MAKALAH

GENETIKA & REPRODUKSI

“KODE GENETIK DAN TRANSKRIPSI”

OLEH:

Dosen Pembimbing :
Prof. Lufri, MS

OLEH KELOMPOK :

DELLA LESTARI (19177027)

EFRINANDA AFRIANTI
SARI YULIANTI
YAYAT MUTIA ARDI

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

PROGRAM PASCA SARJANA
UNIVERSITAS NEGERI PADANG
2020
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur penulis ucapkan kepada kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan
rahmat dan karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan makalah genetika dan
reproduksi materi kode genetik dan transkripsi.
Dalam penyelesaian makalah ini penulis banyak menemui kendala. Namun berkat
bantuan dari berbagai pihak, penulis dapat menyelesaikan makalah ini dengan baik. Untuk itu
penulis mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu khususnya
dosen pembimbing mata kuliah Genetika dan Reproduksi yaitu Prof. Lufri, MS.
Dalam penulisan makalah ini, penulis menyadari masih banyak terdapat kekurangan.
Untuk itu kritik dan saran dari pembaca sangat diharapkan demi kesempurnaan makalah ini
untuk kedepannya. Semoga makalah ini bisa dimanfaatkan sebaik-baiknya.

Padang, 13 April 2020

Penulis

2
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR........................................................................................i
DAFTAR ISI.......................................................................................................ii
BAB I. PENDAHULUAN................................................................................1
A. Latar Belakang...................................................................................1
B. Rumusan Masalah..............................................................................1
C. Tujuan Penulisan................................................................................1
BAB II. PEMBAHASAN...................................................................................2
A. Kode Genetik Bersifat Universal ......................................................2
B. Enzim yang terlibat dalam Transkripsi .............................................7
C. Proses Transkripsi pada Eukariota ....................................................10
D. Proses Transkripsi pada Prokariota....................................................19
E. Proses pada Pascatranskripsi..............................................................30
BAB III. PENUTUP...........................................................................................31
A. Kesimpulan........................................................................................31
B. Saran..................................................................................................31
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................32

3
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang terdapat
pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA yang
disalin menjadi urutan nukleotida RNA (transkip RNA). Urutan nukleotida pada
transkrip RNA bersifat komplemeter dengan urutan DNA cetakan (DNA template),
tetapi identik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode (coding DNA
strand/nontemplate strand). Hal ini dapat digambarkan dengan skema sederhana berikut
ini: 5’-ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT -3’ Untaian DNA pengkode dan 3’-
TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA -5’ Untaian DNA cetakan.

B. Rumusan Masalah
Adapun rumusan masalahnya adalah sebagai berikut:
1. Apa yang dimaksud dengan kode genetic?
2. Bagaimana proses transkripsi pada eukaryota?
3. Bagaimana proses transkripsi pada prokaryota?
4. Bagaimana proses transkripsi pasca transkripsi?
C. Tujuan Penulisan
Adapun tujuan penulisan makalah ini sebagai berikut:
1. untuk mengetahui konsep kode genetic.
2. untuk mengetahui proses transkripsi pada eukaryota.
3. untuk mengetahui proses transkripsi pada prokaryota.
4. untuk mengetahui proses pascatranskripsi.

1
 BAB II
PEMBAHASAN
A. Kode Genetik Bersifat Universal
Kode genetik adalah seperangkat aturan yang digunakan oleh sel - sel hidup
untuk menerjemahkan informasi yang dikodekan dalam materi genetik
(urutan DNA atau mRNA dari triplet nukleotida, atau kodon ) menjadi protein . Terjemahan
dilakukan oleh ribosom , yang menghubungkan asam amino dalam urutan yang ditentukan
oleh messenger RNA (mRNA), menggunakan molekul transfer RNA (tRNA) untuk
membawa asam amino dan membaca mRNA tiga nukleotida sekaligus. Kode genetik sangat
mirip di antara semua organisme dan dapat diekspresikan dalam tabel sederhana dengan 64
entri. 
Kode mendefinisikan bagaimana kodon menentukan asam amino mana yang akan
ditambahkan selanjutnya selama sintesis protein . Dengan beberapa pengecualian, kodon tiga
nukleotida dalam sekuens asam nukleat menentukan asam amino tunggal. Sebagian
besar gen dikodekan dengan skema tunggal (lihat tabel kodon RNA ). Skema itu sering
disebut sebagai kode genetik kanonik atau standar, atau hanya kode genetik, meskipun kode
varian (seperti dalam mitokondria manusia) ada.
Sementara "kode genetik" adalah yang menentukan urutan asam amino protein, daerah
genomik lainnya menentukan kapan dan di mana protein ini diproduksi sesuai dengan
berbagai "kode pengaturan gen".
Kodon Awal dan Kodon Akhir
Kodon awal merupakan kodon pertama yang diterjemahkan pada saat translasi atau
disebut juga kodon inisiasi (AUG yang menyandikan metionin). Selain kodon inisiasi, untuk
memulai translasi diperlukan juga sekuen atau situs yang disebut Shine-Dalgarno untuk
pengenalan oleh ribosom yang juga dibantu oleh faktor inisiasi (berupa tiga jenis protein).
Kodon akhir merupakan salah satu dari tiga kodon, yaitu UAG, UAA atau UGA. Kodon
akhir disebut juga kodon terminal yang tidak menyandikan asam amino. Kodon akhir
menyebabkan proses translasi berakhir dengan bantuan faktor pelepasan untuk melepas
ribosom. Proses sintesis protein (polipeptida) baru akan diawali apabila ada kodon AUG yang
mengkode asam amino metionin, karenanya kodon AUG disebut kodon permulaan (kode
‘start’). Sedangkan berakhirnya proses sintesis polipeptida apabila terdapat kodon UAA,
UAG, dan UGA (pada prokariotik) dan UAA (pada eukariotik). Kodon UAA,UAG, dan

2
UGA tidak mengkode asam amino apapun dan merupakan agen pemotong gen (tidak dapat
bersambung lagi dengan double helix asam amino) disebut sebagai kodon terminasi/kodon
nonsense (kode ‘stop’). Kode genetik berlaku universal, artinya kode genetik yang sama
berlaku untuk semua jenis makhluk hidup. Dengan adanya kodon permulaan dan kodon
terminasi, berarti tidak semua urutan basa berfungsi sebagai kodon. Yang berfungsi sebagai
kodon hanyalah urutan basa yang berada di antara kodon permulaan dan kodon terminasi.
Urutan basa yang terletak sebelum kodon permulaan dan setelah kodon penghenti tidak
dibaca sebagai kodon.
Sifat-sifat Kode Genetic
1. Kode genetik bersifat berdegenerasi
Berdegenerasi artinya asam amino yang diuji bisa dispesifikasikan lebih dari satu kodon.
Kecuali pada metionin (AUG) dan triptofan (UGG) yang memiliki kodon tunggal atau
sebagai kodon start. Perlu diketahui bahwa degenerasi kode tidaklah seragam. Sebagai
contoh, leusin dan serin mempunyai enam kodon, glisin dan alanina mempunyai empat
kodon, dan glutamat, tirosin, dan histidin mempunyai dua kodon. Ketika satu asam amino
mempunyai kodon ganda, perbedaan antara kodon biasanya terlihat pada basa yang ketiga
(pada ujung 3'). Sebagai contoh, alanina dikode oleh triplet GCU, GCA, GCG, GCC.
2. Tidak tumpang tindih
Kode genetik tidak tumpang tindih, artinya tiada satu basa tungggalpun yang dapat
mengambil bagian dalam pembentukan lebih dari satu kodon, sehingga 64 itu berbeda-beda
nukleotidanya. Kode genetik dapat mempunyai dua arti yaitu kodon yang sama dapat
memperinci lebih dari satu asam amino. Tidak ada kombinasi dari tiga basa yang sama yang
mongkode suatu asam amino. Satu macam asam amino dapat disandi oleh lebih dari satu
triplet kodon, namun satu macam triplet kodon tidak bisa menjadi lebih dari satu macam
asam amino yang berbeda, misalnya pada triplet kodon UUU akan menjadi Fenilalanin ,
tetapi triplet kodon ini tidak akan bisa menjadi macam asam amino lain.
3. Tidak Bersifat Ambigu
Kode genetic tidak bersifat ambigu (bermakna ganda). Artinya sebuah kodon spesifik
hanya menunjukkan satu asam amino tunggal. Perbedaan antara ambigu dan sifat
berdegenerasi merupakan konsep yang sangat penting. Pengenalan tRNA bergantung pada
region antikodon dan kaidah spesifik, komplementer terhadap kodon yang dinamakan
antikodon. Untuk sebuah kodon tertentu di dalam mRNA, hanya satu spesies tunggal molekul

