Makalah Biokimia Komparatif

ANABOLISME ASAM NUKLEAT

HEWAN DAN TUMBUHAN

TIRTA SETIAWAN
G851130101

Dosen: Prof. Dr. drh. Maria Bintang, MS

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013
 PENDAHULUAN

1. Sel Hewan dan Sel Tumbuhan

Secara umum hewan dan tumbuhan termasuk ke dalam multisellular dan
selnya tergolong kedalam sel Eukariot. Sel hewan dan sel tumbuhan memiliki
organel yang hampir serupa. Berikut merupakan gambar penampang melintang sel
hewan dan tumbuhan seperti terlihat pada gambar 1.

Gambar 1. Sel hewan dan tumbuhan

2. Asam Nukleat
Asam nukleat adalah biopolimer yang berbobot molekul tinggi dengan
unit monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup
dan bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetik, kemudian
menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas
bagi masing-masing sel. Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya
deoksiribonukleotida , disebut asam deoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri-
atas unit-unit ribonukleaotida disebut asam ribonukleaotida (RNA).
Asam Nukleat juga merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari banyak
nukleotida. Nukleotida mengandung ribosa, maka asam nukleat yang terjadi
adalah RNA (Ribnucleic acid = asam ribonukleat) yang berguna dalam sintesis
protein. Nukleotida mengandung deoksiribosa, maka asam nukleat yang terjadi
adalah DNA (Deoxyribonucleic acid = asam deoksiribonukleat) yang merupakan
bahan utama pembentukan inti sel. Dalam asam nukleat terdapat 4 basa nitrogen
yang berbeda yaitu 2 purin dan 2 primidin. Baik dalam RNA maupun DNA purin
selalu adenin dan guanin. Dalam RNA pirimidin selalu sitosin dan urasil, dalam
DNA pirimidin selalu sitosin dan timin.

2
 Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan tubuh sebagai nukleoprotein,
yaitu gabungan antara asam nukleat dengan protein. Asam nukleat dari jaringan-
jaringan tersebut, dapat diekstraksi dari nukleoprotein menggunakan larutan
garam. Setelah nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan atau dipecah menjadi
protein-protein dan asam nukleat dengan menambah asam-asam lemah atau alkali
secara hati-hati, atau dengan menambah NaCl hingga jenuh akan mengendapkan
protein.
Cara lain untuk memisahkan asam nukleat dari protein ialah menggunakan
enzim pemecah protein, misal tripsin. Ekstraksi terhadap jaringan-jaringan dengan
asam triklorasetat, dapat pula memisahkan asam nukleat. Denaturasi protein
dalam campuran dengan asam nukleat itu dapat pula menyebabkan terjadinya
denaturasi asam nukleat itu sendiri. Asam nukleat itu mengandung pentosa, maka
bila dipanasi dengan asam sulfat akan terbentuk furfural. Furfural ini akan
memberikan warna merah dengan anilina asetat atau warna kuning dengan p-
bromfenilhidrazin. Apabila dipanasi dengan difenilamina dalam suasana asam,
DNA akan memberikan warna biru. Pada dasarnya reaksi-reaksi warna untuk
ribosa dan deoksiribosa dapat digunakan untuk keperluan identifikasi asam
nukleat.

3. Jenis-jenis Asam Nukleat

Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid )
dan RNA (ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat. Baik DNA maupun RNA
berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein dan bersifat basa. Misalnya
DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa gabungan antara protein dan
asam nukleat disebut nukleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan polimer
seperti protein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida. Salah satu contoh
nukleotida asam nukleat bebas adalah ATP yang berfungsi sebagai pembawa
energi.

A. Struktur Asam Deoksiribonukleat (DNA)

Asam ini adalah polimer yang terdiri atas molekul-molekul
deoksiribonukleotida yang terikat satu sama lain sehingga membentuk rantai
polinukleotida yang panjang. Molekul DNA yang panjang ini terbentuk oleh
ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5 pada molekul deoksiribosa
dengan perantaraan gugus fosfat.
Secara kimia DNA mengandung karakter/sifat sebagai berikut:
1. Memiliki gugus gula deoksiribosa.
2. Basa nitrogennya guanin (G), sitosin (C), timin (T) dan adenin (A).
3. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel
4. Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan
spesifik satu dengan lain. Guanin selalu berpasangan dengan sitosin ( G –C),
dan adenin berpasangan dengan timin (A - T), sehingga jumlah guanin selalu
sama dengan jumlah sitosin. Demikian pula adenin dan timin.

3
 Sumber 2010 Encyclopedia Britannica, Inc.
Gambar 2. Struktur Sebagian dari DNA

B. Struktur Asam Ribonukleat (RNA)

Asam ribonukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas molekul-molekul
ribonukleotida. Seperti DNA asam ribonukleat terbentuk oleh adanya ikatan
antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5 pada molekul ribosa dengan
perantaraan gugus fosfat. Rumus strukturnya sama dengan gambar 2 tetapi
gulanya adalah ribosa ( atom C nomor 2 mengikat gugus OH)
RNA memiliki sifat spesifik yang berbeda dengan sifat kimia DNA, yakni
dalam hal:
1. Gula pentosanya adalah ribosa
2. RNA memiliki ribonukleotida guanin(G), sitosin (C), adenin (A) dan
Urasil (U) pengganti Timin pada DNA.
3. Untai fosfodiesternya adalah untai tunggal yang bisa melipat membentuk
jepit rambut seperti untai ganda.Beda dengan DNA bentuk molekulnya
heliks ganda.

4
 4. persentasi kandungan basa tidak harus sama, pasangan adenin tidak harus
sama dengan urasil, dan sitosin tidak harus sama dengan guanin.
Ada tiga jenis RNA yaitu tRNA (transfer RNA), mRNA ( messenger RNA ) dan
rRNA (ribosomal RNA). Ketiga macam RNA ini mempunyai fungsi yang
berbeda-beda, tetapi ketiganya secara bersama-sama mempunyai peranan penting
dalam sintesis protein.
Struktur asam nukleat dapat dilihat/tertulis dalam bentuk struktur primer,
sekunder, dan tersier. Struktur primer terbentuk bila gugus fosfat satu nukleotida
berikatan ester dengan gugus hidroksil nukleotida lain melalui ikatan kovalen.
Penggabungan berbagai nukleotida ini membentuk rantai panjang
(polinukleotida). Dua ciri penting semua polinukleotida adalah:
1) Ikatan fosfodiester polinukleotida antara unit-unit monomer selalu antara
karbon 3’ dari satu monomer dan karbon 5’ dari yang berikutnya. Jadi 2
ujung DNA dari rantai polinukleotida linear tersebut akan berlawanan.
Satu ujung secara normal akan melakukan reaksi dengan fosfat 5’ dan
yang lain bereaksi dengan gugus hidroksil 3’.
2) Rantai polinukleotida mempunyai kekhasan, ditentukan melalui urutan
basanya.
A C G T T
3’ 3’ 3’ 3’ 3’
P P P P OH

5’ 5’ 5’ 5’ 5’

Gambar 3. A,G,T,C adalah jenis nukleotida; P=fosfor, 5’ dan 3’

ujung nukleotida; semua ikatan fosfodiester adalah 3’---
5’; molekul memiliki gugus P pada ujung 5’ dan gugus –
OH pada ujung 3’.
Penulisan sederhana DNA dan RNA dimulai ujung 5’ fosfat bebas ke ujung 3’ –
OH bebas sebagai berikut :
DNA : 5’A-G-T-C-A-G -T-T-C- G-G-T-C-A-G 3’
RNA : 5’U-C-A-G-U-C-A-A-G-C-C-A-G-U-C 3’
Struktur sekunder DNA ditemukan oleh James D. Watson dan F.H.C
Crick (1953). Mereka menyusun pola difraksi sinar X yang menunjukkan model
polideoksiribonukleotida berbentuk heliks ganda.

