Anabolisme Asam Nukleat
Anabolisme Asam Nukleat
TIRTA SETIAWAN
G851130101
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013
PENDAHULUAN
2. Asam Nukleat
Asam nukleat adalah biopolimer yang berbobot molekul tinggi dengan
unit monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup
dan bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetik, kemudian
menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas
bagi masing-masing sel. Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya
deoksiribonukleotida , disebut asam deoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri-
atas unit-unit ribonukleaotida disebut asam ribonukleaotida (RNA).
Asam Nukleat juga merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari banyak
nukleotida. Nukleotida mengandung ribosa, maka asam nukleat yang terjadi
adalah RNA (Ribnucleic acid = asam ribonukleat) yang berguna dalam sintesis
protein. Nukleotida mengandung deoksiribosa, maka asam nukleat yang terjadi
adalah DNA (Deoxyribonucleic acid = asam deoksiribonukleat) yang merupakan
bahan utama pembentukan inti sel. Dalam asam nukleat terdapat 4 basa nitrogen
yang berbeda yaitu 2 purin dan 2 primidin. Baik dalam RNA maupun DNA purin
selalu adenin dan guanin. Dalam RNA pirimidin selalu sitosin dan urasil, dalam
DNA pirimidin selalu sitosin dan timin.
2
Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan tubuh sebagai nukleoprotein,
yaitu gabungan antara asam nukleat dengan protein. Asam nukleat dari jaringan-
jaringan tersebut, dapat diekstraksi dari nukleoprotein menggunakan larutan
garam. Setelah nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan atau dipecah menjadi
protein-protein dan asam nukleat dengan menambah asam-asam lemah atau alkali
secara hati-hati, atau dengan menambah NaCl hingga jenuh akan mengendapkan
protein.
Cara lain untuk memisahkan asam nukleat dari protein ialah menggunakan
enzim pemecah protein, misal tripsin. Ekstraksi terhadap jaringan-jaringan dengan
asam triklorasetat, dapat pula memisahkan asam nukleat. Denaturasi protein
dalam campuran dengan asam nukleat itu dapat pula menyebabkan terjadinya
denaturasi asam nukleat itu sendiri. Asam nukleat itu mengandung pentosa, maka
bila dipanasi dengan asam sulfat akan terbentuk furfural. Furfural ini akan
memberikan warna merah dengan anilina asetat atau warna kuning dengan p-
bromfenilhidrazin. Apabila dipanasi dengan difenilamina dalam suasana asam,
DNA akan memberikan warna biru. Pada dasarnya reaksi-reaksi warna untuk
ribosa dan deoksiribosa dapat digunakan untuk keperluan identifikasi asam
nukleat.
3
Sumber 2010 Encyclopedia Britannica, Inc.
Gambar 2. Struktur Sebagian dari DNA
4
4. persentasi kandungan basa tidak harus sama, pasangan adenin tidak harus
sama dengan urasil, dan sitosin tidak harus sama dengan guanin.
Ada tiga jenis RNA yaitu tRNA (transfer RNA), mRNA ( messenger RNA ) dan
rRNA (ribosomal RNA). Ketiga macam RNA ini mempunyai fungsi yang
berbeda-beda, tetapi ketiganya secara bersama-sama mempunyai peranan penting
dalam sintesis protein.
Struktur asam nukleat dapat dilihat/tertulis dalam bentuk struktur primer,
sekunder, dan tersier. Struktur primer terbentuk bila gugus fosfat satu nukleotida
berikatan ester dengan gugus hidroksil nukleotida lain melalui ikatan kovalen.
Penggabungan berbagai nukleotida ini membentuk rantai panjang
(polinukleotida). Dua ciri penting semua polinukleotida adalah:
1) Ikatan fosfodiester polinukleotida antara unit-unit monomer selalu antara
karbon 3’ dari satu monomer dan karbon 5’ dari yang berikutnya. Jadi 2
ujung DNA dari rantai polinukleotida linear tersebut akan berlawanan.
Satu ujung secara normal akan melakukan reaksi dengan fosfat 5’ dan
yang lain bereaksi dengan gugus hidroksil 3’.