3
tRNA hanya dapat dimuati oleh satu asam amino spesifik. Dengan demikian masing-masing
kodon menspesifikasi satu asam amino. Meskipun demikian sebagian molekul tRNA dapat
memanfaatkan antikodonnya untuk mengenali lebih dari satu kodon. Inilah yang
menunjukkan bahwa kode genetic bersifat tidak ambigu.
4. Bersifat universal
Kode genetik itu ternyata universal karena kode yang sama berlaku untuk semua macam
mahluk hidup. Didalam mitokondria mamalia, kodon AUA dibaca sebagai metionin dan
kodon UGA menkode triptofan. Kemudian AGA dan AGG dibaca sebagai kodon penghenti
atau pengakhir rantai bukan sebagai arginin.
Tabel kode genetik universal

Pada tahun 1961 Marshall Nirenberg dan Heinrich Matthaei mengumumkan hasil
observasi yang mengusulkan terobosan pertama. Mereka menginkubasi polyribonucleotide
polyuridylate sintetis (poly(U) yang didesign) dengan ekstrasi E. coli, GTP, dan campuran 20
asam amino dalam 20 tabung berbeda. Pada masing-masing tabung suatu asam amino yang
berbeda diberi label secara radioaktif. Poly(U) dapat dikatakan sebagai mRNA tiruan yang
berisi triplet UUU berurutan, dan triplet ini harus mempromosikan sintesis polipeptida hanya
dari salah satu 20 asam amino yang berbeda dari yang dilabel dengan triplet UUU. Suatu
polipeptida radioaktif dibentuk di dalam salah satu dari 20 tabung
yang berisi fenilalanin radioaktif. Nirenberg dan Matthaei menyimpulkan bahwa triplet
UUU cocok untuk fenilalanin. Pendekatan yang sama mengungkapkan bahwa
polyribonucleotide polycytidylate atau poly(C) sintetis mengkode formasi. Saat ini, suatu
4
pendekatan yang komplementer diperkenalkan oleh H.Gobind Khorana, yang
mengembangkan metoda-metoda untuk mensintesis polyribonucleotida dengan yang
digambarkan. Susunan pengulangan dari dua sampai empat basa. Polipeptida yang dihasilkan
dengan memakai RNAs ini sebagai pengirim pesan (messanger) mempunyai satu atau
beberapa asam amino dengan pola berulang. Pola-pola ini ketika dikombinasikan dengan
informasi dari polimer acak yang digunakan oleh Nirenberg dan rekan-rekannya,
memunculkan tugas kodon yang tidak jelas. Polipeptida yang disintesis responnya atas
polimer ini ditemukan untuk memiliki jumlah treonina dan histidina yang sama. Dengan cara
yang sama, satu RNA dengan tiga basa pada pola pengulangan harus menghasilkan tiga jenis
polipeptida yang berbeda. Masing-masing polipeptida berasal dari kerangka pembacaan
(reading frame) yang berbeda dan berisi suatu jenis asam amino.

Kode genetik mempunyai beberapa karakteristik penting. Kunci organisasi informasi

genetika dalam protein dapat ditemukan pada kodon dan pada susunan kodon pada kerangka
pembacaan (reading frame). Perlu diingat bahwa tanpa tanda baca atau isyarat diperlukan
untuk menandai ujung kodon dan permulaan kodon berikutnya. Kerangka pembacaan harus
ditetapkan dengan benar pada permulaan molekul mRNA dan lalu dipindahkan secara
berurutan dari satu triplet ke triplet berikutnya.

Jika kerangka pembacaan awal diputus oleh satu atau dua basa, atau jika ribosom tanpa
sengaja melompati suatu nukleotida dalam mRNA, semua kodon berikutnya akan berantakan
dan akan menjurus kepada pembentukan protein "missense" dengan susunan asam amino
yang kacau. Beberapa kodon memiliki fungsi khusus. Kodon inisiasi, AUG, menandakan
awal dari rantai polipeptida. AUG tidak hanya adalah kodon inisiasi dari prokaryota dan
eukaryot tetapi juga mengkode residu Met pada posisi internal polipeptida. Dari 64 triplet
nukleotida yang mungkin, tiga (UAA, UAG, dan UGA) tidak mengkode asam amino yang
dikenal. Ketiganya dikenal sebagai kodon penghentian (termination) atau juga disebut stop
codon atau nonsense codon, yang secara normal menandai akhir sintesis rantai polipeptida.

Ketiga kodon penghentian dinamai "nonsense codon". Mutasi nonsens ini, dinamai
amber, ochre, dan opal, membantu identifikasi yang mungkin dari UAA, UAG, dan UGA
sebagai kodon penghentian. Pada urutan acak nukleotida, satu dari setiap 20 kodon pada
masing-masing kerangka pembacaan, rata-rata, merupakan kodon penghentian. Dimana

5
kerangka pembacaan ada tanpa kodon penghentian dari 50 atau lebih kodon, daerah itu
disebut satu kerangka pembacaan terbuka (open reading frame). Kerangka pembacaan
terbuka panjang biasanya berhubungan dengan gen yang mengkode protein. Contoh

ATGTATTCTTACGGAATCCCTGAT

Sel membaca kalimat di atas sebagai kata-kata 3 huruf:

ATG TAT TCT TAC GGA ATC CCT GAT

sel menterjemahkan kata-kata itu menjadi:

ATG TAT TCT TAC GGA ATC CCT GAT (DNA)
M Y S Y G I P D (Asam amino)

A TGT ATT CTT ACG GAA TCC CTG AT

Atau seperti ini:

AT GTA TTC TTA CGG AAT CCC TGA T

Dan apabla diterjemahkan hasilnya pun akan berbeda:

A TGT ATT CTT ACG GAA TCC CTG AT
C I L T E S L
AT GTA TTC TTA CGG AAT CCC TGA T
V F L R N P *

B. Enzim yang terlibat dalam transkripsi

Transkripsi adalah proses menyalin data yang terdapat pada rantai sense (3′–>5″) DNA.
Proses ini terjadi di dalam inti sel dimulai dengan pembukaan rantai DNA oleh enzim
helikase. Setelah itu penempelan enzim polimerase pada daerah promotor sekuen gen dan
barulah enzim polimerase mulai aktif menyalin kode genetik pada rantai sense DNA hingga
bagian triplet basa nitrogen yang mengandung informasi untuk mengehentikan proses
menyalin.

6
 Gambar 1.Transkripsi pada prokariota

Hasil dari proses transkripsi adalah mRNA dengan kode pasangan yang terdapat pada
rantai sense DNA. Rantai RNA yang mengandung kode ini disebut pula dengan kodon. Jadi
mRNA adalah kodon. Setelah proses transkripsi selesai maka m-RNA akan segera bergerak
meningggalkan inti sel menuju sitoplasma untuk melakukan proses selanjutnya (translasi).

Transkripsi merupakan tahap pertama dari proses sintesis protein yang nantinya
dilanjutkan dengan tahap kedua yaitu translasi. Protein yang dihasilkan dalam proses ini akan
berperan sebagai enzim, hormon, maupun, komponen sel yang penting bagi kelangsungan
hidup organisme. Proses transkripsi membutuhkan bantuan dari enzim yang disebut RNA
polimerase. Enzim ini berfungsi ntuk membuka rantai ganda DNA dan membentuk rantai
RNA dari cetakan (template) DNA yang ingin diterjemahkan. Proses trnaskripsi dapat dibagi
menjadi 3 langkah yaitu: inisiasi, elongasi, dan terminasi.

