Pemanfaatan mikroba untuk memperbaiki lingkungan

1.1. Pendahuluan

Dengan semakin berkembangnya industri di seluruh wilayah, maka akan

semakin besar pula tingkat pencemaran lingkungan di sekitar tempat industri tersebut
akibat limbah yang ada. Kelebihan pemuatan limbah berbahaya telah menyebabkan
kelangkaan air bersih dan gangguan tanah sehingga membatasi produksi tanaman
(Kamaludeen et al., 2003). Adapun faktor lain yang mempengaruhi tercemarnya
lingkungan yaitu dengan perkembangan teknologi yang ada, pemakaian lahan untuk
pemukiman dan meningkatnya jumlah penduduk. Polusi lingkungan terus meningkat
pada tingkat yang mengkhawatirkan akibat aktivitas manusia seperti urbanisasi,
kemajuan teknologi, praktik pertanian yang tidak aman, dan industrialisasi yang
cepat yang merusak lingkungan. Sehingga tidak menuntup kemungkinan bahwa
jumlah limbah yang ada di sekitar wilayah tersebut juga akan meningkat.

Teknik konvensional yang digunakan untuk remediasi adalah menggali situs

yang terkontaminasi dan memindahkannya ke tempat pembuangan sampah, atau
untuk menutup dan memuat area yang terkontaminasi dari suatu situs. Studi terbaru
dalam biologi molekuler dan ekologi menawarkan banyak peluang untuk proses
biologis yang lebih efisien.

Jenis Bioremediasi :Atas dasar pemindahan dan pengangkutan limbah untuk

pengolahan pada dasarnya ada dua metode

1. Bioremediasi insitu
2. Bioremediasi Exsitu

2.2 .Jenis Bioremediasi InSitu

Rekayasa bioremediasi in situ mempercepat proses degradasi dengan
meningkatkan kondisi fisikokimia untuk mendorong pertumbuhan
mikroorganisme. Oksigen, akseptor elektron, dan nutrisi (nitrogen dan
fosfor) meningkatkan pertumbuhan mikroba. Keuntungan dan Kerugian
Bioremediasi in situ: Metode ini memiliki banyak potensi keuntungan karena
tidak memerlukan penggalian tanah yang terkontaminasi dan karenanya
terbukti hemat biaya, ada gangguan lokasi minimal, sehingga jumlah debu
yang dihasilkan lebih sedikit dan perawatan simultan dari tanah dan air tanah
dimungkinkan. Mikroorganisme bekerja dengan baik hanya jika bahan
limbah yang ada memungkinkan mereka menghasilkan nutrisi dan energi
untuk pengembangan lebih banyak sel. Ketika kondisi ini tidak
menguntungkan maka kapasitas mereka untuk menurun berkurang. Dalam
kasus seperti itu, mikroorganisme hasil rekayasa genetika harus digunakan,
walaupun mikroorganisme asli yang merangsang lebih disukai.
 3.4.Bioremediasi Ex Situ

Proses ini membutuhkan penggalian tanah yang terkontaminasi atau

pemompaan air tanah untuk memfasilitasi degradasi mikroba. Teknik ini
memiliki lebih banyak kekurangan daripada kelebihan. Teknik bioremediasi ex
situ melibatkan penggalian atau pemindahan tanah yang terkontaminasi dari
tanah. Tergantung pada keadaan kontaminan yang akan dihilangkan,
bioremediasi ex situ diklasifikasikan sebagai Sistem fase padat (termasuk
pengolahan tanah dan tumpukan tanah) Sistem fase lumpur (termasuk suspensi
cairan padat di dalam bioreaktor)
BIOVENTING
Bioventing terlibat dalam ventilasi oksigen melalui tanah untuk menstimulasi
pertumbuhan bakteri atau jamur alami atau yang ada di dalam tanah dengan
menyediakan oksigen untuk mikroorganisme tanah yang ada; memang, ia
berfungsi dalam senyawa yang dapat terurai secara aerob. Bioventing
menggunakan laju aliran udara rendah untuk menyediakan oksigen yang cukup
untuk mempertahankan aktivitas mikroba.

