Setelah proklamasi kemerdekaan, Otto menjabat sebagai Menteri Negara di kabinet pertama
Republik Indonesia tahun 1945. Ia bertugas mempersiapkan terbentuknya BKR dari laskar-laskar
rakyat yang tersebar di seluruh Indonesia. Dalam periode tugasnya, terdapat ketidakpuasan pada
salah satu laskar. Otto menjadi korban penculikan sekelompok orang yang bernama Laskar Hitam,
Otto kemudian hilang dan diperkirakan terbunuh di daerah
Otto Iskandardinata diangkat sebagai Pahlawan Nasional berdasarkan Surat Keputusan Presiden
Republik Indonesia Nomor 088/TK/Tahun 1973, tanggal 6 November 1973. Monumen Pasir
Pahlawan yang berada di Lembang, Bandung didirikan untuk mengabadikan perjuangan Otto
Iskandardinata. Nama Otto Iskandardinata juga diabadikan sebagai nama jalan di beberapa kota di
Indonesia.