2) Rantai polinukleotida mempunyai kekhasan, ditentukan melalui urutan
basanya.
A C G T T
3’ 3’ 3’ 3’ 3’
P P P P OH
5’ 5’ 5’ 5’ 5’
5
Gambar 4 menjelaskan bahwa (A) pita pada diagram menunjukkan tulang
belakang gula-fosfat dari dua untai DNA. Heliks ini adalah heliks ”tangan
kanan”, berlekuk keatas dengan arah kekanan. Kedua untaian diikat bersama oleh
ikatan hidrogen (digambarkan garis titik-titik) diantara basa nitrogen, yang
berpasangan dibagian dalam heliks ganda. (B) menunjukkan sebagian struktur
kimia, dengan dua untai yang diuraikan, perhatikan bahwa untaian memiliki
orientasi arah yang berlawanan. (C) pasangan basa nitrogen yang terikat kuat
tampak jelas pada model komputer (tiga dimensi). Daya tarik menarik antara
pasangan basa yang berpotongan mempunyai peranan penting dalam
mempertahankan molekul. Struktur sekunder RNA adalah kumparan acak tunggal
dan beberapa bagian berbentuk heliks yang menunjukkan pasangan basa. Struktur
sekunder RNA bermacam-macam sesuai jenis RNA-nya. Jenis mRNA dapat
berbentuk heliks, tRNA berbentuk seperti huruf t dan rRNA berbentuk acak.
Banyak DNA secara alami mempunyai struktur tersier. Salah satu
contohnya adalah struktur sirkular yang dapat berbentuk acak (berlilitan) dan
sirkular terbuka. Pelilitan merupakan struktur DNA yang tertutup secara kovalen
karena untai polinukleotidanya tetap utuh. Struktur ini tidak mempunyai ujung 5’
atau 3’ bebas. Jika salah satu untai polinukleotida putus,maka heliks ganda akan
kembali kebentuk normalnya sebagai sirkulasi terbuka. Contoh DNA tersier
adalah DNA virus ST-40, DNA plasmid bakteri, dan lain-lain. Struktur DNA ini
mempunyai sifat sangat khas dan bermanfaat untuk rekayasa gen.
Pada gambar 5, terlihat antara basa-basa yang terdapat pada rantai molekul
terbentuk ikatan hidrogen, yakni ikatan antara atom-atom hidrogen dan nitrogen.
Pasangan Adenin dengan Timin terbentuk dengan dua ikatan hidrogen ( A=T),
sedangkan Guanin dengan Sitosin terbentuk dengan tiga ikatan hidrogen ( G ≡ C).
6
4. Nukleotida
Nukleotida memiliki peranan yang sangat penting untuk banyak fungsi
dan kinerja sel yaitu mencakup membangun informasi genetik, ekspresi gen,
metabolisme energi, kode-kode pada aktivitas sel serta biosintesis. Biosintesis
mencakup banyak jenis diantaranya biosintesis karbohidrat, protein, lemak bahkan
asam nukleat itu sendiri. Pada sel, paling banyak ditemukan 5’-triphoshates. ATP
sebagian besar merupakan nukleotida, banyak ditemukan dalam konsentrasi mM
pada jenis sel yang berbeda meskipun beberapa nukleotida kemungkinan banyak
menunjukkan konsentrasi yang rendah (cAMP).
