1.

Samuel dan Kevin adalah kolega yang sama-sama bekerja di PT Sawit Joss sebagai Kepala Bagian
Riset Bioinformatika dan selective breeding. Keduanya bekerja sama meneliti fenotipe rendemen
minyak (ODM/Oil to Dry Mesocarp) dengan memanfaatkan marker SNP (single nucleotide
polymorphism) dari dua buah gen yaitu Pyruvate Kinase (PK) dan Acetoacid transferase (AT). Samuel
melakukan isolasi DNA total dan dilanjutkan dengan sekuensing sehingga dihasilkan bahwa marka
SNP untuk gen PK terdiri atas 3 alel, yaitu A, T, dan C. Sedangkan gen AT memiliki 2 alel SNP yaitu
G dan C. Diketahui, frekuensi alel kedua marker tidak berada dalam kesetimbangan Hardy-Weinberg.
Untuk analisis lebih lanjut, Kevin melakukan pemetaan genotype SNP terhadap fenotipe ODM
menggunakan One Way Analysis of Variance dengan nilai α = 0,05. Uji Hipotesis ini dapat didekati
dengan menghitung nilai P-value atau critical value (F-hitung). Namun karena keterbatasan waktu,
Kevin memilih menggunakan analisis P-value. Data yang didapatkan tersaki pada tabel berikut

SNP dari marker Gen yang P-value

ditinjau Uji Kesamaan Variansi Uji F
PK 0,048 0,024
AT 0,488 0,074

Dari hasil di atas, tentukan pernyataan berikut benar atau salah

A. Analisis Variasi Gen PK dan AT memiliki degree if freedom berturut-turut 2 dan 1
B. Banyak genotype yang mungkin untuk marka PK dan AT berturut-turut adalah 9 dan 4
C. Marka SNP untuk gen PK lebih baik digunakan dibandingkan AT karena tiap genotype memiliki
nilai ODM yang berbeda secara signifikan dengan genotype lain
D. Marka SNP untuk gen PK kurang baik untuk diuji dengan One Way Analysis of Variance karena
variansi antar fenotipenya memiliki perbedaan yang signifikan

2. Karena masih belum puas, Mar’I melanjutkan penelitiannya untuk melihat pola pemotongan empat dari
Sembilan kitinase (ditandai dengan bintang) terhadap substrat NAG yang memiliki derajat polimerisasi
10 gula, sekaligus meneliti efek penambahan masing-masing kitinase terhadap respon imunitas kelapa
sawit yang tengah terinfeksi Ganoderma. Respon imunitas diukur dengan analisis q-PCR (quantitative
PCR) dari defense gene. Berikut hasil analisis pemotongan dan q-PCR yang dilakukan Mar’i
Hasil Pemotongan
Kode Enzim
NAG10
1 WP_038829002.1 5:5
2 WP_020450534.1 3:7
3 WP_003325272.1 2:4:4
4 WP_041817408.1 6:4
 Nomor kurva menunjukkan kode pada tabel. Kurva yang ditandai “kontrol” adalah ekspresi defense
gene tanpa perlakuan kitinase. Dari hasil-hasil yang didapatkan di atas, tentukan pernyataan berikut
benar atau salah
a. Oligomer kitin yang terdiri atas 4 gula tidak dapat memicu respon imunitas
b. Oligomer kitin yang terdiri atas 2 gula dapat memicu respon imunitas
c. Apabila Enzim WP_020450534.1 digunakan untuk memotong polimer kitin, maka hasil
pemotongannya adalah oligomer yang terdiri atas 7 gula
d. Apabila Enzim WP_003325272.1 digunakan untuk memotong polimer kitin, maka hasil
pemotongannya adalah oligomer yang terdiri atas 4 dan 2 gula

3. Mr. Ucup adalah seorang ilmuan di bidang genetika yang bekerja di Kartiny Institute of Technology.
Ia melakukan analisis vegetasi di kebun botani universitas tempat ia bekerja dan menemukan sebuah
karakter dari tanaman Bauhinia purpurea, yaitu panjang petiole yang bervariasi di tiap individu.
Diketahui kebun botani Kartiny Institute of Technology memiliki variasi kelembaban tanah yang
ekstrem karena ada bagian yang dilewati sungai, dan ada bagian yang sangat kering. Ia mencatat
panjang petiole yang ia temukan dan merangkumnya dalam grafik berikut ini
 Mr. Ucup melihat pola yang unik dimana petiole yang panjang dimiliki oleh individu yang hidup pada
kelembaban tanah yang tinggi. Kemudian beliau menyilangkan secara acak individu yang ditemukan,
kemudian melakukan beberapa perlakuan di antaranya,
I. menanam hasil persilangan pada tempat yang memiliki kelembaban tanah bervariasi;
II. menanam hasil persilangan pada tanah dengan kelembaban 10%;
III. menanam hasil persilangan pada tanah dengan kelembaban 90%.
Setelah tumbuh, dilakukan penghitungan panjang petiole kembali
Tentukan pernyataan berikut benar atau salah mengenai analisis hasil yang didapatkan berdasarkan
percobaan di atas
a. Apabila perlakuan I menghasilkan grafik panjang petiole yang sama dengan grafik awal, maka sifat
panjang petiole memiliki heritabilitas yang tinggi
b. Apabila perlakuan II menghasilkan grafik panjang petiole yang memiliki left-skewed distribution,
maka sifat panjang petiole memiliki heritabilitas yang rendah
c. Apabila perlakuan II menghasilkan grafik panjang petiole yang memiliki right-skewed distribution,
factor lingkungan berperan lebih besar daripada heritabilitas dalam menentukan sifat panjang
petiole
d. Apabila perlakuan III menghasilkan keturunan yang memiliki panjang petiole seragam, maka
penentu sifat panjang petiole hampir 100% dipengaruhi oleh factor lingkungan