BIOPIL
Biopiles adalah cara menggali tanah yang terkontaminasi dengan hidrokarbon
yang dapat diperbaiki secara aerobik, dapat diolah dalam "biopiles". Biopiles
(juga dikenal sebagai biocell, bioheaps, biomound, dan Piles kompos) digunakan
untuk mengurangi konsentrasi polutan minyak bumi di tanah galian selama masa
biodegradasi.
Augmentasi bio Ini adalah salah satu mekanisme biodegradasi. Penambahan
mikroorganisme pendegradasi polutan (alami / eksotik / direkayasa) untuk
menambah kapasitas biodegradasi populasi mikroba asli pada area yang
terkontaminasi, proses ini dikenal sebagai bioaugmentasi.
Redaman bio [Redaman alami]Bioattenuation atau atenuasi alami adalah
pemberantasan konsentrasi polutan dari sekitarnya. Ini dilakukan dengan proses
biologis yang mungkin termasuk (biodegradasi aerob dan anaerob, serapan tumbuhan
dan hewan), fenomena fisik (adveksi, dispersi, pengenceran, difusi, volatilisasi,
penyerapan / desorpsi), dan reaksi kimia (pertukaran ion, kompleksasi, transformasi
abiotik).

JENIS BIOREMEDIASI
Ada berbagai jenis teknologi atau teknik perawatan dalam proses bioremediasi.
Metode bioremediasi dasar adalah: Bio-stimulasi, atenuasi, augmentasi, ventilasi dan
tumpukan

Stimulasi bio
Jenis strategi ini dihubungkan melalui injeksi nutrisi spesifik di lokasi (air tanah /
tanah) untuk merangsang aktivitas mikroorganisme asli. Fokusnya adalah pada
stimulasi komunitas bakteri dan jamur asli atau yang ada secara alami. Pertama,
dengan memasok pupuk, suplemen pertumbuhan, dan trace mineral. Kedua, dengan
menyediakan persyaratan lingkungan lainnya seperti pH, suhu dan oksigen untuk
mempercepat laju metabolisme dan jalur mereka [7,17]. Kehadiran sejumlah kecil
polutan juga dapat bertindak sebagai stimulan dengan menyalakan operon untuk
enzim bioremediasi. Jenis jalur strategis ini sebagian besar berlanjut dalam
penambahan nutrisi dan oksigen untuk membantu mikroorganisme asli. Nutrisi ini
adalah blok bangunan dasar kehidupan dan memungkinkan mikroba untuk
menciptakan kebutuhan dasar misalnya, energi, biomassa sel dan enzim untuk
mendegradasi polutan. Semuanya membutuhkan nitrogen, fosfor, dan karbon [5].
Prinsip bioremediasi

Bioremediasi didefinisikan sebagai proses di mana limbah organik terdegradasi

secara biologis di bawah kondisi yang terkendali ke kondisi tidak berbahaya, atau ke
tingkat di bawah batas konsentrasi yang ditetapkan oleh pihak berwenang.
Mikroorganisme cocok untuk tugas penghancuran kontaminan karena mereka
memiliki enzim yang memungkinkan mereka untuk menggunakan kontaminan
lingkungan sebagai makanan. Tujuan bioremediasi adalah mendorong mereka untuk
bekerja dengan menyediakan tingkat nutrisi optimal dan bahan kimia lain yang
penting untuk metabolisme mereka untuk mendegradasi / mendetoksifikasi zat yang
berbahaya bagi lingkungan dan makhluk hidup. Semua reaksi metabolisme dimediasi
oleh enzim.
Keuntungan bioremediasi