Transkripsi Ada 3 jenis RNA yang dihasilkan dari proses transkripsi, yaitu ribosomal
RNA  (rRNA), messenger RNA (mRNA), dan transfer RNA (tRNA). rRNA adalah RNA
yang berada pada ribosom berperan membantu proses translasi. mRNA adalah RNA yang
akan ditranslasikan menjadi protein. tRNA adalah RNA yang mengikat nukleotida dan
membawanya ke ribosom untuk dirangkai menjadi protein. Hanya 1 strand dari DNA double
helix yang ditranskripsi menjadi RNA. Strand DNA yang ditranskripsi menjadi RNA disebut
dengan template atau antisense. Sedangkan Strand DNA yang tidak ditranskripsi menjadi
RNA disebut dengan coding strand atau Sense. Tahap pertama dalam Central Dogma atau
ekspresi gen  adalah Transkripsi. Proses transkripsi diawali dengan menempelnya RNA

7
polimerase pada suatu sequen yang disebut dengan promotor. Promotor merupakan sequen
DNA yang pertama kali ditempeli oleh RNA polimerase. Contoh promoter yang sering
dijumpai pada bakteri memiliki urutan sequen TTGACA dan TATAAT. Promotor dengan
sequen TTGACA disebut juga dengan -35 sequence karena berjarak 35 sequen dari sequen
dimulainya transkripsi. Sedangkan Promotor dengan sequen TATAAT disebut juga dengan
-10 sequence karena berjarak 10 sequen dari sequen dimulainya transkripsi. Promotor yang
sering dijumpai pada eukariotik memiliki urutan sequen TATAAA. Promotor tersebut lebih
dikenal dengan TATA box, berjarak 25 sequen dari sequen dimulainya transkripsi Bakteri
hanya mempunyai 1 RNA polimerase, sedangkan eukariotik mempumyai 3 RNA polimerase,
yaitu RNA polimerase I, RNA polimerase II, RNA polimerase III. RNA polimerase I
mengkatalisis sintesis rRNA dalam nucleolus, RNA polimerase II mengkatalisis sintesis
mRNA dan , RNA polimerase III mengkatalisis sintesis tRNA. Setelah RNA polimerase
menempel pada promotor, RNA polimerase kemudian meluruskan dan membuka ikatan
double stranded DNA, membentuk suatu kompleks yang disebut dengan transcription bubble
sepanjang 17 urutan basa nitrogen. Di dalam transcription bubble, RNA polimerase
melakukan sintesis RNA dengan urutan yang komplementer dengan DNA template. Setiap 12
basa nukleotida RNA yang disintesis awalnya berikatan dengan DNA menbentuk ikatan
DNA-RNA . Kemudian transcription bubble akan bergerak membelah ikatan nukleotida
double stranded DNA didepannya, sedangkan ikatan DNA-RNA paling belakang akan
terputus. Demikian seterusnya hingga sampai proses transkripsi berakhir. Transcription
bubble bergerak pada double stranded DNA dengan kecepatan 50 nukleotida per detik.

Gambar 2. Transcription buble adalah kompleks yang terbentuk saat terjadi transkripsi DNA

Proses transkripsi berakhir ketika ketika RNA polimerase melewati stop sequence atau
stop signal. Contoh stop sequence paling sederhana adalah serangkaian pasangan basa GC
8
yang diikuti oleh serangkaian basa AT. Namun bagaimana stop sequence dapat menghentikan
transkripsi? Berikut mekanisme terjadinya terminasi transkripsi : Stop sequence ditranskripsi
oleh RNA polimerase menghasilkan rangkaian RNA dengan basa nitrogen guanin (G) dan
sitosin (C) yang diikuti oleh beberapa basa nitrogen urasil (U). Basa nitrogen G dan C saling
berikatan membentuk harpain sedangkan serangkaian RNA dengan basa nitrogen U akan
membentuk ikatan RNA-DNA namun ikatan antara basa nitrogen U pada RNA dengan basa
nitrogen adesin (A) pada DNA merupakan ikatan yang lemah sehingga ikatan tersebut akan
putus menyebabkan RNA terlepas dari transcription bubble dan akhirnya proses transkripsi
berhenti.

Gambar 3. Struktur hairpain mRNA yang dihasilkan oleh stop sequence menyebabkan translasi DNA
berhenti

Pada eukariotik, RNA hasil transkripsi harus keluar dari inti sel menuju sitoplasma
karena proses selanjutnya yaitu proses translasi terjadi di sitoplasma. Sebelum menuju
sitoplasma RNA pada eukariotik harus melalui beberapa modifikasi, yaitu modifikasi di
ujung 5’ atau yang sering disebut dengan 5’ Cap dan modifikasi pada ujung 3’ atau yang
sering disebut dengan 3′ poly-A tail. Pada RNA hasil tanskripsi (primary RNA transcript)
dari eukariotik terdapat dua bagian yaitu intron dan ekson (exon). Intron adalah bagian RNA
yang tidak menyandikan suatu polipeptida sedangkan ekson (exon) bagian RNA yang
menyandikan suatu polipeptida sedangkan ekson (exon). Dalam primary RNA transcript,
intron dan ekson (exon) tersusun berselang seling. Sebelum proses translasi berlangsung,
intron  pada primary RNA transcript harus dihilangkan / dibuang terlebih dahulu. Proses

9
penghilangan intron tersebut dikenal dengan istilah intron spicing menghasilkan serangkaian
RNA yang hanya tersusun dari intron dan dikenal dengan mRNA.

Gambar 4. Modifikasi post transkripsi DNA yaitu penambahan 5' cap -3' tail dan intron splicing

C. Proses Transkripsi pada Eukariota

1. Struktur Gen
Gen-gen pada eukariot bersifat monosistronik, artinya satu transkrip yang dihasilkan
hanya mengkode satu macam produk ekspresi. Pada eukariot tidak dikenal namanya operon
karena satu gen structural dikendalikan oleh satu promoter. Secara umum hampir sama
sama prokariot yaitu adanya promotor, bagian struktural dan terminator. Bagian yang
membedakan adalah pada bagian struktural gen. Bagian struktural/coding region pada
eukariot ada bagian intron dan ekson. Intron (intervening sequences) merupakan
sekuens yang tidak mengkode asam amino. Bagian ini akan dibuang saat RNA processing.
Ekson merupakan sekuen yang dikode menjadi asam amino.