4. Seorang peneliti berhasil mengidentifikasi sebuah gen yang mengatur warna rambut tikus. Gen tersebut
diberi nama Rmbt dan memiliki dua buah alel; Rmbt+ dan Rmbt. Alel dominan Rmbt+ mengatur warna
rambut hitam, sedangkan alel resesif Rmbt mengatur rambut tidak berwarna. Uniknya, individu dengan
genotype homozigot resesif bersifat letal sedangkan Genotipe heterozigot memiliki ekspresivitas 50%.
Peneliti tersebut kemudian mengestimasi populasi tikus dengan menggunakan metode CMRR. Hasil
yang didapatkan dari CMRR adalah sebagai berikut
Penangkapan pertama: 300 individu
Penangkapan kedua: 200 individu
Individu yang tertandai di penangkapan kedua: 60 individu
Setiap kali penangkapan, peneliti tersebut selalu mendapatkan rasio genotype individu
homozigot:heterozigot 1:3
Apabila data di atas dianggap sebagai generasi I, tentukan pernyataan berikut benar atau salah
a. Sepasang individu heterozigot dari populasi tersebut disilangkan, ternyata menghasilkan 4 anak
hidup. Maka kemungkinan semua anak berwarna hitam adalah 100%
b. Pada generasi IV, frekuensi alel dominan adalah sebanyak 14/17
c. Pada generasi ke-15 frekuensi individu berfenotip rambut hitam kurang dari 95%
d. Frekuensi individu dengan rambut tidak berwarna akan terus menurun tiap generasi

5. Mr. Dedi adalah seorang laboran di laboratorium Kartini Institute of Technology. Suatu ketika ada seorang
peserta pelatihan TOBI bernama Lendra yang membawakan kelinci yang diduga terkena serangan virus.
Berdasarkan uji klinis, kelinci tersebut diduga terserang virus genus Picornavirus yang termasuk dalam virus
golongan IV berdasarkan klasifikasi Baltimore (ssRNA positive-sense). Untuk membuktikannya, Mr. Dedi
kemudian melakukan isolasi genom virus dan memberikan perlakuan enzim RNA-dependent RNA polymerase
(RDRP) dan NTP berlabel C14 sehingga didapatkan RNA untai ganda. Kemudian dilakukan degradasi untai RNA
tak berlabel dan dilanjutkan dengan replikasi kembali menggunakan NTP berlabel P32 dan enzim RDRP. Tahap
selanjutnya, Mr. Dedi menambahkan enzim restriksi PstI, melakukan denaturasi, kemudian manambahkan
Subunit kecil ribosom. Setelah itu, dilakukan retardation assay seperti terlihat pada gambar berikut
 P32 P32 + Rbsm C14 C14 + Rbsm

Apabila diasumsikan efisiensi setiap tahap yang dilakukan selalu 100%, tentukan pernyataan berikut benar atau
salah
a. Virus tersebut memiliki lebih dari 8 gen
b. Dapat dipastikan bahwa minimal salah satu dari gen virus tersebut adalah pengkode RDRP
c. Apabila diasumsikan virus memiliki genom linier, sisi pengenalan PstI adalah sebanyak 8
d. Virus tersebut terbukti merupakan virus golongan IV berdasarkan klasifikasi Baltimore

6. Lendra kemudian membantu Mr. Dedi untuk melakukan studi lanjutan menggunakan analisis SDS PAGE dari
sel hewan normal dan terinfeksi sehingga didapatkan hasil sebagai berikut

Dengan melihat hasil SDS PAGE tersebut dan retardation assay di atas, tentukan kesimpulan yang ditarik
berikut benar atau salah
a. Terdapat protein yang mengalami agregasi pada sel terinfeksi
b. RBS dari gen milik virus lebih kuat berinteraksi dengan 16s rRNA dibandingkan gen inangnya
c. Virus tengah berada pada tahap lisogenik pada sampel sel terinfeksi di atas
d. Virus tersebut terbukti merupakan virus golongan IV berdasarkan klasifikasi Baltimore

7. Anda adalah seorang konsultan genetik yang tengah menangani beberapa kasus perkawinan saudara pada
beberapa keluarga di kota A. Banyak orang berkonsultasi pada Anda akibat adanya penyakit genetik yang
belakangan ini muncul dan bersifat autosomal resesif. Berikut silsilah beberapa keluarga yang telah
berkonsultasi pada Anda
Keluarga I Keluarga II
 Keluarga III Keluarga IV

Dari data di atas, tentuka pernyataan berikut benar atau salah

a. Koefisien inbreeding tertinggi ada pada silsilah keluarga II
b. Apabila lelaki beristri dua pada keluarga I merupakan individu carrier, maka kemungkinan cucunya
menderita penyakit adalah 1/16
c. Koefisien inbreeding keluarga I lebih tinggi dari keluarga III
d. Apabila 1 parental laki-laki pada tiap silsilah merupakan individu carrier, keluarga IV memiliki kemungkinan
terbesar memiliki keturunan berpenyakit dibandingkan yang lain

