RINGKASAN

ESSENTIAL FORENSIC BIOLOGI 2nd Ed.

BAB 3

Oleh
KELOMPOK 16C

Alysha Andini H 1610311086

Dini Fajriah O 1610311074
M. Tsani Mudzakir 1610313014
Rida Khairunnisa F 1610311087
Novita Sari 1610312067
Karina Shafira 1610313003
Farah Nadya A 1610311068
Fira Wahyuni 1610311076
Aina Almaidah M 1610311065

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ANDALAS
PADANG
2019
 BAB 3
Biologi Molekuler
1. Struktur DNA
DNA secara harfiah adalah ‘benda kehidupan’ karena mengandung semua
informasi yang membuat kita. DNA ditemukan di dalam nukleus sel dan juga
mitokondria. Jadi, setiap sel dalam tubuh mengandung DNA kecuali sel khusus
tertentu seperti sel darah merah matur. Selain itu, DNA ini identik di setiap sel, tidak
berubah selama masa hidup seseorang dan unik (kecuali kembar identik) untuk
individu tersebut.
DNA terdiri dari 4 nukleotida (adenin, timin, sitosin, dan guanin), molekul
fosfat, dan molekul gula. DNA berbentuk tangga yang dipelintir menjadi bentuk
heliks ganda dimana rel terdiri dari molekul gula dan fosfat bolak-balik sementara
nukleotida sebagai anak tangga yang menyatukan dua rel bersama-sama. Adenin
selalu bergabung dengan timin dan sitosin selalu bergabung dengan guanin.
Di dalam nukleus, DNA berada dalam kromosom. Sel manusia mengandung
23 pasang kromosom dan bervariasi baik bentuk dan ukurannya, 22 pasang disebut
dengan ‘kromosom autosomal’ yang berisi informasi mengenai perkembangan tubuh
(bentuk tubuh, warna rambut, dll). Pasangan kromosom yang tersisa adalah
kromosom seks X dan Y yang mengendalikan perkembangan organ reproduksi
internal dan eksternal.

2. Sampel DNA
Semua bagian tubuh manusia mengandung DNA dan setiap saat manusia
dapat kehilangan sel nya seperti saat menggosok gigi, menyisir rambut, maka dari itu
isolasi DNA dapat berasal dari berbagai bagian tubuh.
Pengambilan sampel DNA sebaiknya dilakukan langsung sebelum mayat
dipidahkan, karena dapat terjadi kontaminasi DNA dari orang yang melakukan
penyelidikan (Investigator). Investigator harus menggunakan masker, baju pelindung,
dan sepatu untuk menghindari kontaminasi. Semua sampel DNA harus di kumpulkan
secara terpisah di kontainer dan tas yang terpisah untuk menghindari kontaminasi dari
sampel lain.
Proses pengumpulan, transport dan atau penyimpanan cairan atau jaringan dari
material DNA dapat menggunakan FTA Card yang dijual komersial oleh Whatman
International Ltd. Kartu ini berfungsi untuk mengstabilisasi, mengimobilisasi, serta
mengawetkan DNA dan RNA di suhu ruang untuk waktu yang lama.
Berdasarkan UK 2004 Human Tissues Act, dalam pengambilan sampel DNA
harus menggunakan informed consent dari orang yang bersangkutan, kecuali pada
kondisi tertentu (mencegah atau membongkar kasus criminal atau memfasilitasi
diagnosis medis)
3. Polymerase Chain Reaction
Kary Mullins menemukan reaksi rantai polimerase (PCR) pada tahun 1983
dan sejak itu menjadi salah satu teknik paling kuat dalam biologi molekuler.
PCR telah diterapkan pada identifikasi DNA dari sisa air liur pada amplop,
perangko, kaleng minuman, dan puntung rokok. Ini juga memiliki keuntungan
menjadi sensitif dan cepat.

