PENYUSUN:
NIP. 199410252020122008
LABORATORIUM AGRONOMI
2021
1
PRAKATA
Kegiatan praktikum dimulai dengan analisis dasar sampai analisis lanjut yang
penting diketahui oleh setiap mahasiswa, dan diharapkan menjadi bekal di dalam
melakukan analisis-analisis pada mata kuliah selanjutnya maupun tugas akhir. Panduan
praktikum mendukung capaian pembelajaran mata kuliah (CPMK) dimana mahasiswa
diharapkan mampu menguasai ruang lingkup ilmu tanah beserta sifat-sifatnya setelah
mengikuti kegiatan praktikum ini khususnya sub-topik biologi tanah yaitu mikrobiologi
tanah.
Panduan praktikum ini masih jauh dari sempurna, oleh karena itu kritik serta saran
sangat kami harapkan. Atas perhatian dan kerjasama tim penyusun panduan praktikum
ini kami ucapkan terima kasih.
Tim Penyusun
1
DAFTAR ISI
Halaman
Prakata 1
Daftar Isi 2
Tata Tertib Laboratorium 3
Pendahuluan 5
Praktikum I. Pengenalan Alat-alat Laboratorium Mikrobiologi Tanah 6
Praktikum II. Pembuatan Media TSA dan PDA
Praktikum III. Isolasi dan Penghitungan Populasi Bakteri dan Jamur Tanah
Aturan Penilaian
2
TATA TERTIB LABORATORIUM
3
16. Perlakukan semua organisme yang Anda tangani sebagai patogen (mampu
menimbulkan penyakit). Kebanyakan biakan yang disediakan laboratorium tidak
berbahaya, tetapi beberapa di antaranya berbahaya.
17. Dilarang memindahkan bahan-bahan dan alat-alat percobaan dari tempatnya.
18. Dilarang membuang sampah, zat warna, reagen dan bahan kimia lainnya ke dalam
bak cuci, buanglah ke tempat sampah yang sudah disediakan.
19. Alat-alat yang sudah dipakai harus dibersihkan oleh mahasiswa sendiri, tidak boleh
menyuruh pegawai laboratorium.
20. Jangan mematikan api bunsen dengan ditiup, tetapi dengan menutupnya kembali
dengan tutup bunsen tersebut.
21. Jika kultur bakteri maupun jamur pecah atau tumpah, segera laporkan kepada
pembimbing praktikum supaya dapat dibersihkan dengan desinfektan yang sesuai.
22. Mahasiswa yang karena kelalaiannya menyebabkan alat-alat laboratorium
rusak/pecah diwajibkan untuk menggantinya paling lambat sebelum ujian
praktikum dilaksanakan.
23. Mahasiswa yang tidak memenuhi tata tertib yang telah ditetapkan, maka asisten
praktikum berhak mengeluarkannya dari laboratorium.
24. Tuliskan semua pengamatan pada waktu bekerja dalam suatu jurnal praktikum,
bukan pada sehelai kertas saja.
25. Setelah melakukan praktikum, setiap praktikan diharuskan membuat laporan hasil
percobaan yang telah dilakukan.
26. Laporan tersebut harus memuat hal-hal sebagai berikut: Nama, NPM, tanggal
percobaan, percobaan ke berapa dan tentang apa, prinsip percobaan, prosedur
percobaan, hasil percobaan, dan pembahasan terhadap hasil percobaan.
27. Laporan dibuat dalam kertas A4 dan diserahkan satu minggu setelah praktikum
terakhir dilakukan.
28. Hasil-hasil pekerjaan praktikum, laporan, kehadiran, tes/pretest akan
diperhitungkan didalam menentukan nilai akhir mata kuliah Pengantar Ilmu Tanah
4
PENDAHULUAN
Tanah merupakan lapisan permukaan bumi yang secara fisik berfungsi sebagai
tempat tumbuh berkembangnya perakaran penopang tegak-tumbuhnya tanaman dan
penyuplai kebutuhan air dan udara; secara kimiawi berfungsi sebagai gudang dan
penyuplai hara atau nutrisi (senyawa organik dan anorganik sederhana dan unsur-unsur
esensial seperti N, P, K, Ca, Mg, S, Cu, Zn, Fe, Mn, B, Cl, dan lain-lain); dan secara biologis
berfungsi sebagai habitat biota (organisme) yang berpartisipasi aktif dalam penyediaan
hara tersebut dan zat-zat aditif (pemacu tumbuh, proteksi) bagi tanaman. Ketiga sifat
tanah tersebut secara integral mampu menunjang produktivitas tanah untuk
menghasilkan biomass dan produksi baik tanaman pangan, obat-obatan, industri
perkebunan, maupun kehutanan.