• Ini adalah proses alami, butuh sedikit waktu, sebagai proses pengolahan limbah
yang dapat diterima untuk bahan yang terkontaminasi seperti tanah.
• Ini membutuhkan upaya yang sangat sedikit dan sering dapat dilakukan di lokasi,
seringkali tanpa menyebabkan gangguan besar pada kegiatan normal.
• Diterapkan dalam proses yang efektif karena kehilangan lebih sedikit dibandingkan
metode konvensional lainnya (teknologi) yang digunakan untuk pembersihan limbah
berbahaya.
• Ini juga membantu dalam penghancuran polutan secara menyeluruh, banyak
senyawa berbahaya dapat diubah menjadi produk yang tidak berbahaya.
• Tidak menggunakan bahan kimia berbahaya
• Sederhana, kurang padat karya, dan murah karena peran alami mereka
dalamlingkungan.
• Ramah lingkungan dan berkelanjutan [21].
• Kemudahan implementasi relatif [17].
• Cara efektif memulihkan ekosistem alami dari sejumlah kontaminan dan bertindak
sebagai opsi ramah lingkungan [22].

Kerugian dari bioremediasi

• Terbatas pada senyawa yang dapat terurai secara hayati.
• Ada beberapa kekhawatiran bahwa produk-produk biodegradasi mungkin lebih
persisten atau beracun daripada senyawa induknya.
• Proses biologis seringkali sangat spesifik.
• Sulit untuk memperkirakan dari studi bench dan skala pilot ke operasi lapangan
skala penuh.
• Diperlukan penelitian untuk mengembangkan dan merekayasa teknologi
bioremediasi yang sesuai untuk lokasi dengan campuran kontaminan kompleks .
Karakterisasi dan pemilihan situs

Pekerjaan investigasi remedial yang memadai harus dilakukan sebelum mengusulkan

obat bioremediasi untuk secara memadai mengkarakterisasi besarnya dan tingkat
kontaminasi. Pekerjaan ini setidaknya harus mencakup faktor-faktor berikut:
sepenuhnya menentukan tingkat kontaminasi horizontal dan vertikal, daftar
parameter dan lokasi untuk sampel dan alasan untuk pilihan mereka,
menggambarkan metode yang akan digunakan untuk akuisisi sampel dan analisis
yang akan dilakukan .
Ion logam

Logam penting dalam jumlah kecil untuk bakteri dan jamur, tetapi dalam jumlah
tinggi menghambat aktivitas metabolisme sel. Senyawa logam memiliki dampak
langsung dan tidak langsung pada laju degradasi.

Senyawa toksik

Ketika dalam konsentrasi tinggi sifat beracun dari beberapa kontaminan dapat
menciptakan efek toksik bagi mikroorganisme dan memperlambat dekontaminasi.
Derajat dan mekanisme toksisitas bervariasi dengan toksikan spesifik,
konsentrasinya, dan mikroorganisme yang terpapar. Beberapa senyawa organik dan
anorganik beracun bagi bentuk kehidupan yang ditargetkan [5].

Faktor-faktor yang mempengaruhi bioremediasi mikroba

-Faktor biologis

Faktor biologis utama dimasukkan di sini: mutasi, transfer gen

horizontal, aktivitas enzim, interaksi (kompetisi, suksesi, dan predasi),
pertumbuhannya sendiri hingga biomassa kritis tercapai, ukuran dan
komposisi populasi [5,6].

-Faktor lingkungan
Pertumbuhan dan aktivitas mikroorganisme dipengaruhi oleh pH, suhu,
kelembaban, struktur tanah, kelarutan dalam air, nutrisi, karakteristik lokasi,
potensi redoks dan kandungan oksigen, kurangnya sumber daya manusia
yang terlatih di bidang ini dan bioavailabilitas fisik-kimia dari polutan
(konsentrasi kontaminan, jenis, kelarutan, struktur kimia dan toksisitas).
Faktor-faktor yang tercantum di atas menentukan kinetika degradasi [5,7].
Biodegradasi dapat terjadi pada kisaran pH yang luas; Namun, pH 6,5
hingga 8,5 umumnya optimal untuk biodegradasi di sebagian besar sistem
akuatik dan terestrial. Kelembaban mempengaruhi laju metabolisme
kontaminan karena mempengaruhi jenis dan jumlah bahan larut yang
tersedia serta tekanan osmotik dan pH sistem terestrial dan akuatik [8].
Sebagian besar faktor lingkungan tercantum di bawah ini.