8. Dalam evolusi molekuler, jarak evolusi didefinisikan sebagai jumlah nukleotida yang
tersubstitusi/terdelesi/terinsersi per sisi nukleotida di antara dua sekuens DNA. Sedangkan kecepatan atau laju
evolusi didefinisikan sebagai jumlah perubahan nukleotida tersebut per sisi nukleotida per tahun. Ucup ingin
melihat secara garis besar jarak evolusi eukariot mutiseluler, sehingga ia mengambil beberapa organisme
model untuk mengkonstruk filogeni. Ia melakukan sekuensing DNA mitokondria kemudian melakukan
konstruksi filogeni dengan metode maximum parsimony. Hasil yang didapatkan Ucup tercantum pada gambar
berikut
 Jika diasumsikan laju evolusi adalah 10-6 per tahun, tentukan pernyataan berikut benar atau salah
a. Apabila perbedaan karakter/sifat organisme sejalan dengan perbedaan sekuens nukleotida, maka
Neurospora dan Homo sapiens memiliki tingkat kesamaan paling sedikit
b. Homo sapiens dan Bos Taurus telah terpisah selama kurang lebih (8 ± 1) juta tahun yang lalu
c. Jarak evolusi antara Fusarium-Neurospora lebih lebar dibandingkan Arabidopsis terhadap taksa hewan
d. Jika terdapat dua spesies yang telah terpisah selama 100 juta tahun, maka kemungkinan mereka memiliki
jarak evolusi sebesar 100

9. Paidi tengah meneliti dua buah penyakit yang diketahui diwariskan dengan mode pseudoautosom. Penyakit
tersebut diatur oleh gen A dan B dimana alel sakit berturut-turut bersifat resesif dan dominan. Tetangga Paidi
diketahui memiliki riwayat dua penyakit tersebut dan memiliki silsilah sebagai berikut

Jika diketahui jarak antara gen A dan B sejauh 10 cM, dan individu I-1, I-2, II-3, dan II-4 adalah galur murni,
tentukan pernyataan berikut benar atau salah
a. Kemungkinan individu II-3 dan III-1 memiliki genotype yang sama adalah 5%
b. Apabila individu II-6 menikah dengan individu bergenotipe sama dengan II-2, maka kemungkinan anaknya
menderita kedua penyakit adalah 5%
c. Kemungkinan individu IV-1 menderita 2 penyakit sekaligus adalah 25%
d. Kemungkinan individu IV-1 sehat kurang dari 1/4

10. Tukiyem adalah siswa kelas 10 yang tengah melakukan praktikum mengenai proses konjugasi pada Escherichia
coli. Ia merancang metode menggunakan suatu strain Hfr sebagai donor. Karena keterbatasan pengetahuan, ia
hanya mampu mengidentifikasi 4 gen mutan auksotrof pada E. coli F- yang ia punyai. Kakak kelasnya, Tukidi,
ternyata telah berhasil mengidentifikasi 7 gen pada mutan yang sama. Tukidi juga melakukan perlakuan
konjugasi untuk 3 strain Hfr yang masing-masing disilangkan dengan mutan auksotrof tersebut. Hasil yang
mereka peroleh adalah sebagai berikut (waktu dalam satuan menit)
 Akhirnya mereka berdua sepakat untuk menyatukan data yang diperoleh. Mereka mendapati bahwa semua
gen yang dianalisis Tukiyem teramati juga pada data Tukidi. Tentukan pernyataan berikut benar atau salah
berdasarkan data di atas
a. Arah transfer antara Hfr P4X sama dengan Hfr Ra-2
b. Genom E. coli di atas berasil ditransfer secara keseluruhan dalam waktu 94 menit
c. Strain Hfr yang dipakai Tukiyem sama dengan salah satu strain Hfr yang dipakai Tukidi
d. Apabila Tukiyem melanjutkan pengamatan sampai 161 menit, dan diasumsikan transfer terus terjadi
selama waktu tersebut maka ia akan mendapatkan 4 buah gen yang tereplikasi dua kali

11. Sifat warna mata pada Drosophila diatur oleh beberapa gen, yang mana hasil akhir dari jalur biosintesis pigmen
mata adalah 2 senyawa utama, yaitu drosopterin (menghasilkan warna merah cerah) dan ommokrom (warna
kecoklatan) sehingga campuran dari dua pigmen tersebut menyebabkan warna mata Drosophila menjadi
merah gelap. Ketiadaan dua pigmen akan menyebabkan warna mata menjadi putih.

Jalur drosopterin diatur salah satunya oleh gen A, yang menghasilkan protein A yang fungsional dalam bentuk
dimer. Gen A memiliki 3 alel, yaitu A, a1, dan a2, dengan ilustrasi sebagai berikut
 Individu mutan functional heterozygote memiliki aktivitas katalitik yang tidak berbeda secara signifikan
dibandingkan wildtype, sedangkan individu heterozigot A/a1 dan A/a2 menghasilkan enzim non fungsional.
Enzim yang mengatur sintesis ommokrom bekerja dalam bentuk monomer dan memiliki dua alel, alel dominan
fungsional (B) dan alel resesif nonfungsional (b).
Steven melakukan sampling populasi Drosophila di pasar buah Yogya dan menemukan frekuensi alel a1, a2,
dan B berturut-turut 0,1; 0,3; dan 0,6.
Jika populasi sedang dalam kesetimbangan Hardy-Weinberg, tentukan pernyataan berikut benar atau salah
a. Terdapat kurang dari 10% dari populasi memiliki fenotipe mutan white
b. Terdapat 6 genotipe berbeda untuk fenotipe brown
c. Apabila 2 lalat bermata vermilion dikawinkan, kemungkinan anaknya berfenotipe white adalah kurang dari
1/8
d. Apabila lalat brown dan vermilion dikawinkan, maka kemungkinan anaknya wildtype kurang dari 30%