Tanah memiliki sifat yang berbeda-beda sebagai akibat dari pengaruh iklim, jasad
hidup, bahan induk relief dan waktu yang berbeda. Sebagai bagian ekosistem yang sangat
penting, tanah merupakan salah satu sumber kehidupan yang tidak dapat diabaikan
perannya. Sebagai sumber daya alam yang sangat penting, manusia hendaklah mampu
mengelola tanah yang ada di sekitarnya secara arif dan bijaksana agar kondisi tanah yang
ada tidak rusak akibat perilaku manusia. Tanah terdiri dari sifat fisika, kimia dan biologi
tanah. Biologi tanah terdiri dari makroorganisme dan mikroorganisme yang hidup di
dalam tanah.
5
PRAKTIKUM I.
A. Latar Belakang
Dalam pengujian mikrobiologi tanah di laboratorium perlu mengetahui alat-alat
yang digunakan. Laboratorium mikrobiologi memiliki banyak alat-alat yang perlu
diketahui fungsi, prinsip dan cara kerjanya.
B. Tujuan
Pengenalan alat-alat laboratorium mikrobiolgi bertujuan untuk mengenal alat-
alat yang digunakan dalam pengujian mikroorganisme tanah dan mengetahui fungsi
serta cara kerja alat-alat tersebut
D. Metode/Prosedur Kerja
1. Menyiapkan alat-alat laboratorium yang akan digunakan
2. Menjelaskan fungsi dan cara kerja alat
3. Mendokumentasikan alat yang sudah dijelaskan
E. Tugas
1. Catat hasil praktikum di laporan sementara (tally sheet)
2. Buatlah laporan praktikum hasil pengenalan alat-alat laboratorium
mikrobiologi tanah.
6
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
7
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
8
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
9
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
10
PRAKTIKUM II. PEMBUATAN MEDIA TSA DAN PDA
A. Latar Belakang
Pembiakan mikroorganisme dalam laboratorium memerlukan medium yang
berisi zat hara serta lingkungan pertumbuhan yang sesuai dengan mikroorganisme. Zat
hara digunakan oleh mikroorganisme untuk pertumbuhan, sintesis sel, keperluan
energy dalam metabolisme dan pergerakan. Lazimnya, medium biakan berisi air,
sumber energi zat hara sebagai sumber karbon, nitrogen, sulfur, fosfat, oksigen,
hydrogen serta unsur-unsur sekelumit (trace element).
Media biakan yang digunakan untuk menumbuhkan mikroorganisme dapat dalam
bentuk padat, semi-padat dan cair. Media padat diperoleh dengan penambahan agar.
Penggunaan media bukan hanya untuk pertumbuhan dan perkembangbiakan mikroba,
tetapi juga untuk tujuan isolasi, seleksi, evaluasi, dan diferensiasi. Karena itu,tiap media
mempunyai spesifikasi yang sesuai yang sesuai dengan maksudnya.
Berdasarkan sifatnya, media dibedakan menjadi 5 kelompok:
1. Media umum: media yang dipergunakan untuk pertumbuhan dan
perkembangbiakan satu atau lebih kelompok mikroba secara umum;
misalnya agar kaldu nutrisi untuk bakteri, dan agar kentang dekstrosa untuk
jamur.
2. Media pengaya: media mana suatu jenis mikroba diberi kesempatan untuk
tumbuh dan berkembang lebih cepat dari jenis lainnya yang sama – sama
berada dalam satu media. Misalnya: kaldu slenit atau kaldu tetrationat untuk
memisahkan Salmonella typhi dari mikroba lain yang ada dalam faeses.
