BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Dalam kerja forensik, penanda berulang kromosom Y (Y-STRs)

kromosom sering digunakan untuk mengidentifikasi profil DNA donor laki-laki di
hadapan jumlah berlebihan DNA perempuan, seperti yang ditemukan dalam
banyak penyelidikan kekerasan seksual. Terlepas dari kekokohan sistem Y-STR
multipleks komersial dan kemampuan untuk membedakan dua individu laki-laki
dalam banyak kasus, probabilitas kecocokan kebetulan antara laki-laki yang tidak
terkait relatif rendah dibandingkan dengan set standar penanda STR autosomal.
Oleh karena itu masih ada kebutuhan untuk mengembangkan sistem multipleks
baru untuk melengkapi ini untuk kasus-kasus di mana kekuatan diskriminatif
tambahan diinginkan atau di mana ada kesesuaian Y-STRs kebetulan antara
peserta laki-laki yang potensial.

B. Rumusan Masalah
1. Apa itu DNA dan bagaimana cara pemeriksaaannya dalam kasus ini
2. Bagaimana proses pemeriksaan forensic dalam kasus ini
3. Bagaimana cara menganalisis Y-Short Tandem Repeart (Y-STRs)

C. Tujuan
1. Mengetahui DNA dari siapa yang terdapat pada korban
2. Mengetahui siapa pelaku dalam kasus ini
3. Mengetahui karakteristik dari kromosom Y

Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs) 1

 BAB II

PEMBAHASAN

A. Kasus Y-STRs (Y-Short Tandem Repeats)

Kasus kekerasan seksual mengalami peningkatan secara global.
Berdasarkan data dari National Violence Against Women Survey (NVAWS) pada
1995–1996, survei terhadap 8000 wanita, dilaporkan 17.6% (1 setiap 6) dari
wanita yang disurvei, menyatakan telah diperkosa beberapa kali. 1 Statistik dari
Nations Survey of Crime Trends and Operations of Criminal Justice Systems
menunjukkan prevalensi dari kasus perkosaan di Indonesia 0.57 tiap 100.000
orang. Perkosaan adalah jenis kejahatan seksual yang paling banyak terjadi dari
14 jenis kekerasan seksual menurut data Komnas Perempuan sejak 1998 hingga
2010, yaitu sekitar 4.391 kasus dari 8.326 kasus kejahatan seksual yang dialami
perempuan indonesia,.2
Banyak kasus kejahatan seksual yang tidak ditangani karena kurangnya
bukti. Secara kedokteran forensik dilihat ada tidaknya tanda- tanda persetubuhan
yaitu bukti penetrasi dan ejakulasi. Baku emas (gold standard) pemeriksaan
forensik untuk membuktikan adanya penetrasi dan ejakulasi ke dalam vagina
adalah melalui identifikasi spermatozoa secara mikroskopik. Kenyataanya,
identifikasi spermatozoa tidak selalu bisa dikerjakan untuk membuktikan adanya
persetubuhan karena tidak semua ejakulat mengandung spermatozoa.
Ketiadaan sperma pada pemeriksaan, tidak begitu saja mengekslusi adanya
DNA pelaku laki-laki. Pemeriksaan Y- STRs dapat digunakan pada kasus
perkosaan untuk memeriksa sampel tanpa sperma yang bercampur antara sampel
laki-laki dan korban, serta mengungkap pelaku perkosaan lebih dari satu orang.3
Y- STRs dapat berguna untuk menyaring informasi genetik yang spesifik dari pria
yang yang menjadi sampel. Sebuah penelitian menyebutkan bahwa pada 35%
kasus dengan PSA positif gagal ditemukan adanya DNA laki-laki mengunakan
pemeriksaan DNA autosomal namun dengan Y-STRs setengah dari kasus itu
dapat ditentukan profil DNA-nya.4 Bukti-bukti yang diperoleh dengan

Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs) 2

pemanfaatan analisis Y-STRs ini nantinya dapat menjadi dasar untuk melepaskan
atau menangkap pelaku perkosaan.