Gambar 4. Model DNA heliks

ganda (tiga dimensi)
oleh Watson & Crick.
Basa - basa (merah-
hijau) dan bagian tulang
punggung gula-fosfat
(biru-kuning)
A B C

5
 Gambar 4 menjelaskan bahwa (A) pita pada diagram menunjukkan tulang
belakang gula-fosfat dari dua untai DNA. Heliks ini adalah heliks ”tangan
kanan”, berlekuk keatas dengan arah kekanan. Kedua untaian diikat bersama oleh
ikatan hidrogen (digambarkan garis titik-titik) diantara basa nitrogen, yang
berpasangan dibagian dalam heliks ganda. (B) menunjukkan sebagian struktur
kimia, dengan dua untai yang diuraikan, perhatikan bahwa untaian memiliki
orientasi arah yang berlawanan. (C) pasangan basa nitrogen yang terikat kuat
tampak jelas pada model komputer (tiga dimensi). Daya tarik menarik antara
pasangan basa yang berpotongan mempunyai peranan penting dalam
mempertahankan molekul. Struktur sekunder RNA adalah kumparan acak tunggal
dan beberapa bagian berbentuk heliks yang menunjukkan pasangan basa. Struktur
sekunder RNA bermacam-macam sesuai jenis RNA-nya. Jenis mRNA dapat
berbentuk heliks, tRNA berbentuk seperti huruf t dan rRNA berbentuk acak.
Banyak DNA secara alami mempunyai struktur tersier. Salah satu
contohnya adalah struktur sirkular yang dapat berbentuk acak (berlilitan) dan
sirkular terbuka. Pelilitan merupakan struktur DNA yang tertutup secara kovalen
karena untai polinukleotidanya tetap utuh. Struktur ini tidak mempunyai ujung 5’
atau 3’ bebas. Jika salah satu untai polinukleotida putus,maka heliks ganda akan
kembali kebentuk normalnya sebagai sirkulasi terbuka. Contoh DNA tersier
adalah DNA virus ST-40, DNA plasmid bakteri, dan lain-lain. Struktur DNA ini
mempunyai sifat sangat khas dan bermanfaat untuk rekayasa gen.

Gambar 5. Struktur DNA heliks ganda, basa nitogen

(berwarna), gugus fosfat dan gula ( warna hitam)

Pada gambar 5, terlihat antara basa-basa yang terdapat pada rantai molekul
terbentuk ikatan hidrogen, yakni ikatan antara atom-atom hidrogen dan nitrogen.
Pasangan Adenin dengan Timin terbentuk dengan dua ikatan hidrogen ( A=T),
sedangkan Guanin dengan Sitosin terbentuk dengan tiga ikatan hidrogen ( G ≡ C).

6
4. Nukleotida
Nukleotida memiliki peranan yang sangat penting untuk banyak fungsi
dan kinerja sel yaitu mencakup membangun informasi genetik, ekspresi gen,
metabolisme energi, kode-kode pada aktivitas sel serta biosintesis. Biosintesis
mencakup banyak jenis diantaranya biosintesis karbohidrat, protein, lemak bahkan
asam nukleat itu sendiri. Pada sel, paling banyak ditemukan 5’-triphoshates. ATP
sebagian besar merupakan nukleotida, banyak ditemukan dalam konsentrasi mM
pada jenis sel yang berbeda meskipun beberapa nukleotida kemungkinan banyak
menunjukkan konsentrasi yang rendah (cAMP).
Nukleotida memiliki peran yaitu:
1. Pembangun Kompleks asam nukleat (DNA dan RNA)
2. Mengatur dalam penyimpanan energi, kontraksi otot, tranpor aktif dan
mengatur pertukaran ion
3. Pengaktif senyawa antara pada proses biosintesis (UDP-glukosa, S-
adenosilmetionin (SAM))
4. Komponen dari koenzim (NAD+, NADP+, FAD, FMN and CoA)
5. Pengatur proses metabolisme:
a. Second messengers (cAMP, cGMP)
b. Donor Pospat (PO32-) pada proses pemutusan rantai pospat (ATP)
c. Pengatur proses adenilation dan uridililation dengan beberapa enzim
Tiap nukleotida dibangun oleh sebuah basa purin atau basa pirimidin, sebuah
gula ribosa atau gula deoksiribosa dan sebuah pospat:
Nukleotida

Basa Purin
atau
O
pirimidin
5'
-
O P O Ikatan -glikosidik antara C-1 dari gula dan
O
1' N9 dari purin dan N1 pada pirimidin
O- H H
4'
H 3' 2' H
O H(OH)
pospat
gula pentosa
Nukleosida

gambar 6. Komponen utama nukleotida

NOMENKLATURE DARI BASA NUKLEOTIDA, NUKLEOTIDA DAN NUKLEOSIDA

H2N O O O

7 6
N N N N
N 5 1 NH NH NH
N N
8

4 2 N N N N NH2 N
9N
H N H N H N H H N O
H
3
Purin hipoxantine guanin xantin
adenin
NH2 O
O
4
5 3 H3C
N N NH
NH

6 2 7
N N O N O
H 1 H N O H
H
pirimidin ssitosin timin urasil
 Basa nukleosida Nukleotida 5’-monofosfat
nukleotida
Adenin Adenosin Adenosin 5’-monopospat (adenilat, AMP)
Guanin Guanosin Guanosin 5’- monopospat (guanilat, GMP)
Timin Timidin Timidin 5’- monopospat (timidilat, TMP)
Sitosin sitidin sitidin 5’- monopospat (sitidilat, CMP)
Uracsil Uridin Uridin 5’- monopospat (uridilat, UMP)
Hipoxantin Inosin Inosin 5’- monopospat (inosinat, IMP)
Xantin Xantosin Xantosin 5’- monopospat (xantilat , XMP)
Sumber atau bahan dasar Biosintesis nukleotida pada sel:
1) Salvage Pathway, Biodegradasi dari asam nukleat menghasilkan basa-basa
purin bebas yang bisa di digunakan kembali dengan 5 pospat-1ribosil
piropospat (PRPP) membentuk nukleotida monoposphat.

adenin f osf oribosi l

transferase

Adenin + PRPP Adeni late + PPi

Hipoxantin-guanin fosforibosil transferase
(HGPRT)
Guanin + PRPP Guani late + PPi

Hypoxant in + PRPP Inosinat + PPi

fosfat ribosa

2-
O3PO
CH2 O -
- O
O O O-
P P
O O O
OH OH

PRPP

Gambar 7. Katabolisme asam Nukleat

2) De Novo, secara umum sintesis secara de novo mengarah pada perakitan

menyeluruh secara kecil-kecilan dari struktur yang sederhana menjadi satu
struktur hasil yang satu kesatuan. Dalam konteks asam nukleat struktur
sederhana meliputi, gugus gula, gugus amina, gugus – gugus kecil lainnya dan
struktur hasil merupakan basa nukleotida meliputi, adenin, guanin, sitosin,
timin dan uracil

8
 PEMBAHASAN

Nukleosida trifosfat merupakan dasar pembentukan dari DNA dan RNA

selalu melibatkan dasar proses sepeti pembentukan sukrosa dan pembentukan
fosfolipid. Jalur Uridin trifosfat (UTP) dan citidin trifosfat (CTP) di bahas secara
rinci oleh Ross pada tahun 1981. Suatu reaksi yang menggambarkan tentang
produksi ribonukleotida yaitu pada pembentukan cetakan awal RNA. Deoksi
ribonukleotida, sebagian kecil dari DNA diproduksi oleh sel melalui reduksi dari
ribonukletida. Tanaman memliki kesamaan sistem dengan hewan, yaitu
menggunakan enzim nukleotida difosfat reduktase (NDP). (Dey 1996)
Seperti halnya sistem pada bakteia dan hewan, pada tanaman nukleotida
purin dan pirimidin merupakan unsur dasar bawaan yang diturunkan dari asam
nukleat dan koenzim yang melakukan regulasi, selalu melibatkan pembentukan
tiamin, riboflavin, asam folat, histidin atau banyak sebagai bahan dasar sitokinin,
alkaloid purin dan selanjutnya senyawa N meliputi penumpukan N atau
pengeluaran N (Wink 2010).
Bedasarkan dua literatur diatas, metabolisme khususnya biosintesis asam
nukleat secara prinsip sama, namun untuk parameter lain seperti, sintetis protein,
siklus transfer energi dan kerja beberapa enzimnya memiliki perbedaan, karena
perbedaan sumber makanan pasti membutuhkan enzim yang berbeda.
Berikut perbedaan sel hewan dan sel tumbuhan,
Tabel 1. Perbedaan sel tumbuhan dan sel hewan