3. Media selektif: media yang hanya dapat ditumbuhi oleh satu atau lebih jenis
mikroba tertentu , tetapi akan menghambat atau mematikan jenis – jenis
lainnya. Misalnya media SS (Salmonella-Shigella) agar untuk menumbuhkan
Salmonella dan Shigella.
4. Media diferensial: media yang digunakan untuk penumbuhan mikroba
tertentu serta penentuan sifat – sifatnya; contohnya media agar darah untuk
penumbuhan bakteri hemolitik.
5. Media penguji: media yang digunakan untuk pengujian senyawa tertentu
dengan bantuan mikroba. Misalnya media penguji vitamin, antibiotika, residu
pestisida.
PDA (Potato Dextrose Agar) adalah media yang umum untuk pertumbuhan jamur
di laboratorium karena memiliki pH yang rendah (pH 4,5 sampai 5,6) sehingga
menghambat pertumbuhan bakteri yang membutuhkan lingkungan yang netral dengan
pH 7,0, dan suhu optimum untuk pertumbuhan antara 25-30°C. Jamur lazimnya dapat
11
berkembangbiak dengan baik pada media yang mengandung karbohidrat tinggi dengan
kisaran pH antara 5-6, sedangkan media yang mengandung protein dengan pH sekitar 7
merupakan media yang baik untuk perkembangbiakan bakteri. Media ini terbuat dari
bahan utama yaitu kentang dan dextrose sebagai nutrisi utama pertumbuhan jamur.
Media ini juga ditambahkan agar sebagai bahan pemadat.
B. Tujuan
Tujuan praktikum adalah agar mahasiswa mampu membuat media pertumbuhan
bakteri dan jamur dalam tanah di laboratorium.
12
11)Setelah matang, media siap dipindahkan ke erlenmeyer yang lebih
kecil,misalnya di pindah pada erlenmeyer 250 ml. Volume media pada
erlenmeyer 250 ml sebaiknya sebanyak 200 ml saja untuk menghindari
kontaminasi pada saat penyimpanan.
12)Setelah media dipindah, kemudian mulut erlenmeyer di tutup dengan
menggunakan kapas dan alumunium foil dan diberi label
13)Selanjutnya media disterilisasi pada suhu 121°C selama 25menit.
E. Tugas
1. Catat hasil praktikum di laporan sementara (tally sheet)
2. Buatlah laporan praktikum.
13
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
14
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
15
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
16
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
17
PRAKTIKUM III. ISOLASI DAN PENGHITUNGAN POPULASI BAKTERI DAN JAMUR
TANAH
A. Latar Belakang
Tanah merupakan habitat bagi mikroorganisme. Rhizosfer adalah tanah-
tanah yang berada di daerah perakaran tanaman yang berpengaruh terhadap
pertumbuhan akar tanaman dan juga populasi mikroorganisme, baik bakteri
maupun jamur. Zona ini mengandung lebih banyak mikroorganisme daripada
zona diluarnya karena mengandung sejumlah eksudat akar sebagai sumber
nutrisi mikroorganisme. Pada praktikum ini akan dilakukan isolasi dan
penghitungan populasi bakteri dan jamur tanah dari tanah rhizosfer
menggunakan metode tuang.
18
dan media digerakkan ke kiri dan ke kanan dan diputarkan beberapa kali agar
suspensi bakteri tersebar merata dalam media. Lalu biarkan membeku
kemudian inkubasikan selama 1-2 hari dengan petridish diletakkan terbalik.
Setelah inkubasi akan terlihat beberapa jenis koloni mikroba yang tumbuh
menyebar. Populasi mikroba dihitung berdasarkan jumlah koloni yang
terbentuk. Koloni yang terpisah dapat dimurnikan untuk memperoleh biakan
murni. Jumlah koloni yang tumbuh menggambarkan jumlah mikroba yang
terdapat dalam suspensi sehingga satuan penghitungan ini adalah CFU (colony
forming unit).
Dengan metode ini, diasumsikan satu koloni bakteru berasal dari satu sel
mikroba. Jumlah mikroba dalam satu gram tanah contoh (CFU/g) dihitung
dengan membagi jumlah koloni yang tumbuh dengan faktor pengenceran.