10
 Gambar 5. Bagian Struktural Gen Eukariot

2. Mekanisme Transkripsi Pada Eukariot

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme
pada prokariot. Namun, begitu banyaknya polipeptida yang berkaitan dengan mesin
transkripsi pada eukariot menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada
mekanisme pada prokariot. Secara umum mekanisme transkripsi dimulai dari inisiasi,
elongasi dan terminasi. Tetapi pada eukariot terdapat tiga gen kelas yang berperan dalam
proses transkripsi, karena itu transkripsi harus dilakukan pada masing-masing gen kelas
tersebut.
Transkripsi Gen Kelas I
Transkripsi gen kelas I dilakukan oleh RNA polimerase I. proses transkripsi gen kelas I
juga dimulai dengan pembentukan kompleks pra inisiasi yang dilakukan oleh RNA
polimerase I dan dua faktor transkripsi yaitu SL1 dan UBF (Upstream binding factor). SL1
merupakan faktor transkripsi yang mempunyai spesifisitas untuk suatu species, artinya dapat
membedakan antara promotor gen pada manusia dan promotor gen pada hewan. Faktor SL1
diketahui berperan dalam penyusunan kompleks pra inisiasi RNA polimerase 1. Spesifisitas
SL1 terhadap suatu promotor dibantu oleh elemen promotor utama (core promoter elemen).
Transkripsi gen kelas I dimulai dari daerah promotor antara dan berakhir pada sisi
sebelah hulu promotor utama. Hal ini dimaksudkan untuk mengantarkan molekul RNA
polimerase I dalam jumlah besar kesisi inisiasi. Secara rinci mekanisme inisiasi transkripsi
gen kelas I sampai saat  ini belum diketahui secara jelas. Selain faktor SL1 inisiasi transkripsi
11
gen kelas I juga memerlukan faktor transkripsi UBF. Faktor UBF inilah yang menempel pada
daerah promotor gen rRNA secara langsung dan bukan RNA polimerase I. hasil penelitian
menunjukan bahwa faktor SL1 yang berasal dari manusia tidak berikatan langsung pada
DNA sedangkan SL1 yang berasal dari mencit dapat menempel pada promotor gen rRNA
mencit sehingga faktor faktor transkripsi SL1 yang berasal dari manusia hanya aktif terhadap
promotor manusia sedangkan SL1 mencit juga aktif pada promotor mencit. Sebaliknya,
faktor transkripsi UBF yang berasal dari manusia dapat menggantikan fungsi UBF dari
mencit dan sebaliknya.
RNA Pol I bertanggung jawab dalam sintesis rRNA secara terus-menerus selama
interfase. Sel manusia mengandung lima rumpun (cluster) gen penyandi rRNA yang terdiri
atas sekitar 40 salinan dan terletak pada kromosom-kromosom yang berbeda. Masing-masing
gen rRNA menghasilkan transkrip 45S rRNA yang panjangnya lebih kurang 13.000
nukleotida (nt). Transkrip ini akan terbagi menjadi sebuah 28S (5.000 nt), 18S (2.000 nt), dan
5,8S (160 nt) rRNA. Transkripsi salinan gen-gen rRNA secara berkesinambungan diperlukan
untuk mencukupi produksi rRNA yang selanjutnya akan dikemas ke dalam ribosom.
Masing-masing rumpun gen rRNA dikenal sebagai daerah pengatur nukleolar
(nucleolar organizer region) karena nukleolus mengandung kala (loop) DNA berukuran besar
yang sesuai dengan rumpun-rumpun gen tersebut. Setelah sebuah sel dihasilkan dari mitosis,
sintesis rRNA akan dimulai kembali dan nukleoli yang kecil akan muncul pada lokasi
kromosomal yang ditempati oleh gen-gen rRNA. Selama sintesis rRNA berlangsung aktif,
transkrip pra-rRNA dikemas di sepanjang gen-gen rRNA dan jika divisualisasikan
menggunakan mikroskop elektron akan nampak sebagai ’struktur pohon natal’. Di dalam
struktur ini transkrip-transkrip RNA dikemas dengan rapat di sepanjang molekul DNA dan
masing-masing muncul tegak lurus dari DNA.Transkrip yang pendek dapat dilihat pada
bagian awal gen tersebut. Transkrip akan makin bertambah panjang pada bagian-bagian
berikutnya untuk kemudian menghilang ketika mencapai ujung unit transkripsi.
Promoter-promoter gen pra-rRNA pada mamalia mempunyai suatu daerah kontrol
transkripsi bipartit, yang terdiri atas elemen inti atau core element dan elemen kontrol hulu
atau upstream control element (UCE). Elemen inti meliputi tapak awal transkripsi dan
terbentang dari posisi -31 hingga +6, yang merupakan urutan esensial untuk transkripsi.
Sementara itu, UCE mempunyai panjang sekitar 50 hingga 80 pb yang dimulai dari posisi

12
-100. UCE bertanggung jawab untuk peningkatan transkripsi sekitar 10 hingga 100 kali bila
dibandingkan dengan laju transkripsi oleh elemen inti saja.
UCE akan berikatan dengan suatu protein spesifik pengikat DNA, yang disebut
dengan faktor pengikatan hulu atau upstream binding factor (UBF). Selain dengan UCE, UBF
juga berikatan dengan suatu urutan di sebelah hulu elemen inti.Kedua urutan yang berikatan
dengan UBF tersebut tidak mempunyai kesamaan yang nyata.Sebuah molekul UBF diduga
mengikat UCE, sedangkan sebuah molekul UBF lainnya mengikat urutan yang kedua.
Selanjutnya, kedua molekul UBF akan saling berikatan melalui interaksi protein-protein
sehingga terbentuk struktur kala (loop) pada segmen DNA di antara kedua tempat pengikatan
tersebut.
Selain UBF, terdapat faktor lain yang esensial untuk transkripsi RNA Pol I. Faktor ini
adalah faktor selektivitas atau selectivity factor (SL1), yang akan berikatan dengan kompleks
UBF-DNA dan kemudian menstabilkannya. SL1 berinteraksi dengan bagian hilir elemen inti
yang bebas.Pengikatan kompleks UBF-DNA oleh SL1 memungkinkan RNA Pol I untuk
memasuki kompleks tersebut dan melakukan inisiasi transkripsi.
Saat ini SL1 telah diketahui mengandung beberapa subunit, antara lain berupa suatu
protein yang dinamakan protein pengikat TATA atau TATA-binding protein (TBP). TBP
diperlukan untuk inisiasi ketiga RNA polimerase eukariot, dan nampaknya merupakan faktor
penting dalam transkripsi eukariot.Ketiga subunit SL1 lainnya dikenal sebagai faktor-faktor
yang berasosiasi dengan TBP atau TBP-associated factors (TAFs), dan di antara subunit
tersebut yang diperlukan untuk transkripsi RNA Pol I dinamakan TAF1s.

Pada Acanthamoeba, suatu eukariot sederhana, terdapat elemen kontrol tunggal di

daerah promoter gen rRNA yang terletak sekitar 12 hingga 72 pb ke arah hulu dari titik awal
transkripsi. Tempat ini akan diikat oleh faktor TIF-1, yang homolog dengan SL1. Dengan
pengikatan ini RNA Pol I akan dapat melakukan inisiasi transkripsi. Pada waktu RNA Pol I
bergerak di sepanjang molekul DNA, faktor TIF-1 tetap terikat pada tempat semula sehingga
memungkinkan terjadinya inisiasi transkripsi oleh RNA Pol I yang lain, dan beberapa putaran
transkripsi dapat berlangsung.Oleh karena itu, mekanisme ini dapat dilihat sebagai sistem
kontrol transkripsi yang sangat sederhana. Di sisi lain, untuk vertebrata nampaknya terdapat
suatu UBF tambahan yang bertanggung jawab atas pengikatan promoter oleh SL1 secara
spesifik.
Terdapat  3 produk hasil transkripsi pada eukariot antara lain :
13
a. RNA polimerase I (RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA. Enzim ini
terdapat di dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap α-amanitin.
b. RNA polimerase II (RNA Pol II) mentranskripsi semua gen penyandi protein dan
beberapa gen RNA nuklear kecil (snRNA). Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma
dan sangat sensitif terhadap α-amanitin.
c. RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S rRNA, U6
snRNA dan beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma
dan agak sensitif terhadap α-amanitin.