Langkah-langkah PCR:
1. Denaturasi
Ikatan hidrogen rusak,semuanya bisa lepasdouble strandssingle strands
Misalnya suhu 94 C selama 4 menit
2. Annealingpenempelan primer
Suhu Annealing 3-5 C dibawah suhu meltingsuhu melting: 4x (#G+#C)
+2 (#A+#T)
Suhu sekitar 50-65. Misalnya suhu 55 C selama 1 menit-->oligonukleotida
primer akan menempel pada template
3. Elongasi
Misalnya suhu 72 C selama 1 menitTaq DNA polimerase akan bekerja--
>untaian DNA bertambah panjang
Diakhir proses didapatkan lagi dua pita berpilin
Siklus akan berulang-ulangNormal 32 siklus

Quantitative ( real time) PCR

Teknik ini didasarkan pada proses PCR dan dirancang untuk mengukur dan
memperkuat DNA yang ditargetkan. Dua cara kuantifikasi yang paling umum adalah
dimasukkannya pewarna fluoresen (mis. Hijau) dalam reaksi PCR yang sesuai dengan
 DNA yang diproduksi dan uji TaqMan. Salah satu fitur terpenting qPCR adalah
dengan memilih yang sesuai Analisis TaqMan analis dapat menentukan apakah ada
cukup atau tidak jumlah genom spesifik yang hadir untuk melakukan analisis STR.

4. Single Nucleotide Polymorphism Markers

Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) timbul dari perbedaan dalam unit basa
tunggal dan merupakan bentuk variasi genetik yang paling umum. Mereka ditemukan
di seluruh genom, termasuk kromosom seks X dan Y. Setiap orang memiliki miliknya
sendiri pola khas SNP, oleh karena itu, menyediakan sarana identifikasi.Menggunakan
teknik yang disebut sekuensing mini, basis pada SNP yang diberikan dapat ditentukan
dan begitu basis di beberapa situs di lokus yang berbeda diketahui, dapat
menghasilkan suatu profil yang mirip dengan profil STR. Menggunakan frekuensi alel
untuk setiap SNP, kemungkinan dua orang yang berbagi profil SNP yang sama dapat
diperkirakan. Karena jumlah alel maksimum di setiap situs hanya 4 (A, C, G atau T)
50 - 100 SNP perlu diperiksa untuk mencapai kekuatan diskriminatif yang sama
dengan pembuatan profil berbasis STR (Gill et al., 2004; Gill, 2001b).
Namun, proses yang disebut hibridisasi microarray memungkinkan banyak lokus
SNP untuk diperiksa secara bersamaan, sehingga tidak perlupanjang. Stabilitas SNP,
dibandingkan dengan STR, berarti bahwa mereka lebih kecil kemungkinannya hilang
antara generasi dan mereka kadang-kadang digunakan dalam kasus ayah.
Karena analisis SNP membutuhkan sampel dalam jumlah kecil dan ukuran
segmen bisa lebih kecil dari yang dibutuhkan untuk analisis STR, teknik ini dapat
menyediakan informasi bahkan ketika DNA sangat terdegradasi. Namun,
keefektifannya adalah dikompromikan dalam sampel DNA campuran karena sulit
dibedakan SNP mana milik orang yang mana. Selanjutnya, tes kuantitatif akan
dilakukan diperlukan dalam konteks ini dan ini tidak mungkin dilakukan dengan
beberapa tes SNP saat ini.Akan ada sedikit masalah jika campuran itu terdiri dari
DNA dari laki-laki dan perempuan lajang karena SNP terkait-Y hanya dapat berasal
dari laki-laki. Namun, jika lebih dari satu pria dapat berkontribusi pada DNA sampel
atau jenis kelaminnya sama (mis. pemerkosaan pria), perpisahan mereka bisa sulit.
Solusi yang mungkin untuk masalah ini adalah mengidentifikasi SNP tri-allelic
(Phillips et al., 2004) meskipun menurut Brookes (1999) ini hampir jarang ke titik
ketidakberadaan '.
5. Determination of Ethnicity
Semua kelompok etnis memiliki alel yang sama dengan yang digunakan dalam
profil STR Plus saat ini dalam beberapa kelompok alel tertentu cenderung lebih atau
kurang sering daripada yang lain. Meskipun dimungkinkan untuk membuat
kesimpulan tentatif tentang keturunan seseorang profil STRplus ™ mereka (Lowe et
al., 2001) itu bukan teknik yang andal untuk tujuan ini.SNP menunjukkan potensi
yang jauh lebih besar daripada STR untuk penentuan etnis asal (Kidd et al., 2006) dan
tes DNAWitness ™ yang tersedia secara komersial adalah sudah tersedia.
DNAWitness ™ menggunakan 176 SNP untuk menentukan persentase Biografi
Geografis Eropa, Asia Timur, Amerika Pribumi dan Afrika Sub-Sahara Ancestry
(BGA) dalam sampel DNA. Tes ini menggunakan referensi Sampel DNA
 dikumpulkan dari wilayah geografis ini dan sampel yang tidak diketahui disaring
terhadap mereka menggunakan prosedur statistik yang disebut ‘kemungkinan
maksimum perkiraan ' . Dimasukkannya aneh (ke Eropa) dari 'Native American' di
daftar BGA adalah karena tes ini dikembangkan dengan mata ke pasar silsilah
Amerika dan banyak orang Amerika sangat ingin memiliki 'bukti' asli Leluhur
Amerika.
Contoh klasiknya adalah kasus Derek Todd Lee, yang dinyatakan bersalah atas
pemerkosaan dan pembunuhan tujuh orang perempuan di Louisiana AS pada tahun
2003. Meskipun polisi memiliki catatan pelakunya DNA dari TKP, ini tidak cocok
dengan yang tersimpan di FBI Basis data CODIS. Selain itu, tes DNA yang digunakan
untuk basis data CODIS tidak memberikan informasi apa pun tentang asal ras. Oleh
karena itu polisi bergantung pada deskripsi saksi mata - dan ini menunjukkan bahwa
pelakunya adalah laki-laki kulit putih. karena itu datang sebagai kejutan ketika tes
berikutnya menggunakan DNAWitness ™ diindikasikan bahwa profil pelakunya
adalah 85% sub-Sahara dan 15% BGA Amerika Asli. Informasi ini memungkinkan
polisi untuk memperluas penyelidikan dan mengikuti yang baru mengarah. Setelah
sekitar 2 bulan, polisi menangkap Derek Todd Lee yang genetiknya warisan yang
cocok dengan yang ditunjukkan oleh profil SNP dan yang profil STR-nya terbukti
untuk mencocokkan itu dari TKP
6. Mobile Element Insertion Polymorphisms
Alternatif pada SNP (Single Nucleotide Polimorfism) untuk mengidentifikasi
karakteristik ras dari DNA adalah dengan analisis polimorfisme penyisipan elemen
seluler berdasarkan Short Interspersed Elements (SINE). Kelompok yang paling
umum disebut dengan elemen Alu yang panjangnya sekitar 300 nukleotida. Analisis
SINE membutuhkan peralatan laboratorium PCR standar tetapi mempunyai
kelemahan yaitu memakan waktu yang lama jika menggunakan sistem manual. Di sisi
positifnya, tidak seperti SNP, insersi Alu tidak berisiko terjadi mutasi dan ada
kemungkinan bahwa lebih sedikit penyisipan yang perlu dianalisis di masa depan..
Selain itu, gender bisa ditentukan dengan menganalisis penyisipan Alu (Hedges et al.,
2003) dan karena itu metode yang bermanfaat untuk digunakan jika diduga ada
penghapusan gen amelogenin terjadi pada kromosom Y.