- Ketersediaan nutrisi

Penambahan nutrisi menyesuaikan keseimbangan nutrisi penting untuk

pertumbuhan dan reproduksi mikroba serta berdampak pada tingkat
biodegradasi dan efektivitas. Penyeimbangan nutrisi terutama pasokan
nutrisi penting seperti N dan P dapat meningkatkan efisiensi biodegradasi
dengan mengoptimalkan rasio bakteri C: N: P. Untuk bertahan hidup dan
 melanjutkan aktivitas mikroba, mikroorganisme membutuhkan sejumlah
nutrisi seperti karbon, nitrogen, dan fosfor.
- Suhu

Suhu juga mempercepat atau memperlambat proses bioremediasi karena

sangat mempengaruhi sifat fisiologis mikroba. Tingkat aktivitas mikroba
meningkat dengan suhu, dan mencapai tingkat maksimum pada suhu
optimal. Tiba-tiba menjadi menurun dengan kenaikan lebih lanjut atau
penurunan suhu dan akhirnya berhenti setelah mencapai suhu tertentu.

- Konsentrasi oksigen
Organisme yang berbeda membutuhkan oksigen, yang lain juga tidak
memerlukan oksigen berdasarkan kebutuhan mereka, memfasilitasi laju
biodegradasi dengan cara yang lebih baik. Degradasi biologis dilakukan
dalam kondisi aerob dan anaerob, karena oksigen merupakan persyaratan
gas bagi sebagian besar organisme hidup. Konten kelembaban
Mikroorganisme membutuhkan air yang cukup untuk mencapai
pertumbuhannya. Kadar air tanah memiliki efek buruk pada agen
biodegradasi.

-PH

Nilai pH yang lebih tinggi atau lebih rendah menunjukkan hasil yang lebih
rendah; proses metabolisme sangat rentan bahkan terhadap sedikit
perubahan pada pH [16].

1.Fitoremidiasi

Fitoremediasi berkaitan dengan pembersihan polutan organik dan kontaminan

logam berat menggunakan tanaman dan mikroorganisme rizosfer [3,88,89].
Tumbuhan yang digunakan dalam fitoremediasi adalah hiperakumulator dengan
potensi akumulasi logam berat yang sangat tinggi dan efisiensi biomassa yang
kecil, dan non-hiperakumulator yang memiliki kapasitas ekstraksi yang lebih
rendah daripada hiperakumulator, tetapi yang menghasilkan total biomassa jauh
lebih tinggi dan merupakan spesies yang tumbuh cepat [90,91]
2.Fitofiltrasi

Phytofiltration bisa dalam salah satu dari tiga bentuk rhizofiltration

(penggunaan akar tanaman), blastofiltration (penggunaan bibit) dan caulofiltration
(penggunaan tunas tanaman yang dipotong) [3,123,124]. Ini adalah pembersihan
lingkungan yang tercemar menggunakan akar atau bibit tanaman dari limbah cair.
3. Phytostimulation

Phytostimulation adalah peningkatan aktivitas mikroba untuk mendegradasi

kontaminan organik oleh eksudat dari akar tanaman. Etilen pada konsentrasi
rendah merangsang pemanjangan akar tetapi pada tingkat tinggi menghambat
pembelahan sel dan sintesis DNA.

4. Phytostabilization
 Ini melibatkan penggunaan akar tanaman untuk menyerap polutan dari
tanah dan mempertahankannya di dalam rhizosfer, dan dipisahkan dan distabilkan,
menjadikannya tidak berbahaya dan mencegah polutan menyebar di lingkungan
[126]. Aksesibilitas atau mobilitas logam berat di lingkungan berkurang oleh
presipitasi di wilayah sekitar akar tanaman, penyerapan akar, pengurangan valensi
logam dan kompleksasi [90.104.127.128].