Transkripsi gen Kelas II

14
 Gambar 6. Pembentukan Kompleks Pra-Inisiasi Transkripsi Pada Eukariot

Transkripsi gen kelas II dilakukan oleh RNA polimerase II yang dibantu oleh beberapa
faktor transkripsi umum. Penyusunan kompleks faktor transkripsi umum dan RNA
polimerase II pada daerah promotor membentuk kompleks pra inisiasi yang akan segera
mengawali transkripsi jika ada nukleotida. Ikatan semacam ini membuat daerah promotor
menjadi terbuka sehingga RNA polimerase II dapat membaca urutan DNA pada cetakan.
Faktor transkripsi umum yang berperan dalam mengarahkan RNA polimerase II kepromotor
adalah TFIIA, TFIIB, TFIID,TFIIE, TFIIF, TFIIH dan TFIIJ. Faktor-faktor transkripsi
tersebut akan menempel ke daerah promotor secara beratahap sebelum akhirnya terbentuk
kompleks pra inisiasi. Penempelan faktor transkripsi tersebut terjadi dengan urutan (1)
pertama-tama TFIID menempel pada bagian kotak TATA pada promotor, yang dibantu oleh
15
faktor TFIIA sehingga membentuk kompleks DA. (2) kemudian diikuti oleh penempelan
TFIIB, (3) TFIIF selanjutnya menempel diikuti oleh penempelan RNA polimerase II, (4)
akhirnya faktor TFIIE akan menempel diikuti oleh TFIIH dan TFIIJ. Kompleks pra inisiasi
yang terbentuk disebut kompleks DABPolFEH.
Setelah terbentuk kompleks pra inisiasi RNA polimerase II siap untuk melakukan
proses transkripsi jika ada nukleotida. Faktor transkripsi yang penting untuk mengawali
inisiasi proses transkripsi adalah TBP, TFIIB, TFIIF, dan RNA polimerase II tanpa adanya
TFIIE dan TFIIH, sebenarnya sudah dapat terjadi transkripsi namun tidak sempurna.
Pembentukan transkripsi yang tidak sempurna tersebut menandakan telah terbentuknya
kompleks inisisasi termasuk terjadinya pembukaan DNA secara lokal dan pembentukan
ikatan pospodiester pertama. Dalam hal ini faktor TFIIE dan TFIIH tidak diperlukan dalam
proses inisiasi melainkan diperlukan dalam proses pelepasan dari promotor yang menandai
dimulainya transkripsi (pemanjangan transkip) secara aktif. Pelepasan dari promotot tersebut
dikatalisis oleh aktifitas DNA helikase yang dimiliki oleh TFIIH sehingga menyebabkan
terbukanya DNA pada daerah promotor. Hal ini dilakukan dengan cara memuntir DNA di
daerah hilir dari bagian yang berikatan dengan faktor transkripsi yang lain sehingga terbentuk
gelembung transkripsi. Pembentukan gelembung transkripsi memunkinkan RNA polimerase
untuk memulai transkripsi dan bergerak dari hilir sepanjang 10-12 nukleotida. Pergerakan
RNA polimerase tersebut dibantu oleh aktifitas TFIIH yang menyebabkan pemanjangan
gelembung transkripsi.
Faktor TFIIH mempunyai banyak peranan salah satunya adalah proses fosforilasi RNA
polimerase II menjadi bentuk IIO. TFIIH diketahui mempunyai aktifitas kinase CTD. Bentuk
RNA polimerase IIO inilah yang selanjutnya melakukan proses pemanjangan transkripsi.
Fosforilasi terjadi pada asam-asam amino pada bagian CTD yang ada pada subunit RNA
polimerase II yang paling besar. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa proses fosforilasi
RNA polimerase II menjadi inisiasi dan selanjutnya terjadi pemanjangan transkripsi.
fosforilasi pada RNA polimerase II menyebabkan terjadinya komfirmasi kompleks inisiasi
menjadi bentuk yang siap untuk melakukan pemanjangan transkripsi. Pemanjangan
transkripsi tersebut dapat terjadi karena fosforilasi RNA polimerase II menyebabkan ikatan
antara CTD dan TBP menjadi lemah. Dengan adanya nukleotida maka kompleks
pemanjangan (elongation kompleks) dapat meneruskan pemanjangan transkrispi (RNA).

16
 Proses pemanjangan transkripsi akan berjalan sampai RNA polimerase II mencapai
daerah terminator. Terminasi transkripsi dapat terjadi karena adanya aktifitas fosfatase yang
spesifik untuk CTD sehingga mengembalikan RNA polimerase II menjadi bentuk yang tidak
mengalami fosoforilasi. Dalam keadaan tidak mengalami fosforilasi RNA polimerase II dapat
digunakan lagi untuk proses transkripsi berikutnya.
Transkripsi gen kelas III

Normal
Gambar 7. Pembentukan Kompleks Pra-Inisiasi Gen Kelas III
Transkripsi gen kelas III (gen tRNA dan 5S rRNA) dilakukan oleh RNA polimerase III
dibantu oleh sekelompok protein yang dikenal sebagai faktor transkripsi TFIII yang meliputi;
TFIIIA, TFIIIB, dan TFIIIC serta protein TBP. Mekanisme transkripsi gen kelas III pertama-
tama, faktor TFIIIC menempel pada kotak A dan kotak B yang ada pada promotor internal.
Penempelan TFIIIC tersebut mendorong penempelan TFIIIB dan TBP pada daerah sebelah

17
hulu dari titik awal replikasi. Selanjutnya, RNA polimerase III menempel pada daerah awal
transkripsi dan siap memulai proses transkripsi. Pada saat transkripsi dimulai RNA
polimerase III menyebabkan TFIIIC terlepas dari ikatannya dengan kotak A dan kotak B
pada daerah promotor internal, sementara TFIIIB tetap berada ditempatnya untuk memulai
rangkaian proses transkripsi berikutnya. Secara invitro kompleks ikatan TFIIIA, TFIIIB,
TFIIIC, dan RNA polimerase III tersebut dapat mendukung proses transkripsi sampai kurang
lebih 40 kali. Selama rangkaian proses tersebut, RNA polimerase III akan berdisosiasi dan
berasosiasi kembali ke dalam kompleks protein setiap kali terjadi proses transkripsi. Sejauh
ini diketahui bahwa terminasi transkripsi gen kelas III terjadi pada suatu daerah tertentu dan
tidak melibatkan protein khusus.
RNA Pol III terdapat di dalam nukleoplasma dan sekurang-kurangnya terdiri atas 16
subunit yang berbeda.Enzim ini menyintesis prekursor tRNA, 5S rRNA, serta berbagai
snRNA dan RNA sitosolik. Transkrip pertama yang dihasilkan dari gen-gen tRNA
merupakan molekul prekursor yang akan diproses menjadi RNA matang. Daerah kontrol
transkripsi gen-gen tRNA terletak di sebelah hilir tapak inisiasi transkripsi. Ada dua urutan
yang sangat konservatif di dalam gen tRNA, yaitu kotak A (5’- TGGCNNAGTGG – 3’) dan
kotak B (5’- GGTTCGANNCC – 3’). Kedua urutan ini juga menyandi urutan penting di
dalam tRNA sendiri, yang disebut dengan kala D (D-loop) dan kala TΨC.Hal ini berarti
bahwa urutan yang sangat konservatif di dalam tRNA juga merupakan urutan promoter yang
sangat konservatif.
Dua faktor pengikatan DNA yang kompleks telah diketahui memegang peranan penting
dalam inisiasi transkripsi tRNA oleh RNA Pol III  TFIIIC mengikat baik kotak A maupun
kotak B di dalam promoter tRNA. Sementara itu, TFIIIB mengikat daerah sejauh 50 pb ke
arah hulu dari kotak A. TFIIIB terdiri atas tiga subunit, yang salah satu di antaranya adalah
TBP, suatu faktor inisiasi umum yang diperlukan oleh ketiga RNA polimerase. Subunit yang
kedua dan ketiga masing-masing dinamakan BRF dan B’’.Faktor TFIIIB tidak memiliki
spesifisitas urutan sehingga tempat pengikatannya bergantung kepada posisi pengikatan
TFIIIC pada DNA.TFIIIB memungkinkan RNA Pol III untuk melakukan inisiasi
transkripsi.Begitu TFIIIB terikat, TFIIIC dapat dikeluarkan tanpa
mempengaruhi transkripsi.Oleh karena itu, TFIIIC dapat dilihat sebagai faktor perakitan
untuk penempatan faktor inisiasi TFIIIB.

