 73
hari; dan sampel satu tahun menerima 137 hari hujan). Lengkap 14-lokus profil diperoleh dari
sampel HLHR terpapar satu bulan (Gambar 4C) dan HLH (Gambar 4D). Hasil terakhir yang
agak tak terduga ini menggembirakan dari sudut pandang kasus kerja, karena panas, cahaya,
kelembaban dan hujan seringkali merusak analisis DNA.
Sampel Pekerjaan Mock.

Sampel Cervicovaginal Post-Coital

Serangkaian sampel servikovaginal pasca-koital dikumpulkan dari donor wanita 0 hingga 48 jam
(dalam interval 12 jam) setelah hubungan seksual. Setiap sampel titik waktu dikumpulkan
setelah tindakan seksual yang terpisah dan didahului oleh periode pantang lima hari. Sebagai
kontrol negatif, swab pra-koital juga dipulihkan sebelum koitus untuk setiap pengambilan sampel
dan hanya data dari sampel pasca-koital yang menunjukkan kurangnya DNA pria dalam sampel
pra-koital terkait yang digunakan. Peserta diinstruksikan untuk melakukan fungsi sehari-hari
normal untuk memungkinkan hilangnya konstituen semen normal yang dialami dari waktu ke
waktu dan yang sering mengacaukan analisis sampel kerja kasus bonafid. Dengan menggunakan
metode isolasi DNA lisis diferensial, fraksi DNA 'sperma' dan 'non-sperma' dipisahkan. Sekitar 3
ng sperma atau 100 ng fraksi DNA non-sperma dianalisis oleh sistem UHD. Lengkap 14-lokus
Y-STR profil dipulihkan dari 0, 12, 24, dan 48 jam post coital sampel dari fraksi sperma
(Gambar 5A), yang semuanya konsisten dengan profil yang diketahui donor semen.

Dalam prosedur lisis diferensial, sperma dari sampel jumlah salinan rendah (mis. Sampel pasca-
koital interval panjang) mengalami berbagai tingkat kehilangan karena keterbatasan yang
melekat pada manipulasi fisik yang diperlukan untuk melaksanakan protokol ekstraksi
diferensial. Oleh karena itu, ekstraksi DNA 'non-diferensial' standar dilakukan pada usap kedua
untuk setiap interval waktu sehingga menghilangkan kebutuhan untuk pemisahan, dan potensi
kehilangan, komponen sperma. Sekali lagi, profil lengkap pria yang konsisten dengan donor
yang diketahui diperoleh dari sampel 0, 12, 24 dan 48 jam (Gambar 5B).

Pemulihan Profil Y-STR Pria dari Penutup Wadah Minuman

Jumlah DNA yang terbatas sering dipulihkan dari bahan pembuktian. Peserta laki-laki
memberikan tutup wadah minuman tempat DNA berhasil dipulihkan. Profil YHD Y-STR empat
belas lokus lengkap yang konsisten dengan donor yang diketahui telah pulih dari tutup wadah
minuman (Gambar 6).
Khasiat Multiplex UHD untuk Individu yang Membedakan

Potensi Diskriminasi Multi-Lokus.

Kami secara khusus dimasukkan ke dalam UHD sejumlah lokus yang, secara individual,
memberikan daya diskriminatif yang ditingkatkan ke perangkat inti SWGDAM (Gambar 1).
Untuk menentukan secara empiris kapasitas diskriminatif sistem UHD secara keseluruhan,
sebuah studi populasi dilakukan. Empat belas-lokus haplotipe UHD diperoleh dari 191 individu
Kaukasia Amerika dan 381 orang Afrika-Amerika dan jumlah haplotipe multi-lokus unik dan
cocok ditentukan (Tabel 3). Di antara sampel Amerika Kaukasia, 190 haplotipe unik diamati, dan
di antara 381 sampel Afrika Amerika, 380 haplotipe unik diamati (Tabel 3) menghasilkan
kapasitas diskriminatif masing-masing 99,5% dan 99,7%. Kapasitas diskriminasi adalah 99,7%
ketika sampel populasi digabungkan (570 haplotipe unik / 572 individu). Pengetikan tambahan
menggunakan lokus non-UHD menunjukkan bahwa haplotype multilokus dibagi antara sepasang
individu Kaukasia Amerika dan haplotipe multilokus (berbeda) yang dibagi antara sepasang
individu Afrika-Amerika adalah pertandingan kebetulan yang kebetulan di antara individu yang
tidak terkait (data tidak ditampilkan).