12. Cilliata merupakan kelompok protozoa yang memiliki alat pergerakan berupa cilia, dan umumnya memiliki dua
jenis nucleus, yaitu makronukleus dan mikronukleus. Kelompok protozoa dapat melakukan reproduksi seksual
maupun aseksual. Reproduksi aseksual dilakukan dengan pembelahan biner, sedangkan Reproduksi seksual
dilakukan dengan autogamy dan konjugasi. Gambaran reproduksi seksual ciliate (Paramecium) tersaji pada
gambar berikut

Dalam genom Paramecium, diketahui terdapat gen M yang mengatur kemampuan bergerak. Alel M bersifat
dominan dan membuat pergerakan menjadi lambat, sedangkan alel m membuat pergerakan menjadi cepat.
Kevin mengamati proses autogamy pada individu bergenotipe Mm dan konjugasi pada 2 individu Mm. bantulah
Kevin memprediksi hasil yang akan ia dapatkan dengan menentukan pernyataan berikut benar atau salah
a. Autogami yang diamati akan menghasilkan dua sel dengan fenotipe perenang lambat dan cepat
masing-masing satu sel
b. Setelah autogamy dan konjugasi, Mikronukleus dan makronukleus dipastikan memiliki genotype yang
sama pada individu yang sama
c. Terdapat 3 kumungkinan kombinasi dari sel anakan hasil konjugasi
d. Apabila hasil anakan autogamy disilangkan (dilakukan konjugasi) dengan salah satu hasil anakan
kanjugasi (heterozigot), maka kemungkinan dihasilkan sel-sel anakan yang identic adalah 50%

13. Adit menemukan spesies hewan baru yang tinggal di planet Neptunus yang ternyata memiliki ploidi dan
mekanisme reproduksi seksual sama dengan hewan di bumi. Diketahui ternyata hewan tersebut dapat suatu
penyakit X disebabkan oleh adanya kelainan genetik yang tidak bisa menyintesis asam amino nonameisin, asam
amino unik untuk organisme di Neptunus. Setelah diteliti, ternyata asam amino ini disintesis melalui
serangkaian tahap sebagai berikut:
 Setiap enzim dikode oleh satu gen yang masing-masing memiliki 2 alel. Kedua enzim memiliki alel dominan
fungsional. Tentukan pernyataan berikut benar atau salah
a. Apabila 2 individu heterozigot disilangkan dan kedua enzim dikode oleh gen yang berada pada kromosom
yangberbeda, maka kemungkinan dihasilkan 3 dari 5 anak menderita penyakit X kurang dari ¼
b. Apabila adit mengambil individu normal dari 2 populasi, dimana populasi I memiliki frekuensi alel dominan
A 0,3 dan resesif b 0,6 lalu populasi II memiliki frekuensi alel resesif a 0,4 dan dominan B 0,9; maka
kemungkinan dihasilkan keturunan mengakumulasi tanganine kurang dari 1/8
c. Jika diketahui individu yang menderita penyakit X bersifat letal (pada kasus ini mati pada usia 7 hari), lalu
ternyata pasangan heterozigot memiliki 1 anak yang hidup. Anak tersebut menikah dengan individu
heterozigot. Kemungkinan keturunan yang dihasilkan mengakumulasi kakinine adalah (13 ± 0,5) %
d. Apabila penyakit X bersifat letal (mati pada usia 7 hari) dan kedua gen terpaut secara trans dengan jarak
15 cM, maka persilangan heterozigot akan menghasilkan keturunan hidup galur murni adalah lebih dari
10%

14. Seorang siswa bercita-cita ingin menjadi peneliti di bidang biokimia. Ia tertarik mempelajari struktur
protein. Suatu ketika ia menemukan kasus penyakit Sickle cell disease pada manusia, yang ditandai
dengan abnormalitas bentuk sel darah merah. Pertama-tama, ia mencoba untuk menganalisis ekspresi
mRNA dari gen α dan β globin dengan menggunakan RT-PCR dan elektroforesis pada manusia normal
dan penderita. Kemudian, siswa tersebut juga mencoba untuk melakukan analisis SNP (single
nucleotide polymorphism) dengan memberi perlakuan enzim restriksi SacI pada hasil PCR dan
dilakukan elektroforesis kembali. Hasil dari perlakuan tersebut adalah sebagai berikut

Hasil RT-PCR Hasil perlakuan SacI

α α’ β β’ ladder α α’ β β’ ladder

1500 bp 1500 bp

1000 bp 1000 bp

500 bp 500 bp

300 bp 300 bp

Keterangan:
α dan β = gen dari orang normal
α’ dan β’ = gen dari penderita

Dari hasil yang didapatkan siswa di atas, tentukan pernyataan berikut benar atau salah
a. Panjang mRNA hasil transkripsi antara orang normal dan penderita tidak berbeda
b. Mutasi hanya terjadi pada gen β-globin pada penderita sickle cell disease
c. Kemungkinan gen β-globin masih memiliki intron sehingga berukuran lebih panjang
d. Tidak semua mRNA hasil PCR terpotong oleh enzim restriksi SacI
15. Ternyata siswa tersebut belum puas dengan hasil yang ia peroleh sehingga ia melakukan analisis SDS
PAGE dan native PAGE untuk mengetahui ukuran dan struktur protein hemoglobin pada manusia
normal dan penderita. Ia mengambil sampel sel darah merah dari kedua orang dan menghasilkan data
seperti di bawah ini
SDS-PAGE Native PAGE
N P ladder N P ladder Keterangan:
N = Normal
150 KDa 150 KDa P = Penderita
100 KDa 100 KDa