B. Karakteristik Kromosom Y
Sel manusia mengandung DNA yang terletak dalam nukleus dan dipaket
dalam bentuk padat dan diproteksi oeh protein yang disebut histon menjadi
kromosom. Pada genom manusia terdapat 22 pasang kromosom autosomal dan
dua kromosom sex. Sehingga manusia memiliki 46 kromosom yang berbeda.
Laki-laki memiliki kromosom sex X dan Y sedangkan wanita mempunyai dua
kopi kromosom X. Sebagian besar identitas manusia diperiksa menggunakan
penanda pada kromosom autosomal, sedangkan dalam determinasi jenis kelamin
digunakan kromosom seks. Saat ini, kromosom Y dan DNA mitokondria juga
memiliki fungsi dalam identifikasi manusia. Setiap kromosom somatik bersifat
diploid, dimana terdapat dua kopi pada tiap kromosom, sedangkan sel gamet
bersifat haploid.
Kromosom Y memiliki keunikan sebagai kromosom penanda jenis
kelamin karena hanya dimiliki oleh laki-laki. Diturunkan dari ayah ke anak laki-
lakinya, tidak seperti kromosom lainnya, kromosom Y secara garis besar bisa
terhindar dari rekombinasi saat meiosis. Kromosom Y merupakan kromosom
terpendek ketiga setelah kromosom 21 (47 Mpb) dan kromosom 22 (49 Mpb).
Terdapat dua segmen dalam kromosom Y yakni yang berekombinasi dengan
kromosom X (regio pseudoautosomal) dan yang tidak berekombinasi (male
specific region). Segmen kromosom Y yang berekombinasi dengan kromosom X
hanya kurang dari 3 Mpb (region pseudoautosomal) dari 60 Mpb panjang
kromosom Y yang terletak pada kedua ujung kromosom Y. 5,6 Segmen yang
berguna dalam identifikasi forensik adalah segmen yang tidak mengalami
rekombinasi sehingga relatif tetap diturunkan dari generasi ke generasi.

C. Cara Pengumpulan Sampel Biologis pada Kasus Perkosaan

Hampir semua sampel biologis tubuh dapat digunakan untuk sampel tes
DNA, tetapi yang sering digunakan pada kasus perkosaan adalah darah, rambut,

Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs) 3

usapan vagina, usapan mulut pada pipi bagian dalam (buccal swab), usapan anus,
cairan semen, dan kerokan kuku apabila korban sempat mencakar pelaku.
Tahap pengambilan dan penyimpanan bahan atau sampel merupakan
tahapan yang vital, dan harus dilakukan dengan prinsip-prinsip di bawah ini:
1. Hindari tempat yang terkontaminasi DNA dengan tidak menyentuh
objek secara langsung dengan tangan, tidak bersin atau batuk di dekat
barang bukti.
2. Menggunakan sarung tangan bersih untuk pengumpulan barang bukti.
Sarung tangan harus diganti untuk setiap penanganan barang bukti yang
berbeda
3. Setiap barang bukti harus disimpan terpisah.
4. Bercak darah, bercak sperma, dan bercak lainnya harus dikeringkan
dahulu sebelum disimpan.
5. Sampel harus disimpan pada amplop atau kertas setelah dikeringkan.
Jangan menggunakan bahan plastik karena plastik dapat mempercepat
degradasi molekul DNA. Setiap amplop harus ditandai nomor kasus,
nomor bukti, waktu pengumpulan.
6. Bercak pada permukaan meja atau lantai dapat diambil dengan swab
kapas steril dan alkohol. Keringkan kapas tersebut sebelum dibawa.
7. Di laboratorium, sampel DNA disimpan dalam kulkas bersuhu 4 oC atau
dalam freezer bersuhu -20oC. Sampel yang akan digunakan dalam
waktu yang lama, dapat disimpan dalam suhu -70 oC. Secara umum
DNA dapat rusak akibat pengaruh lingkungan seperti paparan sinar
matahari, terkena panas, bahan kimia, air dan akibat kerja enzim
DNAase yang terdapat dalam jaringan sendiri.

Pada perkosaan sangat penting dicari bukti-bukti adanya persetubuhan.