Nukleotida memiliki peran yaitu:
1. Pembangun Kompleks asam nukleat (DNA dan RNA)
2. Mengatur dalam penyimpanan energi, kontraksi otot, tranpor aktif dan
mengatur pertukaran ion
3. Pengaktif senyawa antara pada proses biosintesis (UDP-glukosa, S-
adenosilmetionin (SAM))
4. Komponen dari koenzim (NAD+, NADP+, FAD, FMN and CoA)
5. Pengatur proses metabolisme:
a. Second messengers (cAMP, cGMP)
b. Donor Pospat (PO32-) pada proses pemutusan rantai pospat (ATP)
c. Pengatur proses adenilation dan uridililation dengan beberapa enzim
Tiap nukleotida dibangun oleh sebuah basa purin atau basa pirimidin, sebuah
gula ribosa atau gula deoksiribosa dan sebuah pospat:
Nukleotida
Basa Purin
atau
O
pirimidin
5'
-
O P O Ikatan -glikosidik antara C-1 dari gula dan
O
1' N9 dari purin dan N1 pada pirimidin
O- H H
4'
H 3' 2' H
O H(OH)
pospat
gula pentosa
Nukleosida
7 6
N N N N
N 5 1 NH NH NH
N N
8
4 2 N N N N NH2 N
9N
H N H N H N H H N O
H
3
Purin hipoxantine guanin xantin
adenin
NH2 O
O
4
5 3 H3C
N N NH
NH
6 2 7
N N O N O
H 1 H N O H
H
pirimidin ssitosin timin urasil
Basa nukleosida Nukleotida 5’-monofosfat
nukleotida
Adenin Adenosin Adenosin 5’-monopospat (adenilat, AMP)
Guanin Guanosin Guanosin 5’- monopospat (guanilat, GMP)
Timin Timidin Timidin 5’- monopospat (timidilat, TMP)
Sitosin sitidin sitidin 5’- monopospat (sitidilat, CMP)
Uracsil Uridin Uridin 5’- monopospat (uridilat, UMP)
Hipoxantin Inosin Inosin 5’- monopospat (inosinat, IMP)
Xantin Xantosin Xantosin 5’- monopospat (xantilat , XMP)
Sumber atau bahan dasar Biosintesis nukleotida pada sel:
1) Salvage Pathway, Biodegradasi dari asam nukleat menghasilkan basa-basa
purin bebas yang bisa di digunakan kembali dengan 5 pospat-1ribosil
piropospat (PRPP) membentuk nukleotida monoposphat.
fosfat ribosa
2-
O3PO
CH2 O -
- O
O O O-
P P
O O O
OH OH
PRPP
8
PEMBAHASAN
10
Dalam reaksi kedua, keseluruhan gugus glisin ditambahkan ke prekursor yang
sedang tumbuh. Glisin menyediakan karbon 4 dan 5 serta nitrogen 7 pada cincin
purin gambar 9.
Nukleotida purin pertama yang dibentuk oleh jalur ini adalah inosin monofosfat
(IMP). Nukleotida ini mengandung basa hipoxantin yang disatukan oleh ikatan N-
glikosidat dari nitrogen 9 cincin purin ke karbon 1 pada ribosa gambar 9.
IMP berfungsi sebagai titik cabang, serta nukleotida adenin dan guanin dibentuk
dari IMP gambar 8. Adenosin monofosfat (AMP) berasal dari IMP melalui
penambahan sebuah gugus amino dari aspartat ke karbon 6 cincin purin dalam
reaksi yang memerlukan GTP. Guanosin monofosfat (GMP) berasal dari IMP
melalui pemindahan sebuah gugus amino dari amida glutamin ke karbon 2 cincin
purin. Dalam hal ini, reaksi membutuhkan ATP. AMP dan GMP masing-masing
menghambat pembentukannya sendiri dari IMP.
11
AMP dan GMP dapat mengalami fosforilasi ke tingkat difosfat dan
trifosfat dan digunakan untuk proses yang memerlukan energi di dalam sel. Purin
nukleosida trifosfat juga digunakan sebagai prekursor untuk sintesis RNA.
Pada sintesis DNA, gugus ribosa harus direduksi menjadi deoksiribosa
gambar 12. reduksi ini terjadi di tingkat dinukleotida dan dikatalisis oleh
ribonukleotida reduktase, yang memerlukan protein tioreduksin.
Deoksiribonukleosida difosfat dapat mengalami fosforilasi ke tingkat trifosfat dan
kemudian digunakan sebagai prekursor untuk sintesis DNA gambar 8.
Gly (2)
CO2 (5)
Aspartate (6) 6
C 7
amino 5 N
1N C 8
C N10-THF (3) urutan pembentukan
2C C
N 9
N 4
3
N10-THF (7) Glutamine
Glutamine amide (1)
amide (4)
Ciri-ciri utama:
1. berbeda dengan pirimidin, purin tidak memperoleh ribosa sampai separuh basa
terbentuk, purin dipasangkan ke PRPP.