60 KDa 60 KDa
15 KDa 15 KDa
10 KDa 10 KDa

Akhirnya, siswa tersebut puas dengan hasil PAGE di atas, namun ia merasa lelah dan menjadi bingung
dalam menyimpulkan hasilnya. Menurut Anda, kesimpulan yang dapat ditarik dari hasil di atas
KECUALI
a. Hemoglobin normal memiliki struktur kuartener, yang terdiri atas empat molekul globin
b. Penderita dan orang normal tidak memiliki perbedaan signifikan dari segi berat protein globin
c. Pada hasil SDS PAGE: band protein yang ditandai panah bisa saja merupakan α-globin
d. Hemoglobin penderita kemungkinan membentuk inclusion body dalam sel darah merah

16. SSR (Simple sequence repeat) merupakan salah satu penanda genetic yang saat ini sedang terkenal
untuk menyeleksi sifat fenotipik dari beberapa produk hayati. Apabila terdapat SSR yang memiliki
jarak genetic dekat dengan suatu lokus, maka SSR tersebut dapat dijadikan marker. Panjang SSR dapat
dijadikan penanda suatu alel pada lokus gen tertentu. Misal, terdapat lokus gen A, memiliki dua alel A
dan a. Lokus gen tersebut ternyata terletak berdekatan dengan SSR1, dimana SSR1 memiliki alel SSR1a
yang terdiri atas 200 nukleotida dan SSR1b yang memiliki panjang 500 nukleotida. Setelah diteliti
ternyata alel A terpaut (sempurna) dengan alel SSR1b sedangkan alel a terpaut dengan SSR1a. Dari
keterangan tersebut tentukan pernyataan berikut benar atau salah
a. Letak SSR harus sangat dekat dengan suatu gen agar pindah silang tidak menyebabkan
kesalahan dalam analisis data
b. Penanda berupa SSR tidak cocok digunakan untuk analisis tanaman yang memiliki umur
produksi tua
c. Apabila dilakukan PCR dan elektroforesis untuk lokus A beserta SSR nya, maka dipastikan alel
A akan memiliki ukuran lebih pendek dibandingkan alel a
d. Kelemahan penggunaan SSR adalah apabila alel SSR memiliki variasi lebih tinggi
dibandingkan variasi alel dari lokus yang ingin diteliti

17. Seorang peneliti bekerja sama dengan perusahaan kelapa sawit untuk menyeleksi anakan kelapa sawit
yang menghasilkan tandan buah yang besar. Sangat merugikan apabila seleksi tidak dilakukan karena,
kelapa sawit baru menghasilkan buah ketika berusia di atas 15 tahun, apalagi setelah 15 tahun tersebut
ternyata tandan buah yang dihasilkan sangat kecil. Peneliti tersebut ingin meneliti hubungan panjang
SSR terhadap ukuran tandan buah. Diketahui lokus gen Tob19 terletak berdekatan dengan 2 Lokus SSR
yang diberi nama SSR75 dan SSR44. Peneliti tersebut ingin meneliti korelasi antara alel-alel pada kedua
lokus SSR tersebut terhadap ukuran tandan buah. Ia melakukan sampling daun beberapa tanaman yang
sudah berbuah kemudian dilakukan PCR dan elektroforesis untuk SSR75 sehingga didapatkan hasil
 sebagai berikut (angka pada sumur menunjukkan berat tandan buah rata-rata dari tanaman yang
disampling)
15,6kg 22,3kg 20kg 18,9kg 21kg 25kg ladder 24,5kg 17 kg 19,8 kg 20,8kg 23,1kg 21,9kg

1500 bp

1000 bp

500 bp

300 bp

Dari hasil tersebut tentukan benar atau salahnya kesimpulan di bawah ini
a. Hanya ditemukan 5 lokus SSR75 pada kelapa sawit
b. Sifat berat tandan buah termasuk dalam quantitative trait
c. Anda dapat memperkirakan ukuran tandan buah dari tanaman yang masih berumur 1 tahun
d. Jika anda memiliki pohon sawit dengan ukuran tandan buah 18 kg, maka hasil PCR dan
elektroforesis akan mirip dengan sumur ke-5

18. Si peneliti mencoba untuk melakukan analisis yang sama menggunakan SSR44 untuk membandingkan
hasil pada sampel tanaman yang sama, sehingga didapatkan hasil sebagai berikut
15,6kg 22,3kg 20kg 18,9kg 21kg 25kg ladder 24,5kg 17 kg 19,8 kg 20,8kg 23,1kg 21,9kg