Persetubuhan adalah suatu peristiwa dimana terjadi penetrasi penis ke dalam
vagina, penetrasi tersebut dapat lengkap atau tidak lengkap dan dengan atau tanpa
disertai ejakulasi. Apabila pada persetubuhan tersebut disertai dengan ejakulasi
dan ejakulat tersebut mengandung sperma, maka adanya sperma di dalam liang
vagina merupakan tanda pasti adanya persetubuhan. Apabila ejakulat tidak

Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs) 4

mengandung sperma maka pembuktian adanya persetubuhan dapat diketahui
dengan melakukan pemeriksaan terhadap ejakulat tersebut. Dengan pemeriksaan
DNA pada ejakulat tersebut dapat dicari kemungkinan pelakunya. Akan sangat
susah apabila cairan mani sangat sedikit dan tercampur dengan cairan vagina atau
darah korban sehingga diperlukan analisis DNA yang lebih spesifik yaitu dengan
metode Y-STR. Sebelumnya kita dapat melakukan pemeriksaan untuk mendeteksi
adanya bukti cairan semen.

D. Cara Identifikasi Adanya Spermatozoa Dan Cairan Seminal Sebagai

Bukti Persetubuhan

Cairan mani atau semen mengandung dua komponen utama, yaitu

spermatozoa dan cairan semen (seminal fluid). Cairan semen mengandung
berbagai jenis protein dan enzim seperti prostate specific antigen (PSA),
semenogelin (Sg I dan II), fibronectin, acid phosphatase (AP), alkaline
phosphatase, nucleotidase, pyrophosphatase, dan ATPase.6 Protein-protein
tersebut terdapat dalam konsentrasi yang tinggi di dalam cairan semen sehingga
dapat berperan sebagai marker atau penanda semen. Identifikasi protein-protein
ini sangat berguna untuk membuktikan adanya penetrasi dan ejakulasi pada kasus
pemerkosaan ketika spermatozoa tidak berhasil atau tidak bisa diidentifikasi
secara mikroskopik. Noda-noda  mani dapat dikarakteristikan dengan
memvisualisasi sel-sel sperma dengan uji acid phosphatase (AP) atau prostate
specific antigen (PSA atau p30).1,6
Uji mikrokospik di beberapa laboratorium dapat melihat kehadiran
spermatozoa pada kasus kekerasan seksual. Bagaimanapun laki-laki aspermic atau
oligospermic tidak juga mempunyai sperma atau kadar sperma yang rendah dalam
ejakulasi cairan semen mereka. Sebagai tambahan, vasektomi pada laki-laki tidak
akan menghasilkan sperma. Oleh karena itu pengujian-pengujian yang dapat
mengidentifikasi enzim-enzim spesifik mani membantu memverifikasi
kehadiran/keberadaan mani pada kasus-kasus kekerasan seksual.
Ketiadaan sperma dapat menyulitkan ekstraksi DNA pelaku dimana pada
kasus perkosaan biasanya sudah tercampur dengan cairan vagina yang jumlahnya

Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs) 5

lebih banyak ataupun telah dilakukan pencucian vagina setelah perkosaan. Hal ini
akan menyulitkan analisis profil DNA pelaku maka dapat ditanggulangi dengan
pemeriksaan Y-STR karena bersifat sangat spesifik untuk mendeteksi DNA laki-
laki walaupun dalam jumlah sedikit misalnya didapatkan dari sel epitel pelaku
yang terlepas saat penetrasi ke vagina. Ini juga memudahkan mencari pelaku
perkosaan yang dilakukan oleh banyak orang.