7. Mitochondrial DNA
Pada mitokondria terdapat mtDNA. Urutan mtDNA pada setiap individu
biasanya identik mirip maternal, namun terdapat perbedaan urutan basa pada setiap
orang yang bermakna untuk investigasi forensik. Sampel yang sering digunakan
adalah sidik jari dan rambut. Sel epitel mengandung rata-rata 5000 molekul mtDNA.
Analisis ini memerlukan waktu dan mahal.

8. RNA
Asam ribonukleat (RNA) secara kimiawi mirip dengan DNA tetapi merupakan
molekul beruntai tunggal, memiliki gula ribosa (berlawanan dengan deoksiribosa) di
tulang punggungnya dan menggabungkan urasil basa (sebagai lawan timin). Manusia,
seperti semua organisme eukariotik mengandung tiga jenis RNA yang masing-masing
diproduksi dalam proses yang disebut transkripsi dari informasi yang dikodekan
dalam DNA. Setiap jenis RNA memiliki fungsi spesifik:

 Messenger RNA (mRNA) membawa informasi yang diperlukan untuk

membuat protein tertentu dari gen pada molekul DNA menjadi RNA ribosom.
 Ribosomal RNA (rRNA), seperti namanya, ditemukan dalam organel yang
dikenal sebagai ribosom yang terletak di sitoplasma. Selama penerjemahan,
rRNA mengikat untuk mentransfer RNA dan mengkatalisis pembentukan ikatan
peptida antara asam amino untuk membuat protein.
 Molekul Transfer RNA (tRNA) mentransfer asam amino spesifik ke rRNA
selama sintesis protein dan menempatkannya dalam orientasi yang benar pada
mRNA.