Ciri Sel Tumbuhan Sel Hewan

Dinding sel Ada Tidak ada

Bentuk sel Tetap Bervariasi
Butir plastida Ada Tidak ada
Asal energi Fotosintesis Makanan
Vakuola Vakuola besar (Sentral) Lisosom kecil
Sentriol Tidak ada Ada
Flagel Tidak ada Ada
Adanya sentriol pada sel hewan berfungsi sebagai pengatur pergerakan
kromosom saat pembelahan, absennya organel ini dan karena dinding sel tebal
maka dapat dipastikan sel tumbuhan sukar untuk melakukan pembelahan sel.
Pembahasan Biosintesis Asam Nukleat meliputi: Sintesis Basa – basa
Nukleotida Purin dan Pirimidin, Sintesis Rantai DNA dan RNA serta Replikasi
DNA

1. SINTESIS BASA-BASA NUKLEOTIDA

Basa purin dan pirimidin ditemukan di dalam nukleotida dan dalam asam
nukleat. Basa-basa tersebut dibentuk secara de novo oleh jalur yang menggunakan
asam amino sebagai prekursor dan menghasilkan nukleotida. Sebagian besar
sintesis de novo terjadi di hati, dan basa bernitrogen serta nukleosida kemudian
diangkut ke jaringan lain oleh sel darah merah. Otak juga membentuk nukleotida
dalam jumlah yang bermakna.
Biosintesis purin dan pirimidin diatur dan dikoordinasikan dengan ketat
oleh mekanisme umpan-balik yang menjamin agar waktu dan jumlah produksi
9
kedua zat tersebut selalu sesuai dengan kebutuhan fisiologisnya yang bervariasi.
Penyakit genetik metabolisme purin mencakup gout, sindrom Lesch-Nyhan,
defisiensi purin nukleotida fosforilase.
Jaringan tubuh dapat menyintesis purin dan pirimidin dari zat-zat antara
amfibolik. Asam nukleat dan nukleotida yang dimakan bersifat nonesensial secara
dietetik diuraikan disaluran cerna menjadi mononukleotida sehingga dapat diserap
atau diubah menjadi basa purin dan pirimidin (salvage pathway). Basa purin
kemudian dioksidasi menjadi asam urat yang dapat diabsorpsi atau diubah
menjadi basa purin atau pirimidin. Basa purin kemudian dioksidasi menjadi asam
urat yang akan diabsorbsi maupun diekskresikan dalam urine. Jika hanya sedikit
atau tidak ada purin/pirimidin dalam makanan untuk dijadikan asam nukleat
,senyawa yang disuntikkan dapat digunakan untuk membentuk asam nukleat.
Oleh karena itu, penggbungan (3H) timidin (senyawa yang disuntikkan) menjadi
DNA ini dapat digunakan untuk mengukur laju sintesis DNA.

A. Pembentukan Nukleotida Purin

Pembentukan Nukleotida Purin, 5-fosforibosil-1-pirofosfat (PRPP) adalah
sumber gugus ribosa. Senyawa ini disintesis dari ATP dan ribosa 5’-fosfat, yang
dibentuk dari glukosa melalui jalur pentosa fosfat. Basa purin dibentuk diatas
gugus ribosa.
Dalam reaksi pertama, PRPP bereaksi dengan glutamin membentuk
fosforibosilamin, reaksi ini, yang menghasilkan nitrogen 9 cincin purin, dikatalisis
oleh PRPP glutamil amidotransferase, suatu enzim yang dihambat oleh tiga
produk jalur, IMP, AMP, dan GMP. Ketiga nukleosida ini juga menghambat
sintesis PRPP sehingga memperlambat produksi nukleotida purin dengan
menurunkan kadar substrat PRPP. ).
Kemudian, karbon 8 disediakan oleh metenil tetrahidrofolat, nitrogen 3 oleh
glutamin, karbon 6 oleh CO2, nitrogen 1 oleh aspartat, dan karbon 2 oleh formil
tetrahidrofolat. Gambar 8A, memperlihatkan sumber masing-masing atom cincin
purin.

Gambar 8. Biosintesis purin.

A. Reaksi dalam jalur biosintesis.
B.Asal atom pada basa purin. RR =
ribonukleotida reduktase; FH4 =
tetrahiddrofosfat.

10
Dalam reaksi kedua, keseluruhan gugus glisin ditambahkan ke prekursor yang
sedang tumbuh. Glisin menyediakan karbon 4 dan 5 serta nitrogen 7 pada cincin
purin gambar 9.

Gambar 10. Langkah pertama dalam

biosintesis purin. Basa purin dibentuk pada
gugus ribosa. Produk jalur ini (IMP, MP, dan
GMP) menghambat reaksi. ketersediaan
substrat PRPP adalah penentu kecepatan
reaksi ini.
Gambar 9 penggabungan glisin
ke dalam prekursor purin.

Nukleotida purin pertama yang dibentuk oleh jalur ini adalah inosin monofosfat
(IMP). Nukleotida ini mengandung basa hipoxantin yang disatukan oleh ikatan N-
glikosidat dari nitrogen 9 cincin purin ke karbon 1 pada ribosa gambar 9.
IMP berfungsi sebagai titik cabang, serta nukleotida adenin dan guanin dibentuk
dari IMP gambar 8. Adenosin monofosfat (AMP) berasal dari IMP melalui
penambahan sebuah gugus amino dari aspartat ke karbon 6 cincin purin dalam
reaksi yang memerlukan GTP. Guanosin monofosfat (GMP) berasal dari IMP
melalui pemindahan sebuah gugus amino dari amida glutamin ke karbon 2 cincin
purin. Dalam hal ini, reaksi membutuhkan ATP. AMP dan GMP masing-masing
menghambat pembentukannya sendiri dari IMP.

Gambar.11 Struktur inosin monofosfat (IMP). .

11
 AMP dan GMP dapat mengalami fosforilasi ke tingkat difosfat dan
trifosfat dan digunakan untuk proses yang memerlukan energi di dalam sel. Purin
nukleosida trifosfat juga digunakan sebagai prekursor untuk sintesis RNA.
Pada sintesis DNA, gugus ribosa harus direduksi menjadi deoksiribosa
gambar 12. reduksi ini terjadi di tingkat dinukleotida dan dikatalisis oleh
ribonukleotida reduktase, yang memerlukan protein tioreduksin.
Deoksiribonukleosida difosfat dapat mengalami fosforilasi ke tingkat trifosfat dan
kemudian digunakan sebagai prekursor untuk sintesis DNA gambar 8.

Gambar 12. Reduksi ribosa menjadi deosiribosa.

reduksi berlangsung ditingkat
nukleosida difosfat. Ribonukleosida
difosfat (NDP) dibah menjadi
deoksiribunokleosida difosfat
(dNDP). Tioridoksin dioksidasi
menjadi suatu disulfide, yang harus
direduksi agar reaksi tetap dapat
menghasilkan dNDP. N = basa
nitrogen, biasanya adenine, guanin
dan sitosin.