Kumpulan sampel populasi yang sama digunakan untuk menentukan daya diskriminatif yang
diberikan oleh dua sistem multipleks Y-STR komersial paling diskriminatif, kit Promega
PowerPlex® Y dan kit Terapan Biosystems AmpFlSTR® Yfiler® kit (Tabel 3) [33], [34] ] UHD
ditemukan memiliki kapasitas diskriminatif yang lebih tinggi daripada kedua kit komersial. Di
antara sampel Kaukasia Amerika, 152 haplotipe PowerPlex® Y dan 189 unik Yfiler® hadir
dibandingkan dengan 189 haplotipe UHD yang unik. Di antara sampel Afrika-Amerika, 328
haplotipe PowerPlex® Y unik dan 375 Yfiler® unik ada dibandingkan dengan 379 haplotipe
UHD unik. Di antara 572 sampel populasi gabungan yang termasuk dalam penelitian ini, 500
haplotip unik diperoleh dengan menggunakan kit Promega PowerPlex® Y, yang menghasilkan
potensi diskriminatif multipleks keseluruhan sebesar 87,4%. Hanya 462 haplotipe (80,8%) yang
diamati sekali dalam kumpulan data dan haplotipe yang paling sering diamati sepuluh kali.
Dengan menggunakan kit AmpFlSTR® Yfiler® Applied Biosystems, 563 haplotypes unik
diperoleh, menghasilkan potensi diskriminatif multipleks 98,4% secara keseluruhan, peningkatan
11% dibandingkan dengan sistem PowerPlex® Y. Namun, dengan menggunakan multiplex
UHD, 570 haplotipe unik diperoleh, menghasilkan potensi diskriminasi tertinggi (99,7%) dari
multipleks dibandingkan dalam penelitian ini (∼12% peningkatan dibandingkan dengan
PowerPlex® Y; ∼1% peningkatan dibandingkan dengan AmpFlSTR® Yfiler ®).

Augmentasi UHD Kit Komersial.

UHD dirancang untuk meningkatkan diskriminasi yang diberikan oleh sistem multipleks Y-STR
yang tersedia secara komersial. Kemanjuran augmentasi dievaluasi dengan menentukan sejauh
mana lokus UHD akan mendiskriminasi individu yang jika tidak dapat dibedakan dengan kit
komersial.

Untuk sistem PowerPlex® Y, 110 dari 572 (∼19%) sampel tidak memiliki haplotype unik. 110
individu ini mewakili 38 haplotipe berbeda, terdiri 2-10 individu per kelompok haplotype (Tabel
4). Semua individu dalam 38 kelas haplogroup ini, kecuali satu pasangan, dapat dibedakan
dengan sistem UHD (Tabel 4). Dengan demikian, hanya dua orang (0,3%) yang tidak memiliki
haplotype kombinasi PowerPlex® Y + UHD yang unik, pengurangan yang signifikan dari 19%
dengan PowerPlex® Y saja.

Diskusi

Dalam karya ini kami merancang dan mengembangkan sistem pengetikan Y-STR multipleks
kuat yang sangat diskriminatif yang menggunakan loci yang tidak ada di sistem Y-STR yang
tersedia secara komersial. Rasionalisasi proses pemilihan lokus berarti bahwa, setidaknya untuk
populasi Amerika-Kaukasia dan Afrika-Amerika, mungkin merupakan sistem Y-STR yang
paling diskriminatif yang tersedia saat ini. Ini terutama ditujukan untuk penggunaan kerja kasus
forensik tetapi bisa memiliki sejumlah aplikasi lain, terutama di bidang genetika evolusi manusia
dan silsilah genetik. Hal ini dapat digunakan baik sebagai sistem yang berdiri sendiri dalam
haknya sendiri atau untuk menambah kekuatan diskriminatif dari sistem multipleks Y-STR yang
tersedia secara komersial.