1500 bp

1000 bp

500 bp

300 bp

Dari hasil elektroforesis dua SSR di atas, tentukan kesimpulan berikut benar atau salah
a. SSR44 memiliki jarak genetic terhadap Tob19 lebih rendah dibandingkan SSR75 terhadap Tob19
b. Apabila Anda ingin memiliki pohon kelapa sawit yang memiliki berat tandan seragam dan kecil, maka
anda bisa menyilangkan sampel dari sumur nomor 3 dan 11
c. Apabila anda memiliki sekumpulan pohon sawit yang masih berusia 5 tahun, SSR75 lebih baik
digunakan untuk memprediksikan berat tandan
d. Jika individu yang memiliki pola elektroforesis seperti sumur 4 dan 12 disilangkan, maka pola
elektroforesis dari anak yang dihasilkan ada 4 macam

19. Diketahui terdapat dua buah penyakit yang terpaut kromosom X. Penyakit A disebabkan oleh alel
dominan A, sedangkan penyakit B bersifat resesif. Suatu keluarga dengan riwayat kedua penyakit
memiliki silsilah sebagai berikut
 Jika diketahui kedua orang tua (paling atas) memiliki genotype homozigot, dan kedua lokus penyebab
penyakit terpaut sejauh 10 cM, kemudian individu 1 dan 2 masih dalam kandungan (belum diketahui
jenis kelamin dan kesehatannya) tentukan pernyataan di bawah ini benar atau salah
a. Jika individu 1 adalah laki-laki, kemungkinan ia menderita penyakit A kurang dari 50%
b. Jika individu 1 adalah perempuan, kemungkinan ia menderita penyakit A adalah 0%
c. Jika individu 2 adalah Perempuan, kemungkinan ia menderita penyakit A dan B adalah 10%
d. Jika individu 2 adalah laki-laki, kemungkinan ia sehat adalah 95%

20. Bambang mencoba menyilangkan dua tokek kesayangannya. Ia ingin melihat pautan dari gen-gen yang
menentukan morfologi dari kulit tokeknya. Warna dasar kulit tokek normal adalah biru muda kehijauan dengan
bintik-bintik coklat berbentuk lingkaran. Diketahui, ternyata alel normal bersifat dominan. Alel dominan A
mengatur warna dasar biru muda kehijauan, sedangkan a akan membentuk warna kuning. Alel B menentukan
warna bintik coklat, sedangkan b mengatur warna bintik hitam. Alel C mengatur bentuk bintik bulat, sedangkan
c mengatur bentuk bintik lonjong. Bambang menyilangkan individu AAbbCC dengan aaBBcc sehingga dihasilkan
banyak anakan yang seragam. Dari anak-anak tersebut disilangkan satu sama lain sehingga menghasilkan
keturunan sebagai berikut
AABBCC = 100
AABbCC = 800
aaBBcc = 1600
AaBBCc = 800
AAbbCC = 1600
AaBbCc = 3400
aabbcc = 100
AabbCc = 800
aaBbcc = 800
Dari hasil di atas tentukan pernyataan berikut benar atau salah
a) Data keturunan di atas kurang lengkap karena ada beberapa genotip yang tidak ditampilkan
b) Jarak pautan antara A dan C lebih dari 5 cM
c) Jarak antara A dengan B sama dengan jarak antara A dengan C
d) Apabila terjadi persilangan testcross individu ABC/abc, maka kemungkinan keturunan yang bergenotipe
AaBbCc lebih dari 35%

21. Tubuh manusia memerlukan berbagai jenis asam amino untuk precursor protein yang disintesis. Sekalipun
dibutuhkan, asupan asam amino tertentu tidak boleh berlebihan. Fenilalanin, merupakan asam amino yang
dapat didegradasi dan diekskresi lewat serangkaian reaksi seperti yang tergambar berikut:
 PKU (Phenylketonuria) merupakan suatu penyakit genetic yang dicirikan dengan penumpukan asam amino
phenylalanine. Apabila dianggap enzim A dikode oleh gen A, enzim B dikode oleh gen B, dan seterusnya,
kemudian alel resesif dari masing-masing gen tidak memiliki aktivitas katalatik maka, tentukan pernyataan
berikut benar atau salah
a) Apabila enzim yang diperlukan untuk mengkatalis reaksi hanya yang tersebut di atas, maka akan ada 32
genotip berbeda untuk orang yang menderita PKU
b) Jika diketahui Alkaptonuria merupakan penyakit yang disebabkan ketiadaan fungsi dari enzim D, maka
apabila pasangan suami istri carrier untuk PKU dan alkaptonuria menikah, kemungkinan anaknya
menderita kedua penyakit tersebut adalah 1/16
c) Apabila diketahui gen A dan D berada pada kromosom yang sama dengan jarak 20 cM, dan terdapat
pasangan seperti poin b (pautan terjadi secara cis), maka kemungkinan anak yang dihasilkan menderita
PKU adalah ¼
d) Perkawinan 2 orang yang menderita alkaptonuria dapat menghasilkan anak yang menderita PKU

22. Ekspresi gen dapat diatur pada beberapa tingkat, yaitu tingkat DNA, RNA, dan protein. Bambang sedang
mempelajari mekanisme kontrol ekspresi gen di tingkat DNA, yaitu mengenai peran faktor transkripsi. Pertama,
ia melakukan desain primer untuk mengisolasi 4 gen (A-D) beserta promoternya. Primer yang dihasilkan dari
desain tersebut memiliki ukuran 25 basa (tiap gen punya sekuens primer yang berbeda). Kemudian, Semua gen
(A-D) diamplifikasi pada suhu annealing 61oC. template yang digunakan adalah genom Escherichia coli.
Kemudian dilakukan elektroforesis dan menghasilkan data sebagai berikut