E. Ekstraksi DNA Dari Sampel Sperma Dan Bercak Sperma

Observasi langsung adanya sel sperma
Salah satu cara pengambilan langsung sperma adalah dengan secara fisik
memisahkan sel-sel sperma pelaku dari sel-sel epitel korban.  Sel-sel sperma dapat
dikumpulkan dalam partikel-partikel magnetik atau butiran-butiran yang dapat
dilapisi dengan antibodi khusus untuk protein sperma.  Butiran-butiran tersebut
kemudian dibersihkan untuk menyingkirkan sel-sel epitel korban.  Akhirnya,
sperma yang telah dimurnikan tersebut dimasukan ke dalam reaksi PCR untuk
menghasilkan profil DNA pelaku.  Cara ini sangat tergantung dari keutuhan sel
sperma, yang sulit didapatkan pada kasus dengan bukti kekerasan seksual yang
sudah lama.
Cara lain untuk mengambil sel sperma adalah dengan menggunakan
prosedur laser-capture microdissection.6,7 Prosedur ini biasanya digunakan untuk
memisahkan sel-sel tumor dari jaringan sekitarnya pada slide mikroskop.  Pada
waktu sel-sel sperma sedang diperiksa secara mikroskopis, sebuah laser kecil
diaktifkan dan sebuah plastik film tipis yang diletakan diatas slide mencair pada
titik-titik spesifik yang ditembakan oleh sinar laser untuk menangkap sel yang
diinginkan.  Kemudian film ini dimasukan kedalam tabung agar DNA dari sel-sel
sperma yang telah diambil dapat diekstraksi dan diperjelas dengan Polymerase
Chain Reaction (PCR).
Semen yang tercampur dengan cairan lain (mixed stains)
Pada kasus kekerasan seksual diperlukan suatu proses ekstraksi DNA yang
dapat membedakan DNA pada campuran DNA laki-laki dan perempuan. Pada
kasus ini dilakukan ekstraksi diferensial yang merupakan modifikasi dari metode
ekstraksi organik. Dengan metode ini, fraksi DNA laki-laki dapat dipisahkan dari
profil DNA korban, sehingga lebih mudah mengintepretasikan profil DNA pelaku

Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs) 6

perkosaan. Pada prosedur ekstraksi diferensial dilakukan pemecahan sel epitel
perempuan dengan inkubasi pada campuran SDS/ proteinase K dan kemudian
nucleus sel sperma dilisiskan menggunakan campuran SDS /proteinase
K/dithiothreitol (DTT). DTT memecah ikatan disulfide yang menyusun membran
nuclear sperma. Perbedaan dengan metode organic yang biasa adalah adanya
inkubasi pertama mengunakan SDS/proteinase K tanpa DTT.
Ekstraksi diferensial ini sangat baik digunakan pada kasus kekerasan
seksual untuk memisahkan fraksi korban dengan pelaku. Namun, pada kondisi
pelaku tanpa sperma atau azoospermia atau pasca vasektomi fraksi tersebut tidak
bisa dipisahkan dengan metode ekstraksi diferensial. Pada kasus pelaku tanpa
spermatozoa, penggunaan penanda spesifik pada kromosom Y (Y-STRs) bisa
dipakai untuk mendapatkan profil DNA pelaku laki-laki pada keadaan banyaknya
DNA perempuan. Kegagalan dalam pemisahan fraksi DNA pelaku dan korban
menyebabkan percampuran profil DNA yang akan dihasilkan sehingga hasilnya
tidak valid.

F. Analisis Y- Short Tandem Repeats (Y-Strs) Dalam Kasus Perkosaan

Nilai dari kromosom Y dalam pengujian DNA forensik hanya dapat
diterapkan pada laki-laki. Namun, akan sangat berguna pada kasus perkosaan
dimana pelakunya adalah selalu laki-laki. Dibandingkan dengan DNA autosomal,
DNA kromosom Y diturunkan sama dari generasi ke generasi sehingga bisa juga
dipakai sebagai penanda kekerabatan. Dengan pemeriksaan Y-STRs dapat
mendeteksi jumlah DNA pria yang kecil dengan tingginya tingkat DNA
perempuan sampai 4000 kali.3,6 Situasi ini termasuk kejahatan seksual dari laki-
laki azoospermi atau vasektomi dan campuran darah-darah atau saliva-darah
dimana tidak adanya sperma mencegah keberhasilan ekstraksi diferensial untuk
isolasi DNA pria. Selain itu, jumlah pelaku yang terlibat dalam perkosaan
mungkin lebih mudah untuk diuraikan.
Dua kategori penanda DNA telah digunakan untuk memeriksa variasi
kromosom Y: lokus bi-alelik dan lokus multi-alelik. Penanda bi-alelik
diklasifikasikan dalam haplogroup sedangkan multi-alelik dicirikan sebagai
haplotype. Penanda bi-alelik termasuk Single Nuclotide Polymorphism (SNP-Y)

Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs) 7

dan Alu element insersion. Y-Alu Polymorphism (YAP) adalah penanda Y bi-
alelik yang pertama kali ditemukan. Penanda bi-alelik kadang disebut sebagai
unique event polymorphism (UEPs) karena tingkat mutasi rendah (~ 8-10 per
generasi).6 Sekitar 250 penanda Y bi-alelik telah ditandai. Penanda kromosom Y
multi-alelik termasuk dua minisatellites dan lebih dari 200 penanda short tandem
repeats (Y-STR). Lokus multi-alelik ini dapat digunakan untuk membedakan
haplotype kromosom Y karena tingkat mutasi cukup tinggi. Lokus minisatellite
memiliki tingkat mutasi setinggi 6-11% per generasi sedangkan laju mutasi rata-
rata untuk Y-STR adalah ~ 0,2% per generasi.6
Jumlah lokus kromosom Y short tandem repeats (Y-STR) yang digunakan
dalam pengujian identitas manusia telah meningkat secara dramatis sejak
tersedianya urutan genom manusia. Pada 1990-an hanya beberapa penanda Y-
STR dikarakterisasi dan tersedia untuk digunakan. Mulai awal tahun 2002, hanya
sekitar 30 Y-STR yang tersedia bagi para peneliti. Namun sejak saat itu lebih dari
200 Y-STR baru telah disimpan dalam data genomik.
Walaupun dengan jumlah lokus terbatas pada saat itu, satu set inti terpilih
pada tahun 1997 sebagai lokus minimal haplotype yang didefinisikan sebagai kopi
tunggal Y-STR lokus DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392,
DYS393. Pada bulan Januari 2003, kelompok Kerja AS, the U.S. Scientific
Working Group on DNA Analysis Methods (SWGDAM) merekomendasikan
penggunaan lokus haplotype minimal dan ditambah dua copy Y-STR: DYS438
dan DYS439.6. Lokus haplotype minimal dan SWGDAM tentang Y-STR
cenderung akan mendominasi aplikasi identitas manusia dalam tahun-tahun
mendatang.
Para ahli forensik saat ini sangat tergantung pada komersial kit untuk
melakukan tes DNA. Banyak laboratorium khususnya di US enggan untuk
berpindah pada metode Y-STR sampai adanya kit yang tersedia. Kit pertama yang
ditawarkan adalah Y-PLEX 6 dari Reliagene technologies yang mengko-
amplifikasi DYS19, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS393, dan DYS385 a/b,
saat ini juga telah tersedia kit yang dapat mengamflifikasi seluruh haplotype
minimal dan direkomendasikan oleh SWGDAM.

Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs) 8

 Interpretasi dari tes Y-STR dapat dibagi menjadi 3 bagian yaitu: 4 ekslusi
yang berarti terdapat ketidakcocokan antara sampel dan tersangka sehingga tidak
mungkin berasal dari satu sumber yang sama, inkonklusif jika tidak terdapat
cukup informasi untuk menarik kesimpulan atau masih membingungkan dan
terakhir inklusif yang berarti sampel berasal dari satu sumber yang sama dengan
tersangka.