2. IMP dibangun pertama kali dan kemudian nukleotida adenin dan guanin
12
Gambar 13. skema reaksi
langkah 1: Pembentukan 5-posporibosil-1-amina dari PRPP oleh aksi posporibosil
glutamin amidotransferase. PRPP menyediakan bahan dasar untuk biosintesis
purin. posporibosil Glutamin amidotransferase memiliki dua domain: satu
menghidrolisis glutamin untuk amonia, dan yang lainnya adalah domain
transferase posporibosil. Amonia disalurkan ke situs II tanpa meninggalkan
enzim.
13
Ini merupakan langkah selanjutnya.Langkah 2, glisin dipasangkan kegugus
amino pada fosforibosilamina
P-ribose-NH2 O
O
10
Langkah 3. Pemberian gugus formil dari N -formiltetrahidrofolat ke gugus amino
dari glisin sisa (dikatalis denga glisinamide ribonukleotida transferase). N10-
formil-tetrahidrofolat (THF) bertindak sebagai C1 pemberi karbon.
O
C8
N10-formyl- C H
H H2N N N
NH3+ THF THF NH N7 CH2
N 5 H O O-
C4
NH CH2 NH CH2 C5 N CH2 O C
P-ribose C P-ribosa C H O
H H2 H2
N9 OH N C N CH C C C OH
-amino terminus O 10
O dibenuk O C
14
Langkah 4, gugus amida bagian dalam dirubah menjadi amidin dengan pergantian
ammonia yang didapatkan dari glutamin
O
O
C8
C
C ATP ADP + Pi H
H NH N7
NH
N9
C4
NH CH2 C5
NH CH2 P-ribose C
P-ribose C
Glu + NH3 Gln + H2O
N
O N3 H
=NH diganti dengan =O Formilglisinamidin ribonukleotida
Formilglisinamina ribonukleotida
Perhatikan, langkah 1-4 semua dikatalis oleh banyak enzim yang kompleks.
Banyak dari senyawa antara hasil biosintesis purin itu tidak stabil pada larutan
aqueous dan hanya aktif jika dijaga dalam keadaan larutan pada suhu yang tepat.
Pembentukan dari multi enzim kompleks memungkinkan untuk menghubungkan
produk dari satu rekasi untuk menjadi pusat katalis tanpa pajanan larutan.
langkah 5, reaksi penggabungan pada sisi dalam molekul disertai dengan lepasnya
molekul air pada 5 anggota cincin. Gugus karbonil ini diaktivasi dengan rekasi
posporilasi dan gugus pospat tersebut di gantikan dengan gugus amino.
O
AIR synthetase C8
N7
C N
H ATP ADP + Pi HC
NH
CH C
N 5
NH CH2 C C4
P-ribosa C P-ribosa N9
- H2O
N N3 NH2
penutupan cincin
H
Formilglisinamidin ribonukleotida 5-aminoimidazol
ribonukleotida
15
Langkah 7, Imidazol di fosforilasi dan gugus pospate digantikan dengan gugus
amino dari aspartat
O ATP ADP + Pi N O
N
HC
HC
C C CO2-
N CH
O- - H2O N C H
N C CH2
P-ribosa CO2-
P-ribosa NH2 NH2
H2N CH CO2-
karboksiaminoimidazol 5-aminoimidazol-4-(N-succinilkarboksiamide)
ribonukleotida Asp CH2 ribonukleotida
CO2-
Langkah 8, penghilangan gugus fumarat dikatalis oleh enzim liase, Kerangka dari
aspartat kehilangan fumarat (hanya gugus amino yang disumbangkan oleh
aspartat)
CO2-
CH fumarat
HC
O CO2-
N N O
-
HC CO2 HC N1
C C
N CH NH2
N C H CH N C
CO2-
P-ribosa NH2 H P-ribose NH2
16
Langkah 10, penutupan cincin/dehidrasi menghasilkan inosinat
