Abstrak: Penyakit Coronavirus 2019 (COVID-19), yang disebabkan oleh sindrom pernafasan

akut parah coronavirus 2 (SARS-CoV-2), telah menjadi ancaman terbesar bagi umat manusia di
dunia modern dan telah merenggut hampir 2,2 juta nyawa di seluruh dunia. Amerika Serikat
sendiri menyumbang lebih dari seperempat dari 100 juta kasus COVID-19 di seluruh dunia.
Meskipun vaksinasi terhadap SARSCoV-2 telah dimulai, kemanjurannya dalam mencegah
infeksi COVID-19 baru atau berulang pada individu yang diimunisasi masih belum ditentukan.
Seruan untuk menggunakan kembali obat-obatan yang ada, disetujui, yang menargetkan kondisi
peradangan pada COVID-19 semakin meningkat. Analisis ontologi gen awal kami memprediksi
kemiripan antara inflamasi dan disregulasi imun yang diinduksi SARS-CoV-2 dan patofisiologi
artritis reumatoid. Menariknya, banyak obat yang terkait dengan rheumatoid arthritis terbukti
dapat menyelamatkan nyawa dan berkontribusi pada penurunan morbiditas COVID-19. Kami
juga melakukan penyelidikan silico untuk mengikat epigallocatechin gallate (EGCG), katekin
terkenal, dan katekin lain pada protein virus dan mengidentifikasi protein protease mirip papain
(PLPro) sebagai mitra pengikat. Katekin mengikat situs pengikatan ubiquitin S1 dari PLPro,
yang mungkin menghambat fungsi protease dan membatalkan fungsi penghambatan SARS-CoV-
2 pada sistem proteasome ubiquitin dan sistem gen yang distimulasi interferon. Dalam hal
mengatasi peradangan dan bagaimana menargetkan sindrom gangguan pernapasan yang
dimediasi SARS-CoV-2 secara efektif, kami meninjau dalam artikel ini pengetahuan yang
tersedia tentang penempatan strategis EGCG dalam mengekang sinyal inflamasi dan bagaimana
hal itu dapat berfungsi sebagai terapi spektrum luas di pasien COVID-19 asimtomatik dan
bergejala