Mekanisme pembentukan Purin

Gly (2)
CO2 (5)

Aspartate (6) 6
C 7
amino 5 N
1N C 8
C N10-THF (3) urutan pembentukan
2C C
N 9
N 4
3
N10-THF (7) Glutamine
Glutamine amide (1)
amide (4)

Ciri-ciri utama:
1. berbeda dengan pirimidin, purin tidak memperoleh ribosa sampai separuh basa
terbentuk, purin dipasangkan ke PRPP.
2. IMP dibangun pertama kali dan kemudian nukleotida adenin dan guanin

12
 Gambar 13. skema reaksi
langkah 1: Pembentukan 5-posporibosil-1-amina dari PRPP oleh aksi posporibosil
glutamin amidotransferase. PRPP menyediakan bahan dasar untuk biosintesis
purin. posporibosil Glutamin amidotransferase memiliki dua domain: satu
menghidrolisis glutamin untuk amonia, dan yang lainnya adalah domain
transferase posporibosil. Amonia disalurkan ke situs II tanpa meninggalkan
enzim.

akan dipasangkan dengan N-9 dari cicin purin

Gln + H2O Glu + NH3
2-
O3PO
2-
O3PO CH2 NH2
CH2 O -
O O
-
O O O- susunan  pada gula
P P PPi di gantikan posisisiny dengan NH2
O O O
OH OH
OH OH PPi

5-fosforibosil-1-pirofosfat (PRPP) 5-fosforibosil-1-amina

13
 Ini merupakan langkah selanjutnya.Langkah 2, glisin dipasangkan kegugus
amino pada fosforibosilamina

glisinamida ribonukleotida sintase Ini merupakan

langkah yang hanya
NH3+
ATP + Gly ADP + Pi N7
C4 C5 terjadi di
NH CH2 pembangunan gugus
P-ribose-NH2 P-ribose C
purin, dimana lebih
fosforibosil dari 1 atom
amida Glisin dipasangkan ke gugus amina O
glisinamida
ditambahkan ke
-
O NH3+ ribonukleotida rangkaian purin
C CH2

a) Gugus karboksilat pada glisin diaktivasi dengan fosforilasi membentuk

asilfosfat O
-O P O NH3+
C CH2
O-
O

b) pospat kemudian diganti dengan gugus amino dari fosforibosilamina.

O
O -O P OH
-O P O NH3+ O- P-ribose-NH NH3+
C CH2
O- C CH2

P-ribose-NH2 O
O
10
Langkah 3. Pemberian gugus formil dari N -formiltetrahidrofolat ke gugus amino
dari glisin sisa (dikatalis denga glisinamide ribonukleotida transferase). N10-
formil-tetrahidrofolat (THF) bertindak sebagai C1 pemberi karbon.
O
C8
N10-formyl- C H
H H2N N N
NH3+ THF THF NH N7 CH2
N 5 H O O-
C4
NH CH2 NH CH2 C5 N CH2 O C
P-ribose C P-ribosa C H O
H H2 H2
N9 OH N C N CH C C C OH
 -amino terminus O 10
O dibenuk O C

ribonukleotida glisinamina Formilglisinamida ribonukleotida H

N10-formil -tetrahidrofolat (THF)

14
Langkah 4, gugus amida bagian dalam dirubah menjadi amidin dengan pergantian
ammonia yang didapatkan dari glutamin

O
O
C8
C
C ATP ADP + Pi H
H NH N7
NH
N9
C4
NH CH2 C5
NH CH2 P-ribose C
P-ribose C
Glu + NH3 Gln + H2O
N
O N3 H
=NH diganti dengan =O Formilglisinamidin ribonukleotida
Formilglisinamina ribonukleotida

Perhatikan, langkah 1-4 semua dikatalis oleh banyak enzim yang kompleks.
Banyak dari senyawa antara hasil biosintesis purin itu tidak stabil pada larutan
aqueous dan hanya aktif jika dijaga dalam keadaan larutan pada suhu yang tepat.
Pembentukan dari multi enzim kompleks memungkinkan untuk menghubungkan
produk dari satu rekasi untuk menjadi pusat katalis tanpa pajanan larutan.

langkah 5, reaksi penggabungan pada sisi dalam molekul disertai dengan lepasnya
molekul air pada 5 anggota cincin. Gugus karbonil ini diaktivasi dengan rekasi
posporilasi dan gugus pospat tersebut di gantikan dengan gugus amino.
O
AIR synthetase C8
N7
C N
H ATP ADP + Pi HC
NH
CH C
N 5
NH CH2 C C4
P-ribosa C P-ribosa N9
- H2O
N N3 NH2
penutupan cincin
H
Formilglisinamidin ribonukleotida 5-aminoimidazol
ribonukleotida

Langkah 6, bikarbonat ditambahkan pertama kali ke dalam gugus eksosiklikc

amino dan kemudian di transferkan ke karbon sebelahnya pada cincin imidazol
ATP +
HO O
N 7
N ADP + Pi 8 N O
HC
-
HC O CH transfer karboksil HC 5
6
CH C
N C O O -
N C 9N C 4
- H2O
P-ribosa HN
P-ribosa NH2 P-ribosa NH2
karbosilasi gugus amino
O-
5-aminoimidazol ribonukleotida karboksilaminoimidazol
ribonukleotida

Enzyme: 5-aminoimidazol ribonukleotida Karboksilase

15
Langkah 7, Imidazol di fosforilasi dan gugus pospate digantikan dengan gugus
amino dari aspartat
O ATP ADP + Pi N O
N
HC
HC
C C CO2-
N CH
O- - H2O N C H
N C CH2
P-ribosa CO2-
P-ribosa NH2 NH2
H2N CH CO2-
karboksiaminoimidazol 5-aminoimidazol-4-(N-succinilkarboksiamide)
ribonukleotida Asp CH2 ribonukleotida

CO2-

Enzyme: 5-aminoimidazol-4-(N suksinilkarboksiamida) ribonukleotida sintase

Langkah 8, penghilangan gugus fumarat dikatalis oleh enzim liase, Kerangka dari
aspartat kehilangan fumarat (hanya gugus amino yang disumbangkan oleh
aspartat)

CO2-
CH fumarat

HC
O CO2-
N N O
-
HC CO2 HC N1
C C
N CH NH2
N C H CH N C
CO2-
P-ribosa NH2 H P-ribose NH2

5-amidoimidazol-4-(N-suksinilkarboksiamina) 5-aminoimidazol-4-karboksiamido ribonukleotida

ribonukleotida

Enzyme: adenilsuksinat liase

Langkah 9, gugus formil kedua ditambahkan dari N10-formiltetrahidrofolat

N O
N10-formil- N O
HC THF HC
C THF
C
NH2 NH2
N C C
N
P-ribosa NH2 P-ribosa NH H
C
5-aminoimidazol-4-karboksiamido C2
ribonukleotida (AICAR)
O
5-formalminoimidazol-4-karboksiamino
ribonukleotida (FAICAR)

Enzyme: 5-aminoimidazol-4-karboksiamida ribonukleotida transformilase

16
Langkah 10, penutupan cincin/dehidrasi menghasilkan inosinat

7
N O 8 N
5 O
HC HC
C AMP siklohidrolase C 6
NH2
N C 9 C NH 1
N
4
P-ribosa NH H P-ribosa N CH
C 3 2
H2O
O
5-formaminoimidazol-4-karboksiamido Inosinat (IMP)
ribonukleotida (FAICAR)

Pembentukan AMP dan GMP dari IMP

IMP merupakan senyawa utama pembentukan untuk kedua nukleotida AMP dan
GMP.
1. pembentukan adenilate (AMP): gugus c-6 carbonil dari inosinat digantikan
dengan amino dari gugus Asam aspartate.

O- - H
OOC
Adenilsuksinat sintetase O
C
fumarat
GTP CH H
CH
O COO-
Asp
N HN H
GDP + Pi C NH2
N O N
NH O -
N N
N - H2O N N
- H2O
N P-ribosa N
P-ribosa N
P-ribosa O liase
H2N CH C O-
Inosinat Adenilsuksinat
CH2 Adenilat (AMP)
Asp =
(IMP)
C O

OH

iGTP digunakan sebagai donor fosfat bukanya ATP

2. Pembentukan Guanilat (GMP): Inosinat pertama di oksidasi menjadi Xantinat

dan C-2 pada gugus karbonnya di gantikan dengan gugus amino.
IMP dehidrogenase
GMP sintetase

NAD+ O O
O
H2O
NADH + H + N AMP + PPi N
N ATP
NH NH
NH
N N
N N N
N H O H3N NH2
P-ribosa
P-ribosa + H2O + Gln P-ribosa
Glu
Xantilate Guanilat (GMP)
Inosinat
(XMP)
(IMP)

17
Pengontrolan dari proses Biosintesis Purine
 AMP, GMP dan IMP merupakan inhibitor pada Biosintesis
 Biosintesis Purin memrlukan banyak energi (6 mol ATP digunakan untuk
1 mol IMP)
 Konsentrasi nukleotida dijaga ketat di dalam sel. Kehilangan control
membuat mudah terserang penyakit klinis.