18
 RNA Pol III mentranskripsi gen 5S rRNA, yang merupakan satu-satunya subunit rRNA
yang ditranskripsi secara terpisah. Seperti halnya gen-gen rRNA lainnya yang ditranskripsi
oleh RNA Pol I, gen-gen 5S rRNA tersusun secara tandem (berurutan) di dalam suatu
rumpun gen. Pada manusia terdapat suatu rumpun yang berisi sekitar 2.000 gen. Promoter
gen 5S rRNA mengandung daerah kontrol internal yang dinamakan kotak C. Letaknya sekitar
81 hingga 99 pb ke arah hilir dari tapak inisiasi transkripsi. Selain itu, terdapat juga kotak A
yang berada pada posisi sekitar +50 hingga +65. Kotak C pada promoter 5S rRNA berperan
sebagai tempat pengikatan protein spesifik, yaitu TFIIIA.TFIIIA bekerja sebagai faktor
perakitan yang memungkinkan TFIIIC berinteraksi dengan promoter 5S rRNA. Sementara
itu, kotak A akan menstabilkan pengikatan TFIIIC sehingga faktor ini berikatan dengan DNA
pada posisi yang relatif sama dengan posisi pengikatan pada promoter tRNA. Begitu TFIIIC
terikat pada DNA, TFIIIB dapat berinteraksi dengan kompleks pengikatan tersebut dan
memungkinkan RNA Pol III untuk melakukan inisiasi transkripsi.
Banyak gen yang ditranskripsi oleh RNAs Pol III bergantung kepada urutan hulu untuk
regulasi transkripsinya. Beberapa promoter seperti U6 snRNA dan gen-gen RNA kecil dari
virus Epstein-Barr hanya menggunakan urutan regulator yang letaknya di sebelah hulu dari
tapak inisiasi transkripsinya. Daerah penyandi U6 snRNA mempunyai sebuah kotak A yang
khas. Akan tetapi, urutan ini tidak diperlukan untuk transkripsi.Daerah hulu pada U6 snRNA
mengandung urutan khas promoter RNA Pol II, yang meliputi kotak TATA pada posisi -30
hingga -23. Promoter ini juga memiliki beberapa urutan di daerah hulu sebagai tempat
pengikatan faktor transkripsi lainnya seperti pada kebanyakan gen U RNA yang ditranskripsi
oleh RNA Pol II. Hal ini mendukung pendapat bahwa faktor-faktor transkripsi umum dapat
mengatur gen-gen yang ditranskripsi baik oleh RNA Pol II maupun oleh RNA Pol III.
Terminasi transkripsi oleh RNA Pol III nampaknya hanya memerlukan pengenalan
polimerase berupa urutan nukleotida sederhana.Urutan ini terdiri atas sekelompok residu dA
yang efisiensi terminasinya dipengaruhi oleh urutan di sekitarnya. Urutan 5’- GCAAAAGC –
3’ merupakan sinyal terminasi yang efisien untuk gen 5S rRNA pada Xenopus borealis.
D. Proses Transkripsi pada Prokariot
Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalah
organisasi dari beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor.
Misal operon lac, pada metabolisme laktosa pada bakteri E.coli. Masing-masiang
gen structural mempunyai kodon inisasi dan kodon terminasi, tetapi ekspresinya

19
dikendalikan oleh satu promoter yang sama. Pada waktu ditranskripsi, operon lac
akan menghasilkan satu mRNA yang membawa kode genetik untuk 3 polipeptida
berbeda, disebut dengan mRNA polisistronik. Masing-masing polipeptida akan
ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yang sama.

Gambar 8. Organisasi operan lac pada E. coli. Operon lac punya 3 gen
struktural yaitu lac Z (mengkode β-galaktosidase), lac Y (mengkode permease) dan
lac A (mengkode trans- asetilase). Masing-masing dari gen mempunyai start codon
dan stop codon sendiri-sendiri, namun ekspresinya dikendalikan oleh satu promoter
(p) yang sama. Operator (o) adalah bagian dari promoter tempet penempelan
protein repressor yang dikode oleh gen I. Catabolite activator protein (CAP). AUG
adalah start kodon (materi ini akan dijelaskan lebih dalam setelah mid semester.

Struktur Gen Prokariot

Gen prokariot secara tersusun atas promoter, gen struktural, dan terminator
(Gambar ).

Gambar 9. Struktur gen prokariot

1. Promoter
Promoter adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam mengendalaikan
transkripsi gen struktural dan terletak di daerah upstream (hulu) dari bagian
struktural gen. Fungsi promoter adalah sebagai tempat awal pelekatan enzim RNA

20
polimerase yang nantinya melakukan transkripsi pada bagian gen struktural. Salah
satu bagian penting promoter disebut sebagai Pribnow box pada urutan nukleotida
-10 dan -35. Oleh karena urutan consensus pada Pribnow box adalah TATAAT,
maka seringkali disebut juga TATA box. Pribnow box berperanan dalam
mengarahkan enzim RNA polymerase sehingga arah transkripsinya adalah dari ujung
5’ € 3’.

Gambar 10. Protomer(Triwibowo, 2005)

21
2. Operator

Operator merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promoter dan

bagian struktural dan merupakan tempat pelekatan protein represor (penekan atau
penghambat ekspresi gen). Jika ada represor yang melekat di operator maka RNA
polimerase tidak bisa jalan dan ekspresi gen tidak bisa berlangsung. Selain adanya
supresor ada juga enhancer. Jika supresor untuk menghambat, kebalikannya
enhancer berfungsi meningkatkan transkripsi dengan meningkatkan jumlah RNA
polimerase. Namun letaknya tidak pada lokasi yang spesifik, ada yg jauh di
upstream atau bahkan downstream dari titik awal transkripsi.

Operator merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promotor dan

bagian struktural dan merupakan tempat pelekatan protein represor (penekan atau
penghambat ekspresi gen). Jika ada represor yang melekat di operator, maka RNA
polimerase kearah ekspresi gen tidak bisa berlangsung(Triwibowo, 2005).

Gambar 11. Operator(Triwibowo, 2005)

Pada gambar di atas, operator disimbolkan dengan warna ungu yang berada di
antara promotor (merah) dan structural gene (hijau). Selain adanya supresor,
terdapat juga enhancer. Kerja supresor untuk menghambat, sedangkan enhancer
meningkatkan transkripsi dengan meningkatkan jumlah RNA polimerase. Namun
letaknya tidak pada lokasi yang spesifik seperti operator, ada yang jauh diupstream
atau bahkan downstream dari titik awal transkripsi.

22
3. Coding Region (gen structural) merupakan bagian yang mengkode urutan
nukleotida RNA. Transkripsi dimulai dari sekuens inisiasi transkripsi (ATG) sampai
kodon stop (TAA / TGA / TAG). Pada prokariot tidak ada sekuens penyisip
(intervening sequences atau intron, yang tidak dapat diekspresikan) sehingga
semuanya berupa ekson (urutan nukleotida yang mengkode asam amino). Tidak
semua gen mengkode urutan asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau
protein. Gen dibagi menjadi 3 kelompok yaitu gen yang mengkode protein, gen yang
mengkode RNA ribosom (rRNA) dan gen yang mengkode transfer-RNA (tRNA).
Gen yang mengkode rRNA dan tRNA hanya akan ditranskripsi dan tidak pernah
ditranslasi karena yang diperlukan dalam proses ekspresi genetic adalah molekul
RNA-nya. rRNA digunakan untuk menyusun ribosom (tempat sintesis protein)
sedangkan tRNA berfungsi membawa molekul asam amino spesifik yang akan
dirangkaikan menjadi polipeptida dalam proses sintesis protein.

4. Terminator, adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir dari gen
structural. Fungsinya adalah memeberikan signal pada enzim RNA polymerase agar
menghentikan proses transkripsi. Signal terminasi dicirikan oleh struktur jepit
rambut/hairpin dan lengkungan yang kaya yang akan urutan GC yang terbentuk pada
molekul RNA hasil transkripsi. RNA Polimerase, merupakan enzim yang
mengkatalisis proses transkripsi. Susunan lengkap adalah α2ββ’σ disebut holoenzim,
jika σ tidak ada dan hanya ada α 2ββ’ disebut core-enzyme. Fungsi subunit-
subunit tersebut adalah: α = diduga berfungsi dalam penyusunan enzim, β =
berfungsi dalam pengikatan nukleotida, β’ = berfungsi dalam penempelan DNA, σ =
berfungsi untuk mengarahkan agar RNA polimerase menempel pada promoter.