2.2.4. Katekin Dapat Menangkal Penghambatan ISGilasi / Ubiquitination oleh PLPro

Untuk memprediksi pengikatan berbagai katekin ke PLPro, kami mengambil struktur protein
PLPro dari database PDB. Docking dengan berbagai katekin dilakukan seperti yang disebutkan
di bagian metode (Gambar 5). EGCG, (-) - epicatechingallate (ECG), (-) gallocatechingallate
(GCG), (-) - catechingallate (CG), (-) gallocatechin (GC), (-) - catechin (C), (-) - epigallocatechin
(EGC), dan (-) - epicatechin (EC) menunjukkan skor docking masing-masing −8.601, −8.566,
−7.865, −7.498, −6.337, −6.329, −6.318 dan −6.128 Kcal / mole. Karena EKG tidak
menunjukkan pose yang tepat di dalam rongga karena halangan sterik, maka EKG dimasukkan
untuk pemasangan yang fleksibel di mana residu dari radius 6 Å dari ligan tetap fleksibel.
EGCG, CG, GCG dan ECG menunjukkan pose serupa di lokasi pengikatan ligan PLPro. EGCG
dan CG berbagi interaksi umum dengan residu situs pengikatan yaitu cincin trihydroxyphenyl
dari kedua katekin menunjukkan ikatan-H dengan tulang punggung oksigen karbonil dari residu
PLPro L162 dan G163, rantai samping D164 dan R166 berinteraksi melalui ikatan-H dengan
gugus hidroksil dihidroksikroman , Y268 menunjukkan dua interaksi kation-pi dengan kedua
cincin trihydroxyphenyl dari EGCG dan cincin trihydroxyphenyl dan dihydroxyphenyl dari CG
(Gambar 5C, D). Karena adanya stereosenter (2S, 3R) pada cincin benzopiran dalam GCG
dibandingkan dengan (2R, 3R) pada EKG, orientasi GCG dan EKG berbeda pada rongga
pengikatan (Gambar 5G, H), yang membantu EKG untuk berinteraksi dengan G266 dan Q269
melalui ikatan-H yang juga terdapat dalam ligan ko-kristal. GC dan EGC berorientasi hampir
identik di dalam rongga dan menunjukkan interaksi ikatan H dengan tulang punggung oksigen
karbonil G163, rantai samping D164 dan R166; Cincin trihidroksifenil dari ligan ini
menunjukkan kation-pi dengan Y268 (Gambar 5E, F). C dan EC tidak menunjukkan ikatan H
dengan R166. Hampir semua katekin memiliki interaksi hidrofobik dengan residu M208, P247,
P248, Y264 dan Y273. Studi docking ini menunjukkan bahwa Y268 dan D164 yang
menunjukkan interaksi kation-pi dan H-bond dengan semua katekin memainkan peran penting
dalam pengikatan seperti yang juga telah ditunjukkan oleh Fu et. Al. Oleh karena itu,
berdasarkan energi ikatan dan interaksi, EGCG (epigallocatechin gallate) dan ECG
(gallocatechingallate) ditemukan memiliki afinitas yang lebih mengikat terhadap PLPro
dibandingkan dengan katekin lain dan mungkin lebih efektif dalam menghambat aktivitas PLPro.
Gambar 5. Pengikatan berbagai katekin pada protein PLPro SARS-CoV-2. (A) Ligan
(GRL0617) Ko-kristal PLPro (PDB ID: 7CMD). (B) Permukaan elektrostatis situs pengikatan
PLPro (C – J) merupakan interaksi berbagai katekin dengan lokasi pengikatan ligan PLPro.
Residu dalam warna oranye, cyan dan hitam masing-masing mewakili interaksi ikatan-H,
Kation-pi dan hidrofobik. Garis putus-putus oranye mewakili ikatan-H sedangkan garis putus-
putus cyan mewakili interaksi kation-pi.

3. Metode

3.1. Docking Molekuler Katekin di PLPro

Struktur protein SARS-CoV-2 PLPro diambil dari Protein Data Bank (PDB ID: 7CMD). Struktur
protein telah menjalani preparasi protein untuk menambahkan hidrogen, menetapkan urutan
ikatan yang benar dan menghasilkan status protonasi dari residu yang dapat dititrasi pada pH
fisiologis (7,4). Grid 20 Å di sekitar molekul mengkristal telah dihasilkan menggunakan
Receptor Grid Generation Glide. Semua katekin diminimalkan energinya menggunakan
optimized potentials for liquid simulations extended (OPLSe) kemudian dilakukan persiapan
ligan di LigPrep. Pertama, 10 konformasi masing-masing katekin dihasilkan dengan
menggunakan standar presisi (SP) docking, kemudian konformasi masing-masing ligan ini
kembali diajukan untuk docking presisi ekstra (XP) dari Glide Pemilihan pose terbaik dibuat
berdasarkan energi dan interaksi dengan protein. Semua perhitungan dilakukan dengan
menggunakan setelan Schrodinger 2018-3.

3.2. Studi Ontologi Gen

Studi ontologi gen dilakukan di situs Metascape.org dengan pengaturan standar.