1. pembentukan PRPP dihambat oleh AMP,IMP, GMP (penanda untuk yang

membutuhkan energi rendah)
2. Pada langkah pembentukan posporibosilamina dihambat oleh semua gugus
mononukleotida purin.
3. AMP dan GMP sendiri dihambat pembentukannya dengan nukleotida
IMP, keseimbangan timbal balik kontrol subtrat tergantung dengan tingkat
Purin:
Pembentukan AMP membutuhkan GTP sebagai sumber energi
Pembentukan GMP membutuhkan ATP sebagai sumber energi

Pembentukan NAD+
NAD+ menerima 2 (H-)
O H
O O
H H
NH2 Nikotinamida NH2
NH2
O
P - N N
O P O N
O
NH2 R
R

OH OH N
NAD+ NADH
O
N Adenin
N N

-
O P O
P O
O Ribosa
OH OH

NAD+

Nikotinamida adenin dinukleotida (NAD+) dan posporilat analog, NADP+,

merupakan koenzim penting yang berperan dalam proses transfer elektron, NAD+
terdiri dari separuh AMP dari satu molekulnya. pembentukan NAD+ memerlukan
nikotinat (Vitamin B6),yang didapat dari gugus triptophan. Pada langkah awal,
nikotinat ribonukleotida dibentuk dari nikotinat dan PRPP:

18
 COO-

PRPP PPi
COO-
2- N
O3PO
O
N H H Ribosa-P
H
H H
Nikotinat OH OH
Nikotinat ribonukleotida

Pada langkah berikut, sebagian AMP di pindahkan dari gugus nikotinat

ribonukkleotida ke gugus desamido-NAD+, akhirnya, gugus desamido-NAD di
rubah menjadi amida menggunakan glutamin sebagai pemberi ammonia.

NADP didapatkan dengan reaksi fosforilasi antara 2’-OH dari adenin ribosa
dengan ATP dihadapan NAD+ Kinase

B. Pembentukan Nukleotida Pirimidin

Dalam pembentukan nukleotida pirimidin, yang disintesis pertama kali
adalah basa, kemudian basa tersebut dilekatkan ke gugus ribosa 5-fosfat. Dalam
reaksi pertama, glutamin bereaksi dengan CO2 dan ATP membentuk karbamoil
fosfat. Reaksi ini analog dengan reaksi pertama pada siklus urea, kecuali
digunakan glutamin sebagai sumber nitrogen (bukan amonia) dan terjadi di dalam
sitosol (bukan di mitokondria). Reaksi ini dikatalisis oleh karbamoil fosfat
sintetase II, yang dihambat oleh UTP, salah satu produk antara. Reaksi analog
dalam pembentukan urea dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintetase I, yang
diaktifkan oleh N-asetil glutamat. Sintesis pirimidin kurang kompleks
dibandingkan dengan purin, karena senyawa dasarnya jauh lebih sederhana.
langkah pertama adalah berasal dari 1 mol glutamin, satu mol ATP dan satu mol
CO 2 (yang merupakan karbamoilfosfat) dan satu mol aspartat. satu mol tambahan
glutamin dan ATP yang diperlukan dalam konversi UTP untuk menjadi CTP.
Karbamoilfosfat digunakan untuk sintesis nukleotida pirimidin berasal dari
glutamin dan bikarbonat, dalam sitosol, yang bertentangan dengan siklus urea,
karbamoil fosfat berasal dari amonia dan bikarbonat dalam mitokondria. Reaksi
siklus urea dikatalisis oleh sintetase karbamoilfosfat I (CPS-I) sedangkan
prekursor nukleotida pirimidin disintesis oleh CPS-II. Karbamoilfosfat kemudian
direkasikan dengan aspartat, dalam reaksi dikatalisis oleh tingkat aspartat
transkarbamoilase (ATCase).
Dalam reaksi selanjutnya pada biosintesis pirimidin, keseluruhan molekul
aspartat ditambahkan ke karbamoil fosfat. Molekul ini kemudian menutup untuk

19
membentuk struktur cincin, yang di oksidase menjadi asam orotat. Orotat bereaksi
dengan PRPP, menghasilkan orotidin 5-fosfat, yang kemudian mengalami
dekarboksilasi membentuk uridin monofosfat (UMP).
UMP mengalami fosforilasi menjadi UTP. Sebuah gugus amino, yang
berasal dari amida glutamin, ditambahkan ke karbon 4 untuk menghasilkan CTP.
UTPN dan CTP adalah prekursor untuk sintesis RNA.
CTP mengalami defosforilasi membentuk CDP, dan pada tingkat difosfat
ini gugus ribosa di reduksi menjadi deoksiribosa oleh ribonukleotida reduktase
(Gbr .5). dCDP mengalami defosforilasi dan deaminasi, membentuk dUMP.
Metilen tetrahidrofolat memindahkan sebuah gugus metil ke dUMP membentuk
dTMP. Reaksi fosforilasi menghasilkan dCTP dan dTTP, prekursor yang
digunakan untuk sintesis DNA

sumber atom karbom dan nitrogen pada cincin pirimidin

dari karbamoil fosfat

C
4
N3 5C
dari aspartat O
2 6C
C 1
NH2 C
N -
O
CH2

O O
CH
PO3- H2N
COO-
2-
O3PO
CH2 O -
- O 5-fosforibosil-1-
O O O-
P P pirofosfat(PRPP) adalah
O O O sumber dari fosforibosil
OH OH

Cincin pirimidin dibangun melalui 6 tahapan proses yang memerlukan

beberapa peran enzim, sebagian besar enzim yang berada di sitosol kecuali
orotatedehidrogenase yang berada di mitokondria. Strategi awal sebelum
memasangkan komponen (kabomoilfosfat dan aspartat) utnuk membuat cincin
pirimidin yang kemudian akan dipasangkan ke gugus fosforibosil.

Tahap 1. Penyusunan Karbamoil fosfat dikatalis oleh citosol carbamoil

pospate sintetase II (CPS).
(dari Gln)
ATP ADP O
O NH3 Pi
O HO
HO HO C
C C O
CPS CPS NH2
O P
O fosforilasi dari bikarbonat O - amonia menggantikan fosfat
-
O
Bikarbonat karboksifosfat asam karbamik

20
 O-
ATP ADP - O
O O
O
HO P C
C
O
CPS
NH2
NH2
fosforilasi
karbamoil fosfat
asam karbamik

Mekanisme umum pergantian oksigen karbonil dengan gugus amino

ATP O- NH3 O- Pi R
R R ADP R R

O OH O P O NH2
O P O

R' R' R' NH2 R'

R' O- O-

Selanjutnya kita akan melihat mekanisme secara lebih jelas pada biosintesis
nukleotida
Kebutuhan akan ammonia pada pembentukan carmabic acid originates berasal
dari glutamin.
NH2 NH2

H2N H2 CPS HO H2
C CH OH C CH OH
NH3
C C C C C C
H2 H2
O O O O

Glutamin (Gln) glutamat

Perhatikan bahwa enzim tunggal, karbamoil fosfat sintetase II, mengkatalisis

semua 4 reaksi yang diperlukan untuk sintesis karbamoilfosfat. Reaksi intermediet
disalurkan secara internal antara situs aktif yang bertanggung jawab untuk
fosforilasi, pembentukan asam karbamat, dan hidrolisis glutamin, tanpa
memisahkannya dari enzim. Hal ini diperlukan untuk melindungi intermediet
supaya stabil dari hidrolisis dan untuk mendorong reaksi ke depan. (Stryer, 2005).