23
Mekanisme Transkripsi Pada Prokariot

Tahapan transkripsi terdiri dari inisiasi, elongasi, dan terminasi.

Inisiasi. Transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim
pada bagian promoter. RNA polimerase menuju ke promoter atas bantuan faktor σ
yang mampu menemukan bagian promoter suatu gen. Bisa diibaratkan RNA
polymerase adalah pesawat, faktor sigma adalah antenanya, promoter adalah
bandaranya. Pada prokariot, RNA polymerase menempel secara langsung pada DNA
di daerah promoter tanpa melalui ikatan dengan protein lain (pada eukariot protein
pembantu dibutuhkan sangat banyak).

Kemudian, bagian DNA yang berikatan dengan RNA polimerase membentuk

struktur gelembung transkripsi (transcription bubble) yang stabil. Selanjutnya adalah
penggabungan beberapa nukleotida awal sekitar 10 nukleotida. Basa-basa RNA yang
digabung membentuk ikatan hidrogen dengan basa DNA cetakan. Selanjutnya adalah
pelepasan subunit σ setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8-9 nukleotida.
Terjadi perubahan konformasi holoenzim jadi core enzyme (tanpa faktor σ).

Gambar 12. Proses inisiasi transkripsi pada prokariot. Faktor sigma

membantumengenali promoter suatu gen.

Pada elongasi, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3′

molekul RNA yang baru terbentuk dengan arah 5′ € 3′ pada ikatan fosfodiester
(Gambar 9). Nukleotida RNA yg ditambahkan bersifat komplementer dengan
nukleotida untai DNA cetakan.

24
Gambar 13. Proses pembentukan ikatan fosfodiester. Gugus OH pada posisi 3’ menyerang
posphat pada posisi 5’ melepas 2P dan molekul H 2O membentuk ikatan fosfodiester yang
stabil.
Penghentian transkripsi (terminasi) ada 2 macam yaitu:

1. Rho-independent yaitu terminasi yang dilakukan tanpa harus melibatkan protein

khusus, namun ditentukan oleh adanya urutan nukleotida tertentu pada bagian
terminator. Ciri urutan adalah adanya struktur jepit rambut/hairpin yang kaya akan basa
GC. Akibat struktur itu, RNA polimerase berhenti dan membuka bagian dari
sambungan (hibrid) DNA-RNA. Sisa hibrid merupakan urutan oligo U (rU) yang tidak
cukup stabil berpasangan dengan A (dA) € ikatan hidrogen hanya 2 buah,
akibatnya ikatan lemah terlepas dan RNA hasil transkripsi lepas.
2. Rho-dependent yaitu terminasi memerlukan protein rho. Faktor rho terikat pada RNA
transkrip kemudian mengikuti RNA polimerase sampai ke daerah terminator. Faktor
rho membentuk destabilisasi ikatan RNA-DNA hingga akhirnya RNA terlepas.

Perbedaan Transkripsi Pada Sel Prokariotik Dan Eukariotik

25
Perbedaan transkripsi pada sel Prokariotik dan eukariotik dapat dijelaskan
sebagai berikut :

1. Waktu dan Lokasi

a. Sel Prokariotik yaitu Proses trankripsi terjadi terjadi didalam sitoplasma.
b. Sel Eukariotik proses transkripsi terjadi di dalam inti sel
2. Sistem operon
a. Sel Prokariotik
Pada prokariotik, gen diorganisasikan dalam satu sistem operon. Satu promoter untuk
mengendalikan seluruh gen struktural. Contoh dari operon adalah operon lac yang
mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri Eschericia coli.

b. Sel Eukariotik
Pada eukariotik, tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan
seluruh gen struktural. Pada gen struktural eukariotik, keberadaan intron merupakan hal yang
sering dijumpai meskipun tidak semua gen eukariotik mengandung intron.

3. Sifat ekspresi gen

a. Sel Prokariotik
Sifat ekspresi gen mRNA pada sel Prokariotik adalah polisistronik. Hal ini berarti dalam
satu transkrip terkandung lebih dari satu rangkaian kodon (sistron) polipeptida yang berbeda.

b. Sel Eukariotik
Sifat ekspresi gen mRNA pada sel eukariotik adalah monosistronik. Hal ini berarti dalam
satu transkrip yang dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi gen. Satu
mRNA mambawa satu macam rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida.

4.  Proses splicing
a. Sel Prokariotik
Splicing merupakan proses pemotongan dan penyambungan RNA. Pada sel prokariotik
tidak terjadi splicing. Hal ini dikarenakan pada sel prokariotik tidak terdapat intron dalam
satu untai mRNA hasil transkripsi (kecuali pada beberapa Archaea tertentu).

b. Sel Eukariotik
Pada sel eukariotik terjadi splicing karena dalam satu untai mRNA  hasil transkripsi
yang akan diterjemahkan terdapat intron dan ekson yang berseling-seling. Terjadinya splicing

26
ini adalah ketika fase pasca transkripsi.  Awalnya, gen memiliki 2 macam kode yakni ekson
dan intron. Ekson merupakan kode yang dipakai sedangkan intron merupakan kode yang
tidak pakai dan akan dibuang. Selanjutnya terjadi proses pemotongan intron dan
penyambungan ekson. Sehingga akan terbentuklah mRNA yang matang dan selanjutnya akan
ditransfer ke sitoplasma untuk melalui tahap selanjutnya yakni translasi di ribosom.

Gambar 14. Proses splicing

5. Proses capping dan poliadenilasi

a. Sel Prokariotik
Pada sel prokariotik tidak terjadi proses capping dan poliadenilasi. Hasil dari sintesis
RNA polimerase dapat langsung melanjutkan proses transkripsi.

b. Sel Eukariotik
Pada sel eukariotik, setiap ujung molekul pre-mRNA yang telah terbentuk dimodifikasi
dengan cara tertentu. Ujung 5’ yaitu ujung depan, pertama kali dibuat saat transkripsi segera
ditutup dengan nukleotida guanin (G) yang termodifikasi. Proses capping (pemberian topi) ini
mempunyai fungsi yakni : Ujung ini melindingi mRNA dari degradasi enzim hidrolisis. Dan
Setelah mRNA  sampai di sitoplasma, ujung 5’ berfungsi sebagai bagian tanda “lekatkan
disini” untuk ribosom. Pada ujung 3’ suatu enzim terjadi proses poliadenilasi yakni
penambahan ekor yang terdiri dari 30-200 nukleotida adenin. Ekor poli(A) berfungsi
mempermudah ekspor mRNA dari nukleus.

27
 Gambar 15. Proses capping dan poliadenilasi

Perbedaan Translasi pada Sel Prokariotik dan Eukariotik

Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada molekul mRNA
menjadi rangkaian asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. RNA yang
ditranslasi adalah mRNA, sedangkan tRNA dan rRNA tidak ditranslasi. Molekul rRNA
adalah salah atau molekul penyusun ribosom yaitu organel tempat berlangsungnya sintesisi
protein, sedangkan tRNA adalah pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan
menjadi rantai polipeptida.
Proses transalasi pada sel prokariotik dan eukariotik dapat dijelaskan sebagai berikut :
1. Waktu dan Tempat
a. Sel Prokariotik
Pada sel prokariotik, proses translasi terjadi sebelum transkripsi selesai sempurna. Hal
ini berarti proses terjadinya translasi dan transkripsi hampir bserempak dan sama-
sama terjadi di sitoplasma. Ini dikarenakan tidak membrane inti.

b. Sel Eukariotik
Pada sel eukariotik, proses translasi terjadi setelah transkripsi selesai (tidak terjadi
secara bersamaan). Sebelum proses translasi terdapat fase pasca transkripsi.
Terjadinya proses translasi ini berbeda dengan transkripsi karena terjadi di sitoplasma.
Ini dikarenakan terdapat membran yang membatasi antara nukleus dan sitoplasma.