7
N O 8 N
5 O
HC HC
C AMP siklohidrolase C 6
NH2
N C 9 C NH 1
N
4
P-ribosa NH H P-ribosa N CH
C 3 2
H2O
O
5-formaminoimidazol-4-karboksiamido Inosinat (IMP)
ribonukleotida (FAICAR)
O- - H
OOC
Adenilsuksinat sintetase O
C
fumarat
GTP CH H
CH
O COO-
Asp
N HN H
GDP + Pi C NH2
N O N
NH O -
N N
N - H2O N N
- H2O
N P-ribosa N
P-ribosa N
P-ribosa O liase
H2N CH C O-
Inosinat Adenilsuksinat
CH2 Adenilat (AMP)
Asp =
(IMP)
C O
OH
NAD+ O O
O
H2O
NADH + H + N AMP + PPi N
N ATP
NH NH
NH
N N
N N N
N H O H3N NH2
P-ribosa
P-ribosa + H2O + Gln P-ribosa
Glu
Xantilate Guanilat (GMP)
Inosinat
(XMP)
(IMP)
17
Pengontrolan dari proses Biosintesis Purine
AMP, GMP dan IMP merupakan inhibitor pada Biosintesis
Biosintesis Purin memrlukan banyak energi (6 mol ATP digunakan untuk
1 mol IMP)
Konsentrasi nukleotida dijaga ketat di dalam sel. Kehilangan control
membuat mudah terserang penyakit klinis.
Pembentukan NAD+
NAD+ menerima 2 (H-)
O H
O O
H H
NH2 Nikotinamida NH2
NH2
O
P - N N
O P O N
O
NH2 R
R
OH OH N
NAD+ NADH
O
N Adenin
N N
-
O P O
P O
O Ribosa
OH OH
NAD+
18
COO-
PRPP PPi
COO-
2- N
O3PO
O
N H H Ribosa-P
H
H H
Nikotinat OH OH
Nikotinat ribonukleotida
NADP didapatkan dengan reaksi fosforilasi antara 2’-OH dari adenin ribosa
dengan ATP dihadapan NAD+ Kinase
19
membentuk struktur cincin, yang di oksidase menjadi asam orotat. Orotat bereaksi
dengan PRPP, menghasilkan orotidin 5-fosfat, yang kemudian mengalami
dekarboksilasi membentuk uridin monofosfat (UMP).
UMP mengalami fosforilasi menjadi UTP. Sebuah gugus amino, yang
berasal dari amida glutamin, ditambahkan ke karbon 4 untuk menghasilkan CTP.
UTPN dan CTP adalah prekursor untuk sintesis RNA.
CTP mengalami defosforilasi membentuk CDP, dan pada tingkat difosfat
ini gugus ribosa di reduksi menjadi deoksiribosa oleh ribonukleotida reduktase
(Gbr .5). dCDP mengalami defosforilasi dan deaminasi, membentuk dUMP.
Metilen tetrahidrofolat memindahkan sebuah gugus metil ke dUMP membentuk
dTMP. Reaksi fosforilasi menghasilkan dCTP dan dTTP, prekursor yang
digunakan untuk sintesis DNA
O O
CH
PO3- H2N
COO-
2-
O3PO
CH2 O -
- O 5-fosforibosil-1-
O O O-
P P pirofosfat(PRPP) adalah
O O O sumber dari fosforibosil
OH OH
20
O-
ATP ADP - O
O O
O
HO P C
C
O
CPS
NH2
NH2
fosforilasi
karbamoil fosfat
asam karbamik
ATP O- NH3 O- Pi R
R R ADP R R
O OH O P O NH2
O P O
Selanjutnya kita akan melihat mekanisme secara lebih jelas pada biosintesis
nukleotida
Kebutuhan akan ammonia pada pembentukan carmabic acid originates berasal
dari glutamin.
NH2 NH2
H2N H2 CPS HO H2
C CH OH C CH OH
NH3
C C C C C C
H2 H2
O O O O
-
CH COO-
OOC
C
21
H2
Aspartat
O
O
CH2 O-
C P
HN O-
-O C C CH
H2
O C O PALA
O-
Perhatikan:
1. Aspartat transkarbamoilase dihambat aktivitasnya oleh CTP. Hal ini
membuktikan bahwa control ketat dari CTP dalam sel.