Diketahui pita ladder paling bawah berukuran 250 basa dan selisih ukuran pita ladder yang berurutan adalah
250 basa juga. Dari data di atas, tentukan pernyataan berikut benar atau salah
a. Primer yang mengamplifikasi gen A bersifat tidak spesifik
b. Suhu annealing terlalu tinggi untuk mengamplifikasi gen B
c. Apabila suhu annealing diturunkan, pita DNA pada gen B akan terlihat lebih jelas
d. Gen-gen di atas kemungkinan masih memiliki intron

23. Untuk analisis lanjutan, Bambang hanya menggunakan gen C. Bambang kemudian melakukan isolasi dan
purifikasi 4 macam protein yang diduga adalah faktor transkripsi (1-4), kemudian gel shift assay untuk melihat
ada tidaknya interaksi antara protein-protein tersebut dengan bagian promoter gen C. Bambang mendesain
kombinasi campuran gen dengan protein-protein yang diduga factor transkripsi tersebut, kamudian campuran
tersebut dielektroforesis. Diketahui keempat protein tersebut memiliki berat molekul yang sama. Hasil
elektroforesis tersaji pada gambar berikut
 ladder C murni C+1+2 C+1+3 C+1+4 C+2+3 C+2+4 C+3+4

Bambang kemudian melakukan knockdown menggunakan RNAi pada gen-gen factor transkripsi tersebut dan
dihasilkan data sebagai berikut
Protein yang di-Knockdown Tingkat ekspresi gen C
Tidak ada yang di-knockdown +++
1 +
2 +
3 0
4 +++++

Dari data di atas, tentukan pernyataan berikut benar atau salah

a. Terdapat 3 protein yang berinteraksi langsung dengan promoter gen C
b. Terdapat 3 komponen yang berinteraksi langsung dengan protein 3
c. Protein 4 kemungkinan adalah inducer gen C
d. Protein 3 kemungkinan adalah enhancer gen C

24. Shodiq adalah peneliti genetika yang mendalami penurunan sifat. Suatu ketika ia diminta meneliti sifat genotip
dan fenotip buah mangga yang dipengaruhi oleh enzim β-glukosidase. Enzim ini adalah salah satu selulase yang
membantu dalam proses pematangan buah dengan cara mendegradasi selulosa menjadi monomernya. Salah
satu parameter pematangan buah adalah firmness (tingkat kelunakan), parameter ini diukur berdasarkan
seberapa sulit elektroda menembus daging buah. Satuan parameter ini adalah kg atau lbs, artinya semakin
keras daging buah, semakin tinggi nilainya. Diketahui, enzim β-glukosidase memiliki motif urutan asam amino
yang menyusun sisi aktifnya, yaitu IYITENGAA (I= Ile; Y= Tyr; T= Trp; E=Glu; G= Gly; A= Ala). Terdapat 3 alel yang
ditemukan pada tumbuhan mangga yaitu
1 (wilde type): IYITENGAA
2 : IYITDNGAA (D= Asp)
3 : IYLTENGAA (L= Leu)
Berikut data rataan firmness dari beberapa genotype mangga
 Dari data di atas, tentukan pernyataan berikut benar atau salah
a. Sifat yang diteliti di atas merupakan qualitative trait
b. Alel wildtype dan alel 3 bersifat dominan terhadap alel 2
c. Residu asam amino E berperan penting dalam proses katalitik
d. Apabila sebuah plasmid yang berisi gen alel 2 ditransformasikan pada tumbuhan bergenotipe 2/2, maka,
fenotipe firmness akan bernilai lebih tinggi

25. Chronic Myeloid Leukemia (CML), merupakan salah satu penyakit keturunan langka. Penyakit ini ditandai
dengan sel-sel darah selain limfosit yang premature. Gen yang terlibat pada penyakit ini adalah bcr-abl.
Penyakit lain, yaitu alkaptonuria juga merupakan penyakit langka. Penyakit ini ditandai dengan urin yang
berwarna gelap ketika terkena udara. Sebuah silsilah keluarga memiliki kedua jenis penyakit tersebut sesuai
dengan gambar berikut.

Apabila fenotip CML ditandai dengan garis vertical dan alkaptonuria garis horizontal, tentukan pernyataan
berikut benar (B) atau salah (S)

a. Minimal salah satu dari penyakit tersebut diturunkan terpaut gonosom

b. Apabila individu IV-2 menikah dengan IV-5 dan memiliki anak, kemungkinan anak mereka menderita
kedua penyakit adalah 1/16
c. Apabila frekuensi alel penyakit alkaptonuria adalah 1%, maka kemungkinan individu IV-1 memiliki alel
tersebut adalah kurang dari 25%
d. Alel Penyakit alkaptonuria mulai muncul pada generasi ke II atau ke III
26. Apomiksis adalah peristiwa terbentuknya embrio dan buah (jika tumbuhan menghasilkan buah) yang tidak
diawali oleh proses fertilisasi. Apomiksis merupakan kejadian yang umum dijumpai pada beberapa jenis
tumbuhan seperti citrus dan beberapa spesies Poa. Proses ini dapat dibagi menjadi dua, yaitu apospori dan
diplospori, yang mekanismenya terdapat pada gambar berikut.