28
 Gambar 16 . Perbedaan letak transkripsi dan translasi pada (a) sel prokariotik (b) sel
eukariotik

2. Proses Inisiasi
a. Sel Prokariotik
RNA polimerase menempel langsung pada DNA di promoter tanpa ada ikatan dengan
protein tertentu. Kodon inisiasi pada prokariot adalah formil-metionin/ fMet.

b. Sel Eukariotik
Terdapat transkripsi faktor berupa protein sebagai tempat menempelnya RNA
polimerase. Kodon inisiasi pada eukariot adalah metionin.

3. Sub Unit Ribosomal

a. Sel Prokariotik
Sub unit ribosomal adalah 70S yang terdiri dari bagian besar 50S dan bagian kecil
30S.

b. Sel Eukariotik
Sub unit ribosomal adalah 80S yang terdiri dari bagian besar 60S dan bagian kecil
40S.

29
 Gambar 17. Perbedaan translasi pada prokariot dan eukariot

E. Proses PascaTranskripsi
Pada eukariot, transkripsi berlangsung didalam nukleus sedangkan translasi
berlangsung didalam sitoplasma. Dengan demikian translasi baru dapat dijalankan jika proses
transkripsi sudah selesai dilakukan. Jeda waktu semacam ini disebut sebagai fase pasca-
transkripsi. Pada fase ini terjadi beberapa proses yang unik pada eukariot antara lain :
1. Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA splicing)
2. Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’ mRNA)
3. Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA
4. Penyuntingan mRNA

30
1. Pemotongan dan Penyambungan RNA (splicing)

Gambar 18. Proses Splicing RNA

2. Poliadenilase
Transkip mRNA pada eukariot juga mengalami pemrosesan dalam bentuk
penambahan poliA (rantai AMP) pada ujung 3’ sepanjang kurang lebih 200-250 nukleotida.
Penambahan poliA tersebut ditambahkan pasca-transkripsi karena tidak ada bagian gen yang
mengkode rangkaian A atau T semacam ini. Penambahan tersebut dilakukan dengan
menggunakan aktivitas enzim poli (A) polimerase yang ada di dalam nucleus.Sebagian
mRNA mengandung poliA, kecuali mRNA histon.
Penambahan poli A pada ujung 3’ meningkatkan stabilitas mRNA sehingga mRNA
mempunyai umur yang lebih panjang dibandingkan dengan mRNA yang tidak mempunyai
poliA. Selain itu juga ada bukti yang menunjukan bahwa keberadaan poliA meningkatkan
efisiensi translasi mRNA semacam itu. Diketahui ada suatu protein, yaitu poly (A)-binding
protein I, yang menempel pada poliA sehingga meningkatkan efisiensi translasi. Bukti lain
juga menegaskan bahwa mRNA yang mempunyai poliA mempunyai kemungkinan yang
lebih tinggi untuk mengikat ribosom sehingga dapat meningkatkan efisiensi translasi
dibandingkan mRNA yang tidak mengalami poliadenilasi. Poliadenilasi dilakukan pada
31
precursor mRNA bahkan sebelum terjadi terminasi transkripsi. Hal tersebut dilakukan dengan
caramemotong precursor pada bagian yang nantinya akan menjadi bagian mRNA yang
matang, kemudian dilanjutkan dengan menambahkan poliA pada ujung 3’ yang terbuka.
Bagian mRNA yang disintesis setelah selesai sisi poliadenilasi yang selanjuutnya
didegradasi.

Tempat dilakukan poliadenilasi dicirikan oleh sinyal poliadenilasi pada gen mamalia.

Sinyal tersebut terdiri dari rangkaian nukleotida AATAAA yang diikuti oleh sekitar 20
nukleotida yang kaya akan residu GT serta diikuti oleh motif yang kaya akan T. Transkip
mRNA pada tanaman dan khamir juga mengalami poliadenilasi tetapi sinyal poliadenilasinya
berbeda dari yang ada pada mamalia karena ada variasi pada sekuens AATAAA. Pada
khamir, jarang sekali ada motif AATAAA yang ditemukan.

3. Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA

Sejak tahun 1974, para peneliti telah menemukan bahwa jasad eukariot mengalami
metilasi (penambahan gugus metil) yang sebagian besar terakumulasi pada ujung 5’
mRNA.Stuktur ini kemudian dikenal sebagai tudung mRNA (mRNA cap).Penelitian
selanjutnya yang dilakukan oleh Yasuhiro Furuichi dan Kin-Ichiro Miura menunjukan bahwa
tudung mRNA tersebut berupa molekul 7-metilguanosin (m G).tudung mRNA tersebut
7

disintesis dalam beberapa tahapan. Yang pertama, enzim RNA trifosfatase memotong gugus
fosfat pada ujung pre mRNA, kemudian enzim guanili transferase memotong gugus fosfat
pada ujung pre mRNA.Kemudian enzim guanili transferase menambahkan GMP (guanosin
fosfat).Selanjutnya, enzim metil transferase melakukan metilasi tudung guanosin pada N  dan
7

gugus 2’-O metil pada nukleotida ujung tudung tersebut. Proses penambahan tudung tersebut
berlangsung pada tahapan awal transkripsi sebelum transkrip mencapai panjang 30
nukleotida.

Tudung mRNA mempunyai empat macam fungsi, yaitu: (1) melindungi mRNA dari
degradasi. (2) meningkatkan efisiensi translasi mRNA, (3) meningkatkan pengangkutan
mRNA dan nucleus ke sitoplasma dan (4) meningkatkan efisiensi proses spilicing mRNA.
Tudung m G berikatan dengan mRNA melalui ikatan trifosfat.Tudung tersebut juga
7

meningkatkan efisiensi translasi karena ribosom dapat mengakses mRNA melalui suatu
protein yang menempel pada tudung. Dengan demikian, jika tidak ada tudung, maka protein
yang melekat pada tudung tidak akan menempel. Hal itu akhirnya akan mengurangi
kemungkinan ribosom untuk menempel dan melakukan translasi.

BAB III
32
 PENUTUP

A. Kesimpulan
1. Kode genetik itu ternyata universal karena kode yang sama berlaku untuk semua macam
mahluk hidup.
2. Transkripsi adalah proses menyalin data yang terdapat pada rantai sense (3′–>5″) DNA.
Proses transkripsi membutuhkan bantuan dari enzim yang disebut RNA polimerase.
Enzim ini berfungsi ntuk membuka rantai ganda DNA dan membentuk rantai RNA dari
cetakan (template) DNA yang ingin diterjemahkan. Proses trnaskripsi dapat dibagi
menjadi 3 langkah yaitu: inisiasi, elongasi, dan terminasi.
3. Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme
pada prokariot. Namun, begitu banyaknya polipeptida yang berkaitan dengan mesin
transkripsi pada eukariot menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada
mekanisme pada prokariot. Secara umum mekanisme transkripsi dimulai dari inisiasi,
elongasi dan terminasi. Tetapi pada eukariot terdapat tiga gen kelas yang berperan dalam
proses transkripsi, karena itu transkripsi harus dilakukan pada masing-masing gen kelas
tersebut.
4. Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalah organisasi
dari beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor. Misal operon lac,
pada metabolisme laktosa pada bakteri E.coli.
5. Pada fase ini terjadi beberapa proses yang unik pada eukariot antara lain :
a. Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA splicing)
b. Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’ mRNA)
c. Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA
d. Penyuntingan mRNA
B. Saran
Penulis juga menyadari terdapat banyaknya kekurangan dalam penyusunan makalah,
karena itu saran yang membangun sangatlah dibutukan.

DAFTAR PUSTAKA
Agus, R. 2018. Dasar- dasar Biologi Molekuler. Celebes Media Perkasa: Jakarta.
33
Standfields, W, D. 2006. Theory and Problems Molecular of Biology. Erlangga: Jakarta.

34