2. N-(fosfonasetil)-L-aspartat (PALA) adalah bisubstrat analog inhibitor dari
aspartat transkarbamoilase. PALA menyerupai karbamoilpospat + aspartat.
3. Sintetase karbamoilfosfat dan aspartat transkarbamoilase pada manusia adalah
bagian dari protein yang sama.
O C
HN
-
O3PO
pirimidin fosforibosiltransferase
C CH
- C
CH2 O - PPi O3PO O
HN NH -
O
O O O-
N C
CH2
C C P P O COO
OOC
C O O O O
H OH OH
Orotidilat
PPRP di hasilkan dari reaksi fhosfhorilasi ribosa-5-fosfat (dari jalur fosfat gula
pentosa)
2-
O3PO ATP AMP 2-
O3PO
CH2 CH2 O -
O
O O -
O O-
P P
PRPP sinthetase
O O O
OH
OH OH OH OH
C C
HN HN
CH
-
O3PO C H+ CO2 -
CH
O O3PO O C
N C C
CH2 CH2 N
O COO O H
UMP
sintaase
22
OH OH OH OH
UMP kinase
UMP + ATP UDP + ADP
nukleotida difosfat kinase
UDP + ATP UTP + ADP
23
Pengaruh inhibisi pada biosintesis pirimidin bakteri
Konsentrasi dan biosintesis nukleotida sangatlah diatur ketat. Kontrol yang
sangat ketat ini dicapai dengan mudulasi allosterik (produk hasil nukleotida yang
bertindak sebagai efek negatif)
Glutamin + HCO3- + ATP
Contoh pengaruh inhibisi pada proses biosintesis
PRPP bakteri :
Karbomoil fosfat
Pembentukan karbamoil fosfat saling dipengaruhi oleh
inhibisi dengan CTP
Aspartat transcarbamoilase (ATCase) diganggu
kinerjanya oleh CTP.
OMP
Selanjutnya, konsentrasi dari enzim transkipsi diatur
UMP
sampai sel membelah, dengan bertambahnya jumlah
nukleotida yang di bentuk, ada terlambat terbentukk dan
UDP cepat terbentuk sampai pada replikasi DNA sama
seperti DNA awal.
UTP
CTP
Dengan cara ini tubuh memperoleh dAMP, dGMP, dCMP dan dTMP.
Dalam system tioreduksin akan teroksidasi ke dalam bentuk teroksidasinya agar
bisa digunakan kembali, maka system tioreduksin yang dalam tereduksi ini
direduksi oleh NADPH menggunakan enzim tioreduksin reduktase,seperti pada
gambar di bawah:
24
Proses pembentukan DNA (penggandaan) membutuhkan komponen-
komponen sebagai berikut.
1. DNA polimerase (enzim yang mengkatalisis perpanjangan rantai
nukleotida satu dengan yang lainnya)
2. Deoksiribonukleosida trifosfat (dATP, dTTP, dGTP, dCTP =
monomer penyusun rantai polinukleotida).
3. Protein pembentang dan 20 protein enzim lainnya atau sistem
replikasi DNA atau replisoma (fungsi kompleks).
4. DNA ligase (menyambung fragmen-fragmen hasil polimerasasi).
5. DNA cetakan (DNA induk untuk sintesis DNA baru
6. DNA primer (DNA pengawal untuk sintesis DNA baru).
Sintesis ini tejadi secara semi konservatif karena hanya satu untaian induk DNA
dipertahankan pada tiap DNA keturunan. Dengan demikian bila satu molekul
DNA dengan dua rantai antiparalel bereplikasi, mula-mula akan menghasilkan
dua rantai DNA baru. Kemudian 4 rantai DNA (yaitu 2 rantai DNA asli ditambah
2 rantai DNA yang terbentuk) yang ada bereplikasi lagi menjadi 8 rantai DNA,
delapan ini bereplikasi menjadi 16 dan seterusnya. Reaksi polimerasasi
(perpanjangan rantai nukleotida) mengikuti arah 5’ ke arah 3’.