Dari informasi di atas, tentukan pernyataan berikut benar (B) atau salah (S)
a. Apospori dan diplospori akan menghasilkan anakan dengan tingkat variasi yang sama
b. Individu yang menghasilkan telur dari proses diplospori sebenarnya masih dapat menghasilkan telur dari
meiosis. Pada akhirnya dua jenis telur tersebut akan berkompetisi sehingga hanya salah satunya yang bisa
hidup dan dibuahi.
c. Diketahui terdapat individu dengan genotype Aa menghasilkan biji kemudian ditanam. Jika biji tersebut
tumbuh dan disilangkan dengan individu dari biji Aa yang lain (hasil apospori), maka kemungkinan
anakannya bergenotipe AA adalah 25%
d. Jika setiap sifat diturunkan dari generasi ke generasi dengan apomiksis, maka frekuensi alel setiap generasi
akan tetap

27. Tay sach adalah salah satu penyakit genetic letal yang bersifat delayed lethality. Sifat ini ditandai dengan
kematian yang terjadi setelah individu berumur tertentu (dalam kasus ini 5-6 bulan), padahal ketika baru
dilahirkan terlihat sehat. Misalkan penyakit tersebut disebabkan oleh ketiadaan fungsi dari kompleks protein
ABC. Kompleks Protein ABC merupakan hasil interaksi dari 3 protein, yaitu A, B, dan C. Bagan jalur sintesis
protein tersebut adalah sebagai berikut
 Protein C merupakan hasil pemotongan dari protein B oleh protease R. Protease R tersebut memiliki aktivitas
yang rendah sehingga menjaga protein B tetap ada (tidak habis terpotong). Jika setiap gen pengkode protein-
protein di atas memiliki alel resesif non fungsional, tentukan pernyataan beriktu benar (B) atau salah (S).
a. Sepasang suami istri heterozigot menikah dan melahirkan bayi normal. Kemungkinan bayinya meninggal
akibat Tay Sach lebih dari 50%
b. Anak yang menderita Tay Sach tidak mungkin dihasilkan dari orang tua yang sakit pula
c. Jika penetransi fenotipe penyakit tersebut adalah 50%, perkawinan dua individu Rr (gen lain homozigot)
akan memiliki kemungkinan menghasilkan anak sehat sebanyak 7/8
d. Terdapat kurang dari 5 variasi genotype untuk individu penderita penyakit Tay Sach

28. Diketahui terdapat mutan lain pada gen R (yaitu alel R+) sehingga produk protein dari gen tersebut
menghasilkan sifat dominan high activity. Dampak dari aktivitas tinggi protease R adalah terkonversinya semua
protein B menjadi C. Kompleks protein ACC ternyata menghasilkan individu sehat sampai berusia 30 tahun,
setelah itu meninggal. Jika diasumsikan semua orang menikah dan menghasilkan anak pada usia 25 tahun,
tentukan pernyataan berikut benar (B) atau salah (S)
a. Perkawinan dua individu heterozigot MmNnRr dengan MmNnRR+ menghasilkan perbandingan anak mati
30 tahun : mati 5-6 bulan sebesar 14:9
b. Jika gen selain R selalu homozigot, terdapat 10 macam kombinasi genotype dari pasangan manusia yang
menikah akan menghasilkan keturunan yang tidak sakit
c. Jika penetransi fenotipe high activity adalah 90%, perkawinan individu MMNnRr dengan MmNnRR+ akan
menghasilkan anak tidak sakit dengan kemungkinan kurang dari 50%
d. Sepasang individu dengan genotype MmNnR+r menikah dan menghasilkan bayi normal, kemungkinan bayi
mereka meninggal akibat Tay Sach adalah kurang dari 3/4

29. HnRNP (Heterogenous ribonucleic protein) merupakan kompleks interaksi berbagai macam protein dengan
transkrip primer (HnRNA). Protein yang berinteraksi dengan RNA tersebut memiliki dua kemungkinan,
pertama, protein tersebut hanya mengantarkan RNA sampai pori inti. Kedua, protein tersebut ikut bersama
RNA keluar dari inti. Bistamy ingin membuktikan 2 buah protein yaitu HnRNP A dan HnRNP B apakah
merupakan protein yang hanya berada di dalam inti, atau dikeluarkan bersamaan dengan RNA yang dibawanya
menuju sitoplasma. Keduanya merupakan protein yang ada pada semua eukariot, walaupun terdapat beberapa
perbedaan antar taksa. Untuk menguji masalah tersebut, Bistamy melakukan uji fluorosensi pada dua protein
menggunakan antibody. Antibody yang mengenali HnRNP A memiliki fluorosensi berwarna merah, sedangkan
HnRNP B berwarna hijau. Bistamy mengkultur sel HeLa (sel immortal) kemudian memberi perlakuan sel
tersebut dengan polyethylene glycol, sehingga dapat berfusi dengan sel Xenopus. Fusi sel HeLa dengan Xenopus
akan menghasilkan sel heterokarion. Hasil fusi dan fluorosensi terdapat pada gambar berikut
Keterangan: kepala panah = sel HeLa; anak panah = sel hasil fusi; panah titik-titik = sel Xenopus

Dari keterangan di atas, tentukan pernyataan berikut benar atau salah

a. Sel Xenopus tidak memiliki HnRNP A dan B
b. HnRNP A ikut ditransport ke sitoplasma bersamaan dengan RNA yang dibawanya
c. HnRNP B tidak ikut ditransport ke sitoplasma bersamaan dengan RNA yang dibawanya
d. HnRNP yang ditransport ke sitoplasma bersamaan dengan RNA akan dikembalikan lagi ke nucleus