Calon lokus dipilih berdasarkan studi empiris yang mengevaluasi kemampuan relatif masing-
masing lokus untuk menambah potensi diskriminatif dari satu set lokus inti yang digunakan
secara rutin. Karena pencampuran genetik dalam sub-populasi haplogroup utama bio-geografi-
spesifik, keanekaragaman haplotype Y-STR lokus tunggal yang dihitung dari populasi campuran
'total' tidak serta merta menghasilkan peningkatan diskriminasi yang sama tingginya ketika
dikombinasikan dengan inti lokus Namun kami menemukan bahwa, secara umum, ada korelasi
antara keanekaragaman lokus tunggal dan kemampuannya untuk meningkatkan keanekaragaman
multi-lokus dari multipleks lokus inti (r2 = 0,51). Namun demikian kami menolak sejumlah
kandidat yang, meskipun memiliki keragaman yang cukup tinggi, memberikan kekuatan
augmentasi yang lemah (mis. DYS594, DYS 598).

Hasil evaluasi ekstensif dari lokus non-inti adalah pengembangan multipleks ultra tinggi
diskriminasi (UHD) yang memungkinkan penguatan ko-amplifikasi yang kuat dari 14 lokus Y-
STR non-inti. Analisis 587 sampel Kaukasia Amerika dan Afrika Amerika menghasilkan potensi
diskriminatif multipleks keseluruhan 99,7%. Sebagai perbandingan, dua kit multipleks Y-STR
yang tersedia secara komersial, PowerPlex® Y Promega dan AmpFlSTR® Yfiler® dari
Promega, masing-masing menghasilkan kapasitas diskriminatif masing-masing hanya 87,4% dan
98,4%. Dengan demikian kemampuan multiplex UHD untuk membedakan sampel laki-laki
secara individual melampaui dua sistem multipleks yang tersedia secara komersial yang saat ini
digunakan dalam kerja kasus forensik. Selain itu, penggunaan multipleks UHD bersama dengan
sistem AmpFlSTR® Yfiler® Terapan Biosystems menghasilkan kemampuan untuk
membedakan semua 587 sampel.

Multiplex UHD telah dievaluasi untuk digunakan dengan sampel yang sering dijumpai dalam
kerja kasus forensik. Berdasarkan sejumlah penelitian termasuk spesifisitas, sensitivitas,
kapasitas membedakan dan kinerja dengan spesimen kasus kerja non-probatif, sistem telah
menunjukkan potensi utilitas kasus kerja forensik untuk menambah lokus inti yang terkandung
dalam kit yang tersedia secara komersial.

Ucapan Terima Kasih

Para penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada Institut Keadilan Nasional atas dukungan
dan pendanaan mereka untuk bagian awal proyek ini. Para penulis juga ingin mengucapkan
terima kasih kepada Divisi Virginia Ilmu Forensik, Laboratorium Forensik Negara South
Dakota, dan Departemen Ilmu Forensik Alabama untuk menyediakan sampel populasi.

Kontribusi Penulis

Bayangkan dan rancang percobaan: JB. Melakukan percobaan: EH. Menganalisis data: JB EH.
Menulis makalah: JB EH.

Referensi

1.de KP, Kayser M, Caglia A, Corach D, Fretwell N, Gehrig C, dkk. (1997) Kromosom Y
mikrosatelit: aspek populasi genetik dan evolusi. Int J Legal Med 110: 134–149.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

2.Kayser M, Caglia A, Corach D, Fretwell N, Gehrig C, dkk. (1997) Evaluasi Y-chromosomal

STRs: sebuah studi multicenter. Int J Legal Med 110: 125-129.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

3. Brookfield JF (1995) Evolusi manusia. Petunjuk kromosom Y bagi leluhur manusia. Curr Biol
5: 1114-1115.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

4.Jobling MA, Tyler-Smith C (1995) Ayah dan anak laki-laki: kromosom Y dan evolusi
manusia. Tren Genet 11: 449–456.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

5.Jobling MA, Tyler-Smith C (2003) Kromosom Y manusia: penanda evolusi sudah cukup umur.
Nat Rev Genet 4: 598–612.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

6.Mitchell RJ, Hammer MF (1996) Evolusi manusia dan kromosom Y. Curr Opin Genet Dev 6:
737-742.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

7.Corach D, Filgueira RL, Marino M, Penacino G, Sala A (2001) Mengetik Y-STR secara rutin
dalam kerja kasus forensik. Forensic Sci Int 118: 131–135.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

8.Daniels DL, Hall AM, Ballantyne J (2004) validasi pengembangan SWGDAM dari sistem Y-
STR 19-locus untuk kerja kasus forensik. J Forensic Sci 49: 668-683.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