Tahap-tahap reaksi sintesis DNA :
1. Tahap pembukaan DNA untai ganda superkoil
2. Sintesis oligonukleotida primer
3. Pemanjangan rantai DNA arah 5’--- 3’, pelepasan primer dan
4. Penyambungan fragmen DNA dan membentukan ikatan fosfodiester.
25
bagian DNA yang kedua untainya terpisah (garpu replikasi). 2) Enzim heliks-
destabilizing protein atau single-stranded DNA-binding protein yang berfungsi
menjaga basa-basa pada untai tunggal agar tidak berpasangan dengan lain, dan 3)
enzim DNA girase mengkatalisis pembukaan heliks ganda sebelum proses
replikasi dimulai. Ketiga enzim ini bekerja sama membentuk DNA untai tunggal.
Tahap selanjutnya menggunakan enzim RNA polimerase spesifik atau
dikenal enzim primase atau dnaG dan protein dnaB. Pembentukan oligonukleotida
primer dilakukan pada daerah spesifik DNA sebagai tempat awal replikasi. RNA
polimerase spesifik ini berbeda dengan RNA polimerase untuk sintesis RNA,
karena enzim ini bersifat nukleofilik dalam pembentukan ikatan fosfodiester dari
rantai DNA yang tidak berpasangan. dnaB berfungsi mengikat DNA untai
tunggal pada sisi awal replikasi kemudian dnaG membentuk oligonukleotida
primer.
Tahap berikut menggunkan katalis DNA polimerase III dan DNA
polimerase I serta DNA ligase. Proses penumbuhan rantai terjadi dengan
penambahan deoksiribonukleotida pada gugus 3’-OH ujung rantai primer
(pertumbuhan 5’ → 3’). Karena kedua rantai DNA bersifat anti paralel satu
terhadap lainnya (5’ → 3’, dan 3’ → 5’) maka replikasi semikonservatif yang
terjadi juga berbeda. Pada satu rantai replikasinya bersifat kontinyu dan
menghasilkan untai penuntun (leading strand).
26
untai lagi fragmen berupa DNA anak. Fragmen DNA anak ini kemudian
dirangkaikan menjadi satu untai utuh oleh enzim DNA ligase sehingga akhirnya
satu DNA double heliks menghasilkan 2 DNA anak helik ganda dan seterusnya.
Penyambungan fragmen okazaki merupakan pembentukan ikatan fosfodisester
antara gugus 3’-OH residu nukleosida dan 5’-fosfat residu yang berdekatan.
Proses dengan katalisis DNA ligase ini pada E. Coli membutukan kofaktor NAD
dan pada eukariotik menggunakan kofaktor ATP.
27
bentuk prekusor yang lebih panjang, kemudian dimodifikasi dan dipecah untuk
menghasilkan berbagai produk akhir. Demikian juga mRNA.
Pada sel hewan yang terinfeksi virus dapat terjadi transkripsi balik yaitu
polimerisasi DNA dari RNA.
28
laju yang tinggi pada pembelahan sel di sel tumbuhan dan semuanya sesuai
dengan keperluan sel yang tinggi dari aktivitas DNA polymerase. (Michael Wink,
2010)
Biosintesis Purin: informasi yg didapat:
1. Purin dibentuk menggunakan 2 jalur yaitu De Novo dan salvage pathway
2. Cincin purin dibangun pada kerangka ribosa untuk membuat IMP, yang
merupakan cabang untuk membentuk AMP dan GMP. Asam amino bertindak
sebagai N donor, CO2 dan C1 pada gugus N10-formil-THF sebagai carbon
donor.
3. Secara umum, makanisme ini membutuhkan ATP-sebagai perantara
fosforilasi pada carbonyl oxygen, diikuti dengan pergantian fosfat dengan
amina
3. Biosintesis Purin di jaga ketat melalui penghambatan bolak balik.
Pembentukan fosforibosilamina merupakan langkah yang rumit, kehilangan
kontrol akan mengakibatkan cacat klinis pada rangkaian.