4. Kesimpulan

IRF3 bertanda ISG15, JAK1 dan STAT1 memicu respons IFN yang meningkat untuk
pembersihan virus sebagai peristiwa awal, dan degradasi spesifik K48 dari IκBα diikuti dengan
aktivasi NF-κB mempersiapkan sel-sel inang untuk presentasi antigen dan produksi sitokin
imunomodulator awal, seperti IL-6, yang selanjutnya dibutuhkan oleh sel T dan B untuk sinyal
ko-stimulasi yang efisien dan seleksi klonal yang menghasilkan pembersihan imunologis virus
yang terorganisir dengan baik. SARS-CoV-2 PLPro secara istimewa menargetkan ISG15 untuk
mengekang respons antivirus inang awal, membuat virus tetap tidak terdeteksi selama beberapa
hari yang pada akhirnya membuat intervensi terapeutik menjadi terkendala. Penargetan PLPro
dengan analisis mutasi serta analisis berbasis ligan memberikan alasan untuk membius COVID-
19 pada langkah penghambatan PLPro. Analisis pendahuluan kami menggunakan katekin
dengan pendekatan docking molekuler mengidentifikasi efek menguntungkan mereka, terutama
EGCG dan ECG, dalam menghambat PLPro. Sejak mutasi SARS-CoV-2 PLPro R166 benar-
benar menghambat aktivitas deubiquitinase dan deISGylation, pengikatan katekin ke R166
diperkirakan akan menghambat fungsi biologisnya. Meskipun ada laporan yang muncul tentang
toksisitas seluler dari dosis tinggi EGCG in vitro dan dalam tubuh manusia, bioavailabilitas oral
yang sangat rendah dari EGCG membuatnya menjadi agen terapeutik yang efektif bila sesuai
dosis ditentukan. Kami tidak hanya membahas SARS-CoV-2 PLPro sebagai target spesifik
katekin, tetapi kami juga telah memberikan banyak temuan berbasis literatur tentang EGCG yang
menargetkan jalur pensinyalan proinflamasi IL 1β dan IL-6 dalam ulasan ini. Sifat anti-virus dan
anti-inflamasi dari EGCG ini terbukti efektif sebagai tindakan profilaksis dan dalam kombinasi
dengan vaksin parenteral saat ini dapat membantu mencegah infeksi COVID-19 yang parah di
masyarakat. Selain itu, katekin yang ada dalam ekstrak teh hijau sangat menjanjikan dalam
menghambat patobiologi penyakit COVID-19 karena efek anti-inflamasi multidimensi pada
manusia dan potensinya sebagai terapi alami dengan efek samping minimal perlu dieksplorasi
lebih lanjut untuk membantu umat manusia mengatasi pandemi saat ini. krisis.
CATATAN:

IRF adalah pengatur penting dari tanggapan kekebalan dan perkembangan sel kekebalan, dan
kelainan pada ekspresi dan fungsi IRF telah dikaitkan dengan berbagai penyakit. Karena peran
pentingnya dalam aktivasi IFN tipe I, IRF terlibat dalam penyakit autoimun yang terkait dengan
aktivasi sistem IFN tipe I, seperti lupus eritematosus sistemik (SLE). Mengumpulkan bukti juga
menunjukkan bahwa IRF memainkan peran utama dalam regulasi respons seluler yang terkait
dengan onkogenesis . Selain penyakit autoimun dan kanker, IRF juga ditemukan terlibat dalam
patogenesis penyakit metabolik, kardiovaskular, dan neurologis, seperti steatosis hati ,diabetes ,
hipertrofi jantung , aterosklerosis , dan stroke .

Fungsi

Sistem ubiquitination berfungsi dalam berbagai macam proses seluler, termasuk:

 Pemrosesan antigen
 Apoptosis
 Biogenesis organel
 Siklus dan pembelahan sel
 Transkripsi dan perbaikan DNA
 Diferensiasi dan pengembangan
 Respon kekebalan dan peradangan
 Degenerasi saraf dan otot
 Pemeliharaan sifat majemuk [74]
 Morfogenesis jaringan saraf
 Modulasi reseptor permukaan sel, saluran ion dan jalur sekretori
 Respon terhadap stres dan modulator ekstraseluler
 Biogenesis ribosom
 Infeksi virus