Tahap 2 . pembentukan Orotat

Langkah selanjutnya pada proses biosintesis pirimidin yaitu pembentukan N-
karbamoil-aspartat dari aspartat dan karbamoilfosfat. karbamoil aspartat kemudian
terputar dan dioksidasi dengan NAD+ membentuk orotate.
Dihydroorotate
Aspartate O O Dehydrogenase O
Dihydroorotase
Transcarbamoylase
Asp C H+ H2O C NAD+ NADH + H+ C
Pi
NH2 HN
O -
HN NH HN NH
- O
O O
P C CH COO CH C C C
OOC OOC OOC
O Asp menggantika Pi C pembentukan cincin C O C O
NH2 H2 H2 H
oksidasi
karbamoil fosfat
N-karbamoilaspartat Dihidroorotate Orotat
NH2

-
CH COO-
OOC
C
21
H2
Aspartat
 O
O
CH2 O-
C P
HN O-

-O C C CH
H2
O C O PALA

O-

Perhatikan:
1. Aspartat transkarbamoilase dihambat aktivitasnya oleh CTP. Hal ini
membuktikan bahwa control ketat dari CTP dalam sel.
2. N-(fosfonasetil)-L-aspartat (PALA) adalah bisubstrat analog inhibitor dari
aspartat transkarbamoilase. PALA menyerupai karbamoilpospat + aspartat.
3. Sintetase karbamoilfosfat dan aspartat transkarbamoilase pada manusia adalah
bagian dari protein yang sama.

tahap 3. Pembentukan UMP, Orotat di sambungkan dengan PPRP menghasilkan

Orotat mono fosfat (OMP)
O

O C
HN
-
O3PO
pirimidin fosforibosiltransferase
C CH
- C
CH2 O - PPi O3PO O
HN NH -
O
O O O-
N C
CH2
C C P P O COO
OOC
C O O O O
H OH OH

orotat 5-fosforibosil-1-pirofosfat (PRPP) OH OH

Orotidilat

PPRP di hasilkan dari reaksi fhosfhorilasi ribosa-5-fosfat (dari jalur fosfat gula
pentosa)
2-
O3PO ATP AMP 2-
O3PO
CH2 CH2 O -
O
O O -
O O-

P P
PRPP sinthetase
O O O
OH
OH OH OH OH

ribosa-5-fosfat 5-fosforibosil-1-pirofosfat (PRPP)

Dekarboksilasi orotidilat (OMP) mengahsilkan Uridilat (UMP), basa pirimidin

utama dalam nukleotida.
O O

C C
HN HN
CH
-
O3PO C H+ CO2 -
CH
O O3PO O C

N C C
CH2 CH2 N
O COO O H

UMP
sintaase
22
OH OH OH OH

Orotidilat Uridilat (UMP)

fosforilasi dari UMP kinase akan menjadikan UDP dan UTP

UMP kinase
UMP + ATP UDP + ADP
nukleotida difosfat kinase
UDP + ATP UTP + ADP

Pembentukan Nukleotida Sitosin

sitidine trifosfat terbentuk dari uridin trifosfat oleh penggantian gugus
karbonil dengan gugus amino. Hal ini dilakukan dengan mekanisme yang mirip
dengan sintesis karbamoilfosfat. The O4 dari uridin yang terfosforilasi, diikuti oleh
perpindahan dengan amonia. CTP sintetase adalah umpan balik dihambat oleh
CTP.
Gln + H2O NH2
O
Glu C
N
C
HN CH
NH3 4-
O3PO3PO3PO-H2C O C
CH
4-
O3PO3PO3PO-H2C O C C
CH2 N
C O H
CH2 N
O H
ATP ADP + Pi
OH OH
OH OH
CTP
UTP

Pembentukan Basa Nukleotida Timin

Basa nukleotida timine merupakan basa yang termasuk kedalam jenis basa
pirimidin, selain itu timine merupakan basa pengganti Uracil pada RNA saat
membentuk DNA. Proses pembentukan timin kompleks, membutuhkan proses
reduksi atau yang lebih dikenal dengan nama biosintesis deoksiribonukleotida
oleh sisitem tioredoksin, rekasi reduksi ini dikatalis oleh enzim nukleosida
dipospat reduktase.

Ribonukleosida difosfat deoksiribonukleoida difosfat

Enzim: Nukleosida difosfat reduktase
Kemudian satu gugus fosfat akan terhidrolisis sehingga terbentuk
deoksiribonukletida monofosfat,
deoksibonukleosida difosfat deoksiribonukleoida monofosfat

melalui cara ini Timin dibentuk, petama-tama CDP direduksi

menggunakan system tioredoksin menjadi dCDP, kemudian satu gugus fosfat
terhidrolisis menjadi dCMP kemudian mengalami pelepasa gugus amina oleh
enzim deaminase membentuk dUMP, terakhir 5,10-metilen THF memberika
gugus metilnya dengan babntuan enzim timidilat sintase membentuk dTMP.

CTP dCTP dCMP dUMP dTMP

23
Pengaruh inhibisi pada biosintesis pirimidin bakteri
Konsentrasi dan biosintesis nukleotida sangatlah diatur ketat. Kontrol yang
sangat ketat ini dicapai dengan mudulasi allosterik (produk hasil nukleotida yang
bertindak sebagai efek negatif)
Glutamin + HCO3- + ATP
Contoh pengaruh inhibisi pada proses biosintesis
PRPP bakteri :
Karbomoil fosfat
Pembentukan karbamoil fosfat saling dipengaruhi oleh
inhibisi dengan CTP
Aspartat transcarbamoilase (ATCase) diganggu
kinerjanya oleh CTP.
OMP
Selanjutnya, konsentrasi dari enzim transkipsi diatur
UMP
sampai sel membelah, dengan bertambahnya jumlah
nukleotida yang di bentuk, ada terlambat terbentukk dan
UDP cepat terbentuk sampai pada replikasi DNA sama
seperti DNA awal.
UTP

CTP

2. SINTESIS RNA DAN DNA SERTA REPLIKASI DNA

Molekul DNA merupakan rantai polinukleotida yang mempunyai
beberapa jenis basa purin dan pirimidin, dan berbentuk heliks ganda. Antara rantai
satu dengan pasangannya dalam heliks ganda terdapat ikatan hidrogen. Molekul
DNA yang berbentuk heliks ganda ini mempunyai sifat dapat membelah diri dan
masing-masing rantai polinukleotida mampu membentuk rantai baru yang
merupakan pasangannya. Terjadinya heliks ganda yang baru dan proses
terbentuknya molekul DNA baru ini disebut replikasi.
Sebelum proses sintesis DNA terjadi semua nukleotida mengalami reduksi
melalui sistem yang disebut dengan Tioredoksin dan juga bantuan enzim
nukleotida difosfat reduktase. Satu gugus fosfat mengalami hidlolisis sehingga
dapat di gambarkan seperti gambar berikut:

Ribonukleosida difosfat deoksiribonukleoida difosfat

Enzim: nukleotida difosfat reduktase
deoksiribonukleoida monofosfat

Dengan cara ini tubuh memperoleh dAMP, dGMP, dCMP dan dTMP.
Dalam system tioreduksin akan teroksidasi ke dalam bentuk teroksidasinya agar
bisa digunakan kembali, maka system tioreduksin yang dalam tereduksi ini
direduksi oleh NADPH menggunakan enzim tioreduksin reduktase,seperti pada
gambar di bawah:

24
 Proses pembentukan DNA (penggandaan) membutuhkan komponen-
komponen sebagai berikut.
1. DNA polimerase (enzim yang mengkatalisis perpanjangan rantai
nukleotida satu dengan yang lainnya)
2. Deoksiribonukleosida trifosfat (dATP, dTTP, dGTP, dCTP =
monomer penyusun rantai polinukleotida).
3. Protein pembentang dan 20 protein enzim lainnya atau sistem
replikasi DNA atau replisoma (fungsi kompleks).
4. DNA ligase (menyambung fragmen-fragmen hasil polimerasasi).
5. DNA cetakan (DNA induk untuk sintesis DNA baru
6. DNA primer (DNA pengawal untuk sintesis DNA baru).
Sintesis ini tejadi secara semi konservatif karena hanya satu untaian induk DNA
dipertahankan pada tiap DNA keturunan. Dengan demikian bila satu molekul
DNA dengan dua rantai antiparalel bereplikasi, mula-mula akan menghasilkan
dua rantai DNA baru. Kemudian 4 rantai DNA (yaitu 2 rantai DNA asli ditambah
2 rantai DNA yang terbentuk) yang ada bereplikasi lagi menjadi 8 rantai DNA,
delapan ini bereplikasi menjadi 16 dan seterusnya. Reaksi polimerasasi
(perpanjangan rantai nukleotida) mengikuti arah 5’ ke arah 3’.
Tahap-tahap reaksi sintesis DNA :
1. Tahap pembukaan DNA untai ganda superkoil
2. Sintesis oligonukleotida primer
3. Pemanjangan rantai DNA arah 5’--- 3’, pelepasan primer dan
4. Penyambungan fragmen DNA dan membentukan ikatan fosfodiester.