9. Hall A, Ballantyne J (2003) Pengembangan sistem 18-locus Y-STR untuk kerja kasus
forensik. Anal Bioanal Chem 376: 1234-1246.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

10.Hanson EK, Ballantyne J (2004) Suatu sistem 21 megaplex Y-STR “diskriminatif” yang
sangat diskriminatif yang dirancang untuk menambah lokus haplotype minimal untuk kerja kasus
forensik. J Forensic Sci 49: 40–51.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

11.Hanson EK, Berdos PN, Ballantyne J (2006) Pengujian dan evaluasi 43 penanda kromosom Y
"noncore" untuk aplikasi kerja kasus forensik. J Forensic Sci 51: 1298–1314.
Lihat ArticleGoogle Cendekia

12.Honda K, Roewer L, de Knijff P (1999) Pengetikan DNA pria dari usapan vagina berusia 25
tahun menggunakan polimorfisme STR kromosom Y dalam kasus permintaan retrial. J Forensic
Sci 44: 868-72.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

13.Jobling MA, Pandya A, Tyler-Smith C (1997) Kromosom Y dalam analisis forensik dan
pengujian paternitas. Int J Legal Med 110: 118-124.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

14. Pizzamiglio M, Donato F, Biondi F, Floris T, Bellino C, Tobiello A, Garofano L (2000)

Pengetikan DNA Bahan Campuran Wanita dan Pria dari Kasus Perkosaan. Kemajuan dalam
Genetika Forensik 8: 529–532.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

15.Prinz M, Sansone M (2001) Y tandem pendek kromosom-spesifik mengulangi dalam kerja

kasus forensik. Croat Med J 42: 288–291.

Lihat ArticleGoo

16.Shewale JG, Nasir H, Schneida E, Gross AM, Budowle B, Sinha SK (2004) Sistem STR-
kromosom Y, Y-PLEX 12, untuk kasus kerja forensik: pengembangan dan validasi. J Forensic
Sci 49: 1278–1290.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

17.Tsuji A, Ishiko A, Ikeda N, Yamaguchi H (2001) Identifikasi pribadi menggunakan

pengulangan tandem pendek kromosom Y dari cairan tubuh yang dicampur dengan semen. Am J
Forensik Med Pathol 22: 288–291.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

18. Yoshida Y, Fujita Y, Kubo S (2004) Forensik kerja identifikasi pribadi menggunakan
campuran cairan tubuh dari lebih dari satu orang dengan analisis Y-STRs. J Med Investasikan
51: 238–242.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

19. Betz A, Bassler G, Dietl G, Steil X, Weyermann G, Pflug W (2001) Analisis DYS STR
dengan sel-sel epitel dalam kasus perkosaan. Forensic Sci Int 118: 126–130.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

20.Dekairelle AF, Hoste B (2001) Penerapan PCR Y-STR-pentaplex (DYS19, DYS389I dan II,
DYS390 dan DYS393) untuk kasus-kasus kekerasan seksual. Forensic Sci Int 118: 122-125.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

21.Martin P, Albarran C, Garcia O, Garcia P, Sancho M, Alonso A (2000) Penerapan Analisis Y-

STR untuk Kasus Perkosaan yang Tidak Dapat Dipecahkan dengan Analisis STR Autosomal.
Kemajuan dalam Genetika Forensik 8: 526–528.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

22.Prinz M, Boll K, Baum H, Shaler B (1997) Menggandakan STR kromosom Y spesifik dan
kinerja untuk sampel campuran. Forensic Sci Int 85: 209–218.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

23.Lahn BT, Pearson NM, Jegalian K (2001) Kromosom Y manusia, dalam terang evolusi. Nat
Rev Genet 2: 207–216.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

24.Cerri N, Ricci U, Sani I, Verzeletti A, De FF (2003) Noda campuran dari kasus kekerasan
seksual: pengulangan tandem pendek kromosom autosomal atau kromosom Y? Croat Med J 44:
289–292.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

25.Delfin FC, Madrid BJ, Tan MP, de Ungria MC (2005) Analisis Y-STR untuk deteksi dan
konfirmasi objektif pelecehan seksual anak. Int J Legal Med 119: 158–163.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

26.von Wurm-Schwark N, Petermann S, Wegener R (2003) mengetik Y-STR dalam analisis

fornesik. Kemajuan dalam Genetika Forensik 9: 487-490.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

27.Ayub Q, Mohyuddin A, Qamar R, Mazhar K, Zerjal T, Mehdi SQ, Tyler-Smith C (2000)

Identifikasi dan karakterisasi mikrosatelit Y-kromosom manusia baru dari informasi basis data
urutan. Asam Nukleat Res 28: e8.