Metode ini hanya menghitung bakteri hidup,dan tidak selamanya satu kolohi
berasal dari satu sel bakteri. Selain itu, tidak semua mikroba tanah dapat
tumbuh pada media yang dipakai.
3. Metode replika bahan tanaman
Pada metode ini kita menempelkan bahan tanaman seperti daun, batang atau
benih ke atas plat agar selama 5 menit. Mikroba yang menempel di atas plat
akan tumbuh setelah masa inkubasi 1-3 hari.
B. Tujuan
Tujuan praktikum adalah mengisolasi dan menghitung populasi bakteri dan
jamur dalam tanah adalah agar mahasiswa mampu mengisolasi dan menghitung
populasi bakteri dan jamur dalam tanah di laboratorium.
19
untuk penghitungan bakteri. Goyangkan cawan petri supaya suspensi dan
media tercampur homogen.
6. Dari pengenceran 10-3 dan 10-4 ambil masing-masing 0,5 ml suspensi
masukkan ke dalam dua cawan petri steril. Tuangkan 15 ml media PDA untuk
penghitungan jamur. Sebar menggunakan batang penyebar
7. Inkubasikan 24 jam di dalam inkubator pada suhu 30 oC.
8. Tentukan isolat bakteri dan jamur yang tumbuh berdasarkan karakteristik
koloni.
9. Hitung koloni bakteri dan jamur di permukaan atau sedikit di bawah
permukaan media. Jumlah koloni yang memenuhi syarat adalah 30-300
CFU/plat agar.
𝑟𝑎𝑡𝑎−𝑟𝑎𝑡𝑎 𝑘𝑜𝑙𝑜𝑛𝑖
10. Jumlah bakteri dan jamur per gram tanah adalah 𝑝𝑒𝑛𝑔𝑒𝑛𝑐𝑒𝑟𝑎𝑛
Contoh: jika pada pengenceran 10-6 terdapat 150 koloni maka jumlah bakteri
150
per gram tanah adalah 10−6 = 15 x 106 CFU/g.
E. Tugas
3. Catat hasil praktikum di laporan sementara (tally sheet)
4. Buatlah laporan praktikum.
20
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
21
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
22
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
23
LEMBAR KERJA PRAKTIKUM/ TALLY SHEET
Nama Mahasiswa :
NIM :
Acara Praktikum :
Hari/Tanggal :
Hasil Pengamatan:
24
ATURAN PENILAIAN
No Parameter Skor
1 Safety Lab (K3) 20
2 Unjuk kerja individu (termasuk lembar kerja dan laporan akhir 50
praktikum)
3 Unjuk kerja kelompok 30
100
No Parameter Skor
1 Mengenakan jas lab/baju praktikum yang telah ditentukan (keadaan jas 20
lab/baju praktikum bersih dan dikacing rapi)
2 Sepatu tertutup sempurna, mengenakan kaos kaki, tidak licin, tidak
berhak tinggi (menyesuaikan dengan keadaan dan kegiatan
laboratorium)
3 Kit lengkap (lap, tisu, masker, sarung tangan sesuai kebutukan
praktikum)
4 Menggunakan peralatan keselamatan sesuai kebutuhan
5 Konsistensi praktikan dalam mentaati peraturan safety lab yang sudah
ditetapkan
No Parameter Skor
1 Keterampilan proses 25
2 Keterampilan pengolahan dan interpretasi data 10
3 Keaktifan, kehadiran dan motivasi kerja 10
4 Kemampuan menjaga performa alat dan bahan yang digunakan 5
25
C. Kriteria unjuk kerja kelompok
No Parameter Skor
1 Ketepatan dan ketelitian hasil praktikum 30
2 Waktu praktikum yang sesuai dengan alokasi waktu (1 x 170 menit)
3 Adanya koordinasi antar anggota kelompok
4 Setiap anggota kelompok bertanggung jawab terhadap tugasnya masing-
masing
5 Peralatan dikembalikan pada tempatnya dan meja praktikum dijaga
kebersihannya
26