Gambar 13. Ilustrasi Replikasi Semikonservatif DNA

Proses tahap awal pembukaan DNA dikatalisis oleh 3 jenis enzim yaitu 1)
enzim helikase (atau DNA- unwinding enzyme) yang mengkatalisis pembukaan

25
bagian DNA yang kedua untainya terpisah (garpu replikasi). 2) Enzim heliks-
destabilizing protein atau single-stranded DNA-binding protein yang berfungsi
menjaga basa-basa pada untai tunggal agar tidak berpasangan dengan lain, dan 3)
enzim DNA girase mengkatalisis pembukaan heliks ganda sebelum proses
replikasi dimulai. Ketiga enzim ini bekerja sama membentuk DNA untai tunggal.
Tahap selanjutnya menggunakan enzim RNA polimerase spesifik atau
dikenal enzim primase atau dnaG dan protein dnaB. Pembentukan oligonukleotida
primer dilakukan pada daerah spesifik DNA sebagai tempat awal replikasi. RNA
polimerase spesifik ini berbeda dengan RNA polimerase untuk sintesis RNA,
karena enzim ini bersifat nukleofilik dalam pembentukan ikatan fosfodiester dari
rantai DNA yang tidak berpasangan. dnaB berfungsi mengikat DNA untai
tunggal pada sisi awal replikasi kemudian dnaG membentuk oligonukleotida
primer.
Tahap berikut menggunkan katalis DNA polimerase III dan DNA
polimerase I serta DNA ligase. Proses penumbuhan rantai terjadi dengan
penambahan deoksiribonukleotida pada gugus 3’-OH ujung rantai primer
(pertumbuhan 5’ → 3’). Karena kedua rantai DNA bersifat anti paralel satu
terhadap lainnya (5’ → 3’, dan 3’ → 5’) maka replikasi semikonservatif yang
terjadi juga berbeda. Pada satu rantai replikasinya bersifat kontinyu dan
menghasilkan untai penuntun (leading strand).

Sumber 2010 Encyclopedia Britannica, Inc.

Gambar 14. Replikasi DNA Dengan Berbagai Enzim yang terlibat
Sedangkan untai yang lain repilikasinya bersifat diskontinyu dan
menghasilkan untai potongan atau disebut juga fragmen Okazaki. Sehingga pada
tahap ini dihasilkan satu untai utuh DNA anak mengikuti DNA induk dan satu

26
untai lagi fragmen berupa DNA anak. Fragmen DNA anak ini kemudian
dirangkaikan menjadi satu untai utuh oleh enzim DNA ligase sehingga akhirnya
satu DNA double heliks menghasilkan 2 DNA anak helik ganda dan seterusnya.
Penyambungan fragmen okazaki merupakan pembentukan ikatan fosfodisester
antara gugus 3’-OH residu nukleosida dan 5’-fosfat residu yang berdekatan.
Proses dengan katalisis DNA ligase ini pada E. Coli membutukan kofaktor NAD
dan pada eukariotik menggunakan kofaktor ATP.

2 Proses Transkripsi RNA

Proses transkripsi adalah pembentukan molekul RNA sesuai pesan yang
diberikan oleh DNA. Pada tahap ini informasi genetik diberikan kepada molekul
RNA yang terbentuk selaku perantara dalam sintesis protein.
Proses transkripsi membutuhkan rantai DNA tunggal sebagai cetakan,
RNA polimerase untuk pemanjangan rantai RNA, keempat ribonukleosida 5’-
trifosfat ( ATP, GTP, UTP, dan CTP), serta berbagai enzim kompleks. Dalam
proses ini terbentuk berbagai jenis RNA dari gen DNA yang transkripsi. Gen
adalah bagian tertentu dari DNA yang menyandi satu polipeptida (protein)
tertentu.
Proses ini menyerupai replikasi DNA namun ada perbedaan prinsip antara
keduannya. Pada sintesis DNA seluruh urutan nukleotida DNA digandakan seperti
DNA induk. Pada transkripsi tidak semua DNA ditraksripsi menjadi RNA, hanya
gen atau kolompok gen yang ditranskripsi. Reaksi polimerisasi RNA berlangsung
mengikuti arah ribonukleosida 5’-trifosfat keribonukleosida 3’-fosfat. Produk
yang terbentuk pada proses ini adalah RNA yang komplemen dengan salah satu
rantai DNA dupleks yang menjadi cetakan.
Semua produk RNA –nya dalam berbagai jenis dan beruntai tunggal. Garis
besar tahapan proses sintesis RNA.
Tahap pertama : Enzim polimerase mengikat urutan basa spesifik atau urutan
tanda permulaan DNA yaitu rangkaian 10 nukleotida yang kaya pirimidin.
Pengikatan ini menyebabkan terbukanya heliks ganda DNA dengan panjang
tertentu (inisiasi). RNA polimerase pada bakteri menghasilkan ketiga jenis RNA.
Sementara pada sel mamalia memerlukan RNA polimerase berbeda-beda untk
mensintesis ketiga jenis RNA.
Tahap kedua: RNA polimerase mengkatalisis pemanjangan (elongasi) ikatan
fosfodiester antara ribonukleosida trifosfat dan ujung 3- fosfat melalui cara seperti
DNA polimerase I. Proses pemanjangan ini disertai dengan hidrolisis pirofoffat
untuk membantu menyediakan gaya pendorong untuk reaksi tersebut. Substrat
reaksi RNA polimerase adalah ATP, GTP, UTP, dan CTP sesuai dengan
komplemennya pada urutan DNA.
Tahap ketiga: Komplemen DNA-RNA (hibrid) yang dihasilkan membuka dengan
melepaskan RNA yang terbentuk, diikuti hibridisasi ulang rantai DNA
membentuk untai DNA ganda. Pada ujung gen, terdapat urutan penghenti
(terminasi). yang menyebabkan proses transkripsi berhenti. Keadaan ini diikuti
dengan pelepasan RNA polimerase dari DNA.
Tahap keempat: Adalah tahap akhir dimana terjadi perubahan secara kimia RNA
yang terbentuk. Biasanya setelah proses pembentukan RNA, terjadi proses
lanjutan untuk membuat RNA menjadi aktif. rRNA dan tRNA dibuat dalam

27
bentuk prekusor yang lebih panjang, kemudian dimodifikasi dan dipecah untuk
menghasilkan berbagai produk akhir. Demikian juga mRNA.
Pada sel hewan yang terinfeksi virus dapat terjadi transkripsi balik yaitu
polimerisasi DNA dari RNA.

Sumber 2010 Encyclopedia Britannica, Inc.

Gambar 15. Tahapan Transkripsi
Pada beberapa jenis tumbuhan, aktivitas dari dns polymerase a penting ditemukan
sampai benih tumbuh berkecambah, pada sel meristem pada pucuk dan pangkal
akar dan atas perlakuan dengan auxin dan sitokinin (ditinjau dari Dunham &
Bryant, 1985). Kondisi ini semua diketahui menjadi suatu kesepakatan dengan

28
laju yang tinggi pada pembelahan sel di sel tumbuhan dan semuanya sesuai
dengan keperluan sel yang tinggi dari aktivitas DNA polymerase. (Michael Wink,
2010)
Biosintesis Purin: informasi yg didapat:
1. Purin dibentuk menggunakan 2 jalur yaitu De Novo dan salvage pathway
2. Cincin purin dibangun pada kerangka ribosa untuk membuat IMP, yang
merupakan cabang untuk membentuk AMP dan GMP. Asam amino bertindak
sebagai N donor, CO2 dan C1 pada gugus N10-formil-THF sebagai carbon
donor.
3. Secara umum, makanisme ini membutuhkan ATP-sebagai perantara
fosforilasi pada carbonyl oxygen, diikuti dengan pergantian fosfat dengan
amina
3. Biosintesis Purin di jaga ketat melalui penghambatan bolak balik.
Pembentukan fosforibosilamina merupakan langkah yang rumit, kehilangan
kontrol akan mengakibatkan cacat klinis pada rangkaian.
4. NAD+ di bangun dari nicotinat, ATP dan PRPP. Glutamin digunakan sebagai
donor amina.