4. NAD+ di bangun dari nicotinat, ATP dan PRPP. Glutamin digunakan sebagai
donor amina.
3. Pembelahan Sel
Setelah tahap replikasi biasanya akan dilanjutkan dengan proses
pembelahan sel yang dikenal dengan nama meosis dan mitosis. Pada tahap ini
terdapat perbedaan yang sangat jelas terjadi antara sel hewan dan sel tumbuhan.
Pembelahan sel di awali dengan penggandaan kromosom yang tentunya juga
didahului dengan tahap replikasi DNA. Tiap sel hewan atau tumbuhan memiliki
siklus pembelahan sel sendiri yang telah diatur oleh kode genetic yang tersimpan
didalam kromoson dan pada keadaan tertentu sel juga dapat melakukan
pembelahan, misalnya saat terjadi luka dan masa pertumbuhan
Pada sel hewan, pembelahan sel terjadi hampir pada setiap bagian sel.
Organel sentriol merupakan salah satu bagian yang memegang peran penting
dalam proses pembelahan sel, yaitu sebagai pengatur pola dan pergerakan sel serta
kromosom serta organel lain ketika akan membelah.
Pada sel tumbuhan, pembelahan tidak terjadi pada setiap bagian organ
(batang, akar, daun), karena pada tumbuhan struktur selnya terbagun oleh bagaian
yang tidak ada pada sel hewan yaitu dinding sel, dan juga tidak terdapat organel
sentriol seperti pada sel hewan.
29
Pada tumbuhan, terdapat 3 macam jenis sel:
a. Sel parenkim
b. Sel kolenkim
c. Sel sklerenkim
Parenkim biasa terdapat pada bagian tanaman yang masih kecil atau baru tumbuh
(perkecambahan), pada bagian ini juga terdapat bagian meristem atau bakal
tumbuh, sel kolenkim merupakan sel yang memiliki karakteristik dinding selnya
sedikit lebih tebal dibanding parenkim, dan terakhir sklrenkim, biasa terdapat
pada bagian tanaman yang sudah dewasa. Walaupun tumbuhan tidak memilki
sentriol dan memiliki dinding sel yang tidak memungkinkan melakukan
pembelahan, tetapi selnya dapat melakukan pembelahan, jika tidak bagaimana
tanaman bisa tumbuh tinggi dan besar. Ternyata sel pada bagian parenkim dan
kolenkim memiliki struktur dinding sel yang tipis sehingga memungkinkan untuk
melakukan pembelahan. Pembelahan pada sel tanaman biasa dikenal dengan nama
pembelahan sel plate. Prosesnya diawali dengan pembelahan intisel terlebih
dahulu tanpa diikuti dinding sel, kemudian perlahan terbentuk garis lurus pada
bagian terngah sel yang kemudian menebal dan memisah membentuk dinding sel
baru.
30
KESIMPULAN
1. Biosintesis asam nukleat pada sel hewan dan tumbuhan memiliki prinsip
proses yang sama.
2. Purin dan pirimidin pada sel hewan dan tumbuhan dibentuk menggunakan
2 jalur yaitu De Novo dan salvage pathway.
3. Pada sel hewan pembelahan diatur kerapihannya dengan organel sentriol,
pada sel tumbuhan pembelahan terjadi dengan cara cell plate.
4. Pada mamalia, pembentukan prekursor nukloetida sebagian besar
dilakukan pada sel hati, sedangkan pada tumbuhan dilakukan pada
jaringan parenkim, meristem, daun dan biji.
5. Enzim polymerase baik pada hewan dan tumbuhan akan meningkat
konsentrasinya pada jaringan yang sedang tumbuh.
31
Daftar Pustaka
32
LAMPIRAN
1. MEKANISME BIOSINTESIS DAN REGULASI PURIN
33
34
REGULASI BIOSINTESIS PURIN
35
2. MEKANISME BIOSINTESIS DAN REGULASI PIRIMIDIN
36
37
REGULASI BIOSINTESIS PIRIMIDIN
38