5. Fitovolatilisasi

Ini berkaitan dengan penghapusan kontaminan tanah oleh tanaman yang

siap diubah menjadi uap dan akibatnya dilepaskan ke atmosfer [88.124]. Tanaman
tembakau memiliki kemampuan untuk mengakumulasi merkuri metil yang sangat
beracun dari situs yang terkontaminasi Hg dan mengubahnya menjadi unsur Hg yang
kurang beracun dalam bentuk yang mudah menguap yang lolos melalui daun ke
atmosfer [37.131].

6. Phytodegradation

Phytodegradation adalah penguraian kontaminan organik menjadi bentuk

tidak berbahaya oleh enzim tanaman [88]. Enzim spesifik seperti nitroreduktase dan
dehalogenase digunakan oleh tanaman untuk mendegradasi kontaminan organik
[132].
7. Rhizofiltrasi

Rhizofiltrasi melibatkan eliminasi zat beracun atau polutan dari air tanah
melalui penyaringan oleh akar tanaman. Proses rhizofiltrasi didasarkan pada
mekanisme akumulasi rhizosfer oleh tanaman. Tanaman darat lebih efisien untuk
rhizofiltrasi dibandingkan dengan tanaman air karena mereka menggunakan pompa
tenaga surya alami untuk mengambil unsur-unsur tertentu dari lingkungan [136].

Peran Bakteri Pemicu Pertumbuhan Tanaman (PGPR) dalam Pertumbuhan

Tanaman di bawah Tekanan Abiotik

Memahami mekanisme PGPR dalam merangsang aktivitas pertumbuhan

tanaman sangat penting untuk menjaga produksi pangan yang selanjutnya
meningkatkan ketahanan pangan.
8. Produksi Siderophore

Rhizobacteria meningkatkan pertumbuhan tanaman dengan melarutkan

nutrisi yang biasanya larut dengan bakteri siderofor atau mengurangi pH melalui
mensekresi senyawa organik asam [161]. Siderophor adalah agen pengkelat logam
dengan massa molekul rendah (200-2000 Da) yang dibentuk oleh mikroorganisme
dan tanaman, terutama di bawah kondisi yang membatasi Fe [167]. Zat besi adalah
salah satu nutrisi penting yang dibutuhkan untuk metabolisme tanaman tetapi
kekurangan dalam tanah [168].
13. Pelarutan Fosfat

Fosfor dibutuhkan oleh tanaman sebagai makronutrien tetapi bereaksi secara

alami dengan Fe, aluminium dan Ca yang menghasilkan curah hujan dan karenanya
membuatnya tidak tersedia untuk tanaman. Tanaman mampu mengambil fosfor kecil
yang tersedia di tanah baik sebagai H2 PO4 - (monobasa) atau ion HPO4 2−
(dibasic) [163]. Mikroorganisme yang mampu mengubah fosfor menjadi bentuk yang
larut untuk tanaman disebut mikroorganisme pelarut fosfat (PSM).

Beberapa kelompok mikroba

1. Aerobik: Contoh bakteri aerob yang dikenali kemampuan

degradasinya adalah Pseudomonas, Alcaligenes, Sphingomonas,
Rhodococcus, dan Mycobacterium.

2. Anaerob. Bakteri anaerob tidak sering digunakan sebagai bakteri

aerob. Ada peningkatan minat pada bakteri anaerob yang digunakan
untuk bioremediasi bifenil poliklorinasi (PCB) dalam sedimen sungai,
deklorinasi pelarut trichloroethylene (TCE) dan kloroform.

3. Jamur ligninolitik. Jamur seperti jamur busuk putih Phanaerochaete

chrysosporium memiliki kemampuan untuk mendegradasi beragam
polutan lingkungan yang persisten atau beracun. Substrat yang umum
digunakan termasuk jerami, debu gergaji, atau tongkol jagung.

4. Methylotrophs. Bakteri aerob yang tumbuh memanfaatkan metana

untuk karbon dan energi. Enzim awal dalam jalur untuk degradasi
aerobik, metana monooksigenase, memiliki kisaran substrat yang luas
dan aktif terhadap berbagai senyawa, termasuk trichloroethylene alifatik
terklorinasi dan 1, 2dichloroethane.