Lihat ArticleGoogle Cendekia

28. Butler JM, Schoske R, Vallone PM, Kline MC, Redd AJ, Hammer MF (2002) Sebuah novel
multiplex untuk amplifikasi simultan dari 20 mark kromosom STR. Forensic Sci Int 129: 10-24.
Lihat ArticleGoogle Cendekia 29.Iida R, Sawazaki K, H Ikeda, Miyamoto T, Tsubota E,
Takatsuka H, Masuyama M, Matsuki T, Yasuda T, Kishi K (2003) Sistem PCR multipleks novel
yang terdiri dari Y-STRs DYS441, DYS442, DYS443, DYS444, dan DYS445. J Forensic Sci
48: 1088–1090. Lihat ArticleGoogle Cendekia 30.Redd AJ, Agellon AB, Kearney VA, Contreras
VA, Karafet T, Park H, de KP, Butler JM, Hammer MF (2002) Nilai forensik dari 14 STR baru
pada kromosom Y manusia. Forensic Sci Int 130: 97-111. Lihat ArticleGoogle Cendekia
31.Schoske R, Vallone PM, Kline MC, Redman JW, Butler JM (2004) Throughput tinggi Y-STR
mengetik populasi A.S. dengan 27 wilayah kromosom Y menggunakan dua tes PCR multiplex.
Forensic Sci Int 139: 107-121. Lihat ArticleGoogle Cendekia 32.White PS, Tatum OL, Deaven
LL, Longmire JL (1999) Baru, penanda mikrosatelit khusus pria dari kromosom Y manusia.
Genomik 57: 433–437. Lihat ArticleGoogle Cendekia 33.Krenke BE, Viculis L, Richard ML,
Prinz M, Milne SC, Ladd C, Gross AM, Gornall T, Frappier JR, Eisenberg AJ, Barna C, Aranda
XG, Adamowicz MS, Budowle B (2005) Validasi laki-laki -spesifik, 12-lokus fluorescent short
tandem repeat (STR) multipleks. Forensic Sci Int 148: 1–14. Lihat ArticleGoogle Cendekia
34.Mulero JJ, Chang CW, Calandro LM, RL Hijau, Li Y, Johnson CL, Hennessy LK (2006)
Pengembangan dan validasi kit amplifikasi PCR AmpflSTR Yfiler: perangkat amplifikasi
tunggal khusus pria, sistem multipleks 17 Y-STR. J Forensic Sci 51: 64–75. Lihat ArticleGoogle
Cendekia 35.SWGDAM Y-STR Sub-komite (2007) Laporan Kegiatan Saat Ini dari Kelompok
Kerja Ilmiah tentang Metode Analisis DNA Sub-komite Y-STR. Ilmu Komunikasi Forensik 6:
Lihat ArticleGoogle Cendekia 36.Hanson EK, Ballantyne J (2005) Peta fisik STR beranotasi
komprehensif dari kromosom Y manusia: Implikasi forensik. Leg Med (Tokyo). Lihat
ArticleGoogle Cendekia 37.Kayser M, Kittler R, Erler A, Hedman M, Lee AC, dkk. (2004)
Sebuah survei komprehensif mikrosatelit Y-kromosom manusia. Am J Hum Genet 74: 1183–
1197. Lihat ArticleGoogle Cendekia 38. Butler JM, Decker AE, Vallone PM, Kline MC (2006)
Frekuensi alel untuk 27 lokus Y-STR dengan sampel Kaukasia, Afrika Amerika, dan Hispanik.
Forensic Sci Int 156: 250-260. Lihat ArticleGoogle Cendekia 39.Dai HL, Wang XD, Dong JG,
Zhang HJ, Hou YP, Li YB, Wu J, Zhang J (2003) Keanekaragaman alel dan haplotipe dari dua
novel Y-STR dalam populasi Cina. J Forensic Sci 48: 1430. Lihat ArticleGoogle Cendekia