Kelemahan dari pemeriksaan Y-STRs ini didapatkan karena kromosom Y

tidak berubah saat diturunkan sehingga memiliki kemungkinan hasil yang cocok
antara sampel yang diperoleh dari korban dengan seluruh relasi laki-laki dari
tersangka dan diskriminasi yang dihasilkan tidak sebaik menggunakan STR
autosomal. Namun hasil dari suatu pemeriksaan Y-STRs ini difokuskan bahwa
apabila terdapat kecocokan antara suatu sampel yang didapatkan dengan sampel
tersangka maka tersangka tersubut tidak dapat diekslusi keterlibatannya dalam
peristiwa tersebut. Selain itu kita juga tidak bisa mengeksklusi semua keturunan
laki-laki dari tersangka tersebut. Namun hal tersebut biasanya ditanggulangi
dengan menggunakan suatu nilai statistic untuk mengukur kekuatan suatu
kecocokan tersebut.
Y-STRs berperan penting dalam penanganan kasus forensik dimana sangat
berguna pada empat kondisi tertentu:
1. Bukti positif untuk air mani tetapi tidak ada DNA asing untuk korban
dapat dideteksi, atau potensi alel laki-laki berada di bawah ambang batas
deteksi dengan tes STR autosomal.
2. Bukti yang dimaksud adalah amilase positif dan terdapat campuran pria /
wanita.
3. Sejumlah besar noda semen perlu disentrifugasi
4. Jumlah donor semen harus ditentukan (misalnya, pemerkosaan dengan
jumlah pelaku lebih dari satu). Sehingga pemeriksaan ini sangat membantu
terutama pada kasus kejahatan seksual khususnya perkosaan untuk
menentukan pelakunya.3,6 Hal ini juga harus dihubungkan dengan
kesaksian dari korban untuk menentukan tersangkanya.

Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs) 9

 BAB III

PENUTUP

A. Kesimpulan
Sel merupakan unit fungsional terkecil dalam tubuh manusia. DNA yang
berisi kode informasi yang berperan dalam replikasi sel DNA menyimpan seluruh
informasi genetik yang bisa diturunkan ke generasi selanjutnya. Human Genome
Project berusaha membuat katalog dari seluruh gen dalam genom manusia dan
telah mengeluarkan sekuens rujukan untuk genome manusia pada bulan april
2003. Informasi ini bermanfaat dalam ilmu medis dan identifikasi forensik dan
memahami lebih jauh mengenai peta genetik manusia.
Analisis Y-STR dalam DNA forensik dapat mendeteksi jumlah DNA pria
yang kecil dengan tingginya tingkat DNA perempuan. Situasi ini termasuk
kejahatan seksual dari laki-laki azoospermi atau vasektomi dan campuran darah-
darah atau saliva-darah dimana tidak adanya sperma mencegah keberhasilan
ekstraksi diferensial untuk isolasi DNA pria. Selain itu, jumlah pelaku yang
terlibat dalam perkosaan mungkin lebih mudah untuk diuraikan.

B. Saran

Pada saat pembuatan makalah penulis menyadari bahwa banyak sekali

kesalahan dan jauh dari kesempurnaan, dengan sebuah pedoman yang bisa di
pertanggung jawabkan dari banyaknya sumber penulis akan memperbaiki
makalah ini. Oleh sebab itu kami mengharapkan kritik serta sarannya mengenai
makalah dalam kesimpulan di atas.

Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs) 10

 DAFTAR PUSTAKA

Henky, dkk.The validity of rapid test to detect prostate-specific antigen

(PSA) in seminal fluid. Med J Indones. 2011; 20:278-82
Lembar Fakta Komnas Perempuan. Kekerasan Seksual: Kenali dan
Tangani. Jakarta: 2011
Jobling, MA dan and Gill P. Encoded Evidence: Dna In Forensic Analysis.
Nature Reviews: Genetics. 2004;5:739-752
Mazancourt PD. Y-STR As Proof Of Rape When Sperm Cells Cannot Be
Found. Dipresentasikan pada 13th International Symposium on Human
Identification. 2002.
Jobling, MA dan Tyler-Smith. The Human Y Chromosome: An
Evolutionary Marker Comes Of Age. Nature Reviews: Genetics. 2003;4:598-612
Butler JM. Forensic DNA Typing: Biology, Technology, And Genetics Of
STR Markers Second Edition. USA: Elsevier; 2005: h 201-239

Vandewoestyne M, Hoofstat DV, Nieuwerburgh FV, dan Deforce D.

Automatic detection of spermatozoa for laser capture microdissection. Int J Legal
Med. 2009;123:169–175

Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs) 11