Biosintesis Pirimidin, informasi yg didapat:

1. Purin dibentuk menggunakan 2 jalur yaitu De Novo dan salvage pathway.
2. cincin pirimidin dibangun terlebih dahulu baru kemudian di pasangkan ke
gugus ribosa.
3. biosintesis primidin di atur ketat melalui penghambatan balik enzim (CTP
sintase, ATCase) dan pengaturan pembentukan) ATCase.
4. sebagian besar kebutuhan akan banyak enzim di ambil dari sitosol kecuali
dihidroorotat (berlokasi di mitokondria)
5. enzim pada mamalia memiliki banyak fungsi seperti CAD (3 aktivitas), UMP
sintase (2 aktifitas).

3. Pembelahan Sel
Setelah tahap replikasi biasanya akan dilanjutkan dengan proses
pembelahan sel yang dikenal dengan nama meosis dan mitosis. Pada tahap ini
terdapat perbedaan yang sangat jelas terjadi antara sel hewan dan sel tumbuhan.
Pembelahan sel di awali dengan penggandaan kromosom yang tentunya juga
didahului dengan tahap replikasi DNA. Tiap sel hewan atau tumbuhan memiliki
siklus pembelahan sel sendiri yang telah diatur oleh kode genetic yang tersimpan
didalam kromoson dan pada keadaan tertentu sel juga dapat melakukan
pembelahan, misalnya saat terjadi luka dan masa pertumbuhan
Pada sel hewan, pembelahan sel terjadi hampir pada setiap bagian sel.
Organel sentriol merupakan salah satu bagian yang memegang peran penting
dalam proses pembelahan sel, yaitu sebagai pengatur pola dan pergerakan sel serta
kromosom serta organel lain ketika akan membelah.
Pada sel tumbuhan, pembelahan tidak terjadi pada setiap bagian organ
(batang, akar, daun), karena pada tumbuhan struktur selnya terbagun oleh bagaian
yang tidak ada pada sel hewan yaitu dinding sel, dan juga tidak terdapat organel
sentriol seperti pada sel hewan.

29
Pada tumbuhan, terdapat 3 macam jenis sel:
a. Sel parenkim
b. Sel kolenkim
c. Sel sklerenkim
Parenkim biasa terdapat pada bagian tanaman yang masih kecil atau baru tumbuh
(perkecambahan), pada bagian ini juga terdapat bagian meristem atau bakal
tumbuh, sel kolenkim merupakan sel yang memiliki karakteristik dinding selnya
sedikit lebih tebal dibanding parenkim, dan terakhir sklrenkim, biasa terdapat
pada bagian tanaman yang sudah dewasa. Walaupun tumbuhan tidak memilki
sentriol dan memiliki dinding sel yang tidak memungkinkan melakukan
pembelahan, tetapi selnya dapat melakukan pembelahan, jika tidak bagaimana
tanaman bisa tumbuh tinggi dan besar. Ternyata sel pada bagian parenkim dan
kolenkim memiliki struktur dinding sel yang tipis sehingga memungkinkan untuk
melakukan pembelahan. Pembelahan pada sel tanaman biasa dikenal dengan nama
pembelahan sel plate. Prosesnya diawali dengan pembelahan intisel terlebih
dahulu tanpa diikuti dinding sel, kemudian perlahan terbentuk garis lurus pada
bagian terngah sel yang kemudian menebal dan memisah membentuk dinding sel
baru.

Tabel perbandingan antara sel hewan dan tumbuhan

Sintesis Sel Tumbuhan Sel Hewan

Basa – Basa Purin dan Jaringan parenkim Organ Hati secara

Pirimidin umum

Vaakuola besar kecil

DNA dan Replikasi semua sel Semua sel

Pembelahan sel Pada jaringan parenkim semua sel

tumbuhan atau
meristem tumbuhan, biji
(cell plate)

Organel sel Ada dinding sel Tidak ada dinding sel

Tidak ada sentriol Ada sentriol
Ada kloroplas Tidak ada

30
 KESIMPULAN

1. Biosintesis asam nukleat pada sel hewan dan tumbuhan memiliki prinsip
proses yang sama.
2. Purin dan pirimidin pada sel hewan dan tumbuhan dibentuk menggunakan
2 jalur yaitu De Novo dan salvage pathway.
3. Pada sel hewan pembelahan diatur kerapihannya dengan organel sentriol,
pada sel tumbuhan pembelahan terjadi dengan cara cell plate.
4. Pada mamalia, pembentukan prekursor nukloetida sebagian besar
dilakukan pada sel hati, sedangkan pada tumbuhan dilakukan pada
jaringan parenkim, meristem, daun dan biji.
5. Enzim polymerase baik pada hewan dan tumbuhan akan meningkat
konsentrasinya pada jaringan yang sedang tumbuh.

31
 Daftar Pustaka

Anonym. http://www.johnkyrk.com/DNAanatomy.html [diakses 2 oktober 2013].

Berg, Yimoczko JL, Styler lubert. 2007. Biochemistry. W.H Freman and
company, Newyork.
Geoffrey M., Cooper. 2000. "The Cell - A Molecular Approach". Boston
University (ed. 2) (Sunderland (MA): Sinauer Associates). hlm. Heredity,
Genes, and DNA. ISBN 0-87893-106-6. Diakses 2010-08-12.
Kuswandi, Paramita. 2006. Replikasi DNA (Introduction Procaryot).
Lehninger, Albert. 1982. Principle of biochemistry.Pt. gelora aksara pratama.
Bogor.
Mandelkern, M., Elias, J., Eden, D., Crothers ,D. (1981). "The dimensions of DNA
in solution". J Mol Biol 152 (1): 153–61. PMID 7338906.
Marborne, jb., Dey, P.M. 1996. Plant Biochemistry. Accademic-Press. California.
Michael,W King. 2013. Biosintsis nukleotida. http://themedicalbiochemistry
page.org / nucleotide-metabolism.php [diakses 1 oktober 2013].
Murray Y.K., Granner K.D., rodwell V.M. 2006. Biokimia Harper. Penerbit buku
kedokteran EGC. Indonesia.
Natsumeda Y., Ikegami T., Olah E., Weber G. 1989. Significance of purine
salvage in circumventing the action of antimetabolites in rat hepatoma
cells. Laboratory for Experimental Oncology, Indiana University School
of Medicine, Indianapolis 46223. Ncbi.
Parthier B., Bouter D.. 1982. Nucleic acids and proteins in Plant II.
Universitatsdruckesel H Sturtz, wurzburrg.
Salle, A. J. 1943. “Fundamental Principle of Bacteriology” New York and
London: Mc GRAW-HILL BOOK COMPANY Inc.
Tortora. 2010. Microbiologi. Benjamin Cummings. USA.
Tretyakova, Natalia . 2004. Biochemistry of Medicinals II (Phar 6152).
Wink, Michael.2010. Biochemistry of plant secondary metabolism. Willey-
blackwell, Germany.
Wirahadikusumah. 1989. Biokimia protein, enzim dan asam nukleat. ITB.
Bandung.
Zdenka, Duracková. 2010. Nucleic acid. Department of Medical chemistry,
Biochemistry and Clinical Biochemistry,Komenius University.

32
LAMPIRAN
1. MEKANISME BIOSINTESIS DAN REGULASI PURIN

33
34
REGULASI BIOSINTESIS PURIN

35
2. MEKANISME BIOSINTESIS DAN REGULASI PIRIMIDIN

36
37
REGULASI BIOSINTESIS PIRIMIDIN

38